Profiefwerkstuk Dingo DNA

Profielwerkstuk Bio-informatica: Dingo DNA
DNA beschrijft de bouwstenen van elk levend organisme op deze aarde. Doordat het
DNA verschilt tussen elk individu heeft elk organisme zijn/haar bepaalde
eigenschappen. Als de verschillen in DNA heel groot zijn, spreek je over andere
organismen, zoals bijvoorbeeld de mens en een tomatenplant. Soms zijn de
verschillen beperkt en uit zich dat in bijvoorbeeld een andere haarkleur. Uiterlijke
kenmerken zijn echter lang niet altijd geschikt om verschillende soorten aan te wijzen.
Zo loopt er in Australië de dingo rond
Dit is een directe afstammeling van de wolf, net als de hond. Kruis je een dingo met
een hond, krijg je een gezonde nakomeling die heel sterk lijkt op een dingo, maar dat
eigenlijk niet meer is. Het probleem wordt nog groter als deze nakomeling de
grootouder is van een heel groep waar alleen nog maar dingo’s aan te pas te komen.
Deze nakomelingen zijn geen echte dingo meer, door die ene hond in de stamboom,
maar aan het uiterlijk kun je het niet meer zien.
Hier komt ons DNA-onderzoek om de hoek kijken. Want aan het DNA zou je moeten
kunnen zien dat er ook een hond als voorouder in zit. We hebben nu een grote
verzameling van deze verschillen in DNA, SNPs genoemd, in de database zitten. Van
deze ruim acht duizend SNPs willen we graag de volgende informatie in een
webpagina hebben:
- Hoeveel SNPs liggen er op elk chromosoom?
- Zijn de SNPs evenredig verdeeld over elke chromosoom? Dat wil bijvoorbeeld
zeggen: bij korte chromosomen verwacht je minder te vinden, maar is dat ook
zo?
- En de belangrijkste vraag: zijn er SNPs die samen vlak bij elkaar op een
chromosoom liggen?
Om dit te kunnen tonen zal gebruik gemaakt moeten worden van kleine php-scripts en
zal de benodigde informatie uit de database gehaald moeten worden. Hier wordt, als
het nodig is, uiteraard hulp bij geboden.
Wil je meer weten over dit onderwerp of heb je vragen, neem dan contact op met het
Bètasteunpunt van de Hanzehogeschool: [email protected]