Bioinformatica: Dingo DNA

Bioinformatica: Dingo DNA
DNA beschrijft de bouwstenen van elk levend organisme op
deze aarde. Doordat het DNA verschilt tussen elk individu
heeft elk organisme zijn/haar bepaalde eigenschappen. Als de
verschillen in DNA heel groot zijn, spreek je over andere
organismen, zoals bijvoorbeeld de mens en een tomatenplant.
Soms zijn de verschillen beperkt en uit zich dat in bijvoorbeeld
een andere haarkleur. Uiterlijke kenmerken zijn echter lang
niet altijd geschikt om verschillende soorten aan te wijzen. Zo
loopt er in Australië de dingo rond.
Dingo
Dit is een directe afstammeling van de wolf, net als de hond. Kruis je een dingo met een
hond, krijg je een gezonde nakomeling die heel sterk lijkt op een dingo, maar dat eigenlijk
niet meer is. Het probleem wordt nog groter als deze nakomeling de grootouder is van een
heel groep waar alleen nog maar dingo’s aan te pas te komen. Deze nakomelingen zijn geen
echte dingo meer, door die ene hond in de stamboom, maar aan het uiterlijk kun je het niet
meer zien.
Hier komt ons DNA-onderzoek om de hoek kijken. Want aan het DNA zou je moeten kunnen
zien dat er ook een hond als voorouder in zit. We hebben nu een grote verzameling van deze
verschillen in DNA, SNPs genoemd, in de database zitten. Van deze ruim acht duizend SNPs
willen we graag de volgende informatie in een webpagina hebben:
- Hoeveel SNPs liggen er op elk chromosoom?
- Zijn de SNPs evenredig verdeeld over elke chromosoom? Dat wil bijvoorbeeld zeggen: bij
korte chromosomen verwacht je minder te vinden, maar is dat ook zo?
- En de belangrijkste vraag: zijn er SNPs die samen vlak bij elkaar op een chromosoom
liggen?
Om dit te kunnen tonen zal gebruik gemaakt moeten worden van kleine php-scripts en zal
de benodigde informatie uit de database gehaald moeten worden. Hier wordt, als het nodig
is, uiteraard hulp bij geboden.
Wil je meer weten over dit onderwerp of heb je vragen, neem dan contact op met het
Bètasteunpunt van de Hanzehogeschool: [email protected]