Examenvragen

Examenvragen methoden: 2005-2006
Peeters
1. Sedimentatie basisprincipes uitleggen en onderling verband geven tussen de
verschillende fysische parameters + de 3 centrifugatie technieken
2. Steriel werken
3. Bespreek fysicohemische eigenschappen van dierlijke celculturen
Geef voor – en nadelen van serumvrije en serum media
Bespreek groei, onderhoud en manipulatie van cellen in cultuur
Leg uit: passage en immortalisatie
4. Geef 3 methoden om de Pr (relatieve molecuulmassa dus) van een proteine te
bepalen.
5. Hoe kunnen mutaties in vectoren (of gekloneerde DNA- fragmenten) en hoe
kunnen restrictiesites worden toegevoegd?
6. Geef het basisprincipe van elektroforese en de storende effecten hierop.
 Hoe kan je het Mr van een proteine bepalen en is ook mogelijk DNAfragmenten volgens grootte te scheiden.
 Bespreek de gebruikte technieken, de verschillende stappen en de
facctoren die hier een invloed op hebben.
 Wat zijn de detectie methoden hiervoor?
7. Hoe gebeurt de synthese van oligonucleotiden?
 Geef enkele toepassingen waarvoor deze synthetische moleculen gebruikt
worden. (+schema met structuren geven)
8. Beschrijf de gecombineerde elektroforesetehcniek om een proteinenmengsel te
scheiden en verschillende proteinen met elkaar te vergelijken.
 Hoe bereid je een mengsel hierop voor?
- Wat zijn de beperkingen van deze techniek.
- Met welke analyse gaan we de proteinen bekijken?
10. Wat zijn stamcellen?
 Waar worden ze gemaakt?
 Welke potentiele toepassing hebben ze?
 Wat doen we bij immunologische afweer?
 Waarom zijn er ethische bezwaren tegen deze techniek?
11. Beschrijf de verschillende stappen van PcR en de factoren die hiervoor gebruikt
worden.
 Hoe kunnen we de specificiteit en de kwaliteit van de amplificatie
beinvloeden?
12. Capillaire electroforese
13. Chromatografie
 Alle 5 types uitleggen
 Met welke combinatie kan je het best proteine opzuiveren?
 Mengsel van 3 proteinen: uitschrijven van de procedure om deze met een
zwakke inonenwisselaar te scheiden
14. Wat zijn DNA en RNA probes?
 Hoe worden ze gemaakt?
 Hoe kan je ze radioactief labelen?
 Hoe niet radio- actief?
 Hoe kan je ze detecteren?
 hoe kan je complementaire seq.s in ongekende DNA/RNA fragmenten
opsporen met die probes
15. Micro- organismen; celkweek.
16. Hoe kan een celcultuur gestart worden, grafiek van evolutie van cellijn, aanmaak
van CCL (das zoiets met senescence)
17. Geef 3 methoden om Mr van een proteïne te bepalen (SDS-PAGE, gelfiltratie
chromatografie en massaspectrometrie dus)
18. Electroforese:
 Het basisprincipe
 bij proteïnen
 Bij DNA
 Moleculair gewicht bepaling
 de storende effecten
19. Chemische peptidensynthese
20. In vitro translatie : de voordelen en de toepassingen
21. Wat zijn de controle-elementen van een kloneringsvector.
Wat zijn de elementen van een bacteriële en eukaryote expressievector + hun
werking
22. PCR
 Schematisch voorstellen van de verschillende stappen in PCR.
 Wat zijn de componenten die nodig zijn?
 Welke factoren kunnen hier een invloed op de specificiteit en de kwaliteit
van de test hebben?
23. Bespreek centrifuges en rotoren en de formules t= k/S en t1/t2=k1/k2
24. Real time PCR, wat is het, hoe kun je gekwantificeerde resultaten hebben? En
geef een paar toepassingen.
De Smedt:
1a: Geef voorbeelden van chemische Ca2+ indicatoren. Welke zijn de chemische
kenmerken van deze indicatoren?
1b: Welke zijn de technische problemen met Ca2+ indicatoren en voor welke problemen
bieden ratiometrische indicatoren een oplossing?
1c: Wat is het iso-excitatief punt bij deze ratiometrische indicatoren?
2: Geef aan wat de voorwaarden zijn voor geleidbaarheid in een stroomspanningsdiagram voor ionenkanalen (of zoiet, verstond de vraag niet zo goed)
3: Geef enkele toepassingen van het chemiluminescente luciferase
Van Veldhoven:
Wat zijn de parameters voor binding van een analyt met een affiniteitskolom?
(loopvloeistof, korrel en eventuele andere parameters)
Goed/fout-vraagjes:
-Hexa- en heptapeptiden geven een goede scheiding door een Pirkle fase kolom
-Stoffen met een groot verschil in partitiecoëfficiënt voor water/diethylester fase kan je
best scheiden met argentatiechromatografie.
-Een guard kolom dient om (een bepaalde stof, weet al niet meer welke) tegen te houden
bij HPLC ivm fluorescentiedetectie
Desmedt: Was megavriendelijk! Moet ge zkr gn stress voor hebben...
1) leg de verschillende configuraties uit van patch clamp. En dan gaf hij enkele
voorbeelden waarbij ge moest zeggen welke configuratie van patch clamp ge zou
gebruiken (bv testen van een farmaca)
2) schets een FACS en uitleg
3) Waarom zijn excitatiespectra en emissiespectra elkaars spiegelbeeld? Leg uit Stoke's
shift en verklaar waarom dit optreedt.
Vanveldhoven:
Geef parameters voor binding aan een anionenwisselaar. Parameters als loopvloeistof,
korrel, oplosmiddel, ...
Desmet:
patch clamp vgl met intracellulaire elektrode plus rol van een elektrode
vgl spectrofotometrie (single en double beam) met spectrofluorimetrie
cell sorter werking toepassen op apoptose en rol van intracellulaire c²
Veldhoven:
alle parameters die invloed hebben op de binding van een gesilaneerd hormoon bij
reversed phase chr.
juist/ onjust
iets over resolutie, dat retentie tij en piekbreedte invloed hebben
iets van de van deemter vgl
De Smedt:
1a: Geef voorbeelden van chemische Ca2+ indicatoren. Welke zijn de chemische
kenmerken van deze indicatoren?
1b: Welke zijn de technische problemen met Ca2+ indicatoren en voor welke problemen
bieden ratiometrische indicatoren een oplossing?
1c: Wat is het iso-excitatief punt bij deze ratiometrische indicatoren?
2: Geef aan wat de voorwaarden zijn voor geleidbaarheid in een stroomspanningsdiagram voor ionenkanalen (of zoiet, verstond de vraag niet zo goed)
3: Geef enkele toepassingen van het chemiluminescente luciferase
Van Veldhoven:
Wat zijn de parameters voor binding van een analyt met een affiniteitskolom?
(loopvloeistof, korrel en eventuele andere parameters)
Goed/fout-vraagjes:
-Hexa- en heptapeptiden geven een goede scheiding door een Pirkle fase kolom
-Stoffen met een groot verschil in partitiecoëfficiënt voor water/diethylester fase kan je
best scheiden met argentatiechromatografie.
-Een guard kolom dient om plasticizers tegen te houden bij HPLC ivm
fluorescentiedetectie
- het dode volume (door injector, leidingen, verbindingen,...) heeft een invloed op de
piekbreedte
- solventsterkte is een maat voor oplosbaarheid van het analyt in het solvent
Desmedt:
Bespreek FRET en toepassingen (protease ca en camp)
verklaar stokes shift en waarom is excitatiespect'rum spiegelbeeld van emissiespectrum
vergleijk single channel na stroom met macroscopische natriumstroom
Vanveldhoven
WCOT kolom bij gaschromatografie
de stationaire fase bespreken
ge kunt albumine gebruiken om enantiomeren te scheiden
1.5M NaCl zorgt ervoor dat proteinen nie meer binden aan hydroxylapaptiet
e andere j/f vragen:
- normale fase is voor scheiding polaire, wateroplosbare stoffen
- indien a sneller dan b migreert in normale fase zal het dat ook doen in reversed fase
met hetzelfde solvent (90% ethanol)
- iets van als je een apolaire stof wil doen migreren van serum naar een apolair solvent,
dat je dat serum moet aanzuren
Desmedt:
- geef schema van single beam + leg het werkingsmechanisme uit + nog een berekening
van concentratie maken
- compartimentalisatie van ca indicatoren
- hoe kan je met patch clamp vesikel exocytose aantonen
Van veldhoven:
hoofdvraag: parameters van magneetchromatografie
juist/fout vragen:
- verkleinen van diameter van capillair verkleint de eddy diffusie
- iets van silanering van GC dat dit zorgt voor constante respons bij FID
- ionenpaar komt voor bij HIC
a) door de kleine diameter van cappilairen bij gaschrom. is eddy diffusie van anlayt te
verwaarlozen.
b)keuze van het solvent om het analyt op te lossen en in te spuiten bij omgekeerde fase
chr. is afhankelijke van de fase van de kolom.
c) ionenparing is een techniek die gebruikt wordt bij hydrofobe interactie
d)apolaire enantiomeren kunnen met normale fase gescheiden worden als poriegroootte
van korrel groter is dan die van de enantiomeren.
e) silylatie van analyt bij gc zorgt ervoor dat alle analyten een gelijke respons geven bij