Cytogenetica • Visualiseren van de chromosomen • Chromosomen slechts zichtbaar in delende cellen (in Mfase): T-cellen uit bloed stimuleren in cultuur (vb met phytohemaglutinine) of foetale cellen • M-fase is kort (zie figuur), mitotische index • Mitotische index ↑ spindel blokkeren colcemid • Andere techniek thymidine beperking, en release = gesynchroniseerde cycli optimalisatie prometafase minder condens dan metafase Cytogenetica • Vroeger klassificatie van chromosomen op basis van grootte en positie van centromeer, nummering van lang naar kort • Invoeren van banding technieken: sluitende identifactie van chromosomen en identificatie van posities op chromosomen • Verschillende banding technieken, geven info over structurele organisatie (resolutie 1-10 Mb) • Karyotype 46XX of 46XY en eventuele abnormaliteiten • Down-syndroom trisomie • G-banden Banding technieken • trypsine digestie Giemsa stain G-banden donker, bleke banden G negatief • Q-banden • Fluorescente AT-rijke DNA binder (Quinacrine, DAPI, Hoechst 33258) UV-fluorescentie Q-banden zelfde als G-banden • R-banden • Reverse G-banden hitte behandeling denatureerd AT-regios voor Giemsa stain. Zelfde patroon met GC-specifieke kleuren • T-banden • Subset van R banden nabij de telomeren, T-banden zijn de meest intense R-banden extreme hitte behandeling gevolgd door Giemsa stain • C-banden • Kleuren van de centromeren denatureren met barium hydroxide gevolgd door Giemsa stain Banding-patronen • De bindingsverschillen die aan de basis van de banden verschillen in de scaffold-loop structuur zie figuur • Scaffold attachment regios (SARs) • Meer SARs per lengte eenheid in G banden dan in R banden G banden kleinere loops Karyogram In situ hybridization • Chromosoom in situ hybridisatie • Weefsel in situ hybridizatie Chromosoom in situ hybridizatie • Methode om genen en andere DNA sequenties te “mappen” gelabelde DNA probe hybridiseren tegen gedenatureerde chromosomen in situ. • Metafase of prometafase microscoop slide preparatie (zie cytogenetica), behandelen met Rnase en proteinase K opgezuiverd chromosomaal DNA denatureren met formamide probe • Voor of na hybridisatie chromosoom banding • FISH fluorescente label direct of indirect • Voor goede signaalsterkte lange probe (40kb) noodzaak voor “blokken” van repeat sequences door supressie hybridizatie Chromosoom in situ hybridizatie • Detectie met fluorescentie microscoop • Metafase spreads dubbele hybridizatie spots (zuster chromatiden, zie cyclus) • Resolutie ong. 1 Megabase Chromosoom in situ hybridizatie Weefsel in-situ hybridisatie • In deze procedure wordt een gelabelde probe gehybridiseerd tegen RNA in weefselsecties • Hybridizatie mix 50% formamide (lagere hybridisatie temp) • Enkel strengige probes complementaire RNA probes antisense riboprobes gen in reverse orientatie in cloning vector • Radioactieve of niet-isotoop labels • Fluorescentie microscopische detectie • Commerciele kits verkrijgbaar vb cytomegalovirus, Epstein-Barr virus • Zelfde voorzorgen en stappen als bij in-situ PCR Immunologische technieken Serologische technieken • Eigenlijk alle technieken die gebruik maken van antilichamen eigenlijk de meeste immunologische technieken gebruikt in diagnose • Een selectie van de meest gebruikte technieken in de medische diagnostiek zal besproken worden Bloedgroep bepaling met gel-techniek Monoclonaal antilichaam voor bloedgroep A antigen gebonden op gelmatrix Bloedgroep: A RhD neg Latex agglutinatie • Polystyreen latex micro-partikels coaten met virale of andere antigenen • Mengen met serum van patient • Indien Ab voor antigen zullen de partikels zichtbaar agglutineren • Veel gebruikte techniek: eenvoudig en snel • Vele commerciele kits: rubella, toxoplasmose, cytomegolovirus... Latex agglutinatie Hemaglutinatie • Variant van de latex agglutinatie techniek • Rode bloedcellen zijn de deeltjes • Bloedgroep bepaling met antigenen reeds aanwezig op de cellen • Rode bloedcellen kunnen ook gecoat worden met andere antigenen (zie THPA test voor syfillis)