Voortgang Effectiviteit 6 juli

Memo
Aan
Gertjan Geerling;DELTARES, Leo van Ballegooijen; RWS WD, Marieke Ohm; RWS WD
Datum
Kenmerk
Aantal pagina's
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
9
Van
Doorkiesnummer
E-mail
Marc Weeber
+31 (0)88 33 57 114
[email protected]
Onderwerp
Logboek database en dataverzameling
1 Aanleiding
Het project “Effectiviteit” gaat over het beoordelen van maatregelen die er op gericht zijn de
natuurwaarde en waterkwaliteit te verbeteren en liggen langs de Rijkswateren. De beoordeling
wordt uitgevoerd over de natuurlijke processen en levensvormen die door de maatregelen
worden bevorderd. Om deze beoordeling uit te voeren is een grote hoeveelheid
monitoringsgegevens benodigd. De weidsheid aan monitoringsgegevens moet gezocht worden
in de gemeten eenheid, de locatie en de tijd.
Nadat Leon van Kouwen bij Deltares vertrok is het verzamelen van data en het categoriseren
van binnenkomende data stil komen te liggen. Bij mijn aanstelling heb ik het werk van Leon
opgepakt.
Binnen deze memo geef ik een overzicht van onze systematiek waarop we de data
verzamelen, de eisen die we stellen aan dataopslag, de wijze waarop we de data opslaan en
de programmatuur die we hiervoor gebruiken. Aan het einde van deze memo wordt inzicht
gegeven in de acties die nog worden geïnitieerd, lopen en zijn uitgevoerd.
2 Opzet dataverzameling
Leon heeft zijn verzamelstructuur opgezet in Excel. Deze verzamelstructuur bestaat uit een lijst
met de maatregelen, een literatuurlijst en een actielijst. Voordat deze structuur werd
vastgelegd heeft men bepaald welke data er wordt verzameld. Vanuit deze structuur ben ik
verder gegaan.
2.1
Lijst met de maatregelen
Dit is een overzichtslijst met alle bij ons bekende maatregelen. Voor de natuurvriendelijke
oevers is hiervan het overgrote deel afkomstig uit een inventarisatie van Movares (Movares
2001-2011, “Inspectieplan NVO Deelgebied 1,2 & 3” en daar aan hangend “Scope Deelgebied
1, 2 & 3). Onze resterende oevers zijn afkomstig vanuit overleg met de RWS disctricten en
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
2/9
vermelding in de literatuur. Per natuurvriendelijke oever is er informatie weergegeven over de
locatie, de dimensies van de oever en het type oever. Aanhangend aan de informatie is
weergegeven of er monitoringsgegevens van OEPLA (oeverplanten), MAFY (macrofyten),
MAFA (macrofauna), Vis, Chemie en/of Abiotiek beschikbaar is. Wanneer deze beschikbaar is
wordt weergegeven uit welk jaar deze data afkomstig is en wat het ”onderwerp” is van deze
data. Hierbij wordt de bron vermeldt waaruit deze informatie afkomstig is. De bron kan zowel
de ruwe data als een verwijzing naar de ruwe data bevatten. Als het een digitaal bestand
betreft is de directory weergegeven waar dit bestand kan worden gevonden. Bij een hardcopy
document is de titel en dat het om een hardcopy bestand gaat opgenomen.
2.2
Literatuurlijst
In de literatuurlijst zijn alle pdf’s, docs en hardcopy bestanden opgenomen die we tijdens het
data verzamelen hebben binnen gekregen. In de literatuurlijst wordt vermeld waar het bestand
over gaat. Ook wordt er vermeld of het bestand ruwe data bevat of bruikbaar kan zijn voor de
analyse. Als het bestand een referentie naar ruwe data bevat dan wordt deze nog opgezocht.
Tot nu toe is alleen het natuurvriendelijke oevers deel van de literatuurlijst aan de
overzichtslijst gekoppeld.
3 Database
Gertjan Geerling heeft het idee ontwikkeld om de te verkrijgen data op te slaan in een
database. Na enige besprekingen met een database-expert binnen Deltares is er voor gekozen
om een ruimtelijke database op te zetten. Dit zorgt ervaar dat data aan een locatie kan worden
gekoppeld. Hierdoor kan de data gemakkelijker worden bevraagd, waardoor de analyse zonder
veel moeite reproduceerbaar is.
Fig 1. Overzicht van het verkrijgen, opslaan en weergeven van data.
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
3/9
3.1
Vereisten database
Het idee is om twee databases of twee verschillende outputs van één database te ontwerpen.
De eerste database of output moet een overzicht geven van wat er aan data bij ons bekend is.
De tweede database of output moet de daadwerkelijke data bevatten en bruikbaar zijn voor de
analyses.
3.1.1
Beschikbaar
De beschikbaarheids output (of database) geeft een overzicht van de gegevens die bij ons
beschikbaar zijn. Dit geeft per natuurvriendelijke oever inzicht in de datakwantiteit van OEPLA,
MAFY, MAFA, Vis, Chemie en Abiotiek. Dit kan met een soort van stoplichtensysteem waarbij
groen aangeeft dat we ruimschoots voorzien zijn van data; oranje dat we data in ons bezit
hebben, maar hier geen goede analyse over kunnen doen en rood dat we geen data van deze
locatie in ons bezit hebben.
Onder deze laag van kleuren wordt weergegeven welke data we in ons bezit hebben
en waar deze data betrekking op heeft. Het doel van dit overzicht is om de districten te
motiveren om data die nog mist aan te vullen. Het ruimtelijke aspect beoogt hier dat het voor
het District gemakkelijk wordt gemaakt om monitoringsprojecten aan een natuurvriendelijke
oever en/of andere locatie te koppelen.
3.1.2
Analyse
De analyseerbare output (of database) bevat alle gegevens die we tijdens het project hebben
verzameld. Met het behulp van de omtrek van de natuurvriendelijke oevers (polygonen)
worden de gegevens opgevraagd. Deze gegevens willen we continue kunnen analyseren,
zodat we niet hoeven te wachten tot alle data is verzameld. Hiervoor zullen we de analyses
uitvoeren aan de hand van scripts die we op nieuw kunnen uitvoeren.
Fig. 2. Het verkrijgen van data uit de database.
3.2
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
4/9
Maken Database
We hebben al verschillende ontwerpen gemaakt voor de database. Door een vergroting van
ons inzicht in databases en gesprekken met experts komen we geleidelijk tot een ontwerp dat
onze wensen ondersteund. De criteria die gehanteerd worden is het voorkomen van het
inefficiënt opslaan van data, het zoveel mogelijk opslaan van data in de structuur zoals het
wordt aangeleverd, compatibiliteit van de outputstructuur met DONAR en compatibiliteit van de
outputstructuur met de door ons gewenste bevraging.
Fig. 3. Een voorbeeld van één van onze database ontwerpen. Het ontwerp is gemaakt in het
programma MySQL Workbench.
3.3
Open source programmatuur
Het verzamelen van de gegevens in een database, het uitvoeren van de gegevens op een
geografische kaart en het analyseren van de gegevens zal voor een groot deel uitgevoerd
worden met behulp van open source programma’s. Het voordeel van veel open source
programma’s ten opzichte van conventionele programma’s is dat het bestandstype dat ze als
resultaat leveren universeel is. Dit houdt in dat de programma’s onderling aan elkaar te
koppelen zijn. Hierdoor kan een productieketen ontstaan waarbinnen data opslag en analyse
aan elkaar zijn gekoppeld. In het meest idealistische geval houdt dit in dat je met één druk op
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
5/9
de knop je data invoert, informatie inzichtelijk maakt en nieuwe resultaten van je analyses
genereert. De open source programmatuur die we gebruiken zijn hier onder beschreven.
3.3.1
PostgreSQL/PostGIS
PostgreSQL faciliteert het opzetten van een digitale database. Deze is nog niet ruimtelijk
bevraagbaar. Met behulp van het programma PostGIS kan de PostgreSQL database ruimtelijk
worden bevraagd (bijvoorbeeld aan de hand van polygonen). Dit maakt het mogelijk om
ruimtelijke berekeningen uit te voeren.
Link:
http://www.postgresql.org/
http://postgis.refractions.net/
3.3.2
QuantumGIS
QuantumGIS is een geografisch informatie systeem (GIS) net zoals ArcMap van ESRI. Het
voordeel van QuantumGIS is dat er bestanden uit digitale databases (zoals PostgreSQL)
kunnen worden ingeladen. Deze bestanden kan je in QuantumGIS overzichtelijk maken door
de opmaak op het gebruik af te stemmen.
Link:
http://www.qgis.org/
3.3.3
Geoserver
Geoserver is een digitale GIS viewer. Geoserver faciliteert het online beschikbaar en
bekijkbaar maken van polygonen, puntdata en kaarten. Hierbij kan de opmaak die in
QuantumGIS is aangemaakt worden overgenomen in Geoserver.
Link:
http://geoserver.org/
3.3.4
Voorbeeld
Een vergelijkbaar database ontwerp en uitvoer wordt momenteel ook ondernomen in het
project “PMR”. Dit project werkt ook met biotische en abiotische gegevens die in één database
worden ondergebracht. Ook bij dit project wordt gebruik gemaakt van de eerder beschreven
open source software. Een document van dit project is bijgevoegd in de email.
Een ander goed voorbeeld van wat er mogelijk is wordt getoond door een digitale data
viewer die door Deltares ontwikkeld is voor een GIS cursus in Iraq.
Link:
http://pmr-geoserver.deltares.nl/iraq/
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
6/9
4 Acties
Leon heeft bij zijn vertrek een lijst met uit te voeren acties achtergelaten. Deze acties hebben
Gertjan en ik samen opgepakt. Het overgrote deel van deze acties zijn afgehandeld en bij een
aantal van de acties zijn er nieuwe acties uit voortgekomen.
4.1
4.1.1
Ondernomen acties
Actielijst
Aan de hand van de actielijst heb ik onderzocht of de uitgevoerde acties ook terug waren te
vinden in de verzamelde data. Dit heeft mij tevens geholpen om wegwijs te worden binnen de
aangelegde datastructuur en een overzicht te krijgen van de reeds verzamelde data.
4.1.2
Openstaande acties
Op de actielijst stonden nog enkele acties open. Deze hebben Gertjan en ik verdeeld.
Een groot deel van deze acties is afgehandeld en staat het resultaat van beschreven.
Tab. 1. Oude openstaande acties van Leons actielijst.
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
7/9
NVO/VEO’s Maas
Hiervan hebben we een shapefile van de ligging van de natuurvriendelijke- en vrij eroderende
oevers behorend tot de derde tranche doorgekregen. Hierop volgen nog andere shapefiles met
de ligging van andere NVO/VEO’s.
Peilvariatie
Ary van Spijk gaf aan niet beschikken over een GIS kaart met peilvariaties. Ook was hij in
mindere mate bekend met EMOE. Gerben van Geest heeft dit opgelost door zelf een indeling
te maken naar getijdeslag.
Grote natuurprojecten langs Noordzeekanaal en Amsterdam-Rijn kanaal
De informatie rond het Noordzeekanaal heb ik gekregen via Marco van Wieringen.
De aanvraag naar informatie van het Amsterdam-Rijn kanaal loopt nog.
4.1.3
Literatuurlijst
De literatuurlijst is aangevuld met de hardcopy rapporten van RWS. Hierbij zijn de
onderwerpen vermeld waarop de rapporten aansluiten. De rapporten die betrekking hebben op
NVO’s zijn gescand op bruikbaarheid als ruwe data, aanvullende informatie en voor de
analyse. De rapporten met ruwe data, verwijzingen naar ruwe data en/of aanvullende
informatie zijn opgenomen in de lijst met maatregelen. Uit deze lijst zal de database worden
gevuld. De ruwe data waar naar verwezen wordt, wordt nog nagezocht.
4.1.4
Verzamelen data van districten
Om de lijst met maatregelen te valideren en aan te vullen heb ik de contactpersonen van de
verschillende districten aangesproken. Hiervoor heb ik eerst telefonisch contact met de
betreffende persoon opgezocht. Hierna heb ik een mail gestuurd met daarin een overzicht van
de maatregelen die binnen hun district vallen en de tot nu toe verzamelde data. Daarnaast zat
er een bestand bij dat het type data wat we zoeken beschrijft en een KML-file die de (bij ons
bekende) locaties van de natuurvriendelijke oevers weergeeft. Een KML-file kan je bekijken
aan de hand van Google Earth.
Aan de hand van dit verzoek heb ik van Frank Kok (DON) en Marco van Wieringen
(DNH) de bij hun bekende data verkregen. Vanuit de districten is de belofte gemaakt dat de
resterende data voor augustus wordt verzonden.
4.2
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
8/9
Te ondernemen acties
De volgende acties staan nu uit of worden ondernomen.
Tab. 2. Actielijst met wat er uit staat of nog wordt ondernomen.
Datum
Ons kenmerk
Pagina
6 juli 2012
1205958-003-ZWS-0002
9/9