Peptide identificatie strategie op basis van RNA

Faculteit Bio-ingenieurswetenschappen
Cel- en Gen-Biotechnologie
Academiejaar 2014–2015
Peptide identificatie strategie op basis van
RNA-seq and tandem MS data
Wouter Van Loocke
Promotors: Prof. dr. W. Van Crieckinge en dr. ir. G. Menschaert
Scriptie voorgedragen tot het behalen van de graad van
Master in de bio-ingenieurswetenschappen
De auteur en promotor geven de toelating deze scriptie voor consultatie beschikbaar te stellen
en delen ervan te kopiëren voor persoonlijk gebruik. Elk ander gebruik valt onder de beperkingen van het auteursrecht, in het bijzonder met betrekking tot de verplichting uitdrukkelijk
de bron te vermelden bij het aanhalen van resultaten uit deze scriptie.
The author and promoter give the permission to use this thesis for consultation and to copy
parts of it for personal use. Every other use is subject to the copyright laws, more specifically
the source must be extensively specified when using from this thesis.
Gent, Juni 2013
De promotor
De begeleider
Prof. dr. ir. W. Van Crieckinge
dr. ir. G. Menschaert
De auteur
Wouter Van Loocke
Woord vooraf
Dit werk wens ik op te dragen aan mijn ouders, voor hun onvoorwaardelijke en oneindige
steun en vertrouwen waarvan ik al mijn hele leven heb mogen genieten.
Ook wil ik hierbij mijn promotors prof. dr. ir. Wim Van Criekinge en dr. ir. Gerben
Menschaert en mijn begeleider dr. ir. Jeroen Crappé bedanken voor hun begeleiding, begrip
en vertrouwen. Tevens gaat mijn dank uit naar dr. Remond Fijneman, Annemieke Hiemstra,
dr. Thang V. Pham en hun medewerkers van het CCA in Amsterdam.
Wouter Van Loocke
Gent 5 juni 2015
iii
iv
Samenvatting
Combinatie van RNA-seq en massaspectrometrie maakt het mogelijk om staalspecifieke peptide varianten op te sporen. Op basis van een custom RNA-seq gebaseerde proteı̈ne database
en LC-MS/MS data van Caco2 celoppervlak proteı̈nen werden 10 peptiden geı̈dentificeerd
afkomstig van missense mutaties en 3 peptiden afkomstig van onbekende proteı̈ne varianten
van HEG1, PREP en CACNA2D4. Ook werden verschillende peptiden gedetecteerd afkomstig van upstream open reading frames. Op basis van dezelfde RNA-seq data, afkomstig
van Aurora kinase A knockdown en inhibitie experimenten werden bovendien de effecten van
AURKA op transcriptie en splicing in kaart gebracht. Genen gerelateerd aan onder andere mitose, celadhesie, chaperone proteı̈nen en de celmembraan waren significant geperturbeerd na
de behandelingen. Alternatieve splicing events werden voornamelijk gedetecteerd in mRNAs
van ribosomale proteı̈nen.
v
vi
Inhoudsopgave
1 Inleiding
2 Literatuurstudie
2.1 MS gebaseerde proteomics . .
2.2 RNA-seq . . . . . . . . . . . .
2.3 RNA-seq dataverwerking . . .
2.4 Differentiële expressie analyse
2.5 Colorectale kanker . . . . . .
2.6 Aurora kinase A . . . . . . .
1
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
3 Materiaal en methoden
3.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Staalspecifieke proteı̈ne database
3.2.1 Overzicht . . . . . . . . .
3.2.2 Quality control . . . . . .
3.2.3 Alignment . . . . . . . . .
3.2.4 Transcript assembly . . .
3.2.5 SNP calling . . . . . . . .
3.2.6 SNPs to transcripts . . .
3.2.7 Translatie . . . . . . . . .
3.3 Peptide identificatie . . . . . . .
3.4 Differentiële expressie analyse . .
3.5 Differentiële splicing analyse . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
3
3
5
7
9
11
13
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
15
15
16
16
16
17
17
18
18
18
18
19
20
4 Resultaten
4.1 Quality control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 RNAseq data verwerking . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 Peptide identificatie . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4 Differentiële expressie analyse . . . . . . . . . . . . .
4.4.1 Validatie experimentele setup . . . . . . . . .
4.4.2 Non targeting siRNA versus AURKA siRNA
4.4.3 DMSO versus AURKA inhibitor . . . . . . .
4.5 Differentiële splicing analyse . . . . . . . . . . . . . .
4.5.1 Non targeting siRNA versus AURKA siRNA
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
21
21
23
23
28
28
29
32
35
35
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
vii
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
Inhoudsopgave
4.5.2
DMSO versus AURKA inhibitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
5 Discussie
5.1 Staalspecifieke peptiden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2 Differentiële gen expressie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3 Differentiële splicing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
39
40
43
6 Conclusies
45
7 Aanbevelingen
47
A Bijlage
A.1 Perl script
A.2 Significant
A.3 Significant
A.4 Significant
A.5 Significant
die SNPs (VCF file) toevoegd aan transcripten (fasta file)
differentiële genen na AURKA knockdown . . . . . . . .
differentiële genen na AURKA inhibitie . . . . . . . . . .
differentiële exonen na AURKA knockdown . . . . . . . .
differentiële exonen na AURKA inhibitie . . . . . . . . .
Bibliografie
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
49
49
52
56
59
60
61
viii
Hoofdstuk 1
Inleiding
Massaspectrometrie (MS) gebaseerde proteomics wordt beschouwd als de techniek bij uitstek
om proteı̈nen en peptiden te karakteriseren in biologische stalen. Typisch worden hiervoor
publieke proteı̈ne databases gebruikt om de bekomen massaspectra tegen te vergelijken. Alhoewel er met deze methode een goed overzicht kan verkregen worden van de proteı̈nen en
peptiden die aanwezig zijn in een staal is het onmogelijk om peptiden te identificeren die niet
aanwezig zijn in de gebruikte databank.
Om tegemoet te komen aan dit probleem kan RNA-seq data gebruikt worden om een staalspecifiek transcriptoom samen te stellen en vervolgens te vertalen naar de overeenkomstige
proteı̈nen. Op die manier kunnen staalspecifieke peptiden gedetecteerd worden die bijvoorbeeld afkomstig zijn van SNPs of onbekende alternatieve splice varianten. Zulke peptiden zijn
potentieel interessant als biomerkers en kunnen een diagnostische en prognostische waarde
hebben.
In dit werk wordt een workflow voorgesteld om staalspecifieke databanken aan te maken op
basis van RNA-seq data. De workflow wordt vervolgens gevalideerd met RNA-seq data afkomstig van Caco2 cellen en LC-MS/MS data van Caco2 celoppervlak proteı̈nen.
Bovendien zal de RNA-seq data, die afkomstig is van een Aurora kinase A (AURKA) knockdown en inhibitie experiment, gebuikt worden om het effect van AURKA op transcriptie en
splicing te bestuderen. AURKA is een mitose gerelateerde kinase die geamplificeerd is in
verschillende kankertypes en wordt beschouwd als een oncogen. Differentiële expressie en
splicing analyse kunnen nieuwe inzichten geven met betrekking tot de functies van AURKA.
1
Hoofdstuk 1. Inleiding
2
Hoofdstuk 2
Literatuurstudie
2.1
MS gebaseerde proteomics
Massaspectrometrie (MS) is een chemische analysetechniek die gebruikt wordt om de chemische samenstelling van een verbinding te bepalen op basis van massa en lading. De verbinding
in vluchtige fase wordt geı̈oniseerd tot positief geladen moleculen. Naast het kation van de
oorsprokelijke verbinding (Parent ion), worden ook dochter ionen gevormd door het breken
van verbindingen in het parent ion. De positief geladen molecules kunnen dan versneld worden en afgebogen met behulp van electrische of magnetische velden. De afbuiging van een
ion is functie van zijn gewicht, lading en snelheid. Zo kunnen ionen gerangschikt worden
volgens massa/lading (m/z) ratio. De verschillende m/z ratio’s en hun abundanties vormen
een uniek massaspectrum die kenmerkend is voor de geanalyseerde verbinding. (De Meestere
& Du Laing, 2014)
Ionisatie
Massa spectrometer
Massa spectra
Identificatie
Figuur 2.1: MS gebaseerde proteı̈ne identificatie
MS werd ongeveer honderd jaar geleden ontwikkeld door J.J. Thomson en werd verfijnd door
F. Aston. Initieel werd de techniek vooral gebruikt door fysici om atoommassa’s te bepalen en
een eerste belangrijke ontdekking was het bestaan van isotopen. Door continue verbeteringen
in apparatuur, onder andere door A. Nier, werd het ook mogelijk om kleine moleculen te analyseren en werd het toepassingsveld sterk uitgebreid. K. Biemann gebruikte in de jaren vijftig
als eerste MS om de structuur te bepalen van meer complexe moleculen en verbeteringen in
ionisatie technieken in de jaren tachtig (ESI en MALDI) waren de basis voor de studie van
grotere moleculen zoals proteı̈nen en peptiden. (Griffiths, 2008) ESI (elektrospray ionization)
en MALDI (matrix assisted laser desorption ionization) zijn zachte ionisatie methoden die
moleculen ioniseren zonder ze in stukken op te breken. (Kicman et al., 2007; Clark et al.,
3
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
2013)
Naast de verbeteringen in massaspectrometrie apparatuur is de vooruitgang in MS gebaseerde
proteomics van de laatste jaren te danken aan verbeterde staalnametechnieken, nieuwe hoge
resolutie scheidingstechnieken zoals HPLC, verbeterde MS protocols zoals tandem MS, ontwikkelingen in de genetica zoals next generation sequencing, nieuwe bioinformatica tools en de
grotere rekenkracht van computers. (Cunningham et al., 2012; Altelaar et al., 2013) Hierdoor
kunnen een groot aantal stalen snel en relatief goedkoop geanalyseerd worden.
MS gebaseerde proteomics kunnen onderverdeeld worden in bottom-up proteomics of shotgun proteomics waarbij het te bestuderen proteı̈nestaal eerst opgeknipt wordt tot peptiden
die vervolgens geanalyseerd worden, en top-down proteomics waarbij de intacte proteı̈nen
rechtstreeks geanalyseerd worden. Bottom-up proteomics is de meest gebruikte methode van
de twee. (Angel et al., 2012) In een typisch bottum-up experiment wordt de proteı̈nefractie
van een staal gescheiden en getrypsiniseerd. De verkregen peptiden worden dan via een chromatografie stap gescheiden en gekarakteriseerd via tandem MS. Peptiden en overeenkomstige
proteı̈nen worden vervolgens geı̈dentificeerd door de bekomen massaspectra te vergelijken met
theoretische massaspectra van peptiden die werden afgeleid uit in silico trypsinisatie van proteine databanken. (Altelaar et al., 2013; Angel et al., 2012)
Proteı̈ne extract
Trypsinisatie
Peptiden
MS/MS
MS spectra
ProteinDb
Proteı̈nen
Figuur 2.2: MS gebaseerde proteı̈ne identificatie
Nagaraj en medewerkers identificeerden zo bijvoorbeeld 166420 unieke peptiden in Hela cellen, in overeenstemming met 10255 proteı̈nen en 9207 genen.(Nagaraj et al., 2011)
Veel gebruikte software voor het identificeren van peptiden en proteı̈nen op basis van MS data
4
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
zijn Sequest (Eng et al., 1994), Mascot (Pappin et al., 1999), X!Tandem (Craig & Beavis, 2004)
en OMSSA (Geer & Markey, 2004). De compomics groep van L. Martens ontwikkelde recent searchGUI (Vaudel et al., 2011), een handige user interface die toelaat om verschillende
search engines te combineren. Peptideshaker (Vaudel et al., 2015) van dezelfde groep kan dan
gebruikt worden om de peptide to spectrum match lijsten van de verschillende search engines
te combineren in 1 overzichtelijke en eenvoudig interpreteerbare output.
Proteı̈ne en peptide identificatie is afhankelijk van bestaande databases. Één van de meest
gebruikte databases is Uniprot (The Uniprot Consortium, 2014) die bestaat uit experimenteel
gevalideerde proteı̈nen (UniprotKB/Swiss-Prot, 500K sequenties) en een niet gevalideerd deel
(UniprotKB/TrEMBL, 80M sequenties). Proteı̈ne fasta files voor verschillende organismen
zijn beschikbaar via de Uniprot website. Voor de mens is er een niet-redundante kanonieke
database die voor elke proteı̈ne één sequentie bevat en een reduntante database die voor elke
isoform één sequentie bevat. Publieke databases zijn echter gebaseerd op referentie sequenties,
terwijl de aminozuur sequentie van proteı̈nen in een staal kunnen afwijken van deze referentie.
Bovendien bevatten databases alle gekende proteı̈nen terwijl slechts een fractie ervan aanwezig is in het staal. Dit kan leiden tot een kleinere fractie unieke peptiden voor proteı̈nen die
homologie vertonen met niet geëxpresseerde proteı̈nen. Bovendien beı̈nvloedt de grootte van
de database het aantal significante peptiden na controleren voor multiple testing.
Om detectie van staalspecifieke peptiden mogelijk te maken werd onlangs voorgesteld om
RNA-seq data te gebruiken om staal specifieke proteı̈ne databases aan te maken, die rekening
houden met SNPS, indels en staalspecifieke isoformen . Wang et al. publiceerden een proteı̈ne
identificatie methode die gebaseerd is op dit concept (Wang et al., 2011). De voorgestelde methode gebruikt een FPKM cutoff om zo enkel proteı̈ne sequenties te includeren in de database
waarvoor er duidelijk bewijs is dat het mRNA aanwezig is. Daarnaast worden ook nucleotide
varianten geı̈ncludeerd om een staalspecifiek transcriptoom en proteoom te bekomen. Recent
publiceerde dezelfde groep ook een R-package (customProDB) om staal specifieke databases
aan te maken op basis van RNA-seq data (Wang & Zhang, 2013).
Alhoewel combinatie van RNA-seq en proteomics een interessante aanpak is die het mogelijk
maakt om staalspecifieke proteı̈ne varianten op te pikken, concludeerden Ning en Nesvizhskii
dat de aanpak eerder gelimiteerd is. Dit komt onder andere door de lage abundantie van
staalspecifieke isoformen.(Ning & Nesvizhskii, 2010)
2.2
RNA-seq
Genomisch onderzoek en nucleotide sequentie bepaling kende in 1977 een eerste grote doorbraak door de publicatie van DNA sequencing with chain-terminating inhibitors.(Sanger &
5
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
Nicklen, 1977; França et al., 2002).Deze methode, algemeen bekend als Sanger sequencing, was
een verbetering van de plus minus methode die door dezelfde groep werd ontwikkeld (Sanger
& Coulson, 1975), en is tot op vandaag het ijkpunt voor nieuwe sequencing technologieën.
Bij deze techniek wordt het te sequencen template DNA geı̈ncubeerd in 4 afzonderlijke reactie experimenten. In elke reactie eenheid worden DNA polymerase,primers en nucleotiden
(ATP,CTP, GTP en TTP) toegevoegd. Deze elementen zorgen ervoor dat de toegevoegde
template gerepliceerd kan worden. Bovendien wordt in elke reactie een 2,3 dideoxynucleotide
(ddATP,ddCTP,ddGTP of ddTTP) toegevoegd. Wanneer een ddNTP ingebouwd wordt kan
de keten niet verder geëlongeerd worden aangezien de ddNTPs geen 3’ hydroxyl groep bevatten. Het resultaat van elke reactie zijn DNA fragmenten van verschillende lengte die telkens
eindigen met de ddNTP die werd toegevoegd. De producten van de 4 veschillende reacties
worden vervolgens gescheiden op een verschillende laan door middel van gel electroforese en
zo kan bepaald worden welke base er op welke positie werd ingebouwd. (Sanger & Nicklen,
1977; França et al., 2002; Karger & Guttman, 2009)
Optimalisatie en automatisatie van dit proces heeft ervoor gezorgd dat Sanger sequencing al
meer dan twintig jaar de gevestigde waarde is voor sequentiebepaling in medische en biologische wetenschappen. In 2004 werd op basis van deze methode het eerste high grade menselijke
genoom geassembleerd.(Zimmermann et al., 1988; Metzker, 2010; Hattori, 2005)
Ondanks het succes van Sanger sequencing werden in de laatse jaren nieuwe technologieën
op de markt gebracht die sneller en goedkoper zijn. Deze next generation sequencing (NGS)
technologieën zijn allemaal gebaseerd op het massief parallel sequeneren van relatief korte
reads. Een overzicht van beschikbare sequencing platformen en hun kenmerken is weergegeven in tabel 2.1. Alhoewel de reads korter zijn dan wat kan bekomen worden met Sanger
sequencing, wordt dit nadeel teniet gedaan door de combinatie van het groot aantal reads
dat gegenereerd wordt en de ontwikkeling van computationele methodes die de reads al dan
niet op basis van een referentiegenoom assembleren tot grotere eenheden. (Liu et al., 2012;
Metzker, 2010)
In een typisch NGS experiment wordt een DNA library (of cDNA in het geval van RNA sequencing) opgebroken in kleine fragmenten van enkele honderden basen. Aan deze fragmenten
worden vervolgens adaptors geligeerd met universele primer sites. De fragmenten worden dan
afzonderlijk geamplificeerd (bijvoorbeeld door emulsie PCR of bridge amplification).De gevormde clusters die elk bestaan uit identieke templates worden op een vast substraat bevestigd
om te worden gesequenced. Fluorescent gemodificeerde nucleotiden, complementair aan de
template base worden door DNA polymerase ingebouwd. Op basis van detectie van het fluorescent signaal wordt bepaald welke base werd geı̈ncorporeerd. (Metzker, 2010; Grada &
6
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
Tabel 2.1: Karakteristieken van sequencing platformen (Liu et al., 2012)
Platform
Principe
454 GS FLX
Pyrosequencing
Read lengte
Aantal reads
Output/run
Kost/M
basen
Tijd/run
Library prep
automation
700bp
1M
0.7 Gb
$10
HiSeq2000
Sequencing by
synthesis
50-101bp, SE,PE
3G
600 Gb
$0.07
SOLiDv4
Ligation and
2-base coding
50+35 of 50+50bp
1300M
120 Gb
$0.13
Sanger 3730xl
Dideoxy chain
terminating
400-900bp
1.9-84 KB
$2400
24h
ja
3-10d
ja
7-14d
ja
20m-3h
nee
Weinbrecht, 2013)
In een RNA-seq project worden typisch 20 tot meer dan 100 miljoen reads van 35 tot 700
reads gegenereerd. De reads worden dan gealigneerd met het referentiegenoom en op deze
manier kan een coverage bereikt worden van 100 tot 1000 reads per base zodat de exacte
sequentie van de meeste transcripten kan bepaald worden.(Martin, 2011; Liu et al., 2012)
2.3
RNA-seq dataverwerking
mRNA extract
Sequencing
Reads
Alignment
Aligned reads
Assembly
Transcripts
Figuur 2.3: RNA-sequencing
7
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
De gebruikte technologie om de sequentie van de reads te bepalen verschilt tussen platformen
maar de output kan steeds worden omgezet naar een fastq file die voor elke read een unieke
identifier bevat, vergezeld van de voorspelde sequentie en een kwaliteitsscore voor elke base
in die sequentie. (Cock et al., 2010)
Verschillende tools werden ontwikkeld om op een snelle en efficiente manier de kwaliteit van
fastq files te controleren. Eén van de meest gebruikte softwares hiervoor is FastQC van Babraham Lab (Andrews, 2010). FastQC berekent verschillende kwaliteitsmetrics zoals gemiddelde
sequentiescore, gemiddelde per base score, duplicatieniveaus en base verdeling. Bovendien
kan FastQC ook adaptercontaminatie detecteren.Een handige visuele voorstelling van deze
metrics wordt gegenereerd in een HTML file zodat de kwaliteit van de fastq file eenvoudig en
snel kan gecontroleerd worden.
Op basis van de QC kan indien nodig overgegaan worden tot het verwijderen van reads of
maskeren van basen met lage kwaliteitscores. Hiervoor bestaan verschillende softwares zoals
trim galore (Krueger, 2012), een wrapper script rond cutadapt (Martin, 2011) en FastQC,
en FastX-Toolkit (Hannon, 2009). Dit is niet steeds noodzakelijk aangezien alignment tools
rekening houden met de kwaliteiscores tijdens het mappen, maar het kan wel de snelheid en
geheugenconsumptie van verdere processing verbeteren (Bolger et al., 2014). Adaptercontaminatie kan voor problemen zorgen bij het mappen aangezien de adaptersequenties goede
kwaliteitscores kunnen vertonen. Hierdoor kan het aantal gemapte reads verminderen aangezien deze sequenties niet correct gemapt kunnen worden. Adapters kunnen uit de read geknipt
worden of de read kan volledig verwijderd worden. Hiervoor is het nodig om de adapter sequentie kennen. Deze informatie kan verkregen worden bij de sequencing faciliteit. Adapter
informatie is momenteel ook geı̈ncorporeerd in FastQC. In het geval van adaptercontaminatie
zal de overeenkomstige adaptersequentie vermeld worden als overrepresented sequence in de
FastQC output. De adaptersequenties kunnen dan verwijderd worden met tools zoals trimmomatic (Bolger et al., 2014) of skewer (Jiang et al., 2014).
Na QC en eventuele preprocessing worden de reads in de fastq files gemapt op een referentiegenoom. Aangezien reads afkomstig zijn van RNA transcripten moet hiervoor een splice
site bewuste aligner gebruikt worden zoals TopHat (Trapnell et al., 2009) of STAR (Dobin
et al., 2013). Indien een referentietranscriptoom beschikbaar is kan deze worden meegegeven
aan de aligner in de vorm van een GTF file. De reads worden dan eerst gemapt op dit referentietranscriptoom. Reads die niet kunnen gemapt worden op dit transcriptoom, worden
vervolgens gemapt op het referentiegenoom. Reads die niet rechtstreeks mappen op het referentiegenoom worden hiervoor gesegmenteerd. De segmenten worden afzonderlijk gemapt en
uit de mapping posities van de individuele segmenten kunnen nieuwe splice sites, alternatieve
transcripten en fusiegenen gedetecteerd worden.
8
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
Aligners gebruiken verschillende algoritmen om de alignment uit te voeren, maar de standaard
output van een alignment tool is een SAM (Sequence Alignment/Map) file of zijn gecomprimeerde binaire tegenganger, een BAM file. Dit filetype bevat voor elke read uitgebreide
mapping informatie in een gestandaardiseerd formaat en kan relatief eenvoudig geraadpleegd
en bewerkt worden in de command line of door middel van dedicated software zoals SAMtools. (Li et al., 2009)
Op basis van gemapte reads kan een staalspecifiek transcriptoom samengesteld worden met
transcript assembly software. Tijdens dit proces worden op basis van de informatie in de
SAM file de meest waarschijnlijke transcripten samengesteld. Bovendien kan op basis van het
aantal reads dat mapt op een transcript een schatting gemaakt worden van expressieniveaus.
Een populaire tool voor transcriptoom assembly en quantificatie is Cufflinks(Trapnell et al.,
2010). Indien geen referentiegenoom beschikbaar is kan men ook op basis van de fastq files
de novo transcript assembly uitvoeren met software zoals Scripture (Guttman et al., 2010) en
Trinity (Grabherr et al., 2011) die specifiek hiervoor werden ontwikkeld.
Naast transcriptoom profiling kan RNA-seq data ook gebruikt worden om varianten zoals
SNPs en indels te detecteren. Op basis van gemapte reads in de SAM files kunnen frequenties
berekend worden voor elke gecoverde base positie. Uit deze frequenties kunnen dan zowel
mono- als bi-allelische varianten afgeleid worden. Hiervoor kan gebruik gemaakt worden van
variant calling software zoals de mpileup functie van SAMtools of GATK (DePristo et al.,
2011) . De standaard output is een VCF file die voor elke gecoverde basepositie de referentie
base weergeeft samen met de base die werd afgeleid uit de alignment output en additionele
informatie met betrekking tot de variant. (Danecek et al., 2011).
2.4
Differentiële expressie analyse
Een routine analyse na RNA-sequencing is het vergelijken van de bekomen expressieprofielen.
Typisch worden dan verschillende condities vergeleken. Zo kunnen bijvoorbeeld tumorstalen
worden vergeleken met gezonde stalen om verschillen te identificeren die kenmerkend zijn voor
de tumoren. Ook worden vaak controlestalen vergeleken met behandelde stalen om het effect
van de behandeling te identificeren.
Meerdere biologische replicates per conditie zorgen ervoor dat er rekening gehouden wordt
met biologische variantie. Alhoewel dit niet per se nodig is voor het uitvoeren van een differentiële expressie analyse zorgt het echter wel voor een verhoogde detectie power (Anders &
Huber, 2010; Liu et al., 2014) en wordt het aanbevolen in de ENCODE RNA-seq guidelines
9
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
(ENCODE, 2011). Daarnaast is het ook belangrijk dat genexpressie in alle stalen op dezelfde
manier wordt gequantificeerd. Indien mogelijk moeten alle confounders zoals sequencing technologie, batch effecten en extractielabo geı̈dentificeerd worden en in rekening gebracht worden
om valse positieven te vermijden.(Anders et al., 2013)
Om een differentiële expressieanalyse uit te voeren moet genexpressie eerst gequantificeerd
worden. Na alignment op het referentiegenoom kan het aantal reads dat in een gen valt te
gebruikt als expressiewaarde. Het verdelen van de reads over alle genen kan gebeuren met
tools zoals HTseq-count (Anders et al., 2014) of Sailfish (Patro et al., 2014) die de reads
toekennen aan genen in een transcriptoom die gedefinieerd worden in een GTF file. Dit kan
een GTF file zijn op basis van het referentiegenoom of een custom GTF file op basis van
geassembleerde transcripten. Gebruik van een custom GTF file maakt het mogelijk om genen
te quantificeren die niet aanwezig zijn in het referentiegenoom.In het geval van Sailfish is het
niet nodig om alignment uit te voeren. Dit versnelt de quantificatieprocedure aanzienlijk en
is computationeel dus veel minder intensief.
Na quantificatie van genexpressie kan de differentiële expressie analyse uitgevoerd worden.
Voor een overzicht van beschikbare tools wordt verwezen naar de artikels van Rapaport, Seyednasrollah en Soneson waarin verschillende softwares worden vergeleken (Rapaport et al.,
2013; Seyednasrollah et al., 2013; Soneson & Delorenzi, 2013). Er bestaan enkele niet parametrische methodes, waaronder NOIseq (Tarazona & Garcı́a-Alcalde, 2011) en SAMseq (Li &
Tibshirani, 2013), maar de meest gebruikte methodes zoals DESeq (Anders & Huber, 2010),
EdgeR (Robinson et al., 2010) en Cuffdiff (Trapnel et al., 2013) zijn parametrisch van aard.
Alhoewel er veel verschillende parametrische methodes beschikbaar zijn hebben ze allemaal
een gelijkaardige basis: Counts worden genormaliseerd, parameters voor het vooropgestelde
statistisch model worden geschat en er wordt getest voor differentiële expressie(Rapaport
et al., 2013). Om counts te normalizeren tussen stalen wordt over het algemeen de effectieve
sequencing depth in rekening gebracht. Initieel werd de Poisson distributie gebruikt als model
voor count data maar experimentele data toonde echter dat de dispersie in count data groter
is dan deze die wordt gemodelleerd in een Poisson distributie (overdispersie). Als statistisch
model voor count data wordt daarom tegenwoordig algemeen gebruik gemaakt van de negatieve binomiaal distributie met 2 parameters die bepaald worden op basis van gemiddelde en
variantie (Anders & Huber, 2010; Yu et al., 2013). Testen voor differentiële expressie gebeurt
door een teststatistiek te vergelijken met een teststatistiek die verwacht wordt op basis van
de vooropgestelde nulhypothese. Op basis van deze vergelijking wordt een p-waarde bepaalt
die de significantie van het verschil karaktertiseert. De p-waarde is de kans dat de observatie
afkomstig is uit de vooropgestelde nuldistributie. De nulhypothese wordt verworpen als de
p-waarde kleiner is dat een vooropgestelde threshold waarde. Een algemeen aanvaarde thres10
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
hold voor de p-waarde is 0.05.
Aangezien er simultaan een groot aantal genen getest wordt kan de p-waarde echter niet
rechtstreeks geı̈nterpreteerd worden en moet deze gecorrigeerd worden. Hoe meer genen er
namelijk getest worden hoe groter de kans wordt dat een gen toevallig en incorrect als significant differentieel wordt geclassificeerd (type I error). De p-waarde moet dus aangepast
worden om te controleren voor deze false discovery rate. Een veel gebruikte methode hiervoor
is de Benjamini-Hochberg procedure (Benjamini & Hochberg, 1995). Om het aantal significante genen te maximaliseren kan men ook het aantal genen die getest wordt verkleinen.
Deze strategie wordt bijvoorbeeld gebruikt in DESeq (Anders & Huber, 2010).
Differentiële splicing analyse is analoog aan differentiële genexpressie met dat verschil dat
in plaats van genen isoformen vergeleken worden. Hiervoor kan gebruik gemaakt wordt van
splice specifieke informatie informatie zoals coverage van isoform specifieke splice sites en
exonen in de alignment data. Veel gebruikte tools hiervoor zijn MISO (Katz et al., 2010),
DEXSEQ (Anders et al., 2012) en cuffdiff (Trapnel et al., 2013).
2.5
Colorectale kanker
Colorectale kanker (CRK) is wereldwijd een van de meest fatale kankers (WHO, 2015). De
ontwikkeling van CRK wordt gekenmerkt door duidelijk afgelijnde fasen, met typische morfologische en moleculaire kenmerken, die het multi-stap ontwikkelingsmodel van kankers benadrukken (Vogelstein & Kinzler, 2004; Hanahan & Weinberg, 2011; Frank, 2007).
Een eerste stap is de accumulatie van cellen die evolueren tot dysplastische poliepen of adenomen in krypten van het dikke darmepitheel. Genetische kenmerken van deze eerste fase
zijn inactiverende mutaties in APC en/of activerende mutaties in het beta-catenin gen met
activatie van de WNT pathway tot gevolg. De progressie van deze vroege en kleine adenomen
naar intermediaire adenomen gaat vaak gepaard met activerende mutaties in RAS genen (KRAS maar ook N-RAS en H-RAS) die groei en overleving promoten. Grote adenomen in de
laatse fase vertonen vertonen vaak chromosomale aberraties zoals deleties op het 18q chromosoom. Verlies van genen op dit chromosoom, zoals DCC en SMAD4 veroorzaakt disregulatie
van groeiregulerende pathways zoals de TGF-beta pathway. De key event voor de overgang
van adenoom naar carcinoom is inactivatie van p53, een essentiële celcyclus regulator, door
deletie of inactiverende mutaties. p53 stopt de celcyclus bij DNA schade zodat het DNA
kan hersteld worden alvorens verder te gaan en induceert apoptose indien de schade niet kan
worden hersteld. In een laatste stap gaat het carcinoom in metastase.(Vogelstein & Kinzler,
2004; Frank, 2007; Lao & Grady, 2011; George & Kopetz, 2011)
De progressie van normaal darmepitheel tot carcinoom kan worden veroorzaakt door verschil11
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
lende achterliggende mechanimsen. De drie meest voorkomende en best gekarakteriseerde
mechanismen zijn chromosomale instabiliteit, microsatelliet instabiliteit en CpG eiland methylator fenotype. Chromosomale instabiliteit komt het meest voor en wordt gekenmerkt door
aneuploidy, verlies van heterozygositeit en amplificaties die leiden tot verlies van cruciale genen zoals APC, DCC en TP53. Microsatelliet instabiliteit wordt veroorzaakt door inactivatie
van mismatch repair genen en leidt tot inserties en deleties in repeat regio’s en CpG hypermethylatie is verantwoordelijk voor inactivatie van tumor suppressor genen.(Frank, 2007; Kang,
2011)
Hoewel de grote lijnen van colorectale kankerprogressie gekend zijn is het niet eenvoudig om
de causale aberraties en hun gevolgen te identificeren. Zo is het duidelijk dat mutaties een belangrijke factor zijn. Er zijn echter honderden mutaties in een kankergenoom en de uitdaging
ligt in het identificeren van die mutaties die pathogene gevolgen hebben.(Lao & Grady, 2011)
Dezelfde redenering geldt voor andere genomische alteraties zoals amplificaties en deleties.
Bovendien is de genetische achtergrond van de kanker vaak gecorreleerd met de prognose en
dus belangrijk bij het bepalen van de te volgen therapie.Zo wordt amplificatie van de chr20q
arm bijvoorbeeld in verband gebracht met een grotere kans tot metastase en een kortere
overlevingstijd en overexpressie van genen in deze regio kan dus potentieel oncogene gevolgen
hebben (Carter et al., 2005). In een studie waarbij array CGH en mRNA expressie data
van verschillende adenoom en adenocarcinoom stadia werd vergeleken, konden verschillende
genen geı̈dentificeerd worden uit deze regio die significant hogere expressie vertoonden in carcinomen ten opzichte van adenomen (Carvalho et al., 2009).
Functionele studies op genen in deze regio toonden vervolgens aan dat enkele 20q genen de cel
overleving en verankeringsonafhankelijke groei beı̈nvloeden. Bovendien werd aangetoond dat
downregulatie van TPX2 en AURKA invasie inhibitie tot gevolg had.(Sillars-Hardebol et al.,
2012) Ook werden functionele studies uitgevoerd op BCL2L1, een gen die zowel codeert voor
een pro-apoptotische als een anti-apoptotische variant en waarvan de proteı̈ne expressie geassocieerd is met 20q gain. BCL2L1 zou een functionele rol spelen in colorectale kanker maar
er werd geen oorzakelijk verband aangetoond tussen BCL2L1 en adenoom naar carcinoom
progressie.(Sillars-Hardebol, 2012)
Naast het belang voor het ontwikkelen van gerichte therapieen is onderzoek naar de progressie
van CRK ook cruciaal voor het ontwikkelen van diagnostische tests die de kanker vroegtijdig
kunnen opsporen, en het correcte stadium kunnen identificeren.
12
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
2.6
Aurora kinase A
Aurora kinase A (AURKA) is gelegen op chromosoom 20q in een regio die vaak geamplificeerd
is in verschillende kankers. Overexpressie van AURKA wordt naast colorectale ook vaak gedetecteerd in onder meer borst-, blaas-, pancreas-, maag- en eierstokkanker (Yang et al., 2011).
AURKA is een celcyclus afhankelijke serine/threonine kinase van 403 aminozuren lang en behoort tot de Aurora kinase familie die bij de mens bestaat uit AURKA, AURKB en AURKC.
De familie wordt gekarakteriseerd door een sterk geconserveerd C-terminaal katalytisch domein en een divergente N-terminus. De verschillen in aminozuur sequentie tussen de verschillende aurora kinasen zorgen voor verschillen in substraat specificiteit en verschillen in
lokalisatie. AURKA en AURKB hebben orthologen in onder andere Xenopus, D. melanogaster en C. elegans.(Fu et al., 2007; Kollareddy & Dzubak, 2008)
Aurora kinasen worden geactiveerd en gedegradeerd op specifieke momenten tijdens de celcyclus. Zowel AURKA mRNA als AURKA proteı̈ne concentratie zijn laag tijdens G1 en S fase
en hoog tijdens G2 en M fase. Verschillende post translationele modificaties zorgen voor regulatie op proteı̈ne niveau. Fosforylatie van Thr-288 induceert kinase activiteit en is het hoogst
tijdens mitose. Autofosforylatie van dit residu gebeurt na binding met TPX2 maar Thr-288
kan ook gefosforyleerd worden door andere kinasen waaronder PAK en PKA. Defosforylatie
van Thr-288 door PP1 inhibeert kinase activiteit en fosforylatie van Ser-342 door PAK verlaagt kinase activiteit. Defosforylatie van Ser-51 door PPP2CA initieert AURKA degradatie
aan het einde van de mitose. Ubiquitinatie door het APC zorgt voor proteasoom degradatie.
Fosforylatie van Ser-41 werd ook reeds beschreven.(The Uniprot Consortium, 2014)
AURKA is zeer belangrijk voor de mitose en is onder andere betrokken bij de inzet van de
mitose, de vorming van de mitotische spoelfiguur, centrosoom duplicatie, separatie en rijping,
alignering van metafase chromosomen en cytokinese. Tijdens de mitose bevindt AURKA
zich tijdens de profase vooral ter hoogte van de centrosomen, tijdens de metafase ter hoogte
van de centrosomen en de polen van de spoelfiguur en ter hoogte van de spoelfiguur microtubuli tijdens de telofase. In de interfase wordt AURKA vooral teruggevonden ter hoogte
van de centrosomen, maar ook in het cytoplasma en de nucleus. (Kollareddy & Dzubak, 2008)
Afwezigheid van AURKA veroorzaakt gelijkaardige abberanties in verschillende organismen.
In C. elegans leidt AURKA knockdown tot onvolledige maturatie en instorten van de centrosomen waardoor de mitotische spoelfiguur niet kan gevormd worden (Hannak et al., 2001).
In X. laevis kan de bipolaire mitotische spoelfiguur niet gevormd worden en ontstaan onder
andere monopolaire en multipolaire spoelfiguren (Roghi et al., 1998). In Drosophila is er een
onvolledige rijping en scheiding van de centrosomen en vorming van monopolaire spoelfiguren
13
Hoofdstuk 2. Literatuurstudie
(Glover et al., 1995). AURKA depletie door middel van RNAi en inhibitie door antibody microinjectie in HeLa cellen veroorzaakt onvolledige scheiding van centriool paren, niet correct
aligneren van metafase chromosomen en onvolledige cytokinese (Marumoto et al., 2003).
Naast een belangrijke rol tijdens de mitose werden recent ook verschillende niet mitotische
functies geı̈dentificeerd. AURKA is tijdens de interfase betrokken bij microtubuli dynamica,
celmigratie en celpolariteit tijdens neuriet extensie. AURKA werd ook gelinkt aan deassemblage van cilia en regulatie van intracellulaire calcium signalisatie.(Nikonova et al., 2013)
14
Hoofdstuk 3
Materiaal en methoden
3.1
Data
De hier gebruikte RNA-seq data is afkomstig van een AURKA Knockdown experiment in
Caco2 cellen, uitgevoerd in het Cancer Center Amsterdam (CCA). Per staal werden ongeveer
20M 100nt paired end reads gegenereerd met Illumina HiSeq2000. Sequencing werd uitgevoerd door het Nationaal Kanker instituut (NKI) van Nederland. In totaal werden 10 stalen
gesequenct die overeenkomen met 5 condities (2 replicates per conditie). Een overzicht van
de stalen en hun kenmerken wordt gegeven in tabel 1.
Tabel 3.1: Overzicht van gesequencte stalen en condities
Sample id
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Sample naam
ACH-9 Caco2 A1
ACH-9 Caco2 A2
ACH-9 Caco2 B1
ACH-9 Caco2 B2
ACH-9 Caco2 C1
ACH-9 Caco2 C2
ACH-9 Caco2 D1
ACH-9 Caco2 D2
ACH-9 Caco2 E1
ACH-9 Caco2 E2
Conditie
Untreated 1
Untreated 2
DMSO 1
DMSO 2
siNon-Targeting 1
siNon-Targeting 2
siAURKA 1
siAURKA 2
MLN8237 1
MLN8237 2
Raw read pairs
20.630.114
21.931.016
20.664.573
19.850.087
17.999.917
19.368.071
21.361.450
21.019.966
26.847.352
20.975.210
Om de peptide identificatie pipeline op basis van RNA-seq data te valideren werden MS/MS
spectra gebruikt (Thermo raw files) afkomstig van de getrypsiniseerde celoppervlak proteı̈ne
fractie van Caco2. Deze data werd gegenereerd door de proteomics groep van het CCA door
middel van LC-MS/MS.
15
Hoofdstuk 3. Materiaal en methoden
3.2
3.2.1
Staalspecifieke proteı̈ne database
Overzicht
Het proces om een staalspecifieke proteı̈ne database aan te maken op basis van RNA-seq data
kan onderverdeeld worden in verschillende stappen zoals geı̈llustreerd in figuur 3.
Reads (FASTQ)
Alignment
SNP calling
Aligned Reads (BAM)
Transcript assembly
Transcripts
(GTF,FASTA)
SNPs (VCF)
Staal specifieke
transcripten (FASTA)
Translate
Staal specifieke proteı̈nen (FASTA)
Figuur 3.1: overzicht
In het kort worden sequencing reads gealigneerd met het referentiegenoom. Op basis van de
gealigneerde reads worden vervolgens SNPs geı̈dentificeerd en wordt een staalspecifiek transcriptoom geassembleerd. Vertaling van dit transcriptoom naar de overeenkomstige proteı̈nen
levert een staalspecifieke proteı̈ne database op die kan gebruikt worden om MS/MS spectra
tegen te matchen.
De pipeline of workflow bestaat uit een wrapper script die de verschillende deelprocessen met
elkaar verbindt. De deelprocessen bestaan uit verschillende publieke softwares en aangevuld
met custom perl scripts. In dit hoofdstuk worden de verschillende subprocessen toegelicht en
wordt een overzicht gegeven van de testdata.
3.2.2
Quality control
Alvorens reads te alignen werd eerst de kwaliteit van de fastq files nagegaan met behulp van
fastQC (Babraham lab). Indien sterk afwijkende kwaliteitswaarden voorkomen in de fastQC
16
Hoofdstuk 3. Materiaal en methoden
samenvatting kunnen deze reads eruit gefilterd worden alvorens verder te gaan. Indien de
fractie lage kwaliteit reads te groot is moet het sequencen herhaald worden.
3.2.3
Alignment
Paired-end reads werden gemapt op het referentiegenoom GRCh37 met Tophat v2.0.4. Ensembl GTF werd gebruikt als transcriptoom guide. de referentie fasta, bowtie indexen en
GTF file van iGenomes (Illumina) werden hiervoor gebruikt.
$ t o p h a t −p 8 −G g e n e s . g t f −o t o p h a t o u t genome f o r w a r d r e a d s . f q
reverse reads . fq ;
De accepted_hits.bam file die wordt weggeschreven naar de tophat_out directory dient vervolgens als input voor transcript assembly en variant calling.
3.2.4
Transcript assembly
Cufflinks werd gebruikt om transcripten te assembleren op basis van de alignment output.
$ c u f f l i n k s −p 8 −G g e n e s . g t f −u −o c u f f l i n k s o u t genome t o p h a t o u t /
a c c e p t e d h i t s . bam
Cufflinks genereert een GTF file (transcripts.gtf) met exon coordinaten en FPKM waarden
voor gedetecteerde transcripten. Transcripten met een FPKM waarde gelijk aan nul werden
eruit gefilterd. In principe kan de FPKM waarde ook als filter gebruikt worden maar hier
werden alle gedetecteerde transcripten weerhouden. Om een andere FPKM threshold te
hanteren kan in onderstaand commando de 0 vervangen worden door de gewenste waarde.
$ p e r l −ne ’ p r i n t
i f / (FPKM) ” ( . ∗ ? ) ” / and $2 > 0 ’ c u f f l i n k s o u t /
transcripts . gtf > cufflinks out / expressed transcripts . gtf
Op basis van de GTF file met gedetecteerde transcripten werd vervolgens een multifasta file
aangemaakt met gffread. Deze tools is geı̈ncorporeerd in de Cufflinks software.
$ g f f r e a d −w −W t r a n s c r i p t s . f a −g / path / t o /genome . f a c u f f l i n k s o u t /
expressed transcipts . gtf
De bekomen fasta file bevat voor elk transcript in de GTF file de overeenkomstige sequentie.
Optie -x in plaats van -w genereert voor elk transcript de overeenkomstige CDS. Optie -W
includeert de exon coordinaten voor elk transcript in de fasta header. De exon coordinaten
in de header zullen later gebruikt worden om eventuele SNPs op hun correcte positie in te
voegen.
>t r a n s c r i p t 1
l o c 1 :23404953 −23406953 1 −250 ,251 −400 ,401 −900
AGCTGTTAAGCCTTCAGCTGTTAAGCCTTCAGCTGTTAAGCCTTCAGCTGT
TTCAGCTGTTAAGCCTTCAGCTGTTAAGCCTTCAGCTGTTATTCAGCTGTT
TTCAGCTGTTAAGCCTTCAGCTGTTTCAGCTGTTATTCAGCTGTTGCTATC
17
Hoofdstuk 3. Materiaal en methoden
3.2.5
SNP calling
SNP calling werd uitgevoerd met samtools mpileup.
$ s a m t o o l s mpileup −u g f r e f . f a t o p h a t o u t ” $ i ” / a c c e p t e d h i t s . bam |
b c f t o o l s view −bvcg − > var . raw . b c f
b c f t o o l s view var . raw . b c f | v c f u t i l s . p l v a r F i l t e r −D 100 > var . f l t . v c f
De output VCF file bevat voor elke potentiele variant ten opzichte van het referentiegenoom
onder andere de chromosomale positie,de referentie en alternatieve base, kwaliteitscore en
allel frequentie. Deze informatie kan gebruikt worden om te beslissen of een SNPs al dan niet
geı̈ncorporeerd wordt in de transcript fasa file.
3.2.6
SNPs to transcripts
SNPs werden op de gepaste posities ingevoegd in de transcripten aanwezig in de multifasta
file. Hiervoor werd een custom perl script gebruikt. Per chromosoom werd voor elke variant
in de vcf file gekeken of deze in een van de transcripten valt. Waar en variant aanwezig was
werd de referentiebase vervangen door de overeenkomstige variant op die positie.
3.2.7
Translatie
Transdecoder werd gebruikt om coderende regio’s in de bekomen transcript fasta file te vertalen naar de overeenkomstige proteı̈ne sequentie. Het resultaat is een staalspecifieke proteı̈ne
fasta file die kan gebruikt worden as database om peptiden te identificeren in MS/MS spectra.
3.3
Peptide identificatie
De ruwe MS/MS spectrum data in thermo RAW formaat werd omgezet naar peak lists in het
meer algemene mgf formaat door middel van MSFileReader. Om de spectra in de mgf files te
matchen aan peptiden afgeleid van de staalspecifieke proteı̈ne database uit hoofstuk 2.2 werd
SearchGUI-1.26.4 gebruikt met X!Tandem en OMSSA als zoekmachines. Carbamidomethyl
c werd toegevoegd als vaste modificatie, en S fosforylatie, T fosforylatie, Y fosforylatie en M
oxidatie als variabele modificaties. Als enzymbehandeling werd trypsine meegegeven. Voor
alle andere parameters werden de default waarden gebruikt. De output van SearchGUI zijn
peptide to spectrum matches (PSMs) op basis van X!Tandem en OMSSA. Vervolgens werd
PeptideShaker-0.36.6 gebruikt om op basis van de bekomen PSMs peptiden en proteı̈nen te
identificeren.
Om peptiden te vinden afkomstig van SNPs werden peptiden op basis van de staalspecifieke
proteı̈ne database vergeleken met peptiden op basis van de staalspecifieke database zonder
toevoegen van de SNPs. Om peptiden te identificeren die afkomstig zijn van alternatieve
18
Hoofdstuk 3. Materiaal en methoden
splice vormen werden peptiden geı̈ndentificeerd met de custom database zonder SNPs vergeleken met peptiden die werden geı̈dentificeerd met de kanonieke Uniprot database.
Om te bevestigen dat de peptiden uniek voor de custom SNP database inderdaad afkomstig
zijn van SNPs werden de bekomen peptiden gescant tegen de kanonieke Uniprot database.
Om te bevestigen dat peptiden afkomstig zijn van staalspecieke isoformen en niet van gekende
isoformen werden peptiden uniek voor de custom database zonder SNPs vergeleken met de
Uniprot isoform database. Voor het scannen van de verschillende databases voor de unieke
peptiden werd een custom perl script gebruikt.
3.4
Differentiële expressie analyse
Om de effecten van AURKA knockdown en inhibitie op genexpressie te identificeren werd voor
elk van de behandelingen een differentiële expressie analyse uitgevoerd met DESeq2, een count
based differentiële expressie tool. Op basis van de BAM files gegenereerd met Tophat2 werd
een countfile gemaakt met HTSeq count om genexpressie te quantificeren. Hiervoor werden
de reads in de bam file eerst gesorteerd volgens naam met het SAMtools sort commando.
$ for i in { 1 . . 1 0 }
do
s a m t o o l s s o r t −n a c c e p t e d h i t s . bam n a m e s o r t e d
h t s e q −c o u n t n a m e s o r t e d . bam −s no −f bam −g e n s e m b l . g t f
> counts ” $i ” . txt
done
\\
De bekomen countfiles werden samengevoegd tot een count matrix in R. Deze matrix werd
dan gebruikt als input voor DESeq2. Om het effect van AURKA mRNA knockdown te na te
gaan werden AURKA knockdown stalen vergeleken met de non targeting siRNA stalen en om
het effect van AURKA inhibitie te bepalen werd AURKA MN41347 behandeling vergeleken
met AURKA DMSO behandeling.
Om de experimentele setup te valideren en de relatie tussen de stalen te onderzoeken werd
eerst een clusteringsanalyse uitgevoerd op basis van euclidische afstanden tussen stalen. Hiervoor werd ook een PCA analyse uitgevoerd op basis van log2 getransformeerde count waarden.
DESeq2 werd vervolgens gebruikt zoals in het vignette wordt aangegeven. Om rekening te
houden met batch effecten door biologische variantie tussen verschillende celkweken werd een
multifactorieel design gebruikt en werd volgende designformule meegegeven aan DESeq2:
> design = ˜ s i b l i n g s + condition
Siblings in een factor variabele die aanduidt tot welk experiment de stalen behoren.
19
Hoofdstuk 3. Materiaal en methoden
Genen met adjusted p waarde kleiner dan 0.05 werden als significant aanzien. Om de functionele gevolgen van deze behandelingen te onderzoeken werd een functionele clusteringsanalyse
uitgevoerd met DAVID (Huang et al., 2009) op basis van de lijst met significant differentieel
gereguleerde genen. Cytoscape (Shannon et al., 2003) werd gebruikt voor het plotten van
netwerken. Alle andere plots werden gemaakt in R (R Core Team, 2013).
3.5
Differentiële splicing analyse
DEXSeq werd gebruikt om een differentiële exon analyse uit te voeren. Differentieel exon
usage gebruikt al proxy voor differentiële splicing. De analyse werd uitgevoerd zoals het
wordt aanbevolen in het vignette. Eerst werd een exon gebaseerde GTF file gemaakt op basis
van de ensembl referentie met het dexseq_prepare_annotation.py script die geı̈ncludeerd
is in de DEXSeq package. Vervolgens werd deze GTF file gebruikt om exon expressie te
quantificeren met dexseq_count.py.
$ for i in { 1 . . 1 0 }
do
python d e x s e q p r e p a r e a n n o t a t i o n . py ensembl . g t f e x o n b a s e d . g t f
python d e x s e q c o u n t . py −f bam −p y e s −r name −s no namesorted . bam \\
exon counts . txt
done
Ook hier werd rekening gehouden met batcheffecten door een factor variabele toe te voegen
aan de design formule die aanduidt tot welk experiment elk staal behoort:
d e s i g n = ˜ sample + exon + s i b l i n g s : exon + c o n d i t i o n : exon
Om het effect na te gaan van AURKA knockdown op splicing werd een differentiële exon
analyse uitgevoerd tussen Caco2 stalen met een non-targeting siRNA (controle) en AURKA
targeting siRNA (treatment) met 2 replicates. Dezelfde analyse werd ook uitgevoerd tussen
Caco2 cellen behandeld met DMSO (controle) en Caco2 cellen behandeld met MN41347.
Tenslotte dient vermeld te worden dat de opmaak van dit thesisdocument gebeurde in Latex
op basis van de template aanwezig in het werk van G. Lequeux (Lequeux, 2005).
20
Hoofdstuk 4
Resultaten
4.1
Quality control
Kwaliteitscontrole van de fastq files en genereren van samenvattende plots werd uitgevoerd
met Fastqc. Figuur 4.1 t.e.m. 4.3 geven een overzicht van de verschillende kwaliteitsmetrics
voor de forward reads van staal 1. De fastqc output van de andere stalen is gelijkaardig. Er
werden geen noemenswaardige afwijkingen opgemerkt.
(a) Per base positie
(b) Per sequentie
Figuur 4.1: Kwaliteitscores over alle basen en over alle sequenties
De per base kwaliteit ligt voor de meeste posities boven de kwaliteitscore cutoff van 28. De
per base kwaliteit daalt naar het einde van de reads toe maar het gemiddelde van de laatste
base ligt nog steeds boven de 28. Ook de gemiddelde phred score per read ligt voor de meeste
reads boven de 28. De verdeling van reads op basis van kwaliteisscores bereikt een maximum
op 37.
Figuur 4.2 vertoont afwijkende basefrequenties in het begin van de reads. Ook de CG content
21
Hoofdstuk 4. Resultaten
(a) base frequentie per base
(b) GC frequentie
Figuur 4.2: Base inhoud per base positie
in de eerste 10 basen vertoont gelijkaardige afwijkingen. Er werden geen overgerepresenteerde
sequenties gedetecteerd maar er is wel een afwijkende Kmer content in het begin van de reads
overeenkomstig met de afwijkende basefrequentie en GC content uit de vorige figuur. Dit
komt overeen met een gekende bias die wordt veroorzaakt door de random hexamer priming
stap in het RNA sequencing protocol en is aanwezig in practische alle RNA-seq data (Hansen
et al., 2010) . De GC content per read komt goed overeen met de theoretisch verwachte
verdeling.
(a) Kmer aanrijking
(b) GC distributie
Figuur 4.3: Kmer aanrijking en GC verdeling per base
22
Hoofdstuk 4. Resultaten
4.2
RNAseq data verwerking
Een samenvatting van alignment statistics wordt gegeven in tabel 4.1. Gemiddeld werden
per staal ongeveer 17M read pairs correct gemapt met een minimum van 14.4M read pairs
voor staal 5 en een maximum van 21.9M read pairs voor staal 9. Het gemiddelde mapping
percentage voor correct gepaarde reads ligt rond de 80.5%.
Tabel 4.1: Overzicht alignment statistics
Sample id
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Sample naam
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
ACH-9 Caco2
A1
A2
B1
B2
C1
C2
D1
D2
E1
E2
Raw reads
Mapped
%
Properly paired
%
41.260.228
43.862.032
41.329.146
39.700.174
35.999834
38.736142
42.722.900
42.039.932
53.694704
41.950.420
37.305.304
39.545.175
37.345.226
35.736.651
32.489.824
35.022.946
38.527.722
37.934.940
48.522.634
37.843.268
90,4
90,2
90,4
90,0
90,2
90,4
90,2
90,2
90,4
90,2
33.228.202
35.477.346
33.188.818
31.788.190
28.867.240
31.191.322
34.520.684
34.014.378
43.756.440
33.900.692
80,5
80,9
80,3
80,1
80,2
80,5
80,8
80,9
81,5
80,8
De alignment data van staal 2 werd gebruikt om SNPs te detecteren en om een staalspecifiek
transcriptoom samen te stellen. Variant calling met SAMtools mpileup resulteerde in 103528
SNPs. Transcript assembly met Cufflinks resulteerde in een staalspecifiek transcriptoom met
29960 transcripten die vervolgens vertaald werd met Transdecoder tot 36974 proteı̈ne sequenties. Het verschil in aantal proteı̈ne sequenties en mRNA sequenties wordt veroorzaakt door
transcripten die meer dan één ORF bevatten.
4.3
Peptide identificatie
Op basis van de LC-MS/MS data afkomstig van celoppervlak proteı̈nen van Caco2 werden
10369, 10032 en 8492 peptiden geı̈dentificeerd afhankelijk van de gebruikte database (respectievelijk Uniprot, custom RNAseq zonder SNPs en custom RNAseq met SNPs). Het grootste
aantal peptiden werd gedetecteerd met de Uniprot database. Dit is voornamelijk te wijten
aan de grootte van de databases. De Uniprot database bevat namelijk 20202 sequenties terwijl
de custom databases er 36974 bevatten. Dit resulteert in strengere multiple testing correctie
voor de grotere custom databases zodat minder peptiden als significant beschouwd worden.
Overlap tussen geı̈dentificeerde peptiden op basis van de verschillende databases is weergegeven in figuur 4.4.
23
Hoofdstuk 4. Resultaten
Figuur 4.4: Venn diagram die de overlap illustreert tussen peptiden die werden gedetecteerd op basis
van verschillende databases
Alhoewel in het venn diagram te zien is dat 79 peptiden uniek zijn voor de custom SNP
database betekent dit niet dat deze allemaal afkomstig zijn van vertaalde missense SNPs.
Er kunnen namelijk peptiden bij zitten die wel in de Uniprot database aanwezig zijn maar
niet als significant werden beschouwd. Na het scannen van de andere databases voor deze
peptiden werden uiteindelijk 10 unieke peptiden weerhouden die afkomstig zijn van SNPs die
missense mutaties veroorzaken. Nader onderzoek van deze SNPs toonde aan dat het gekende
natuurlijke varianten betreft (tabel 4.2).
Tabel 4.2: Overzicht van gedecteerde peptiden met varianten
Gen
ITGAV
LY75
ICAM1
TTMP
CDCP1
SLC4A1AP
CAP1
ITLN2
GSPT1
EPPK1
oldAA
newAA
Positie
Info
V
D
K
G
D
P
S
R
Q
R
I
E
E
S
G
T
A
H
K
Q
783
807
469
144
709
139
256
103
68
4538
natural variant
natural variant
natural variant
natural variant
natural variant
natural variant
natural variant
natural variant
natural variant
Plectin60 repeat
Peptide
GVSSPDHIFLPIPNWEHK
TPDWYNPER
EVTVNVLSPR
LTDVYSTSPSLSR
GPAVGIYNGNINTEMPR
SLQEEQSRPTTAVSSPGGPAR
SALFAQINQGESITHALK
SGGGGWTLVASVHENDMHGK
CPAAPPPPAGGAANNHGAGSGAGGR
GFFDPNTHENLTYVQLLQR
Voor het identificeren van peptiden die afkomstig zijn van staalspecifieke isoformen werd op
dezelfde manier tewerk gegaan. 49 unieke peptiden werden zo gemapt op isoformen die niet
aanwezig zijn in de canonieke uniprot proteı̈ne database (tabel 4.3). 23 hiervan komen van
gekende isoformen die wel aanwezig zijn in de Uniprot of Ensembl isoform database. Voor 26
peptiden werd echter geen annotatie teruggevonden. Deze laatste peptiden zijn afkomstig van
vertaalde pseudogenen, vertaalde ORFs in UTR regio’s, niet geannoteerde splice varianten
en ORFs op de opposite strand.
24
Hoofdstuk 4. Resultaten
Tabel 4.3: Overzicht van genen met niet geannoteerde peptiden
Gekende isoform
PNKD, PVRL2, SCARB1, P4HA1, KRAS, RTN4, SLC35A4, GLS, TPM3, PLEC, NRCAM, BSG, CD46,
AGRN, CAPZB, GSPT1, EPPK1, PLEC, EEF1D, CTNND1, SLC25A3, RBM17, MB
ORF in UTR
CTSH, KLF13, KLHDC4, MAPK3, MMP17, NBPF12, NEDD4L, NKAIN1, SYNPO, ZNF202 ,ZNF264,
ZNF746, ZNRF1
Pseudogen
AL513477.1, CTAGE10P, RPL5P5, KRT8L1, KRT8P29, KRT18P34, EEF1A1P13, EEF1A1P19, KRT8P3
Niet geannoteerde splice varianten
CACNA2D4, HEG1, PREP
ORF opposite strand
APMAP
Om de identiteit van de 26 onbekende peptiden te verifiëren werd een proteı̈ne blast uitgevoerd. Indien humane proteı̈nen aanwezig zijn in de blast resultaten werden deze gerapporteerd. Indien niet werd de beste match gerapporteerd.
ORF in UTR
CTSH
Query
1
KLF13
Query
1
LPPLLHAR 8
LPPLLHAR
Sbjct
418 LPPLLHAR 425
c o n j u g a l t r a n s f e r p r o t e i n TrbE [ Sphingomonas s p . Ant H11 ]
Sbjct
59
hydrolase
MPALAERST−−APSDLRG 16
MPALAER T AP DLRG
MPALAERFTVIAP−DLRG 75
[ S t r e p t o m y c e s sp . NRRL WC−3744]
KLHDC4
Query
3
AAGSVALAAGAR 14
AAGS ALAAGAR
Sbjct
9
AAGSAALAAGAR 20
ATM i n t e r a c t o r i s o f o r m 1 [ Homo s a p i e n s ]
MAPK3
Query
8
MMP17
Query
1
EGLGLPEAGG 17
+GLGLPEAGG
Sbjct
131 DGLGLPEAGG 140
homeobox p r o t e i n Hox−B2 [ Homo s a p i e n s ]
QQCGW−−−GWWR 9
QQ GW
GWWR
Sbjct
47 QQSGWSWTGWWR 58
hCG2040055 , i s o f o r m CRA b , p a r t i a l
[ Homo s a p i e n s ]
NBPF12
Query
1
RMIRDNLLM 9
RM+RDNLLM
Sbjct
211 RMVRDNLLM 219
g l y c o s y l t r a n s f e r a s e [ Advenella
kashmirensis ]
25
Hoofdstuk 4. Resultaten
NEDD4L
Query
1
RPAAYPAG−RAQ 11
RPAAYPAG RAQ
Sbjct
192 RPAAYPAGHRAQ 203
h y p o t h e t i c a l p r o t e i n Daes 2679
[ Desulfovibrio
a e s p o e e n s i s Aspo −2]
NKAIN1
Query
2
SGLSISSVKEAW−PWVR 17
SGLSIS
+AW WVR
Sbjct
26
SGLSIS−−−DAWMHWVR 39
a n t i −IL −15 i m m u n o g l o b u l i n heavy c h a i n
SYNPO
Query
variable
r e g i o n 1 [ Homo s a p i e n s ]
1
QELEPQEGGPP 11
Q LEPQEGGPP
Sbjct
127 QALEPQEGGPP 137
ATPase [ Bosea s p . UNC402CLCol ]
ZNF202
Query
6
EMLLSSSMN−−IKSR
18
EMLLS SM
IKSR
Sbjct
94
EMLLSGSMKFQIKSR 108
h y p o t h e t i c a l p r o t e i n MTR 2g026595 [ Medicago t r u n c a t u l a ]
ZNF264
Query
1
Sbjct
large
MTYLDLK 7
MTYLDLK
70 MTYLDLK 76
conductance mechanosensitive
channel
p r o t e i n MscL [ Novosphingobium l i n d a n i c l a s t i c u m ]
ZNF746
Query
2
PGGRACVVP 10
PGGRAC+VP
Sbjct
196 PGGRACIVP 204
t y p e 11 m e t h y l t r a n s f e r a s e [ Myxococcus f u l v u s ]
ZNRF1
Query
EAAVASRR−ALAS−−−AAAGPASR 20
EAAVA RR ALA
AAAG ASR
Sbjct
420 EAAVAARRKALAAQRPAAAGDASR 443
a l c o h o l d e h y d r o g e n a s e [ C u p r i a v i d u s s p . UYPR2 . 5 1 2 ]
1
Slechts enkele peptiden die afkomstig zijn van untranslated open reading frames (uORF) in
de 5’UTR van mRNAs tonen partiële overlap met humane proteı̈nen. Bovendien zijn er vaak
geen humane proteı̈nen terug te vinden in de blast resultaten.
Pseudogenen
AL513477 . 1
Query
2
PQ−−PHLSELDPR 12
PQ PHLSELDPR
Sbjct
97
PQRLPHLSELDPR 109
s p e r m i d i n e / p u t r e s c i n e ABC t r a n s p o r t e r
CTAGE10P
Query
1
LYVGREKELAVALSGLIEEK
LYVGREKELA+ALSGLIEEK
Sbjct
70 LYVGREKELAIALSGLIEEK
hCG1792475 [ Homo s a p i e n s ]
s u b s t r a t e −b i n d i n g
20
89
EEF1A1P13
Query
1
VETGILKPGMVVTFAPVNVTTEVK 24
VETG+LKPGMVVTFAPVNVTTEVK
Sbjct
34 VETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVK 57
e l o n g a t i o n f a c t o r 1 a l p h a , p a r t i a l [ Homo s a p i e n s ]
EEF1A1P19
Query
1
THINIVVIGHVNSGK 15
THINIVVIGHV+SGK
Sbjct
6
THINIVVIGHVDSGK 20
EEF1A1 p r o t e i n [ Homo s a p i e n s ]
26
protein
[ Pseudomonas o r y z i h a b i t a n s ]
Hoofdstuk 4. Resultaten
KRT8L1
Query
1
YEELQTLAGK 10
YEELQ LAGK
Sbjct
82 YEELQSLAGK 91
KRT8 p r o t e i n [ Homo s a p i e n s ]
KRT8P29
Query
1
LEAELGNMEGLLEDFK
LEAELGNM+GL EDFK
Sbjct
11 LEAELGNMQGLVEDFK
k e r a t i n 8 [ Homo s a p i e n s ]
KRT18P34
Query
1
16
26
LLEDGKDFNLGDALDSSNSMQTIQK
LLEDG DFNLGDALDSSNSMQTIQK
Sbjct
325 LLEDGEDFNLGDALDSSNSMQTIQK
KRT18 p r o t e i n , p a r t i a l [ Homo s a p i e n s ]
25
349
KRT8P3
Query
1
LVSESSDILPK
11
LVSESSD+LPK
Sbjct
269 LVSESSDVLPK 279
KRT8 p r o t e i n [ Homo s a p i e n s ]
RPL5P5
Query
1
AGLKNYAAAYCTGLLLAR 18
AGL NYAAAYCTGLLLAR
Sbjct
18 AGLTNYAAAYCTGLLLAR 35
60 S r i b o s o m a l p r o t e i n L5 [ Tupaia c h i n e n s i s ]
In het geval van peptiden afkomstig van pseudogenen is er bijna altijd een match met het
overeenkomstige gen en verschilt de sequentie vaak enkel in een homoloog aminozuur.
Niet geannoteerde splice varianten
CACNA2D4
Query
1
DVLSPPAAHKH 11
DVLS PAA+KH
Sbjct
565 DVLSTPAAQKH 575
h y p o t h e t i c a l p r o t e i n PDE 08113 [ P e n i c i l l i u m
HEG1
Query
1
PREP
Query
1
o x a l i c u m 114 −2]
SLAASSALGVAGISYGQVR 19
SLAASSALGVAGISYGQVR
Sbjct
621 SLAASSALGVAGISYGQVR 639
PREDICTED : p r o t e i n HEG homolog 1 i s o f o r m X1 [ Homo s a p i e n s ]
LTINGGSNGGLLV−−−−−−−−−−−−−−−−−VGVMDMLK 21
LTINGGSNGGLLV
VGVMDMLK
Sbjct
3
LTINGGSNGGLLVAACANQRPDLFGCAIAQVGVMDMLK 40
p r o l y l e n d o p e p t i d a s e , 3 prime , p a r t i a l [ Z o n o t r i c h i a a l b i c o l l i s ]
Voor 2 van de peptiden afkomstig van niet geannoteerde splice varianten (CACNA2D4 en
PREP) is er geen sequentie overeenkomst met humane proteı̈nen en is de beste match van
lage kwaliteit en afkomstig van een bacteriële proteı̈ne. De derde peptide afkomstig van een
niet geannoteerde HEG1 splice variant toont 100 % overeenkomst met een computationeel
voorspelde HEG1 proteı̈ne variant.
Opposite strand
APMAP
Query
1
YGLRSNK 7
YGLRSNK
Sbjct
459 YGLRSNK 465
PREDICTED : a r a c h i d o n a t e 5− l i p o x y g e n a s e −l i k e
[ L a t i m e r i a chalumnae ]
27
Hoofdstuk 4. Resultaten
De peptide afkomstige van de opposite strand van APMAP vertoont geen homologie met een
humane proteı̈ne. De beste match is een voorspelde bacteriële proteı̈ne.
4.4
Differentiële expressie analyse
Om het effect van AURKA op transcriptie na te gaan werd een differentiële expressie analyse
uitgevoerd op in Caco2 cellen voor en na AURKA siRNA behandeling. dezelfde analyse
werd tevens uitgevoerd op Caco2 cellen voor en na behandeling met een AURKA inhibitor
(MLN8237).
4.4.1
Validatie experimentele setup
In dit experiment werden telkens 2 biologische replicates gesequenct van 5 verschillende condities: controle, DMSO, MLN8237, non targeting siRNA en AURKA targeting siRNA. DMSO
behandeling dient als controle voor de stalen die behandeld werden met de AURKA inhibitor en non targeting siRNA dient als controle voor de AURKA siRNA behandeling. Om de
relatie tussen stalen in kaart te brengen werd een principal component analyse uitgevoerd
tussen de stalen en werden stalen hiërarchisch geclusterd op basis van euclidische afstanden.
Op basis van de experimentele setup wordt verwacht dat, op basis van biologische variantie,
stalen binnen eenzelfde replicategroep en gelijkaardige behandeling meer op elkaar lijken dan
op hun overeenkomstige replicate. Dit wordt geı̈llustreerd in figuur 4.5.
Color Key
and Histogram
0
4
Count
8
1 : AURKA_inhib
1 : DMSO
1 : control
1 : si_AURKA
1 : si_nonTar
2 : AURKA_inhib
2 : DMSO
2 : control
2 : si_AURKA
2 : si_nonTar
30
50
Value
DMSO : 2
●
●
control : 2
DMSO : 1
5
control : 1
●●
AURKA_inhib : 2
●
●
AURKA_inhib : 1
nonTar_si : 2
0
●
PC2
AURKA_si : 2
nonTar_si : 1
●
−5
DMSO : 2
DMSO : 1
control : 2
control : 1
AURKA_inhib : 2
nonTar_si : 2
AURKA_inhib : 1
nonTar_si : 1
AURKA_si : 2
AURKA_si : 1
AURKA_si : 1
0 10
●
●
−10
−5
0
5
PC1
(a) Clustering
(b) PCA
Figuur 4.5: Relatie tussen stalen in AURKA data
28
10
Hoofdstuk 4. Resultaten
Voor alle experimentele condities is een duidelijk verschil te zien tussen de 2 replicates, veroorzaakt door biologische variantie, behalve voor de AURKA inhibitor stalen. Voor deze 2
stalen lijkt biologische variantie zeer klein wat doet vermoeden dat deze behandeling 2 maal
werd uitgevoerd op cellen afkomstig van dezelfde celkweek. Verder clustert elk staal steeds
samen met een staal afkomstig van hetzelde experiment en gelijkaardige behandeling: Controlestalen clusteren samen met DMSO stalen en AURKA siRNA stalen clusteren samen met
non-targeting siRNA stalen.
4.4.2
Non targeting siRNA versus AURKA siRNA
In totaal werden 24918 genen gedetecteerd met minstens 1 uniek gemapte read in minstens
1 van de 4 stalen. Na onafhankelijk filteren werd differentiële genexpressie uitgevoerd tussen
non targeting siRNA en AURKA siRNA op 8236 genen. Dit resulteerde in 274 differentiële
genen (FDR < 0.05) waarvan 153 opgereguleerde en 121 downgereguleerde genen.
De relatie tussen log2 fold change, gemiddeld expressieniveau en FDR is weergegeven in figuur 4.6. De knockdown van AURKA is zeer duidelijk. De veranderingen op genniveau zijn
relatief klein. Slechts 5 genen hebben een absolute log2 Fold change waarde groter dan 1. De
gemiddelde absolute log2 fold change van significant differentiële genen is 0.44.
Om na te gaan welke cellulaire functies het meest werden geperturbeerd na AURKA knockdown werd een functionele clusteringsanalyse uitgevoerd met DAVID. Figuur 4.7 geeft een
overzicht van de meest aangerijkte functionele clusters in differentiële genen.
In lijn met de verwachting gebaseerd op de literatuur zijn opgereguleerde genen het sterkst
aangerijkt met genen gerelateerd aan de celcyclus, mitose ,de spoelfiguur microtubuli, het
cytoskelet, centrosomen en kinase activiteit. Andere verwachte geperturbeerde functie op
basis van opgereguleerde genen zijn celadhesie, celdeling, apoptose, colorectale kanker, Wnt
signaling, neuron differentiatie en splicing.
Downgereguleerde genen zijn het sterkst aangerijkt met genen gerelateerd aan het cytoskelet,
actine, calmoduline binding, fibronectine en cel adhesie. Hier zijn slechts 2 clusters significant aangerijkt (ES > 1.3) terwijl er bij opgereguleerde genen 13 clusters significant aangerijkt
zijn. Functionele clusters die niet significant aangerijkt zijn kunnen echter nog steeds invloed
ondergaan van de behandeling. Kinase activiteit, mitose, celcyclus en apoptose komen ook
voor in de functionele clusters op basis van downgereguleerde genen.
Figuur 4.8 geeft een overzicht van de genen in sterk aangerijkte functionele clusters en hun
relatie.
29
Hoofdstuk 4. Resultaten
SP5
ARL4C
log2FoldChange
1
WDFY1
ARHGAP19
ASCL2
GEMIN5
DYRK2
GYLTL1B TMEM189
AXIN2
TMEM97
SH3D19
MSX2 CDKN3
MBNL1
NOTCH1
MTSS1
LAMC1
OTUD6B
NTN4RIN2 RAP1B PRTG
HSPB1 ZNF703
PPAP2A
TBC1D4
ARRDC4
CYB5B
KCNJ8
TRAPPC6A
TNFRSF19
OLR1HINT3
BMP4
PODXL
CBX6PVRL3
PLK1
LRP4 ZNRF3
SLC12A2
FCGRT
CKS1B
HSDL2
MACC1
SLC2A14
RAC1
SFXN1
PSKH1
SLC16A1
PLXND1
C2orf54
CASP7
ITGA7
ARFIP1
CTNNB1
STK17B
ADAM19
CDK2
LMNB1
B3GNT1
PSRC1
MTMR6
ZNF268
FRMD6
ERVMER34−1
AQP11
MLXIPL
TMPRSS2
ABCB1
SERINC5
C20orf72
UBE2E3
SYPL1
ROR1
PMVK
REEP4
KIAA0040
NOS2
TCF7
P2RY2
RACGAP1
FABP5
RGS3
IGF2
GALNT3
RPIA
CCM2
HIPK3CDK6
MOCS1
CENPA
ASB13
NXN
QKI
DCHS1
FAM58A
KIF18B
FBXL12
CHD7
WEE1
NAV2
HMMR
MBNL3
ABCA2
PIGW
MANF
ECE2
LAMP2
BORA
SPSB1
OTUD4
USP36
COPS7A
FAM3B
MYLIP
GTSE1
CCND1PTP4A1
TAGLN
RFX7
KIF20A
EPHB2
ARHGEF26
DEPDC1B
LEPREL4
FAM63B
PAFAH2
PITX1
NDC80
SERPINF2
CKAP2L
SRFBP1
GLB1L2
TMEM237
FGFR2
TMEM201
COL12A1
RBKS
PGBD5
PKDCC
JARID2
SGOL2
B3GAT3
TSC22D1
PTK7ENDOD1
ATP9A LRP2
SOAT1
SKA3
PRR11
PVRL1
PRMT3
LRP3
HSPA4L
RAP2B
TNKS2
CDK2AP2
AGFG2
ALDH3A1
MTO1
PRDM5
SCAMP4
SPOPL
USH1C
NFE2L3
CDCA4
CCDC86
HMGB2
NAA40
TTPAL
ATAD3B
TYSND1
GPC1
ZFHX3
HAGH
LRRC20
MYL9
WTIP
ZFAND3
SSNA1
R3HCC1
TNFAIP3
SKA1
DUSP9
ITPRIPL2
TGIF1
GPT2
RNF141
AMOTL2
QTRT1
BCL6
TPX2
RAI14
ZFP36L1
MVK
SGCE
ASB8
GDF15
LRRFIP2
PKIB
LSM4
FAM115A
THEM6
CDC20
SLK
HJURP
ZBED1
MID1IP1
RHOG
CDCA7
RRBP1
TMEM209
FAM98A
PPP2R1B
SAPCD2
HS6ST1
WDR67
ACAD10
RND3
PEX10
MEX3D
GPN2
GABPB1
RNF40
FKBP5
CCDC142
MSMO1
SNRK
RSAD1
PXDC1
TROAP
POC1A
BTG2
SOGA1
GPHN
KLHL35
MVD
STS
TGOLN2
INSIG1
ENC1
SWAP70
SLC50A1
SLC7A2
CNTNAP2
DUSP23
PRSS35
DCLRE1A
TSN
NCAPD2
FBXO6
FTSJ1
MOB1A
PHF16
HN1L
NAA30
PAPSS1
C6orf228
CYB561
STMN3
UHRF1BP1
C11orf82
FITM2
TICRR
CISD3
SLC25A37
FUNDC2
PHF10
ATP1B1
DGCR6L
G0S2
TMEM39A
RRM2B
HMOX1
E2F7
LRIG3
YES1
PTRF
VSNL1
CADM1
TNFRSF1B
JMJD8
FYCO1
GOLT1B
TMEM192
TGFBI
SCAMP2
TM7SF2
NAF1
DOCK9
SLC2A4RG
KIF11
GCN1L1
TIMM22
MRPL24
SERPINA10
PDCD7
MYL5
SLC46A1
RAVER1
SCO1
AMD1
SSBP4
FAM120A
MLK4
RPP25L
ICOSLG
SOWAHA
ELOVL5
SLCO4A1
NR6A1
MBD6
FAM102A
KREMEN1
CCNB1
TMEM25
DKC1
SRXN1
IMPA2
FBXO30
CD81
POLR3D
COQ5
ACSS1
SLC30A1
DCBLD2
ABHD15
KIAA1704
RAC3
DNMT3B
MPZL3
ABCC9
RHOBTB2
DVL1
FRMD4B
NDUFA7
KCNE3
SNRPB2
CDV3
GAB2
TFAP4
ECT2
KITLG
RPS27L
TACC3
TXLNA
PRPS2
ISG20L2
FAM213A
CRIM1
PGLS
BTBD2
TSSC4
FGG
PLB1
ZNF7
LAMP1
FAM46A
C1orf174
C20orf27
CRELD2
GSKIP
MED28
MDC1
SLC9A8
C7orf49
TEAD1
RBBP8NL
ERF
PHYHIPL
PHLPP2
MRPS18B
CDIP1
PTPRS
GLRX5
FGA
WRB
KIAA1147
SLC2A8
CYSTM1
INTS5
ARHGAP39
EVI5
WDR77
AMFR
NEK4
CMTM6
SVIL
NFYB
DLGAP5
ANKRD52
RFT1
BEND3
FOXM1
SLC6A6
ERI2
SEMA3C
C1orf198
MBD3
KIF23
SLCO2B1
PPP3CB
TMEM180
KIF18A
CREBBP
DEPDC1
YAP1
ETF1
SLC39A6
EPB41L4B
BLCAP
FERMT2
MAFG
SP6
KIFC1
UBE2S
MAN1B1
SPECC1L
MLF1IP
TIMM10
NMT2
GPR128
ARHGEF39
POM121C
FOXRED1
ZBTB4
EREG
MAD2L1
BOLA3
M6PR
DPY19L1
ZNF33B
PLXNC1
ISOC2
HSDL1
FAM190B
MPHOSPH6
MYO9A
DUSP3
IFNAR1
ZNF76
YWHAZ
PPP6R3
MPI
ZMIZ2
KCNK5
INTS9
RNF26
EARS2
REXO1
SSH1
TAP2
CBX4
POLR2J
BOK
MANEAL
RASL11A
MDK
CDK8
GSTCD
CTD−2228K2.5
C15orf23
CENPV
KCTD2
CDCA2
RHOB
PYCRL
FARP1
QPCTL
STK40
CES1
RHBDD3
PDIA5
PIGK
NSMCE1
CABLES2
NME6
RCCD1
PER3
DNMBP
GALNS
REEP3
ZFPM1
CDR2
SORD
UNC93A
NIPAL1
DGKE
FOXQ1
SH3BP5L
SLC2A3 ACTG1
NUDCD2
THOC6
MORC3
MAPKAPK3
TBCCD1
RXRA
NDRG3
SLC25A43
CD276
SORBS2
RBM42
CC2D1B
TXNIP
ZNF358
CRY2
LRP11
PRKCSH
RNPEP
SESN2
NINJ1
CLK3
HMGCS1
ESPL1
C11orf58
ACSL4
TMEM55B
DCAF16
ZC3H4
SCARA3
POLE3
FSCN1
FLNA
CKAP4
C1orf131
GNPTAB
STK11
NUP210
PAFAH1B2
DRAM1
XXYLT1
IRF2
MPC1
MAPKAP1
TGFBR2
PRC1
CMTM7
ZNF574
SAMD4B
BRE
CCNJ
TLE2
SYBU
PKN1
SLC43A1
TBC1D5
CENPM
RYK
HMBS
MLEC
DRG2
TPP1
RMND1
FARSB
RANGAP1
LY6E
SOGA2
CXorf40B
TNRC18
RBM15
SSSCA1
RNF219
PFN2
GEMIN4
IDH2
TEF
BZW1
SIVA1
TAF3
SRM
MFSD9
PAAF1
DPEP1
BNIP3L
GLTPD1
NADK
PDLIM1
CREG2
PIF1
PRKACA
ORC6
MAPK9
FUOM
PTTG1
PAM16
CYLD
SERPINH1
SORBS1
PPP1R13L
LZIC
YIF1A
MORN3
POM121
NHS
FOXP1
PCSK9
TWISTNB
SLC20A2
TNFRSF12A
TTC31
GDF11
ASF1B
WNK1
D2HGDH
CDT1
XRCC3
ZCCHC9
FREM2
MED20
SMTN
MKI67
NAP1L1
SHPK
PRR5
CLIP2
NAA50
SQLE
RUFY1
NFAT5
KBTBD7
GLS2
NEB
SGPL1
MGAT3
RRAGC
IFI30
WDR34
WDR85
TBCD
FPGS
RFC5
FAAH
MAML1
UNG
MYADM
MRPL4
UBE2C
CEP55
DSN1
PTPN21
MAPRE1
MED9
SLMO2
MORF4L2
GATA6
LTV1
AURKB
GLT25D1
CHID1
LSS
MBIP
FGD3
EPG5
MMAB
TST
MRGBP
METTL2B
ALDH1A1
CTU2
GAS6
RAB12
DYNLL1
PLBD1
F11R
NT5DC3
COPZ1
CASP2
AGFG1
NARG2
SNAP47
UPB1
SPDL1
DBNDD1
PKMYT1
WDR4
PHF19
EML1
COBL
DBF4
POLA2
NUF2
LAMTOR4
USP31
RNF187
NHLRC2
DAD1
POMT2
C1orf233
B3GALT6
AMPD2
DMWD
MFN2
MRPL49
DSCR3
RAB40C
WDR62
CKAP5
NPTXR
CCDC57
LRRC8D
CNKSR3
CENPE
FOXRED2
CNN3
STRADB
LPIN2
GTF2E1
FAM83F
CHPF
SLC25A28
PRMT7
SLC25A32
POLD3
ARF4
SMAD5
SNTA1
VRK1
INF2
FAM171B
ABHD2
GPX2
FTH1
ELP5
ZCCHC14
SEC11C
ZNF561
CDK4
HIPK1
SMC4
C9orf69
SIK1
HSPA1B
SPINK1
TSEN54
CRLS1
ARL15
SMARCD2
TIMM9
DNAJC19
UNKL
TMEM86B
FCHO2
GNA12
PANK1
RFFL
KIF15
SS18
RNF43
TUBA1B
FBXL14
TFF3
FKRP
XYLT2
BIRC5
RASSF1
NRCAM
CYP27A1
SSFA2
CRLF3
HSPA5
ABP1
THAP4
C7orf50
PLA2G12B
LRRC61
FAM222A
POLQ
KIAA0947
CLDN7
TCF20
MB21D1
SDF2L1
NAB1
MYC
NBEAL2
RUNDC1
ODC1
APOBEC3B
CMBL
SOX12
NPHP4
CDC27
HSPA1A
DESI2
ATG12
NSFL1C
LBR
SLC17A5
THAP11
TMEM70
RBP2
FKBP4
TNIP2
KCTD5
JUN
SCD
NAA35
DHTKD1
PMM1
ERI3
SPHK2
ZNF780B
E2F2
CYTH3
SLC35A4
SLC19A1
SIL1
NUP93
IQSEC1
PEX19
PYGL
ITGB1
LYRM7
TBC1D2B
MZT2A
NENF
SIGMAR1
GUCD1
CCDC94
ASF1A
CENPL
ADAM15
BLVRB
CENPW
KLHL23
SNAPIN
CWF19L1
BTBD9
TOR1A
GGH
RRP7A
CDC34
KIAA2013
ALG1
SLC1A1
KEAP1
PHGR1
MAP3K11
GTDC2
SMCR8
MAPK12
OTUD7B
U2AF2
ARL2BP
MAP3K4
COG2
TNPO2
MTHFD1L
AAAS
DARS2
MAZ
TOR1AIP1
SRPK2
HUS1
FAM100A
METRNL
RNF130
CD99L2
GINS2
ATXN1L
ADAM9
PGAP2
TSR1
DPF2
FLYWCH1
GLTSCR1
SLC5A3
RUSC2
NT5DC2
RASAL2
CINP
CD44
KRT18
TMEM184B
TRIP13
FAM125A
TSR3
PGP
ST14
SF3B3
THRA
HES1
TMED10
MLST8
FAM83D
C1orf112
ME1
THAP7
UROS
CENPI
ARHGAP10
EXOSC6
PRR15L
G3BP1
ZNF710
PLCB3
EMC8
ZFP106
WDR83OS
DHODH
TMEM161A
TBP
TBC1D2
MSRB1
GALK1
LRIG1
MPP7
APAF1
TRIM11
H6PD
DUSP12
PSMB2
LMF2
TMEM245
MTFMT
ASIC1
RRP8
CDCA3
MIER1
TIPRL
ANKRD46
ATRIP
RFC2
SDC1
DUSP7
GAMT
VKORC1L1
XRCC2
NUP35
TEX2
MRTO4
UBL4A
MESDC1
NDUFS8
SF3A2
ACP6
BARD1
BCAS2
GGA1
KLF11
EIF4EBP2
SETD7
SREBF1
MAD2L2
ESCO2
RBM15B
MRPS11
MTHFR
TNFRSF10B
PALM3
LAMB1
EME1
TBL2
UNC13B
CNP
REXO2
RASSF8
KAT6B
CCSAP
NCLN
SUMF2
PHLDB2
PSD4
WDR70
HSPE1
ZNF217
SPRYD4
ZBED4
GREM1
DBF4B
SCRIB
FAM178A
CENPF
SLC38A10
SLC35F2
SMYD2
TMEM106C
ATP6V0E1
TMEM50B
C19orf47
ZNF473
MPHOSPH9
PIGQ
PDGFA
NAT8L
NAGLU
VAMP7
ADCY9
SMOX
FAM151A
PCGF6
NCAPH2
GAS2L3
ZNF592
ACAP3
RBCK1
PRDM4
TSKU
IFRD2
WRNIP1
PTGFRN
KDM2B
KIAA0226
VPS37C
FAM134A
IGFBP4
SNRNP40
MIS18A
GNPAT
PERP
KTN1
ARHGEF17
FAF2
PANK3
C1orf109
MOGS
CCP110
MRPL9
FNTA
CCNK
NFU1
BRPF1
RRAS2
MREG
PRELID1
EEF1D
GLCCI1
PLIN3
TARBP1
ENTPD4
TNFRSF21
SFXN5
PHPT1
TARS2
APMAP
ZNF260
CTNS
MZT2B
MPZL1
PLA2G12A
SHROOM1
PRKAR1B
UBE2Q2
CLDN4
NUCKS1
ST5
TSPAN14
SLC31A1
ST7
PLXNA1
TRIM65
SSU72
SCARB1
PPFIA3
LTBP3
PIK3R1
EFHD2
GAL
THOP1
PMPCA
ROCK1
MAP2K2
BMP2K
LCP1
MAT2A
SLC39A3
CDC14B
CKS2
CAD
MAGOHB
ZNF195
RAD54B
POP7
DOHH
CHERP
KCTD20
IFT172
NQO2
TTK
NPRL3
RTKN2
MOB3A
DNAJB1
MBTPS1
NTPCR
STK39
ARPC5L
ANKRD13C
C9orf142
CHST13
NIF3L1
RBM14
SYTL2
SLC25A17
IFT20
LMNB2
SMPDL3A
PLIN2
CNNM4
TMEM176A
DBI
ANKRD40
MTIF3
RAD51D
TLN1
NAALAD2
NAGPA
RPF2
SEPHS1
RABGAP1L
CDCA5
PHF15
CTDSPL2
FAM53C
RBM38
FAM171A1
NUFIP2
ISCA1
PET100
A1CF
PSAT1
CALU
CERS4
STX3
SULF2
CD320
MTMR4
RAB14
TNKS1BP1
MRPS26
SLC7A6
GGCX
TMEM50A
APOC1
CST3
RAD54L2
RHOBTB3
MFSD12
HOOK2
PCNA
TMEM208
PLEKHA8
WDTC1
BOD1
COL6A1
AGGF1
WHSC1
PODXL2
BCS1L
TTLL4
VPS4A
PCSK6
CENPN
DEDD2
VAPB
DENND4C
NEK8
MCCC1
LRRC42
RPA1
KCTD15
SLC15A4
RNASEH2C
PAG1
CYB5R4
VRK2
TRMT2A
SCCPDH
EIF4A3
WASF2
NUSAP1
SPR
GPRC5C
SLC22A5
LRIF1
GMCL1
VEGFB
PON2
ROBO1
C12orf52
CDK5RAP2
KIF13A
LDOC1L
SRPR
FAM177A1
C22orf32
E2F3
PPP2R3B
ANKRD26
ENO1
MARCH8
ZBTB43
SLC6A4
ZNF845
MAT1A
MRPL41
ACAD9
RRS1
ANXA6
EIF2D
NACC2
PRR14L
PANK4
UMPS
HEBP1
COBLL1
TMEM205
RABAC1
NUMBL
GPR157
SLC35F5
UTP18
KIAA1958
NUAK2
MAPK13
MGST2
DPP9
ZFYVE20
RCBTB1
ABHD14B
NCK1
RAPGEF2
CHTF18
SGTA
DDB2
PCID2
SIKE1
NRBP2
RPUSD1
IRF2BP1
HSD17B8
PRLR
CTNNAL1
TMEM98
IRF2BP2
FAHD2A
ZNF507
GLUL
PLA2G15
SPINT2
ATG16L1
ZYX
S100A10
POLR2L
SPC25
HADH
NAA10
NUP37
PPP2R5A
YIF1B
EPHX2
BAG4
CCDC137
HAT1
FAM195A
MAGOH
TTLL12
INTS6
FAM189B
ZCCHC8
ASS1
AUTS2
STIL
YWHAH
GRB7
NAP1L4
NABP1
IPO11
DKK1
F10
TRMT1L
FBXL6
GATC
AKT2
SPAG5
NUP62
BRCA2
KLHL13
URB1
ABCB8
ATMIN
VPS33A
NCOR2
SAR1B
SAFB
DNAH14
EPHX1
CCDC9
INVS
AHSG
PPID
CAPN7
C1orf35
LOX
PACSIN3
METTL15
TUBA4A
BLZF1
C4orf46
CKAP2
CLMP
MAP2K3
TRIM24
ELP6
STK16
C17orf51
RAP1GAP2
CMSS1
ANO10
DCUN1D5
CD74
SEPN1
MED8
ZC3H7B
ALDH3A2
GTF3A
CCS
SLC19A3
B4GALT7
EIF4EBP1
TRMT61A
TMED4
BUB1
CCHCR1
SLX4
ZNF512B
PRDX4
AKAP8
EIF5A
RBPJ
WDR82
FOXA2
ASPM
TTC3
SLC38A7
GSPT1
TMEM41A
TMEM14C
GLIS2
KIF4A
RPN1
CTDP1
POLDIP3
FAM86A
MED6
FN3KRP
AIP
C11orf1
RUFY2
FGFR1OP
KAT2A
MRPS25
RFXANK
PDXK
PIDD
OGFOD3
CEP72
ORAOV1
ZNF267
STK11IP
HMHA1
DHX34
NOA1
AGBL5
ALG12
DNAJA3
ATF3
C11orf84
ACTR10
SLC39A14
NUPL2
NGLY1
TECR
COL18A1
SREBF2
DENND1A
MRPL22
DIS3L
METTL7B
LRRC14
DCPS
ZNF202
RNPS1
UCK2
PPM1B
WWC2
HAUS6
E2F4
PHF17
NDUFAF4
STRBP
DNAJB11
MFSD5
MFSD10
EXOSC7
DUS1L
LGMN
UBXN11
HERPUD1
TPRN
CLN5
DR1
N4BP2
ARL17A
SLC29A2
NCAPG
SUPT4H1
E2F6
GINM1
RFC4
TRMT112
SSX2IP
SLC25A15
SH3GL1
RNF157
COPS8
TTC19
TOR1AIP2
ATF6B
TMEM126A
AP1M1
DCTN3
ARHGEF10
EXOC6
NACC1
SMIM3
SLC35A2
SYS1
FEM1A
PPP1R26
CDC23
DPM1
CNIH4
TRABD
ZMAT3
ARID5B
KIAA1598
BUB1B
CEPT1
CDKN2AIP
FDPS
B4GALNT3
NOTCH2
CWC25
ZC3H3
AK2
PRPF19
RNF126
ATP7B
TTC1
FA2H
TBL3
METTL2A
PHF2
SRPRB
INTS1
IFT140
TEAD4
IPMK
CXorf56
TOP3B
ACOT8
PPP1R2
CDC25B
AEBP2
GPSM2
PAK4
ZNF511
CREB3L2
UBAC1
CCNF
SLC2A1
UCHL1
N4BP1
FOXA1
TRIB1
CBFB
C9orf123
FGFR4
PAPD7
PPM1H
ZNF480
SLC25A10
MDM4
STIP1
RFC1
CDS2
CDCA8
LIPA
LYRM4
SLC9B2
WDR18
TBC1D24
TAF6
ASH1L
DOLK
MORC4
AIMP1
MTR
SZRD1TCF3
CRAMP1L
GZF1
PDCD5
RUVBL1
KIF2C
TMEM56
NUCB2
ACADM
GTF3C4
ASXL2
PIGH
ZKSCAN5
PRDX2
SLC35E2B
C19orf70
FAN1
KRI1
THBS1
QSOX2
MARC1
AJUBA
FBXL18
TP53I13
ZSWIM1
ABCA7
STOML2
XPNPEP2
GPR56
OGG1
GRHL1
TAF15
BAG3
PRKAB1
PLD6
CDX2
PASK
HSF1
ACPL2
C19orf48
TOR3A
ALKBH2
FAM53B
SMPD4
NOL8
RBL1
LRSAM1
PTPLB
SOLH
DDX28
SH3BP4
RPL14
MLXIP
ZFP62
PPIP5K1
RNF167
FBXO5
HPS1
STK31
LACTB2
AIFM2
ERCC8
H2AFX
ESRP1
JKAMP
TULP3
MYEOV2
CHCHD10
NGDN
NUP160
NBR1
RNF19B
CTDSP1
HNF1A
UCP2
SUV39H1
CES2
ZNF664
ACVR1B
PAK1IP1
ZNF326
MPDU1
COG8
LDLRAD3
GTPBP6
MED4
SS18L1
B4GALT1
BTBD3
RPH3AL
NDUFB7
LPCAT3
ETFB
ZBTB39
HOOK3
MOCS2
CLSTN1
TXNDC11
RER1
STRN3
CENPH
POLR1C
TM7SF3
NUDC
PQLC2
UBE2O
EIF4E2
OGFR
APOA1BP
SLC25A1
RFWD3
TCEB1
UBE2K
UBL7
GTPBP10
ATP6V0B
ZC3H18
EDC3
C20orf111
NISCH
CCDC101
GPSM1
TAB1
COQ2
RASA2
MFHAS1
EXOC3
FAM168B
SHARPIN
HMGCR
ORC5
ZNF768
C6orf108
XIAP
PHRF1
BCOR
INPP4A
PPT1
DISP2
BCL2L12
IPO13
STEAP2
TPM1
SELENBP1
SHMT1
E2F1
AZI1
VAMP3
DVL3
MIIP
CAT
C7orf29
SLC41A3
IFT122
JAG2
RAB11FIP1
CAPRIN1
HSPG2
TMED9
NR2F6
CDC7
IL4R
PNO1
EBAG9
GTF2F1
NMRAL1
IARS2
SLC35B3
POP4
GCSH
RPS15
RIOK2
SPRYD7
KIF3A
TRMT6
DGKD
EZR
ENOSF1
LRP6
KANK2
PIM3
ELOF1
SETD8
PUF60
GDAP1
ZNF783
USPL1
CD151
DZIP3
UBE3B
FAM133B
CD2BP2
GSTP1CALR HSP90AA1 HSPA8 KRT8
C6orf136
KBTBD6
POLR2M
PTPN14
PYURF
MPP1
NIPSNAP1
PLD3
MRPS6
TOMM22
TADA2A
CELSR3
XPO4
CHORDC1
SCAF4
VCP
SLBP
EGFL7
ZNF787
RNF185
SHMT2
HID1
SLC37A3
PLEKHG4
INTS3
ANKRD27
HRSP12
KIAA0494
EDEM3
SNX3
CTPS1
TTI1
KCTD10
MRPL17
FAM109B
ABHD3
FAM123B
LRRCC1
PAXIP1
SUGT1
PLRG1
TRUB1
SNRPB
TDP2
TNRC6A
IER3IP1
CTDSPL
PDSS2
MCFD2
XAB2
BRI3
HAX1
DENR
CABIN1
RIPK2
FAM206A
ARSE
GSS
TRIM37
ARFRP1
FAM83H
MFAP3
CALCOCO1
MRPS34
UAP1L1
LSM2
DHCR24
SUN2
CYC1
VWA1
AKIRIN1
CBX1
MED13L
TMPO
LATS2
HLCS
PICALM
KIAA0664
C1orf86
TMUB2
C6orf62
SMAGP
VANGL1
DAZAP1
GPR160
IQGAP1
MUL1
RAB11FIP5
PGAM5
RDBP
DECR2
NRD1
MCAT
CRAT
GTF2H1
IGF2R
CTSH
SSB
ATP13A2
ZNF746
TBC1D16
ZNF335
FKBP15
SMO
SUGP1
RSU1
ZNF264
HMOX2
LEMD2
KDM6B
PXN
RAF1
VPS37B
SCAMP3
EXOSC4
FAF1
TMEM51
GOLGA7
MFI2
CEP290
SEC13
TXNDC17
ATM
EXOSC9
CDC42EP4
PTPN2
TOM1
FILIP1L
POLR3H
CBR4
SYAP1
HADHB
PCYOX1
TMEM194A
PPDPF
MGMT
IMPDH1
ZCRB1
POLD1
MAP1S
E4F1
UGGT2
C11orf80
EDEM2
RNF149
PPP1R14B
HECA
ARHGAP28
CDAN1
TMED3
SLC9A3
ASGR1
ABCF3
BCAS3
KDM4C
HYAL2
ACSL3
MIEN1
TRMT10C
DDX41
NUDT3
ANGEL1
MRP63
UQCR10
ZDHHC16
FBXO9
MRPS12
TMEM41B
HDHD1
TK1
EDF1
CSTF2
UBASH3B
ERAL1
FANCC
NRM
MYBBP1A
PPIB
CTSA
NR1H2
KXD1
NMT1
MAPKBP1
ABHD11
SRF
RPS6KB1
C2orf29
PDIA4
SIMC1
ARHGAP18
RAD52
DAB2
ECH1
ZFYVE19
RMI2
SLC9A2
ADNP2
FAM175B
PRTFDC1
PCCB
USP5
HERPUD2
TM4SF5
RBM27
RAE1
SLC12A4
PTPRU
FCF1
ATR
FAM107B
NARFL
LMTK2
KHSRP
MRPS5
COPE
CIAO1
ZNF395
YDJC
NAA60
HMBOX1
SYNGR2
C1orf116
PNKD
TIMM44
HDGFRP2
SETD4
METTL16
NDUFS6
PARP12
AMMECR1L
ISOC1
SLC25A11
EPN1
SAMD4A
DUS3L
LZTS2
PCM1
ITGA2
DNAJC22
CTBP2
DYM
ATPAF1
TXN
ZNF295
RPS6KB2
UBR3
SEMA6A
TAB2
ANKS6
GALNT2
ZNF562
IL13RA1
NAGA
MGAT5
ERCC6
TTC12
ARMC1
C3orf58
MKL2
TENM3
DTL
RNF121
ST13
RUNX1
RWDD1
INCENP
MCPH1
ABCD3
CNN2
GTF3C3
KIAA1609
YIPF2
CIB1
MRPS24
ZFYVE26
GGPS1
LRRC47
BAIAP2L1
MRPS15
TNFAIP1
SEC61B
SPRY2
ZNF12
GNPNAT1
GCFC2
TPRG1L
FKBP9
CEACAM1
AASDHPPT
ANLN
AGTRAP
TSPO
ATP5O
MKNK2
VAC14
PXMP4
FBXO34
PM20D2
CCNA2
MKI67IP
PGAM1
ZNF704
ZNF587
PELP1
ADAP1
RRN3
PSMC4
ARHGAP11A
EIF2B2
TSEN15
FTO
C17orf70
TKT
APOOL
TMEM150A
TRPM7
ZNF160
TMEM115
DCUN1D1
UBE2M
TARBP2
CMAS
MAFK
LZTR1
METTL13
ABHD4
MERTK
SNAPC4
SH2D4A
ALKBH8
PLLP
ARFGAP3
ARMC6
ABCA3
FGFR3
PIM1
PCBD2
CSNK2B
RBM28
CD55
UTP15
GRIN2D
LMO4
ACTR1B
CACUL1
SEC23A
SKA2
GLYCTK
LENG8
PIGA
CIT
VSIG10
ZXDC
APOE
NAGK
TRAK2
TPM4
MED1
CSNK1G3
VARS2
TSEN34
RNF6
LASP1
HEATR2
TRAPPC2L
TAZ
DENND5A
MTFR1
NTMT1
ZNF526
SOHLH1
POLE4
SOWAHC
ARRB1
WDHD1
PRPSAP2
PCYT1B
ZNF765
FIGNL1
C19orf10
NUDT4
NOP56
TUFT1
CLASRP
DYNLT3
IPO9
EEFSEC
ZNF74
C19orf54
MRPL39
GPR133
LRPAP1
TRIM28
UQCR11
COA3
ERGIC2
CDH3
FIBP
PSMD7
ANXA11
DNAJB6
HELZ2
ATP8B1
CLCN2
TNFAIP8L1
SLC25A4
SLC45A3
PHC2
AURKAIP1
CNOT6
CDK5RAP1
CEP68
RHBG
POF1B
ADO
PTPN18
ZMYM1
METTL3
JMJD6
LSM11
THG1L
TBC1D15
HIAT1
AAGAB
GCC2
RHOT2
GABRE
IKZF4
WAC
ATAD3A
LAMTOR3
RPAP1
PEX2
UBLCP1
PSMB3
BMP7
NFATC3
NSDHL
SYF2
BCL2L2
DHCR7
FAM207A
CNBP
ACTR5
GLT8D1
CCDC88C
CDC42BPA
GATAD2A
SNRPA
DDX31
PIEZO1
UCKL1
GTF2H3
SERF2
PALB2
ACOT13
CDC45
CPS1
PRR15
GRK6
TPD52L2
NCAPG2
DYNLL2
TUBB6
FASN
PI4KB
BMF
GLUD1
ATP6V1E1
CDKN1B
PNPLA6
MRRF
KDM1A
YY1AP1
DGAT1
UBE2J2
NRIP1
PTGES3
STIM2
TMEM167B
PRIM1
CAMSAP1
PRPSAP1
CPSF4
RRP1B
ZNF516
URI1
SMIM7
AREG
SELRC1
EIF2C2
SNRPC
T
PCN1
PARD3B
GLDC
NCBP2
C10orf12
ZNF552
ALG8
GIPC1
DDX39A
MYO5B
GBAS
TRIM71
EIF3G
EHMT2
RPS28
APPL1
CITED2
C17orf85
HEG1
PSMB6
KIAA1549
KIAA0232
FLVCR2
LMNA
PLEKHF2
FAM82A2
OLA1
CAPN2
PREPL
PPP6R1
SALL4
REEP6
OVOL1
ATG3
NDUFV1
PPP1R16A
SUV39H2
SMS
NADKD1
RPP25
RNF2
RAP2A
XPOT
SNRPF
ICMT
TACO1
GCHFR
AGPAT6
PYGO1
SH2B1
RHNO1
MCRS1
STAM2
POLRMT
RAD51
FANCM
PSPC1
MTHFD1
HES6
KIAA0368
PREB
OSBPL10
PDDC1
ECE1
NOM1
MLX
ZNF107
ROCK2
ARHGAP29
FBRSL1
EPHB4
SUPV3L1
EZH2
MAN2A2
PSMC2
C16orf59
E2F8
GAS8
CCNG1
ZNF318
DGKZ
PCNXL3
DHX35
CLCN7
PPP3R1
CPD
PUM1
NR1D2
STX18
CNOT4
CDK16
ERAP1
ELAVL1
CCDC144A
TGFBR3
AGAP1
TMEM198
ADD1
MPST
ERCC6L2
OAF
SLC39A4
ITM2C
PACS2
TOR1B
NDUFA6
TELO2
CLU
MGAT4A
SNRNP70
ATP5G1
RRP9
OST4
LGALSL
ASNA1
ANXA5
PYCR1
KAT5
RAPH1
FECH
BRD3
EFNB2
GDI1
FEN1
PSMF1
VWCE
ZNF274
RBM12B
RPS16
DAXX
ADCK3
USP25
GAB1
SLC1A5
TCP1
TIMM13
ADD3
OBSL1
RANBP1
CNTROB
SURF6
TSPAN4
C1orf43
PDLIM7
TGDS
ENGASE
PHB
MED16
NUFIP1
NOC3L
SYNJ2
MINK1
LAMA5
TEX261
PRDM2
GABARAP
NCOA5
BRD9
C11orf24
TPP2
PYGO2
MBOAT7
HECTD1
PATZ1
RPRD1A
RBM7
KANSL2
TMEM69
DENND4B
RNF170
HERC1
SGK1
PCF11
ADNP
CETN2
PIGU
SIAE
USP10
GPR35
DROSHA
FAM198B
TMEM168
MAD1L1
TAF10
AKR1A1
SEC61G
LSR
RCC2
ATP13A1
SERINC2
FANCA
ACSS2
ORMDL3
MBD2
U2SURP
CBLB
SLC38A1
COMT
IMPDH2
NEK6
TGM2
VEGFA
AARS
B4GALT2
DOLPP1
MYO10
ITPKC
EXOSC2
MPHOSPH10
PCNT
PPIH
FBXO45
L1CAM
RAB8A
NPC2
RCAN1
BBS4
KLHL7
FOXJ3
VPS29
PPME1
EXT2
PSMC3
SET
BTRC
ERCC6L
MAPK6
SH3GLB2
PRMT5
TMEM165
SHC1
KRTCAP2
TYK2
VEZF1
SUPT5H
GAK
SPATS2L
MTPN
TOMM40L
FOLR1
XRCC1
THUMPD2
KDELR3
VPS13A
PSMD2
PUS1
AMOT
ADCK5
POLR2C
SZT2
ZW10
TRIB3
TNK2
CUTC
HECTD4
PLBD2
PRKD3
HGSNAT
ZNF598
ORC1
PPP2R4
GTF3C2
DSG2
CPSF1
MKS1
LIMD1
PARP2
AKT1S1
CUTA
MTERFD2
TOM1L2
PTPRM
THUMPD3
HARS
HIC2
USP7
IRAK2
FBXW5
CNOT7
YTHDF1
G2E3
MBD1
HMGN1
ACBD6
CTSD
KDM3B
PDZD8
ZFP41
KIAA0528
ZBTB5
DOCK7
PSMG1
ARHGAP21
BRF1
RP3−402G11.5
TRIM56
EME2
CACNA1D
STEAP1
SLC52A2
WDR20
KIF26A
ARL1
TRAM2
TRAPPC6B
QTRTD1
HSPH1
UBE2I
CDC40
MAGI1
GPCPD1
MAST4
HSP90AB1
TRMU
GTF2F2
HMGB1
SSBP1
GTPBP3
HSD17B10
GBA
RXRB
SPTBN2
CXXC5
EIF3D
NF2
MLH3
ADRM1
FNBP4
CREBZF
SEC61A1
SLMAP
HNRNPUL1
CCDC85C
ZDHHC12
FAHXRN1
DDX56
COMMD9
TOE1
HGS
GOLGA2
RUSC1
DTD1
RABL6
DDRGK1
PPP1R8
CUX1
DNAJC11
LARS2
ARFIP2
C3orf37
RPLP1
TBC1D13
PSMB1
MRPS16
MPND
SNX8
LMAN2
TMEM131
ZBTB7B
CDKN1A
ANKRD32
RDH13
METTL8
TGS1
ANAPC2
TRAIP
UCK1
WHSC2
TMEM66
ZRANB2
COBRA1
CDK5
EXOC8
PHLDA1
LAMA3
TOP3A
RGN
RAPGEF5
STT3A
EFNB1
ADH5
TMEM200A
AGPS
SF3B4
MAPKAPK5
OSBPL8
WBSCR22
FZD7
YKT6
GNG4
DAP
STK38
NIT2
LRWD1
ACTB
CCDC51
HENMT1
ANXA7
TRIM66
RIPK4
CLCN6
MRPL15
NABP2
ITGB1BP1
R
NF5
GRPEL1
UBQLN4
TMEM176B
PPIL1
PPIL2
EIF5A2
BRCA1
FARSA
FLOT1
USP12
SDF4
PLXNA3
POLR2E
AARS2
POFUT1
ECI1
NUDT19
NOC2L
SLC2A5
RFC3
HMGN2
SMEK1
UBE2T
PGM1
HMGN3
AEN
THRB
GCAT
SCMH1
ANKRD50
SNX18
C22orf29
EIF3M
DPH2
MSL1
AGT
PARP6
GNAI2
PIK3C2A
MRPL3
XPNPEP1
NES
CHCHD5
CLP1
ERGIC3
SFN
ZNHIT3
DCTN1
TDG
NVL
TMED5
MRPS2
BIN1
KIFC3
CHMP2A
MRPL11
PUS7
TACSTD2
GRINA
GYS1
TALDO1
FHOD1
MTHFSD
SSR3
PMM2
CSNK2A2
NET1
ANAPC13
SLC10A3
CBLC
PLXNB2
ILF3
SLC7A1
ESRP2
TXNDC15
ARPC5
JAK1
SPTLC2
SBDS
C9orf91
PSMC5
ZNF398
RAB37
PLEKHM2
GNG12
CHMP6
ERP29
UNC119B
NEDD8
ATPAF2
RIN1
INPP5E
GOLGA1
TATDN2
SELT
ZFC3H1
SERBP1
P2RX4
CNPY3
RELT
TMEM38B
MKRN2
SPINT1
MAP4K5
NID1
FBXL3
SQSTM1
PTGES2
SIRT3
EPPK1
ERLIN2
SNRPD2
CEP250
NUMA1
PELI1
ZNF711
RPE
ALKBH5
ADSS
SEC16A
NIP7
QSER1
EHMT1
PGD
LAS1L
RPLP2
AIMP2
POLR2D
FOXK2
MAGED1
JUP
ELK4
C16orf91
C2orf68
PHKA2
PI4K2B
GIT1
BSG
LSG1
RLIM
FLCN
PET112
SLC25A16
MED22
LUC7L
MAN1A1
ZBTB34
IPO7
NCKIPSD
ARHGAP1
RARA
LAPTM4B
HSF2
GPS1
C1D
GOPC
GPN3
C11orf9
SENP6
RLF
ZFYVE16
CLOCK
FBXW7
FAR1
SRA1
NUP43
NCAPD3
COG3
HAAO
SYMPK
SCARB2
SPRTN
IP6K1
NUP107
GRWD1
KIDINS220
DNAJA1
TTC38
CLSPN
EPS15L1
CKB
EIF2S3
CDK18
NUBP2
RAP2C
C10orf2
DGUOK
CSE1L
TRAPPC10
SLC27A4
NOL10
TRIM41
POLR1A
MYBL2
SLC17A9
POMP
TSPAN13
SLC39A1
PNPO
A
PTX
MARCH5
KLF10
CISD2
MED24
HYOU1
H2AFJ
NIT1
ENAH
FAM108A1
ZMYND8
PRKX
SND1
MAP3K2
NDUFB11
MRPL44
MRPS22
GALNT1
PDAP1
RANBP3
SCRN1
CEP164
ARMCX3
TSFM
LRRC58
FUT8
TET3
APOC3
GADD45A
IDH1
SLC51B
EIF4A1
CPSF3
TTF2
COTL1
STUB1
ARL5B
CYB5A
MED15
PWP1
LONP1
SORL1
MRPS10
YY1
COPS4
ATG2A
NAA15
JPH2
ABCA1
COPS7B
EIF2S2
DARS
USP21
PEX16
C19orf6
GRSF1
RAI1
STARD4
CRTC3
PSMD12
FAM208A
RREB1
TCERG1
CXXC1
USP6NL
GRHPR
TRIP11
ABCE1
ATF4
TPD52L1
FBXO31
DDX11
LCMT1
MLH1
ABT1
PPP4C
KIFC2
FOXO3
EPAS1
FOSL2
RAD1
C5orf45
GPBP1L1
GNPTG
NAB2
MPC2
SLC25A39
C11orf73
PROSER1
TDP1
EDN1
WNK2
ABCC10
UBE4B
SOD1
NOX1
GOLGA8A
RB1CC1
IGF2BP3
ZDHHC18
PPRC1
SPRYD3
NAPA
FBL
RNF146
ABHD12
FKBP2
SLC25A19
PDRG1
XPO5
ARMC8
CENPB
MANBA
MALSU1
ZNF646
ZNF83
TCOF1
DEPDC7
PRMT2
ILVBL
RAB3D
CTR9
SERPINB6
MAEA
NDUFB10
KNTC1
CDH17
TAPBP
MRPS31
ARHGEF1
GNB1
YARS2
DUSP16
AKAP1
SMARCE1
ARHGDIA
FBXO2
ATP5D
STAT3
PARPBP
PPP1R12B
ECSIT
TOMM40
RALGDS
FUBP1
COQ4
RSL1D1
ZKSCAN1
M
RPL37
RPA3
GPAA1
NFKBIB
KIAA0930
DDX54
GK5
AXIN1
STX10
RPL19
CRBN
EIF4G1
AKAP17A
SC5DL
GLB1
DDX51
CDC37
HMGXB4
PGM3
UBTF
NCOA4
CASZ1
AP2A2
NASP
NUTF2
PRDX5
PDIA6
SNX33
ZNF384
IFFO2
HSPA14
SSR4
TTC13
RAD50
PEX13
PRPF4
DNM2
PPP1R12C
RPL18
TOP1MT
ARID1B
CYP20A1
SULT2A1
MAP7D2
MRPL55
RAB20
CPNE7
ECI2
NAT10
FAM108C1
TRMT11
CCT2
GRHL2
IDI1
CNOT2
MLLT1
LAMTOR1
STRN
SPOP
MTX1
C19orf25
CEP135
TMEM177
MAOB
ATP2B4
MTX2
RPS21
ZC3HC1
EFNA1
MLF2
TOX4
EXOSC8
SEPT10
TAOK2
PPM1D
MICA
PLOD1
CEP104
GXYLT1
SLC30A6
LIG1
CCT4
CENPK
IFI35
PRMT1
RBM33
MED13
SPIRE2
CCDC97
CDC25C
SF3A1
MTA1
RPP30
UBE2B
UBE2L3
KHNYN
C2orf72
CHCHD2
HPN
GM2A
RPL10A
EBPL
REPS1
TMEM30A
POLR2H
RANBP6
CDK10
TIMM23
TFB2M
OXER1
PUS3
NDUFB3
PDCD2
DTX4
SLC26A2
C19orf53
MPRIP
SAMHD1
POMT1
PAN2
IGSF9
UHMK1
UBQLN1
ANAPC11
GINS4
PA2G4
SUMF1
C14orf159
SETD5
TUBB4B
DCXR
POLE
BCL2L11
DLG5
XPO6
POLD2
NME4
MRPL52
PIGS
ACTN4
COA6
YOD1
ALKBH7
UBE2E1
HM13
SCAPER
KIAA1524
GLG1
RRP12
CCDC124
HPDL
ZNF317
COASY
RIN3
CAMKK2
BCAM
ABL2
USP20
ACO1
ATP6V1A
TXNL1
SYNE2
KRTCAP3
PACSIN2
SRSF2
NFKBIZ
EXOSC10
GPBP1
PPP5C
BICD2
SKAP2
CLK2
MST1
TUBGCP2
EXOC1
C1orf123
PLAGL2
WASL
MAGED2
SNW1
PARVB
IDH3B
SHANK2
IKZF5
PELO
BST2
ZHX1AHCYL1
ZADH2
HSPD1
ANAPC5
SLC16A5
RPS19
PEX5
C
2CD2
RAB6A
RPL13
C12orf29
STK25
PSMD13
INO80D
STC2
GTF2H2
PKP4
PPP1CC
CCNB2
ETS2
BANP
NUDT9
SLC35B1
PPM1G
NOC4L
TSC2
NPLOC4
WWOX
ANXA4
BICC1
SLC35D1
CSRP1
WDR24
RPL38
FAM73B
CTPS2
UTP20
DNAJC5
LIG3
GSK3A
SEPT9
TWSG1
KHDRBS1
TINAGL1
C6orf89
TBC1D9B
NFX1
METAP1
ZNF408
RIC8A
RNASEH2B
CTSL1
APH1A
PLEKHM1
GATAD1
ASUN
NOTCH3
ESYT2
GLE1
C8orf33
RBM3
ETHE1
WDR12
SMARCA5
AP2S1
FKBP11
QPRT
RBBP8
UAP1
FAM134C
TMEM43
UBA52
HDGF
PGS1
FBXO42
RBL2
PPP2R2D
PRKAB2
MTPAP
PHB2
CTDSP2
LSM3
CD99
CYBA
DVL2
CSNK1D
SMCR7L
SREK1
LMAN2L
BUB3
ATP5G2
TNS1
RBP4
VGLL4
COX7A2L
GSR
MASTL
C14orf1
DPH1
XPO7
HSPBP1
SIRPA
SLC35B2
ARHGAP35
RNH1
DCTN5
TBKBP1
CLCC1
STK38L
KCNAB2
OFD1
ATPIF1
HTATIP2
NR5A2
RUVBL2
CHAF1B
HMGCL
NUDCD1
KLHDC3
KDM3A
ARGLU1
SLC5A9
ACTL8
RPSAP58
FHL2
C2orf44
ARF6
TMEM14B
TMCO3
CUL2
AACS
COA5
TFEC
DONSON
IGHMBP2
RBBP5
PES1
SLC30A7
ERBB2
WDR61
PGRMC1
KIAA0195
PSMD3
OAZ1
ASCC3
RBM4B
PPAT
HRAS
JAGN1
STXBP6
GEMIN7
NPM1
ALG13
COX5A
EPCAM
CDC42EP1
PKD1
STK3
IFT46
CDIPT
MRPL51
SLC39A5
CDKAL1
LRRC45
WBP2
ARL16
ARIH2
C16orf13
SUMO1
PTOV1
CUL1
SF1
SFT2D2
H2AFY
TOMM34
PEBP1
PLEKHA1
BCAP29
GPAM
RBBP6
AAR2
AGPAT1
BCAT1
IST1
TMEM147
ELK1
PRKRA
PMPCB
UACA
POP5
DHDDS
TTL
C1GALT1
ZNF207
ZMYM3
WDR27
P
HF3
PSMA7
PISD
SLC35C2
SMUG1
TMEM134
C3orf52
SEC23IP
FDXR
ZNF512
HNRNPUL2
MOCS3
FIS1
MAP3K9
PRSS23
SFSWAP
DDX52
H2AFZ
SF3B2
TMEM101
CFL2
LPCAT1
ACAA1
TPR
PAK1
TMEM18
ARL8B
ZFAND1
FAM65A
TMEM164
SUMO3
C15orf41
LIMK2
PARD3
PARG
PFKFB3
KIAA1522
ADRBK1
C19orf43
HIF1AN
COX19
TMEM106B
NBPF9
FMNL2
NOMO2
SMC2
NDE1
USP14
SRPK1
NAT9
ALDH18A1
KLHDC4
CASC5
APOH
C5orf15
EPS15
MRPL23
BTNL8
ZNF26
ACP1
BABAM1
PCYT2
HMGA1
AHSA1
MARCKS
PABPC1
JUND
CARS
CHCHD4
OSBPL9
COMMD6
MAP2K7
DAPK3
DPM2
COG4
SGK223
SF3A3
CERS2
ATP6AP1
STX5
PFKL
RPUSD3
GNAQ
CREBL2
DCTPP1
PRDX1
NOP58
SUPT16H
PCDH7
COA1
HEATR1
ADCY3
RTFDC1
FAM50A
RPL37A
RBBP7
RASSF3
TAF1
ATRAID
RBM17
WDR46
FAM208B
NBL1
FAM136A
PRDX3
MELK
COQ9
HNRNPA0
YTHDF2
PRKAR1A
NUP188
CYB5R3
PRPF6
FOCAD
LDLRAP1
PROSC
CIZ1
BACH1
POMGNT1
ZNF623
DNTTIP2
USP19
P4HB
GORASP2
LDHA
UBA2
MYH9
SHROOM3
TCEA1
EXOC5
DHX9
CCND3
GJB1
GDPD5
SART3
DTYMK
RNF123
AKIRIN2
RCC1
EIF4H
ENY2
TH1L
SMYD5
SLC38A9
YARS
UBR4
PRSS22
AKAP13
ZMYM4
NDUFAB1
SIPA1L1
UBAP1
ZNRF1
PPP4R2
USP22
ZNF766
KIAA0284
MRPS33
HSD17B12
BMP2
FAM129B
DCAF4
GLA
VIL1
RPS12
WBP7
TFE3
BRAF
UGP2
CCNE1
SMCHD1
SEC24C
C4orf3
IARS
KLF16
NDUFV2
VIPAS39
COG1
ERP44
BRIP1
CACYBP
TNFRSF10D
TOM1L1
RBM18
MARVELD3PDPK1
TBC1D23
PABPN1
TCF12
ZNF827
TMEM8A
MYL12A
BMPR1A
ARHGEF18
EPRS
MRFAP1
WDR75
HNRNPH1
ANKMY1
MGA
TTC27
MESDC2
RPS14
PRRC2C
NDUFAF7
SFXN4
SRRT
FAU
RANBP10
RBBP9
NKIRAS2
ZKSCAN2
NUP155
SLC23A1
RPL9
TRIM15
RB1
GAPDH
NAPG
DDAH1
RPS2
C17orf79
MCM10
SLC29A4
CDK13
UXT
CNOT10
LITAF
PRKRIP1
ZNF33A
APOA2
GPD1
CNNM3
OGDHL
LYPLA1
EIF2B3
KLHL21
DSC2
MRPL32
ITSN2
PDCD11
MRPL10
RPS15A
TAF1C
EIF2AK3
FAM193A
WDR6
CENPO
ATF2
DNPEP
ZNF84
MRPL19
MYO9B
ARFGAP2
ITGA6
SCRN3
PDS5A
CFL1
ZBTB9
USMG5
TFIP11
THOC5
SHPRH
SLC38A2
STYX
LPIN3
DGCR14
UBE2R2
ZNF692
MKL1
GCH1
QRSL1
PITHD1
NUP98
BRPF3
TMEM141
TIMMDC1
RPL18A
TBC1D1
DAGLB
CEP192
DPAGT1
PLOD3
FN3K
SMEK2
NCOR1
RPS6KA1
WDR5
CHURC1
EHHADH
GGCT
CMTM4
ARHGAP17
KIRREL
PIAS4
EIF6
RANBP2
PRRG4
A
MZ2
TIMELESS
RABEP2
CCT3
VPS72
LAMB3
OXSR1
PSEN2
PRRC2B
PSMD6
AHCTF1
TUBGCP6
RSRC1
TTC22
GPX4
ENTPD6
EIF1
PRDM10
C16orf70
SURF4
BTAF1
QRICH1
NUPL1
GTF2IRD1
CEP85
CMC2
MRFAP1L1
CARHSP1
ATP6V1F
RNASEH2A
ANP32E
SACM1L
PQLC1
AIDA
ESF1
FERMT1
VPS16
TOLLIP
TFRC
ZNF227
SIN3B
KAT7
GTF3C5
STARD3
HNRNPF
SMC5TMEM57
DOCK5
ZNF142
SAV1
IGF2BP1
UPF1
SDCCAG3
EIF3B
PALM
NIPA1
SPIN1
PDE3A
SETD1A
MSR1
ELL2
HUWE1
EMC2
DHX38
TRA2B
NARF
LTBR
DNAJC16
THOC1
DPP4
USP16
POP1
REXO4
DYNC1I2
PCIF1
UBN1
ZNF189
GBF1
SCML2
TFPI
NDUFV3
EBP
ALG3
BRAT1
GSE1
HCFC1
RNF213
TTC21B
PML
MXD4
HBP1
ZNF789
MAST2
INTS2
CCDC47
OAT
CCDC150
ARHGAP5
DDR1
BLM
RAN
PSMB7
SEC31A
CPSF6
SENP2
ZNF92
BCKDK
NDFIP1
ATP11A
C19orf55
CPT1A
STARD10
RPL7A
PIN1
TMED1
ABCF2
PDE3B
PCBD1
RPL28
ARL6IP1
BNIP3
GGT7
LSM14A
PRADC1
CHTOP
HDDC2
CD9
ZNF143
PGK1
USP48
ETAA1
SIRT1
ZNF45
CPPED1
DDX5
PTPN23
C16orf58
BLOC1S5
PPFIBP2
DDX50
SMARCA4
DHRS13
MAF1
EPB41L5
MRPL43
PFAS
STRN4
CHCHD3
UBXN7
ZNF621
SEH1L
RPL8
PSMA3
BCLAF1
ERCC3
HNF4A
TUBG1
TUSC2
C2orf69
CHM
FLNC
CD164
H2AFV
ANKRD36BP1
MRPL2
PDHA1
MTCH2
FAM45A
DCBLD1
UNC50
ESYT1
TUBGCP5
TIMM8A
PC
ARFGAP1
U2AF1
SPCS1
HNRNPAB
FAM210A
MDH1
CCDC84
SUMO2
WFS1
NUP153
PFDN4
SF3B14
SNX15
BRD8
ANKRD28
SLC35G1
TBCK
AKR7A2
LATS1
ZNF700
ZHX3SEZ6L2
RNF169
BRD4
CCDC6
SLC25A6
LRRK1
FAM96B
DLGAP4
PRKAG1
ZC3H7A
OCIAD1
TMEM129
LIMS1
TRIM32
DIMT1
HNRNPD
STRAP
TMCO1
IQGAP2
MTIF2
DCAF8
RAD18
PHLPP1
RQCD1
DEK
RNF216
ATP6V1G1
MXRA7
GOLGA5
TUFM
PIK3C2B
RRP15
GINS1
HAUS4
SLC25A5
CAST
VTA1
CAPRIN2
NUDT14
SIGIRR
PEX26
SLC35A3
FEM1C
ZNF266
NIPSNAP3A
SH3BGRL
CEP76
CLPP
EXOC4
ERRFI1
DIAPH3
HOMER1
BCAP31
PLK2
WDR60
RTN4IP1
ZFP36
DDX20
GOSR2
BMP1
DHX40
ZBTB11
PPP1R7
POU2F1
TOP2A
ACAT2
GGA2
KATNA1
KIF1B
ZFAND5
TMEM214
EPHA2
PMS2
MNF1
STAT1
AMN
TEX264
TMCO6
PSPH
ZER1
COX4I1
ZNF706
INTS4
CSNK2A1
GART
TXNRD2
TPRKB
UBE2Z
HNRNPU
NUS1
DAK
RPS26
ROMO1
UBE2D2
TMX1
DNAJC8
CCNB1IP1
SP4
DMTF1
MIOS
SMYD4
ZBTB44
KLF6
IRAK1
ASXL1
PTGR1
STT3B
TUBA1C
EIF5
ST6GALNAC6
SLC25A36
FAM193B
SLIRP
ODF2
PRSS8
TRPM4
PGPEP1
SF3B5
NHP2L1
ARL2
RPL10
CDC42
ARRDC3
UBE2J1
NCK2
MDH2
IAH1
LRRC8A
RPRD1B
CEBPB
APOM
COX6B1
FAM49B
NPM3
HTRA2
EEF2 MT−CYB
WDR33
CDC42EP2
MSH2
BAG5
RPS5
IPO8
ATP1A1
GMEB2
ABCC1
WDR1
CCDC22
RSL24D1
TFDP1
VTI1A
FANCG
ELF4
IRF3
RALGAPA1
COIL
ILKAP
ZFX
TMX4
NDUFB9
FUCA2
AK4
RPL32
LMAN1
IRS1
MCM4
GLS
TSNAX
IMP4
ITGB4
ZNF292
TRIT1
ZBTB2
ANKS1A
LMBRD1
N4BP2L2
EIF2AK1
TMEM80
B3GALNT2
BAHD1
NME1
NCAPH
CNOT1
PCGF5
F7
ADPGK
PYCR2
ZNF609
NDUFA2TRIM5
ESCO1
REPIN1
FASTKD3
EMC7
SAR1A
ACADVL
LMBRD2
CDK11B
CEP95
PPP1R10
NAA16
DNTTIP1
WSB2
PPL
HIST1H2BK
CARKD
TIMP3
PLEKHJ1
RPS18
MCM5
SLC4A2
TRAF2
CASKIN2
NSL1
NUP85
ZNF146
GSTK1
CENPT
CUL3
SMG5
GTF2H5
SPATA2L
COX5B
RBAK
PHF6
KRT19
EHD1
CNTRL
TCEB2
MT−ND4L
RNF166
WWP2
PTCD3
PSIP1
GLOD4
COMMD8
SENP5
CARD10
S100A6
FMOD
COX15
WBP11
MBOAT1
RHOA
BRWD1
OGT
RPS3
RELA
MRPL28
HINT1
C9orf78
MMGT1
FTSJ3
STX16
LHX6
ARHGAP4
C10orf76
RHEB
CRIPT
PIK3R2
PHF12
SNRPE
POLR2I
CCT5
RNGTT
CSTF1
RNF128
STAT6
GMPS
PTBP3
SNAP29
ZNF514
PIP5K1C
NUDT15
SEPT11
ARMCX5
ICT1
TBC1D10B
POLL
USP24
PLOD2
DAPK1
SOX9
GNL2
ENTPD1
XPNPEP3
PCMT1
EPSTI1
RNF4
TNKS
GUK1
RPS10
USP39
RAD23A
ATG13
LMO7
BPHL
USP4
TLN2
POFUT2
REEP1
MRPS14
RNF25
PFDN2
COPA
TXNDC9
MEN1
HIGD2A
NDUFAF3
COX6C
SAP18
P4HA1
FAM48A
MRPL50
POLR2F
ZNF498
POLR3A
SRSF7
DHX15
BFAR
NECAP2
GMNN
GADD45GIP1
ZBTB1
DAP3
ALDOA
EPN2
WIBG
FZR1
DDOST
SPEN
RNF38
HDAC1
NOP2
CRCP
POLR1D
ATL3
CFLAR
HSPA9
APOD
BOP1
UBXN6
F2RL1
TMEM138
CGN
NUDT12
WDR59
PAF1
RPL7L1
PPP1R13B
RAB4B
TBC1D30
F
AM8A1
RSF1
C12orf75
MARK3
MEA1
DIRC2
PPHLN1
CDK17
ASPSCR1
KLHL18
ATP5F1
CDYL
IVD
MAPK7
UBR7
C2CD3
PARL
DPP7
RMND5A
HEXB
RAB3B
FAM125B
RNF214
KLF3
SKIV2L2
CLDN12
CLDN1
OGFOD1
KPNA3
CBX8
GNAI3
TNPO3
USO1
PTPN1
TRAF6
SENP3
C10orf47
KARS
GLO1
FAM219B
PCTP
PCBP1
BAG6
FASTKD2
KANK1
F2
WRAP73
GOT1
UQCRB
ACADS
SCAF11
FAM127C
LLGL2
RPL29
IQCE
ZNF282
MYL6
ZNF219
ZNF544
PLXNB1
PLK4
TSC22D2
NCBP1
UGGT1
NOL7
FBLN1
HDAC3
EIF1AX
KIAA1429
PPP2R5C
MMP15
ANO9
HNRNPH3
APOB
KIAA0020
SMG1
C20orf112
PSMD11
DNASE1
IDH3G
MRPL16
ACO2
ZFYVE9
TMEM87A
IL6R
BRD7
ITGB5
PTDSS2
ZNF263EXTL3
MFSD6
IKBKAP
UBB
PAQR3
CLPTM1
C2orf18
EMC4
RAD9A
DDX23
UFD1L
SNX2
TTC37
RPL5
RBM10
ANKLE1
ZCCHC6
CEBPZ
PTMA
TEAD3
PPIA
ARPC1B
LRRC59
MRPL45
RAB11FIP3
CLTB
RALGPS2
PRR13
DDX27
TBRG4
BRD1
HIATL1
CCDC77
VRK3
RCOR3
CECR5
UNC5B
AFG3L2
GALNT7
LYAR
DHRS3
NDOR1
ANKRD12
CTDNEP1
GRIPAP1
EIF2B1
TOMM7
HTATSF1
WDR13
POLR1B
ELF2
UBXN2A
TJAP1
RC3H2
ACIN1
ENOX2
CD46
RNFT1
ALG2
FBXO18
TRRAP
LUC7L3
G6PC3
CHCHD1
CREB3L1
GMPPA
ATHL1
ZNF629
ESD
SYNRG
PRNP
DLG1
ADORA2A−AS1
SESN1
XPC
PAK2
GALE
MON1B
CRB3
NANS
SAE1
ANAPC1
UBA1
BAK1
DDX21
ERH
SLC12A8
MAPK14
CCDC25
RIOK1
COL4A3BP
DNAAF2
LCN12
BAIAP2
NHLRC3
AP3M1
TMC4
USP8
RPL35
MMP1
TSC22D4
COCH
POLR3B
ZNF830
KPNA2
CCDC90B
RAB10
TMEM104
RNF34
GPATCH8
CDC16
HMG20B
NDUFB2
AUP1
WSB1
CIRH1A
DHPS
RPL36AL
PHF14
ATIC
SUV420H1
SELK
A
RRDC1
CNOT3
UQCRC2
SIRT7
RAB1A
ZFYVE21
IMP3
STX17
ABTB2
NDUFC2
UNC119
FAM100B
EPHA1
CACTIN
CBR1
PHACTR4
KIAA1551
EGLN1
SRSF10
ZNF689VPS8
INIP
PCED1A
ADK
FEM1B
IK
STARD7
C2orf47
URM1
SSR2
RPA2
SNHG16
TMCO7
EIF2S1
SSR1
FBXO46
RPL31
TIMM8B
VPS13D
ELOVL7
RPS9
PRCC
IL22RA1
PBXIP1
DEGS1
ALG5
PTRH2
IGSF8
KDM5C
CLNS1A
SCO2
PKP2
RYBP
DHX57
PAPSS2
ISCU
SORBS3
PHGDH
NPIPL3
AKAP11
PRKAR2A
SIK2
OXNAD1
COPB1
CARM1
HDAC5
SEL1L3
C7orf26
RPL39
NDUFB6
CCDC69
KLHL15
MCM7
MKKS
ARPC4
FAM118A
SBF1
SCAF1
RPLP0
FAM105A
SERPINA1
IER2
YWHAQ
APPBP2
CREG1
NOLC1
GNS
NIPBL
CAMLG
PRKAG2
RPS11
DOK4
ZDHHC20
UBAC2
XRCC6
TIA1
GPI
GPANK1
NMD3
NDUFB5
C
WF19L2
GFER
TPI1
SUCLG2
POLA1
NUDT21
SEPW1
PTPN12
NAE1
RPL12
MAPK8
DDAH2
CSNK1A1
PSMD4
ARHGAP32
PAFAH1B3
RRM2
MAP4K4
FKBP14
C14orf101
NUP50
PRRC2A
FAM162A
RPS13
NEURL4
C10orf137
AGPAT5
PLEKHG6
ANKRD17
ATP8A1
WBSCR16
POLR3E
CNOT6L
CYTH1
SNRNP48
ASCC2
OXA1L
TADA1
FBXO44
CDK2AP1
KDELR2
FKBP1A
NOP9
VDAC3
PSMG4
TRMT2B
VPS35
NIPA2
VPS51
FLII
CLPB
DYNLRB1
C9orf64
TFG
C15orf39
TAF8
CPSF7
MIER2
TMEM185B
RNMT
NLE1
POLR1E
GLTSCR2
TMEM45B
Z
NF496
USP42
61E3.4
COX11
MBTPS2
ECHDC3
TUBB2A
MRPL36
DHX8
EIF4A2
NDUFA12
STRA13
GPR108
FTSJ2
HADHA
OS9
ADAT1
DCAF13
MOV10
RAVER2
HIBCH
DEF8SCRN2
ZNF652
SLC25A13
GARS
PDXDC1
SHCBP1
NR1H3
DMXL1
SLAIN2
IL1RAP
SLC30A5
GTF2E2
PAH
DHFR
MRPL34
RSPRY1
ECHS1
CDC42BPB
RPSA
METTL21A
RRP1
ENSA
TRAPPC3
SRSF5
MANBAL
YBX1
TRIP10
NEU1
CHFR
VCL
FAM117A
MARCH7
PTPLAD1
CBFA2T2
C19orf21
ATP11C
PAICS
GIGYF1
TXNL4B
TNFRSF1A
MINOS1
BZW2
SREK1IP1
RPS20
CPNE3
ATAT1
ARID3A
GGA3
TAF11
ILF2
DDX39B
GNB2
PIGG
LARP1B
C1orf85
PCMTD2
KALRN
ADIPOR2
XYLB
OTUD3
DOCK6
KIAA1143
MSI2
ZNF841
MMS22L
SFT2D1
SMU1
MAPK1
BTNL9
HLTF
EPB41L1
SGSM3
SNRNP25
FKBP8
ABCG2
TXNL4A
CCDC115
RNASEH1
SULT1C2
UQCRFS1
IHH
AKR1C3
HDHD3
RNF11
MB21D2
RPL17−C18ORF32
ATP2C1
TUBGCP4
ITPKA
RPS23
ATP5H
KIAA1279
NCL
FAM111A
SRP9
BCL9L
DDC
GAA
ZFP36L2
DEPDC5
DLC1
PVR
ATF5
SNX5
FRAS1
STX6
IQGAP3
ARID3B
GPS2
SUGP2
INADL
CNIH
MAP7
GOLPH3
KIAA0319L
GRN
TJP3
ATP5G3
SCP2
SEC63
XRCC5
VEZT
ABCD4
BSDC1
SLC39A7
PRPF39
TNS3
SRSF1
CCDC34AIM1
FAM204A
NDUFA10
NFRKB
ASPHD1
TMEM194B
MDN1
MZT1
MEGF8
HLA−A
SLC9A3R1
IL6ST
HMGA2
PACS1
ACLY
DENND4A
EMP2
IKBKB
TACC2
METTL1
KCMF1
HINT2
LPHN1
INPP5A
PCDH1FAM122B
DMKN
LDB1
CTSL2
SLC25A33
TMEM64
MAT2B
FUK
PRPF4B
TMEM59
GDI2
PURA
FNBP1L
FAM210B
PHIP
APEX1
RAB35
NFXL1
AP1S3
MIPEP
FAM73A
POR
IKBKE
APRT
PPIF
HMG20A
MIA3
RPL27
MRPL40
NDUFA4
XPA
TMEM126B
RPL3 FTL
CBX3
NDUFB1
NPEPPS
EXOC7
TBC1D14
AQR
AP1B1
LONP2
EPS8L2
MSH6
FAM96A
RPS8
PSMC1
RAB5A
FLJ20373
MLLT4
AATF
TIMM50
KIF22
BAHCC1
GTPBP5
CAPNS1
FKTN
EMC3
HNRNPK
SNX1
C6orf132
SNF8
CHDH
SEL1L
KAZALD1
TIMM17B
GLRX3
LARS
SVIP
YTHDC1
CELF1
ZNF302
TMUB1
DMAP1
RCN2
SLC44A2
FGFR1OP2
DHRSX
CASD1
ITFG2
DSTN
PHF20L1
CDK5RAP3
OPA1
EAPP
CABLES1
PHKG2
PPP2R5D
RECQL5
NUCB1
MRPL27
PIGN
NCOA1
BRMS1
LRBA
HNRPLL
CYHR1
KDELR1
ANKMY2
FGFRL1
WDR3
SMARCB1
DDX1
LAMB2
TFCP2
ATXN2L
FAM83G
SLPI
ACADSB
ORC3
ZNF639
VAPA
KAT8
GORASP1
OSBPL1A
STX7
ACOX1
RBM22
C5orf43
FBXW11
MALT1
GCA
GCDH
MLLT10
RALA
CHD6
LIF
LTBP4
APP
MEF2D
MYO19
FUS
TOMM70A
HNRNPR
KIF20B
GALNT11
RPRD2
RPL21
RAB15
APBB2
B4GALT3
CEP350
LPAR2PMS1
RNF20
ALMS1
SP1
MINPP1
ATP5J2
ZNF445
EFTUD2
KDM5A
RABGGTB
HIRA
TSPAN17
MKRN1
DFFA
MEGF6
KIAA1731
MID1
GTF3C1
KIAA0907
EIF3E
THADA
MRPL38
MLL3
ZC3H14
EI24
BYSL
WARS2
LSM7
EMD
SLC43A2
KIF12
MEF2C
GPKOW
ZNF434
BCL3
ANKLE2
ESRRA
HAUS3
CBLL1
PROM1
RPN2
TROVE2
ATOX1
BANF1
TXLNG
USF2
FASTK
MTA2
SLC25A23
NOP14
ERC1
SOX13
HNRNPC
BCCIP
DIDO1
EIF3K
HS1BP3
SGSH
PPAP2B
SEMA3A
DDX24
LRPPRC
ANXA2
RARS2
ALDH2
MACF1
ATG4B
METTL14
WDR90
MCM3AP
ACACA
NUBPL
ASGR2
STX12
LY75
SAMD5
BRCC3
NOB1
KRIT1
SPRY4
UCHL5
YME1L1
NOMO1
ACAT1
MCM3
FOXO1
PAM
AES
AGK
CHTF8
C4BPB
PSMA4
CD97
SCYL1
MRPL20
UXS1
MEST
KIF14
SLC26A11
UHRF2
MGAT4B
RPS19BP1
ELAC2
RPL15
SBNO2
ORAI1
PPP1R9A
NDUFB4
GTF3C6
LYN
SOCS6
TP53RK
DDIT4
SDHB
DGCR8
NOSIP
ITFG1
NUP133
DCTD
DTD2
ICK
MLL2
CHML
MRPL21
MPZL2
ADM
NUP214
VASP
LTN1
PPFIA1
FAM32A
TERF2
PTPRG
CPOX
ALYREF
RBBP4
TAF5L
NCOA3
TRIM25
PPP1CA
RP2
ERMP1
EIF1B
MAU2
PKM
C21orf59
ZBED3
PLP2
UBIAD1
LARP1
RNF14
FAM213B
MEGF9
DLST
HOOK1
CS
PRKCZ
SAMM50
SARS2
TRPC4AP
PTPRF
SNX6
ZBTB40
TRAPPC8
ZNF212
PGRMC2
SDF2
UPF3A
TP53BP2
ACOT9
FRMD8
EIF3H
PRPF8
ITFG3
ANAPC16
NSA2
ETFA
MRPL48
AHSA2
SPG7
RPS29
BCAR1
CHD4
PTBP1
NKRF
FKBP3
UBE4A
FDX1
MARS
RPL26
SNAI1
IBA57
MTDH
MFSD11
SYNE4
HNRNPL
MRPL18
SLC23A3
SCNM1
TMEM14A
CD63
EIF3A
SMARCAL1
DPYSL2
GLYR1
FAM127B
CHUK
RPL11
NUDT1
TDRD7
ZGPAT
COPS6
POLR2K
ZMAT2
RICTOR
NELF
PCYT1A
MAPK8IP3
EIF3F
CPSF3L
PPP1R21
TRA2A
PLEKHH1
WBP4
AGMAT
SSRP1
ACER3
STAT5B
RBM26
TSPAN3
TCF25
KIAA0355
FARP2
FAM82B
RBM19
PLD2
HMGCS2
DHRS7
ATP5E
APOA1
MMS19
PAQR7
DAG1
ATP1B3
GPX3
CGGBP1
PVRL2
RNF10
RPL30
ABL1
FAM98B
RRAGA
SHROOM2
GINS3
ENOPH1
UBL3
TCEB3
FAM21C
PQBP1
GNAS
GNA11
RNF220
PSMD1
VPS39
AZI2
KLC2
NUDCD3
INTS8
CPN1
SLC44A1
C17orf89
PEX3
RRP36
WDR73
HCFC1R1
XPO1
CDK1
ASNS
VPS26A
ZNF614
C1orf63
SAFB2
BUD13
PPP1R12A
ATP6V1B2
RANBP9
PLCD3
MAP2K4
SMCR7
LDHB
TRAPPC12
RAD17
ALDH1B1
STYXL1
PAGR1
PARK7
RPS25
SRBD1
IWS1
MAP4
NRF1
EIF2AK2
USP15
SAMD1
PPWD1
PPA1
IER3
ZDHHC3
DNAJC15
ARRB2
DMD
COX7B
DNMT1
NSUN2
SF3B1
DGAT2
ATAD2B
STAG1
TM9SF2
RHPN2
FRA10AC1
SART1
CDC42BPG
RAB18
SPATA20
RPL22L1
PPA2
PLS1
TRNT1
TRIM26
ARF5
RPS27
RAB17
AP3S1
HPS4
MED25
NPAT
FLVCR1
SLC12A7
PTDSS1
ZC3HAV1
KAT6A
TSPAN6
KLHL5
TRMT1
CLINT1
PPARA
TRIO
CDC73
TMEM19
COMMD2
AP3M2
VPS37A
C14orf166
RPS6KA4
RPS7
C11orf57
DPY30
LETMD1
ATP6V1H
NHSL1
MORC2
TBL1XR1
CAMSAP3CAPZB
SCOC
MTMR2
PHF23
PDCL
NPC1
GPATCH2
G3BP2
TET1
PDIA3
CHD1
ACTR3
HAUS2
TCHP
USP28
BRIX1
WDR76
SMG8
MFSD8
PDE8A
CTNNBL1
FAM86C1
ALAS1
TOMM20
61E3.4
TRIM4
FRS2
BMPR2
WDR81
TMBIM6
ELF3
VMP1
GCNT2
XBP1
TLCD1
C6orf211
RPL27A
ZBTB33
CXorf26
EIF4G2
CCDC59
NT5C3
GDE1
UQCRC1
UBE2D3
C2orf43
RAB3GAP1
PRPF31
TMEM48
RCHY1
BMS1
PPARG
NUDT5
CSTF2T
SPG21
CHRAC1
ATP5A1
TYRO3
RCE1
DCUN1D4
DIS3
ECD
SNTB1
NCOA6
DCAF11
UTP6
HNRNPM
SYNGAP1
ATP2A2
UBN2
NFS1
TBC1D12
NT5C
TSSC1
TAB3
PDE7A
CWC27
SETD1B
MRPS7
POGK
NEDD4L
NDUFS1
POLR3F
PUS7L
SMARCD1
CCDC12
RPL24
STAM
NDUFC1
FUT10
PI3
DYRK1A
RCN1
CERK
TMTC3
ABCC5
R3HDM1
NUMB
EBNA1BP2
H3F3A
BTBD10
BCAT2
HNRNPA3
FANCI
C22orf28
TBC1D22B
SIK3
ACACB
GSTO1
LRRC41
MUT
SDE2
RAB11FIP4
PPP1R37
CRTC2
SIRT2
GCFC1
INO80
KIAA1967
AC007390.5
COQ7
LUZP1
SERINC3
PER2
PPP1CB
KRR1
NDUFA9
MGST3
DNA2
TMEM11
LRCH1
RIF1
KBTBD11
TMEM117
TAPBPL
CD59
SRSF9
NAA25
PLTP
ZNFX1
TTLL5
SRSF6
KPNA4
CRTAP
PTTG1IP
TRIM27
QDPR
PSMD8
ASH2L
CWC22
KIAA0895L
AK3
TRAPPC1
TSPAN31
PCCA
ATP5SL
RSRC2
CALM3
UTP11L
ATP2B1
DRG1
GTF2A2
ALPI
MRPS23
DDX6
NSMCE4A
RPL23A
TBC1D17
PSMD10
ARMC5
UNC93B1
KIAA0196
DHX32
TTF1
RALGAPB
NR4A1
ADAM10
FZD3
ATP13A3
MYSM1
NFE2L2
NDUFA8
SIDT2
GDA
SYNE1
CBX2
TAX1BP1
GMPR2
GNB2L1
ADAR
SCPEP1
PGGT1B
VHL
ABCC3
TJP1
NDNF
RCOR1
RFNG
FAHD1
HSP90B1
CLCN3
R3HDM4
COMMD7
DNAJB9
PPP2R1A
TFDP2
NECAB3
CDCP1
RBMX
USP54
ICAM1
CTNNA1
PEMT
GPR125
DNAJB12
IGF1R
TMED8
NRAS
THOC2
TRAF4
ITPR3
ZNF622
FGB
MFGE8
L2HGDH
CMIP
RPL37
TUBB
PRCP
FBXW2
HDAC2
RARS
SNRPG
C9orf114
DBN1
STEAP3
ELMOD2
SPRED2
DYNC1LI2
CORO7−PAM16
ABCC6
TTC5
DNAJC2
TMEM87B
TMCC1
ADCY6
USP40
EWSR1
RALGAPA2
ARHGAP26
NBAS
LIMK1
SKIV2L
SFPQ
GABARAPL1
FAT1
PDE4DIP
KIAA1671
MALL
PILRB
WARS
RBM39
LHFPL2
ATG14
KIAA1161
SLC5A6
NDUFAF2
TMEM8B
UBFD1
ZC3H15
EDEM1
MRPS9
PSAP
KLHL17
NYNRIN
OSBPL7
MLLT3
RPS4X
COPB2
MCTS1
TMPRSS13
KIAA0100
CTNND1
AKT1
ZNF687
CRTC1
PDCD6IP
ALDH6A1
HSPA4
TANK
SP3
PTMS
DUS2L
CCNY
EAF1
SRSF3
C12orf44
PBLD
AVPI1
SNN
CASK
NUP205
MT−ND3
VAT1
SMURF2
NFE2L1
MT−CO3 MT−ND4 MT−CO1
TMEM120B
SMURF1
MRPL1
DRAP1
TMEM184C
GUCY2C
RAD21
AQP3
SNRPD1
FUT2
ZNF740
SPAG9
HNRNPA2B1
EMC1
CPVL
TBCA
NACA
RPL36
TSTA3
C5orf44
ACSF2
FXR1
UIMC1
ABHD10
SON
DHX16
MOGAT3
RTN4
NDUFS4
VPS26B
TCN2
DGCR2
MEX3C
SUSD2
RPL13A
EIF3I
SPTY2D1
WHSC1L1
PEA15
LETM1
ELOVL1
GJC1
GUF1
SERP1
0 hsa−mir−3654
SMAD2
PEPD
PSMB5
SCAF8
KLHDC5
SLC40A1
DOT1L
AGPAT3
ARMC10
AGL
POLE2
MYO18A
SPATS2
PITPNM1
SCAP
OAS3
PSENEN
SLC25A22
BIRC6
UBAP2L
RDH10
PPTC7
EEF1E1
SEC24A
PLEKHA7
SDHC
UBL5
RPL35A
ARAF
TAF9
DENND2D
DCDC2
ATP5J
CSK
PSMB10
EPC2
ATAD5
NSUN5
DCAF7
DDX17
PHF20
RNF181
DCTN4
URGCP
SHISA5
CLDND1
PHF8
NDUFA3
LMBR1
RMND5B
RAD54L
TPT1
CYR61
SRCAP
IFT52
OSGIN1
RBM23
ITSN1
CLIC1
TXNDC12
MXD1
TNIP1
HSD17B14
EPM2AIP1
ZBTB7A
ANKH
COMMD4
TAF1B
KANSL1
TRIAP1
ME2
SEPT7
SESTD1
TRAF7
SOS2
ABCB10
RPL6
FAM118B
CPNE1
APC
NSUN4
ABCC4
ATAD1
PSMA5
C3orf17
DPY19L4
STXBP2
COPG1
NINL
ZDHHC20
NHP2
SNX17
EED
NGFRAP1
PRKDC
RPS6KL1
NAMPT
ZNF3
DNAJC13
MLL5
FAM76B
MIDN
SERINC1
GCC1
DNAJA2
EIF3L
FABP1
MAP3K13
DUSP11
TPST2
PITRM1
DHX37
ALDH9A1
DDB1
MTA3
MIS18BP1
JOSD1
EIF2B5
CEBPG
EXOSC1
RPS6KA3
GSTZ1
GHITM
CHMP4B
CAND1
RPS27A
FAM127A
NOL6
TTC39A
DECR1
TSR2
UTP14C
PDCD6
EIF4E
MRPL14
AHDC1
OGDH
AGAP3
ADAT2
BROX
SUB1
NDUFS5
RBM12
CCNJL
BPNT1
CYTH2
PI4KA
DPH3
SLC7A11
NOL9
VPS54
MRPS27
KLHL12
ATF7IP
TMEM248
PPIL4
GON4L
HDAC7
CDC25A
C21orf33
HTT
MCM8
GSDMD
PDK1
TYW5
RAB5B
TADA3
PAIP2
USP13
KPNB1
FNBP1
TRAF3
NARS
ERGIC1
TAF6L
SLC26A6
CIR1
KDM2A
SARS
ZNF28
GAR1
SUCLA2
RNF138
ZBTB6
SUCLG1
SEC14L1
ZNF24
DNMT3A
PCBP2
CSDA
PARN
SH3RF2
GSK3B
USP9X
CSTB
VILL
S100A14
PRDX6
BCORL1
GSN
MTUS1
ZNF655
DDX42
AGRN
USP47
SETD6
LEO1
TBC1D20
SRP14
HPRT1
ITPK1
RPL22
MARVELD1
AKAP9
SPG11
CTTN
ATP11B
PIP5K1A
NLN
SPICE1
ZDHHC9
DDX46
PSMB4
PDS5B
DNAJB2
PRSS3
C1orf159
ZBTB38
CLTC
HERC2
MT−ND1
MAN2B2
RPS24
TMEM170A
USP33
ZNF226
CXADR
TXN2
RBMS1
MUS81
ACAA2
ING5
IL18BP
RPS3A
UBE2G2
C7orf73
SH3GLB1
PANK2
NQO1
LNX2
TBL1X
FCHSD2
PPM1A
TMEM222
AIG1
ATRN
SSTR1
RAB5C
SLC25A25
UBE3C
RHOC
GNL3
UQCRH
PFDN1
MTMR10
GNG5
ACTN1
ANKRD49
CNDP2
C10orf112
KLF5
TRAP1
ALS2
MTMR12
CAPN10
FAM57A
CEP120
PRKRIR
MRPS36
PDPR
DHX33
ORC2
RRM1
GRAMD1A
PDZD3
CCT8
SORCS2
INTS7
VDAC1
TEX10
ANKS3
SYNPO
SLC45A4
SAP130
ATF1
AP3D1
UBR5
HNRPDL
NRBP1
MON2
DPY19L3
TOP2B
FAM13B
PSME3
SETD3
ERO1L
SMC3
CASP6
DERL1
LIMA1
MRPL13
LGALS3BP
PSME2
DYNLT1
SLC25A44
DTX3L
C17orf62
COX17
SUN1
PCGF3
MEAF6
PNP
KLF13
HMGXB3
CYP2S1
STIM1
CCT6A
RPAP3
CCDC43
VPS28
PRRC1
UGCG
TMEM230
ATP9B
RPL7
TES
CCDC120
ELMO2
SHFM1
ANKFY1
ARF1
HEATR5B
SNX30
CIRBPCDHR5
CALCOCO2
UGDH
ELP3
AIFM1
ANKZF1
MLL
RAB11FIP2
ABI1
L3MBTL2
ZBTB8OS
ZWILCH
REV1
MYO1D
AHCY
TET2
CC2D1A
CMPK1
PLEKHA4
C14orf2
TMEM132A
ZDHHC6
TBC1D22A
NSMCE2
DHX29
ITCH
MCCC2
ZC3H13
NKTR
PNKP
PHKB
SLC29A1
ZNF37A
SPTLC3
AKAP8L
SLC25A3
POLR2G
GPC3
SLC25A20
ZNHIT6
TGFB1
ZFYVE27
PPP1R15A
PFDN5
GRPEL2
CLEC16A
LYRM1
ARPC2
DCAF15
CUL7
ECHDC1
C3
CDS1
MPV17
RAPGEF1
CIC
IMMT
LANCL2
GOT2
FBXO7
ZFR
MRI1
ZNF330
AMOTL1
MICU1
WLS
MTCH1
EXOC6B
AP1M2
IDH3A
WDR43
VARS
ZMYND11
AFTPH
C5orf51
DCAF17
GAS2L1
ELP2
PEX14
MSL2
FBXO38
RNF114
ZNF720
FAM3A
KPNA1
TXNRD1
ZNF770
C12orf4
DDX18
RAD23B
SYCP2
AFF1
CDK9
EPT1
SERPINA6
MAP7D1
UBTD2
ATF6
UQCC
CUL5
PAPOLA
VBP1
ACTR6
MRPL47
C12orf50
RAP1A
EXO1
EP300
THOC7
SHQ1
METTL9
FIP1L1
SURF1
AAMP
AP5M1
SEC11A
GNA13
ANKRD10
RBM5
TCTN3
TARDBP
WASH4P
ZFAND6
FBXL5
ZCCHC10
BAG2
PSMG2
ZFP30
VCPIP1
RPTOR
EIF3J
MGEA5
SMC1A
DLAT
AP1S1
FKBP10
AATK
ANAPC4
CENPC1
PHAX
SAT2
RPL41
SBNO1
MRC2
UNC45A
CSDE1
TRIM44
HNF1B
FBRS
NRDE2
BAIAP2L2
NPTN
NLRP2
IL17RB
KATNB1
NPAS2
DDX19B
MOSPD2
EPC1
DHX36
CLK1
AHNAK
ERCC2
HEXIM1
USP3
PECR
ACTR8
TMBIM1
AKAP10
MRPL42
S100A11
ACE2
LTA4H
LEPROTL1
RASA1
ATP5C1
UBXN4
PNPLA2
FUNDC1
BAP1
MED29
GEN1
ZZZ3
MCM6
CRYZ
FAM188A
YEATS2
ZBTB17
C5orf22
IDE
DCTN2
MYO1B
PSMC6
NUDT16L1
ZNF451
RPL23
C2orf49
STK35
DYNC1LI1
NECAP1
ZC3HAV1L
SRP54
PPP2CA
ELOVL6
NR2F2
WIPF2
SDHD
KIAA1430
MATR3
APLP2
EP400
MYH10
BPTF
ENTPD5
ZNF805
KIF2A
TRIM21
MMP14
INO80E
UTRN
ANKRD11
GOLT1A
COPS5
ABCF1
ADCY7
PYGB
STX4
PTP4A2
RPL26L1
SEP15
CPNE8
IREB2
PDCL3
DBR1
TM9SF4
CUL9
C17orf80
KIAA0146
ZNF192
MAN2B1
METTL5
C16orf72
LRP1
HSPA12A
CD68
SNTB2
CLK4
IBTK
CELSR1
RAB32
TYW1
CTBP1
CCDC41
WDR74
RHBDD2
COX7A2
DNAJC7
TLE3
TMEM203
UBAP2
SMG6
HEBP2
RABEPK
HIPK2
ZNF672
VDAC2
ATP6V0A2
ZNHIT1
PRUNE
TYMS
TANC1
PDE12
AP3B1
ZCCHC7
DDX3X
SMG9
YEATS4
RNF13
UBE2N
INSR
PLCB1
TONSL
PRPF3
NFATC2IP
HSD17B4
IRF6
SLC24A6
FBXO22
GCNT1
RPS6
DDX55
BTF3
GGNBP2
ALS2CL
PPP4R1
FBXW4
MRS2
RASGRF2
PDCD2L
TTC17
YWHAG
SLC33A1
NBEAL1
ZDHHC5
GFM2
AP1G1
PSMD14
DCP2
TSPYL2
TRAPPC4
SSH3
MYH14
MT−ND5
CCNH
OTUB1
CORO1B
CHEK2
AP1AR
GPATCH2L
MEPCE
RAB11B
YLPM1
HELLS
HINFP
RAB1B
CSNK1E
CYFIP1
DNAJC3
PRR12
PWP2
MAN2C1
MPP6
WDR36
RAB7A
BRI3BP
DCAF5
FAM120B
CCNL1
NCSTN
ACOT7
ZNF468
SPPL3
BRD2
LRRC1
GPATCH1
KNG1
N
DST1
MINA
DIP2A
MTOR
SLC4A1AP
SCYL2
ZNF133
ABCB7
EHD4
LGALS3
SRI
TIAL1
ARL5A
MUM1
GANAB
ORC4
CNKSR1
EIF5B
CERS5
CDKN2AIPNL
RAD51AP1
UBC
UBR1
SENP1
MRPS30
KIF1C
UBA6
ATF7
ZNF444
PCNP
PTPRK
PTEN
ARHGEF10L
AC130352.1
PPP2R2A
TAF2
RASSF7
OPA3
ITPA
HDAC6
SLC35E3
ITGA3
NUDT16
WIZ
MFF
LSM5
FAM84B
PITPNA
CLASP1
PCSK7
CRNKL1
MRPL33
ALDH16A1
INPPL1
ATG9A
CCT7
DIS3L2
DOPEY2
TPGS2
QARS
ANAPC7
CSTF3
FNIP1
HSPA13
TLK2
PATL1
KIAA0556
FAM111B
YIPF3
TAGLN2
CALM2
IMPACT
PPIE
CNPPD1
ABR
CDR2L
PSME4
ACTR1A
SNRPA1
RAPGEFL1
VWA9
SH3BGRL3
ENPP1
CAPZA2
BDP1
PPARD
ZBED5
EIF2B4
DHRS2
FXR2
TP73
MBD4
C3orf38
MTF2
STK36
RHOU
TOPBP1
NOP10
LNPEP
ZNF780A
YTHDC2
SERPINB1
C1QBP
WASH6P
SOX4
TAOK1
ATG5
ACVR2A
CHMP1A
SGTB
CDC123
TMPRSS4
TMED2
MT−ND2
RTN3
FLNB
GCLC
ULK3
IL17RA
OXR1
GALK2
NETO2
MYCBP2
AC073346.2
PDCD10
FAM104A
BIRC2
HPS6
FSTL3
UBE2V2
PAWR
PRDM15
CTSB
CLIP1
STAU1
FOPNL
USP37
ARHGEF16
STAMBP
PSMG3
NSRP1
KANSL3
BCL9
SMC6
NDRG1
MAST3
TMEM161B
MSH3
RETSAT
PHYH
MTM1
STK24
EEF1A1
UBA3
CENPJ
MFSD1
PPP6C
RBPMS
AP5Z1
MRPS18A
CREBRF
PITPNM2
CLPTM1L
PCK2
SLC23A2
MCM2
VPS52
ASAH1
AP2M1
C12orf49
OSGEP
NR2C1
ZFP1
KIAA1191
HKDC1
NDUFS2
EXOSC5
ASCC1
MRE11A
THNSL2
LMBR1L
RPL4
ADAM22
TMEM33
FTSJD1
THYN1
SLC22A18
PLEKHG5
CBX5
EPS8L3
MKNK1
ZCCHC11
IVNS1ABP
ARIH1
TPCN2
ATP6V0A1
B3GNT2
PITPNB
POLR2B
TACC1
CYP2W1
GALNT10
DERL2
FOXJ2
MDM2
WTAP
CHD1L
PWWP2A
DEAF1
FAM160B1
CPLX1
NFYC
CORO2A
VMA21
ARAP1
SEC22C
HHLA2
ADAMTSL5
ARHGAP23
BNIP2
EIF1AD
NDUFA5
GPN1
NEK7
CLN8
VPS36
FUT4
TMEM184A
CCAR1
SYT7
B2M
PLEKHA5
PTPN11
GOLGA4
TGFBRAP1
LEMD3
UQCRQ
TIPARP
PLEKHG1
MAP3K6
SLC25A26
ALAD
ARCN1
CHD8
CAV2
NOL11
FLRT3
TMEM68
TMEM223
CCNI
BTBD6
EIF2C1
COPS3
MT−CO2
KIAA0586
PKP3
EIF4B
PAIP1
ZDHHC24
ORMDL1
KIAA1919
PTAR1
MTTP
PSME1
LRRC16A
TRIP6
ITGA1
JTB
ZDHHC23
POGZ
ZDHHC17
SOD2
CALM1
TAF7
PANX1
MGRN1
MEF2A
SCFD1
SOCS4
COA4
YIPF6
FMR1
LARP4
VPS13B
PUM2
SGSM2
IYD
CNOT8
GPX1
TNRC6B
ZC3H8
TFAM
GPR107
GEMIN6
DHRS7B
RPL34
GSTM4
MAK16
HNRNPH2
SRSF4
FNDC3B
HNRNPA1
AKTIP
HLA−C
SEPT2
KCTD3
C11orf30
DUSP1
ACSF3
COG6
ULK1
ASB6
C4BPA
MBTD1
VGLL3
COG5
NRBF2
MTHFD2
RBM8A
IPO5
HEATR5A
ERBB3
FUCA1
NEK2
LCLAT1
SRGAP1
WRN
PARP1
TMEM144
CA13
PAPD4
ABCC2
PRR14
COX8A
FBXL19
NXT2
KIAA1468
GYG1
SNRNP200
ATP5B
ANP32A
WDR72
MLLT6
ATE1
INTS10
SLC1A3
TINF2
ZNF131
STK4
DAGLA
FAM21A
ABLIM1
SMARCC2
NCOA2
PNISR
SETD2
PCNXL4
CASP8
FANCL
ZDHHC7
GOLM1
OTUD5
SLC7A8
TMC6
NDUFAF6
KLHL36
VAV2
ZDHHC4
WDR55
KIF3B
WDR37
GNL1
ARID4B
MTMR14
PIP4K2B
CTSC
COX6A1
WIPI2
FH
RNF145
PPP2R5E
LGALS2
TBCC
TMSB10
SUPT6H
SFXN2
NRSN2
UVSSA
UBXN2B
SLC39A9
MT−ATP6
GOLGB1
DLX4
PHF13
ZBTB24
EIF3C
PCGF2
ADSL
AC114772.1
DLD
RNF8
PDHB
EDC4
DNAJC25
SORT1
DDI2
RNF44
APEX2
BAZ1B
MTMR3
WDR45L
ABI2
CHEK1
RNF115
MAGT1
TRUB2
SRRM1
TRIM35
RPS6KC1
SH3RF1
ZMYND19
SUPT7L
ZNF276
ETV4
VIMP
TERF2IP
PRPS1
CSNK1G2
MLTK
DAAM1
RAB3GAP2
CDC5L
MARCKSL1
ANXA3
SPAG7
AFMID
RTKN
GTF2I
WWC1
GPRC5B
DCLRE1C
AVL9
HEPH
SPTSSA
GLRX
H1FX
RAP1GAP
UBA5
TRAF3IP2
NCKAP1
FADS1
GTPBP1
PFDN6
CCDC93
MED21
OCRL
MFSD3
HIBADH
SLC27A2
ZNF638
JAG1
SMNDC1
PLEK2
SLC35E1
MED10
RABGAP1
RBM6
ETV3
ALDH5A1
EIF2AK4
CAMK2D
CCNT2
USP34
NAA20
CHMP7
PAPOLG
MARS2
CBWD2
IL32
SDHA
CHKA
TMEM199
TPRA1
DCUN1D2
APEH
EIF2A
RNF31
ARHGEF7
C1orf27
KIAA1109
RINT1
COX10
MAD2L1BP
SECISBP2
DYNC1H1
RNF103
GUSB
EPS8L1
RSBN1
CCDC132
RALBP1
BMI1
IL17RE
SYVN1
BLOC1S2
MAPKAPK2
CUL4B
G6PD
PTPRA
EDNRB
XPR1
CCDC138
PIAS1
KIF13B
XRN2
HECTD3
CRK
ZMYM2
TAF1D
PIK3R4
PTPN3
STK10
APPL2
GFM1
SLC35D2
UVRAG
SBF2
ZNF581
AGPAT2
RGP1
UBP1
CEP152
ARNT
KDM6A
DOCK1
IFNGR2
FBXO11
MT−ATP8
CETN3
SDCBP
CARS2
PLSCR1
SHOC2
KIAA1715
INPP5F
SLC6A20
ST3GAL2
PRKD2
R3HCC1L
YAF2
PCSK5
SEC23B
C8orf82
PIGT
GPR180
MAPK3
DESI1
SEPT8
SLTM
FAM135A
PBX2
TECPR1
BCL7B
GJA1
OSBP2
SMARCAD1
DDX49
ACOT2
DENND1C
OSBPL11
PTGES3L−AARSD1
COPS2
RALGPS1
IRGQ
DHX30
DNAJC1
IP6K2
AKR1B1
BAZ2A
B3GNT5
DSPCDH1
SP2
ZSWIM6
GRAMD1B
NAPEPLD
NXF1
LGR4
ABAT
FLAD1
B4GALT6
C16orf80
OARD1
PPCS
ASB1
MKLN1
ANXA9
EFHA1
LUC7L2
DDX10
BID
PRMT6
MT−ND6
ANK2
LPCAT2
CEP57
UNK
NT5DC1
ANO6
NEMF
GULP1
GYG2
MAP4K3
USP32
AP2B1
LIPG
TJP2
FAM126A
FOS
WDR26
EYA3
MECP2
SRRM2
MOB1B
FOXP4
MRPS35
CHMP5
KDM4A
TRIM14
CAMTA1
IFT88
HDLBP
PPP3CA
MARK2
TAF9B
PPP1R11
SLC25A46
SUOX
ARL14EP
SUSD1
CHAMP1
LAP3
GAN
IRF8
TMEM63A
SCAND1
DIEXF
SLU7
UBR2
LTB4R
OSBP
MNT
RALY
ATAD2
PFN1
SAAL1
EHBP1
SNX13
C5orf24
MTRR
CCNT1
FUBP3
SETX
TBX3
YPEL5
PDHX
RAB9A
SIPA1L3
C1orf106
FAM211B
SMAD3
SHISA9
PSEN1
BAZ1A
HPCAL1
ATP6AP2
SPRY1
COL5A2
HP1BP3
MYO6
LCOR
CREB3
STOM
GRB10
ADCK4
CHD3
TMEM2
PARP14
GPATCH4
ACTL6A
NUB1
ASL
UBE3A
IQCB1
ACD
ASTE1
GTF2H2C
RAB4A
PNMA1
PTPN4
SRSF11
NCOA7
CLCN5
CASC4
CBS
MIER3
PDLIM2
HOMER3
NONO
CDK7
MAVS
MTRF1L
ZNF320
KLHDC2
KLHDC10
SEC62
LGALS8
OSTC
NFKB1
SEC24B
MUC13
IRX2
SLC39A10
RHBDF1
SNX27
GMDS
MFAP1
LRCH3
TOB2
BUD31
DBNL
ATG2B
KBTBD2
EEF1B2
PRKAA1
PCBP4
ZNF148
USP38
S100A16
SMARCC1
TMOD3
COQ10B
CNST
VPS18
VPRBP
DLG3
FAM120AOS
SDAD1
MYO1C
PRRG1
ZNF644
GALNT6
WBP1L
MAPK1IP1L
KIAA0101
BLOC1S6
TMX3
PPARGC1B
PAPD5
HARS2
C6orf48
ARNTL2
HELZ
RUFY3
NDUFS3
ZNF280D
DOPEY1
SPAST
FANCD2
PPP1R15B
C5orf42
CAPZA1
ASNSD1
C12orf23
ABRACL
FOXN2
UBE2G1
RAB23
SPCS3
TMEM45A
TRIM8
SPATA13
YWHAB
EPB41
TIMM17A
C14orf119
KPNA6
IGBP1
ASAP2
ZSWIM8
SEMA4B
SGMS1
CAP1
C11orf48
EPS8
ZMIZ1
BTF3L4
SMG7
PICK1
PLCG1
PARD6B
DERA
FCHSD1
MAGI3
USP1
LRP5
VWA8
DIAPH1
SLC22A23
CRY1
PDCD4
LARP7
H3F3B
RNF7
SKI
ATN1
IGF2BP2
HEATR3
RAP1GDS1
RBFOX2
PLEKHA6
ACAD8
ARFGEF2
CBL
TSPAN15
CACFD1
MAN1A2
MED23
KIF16B
SEMA4G
FGD6
ERBB2IP
GTF2A1
SNAP23
ATL2
TRMT5
METTL17
CPNE2
POLR3C
ZBTB26
PLCE1
DENND5B
RAB25
PTGS2
MCMBP
ADIPOR1
SYNCRIP
RNF139
SETDB1
ERICH1
CCDC125
SH3BP2
POLR2A
TNFRSF10A
CHST3
ARHGEF28
CHD9
PABPC4
VDR
TP53BP1
VAMP8
GBA2
KCTD9
DPP3
DCAF12
ZZEF1
CHAF1A
STAP2
UHRF1BP1L
AGXT2L2
ALDH7A1
MYO7A
WDR48
PURB
CHMP1B
PARVA
AIM1L
PBRM1
KIAA0317
RGL1
SMPD1
TSPAN9
CDC42SE1
CHPT1
RC3H1
JMJD1C
EIF4ENIF1
CRKL
ZNF259
GTPBP4
BCL2L13
RTF1
STAG2
COL27A1
NDUFA1
EPB41L2
ABCA5
GOSR1
MAGEF1
RAB11A
GALM
PDZD11
UFM1
PABPC1L
MED17
HLA−E
PRODH
FAM83B
PCNX
ZNF776
CREB1
TCEAL4
NSF
TMEM37
SH3PXD2B
LINC00493
CFTR
UPF2
HEATR7A
HN1
DUSP2
ERCC5
GIPC2
GMFB
CCNL2
RAB2A
CAPN5
FAM105B
OCLN
ARID1A
FXC1
MTAP
YWHAE
MSTO1
C10orf32
FOXK1
NT5C2
NCR3LG1
GRAMD4
NOP16
FZD6
PPP6R2
SACS
RBM25
IFRD1
SKP1
MYO5C
UPF3B
PIGM
UBXN1
DST
CLTA
UTP14A
PGAP3
SH3KBP1
RABGGTA
CHP1
WDR11
PPAPDC1B
ELMSAN1
USP11
MAN2A1
LAPTM4A
RFWD2
PHC3
PFKM
MYO15B
NEDD4
RNF19A
RAB22A
MYL12B
EPB49
IRF2BPL
TRIP12
ABHD13
MAX
NEDD1
SAP30BP
PAFAH1B1
OSBPL2
SPECC1
BAG1
FAM20B
RDH11
SSBP3
MAP1LC3B
ARPC1A
ELMO3
ARPP19
SSH2
KIAA2018
EFCAB4B
JUNB
MARCH6
TRAPPC9
ACBD3
CCNC
CYCS
NARS2
TSC1
NSD1
NFKBIA
PNPT1
MPLKIP
IDS
CSRNP2
DNAJC10
ARID2
ARHGAP27
PIK3C3
DIP2B
BECN1
PTK2
RGL3
CLPX
NDEL1
GID8
CHCHD7
MECOM
ZC3H11A
ARHGEF12
RHBDF2
HGD
EFR3A
CDC26
LIN54
S100A13
PNRC1
GPR115
TRIM3
TMEM135
AP2A1
KDSR
POLR3K
RIOK3
EXT1
ENTPD7
SLC3A2
ZSCAN29
NLK
FRG1
PNN
C16orf88
TSPAN8
WDFY3
GPD1L
PNPLA8
MST1R
TIAM1
CDK12
PTK2B
BDH1
PSMD5
HBS1L
PIH1D1
ACBD5
FN1
AP1G2
NNT
ARMCX6
DUSP14
TUBGCP3
NF1
LRP10
CANT1
TASP1
HIVEP1
ETNK1
PBX1
POLB
PRPF40A
PTCH1
PBK
ERLIN1
MAP3K7
TSG101
API5
ATP2A3
GALNT5
ZNF281
RAB8B
PDZK1
YIPF5
TTC7A
TERF1
PEX1
FAM160A2
NT5C3L
RERE
TMEM181
PIP4K2C
C12orf10
RAB13
TMEM183A
ANKRD13A
DIAPH2
C22orf39
MOSPD1
BET1L
TRNP1
LRRC40
STK17A
AFAP1
NADSYN1
KIF5B
LIN9
SCGN
AAK1
TAF4
ATP5L
RP3−324N14.2
GHDC
WAPAL
MYLK
TARS
SFMBT1
EGR1
CHMP2B
NAA38
ZNF200
KLC1
ZBTB10
TPST1
CSRP2BP
GPD2
SOAT2
MICAL2
IGSF3
SMAD4
PUS10
PTER
NBN
SPPL2A
UFC1
ATRX
TMED7
SMPD3
BCKDHB
RHOT1
WDR41
ATXN10
FOXN3
VTI1B
SH2B3
ZRANB1
CDC42SE2
FAM160B2
C6orf106
DNM1L
GATAD2B
TMTC4
PDP1
ACAP2
DNAJC21
LRCH4
NFATC2
EML4
EML3
FBLIM1
LPP
SLC35A5
TRIM13
FAM101A
VPS25
PPM1F
RGL2
ZNF277
PTPN9
CAB39
AGR2
DDHD2
WWP1
GPR137
CLN6
MPHOSPH8
HIF1A
SLC25A40
BACE1
JRKL
MAMDC4
KLC4
COMMD10
HS2ST1
SLC12A9
TMEM92
CCDC117
TNPO1
ZWINT
CERS6
ZNF462
TPD52
LLGL1
DHRS11
ID2
ZNF91
RDX
BOD1L1
C1RL
SOS1
ARPC3
VPS4B
CD2AP
SDC4
ANKRD13D
TRAK1
BLMH
CISD1
SH2D3A
ZMPSTE24
SH3YL1
MET
FAM192A
MYNN
EXD2
MLKL
ZNF641
MPP5
PIGC
NDUFAF5
LAD1
TMEM63B
AP4E1
FURIN
TULP4
ARAP3
CLIC5
CHD2
EEA1
PLCXD1
CASC3
P2RY1
ASB7
PHF1
TNIK
FANCE
ARHGEF11
DPP8
MAP3K1
CLIC4
MCL1
YIPF4
TOB1
CDK11A
KDELC2
ZG16
MOB4
BCL2L1
SPIRE1
OSBPL3
MADD
TPM3
RBMS2
CAPN1
RSBN1L
CLRN3
LYPLA2
PLAC8
CFDP1
TIMP2
DUSP6
POLG
ASAP1
USF1
CAMK2G
ZNF777
ATP6V1D
TBC1D8
MIB1
PGM2
SLC18B1
NPNT
NR2C2
FASTKD5
LPCAT4
TMEM219
FRYL
ZYG11B
ZNF22
VPS13C
ATP6V1C1
ACP2
DAB2IP
FBXO41
HSD17B11
GSTA2
CHPF2
PHLDB1
TBC1D8B
EGFR
PIAS3
SNX9
LDLR
SLC35C1
DLEU1
TOPORS
GLCE
BTN2A1
SMARCA1
TYW3
B4GALT5
HIP1R
MRPL35
NUP88
MGST1
CSNK1G1
UROD
URB2
FLOT2
CSPP1
PKN2
RING1
CHMP3
PLEKHG3
ATXN7L3
SYNJ1
SNX14
FAM109A
TMEM62
MICALL1
KIAA0247
PLS3
C19orf12
CASP3
PREP
KIAA1432
SIN3A
EFTUD1
TMEM127
GOLGA3
TBCB
UBE2Q1
STMN1
AMBRA1
ITM2B
PAN3
SPTLC1
NEU3
CDC6
ESPN
SOCS5
CCDC82
AZIN1
MED12
NFYA
DSCC1
TSPYL1
UGT8
RTCA
TRAFD1
STAT2
HOXC12
CCDC58
IFNGR1
HERC4
GABARAPL2
ALDOC
ANP32B
PTS
MSANTD4
CXCL16
DDA1
COX14
PPP1R3B
PRKCA
FBXO3
ARHGEF5
SUDS3
PJA2
TTC14
SUZ12
IMPA1
PRKCI
REEP5
FAM222B
BTBD1
ITGAV
C10orf118
REV3L
POLM
C6orf120
FAM35A
TRAM1
TWF1 TM9SF3 SPTAN1
GOLIM4
MTMR1
ACOT11
HPGD
PHACTR2
ACSL5
PI4K2A
BBS2
CPEB4
SEMA4C
RPUSD4
PRPF38A
ANGEL2
ZFP91
RECQL
ERLEC1
APOL6
LAMC2
SNX11
DBT
RFX5
TMEM9
PEAK1
ASMTL
CCDC90A
IER5
ZNF254
FBXO28
GNPDA1
NOSTRIN
COL1A1
SLC37A1
UBE2A
EEF2K
MYO1E
PHTF2
NEK3
KDM1B
TAOK3
TMEM30B
KIAA1737
CCDC14
KIAA0141
COX18
SLC27A3
NUP54
KIAA1217
IMPAD1
FSIP2
KLHL9
PFKP
USP53
HAVCR1
TBCEL
KSR1
SFI1
USP46
FYTTD1
ST6GAL1
PARP9
REST
ANPEP
CTCF
RNF41
PIKFYVE
CCDC50
MICALL2
SLC20A1
TC2N
NCS1
SFXN3
CIAPIN1
MYO1A
RABEP1
TGFBR1
STARD3NL
PLA2G16
RNF111
FNIP2
GK
OPHN1
PNRC2
SRC
UBQLN2
BRAP
C12orf5
RBM47
PLEKHA2
FAM18B1
PTPN6
SPCS2
HK2
TEP1
FAR2
SUCO
RIPK1
UBE2H
BRK1
EIF4G3
ANK3
PEG10
PTPRJ
SLC11A2
STAU2
SLC25A38
RAB21
AADAT
SIBCRPPIG
TOP1 ACTR2
SH3BGRL2
ARL6IP5
TM2D2
SPATA2
SLC7A7
CLCN4
TBRG1
STXBP3
SCML1
PPIP5K2
FXYD3
BAZ2B
CPSF2
PSD3
SNX19
C10orf54
DUT
MTMR9
ATXN7L3B
AHCYL2
ADI1
ATXN1
TLK1
PRR3
TBCE
TGIF2
FAM199X
TMEM9B
CAMSAP2
PARP4
PDSS1
RAB3IP
DDX19A
LANCL1
KLF12
C1orf115
ZNF800
GTPBP2
SLC4A7
GRK5
CALD1
FDFT1
IL18
PPP2CB
HMGN4
EMP1
FAM168A
PRKCD
PDP2
GRB2
TMSB4X
ZFP64
MYOF
ATXN7
RALB
MAP2K1
TP53INP2
SLC7A9
ZC3H12C
TRAPPC11
SPRED1
HACL1
SEC24D
ARID4A
DNAJB14
ARHGAP42
PROS1
SLC9A1
HNMT
METTL7A
ANXA13
GPRC5A
FAM117B
ARHGAP12
GSTA1
MBP
SH3PXD2A
ATXN2
TSPYL4
NBPF10
PSAPL1
SLC30A9
FTSJD2
GLTP
KLHL8
GIGYF2
SHKBP1
FZD4
STXBP5
PPFIBP1
EOGT
PFKFB2
B3GNT3
CRYL1
MCU
CLASP2
THRAP3
PLEC
CORO1C
TTR
CCND2
THUMPD1
GNL3L
ATP6V0D1
SPIN4
HCCS
SNRNP27
ERI1
SPTBN1
SPTB
PROCR
TBK1
SRP72 SKP2
TRIM33
SLC19A2
MANSC1
NDFIP2
FBXO21
SECISBP2L
POLK
CCDC174
LEPROT
RNF168
TRIM2
MGAT1
MSL3
SAMD8
CIDEC
CAMK2N1
EHBP1L1
HAUS1
ELF1
H1F0
KDM5B
BTBD7
GALC
CCNG2
VPS53
SLC35B4
RELB
MICAL1
HEATR6
SLC25A24
KIAA0430
HPS5
USB1
LARP4B
NEK9
ARHGEF2
XRCC4
CLSTN3
INPP1
WDR35
CCDC75
BRWD3
MVP
RIT1
CCDC141
SH3TC1
SNX12
MED14
MEP1A
GFPT1ASPH
KDM4B
PRPF38B
CTSZ ARF3
EXOC2
SLC26A3
ZFAND2B
LSM12
TCF7L2
SAT1
MORF4L1
ANKRD1
SDCBP2
LIN7C
GAPVD1
CASP4
PIK3CA
MMADHC
VPS41
ID1
EID1
BAX
FZD5
TTYH3
FNDC3A
WWTR1
LPGAT1
SKILARL6IP6
TP53I3
OPTN
LIN28B
TADA2B
FAM169A
KIAA1033
MFN1
TMF1
TTN
SRP68
ARFGEF1
ADARB1
FASTKD1
MST4
NCEH1
FAM60A
DCAF6
SNX4
HIGD1A
SLC39A11
MBNL2
TMEM167A
CCNYL1
HOXB9
PLEKHG2
TPMT
ADAM17
HSBP1
SPAG1
AFF4 DAZAP2
UTP3
NFKB2
NSMAF
ISX
SERTAD2
PIK3CB
ST6GALNAC3
SLC9A6
CLDN2
LRRFIP1
FAM217B
TM4SF1
KYNU
GPR126
LPIN1
SOX6
SEC61A2
CUL4A
PLEKHB2
FGD4
WNK4
RNPEPL1
P4HA2
PAQR8
THOC3
MARVELD2
RWDD4
PIGO
CYP1A1
SGMS2
DFNA5
HCAR1
KIF21A
UBE2D1
ANKIB1
HS6ST2
KPNA5
FAM91A1
ANKS4B
SLC36A1
LYRM2
GABPA
MGLL
DZANK1
MYD88 CEACAM6
BTG3
DICER1
AFP
KIFAP3
AHR
IL2RG
OSGIN2
ITGA5
PDLIM5
SEPP1
UFL1 GREB1L LSM14B
FAM126B
AMMECR1
SLC7A5
RGS2
C18orf25 NEO1
COX7C
KRAS
TMX2
ALB
DUSP5
HMGB3
VOPP1
PHF5A
FAM3C
CDK19
REG4
MMD
MUC3A
CANX
TMEM123
B4GALT4
TNFRSF11B
DENND6A FEZ2
−1
sig
a no
a yes
METAP2
HABP2
TMEM109
AURKA
−2
7.5
10.0
12.5
log2(baseMean)
15.0
17.5
(a) MA plot
CANX
METAP2
TMEM123
LAMC1
SLC7A5
−
TMEM97
CYB5B
AURKA
COX7C
IGF2
DICER1
PDLIM5
MBNL1
GEMIN5
TMX2
SH3D19
GPR126
PLK1
ARL4C
HMGB3PLEKHB2
RRBP1 PODXL
AHR
AFP
ARHGAP19
DAZAP2
KRAS
FAM3C
DYRK2
KIF21A
SPTBN1
WDFY1 SP5
CYP1A1
LSM14B
HABP2
FCGRT
AXIN2
RAC1
LMNB1
RACGAP1
TM4SF1
LRP2
SLC16A1
RAP1B
TMEM109
H1F0
TPX2
CCND1
PTP4A1
CUL4A
FEZ2
MVOPP1
MD FAM91A1
AFF4
CTNNB1
CHD7
TMEM167A
ATP9A
SFXN1
CKS1B
FAM60A
CDK6
SLC12A2
GREB1L
ASPH
TGOLN2
MORF4L1
HIGD1A
PHF5A
NCAPD2
PEG10
ARF3
RIN2
HSBP1
KIF20A
GCN1L1
FZD5
LPGAT1
ABCB1
HIPK3
ACTG1
PKDCC
PCBX6
VRL3
TTN
ENDOD1
ACTR2
GPRC5A
USH1C
SPTAN1
CDK19CEACAM6
ZNF703
HS6ST2
STK17B
FAM217B
SLC2A3
GFPT1
GALNT3
ASCL2
TMEM189
ANKIB1
SYPL1
AMOTL2
SERINC5
UFL1
DENND6A
TM9SF3
NTN4
CORO1C
MUC3A
SKP2
KIAA1033
PSKH1
TBC1D4
LAMP2
PTK7
ALB
SLC36A1
CDKN3
MBNL3
MYOF
PPP2R1B
FNDC3A
REG4
CTSZ
ARFGEF1
MED14
FLNA
ENC1
USP36
ZNRF3
SRP72
AMMECR1
SLC7A7
TOP1
HN1L
CDC20
NOS2
TAGLN
DCAF6
SRP68
TGFBI
RGS2
CCNB1
ERVMER34−1
HMMR
MYD88
TNFRSF19
PIGO
YWHAZ
GAPVD1
FGD4
OTUD4
IL2RG
LAMP1
WEE1
MKI67
LARP4B
MMADHC
TNKS2
ZFHX3
CCNYL1
GABPA
FN1
ELF1
COL12A1
DUSP5
NOTCH1
NEO1
MSX2
LRP4
TSC22D1
SLC2A4RG
HINT3
NSMAF
MGAT1
SLCO2B1
SLK
CDV3
CD81
EPHB2
CDK2
HMGCS1
HSPA5
SERTAD2
OTUD6B
DKC1
YAP1
COPS7A
GALC
TRIM2
TWF1
TPM3
ETF1
GYLTL1B
MARVELD2
MACC1
THRAP3
AMD1
TSN
HSPB1
ITGA7
MGLL
LIN28B
MDK
RSAD1
DEPDC1B
KIF18B
QKI
C20orf72
PVRL1
ABCA2
SCD
PPP6R3
MLEC
C2orf54
SAT1
LAMC2
SLC7A2
YES1
CLDN2
ANKRD52
ANKRD1
DNMT3B
PTRF
TTR
LYRM2
LSM4
PIK3CB
KRT18
PITX1
MAPRE1
AGR2
SH3BGRL2
REEP4
LRRFIP1
ODC1
HSDL2
RNF40
BZW1
NFKB2
GTSE1
GLB1L2
MST4
NEK9
BCL2L1
PRKCSH
ZFP36L1
NXN
MTSS1
LY6E
A
TAD3B
ANKS4B
SNX4
MVP
TROAP
MVD
PPIG
RPIA
OLR1
CALD1
KIF11
SLC46A1
MTMR6
SERPINH1
UHRF1BP1
SOAT1
TUBA1B
ANP32B
PPAP2A
C18orf25
SLC20A1
CES1
SNX12
DFNA5
CNTNAP2
ATP1B1
SLC11A2
RANGAP1
NDFIP2
LRP3
RALB
KITLG
MFN1
OPTN
ACSS1
BTG3
CKAP5
F11R
ARFIP1
INSIG1
BMP4
CDCA7
PPFIBP1
UBE2D1
PLEKHG2
VPS41TNPO1
LSM12
MFN2
MOB1A
PRTG
ECT2
SDC4
ARRDC4
FOXM1
TPMT
TMF1
S
NX19
SAPCD2
M6PR
EML4
NAP1L1
TMSB4X
ZFAND3
CREBBP
USB1
ST14
ADI1
ENO1
RNF141
PRR11
YWHAE
KIF5B
FAM115A
KDM5B
MOCS1
PFKFB2
GIGYF2
ADAM19
AZIN1
PPP2CB
CASP7
NAA50
FTSJD2
EREG
CRIM1
KIAA1147
TTPAL
PNRC2
PRPF38B
TCF7L2
PROS1
GLT25D1
TMEM201
RGS3
FAM46A
FAM120A
GPC1
SF3B3
SEPP1
FDFT1
SLC3A2
PAFAH1B2
TRAPPC6A
MANF
ATP6V0D1
PARP4
RAVER1
UTP3
CPSF2
BCR
PFKP
ITGB1
CDK2AP2
B3GNT1
FOXRED2
BLCAP
GPT2
TMPRSS2
DUSP3
FBXO21
ADAM17
TRAM1
B4GALT5
WNK1
SERPINF2
SI
ELOVL5
WWTR1
GNPDA1
EIF4EBP2
PIGW
FASTKD1
PLS3
MLXIPL
SLC6A6
FARSB
LIN7C
TGFBR2
KREMEN1
TNFAIP3
BAX
TEAD1
RBM47
SPCS2
KCNJ8
NFE2L3
BRWD3
MEP1A
ITGAV
HJURP
EIF4G3
KIAA0040
LANCL1
RDX
TXNIP
ZBED1
SGOL2
FGA
TLK1
SMAD5
MSMO1
KIFAP3
MYC
SLMO2
SLC25A24
MYO1A
ITGA5
FAM168A
NFAT5
ZNF268
SP6
OSGIN2ARHGAP12
SPOPL
P4HA2
PHF10
NUP210
REEP5
FAM126B
LPP
G3BP1
SSFA2
C1orf115
KPNA5
CLSTN3
GOLIM4
LAMB1
PRMT3
SUZ12
DOCK9
AQP11
CAPN1
MYL9
SLC2A8
ALDH1A1
MBNL2
IMPAD1
DST
TACC3
MPZL3
FAM63B
RNF26
P2RY2
C11orf58ASB13
SCAMP2
TPP1
KDELC2
ITM2B
MCL1
BORA
HK2
STMN3
PERP
SFXN3
MORF4L2
DZANK1
ERF
UBE2S
PPIP5K2
ARHGEF12
CCDC86
BTBD7
FAM199X
ABCC9
SOGA1
RAI14
HSPE1
YWHAB
HNMT
SLC2A14
MET
NDC80
RNPEPL1
SLC30A9
ID1
SLC9A6
CLASP2
LAD1
U2AF2
DDX19A
PRPF40A
CASP4
THUMPD1
ATXN7L3B
MYO1E
LDLR
TARS
DIAPH1
UBE2C
SHKBP1
CAMK2N1
PGBD5
SGPL1
RAC3
PMVK
PIKFYVE
SUCO
TMED10
SECISBP2L
MICAL2
MYL12B
SLC20A2
KIFC1
HMGB2
RWDD4
SKA3
CHD2
FAM102A
CDIP1
KIAA1217
CYB561
PLXND1
MRPS18B
ANK3
NCEH1
GRB2
H3F3B
ARHGEF2
SRM
THOC3
CIAPIN1
EEF1B2
POM121
CKAP4
FOXRED1
MBD3
NF1
SPSB1
LPIN1
CTCF
CYCS
CENPF
SAMD4B
LBR
CCDC141
CHMP3
MGST1
SYNCRIP
SNRPB2
ADARB1
KLHL8
IFNGR1
HSPA4L
NAA40
ROR1
MCU
CKAP2L
EEA1
PREP
DIP2B
DCBLD2
SLC19A2
C1orf198
TNFRSF1B
FZD4
TRIM33
SOX6
MT−ATP6
LRIG3
KIF23
RND3
CD2AP
PRKCD
FKBP4
FKBP5
NUCKS1
C20orf27
UBE2E3
PHYHIPL
MAT2A
SEC61A2
TGIF1
PJA2
ZWINT
S100A10
RXRA
AMFR
NAA30
FLOT2
DYNLL1
SMC4
CD276
ISX
RNPEP
RBM42
C6orf106
ARFGEF2
HDLBP
CCM2
PHACTR2
SLC39A14
PRSS35
CMTM6
GAB2
ITPRIPL2
BRK1
ARHGEF26
SGMS2
PNN
FABP5
PYGL
TEP1
ANXA13
SFI1
PHLPP2
PAQR8
KIAA0141
CDK12
GPD2
CCND2
TLN1
PDLIM1
GATA6
TMEM245
CDCA4
RHOBTB2
LEPREL4
KYNU
PIK3CA
SLC35B4
SLC9A1
ZC3H4
SCAMP4
PLEKHG3
LSS
DNM1L
QTRT1
LMNB2
EXOC2
MT−ND6
BTBD2FRMD6
R3HCC1
SRC
SVIL
ARPC3
TCF7
AHSG
FBXL12
HCAR1
ARL6IP6
MAPKAP1
CENPA
MDC1
FAM3B
IL18
ACSL5
NONO
GUCD1
MAN1B1
TXLNA
PAPSS1
KLHL35
CCNG2
STMN1
CAD
ISG20L2
ZFP91
MT−CO2
SPINT2
GLRX5
NR6A1
MIB1
POM121C
RPUSD4
CCDC50
TOB1
DKK1
MBD6
EHBP1L1
DSP
SLC30A1
GSTA1
SRRM2
TNPO2
SORD
CLDN4
EEF1D
SRFBP1
RAB21
ARF4
NAV2
SLC35A4
MAD2L1
PNPT1
AP2B1
DYNC1H1
EID1
TSR1
CLIC4
TSPAN8
NPNT
DCHS1
INPP1
GNL3L
SPATA2
ATP5B
SLC2A1
MPZL1
CST3
SQLE
ESPL1
DLGAP5
FAM213A
SWAP70
SSNA1
SLC39A11
ARID4A
TGFBR1
TC2N
NCLN
TRIP12
ARHGEF11
RAP2B
ZFAND2B
SOS1
RBM25
COPZ1
RBBP8NL
SPAG1
NUFIP2
UGT8
MARCH6
WNK4
GOLT1B
AGFG2
CDH1
CALR
LPIN2
ME1
REEP3
PAFAH1B1
TNRC18
GABPB1
PAFAH2
PSRC1
DNMBP
POLE3
ADAM9
PKN1
HNRNPA1
SUDS3
SCARA3
HMBS
FARP1
LRRFIP2
KIAA0430
FITM2
GOLGA3
PRC1
TICRR
FYCO1
TSPYL1
JARID2
VPS53
NUP93
TIMP2
MAP3K1
ALDH7A1
SKP1
SIGMAR1
GLUL
DNAJB14
TMEM127
SRPR
NT5DC2
LRRC20
KDM4B
PRKCI
GID8
MRPL24
TBK1
EEF1A1
HPS5
REV3L
KSR1
TULP4
SLCO4A1
ARPC1A
ATXN1L
MAFG
RIT1
NADK
CHID1
HCCS
ZC3H11A
HAVCR1
PSD3
EARS2
MED28
PEX10
SCARB1
ERI1
CDK4
DVL1
ARHGAP42
PLB1
WAPAL
PFKM
ST6GALNAC3
FAM169AMAN2A1
GTPBP2
CDT1
TYSND1
MTO1
CAMSAP2
MAPK9
ANO6
CDCA2
ZMIZ2
SDC1
MICAL1
ATP5L
OCLN
MT−ND2
GDF15
B3GAT3
CAMK2G
SMARCD2
TADA2B
SAMD8
DHRS11
RERE
ID2
TM7SF2
TIMM22
MYLIP
SNRNP200
YIF1A
DARS2
REST
DNAJC10
FOXP1
GSTP1
CASC3
COL5A2
ATXN2
API5
TBCD
CABLES2
RALY
CALU
TBRG1
POLR2A
TCF20
ICOSLG
LCP1
CPEB4
NBEAL2
CLDN7
MED12
MPP5
KIAA0947
ABHD2
SKA1
MAML1
ASAP1
MAP2K1
OSBPL3
XYLT2
FAM58A
TRAPPC11
TNFRSF10B
RPN1
SUMF2
VAPB
BIRC5
K
CNE3
SREBF1
HOXB9
CDR2
ACAP2
CHMP2B
CFTR
RPL4
MRPL4
TMEM237
CBX4
G0S2
TGIF2
CCDC14
UBE2H
MVK
MANSC1
PRPS2
HMOX1
PKIB
ATXN7L3
GNPTAB
ACSL4
SIVA1
KIAA2013
SKIL
LAPTM4A
KRT8
MRGBP
NAB1
CRELD2
SLC9A8
RYK
ECE2
HSP90AA1
EEF2K
FAM18B1
FAM35A
STAG2
PLCB3
STK40
CERS6
AP2A1
VPS13C
HS2ST1
ATXN1
TMEM209
ZNF259
SPHK2
PTPRS
ATP6V1C1
CSRP2BP
SLC25A37
TMEM39A
BOD1L1
ANKRD40
PLXNA1
ATXN10
FAM83D
DBI
PDIA5
SIN3A
ARPP19
RPL14
ZCCHC14
ATXN7
ZFP106
PTTG1
ISOC2
ERLIN1
CCNC
PER3
MAP3K11
SMARCC1
MAPKAPK3
UNG
FGFR2
LRP10
PCNA
NCKAP1
GSPT1MID1IP1
PRMT7
SNX9
NDRG3
PRDM5
R
BKS
PANK3
CHP1
WDR34
SLC19A1
SORBS1
RFX7
CISD1
EGFR
STX3
SMTN
TMEM106C
RNF187
EPB41L4B
C11orf82
SH3TC1MT−ATP8
GTPBP4
CAP1
CHPF
ARL6IP5
RNF168
SSBP4
THEM6
TP53I3
TMEM30B
WTIP
AGFG1
IFI30
TRAK1
TTC7A
PBX1
MYO1C
COBL
REXO1
CYSTM1
RHOB
FAF2
PCSK9
ERLEC1
FBXO30
DUSP9
EIF5A
PAN3
RAB22A
CLCN5
PDP2
C6orf120
EFR3A
APMAP
TTLL12
TAOK3
PHF19
SREBF2
PON2
GMFB
LYPLA2
TSPAN14
DCLRE1A
ACAD10
MRPL49
CDK8
EZR
TTYH3
TMSB10
TMEM9B
CDC6
JMJD1C
SMG7
NCOR2
RPA1
SPTLC1
BLMH
INF2
SCML1
FYTTD1
CBL
KEAP1
ASB8
KTN1
PLCG1
BTG2
MOB4
SHPK
ERBB2IP
B3GNT3
D
PIGT
PP3
HIF1A
SLC39A10
METTL7A
EIF4B
TTC3
IFNAR1
NNT
IPO5
CDC27
HSD17B11
FRYL
PDXK
CDC42SE2
SLC7A9
OPHN1
EPB41L2
SLC31A1
VSNL1
BTBD1
EPS8
AMBRA1
MADD
NEDD4
CCNL2
FOXK1
PTK2
USP34
HSPA8
WHSC1
SSH1
RFT1
RHOG
STS
UBE2Q1
ARID1A
FGFR4
HACL1
TMEM9
NUP54
SNX11
DDHD2
POLG
STIP1
KCTD2
FNIP2
GNA12
HS6ST1
CAB39
PRPF38A
FBXO28
ATRX
SUPT6H
ABCC2
MT−ND5
SLC38A10
PKN2
GALNT6
MTHFD1L
CCDC75
LEPROT
ZFP64
HPGD
DNAJC21
SNX14
FURIN
RASAL2
RRP7A
MYADM
SCO1
HAGH
ARID2
RPS15
LLGL1
PHF16
CCDC90A
UBC
VCP
NEK4
MRPS35
NDUFS8
WASF2
C10orf118
GALNS
ZC3H7B
NFATC2
TMED7
MBTPS1
PXDC1
SEC24D
HP1BP3
WDR35
ZMPSTE24
USP53
FAM192A
B
AZ2A
PIK3R1
TMEM183A
MCMBP
CFDP1
CLN6
E2F7
PMPCA
FLNB
CYP27A1
BOLA3
CENPV
PRPF19
PSMB2
SPECC1L
FASTKD5
CIDEC
SH3PXD2A
ARL15
VPS25
SPECC1
MRPL35
THRA
PHTF2
NLK
ATN1
ALDH3A1
CCDC142
CAPRIN1
HEATR6
PFN1
DUSP6
ARCN1
SDHA
TAF4
RECQL
EGR1
CRKL
FTSJ1
EMP1
TBC1D8B
UBE2A
IMPA2
POC1A
SDCBP2
NADSYN1
MUC13
SIK1
TM2D2
KIAA0247
HSPG2
ATP6V0E1
CNN3
GALM
BAZ2B
RAB3IP
DCAF16
TP53INP2
PLA2G16
PSAPL1
STAT2
C7orf50
GAL
KCNK5
FGG
TSPYL4
SNRNP27
KDM1B
SPDL1
KIAA0664
PROCR
ARHGAP27
MAP2K2
IARS2
C1orf106
C15orf23
TNFRSF21
MLK4
TAF1D
TMEM98
NBN
RNF111
RBFOX2
DERA
ATL2
SLC25A10
WDR82
GNPAT
BLVRBBCL6
CENPE
NPTXR
PLBD1
DAD1
RFC5
HEPH
DSN1
S100A16
CTSC
CRLS1
POLR3D
RABEP1
PI4K2A
ZYX
PABPC4
SPRED1
EIF4A3
NCR3LG1
ASS1
POLR2J
SLC35F5
CALM1
KLC4
SLC50A1
MRTO4
HIPK1
SEMA4G
CCT7
GPHN
MTMR1
PEAK1
FAM109A
SETX
ERBB3
MLST8
URB2
THOC6
NBPF10
RIPK1
BRAP
HN1
LGALS3
NRCAM
RNF43
NEB
FUNDC2
S
GCE
XRCC4
SPAG5
MOGS
ZNF800
PIP4K2C
PRKAA1
SPIN4
FBXO3
SH3YL1
NCOA7
APLP2
RBM14
CASP3
FAM168B
DESI2
MBP
RAB11A
CC2D1B
GABARAPL2
PDIA4
RELB
ZYG11B
NFYA
APEH
SLC35F2
FUOM
M
YO9A
WRB
DENND5B
SLC7A6
NFYB
HMGN4
UBQLN2
MPHOSPH8
STAU2
MAP1LC3B
WWP1
PSEN1
HELZ
XRN2
GANAB
ACVR1B
COBLL1
ZNF217
AKT2
DBNDD1
STK11
PFN2
TMEM25
TFAP4
TMEM181
MYLK
PPP1R3B
IFRD2
CEP55
NSD1
MZT2A
HAUS1
RPS6
THOP1
NENF
EOGT
DAB2IP
TBC1D8
NSFL1C
DGCR6L
ORC6
TTC31
SLC12A9
HLA−E
LTV1
ARID5B
MSL3
POLK
FAM222B
OSBPL2
PPP6R2
IGF2BP2
RDH11
ATAD2
PTPN11
CALM2
AHNAK
DHCR24
ARHGEF17
RHOBTB3
SMPD4
CTSA
COL6A1
INTS1
KCTD20
RAB14
SAFB
TTLL4
WDR62
CASP2
GGH
ASF1B
DRG2
KIAA1704
CRY2
WDR67
KHSRP
STRADB
PYCRL
RAB2A
IGF2R
MPI
NDUFA7
RNF41
TIMM10
CNP
TRIM28
SGTA
COL1A1
SIPA1L3
CNNM4
C7orf49
SMARCA1
RAB11FIP1
NAP1L4
GINS2
TSSC4
CADM1
UFM1
FAM134A
PLIN3
CCDC82
ZC3H12C
TBCE
FOXP4
CHERP
C6orf228
SNRK
FBXO6
IGSF3
SLC43A1
SYBU
SPTB
PARP9
TNKS1BP1
NOTCH2
SEPHS1
TMEM135
CCDC174PARP1
STXBP5
GLTP
CXCL16
CANT1
CAPZA1
CLTA
SEC62
OSBP
CTSB
HMGCR
ALDH3A2
SH3GL1
URB1
SLC5A3
CCNK
TRIP13
NHLRC2
AAAS
GEMIN4
TBC1D5
FAM190B
DBF4
SLC39A6
DEPDC1
CCNJ
TMEM192
INTS5
SRXN1
RBCK1
SLC18B1
FAM20B
PRKAR1B
PRKACA
BUB1
FAM160A2
TBCB
WDFY3
PSMD5
SEPT2
TMED9
TAF15
ROCK1
RRM2B
MEX3D
RHBDD3
MICALL1
NUP88
RPL34
CDK5RAP2
PRDX2CISD3
TECR
TWISTNB
MFSD9
GPN2
TRIM14
AHCYL2
BLOC1S6
PGAM1
TBL2
GLUD1
C19orf48
HIP1R
BAZ1B
RFWD3
AJUBA
CCDC117
SFMBT1
ABLIM1
TFAM
SCRIB
PAAF1
WDR41
ADIPOR1
CKAP2
SF3A2
FUBP3
VKORC1L1
PODXL2
TKT
CDC14B
ENTPD4
MTMR4
TNFRSF12A
ASPMFAM98A
ZCCHC9
FPGS
DUSP23
YIPF5
PLCXD1
PCNX
POLDIP3
XRCC3
MAGT1
MGAT3
SRSF11
RAPGEF2
TMEM55B
RFFL
SETD7
NACC1
DNAJB11
STXBP3
S
TAU1
FAR2
FAM101A
D2HGDH
GSKIP
LRCH4
DLD
NUP62
RAB13
PHF15
HSDL1
PTPN6
PURB
PICALM
MAVS
DNAJB1
PHLDB1
CDC34
CDCA5
KLHL9
UFC1
UBE3A
USP11
SLC4A7
WDR11
CRYL1
SLC25A38
USP46
SOCS5
PGM2
MAPKAPK2
N
SEC23B
CHD9
T5C2
DDX3X
RPL41
CLSTN1
LPCAT3
TMPO
PTPLB
RNPS1
PRDX4
GTF3A
IQSEC1
DPF2
WDR85
CENPM
ZNF574
FOXQ1
GOSR1
POLD3
FAM117B
PARD6B
TRIM24
AURKB
SOD2
SMYD2
SERPINA10
LRIG1
KIAA0317
ANGEL2
MARC1
TSC1
PBK
RBM15B
ACBD5
CCNT1
NMT2
CYC1
NUSAP1
FXYD3
ANKRD13A
ENTPD7
ZMYM2
DUT
SLC39A9
MAPK13
SOGA2
MYO6
THAP4
RBP2
LUC7L2
STOML2
ST13
C1orf131
GPR128
ATP6V1D
CTNNAL1
ZNF664
SMCR8
LCOR
LARP4
SNRPB
UPB1
PRODH
TMEM63A
POLQ
TRAFD1
CLPX
SPCS3
DHX30
CRK
RAP1GAP2
CDX2
TSEN54
TAGLN2
MPHOSPH6
DPY19L1
PDSS1
YIPF4
MKLN1
NCAPH2
KIF15
PGLS
MRPS26
FRMD4B
MAPK1IP1L
ELMO3
GBA2
ADAM15
BOD1
EMC8
TEX2
COG2
STARD3NL
DDA1
RAB25
BTF3
MAP3K7
C6orf48
KIF3B
DNAJA3
RC3H1
KCTD5
NDUFS3
PUF60
TPD52
EIF2A
DPP9
KLF12
SEMA4C
ACBD3
CHST3
ANXA3
IQGAP1
NUP160
CBX1
IGFBP4
DSCR3
UNKL
CTU2
UROD
B2M
SH3BP5L
CSPP1
TUBGCP3
WDR26
MCFD2
ATMIN
C1orf174
PUM2
GOLGA4
UBL4A
MSRB1
NUDCD2
DBNL
MPC1
NT5C3L
SHMT2
YWHAH
AIM1L
MTHFD2
DHCR7
PBRM1
KCTD9
GOLGB1
ETFB
ZNF592
CLCN4
CHPT1
PAPD5
OTUD7B
RPL23
B4GALT1
LMF2
MYL5
PPARGC1B
PPP1R15B
EXT1
DDX10
VDR
GFM1
PBX2
NOP56
NAALAD2
E2F4
HAT1
ZBED4
ARHGAP39
LZIC
KIF18A
NARG2
ALDOC
TMED4
SYTL2
PLEC
KIAA1432
ZZEF1
TST
ZBTB4
ZRANB1
FAM105B
ACSL3
NPRL3
C9orf69
JMJD8
CCDC58
TNIK
AK2
LYRM7
TMEM92
CHAF1A
RGL2
ACTL6A
SPINK1
USP5
SOLH
TBC1D2B
NIPAL1
GRK5
CDK11A
PRR15L
TSKU
KIAA1737
C12orf5
TBCEL
ZNF462
RHOT1
ACP2
FOXN3
DPP8
CCAR1
IL32
MATR3
HERPUD1
PPM1H
GPR56
XPO4
SAR1B
PKMYT1
SNTA1
GAS6
NAF1
FSIP2
TIMM17A
SRPRB
ZNF33B
EVI5
NCS1
AP2M1NUDT4
EDC4
EIF5B
HSP90AB1
CREB3L2
AP1M1
APOBEC3B
SSU72
PGAP2
ATG12
WDR4
MORC3
SOWAHA
INTS9
IPMK
PLEKHA6
SLC25A3
DDI2
MT−ND4
SEC23A
PRR5
TEF
LASP1
COQ5
H6PD
PIH1D1
CEP57
PTPRA
MED20
NSMCE1
BEND3
GTF2I
KDM2B
BNIP3L
RPS27L
STAP2
APOE
ASXL2
MSANTD4
ST6GAL1
GOLM1
CLK3
UBP1
VPS4A
HERC4
AHCY
PHGR1
SS18
RFX5
CHPF2
ELMSAN1
ETNK1
ATP6AP2
OSTC
MCM2
CHORDC1
CTDSP1
GTF3C4
H2AFX
TXN
PRELID1
PAK4
WDR77
PDCD7
KIAA2018
RPL7
PRR3
UPF2
ZDHHC7
ZNF638
CUL4B
DCUN1D5
LAMTOR4
NDUFA1
FH
SLC25A1
ASH1L
REXO2
SLC25A43
ABHD15
RTF1
GAMT
PRKCA
ACTB
PSME4
SEPN1
UMPS
BRD2
ATP7B
FAM178A
PPP3CB
BBS2
GATAD2B
BCKDHB
USF1
GTF2A1
TJP2
AP1G1
QARS
MED13L
FAM83H
FAM53C
PRDM4
METTL2B
GGA1
FCHO2
VRK1
FTH1
LRP11
MED9
ERI2
ZNF7
TMEM219
RSBN1L
GSTA2
ESPN
SRRM1
YWHAG
INPPL1
PTGES3
TMEM50A
UBE2K
CD151
FOXA1
CNKSR3
KLF11
RAB40C
PTPN21
PIF1
CHKA
DUS1L
RRAS2
MTMR9
TP53BP1
NDUFS2
TMED2
PCYOX1
UBXN1
CD320
ARHGEF39
GSTCD
CHEK1
GGCX
IRF8
GPATCH4
PDP1
ZNF76
RPP25L
PRR14L
PXN
APOL6
FBXO41
RBMS2
BCL2L13
LGR4
KIAA1598
PDCD5
FAM83F
BRE
CLPTM1L
ANKRD11DPM1
NDST1
EML3
BTN2A1
HKDC1
PIGK
PDZK1
SET
DHTKD1
TMEM63B
MARCKSL1
HSPA1B
RMND1
RING1
HBS1L
TSG101
NUDC
SLC1A5
PTPRJ
PTS
TSPAN9
GSS
RCCD1
NME6
DVL3
SLC27A3
SAP30BP
SPPL2A
EXD2
UTP14A
PHB
PEX19
RTCA
EHBP1
TOB2
ZC3H18
RTKN
SPR
WWC1
LRP1
SSB
MAP3K4
COMMD10
TTC14
TMOD3
GPR107
USP31
SEMA3C
PTK2B
UCK2
KIF4A
PCSK6
GK
GALNT5
MT−CO1
RPS16
NMT1
PLA2G12B
SLC25A32
QPCTL
MLF1IP
NINJ1
DCAF12
COPS2NDUFV1
CHTF18
AADAT
POLR2B
CYFIP1
ECH1
UNC93A
RBM15
BOK
UHRF1BP1L
VTI1B
ASNSD1
ADSL
CSDE1VAMP3
IRF2BP2
SULF2
RFC2
TACC1
LRP6
BCS1L
TMEM41A
LIN54
ANP32A
UBR2
CELSR3
NBR1
KAT2A
RBM38
VAMP7
ZNF281
TMEM180
GRAMD1B
CHD8
ACAP3
LIPA
C10orf54
RAB3GAP2
SDAD1
FGD6
DLG3
NEU3
HIVEP1
RFWD2
SLC37A1
SOAT2
VAMP8
FXC1
LAP3
ARAP1
ETV4
RAB7A
CBX5
C6orf62
CNBP
HNF1A
MAP2K3
POLR2L
TOR1AIP1
EFHD2
NT5DC3
MARK2
MIER3
PDHX
PKP3
CPD
PLEKHA2
CPS1
FAM160B2
S100A13
VPS4B
SMAD4
PPDPF
TTI1
EDF1
TOMM22
TMEM14C
NCOA2
MECOM
BECN1
BDH1
ALDH5A1
RPS3ASZRD1
TMEM184B
CDC23
TCF3
NACC2
TBL3
PLIN2
GALK1
SDF2L1
HES1
BAZ1A
SEC24B
CORO2A
SKI
PIEZO1
KLHL23
CCDC57
TMTC4
CMTM7
DIAPH2
MLKL
KPNB1
METTL7B
TCP1
MRPL9
FREM2
FERMT2
PLEKHG4
UROS
IPO11
ANKRD13D
COX14
NEK3
SYNJ1
ARAP3
C1RL
BET1L
ABRACL
KPNA6
HGD
SPAST
RALBP1
MTRR
TPD52L2
TMEM161A
KIF2C
VPS37C
MTR
ALG1
DGKE
FAM126A
ACAD8
FBXO11
PAPOLA
NUF2
ZNF777
MED17
PDCD4
PPM1B
STK24
DENND1A
TRMT112
CABIN1
PCM1
CWF19L1
LTBP3
GPX2
TPM4
MLLT6
VDAC1
HOXC12
IER5
MAPK3
S
ETD2
RPLP1
KIAA0494
MPHOSPH9
PHPT1
SESN2
ASMTL
TM9SF4
HADH
ANPEP
COL27A1
RIOK3
HARS2
CCDC93
SMAD3
CHD3
ATE1
ANXA11
HADHB
ZNF512B
CTD−2228K2.5
JRKL
VWA8
RNF44
SSSCA1
MAGEF1
SH2D3A
CLRN3
CHMP1B
SLC25A46
TERF1
MAP4K3
WDR45L
SNX13
SDCBP
DOCK1
USP32
NSF
STK4
RTN3
NIPSNAP1
TNFAIP1
SYNGR2
GTF2F1
RUVBL1
EPN1
QSOX2
CCNF
PTGFRN
TARBP1
SFXN5
LRRC61
SRPK2
TTK
RASL11A
PGP
SLC1A1
POLR3C
CAMK2DTOR1AIP2
CCNT2
COPS3
XPR1
RPS24
DGKD
MAT1A
UTP18
UNC13B
DBT
KIAA1109
SLC35D2
SUSD1
NUB1
FADS1
SLTM
TPT1
DAZAP1
FGFR1OP
ARPC5L
HOOK2
WRNIP1
LRRC8D
RAB12
NAA38
CCNI
BRCA2
RNF219
TAP2
ZNF254
EFTUD1
PPM1F
PABPC1L
AP1G2
CHAMP1
MED23
BAG1
PLCE1
TMPRSS4
ZMIZ1
CHMP1A
PTPRK
CLTC
RPS28
PSMC4
ABHD14B
PHRF1
SCCPDH
PPT1
DNAJC19
RUFY1
TBCCD1
MMAB
MANEAL
ACOT11
GUSB
PLXNC1
AFAP1
NARS2
SMARCC2
WWC2
MAD2L2
SH3KBP1
VPRBP
KIF13B
HSD17B4
ROCK2
TMEM70
DPEP1
MICALL2
SLC26A3
N4BP2
TRIM11
ZNF148
AARS
TOPORS
GHDC
SEPT8
CDK7
NEMF
AMOTL1
AVL9
MTOR
MCM6
HMGB1
ANLN
OGFR
CBFB
DUSP12
SNAP47
CINP
ELP5
ZFPM1
NAGLU
ZSCAN29
CREB1
EPG5
COX18
SNX27
NUP35
NAA35
GPR115
TSPAN15
KLHL36
MLTK
ATP5C1
FGFR3
CTDSPL2
NCAPG
MLXIP
UCP2
CENPN
E2F3
BTBD9
TIPRL
AMPD2
SH2B3
PDHB
TRMT61A
PIGQ
PHC3
USP1
FAM171B
AIP
NPHP4
ZNF358
NXF1
RAD23B
BARD1
JAG1
WBP1L
KIF1C
PSMD2
IPO9
POLA2
BUB1B
TAF3
NOSTRIN
ESRP1
FSCN1
FOXN2
CSNK1G1
GLCE
HEATR3
PS27A
CDC25B
PNISRSTT3A
PAIP1
ABP1
WDR48
PEX1
C5orf42
RNF7
MT−CO3
DDX18
CCT6A
SEC61A1
PPP1R2
RAE1
PCID2
NFU1
GLTPD1
CREG2
FAAH
TRAPPC9
ARF1
ZNF507
RBPJ
SMOX
PANK1
SLC35C1
DLEU1
ERCC5
NOP16
CDC5L
ATP5G1
DDX41
CNN2
NRD1
APAF1
TSR3
CLIP2
DGAT1
SMC1A
SORBS2
VGLL3
MYO1B
RFC1
KIF13A
ASAP2
ANKRD46
APPL2
GREM1
GALNT2
LENG8
AKAP8
PSAT1
CXorf40B
RAF1
EIF2D
SIL1
PTER
KIAA1191
COL18A1
MTHFR
THAP11
AGGF1
NFKB1
CAPZA2
ADCY9
TMBIM1
DSCC1
SMPD3HNRNPUL1
GTPBP1
SLC1A3
TMEM33
ASL
TARDBP
MYO1D
PRKDC
CCT8
MTHFD1
APOA1BP
PSMB3
FAM177A1
DENR
AGBL5
TNIP2
GDF11
EML1
PAM16
MBIP
IRF2
CLIC5
RNF139
STOM
DESI1
RPL13A
PHLDB2
TOR1A
CRLF3
IMPA1
ZBTB10
IVNS1ABP
ABCF1
ERAL1
CYLD
SMARCAD1
LGALS2
BDP1
SNX3
POMT2
ARHGEF5
MGRN1
PPP6R1
METRNL
CENPW
TLE2
AIMP1
RPF2
RABGAP1
IP6K2
CIAO1
CTSH
GAS2L3
BRPF1
XXYLT1
UBE2G1
TMEM86B
RGL1
SNRNP40
POLM
PTPN9
NEDD1
PARP14
AGPAT2
GYG2
KCTD3
OCRL
ARPC2
RPL6
MED1
MRPS25
C12orf52
E2F6
NHS
IDH2
C19orf12
SPIRE1
GPR137
CHCHD7
KLHDC2
SACS
C5orf24
PIP4K2BCCNA2
INTS10
LIPG
NOL11
VAV2
PCK2
FAM107B
EIF3D
TNRC6A
ZNF195
WDR70
DHODH
MB21D1
FNTA
CMBL
MAZ
DRAM1
GLS2
IFRD1
BTF3L4
PITPNB
DLAT
ARHGAP11A
SLC25A15
ADNP
ILF3
TMEM208
MORC4
TUBA4A
EPHX2
FAM100A
SEC11C
MORN3
TBP
CLIP1
CCDC137
RPUSD1
IL4R
TMEM62
PIGC
SLC7A8
SLU7
WAC
DAB2
ATF6B
LGMN
NIF3L1
ERI3
GATAD2A
ABHD13
MCCC2
SLC38A1
STIL
EFHA1
CASP8
MLL
IMPDH2
FEM1A
MYO7A
UBE2O
ZNF641
TYW3
PIAS3
ARHGEF7TMEM205
FANCD2
CARS2
HMGN1
RPLP2
CAPN2
LMNA
OLA1
ITGA2
WDR18
CDS2
C1orf233
ZNF561
ATG16L1
LPCAT4
AGXT2L2
LPCAT2
GNL1
POP7
MFSD12
CSRNP2
PDZD11
ABR
GPC3
PPP2R5A
PACSIN3
FLYWCH1
RASSF8
ZNF473
GTF2E1
TAOK1
RP3−324N14.2
CDC42SE1
FANCE
SETDB1
HNRNPH2
EIF2AK4
FZD6
GRB10
HNRNPA2B1
G6PD
PITPNA
ACOT7
GOT2
VARS
CTTN
PPP1R14B
SHMT1
COPE
DHX34
INTS6
EXOSC6
GRB7
ESCO2
RNF130
DBF4B
HSPA1A
TFF3
SLC35A5
C12orf10
PLAC8
TRIM13
RNF19A
RHBDF1
TMEM199
LRRC16A
EPB41
IGBP1
MTMR3
EIF2C1
ASAH1
YLPM1
EPT1
DDB1GTPBP6
HECTD1
C20orf111
RNF149
XPOT
NAA60
SCAF4
UBR3
AEBP2
TEAD4
PPIB
ALG12
CAT
ARL2BP
C14orf119
PPP2R5E
UBXN4
MFHAS1
PAPD7
LRRC42
FBXL14
RHBDF2
MAGOHB
RER1
ST7
HECTD3
PSMD7
PPP1R13L
CYTH3
KIAA1715
HMGN2
DENND4C
P2RY1
CDCA8
MAX
ANXA6
NDUFAF5
ZNF22
HEATR7A
AP4E1
METTL17
PTCH1
ABCA5
ATG2B
MECP2
KDM6A
MYCBP2
SORT1
CORO1B
KANSL3
TOPBP1
ZDHHC5
TXNRD1
LNPEP
PCSK7
HNRPDL
VDAC2
PCNP
PRDX6
AAMP
JTB
RPL22
IMMT
ZFR
C3ERGIC3
SNRNP70
KIAA0368
MGAT4A
CCNG1
CD2BP2
ADD1
PGAM5
JUP
TM7SF3
SLC29A2
SEC13
SYAP1
PNKD
ZCCHC8
PLD3
CAPN7
CES2
E2F1
MGST2
NABP1
TK1
FAM125A
SYS1
PPID
TARS2
XRCC2
CD99L2
CKS2
RRP8
KDM1A
CD44
ICMT
GPR157
UBE2Q2
MYNN
RBM6
SCAND1
KDM4A
GJA1
PATL1GLYCTK
EP300
N4BP1
HSF1
NOA1
SLC17A5
PSME1
CBS
MDM2
FUT4
CLIC1PLA2G12A
SLC25A17
UBAC1
ACAD9
COX8A
U2SURP
BSG
MAPK12
DMWD
NR2C2
FAM189B
BCL7B
RRAGC
KBTBD2
ALG8
C9orf142
SLC25A28
SLC25A40
SLC22A23
C10orf32
PHF1
ASB7
KIAA0101
RAB8B
TCEAL4
MAN1A2
SCGN
C12orf23
MYO5C
DOPEY1
PPP1R11
ZSWIM8
CAPN5
UPF3B
EPB49
TGFBRAP1
ARNTL2
LGALS8
PDLIM2
TMEM2
PNMA1
LRCH3
MFAP1
SPTSSA
CALCOCO2
SUPT7L
GULP1
SHOC2
C1orf27
PCNXL4
PIK3R4
DDX49
FLAD1EIF4A1
SYVN1
ARID4B
NAA20
STAMBP
SGSM2
RETSAT
CSNK1E
CLASP1
PSMD14
CHD1L
PPP2CA
UBA5
C1QBP
BRI3BP
BMI1
WDR36
POGZ
NCSTN
FMR1
ATG9A
UBE2N
WTAP
ARL5A
ABI2
NEK7
MGEA5
SMC6
SBNO1
WDR43
TAF7
HSP90B1
MTCH1
MT−ND3
IREB2
DCP2
AP3D1
GNB2L1
BPTF
GHITM
DDX17
IBTK
RPS4X
UBR5
ITCH
EIF3L
IDE
PSAP
TUBB
CDK5RAP1
SERBP1
POFUT1
PLXNB2
SUPT5H
RANBP1
NADKD1
CSE1L
CDKN1B
D
LMAN2
METTL16
PM20D2
LRPAP1
NDUFS6
TPRG1L
USP10
ANXA5
UQCR10
INCENP
TIMM44
CNOT6
POF1B
USP7
TRPM7
ENOSF1
C2orf29
KCTD10
MRPS5
ADD3
MGAT5
EIF4EBP1
NDUFB7
RBM27
FKBP9
GLDC
AGT
SLC35A2
POLD1
NAJC22
MFSD10
SMS
FN3KRP
ZFYVE20
LATS2
STRN3
ARHGAP10
NISCH
EEP6
TRABD
STK31
TMEM50B
HMHA1
STRBP
TDP2
MRPL41
EDC3
SLC6A4
JAG2
EPHX1
ABCB8
ATM
GMCL1
NUP37
NUAK2
HEBP1
GLTSCR1
MRPS11
NTPCR
CLMP
MIS18A
RTKN2
FAM222A
RUNDC1
CCS
CDCA3
SNAPIN
RASSF1
EME1
MPP7
SOX12
TIMM9
FKRP
E2F2
JUN
MAMDC4
ZNF277
LRRC40
BACE1
ATP2A3
ZG16
SNAP23
OSBPL11
KIF16B
ZNF644
PTGS2
SLC35E1
NT5DC1
SMNDC1
SERPINB1
RAB4A
PTPN4
GMDS
INPP5F
IQCB1
FNDC3B
PRKD2RPS6KB1
PPP2R2A
IDS
NDUFA5
LCLAT1
ARNT
HLA−C
PANX1
PPP4R1
WIPI2
YIPF6
COA4
SP2
RNF114
SOX4
PSME3EIF4E2
DDX46
KLF5
TRAPPC2L
EIF4G1
CDH17
YTHDF1
HYOU1
RPL19
MYBL2
HSPH1
TBC1D16
DNAJB6
PYCR1
CHCHD10
GTF3C3
RRP1B
IPO7
MKNK2
HDHD1
SH3BP4
SUGT1
PLRG1
SS18L1
MPDU1
RNF157
INTS3
RCBTB1
HAX1
SLBP
KCTD15
MCCC1
AUTS2
YIF1B
SIKE1
CCSAP
CCDC94
VRK2
MREG
B3GALT6
KAT6B
MIER1
KBTBD7
HUS1
NFE2L1
ATP8B1
RHOT2
MOB1B
SPATS2L
SIAE
MYO15B
PLEKHA5
TMED3
XAB2
ZNF131
CCNL1
AAK1
TIAL1
TRIB1
RRS1
ASF1A
DUSP14
SSH2
POLRMT
SPATA13
TRIM3
SAAL1
TAF9B
VPS13B
PPP6C
PSMC6
SDHD
TRAP1
A
CPSF1
AKIRIN1
ZNF335
PTPRU
NKRD27
SHROOM1
EXOC3
PMM1
EFCAB4B
ZNF91
NFKBIA
GPD1L
TASP1
SH3BP2
SMPD1
MTRF1L
PPP3CA
USP38
C11orf30
RNF115PSMF1
LRP5
TRIM35
C12orf49
WDR55MRPS24
ACTR1A
GGNBP2
MRPS30
VPS36
PTP4A2
RPS6KA3
MYH10GCC2
SUCLG1
EP400
PYGB
SON
PSMB1
RABL6
SEMA6A
PSMC2
HEATR2
COMT
ATP6V0B
STK11IP
LSR
SETD8
RNF126
NR2F6
RDBP
VEGFB
APOC1
TRIM65
CD74
TBC1D2
PDGFA
PCGF6
CENPI
FGD3
RABGGTA
FBLIM1
STK17A
TPST1
GIPC2
LIN9NACA
UVRAG
LRRC1
SCYL2
HELLS
CMPK1
USP9X
AURKAIP1
SLC7A1
KDM3B
TRAM2
RNASEH2C
LMTK2
BMP7
ABCF3
CMAS
SLC38A7
TOP3B
TPM1
ZNF776
TNRC6B
CTNND1
PSMB4
MTAP
MARS2
CSDA
SLC35E2B
MRPS34
HMOX2
CTBP2
C1orf112
ZNF780B
NQO2
THAP7
C22orf39
FAM83B
DENND1C
CPNE2
GAN
NEK2
STK35
TEX261
CACUL1
TRUB1
TCEB1
CHST13
BAG4
PPAPDC1B
MOSPD1
ARMCX6
C16orf88
POLR3K
PUS10
PNRC1
NDEL1
FCHSD1
KLC1
POLB
TRMT5
AKR1B1
ZCCHC11
CHMP7
PTPN3
PLEK2
TRUB2
RBM8A
RAPGEF1
RGP1
IRGQ
SCFD1
PAPD4
VIMP
HDAC6
FKBP10
BIRC2
ZC3H13
ERGIC1
CDHR5
NRBP1
RPL35ARAD51D
RAB5C
UTRN
ACTN1MRPL22
CIRBP
NPTNMRPL17
RPL37
TES
MAPK6
CSNK2B
MCRS1
SNRPC
MYO5B
S
AGPS
CDK16
PSPC1
NCBP2
ZNF587
ITM2C
CTDSPL
P
TENM3
EIF3G
HIC2
ZNF768
RRN3
PLA2G15
PCCB
CAMP3
SLC22A5
ZNF202
RAD54L2
GPRC5C
MAGOH
GD
LDOC1L
MDM4
ZBTB43
GATC
PRLR
LRIF1
GTDC2
ASIC1
ZNF200
IRF2BPL
TMEM45A
CACFD1
CSNK1G2SLC19A3
ZMYND19
SGMS1
CHMP5
HIBADH
SH3RF1
SRGAP1
IL17RE
MRE11A
SUOX
CDC123
S100A11
TPCN2
ARIH1
OTUB1
UBAP2
PAWR
GCLC
PRKRIR
AP3B1
HIPK2
EHD4
KDM2A
CAND1
DDX42
EIF3J
RRM1
SMC3
RBM39
POLR2E
PPP2R4
DDX39A
PTPN18
ATF4
RNF121
ARFRP1
GTF2H1
RCC2
ABCD3
ECE1
PRKAB1
OGFOD3
CTPS1
BTBD3
GCSH
COPS8
PNO1
CNIH4
SRF
RBL1
C19orf47
MESDC1
SPRYD4
ZNF260
NAGPA
PAG1
PALM3
A1CF
PSD4
MAK16
CDC42EP4
DYNLL2
EXOSC7
UBE2V2
NDRG1
ERO1L
RPL23A
CUL5
MRPS12
FILIP1L
PELP1
INPP4A
RIOK2
TULP3
KIAA0226
HPS1
TAB1
CENPL
EIF4ENIF1EPHB4
ATP6V0A1
BUD31
UQCRQ
LEMD3
PRRC1
DCTN1
NCAPG2
CIT
TTC1
RUSC2
BLOC1S2
ST3GAL2
FNIP1
TMEM194A
NMRAL1
LZTS2
CCHCR1
RGL3
IMPDH1
PTGES3L−AARSD1
FAM120AOSCD55
LINC00493FAM133B
GRAMD4
CCDC125
TRNP1
MST1R
CDC26
TIAM1
SLC6A20
C16orf80
JUNB
TRIM8
PICK1
OARD1
YPEL5
ANXA9SELENBP1
SLC23A2
ACOT2
CNST
TPRA1
YTHDC2
CRNKL1
ACD
DNAJC7
COX7A2
COG5
GPN1
CTBP1
SYT7
DIP2A
NR2F2
UQCRH
MRS2
UBA6
CTNNA1
UBE3C
HERC2
KIF2A
RBM12
CPNE1
LIMA1
AATK
WIZ
CALM3
BIRC6ACADM
FAT1
RPS21
RPL18
RPS6KB2
PCNXL3
ZFYVE26
MYO10
ATP13A2
AAGAB
IDH1
SNRPA
BCL2L12
C6orf108
PUM1
ANKS6
RABGAP1L
DUS3L
FBXO9
CDH3
ISOC1
ZNF326
FAM195A
ARL17A
TOR3A
TAB2
AIFM2
HAUS6
CYB5R4
RUFY2
DOLK
STK16
SPC25
CERS4
KRI1
BMP2K
DOHH
MTFMT
NAT8L
ATRIP
SSBP3
FRG1
CASC4
VPS18
NETO2
HEXIM1URI1
CHMP4B
KPNA1
SRSF3
AMMECR1L
METTL13
C19orf10
SND1
VAC14
MKL2
SUN2
C11orf1
WDR83OS
MZT2B
SH3PXD2B
MPLKIP
MSTO1
COQ10B
DUSP2
KDSR
ZNF320
LARP7
RAD51AP1
PCBP4
CREB3
C8orf82
PCSK5PRTFDC1
PPP1R15A
DAAM1
PRPS1
CNPPD1
ASB1
GLRX
ETV3
TRIP6
S100A14
MMP14
KIAA0100
DCTN2
DHX36
NLRP2BRD9
PWP2
MTUS1
PCBP2
EWSR1
RPL36
RPL10A
POLR1A
HSPD1
ACTN4
TMEM41B
NOC2L
PSMC3
C1orf43
ELAVL1
ATAD3A
IL13RA1
SEC61B
GOLGA7
ANGEL1
UCKL1
ZNF395
TMEM176A
TRIM37
GRK6
FAM53B
RNF167
ORAOV1
RNF6
UBE3B
PLLP
ZNF267
TRMT2A
FAF1
FAM151A
NOL8
RAD54B
XIAP
DIS3L
FA2H
ZNF710
DUSP7
BCAS2
ACP6
ST5
PNPLA8
MED8
PIK3C3
GTF2H2C
PGAP3
PRRG1
PIGM
TMX3
DIEXF
ANAPC7
SNRPA1
NRBF2
ABAT
SRSF4
VMA21
TMC6
EIF2B4
GPX1
TRIM44
RPTOR
TTC17
YIPF3
PFDN5
SMG6
UBAP2L
NKTR
TMBIM6
NQO1
SUN1
HSPA4
EIF4G2
RTN4
ADAR
HTT
LAPTM4B
TUBB4B
CDC42BPA
PIK3C2A
C11orf9
POLR2C
DCUN1D1
MYBBP1A
PDIA6
ADRM1
UQCR11
DDX56
PNPO
AGPAT6
SNRPF
ERAP1
PCF11
TXNDC11
EHMT2
SDF4
MTPN
DSG2
PCNT
BIN1
SUPT4H1
UAP1L1
RNF185
ADNP2
PAK1IP1
MRP63
B4GALT7
MOCS2
ANKRD26
TRMT6
C17orf51
TOM1
KXD1
TRMT1L
NGDN
SLC39A3
OLR1C
BAG3
DCPS
TPRN
DEDD2
IFT172
STK39
IFT20
B3GNT5
GPRC5B
ASTE1
CRY1
DAGLA
SOCS4
NUDT16
UQCC
SUB1
SFPQ
CSNK2A2
SCARB2
SEC16A
CREBZF
VEGFA
UBE2M
RBM28
ZNF783
KIAA1958
MIIP
CLU
KLHDC10
PARVA
RUFY3
BNIP2
CA13
CYP2S1
AP1M2
FBXO7
TOP2B
UGDH
A
NCAPD3
RPS19
HECTD4
NUMA1
NDUFA6
TIMM13
C17orf70
ASDHPPT
C1orf116
RAPH1
FAM123B
TPCN1
NPC2
TRAK2
GAK
MFAP3
C11orf84
NAGA
DZIP3
LYRM4
DDB2
TNFRSF10A
CCDC132
SLC4A1APRFC4
ADCK4EIF2S2
EPS8L1ACSS2
FAM111B
MED10
PFDN6
TBX3
MBTD1
RINT1
MNT
DEAF1
MEPCE
SEC11A
TYMS
AKAP9
SRCAP
GNL3
SLC26A2
TSPAN13
ATP6V1E1
MRPL11
DROSHA
RPL13
C11orf24
EIF2S3
MRPL3
CNOT7
S
CLCN7
GTPBP10
SLC37A3
ARMC6
ARMC1
POLE4
ZNF787
NAPC4
ZNF511
ACTR10
JKAMP
ARSE
HLCS
BCOR
RABAC1
INK1
PIM3
GLIS2
CCP110
GLCCI1
PPFIA3
B4GALT6LRRC47
NFATC2IP
PTEN
RAD21
ZMYND8
MAGED1
PPP3R1
NET1
ABCA3
EDEM2
MFSD5
KLHL13
CCDC9
HNRNPA3
OTUD5
NARS
SURF6
RPAP1
CTNS
RAP1GDS1
RALGPS1
PLSCR1
RNF145
MED21
AP5Z1
WIPF2
BAP1
SQSTM1
H
PRMT5
EXT2
DGFRP2
OAF
LRRC14
SMPDL3A
IRF2BP1
GINM1
CMSS1
PHF17
ISCA1
ARHGAP18
EIF3M
E4F1
MTIF3
ATP5A1
CNOT8SOHLH1
GPR180
ALDH16A1
PPCS
TMEM230
SBF2
CSTF2
PAXIP1
C1orf109
ARHGEF28
TMEM37
ZNF280D
SECISBP2
ARHGEF10L
ERICH1
FAM135A
ARHGEF16
HPCAL1
RPS6KC1
SLC27A2GPR160
SHISA9
MAGI3
CEP152ARHGEF10
MTMR14
IFNGR2
AFMID
PIAS1
MAN2C1
IRX2
OSGEP
EIF3C
SLC29A1
THYN1
CENPJ
HMGXB3
COG6
ITGA1PPME1
VPS52
ULK1
DNMT3A
TONSL
SPPL3
WRN
PPP2R1A
CLN8
MRPS27
SRP54
GNA13
SYCP2
MPP6
PSME2
CXADR
LTA4H
TLK2
SNX30FAM171A1
COPG1
TAF2
AIFM1STEAP2
INSR
TLE3
PHKB
PDPR
ATP2A2
SPAG9TTC19
SRSF6
RBMXRSU1
ITPR3
RPS7
TOMM40
CAMSAP1
MRPS16
CEP250
ATP13A1
TCOF1
AKAP1
SOWAHC
TRMT10C
ERP29
FBRSL1
GNB1
CCT2
FANCA
SAMD4A
ERGIC2
SSR3
TELO2
ADH5
AMOT
SLC9A2
SERF2
GIPC1
SPRYD7
DGKZ
GAB1
PPP1R26
PTPN14
PREB
NES
ANKRD13C
PI4KB
TPP2
HGS
PTPN2
METTL15
HSD17B8
SKA2
CXorf56
USPL1
PLEKHA8
VWA1
SLC15A4
FCF1
C22orf32
ZFP62
ZC3H3
SMIM3
NGLY1
FOXA2
ROBO1
WDTC1
PET100
PANK4
MOB3A
TAF6
PIDD
SLX4
GYG1
RPL27A
FBXW5
THBS1
UBXN2B
TERF2IP
ITPK1
ATRN
SLC12A4
CDKN2AIP
MRRF
EDEM3
ZBTB39
YDJC
DNAH14
CEP72
ATR
NRBP2
DR1
C11orf48
MAN2B1
ARHGAP21
CEP290
MAD2L1BP
SEMA4B
FAM211BSHARPIN
ARL14EP
R3HCC1L
ZBTB26
ADAMTSL5
CAMTA1RHNO1
KIAA1468
ZDHHC23
SPRY1
ZNF581
ORMDL1
CBWD2
COX6A1
EDNRB
LTB4R
TRAPPC4
MFSD3
FBXL19POLR3H
BAIAP2L2SMO
PDCD10
APEX2
IFT88
ACSF3FAM109B
NECAP1CRAT
YAF2
NSRP1
H1FX
FLRT3
FOXJ2
YEATS2
SENP1
MTTP
MYH14
DCAF5
STK36
RAB1BC19orf70
ZDHHC9
MT−ND1
BID
PDE12
TANC1
SEP15
BCL9
SHFM1
LSM5
ATP13A3
DHX29
RBMS1
SSH3
SETD3
NUP205
NAMPT
ACAA2PPP2R3B
SLC5A6
SRP14
USP47
KLF13
DCAF7
IRF6
AFF1
SDHC
PEPD
TJP1
LDHB
WBSCR22
SLC39A1
KIAA0528
SNRPD2
MAN1A1
DNAJA1
TMEM66
UBQLN4
NCOA4
CCDC88C
TALDO1
DENND5A
RAB11FIP5
S
SCRN1
SPINT1
SORL1
MBOAT7
PSMC5
QSER1
GNPNAT1
ZDHHC16
CLASRP
SSBP1
AGTRAP
HERC1
PDDC1
MKI67IP
WDHD1
PSMB6
GABRE
EXOSC9
CUX1
TRIB3
YKT6
TGM2
ARRB1
PTBN2
MTFR1
ARL1
FKBP15
VARS2
NDUFAF4
GBAS
PIGU
LRSAM1
EZH2
ZSWIM1
FASN
CT4
HOOK3
RFXANK
GPSM2
FBXO5
MARCH8
DCTN3
FAHD2A
POP4
MED4
MFI2
CTDP1
ANO10
ZNF845
BRI3
NUMBL
PASK
GZF1
BLZF1
PHF2
ATF3
ELP6
NCK1
INVS
NEK8
LOX
F10
NAPEPLD
MRPL42
NOP10
ALAD
PLCB1
IYD
ITPA
NLN
SUPV3L1
GLG1
PDZD8
RAB8A
PREPL
POLR2M
SLC9A3
HRSP12
ATP5O
IFT122
FAM86A
DISP2
SH3BGRL3
SLC22A18
RAB23
PWWP2A
RNF31
ANK2
EPS8L3
FUCA1
RAB11BC7orf29
FOS
USP37
CDR2L
ZNF451
PHYH
SLC40A1
VWA9B4GALNT3
RASA1
UBA3
TCTN3
ZBTB38
UBR1ADCK3
HNRNPM
PTTG1IP
FBRS
COPB2
TXN2
NOL6
PTMS
RPL24
VAT1
ARHGDIA
XPNPEP1
CCDC85C
SLC17A9
COBRA1
PRMT1
OSBPL8
FAM82A2
HDGF
SLC25A11
ABCE1
GTF3C2
BAIAP2L1
ESRP2
ANXA7
FARSA
MLF2
SOD1
XPO5
GTF2H3
TRIM71
ASNA1
EFNB2
DHX35
LDLRAD3
ITPKC
FIGNL1
HARS
CTSD
ZW10
VPS37B
MPST
TYK2
SMAGP
ZCRB1
ALKBH2
SP12
UBXN11
COA5
ELOF1
SSX2IP
EXOC6
LSM2
MPP1
NUPL2
NAA10
FBXL6
MED6
C16orf72
TMEM131
SEPT9
FBL
ARHGAP23
RASSF7
HSPA13
ASCC1
DNAJC13
ABCB7
AP1AR
PIP5K1A
ERCC2
SAP130
MFF
SRI
DDX6
GNAS
DENND4B
RSL1D1
AKT1S1
DARS
ACTR1B
TSEN34
TARBP2
NEK6
ZNF746
ASGR1
MGMT
H2D4A
CWC25
MUL1
VPS33A
AZI1
TMEM144
DNAJC1
PRMT6
EYA3
NBEAL1
CERS5
PRR12
SH3RF2
ATP11B
AP1S1
ZC3H15
RBM5
JOSD1
CUL7
MIDN
PDIA3
SRSF2
LONP1
COTL1
ARL5B
SMEK1
PRKD3
SF3B4
OBSL1
XPNPEP2
RWDD1
KBTBD6
DAXX
UTP15
OST4
N
C4orf46
C1orf35
UCB2
HOMER3
TMEM161B
ZSWIM6
PLEKHG1
PAPOLG
KIAA0586
GPATCH2L
ZDHHC4
RASGRF2
SEC22C
GSTM4GPS1
RBPMS
MFSD1
ZNF444
ZNF468
ECHDC1
MRPL47
ZBED5
METTL9
ZNHIT1
SERINC1
FSTL3
UBE2G2
MED29HYAL2
PDCD6IP
IL17RB
GUCY2C
SERINC3
SEC24A
OPA3
UQCRC1
AGPAT3
SHISA5
GEN1FBXO34
DGCR2
SERP1
HDAC2
ITSN1
ABI1
RPS25
SP3
MPHOSPH10
KIDINS220
HSD17B10
CHCHD2
PTGES2
HMGN3
PDAP1
AKR1A1
KANSL2
HM13
YY1AP1
MED16
CITED2
NFATC3
FOXJ3
EIF2C2
FAR1
SYNJ2
SLC35B3
NSDHL
ZKSCAN5
MERTK
NID1
NOM1
HELZ2
NRIP1
TUFT1
LEMD2
SLC9B2
ZNF480
DDX28
ACPL2
UCHL1
ORC5
FAN1
FAM120B
PHF13
TMEM248
IL17RA
UNC45A
RALGAPB
RHOUMRPS15
AFTPH
SMG9
RPS27
SF3B1
EIF3I
TCERG1
GALNT1
KIAA0232
NOC3L
FAM206A
MRPS6
UNK
GRINA
VPS29
USP25
SH2B1
KIAA1430
NFYC
SUCLA2
C14orf2
TOMM20
SCAP
CLN5
OSBP2
CLEC16A
DYNC1LI2
OXR1
PRPSAP2
SEPT7
MPRIP
PLD6
RAPGEFL1
RAB9A
ZBTB24
COX10
DNAJC3
CELSR1
NR2C1
SEC14L1
DDX55
ORC4
ELMO2
CEBPG
GSK3B
CD68
CRYZ
ATF7IP
LETM1
PI4KA
ALKBH5
CSNK1G3
PHB2
EPAS1
CXXC5
FNBP4
LARS2
TMEM126A
L1CAM
PLBD2
PPIL2
CPSF4
APPL1
B
MAP1S
KDM6B
CENPH
EBAG9
PIM1
RD3
CDKN2AIPNL
CCDC138
TRAF3IP2
NDUFAF6HIAT1
TECPR1
ZDHHC17
ZDHHC24
PLEKHG5
RNF103
ATP6V0A2
ZNF276
FAM21A
CETN3UBASH3B
DYNC1LI1
ADAM22
WDR37
B3GNT2
STK10
UVSSA
NRSN2NASP
WDR72
SFXN2
TIPARP
EIF1AD
RHBDD2
FAM84B
RABEPK
BTBD6
FBXO22
HHLA2SLC41A3
PTAR1
METTL5
FOPNL
AKTIP
TINF2
RNF8
AKAP10
WDR74
CC2D1A
CSTF3
C5orf22
SMARCD1
ANKFY1
KIAA1161
PRPF3
C5orf51
RNF13
SNTB2
NDUFS5
MUM1
ITGA3
MBD4
CCNH
UBTD2FEN1
MYO18A
DNAJA2
GFM2
ATG5
PITRM1
CNDP2
TYW1
MICU1TADA2A
RPAP3
PECR
NDUFS1
HDAC7
UGCG
STIM1TP53I13
DHX37
PSMB5
CLK1
VBP1
SNX17
TRAF7
OGDH
PHF20
ADCY6
ATF6
ELP3IER3IP1
TRAF4
ALS2GCFC2
ACTR3
CASK
APOA1
AKT1
RIF1
TRAPPC10
SMARCE1
PROSER1
PABPC1
ARHGAP1
PPP1CC
EPCAM
DUSP16
TNFAIP8L1
LRRC58
SLC52A2
UBA52
ARHGAP28
B
GRWD1
RPL38
PLOD1
CDC37
NPM1
PPRC1
SC5DL
CEACAM1
DDX54
EXOSC2
SYMPK
RREB1
ARFGAP3
QPRT
NAT10
TBC1D15
EHMT1
FOSL2
MED22
NAA15
SENP6
ARPC5
SLC25A4
ARFIP2
KIAA1609
FOXK2
X
POLE
SLMAP
TOP3A
DTX4
FAM175B
ENAH
ACOT13
METTL3
MAGI1
KIFC3
AGAP1
C11orf80
TSEN15
GYS1
CRAMP1L
RFC3
4GALT2
ZNF160
SELT
PATZ1
ZNF562
ZNF295
SMIM7
ACTR5
LRRCC1
CLCN2
NTMT1
PXMP4
METTL2A
TBC1D24
SGK1
YY1
RRP9
FANCC
HEG1
LZTR1
RPH3AL
DAP
PO6
C9orf123
ZNF12
DECR2
TMUB2
GDI1
ATG3
NAGK
LACTB2
Z
PDSS2
GDAP1
YIPF2
TSPO
FBXL18
PQLC2
BMF
GRHL1
ABCA7
ACOT8
CDC7
IFT140
ZMAT3
DTL
UBL7
XDC
FDPS
LMBR1L
AKAP8L
MTF2
ABCC4CEPT1
DCLRE1C
DNAJC25
PCGF2
MINA
TNIP1
GOLGA2
MED24
RPP25
SHC1
MYEOV2
DCUN1D2
ANKRD10
MKNK1
CPLX1
REV1
TMEM200A
SLC25A39
NR1H2
KIF3A
TMEM184A
RAP1GAP
SLC25A26
GALNT10
PITPNM2
RSBN1
SLC33A1
SPAG7
SLC25A44
FTSJD1
MRPL33
ARHGAP26
MEF2A
PRR14RCAN1
HEATR5B
MAST3
POLR2G
ZDHHC6
DLX4
DCAF17
SLC26A6
GCNT1
COPS5
MTM1
PSMG2E2F8
MSH3
CDC25A
HPS6
STXBP2
ADAM10
PPIE
PDS5B
DTX3L
GON4L
PDCD6
PPP1CB
PHAX
EIF2B5
UBE2D3
DCTN4
MON2
CDS1
DOT1L
SARS
EIF4E
GSTO1
LNX2CDAN1
SRSF9
EMC1
H3F3A
G3BP2
MLL5
TBCA
RARS
PRPF8
XPO1
LAMTOR1
PLAGL2
ZDHHC12
GABARAP
DNAJC11
TBC1D13
PPM1G
KRTCAP2
TMEM150A
FAM198B
PRPSAP1
C19orf6
MRPL15
PRDX5
KIAA1549
ORMDL3
PA2G4
ENGASE
OAZ1
CPSF3
DNM2
ZNF598
PSMG1
POMP
TXNDC17
FLOT1
UBE2J2
ADSS
LAMA5
ALKBH8
SBDS
FLCN
PPIL1
TRMU
MSL1
PACS2
ZNF704
SNX8
FZD7
ATPAF1
NIP7
CUTA
SALL4
ABHD4
F3A1
ZNF264
PPIP5K1
C1orf86
NARFL
TMEM56
SUGP1
GBA
RNF19B
SIMC1
PHC2
ABHD3
PYURF
LMO4
NF2
KANK2
EGFL7
RASA2
HECA
RIPK2
RPL39
ADO
CIB1
IPO13
DC45
COG8
PIGH
AC114772.1
AC073346.2
FAM160B1
HEATR5A
TMEM223
KIAA1919
LEPROTL1
DHRS7B
TMEM132A
TMEM68ECI1
GPATCH1
MAP3K6
TMEM203
EXOSC5
WASH6P
SLC35E3
DOPEY2
DUSP1
FANCLTMED5
RPL26L1
C4BPA
ZC3H8
PSMG3
ZFYVE27
ENTPD5
RAB11FIP4
DERL2
NGFRAP1
ZNF133
YEATS4
TBCC
DHRS2
TBC1D20
GALK2
ALDH9A1
TPGS2
MTMR12
FBXO38
PRUNE
NXT2
CHEK2
ASB6
SPTLC3
MRPL13
VCPIP1
PITPNM1
HEBP2
ZNF770
CAV2
THOC7
MRPL14
AP5M1
TAX1BP1
ZFP1
FIP1L1
SNRPD1
ULK3
ABCB10
VPS26B
DERL1
PFDN1
C22orf28
TEX10
CYTH2
TBL1X
EXO1
SPATA20
RBM23
LMBR1
NFE2L2
SNRPG
ATP2B1
INTS7
PPTC7
FABP1
ORC2
TM9SF2
MCM8
THOC2
ACSF2
UBFD1
PSMD8
NCOA6
WLSPRDM2
PRCP
FXR1
RP3−402G11.5
MALL
CIC
TAF9
PTBP1
RPL11
APC
XBP1
ARHGAP35
EIF3A
PKM
TMEM30A
GAPDH
TMEM38B
NPLOC4
DNAJC5
FAM208A
CCDC144A
UNC119B
ZFYVE16
PSMA7
TOMM40L
PSMD12
UBE2L3
ABHD12
CHMP2A
MAP3K2
SH3GLB2
UHMK1
DDRGK1
NUP107
POLD2
MED13
GPCPD1
ANAPC2
LDHA
SPTLC2
P4HB
PLXNA3
QTRTD1
PLEKHF2
T
RAD50
NUTF2
GPAA1
FUBP1
ZBTB7B
FOXO3
APOC3
UBE4B
GRSF1
MED15
PPP4C
ERLIN2
STEAP1
DOLPP1
SEC61G
DDX11
FBXO45
VPS13A
GNG12
C3orf37
MAPKBP1
C17orf85
MAN2A2
NME4
NUP43
TGFBR3
LGALSL
DOCK7
SELRC1
LAS1L
PWP1
UBTF
ACBD6
UBLCP1
ZNF318
P
CTR9
GNAI2
FOLR1
GPR35
VEZF1
GNG4
ATDN2
CCDC101
THRB
DYNLT3
UBE2I
LIMD1
ABHD11
SUV39H1
PARP12
TUBB6
C6orf136
JAK1
DDX31
C3orf58
VANGL1
RBM7
GGPS1
SBPL10
PALB2
RUNX1
RPE
KDM4C
NIT2
SPRY2
UGGT2
NUDT3
RAD52
COA3
MAFK
MIEN1
IGS
MLX
ERCC8
BLC
MCAT
LIM
COQ2
FTO
OGG1
PSM1
PNP
MRPL44
SETD5
RBM12B
GIT1
MRPS18A
ELOVL1
RHOC
CCNY
CHD4
SLC35B1
NDUFB11
PKP4
TTC38
C
19orf54
KATNB1
ATP5J
TBC1D9B
IMPACT
HINFP
RBM3
FAM104A
GEMIN6
CTNNBL1
TP73
DHX33
CDK9
EED
ACTL8
BICC1
TAOK2
ABCA1
HERPUD2
VIL1
BRCA1
PTPRM
SSR4
TET3
LSG1
JMJD6
FIBP
NUDT16L1
RAB11FIP2
KIAA0556
ZNF780A
TBC1D22A
CREBRF
MARVELD1
TMEM170A
PRDM15
KIAA0146
THNSL2
ACVR2A
SLC24A6
ZMYND11
CNKSR1
SLC25A25
C17orf80
PLEKHA4
C3orf38AEN
MIS18BP1
TSPYL2
RAB3GAP1
EXOC6B
DDX19B
PPARD
ENPP1
DIS3L2
TXNDC12
C
ZFAND6
FBXW4
M
CCDC
SLC7A11
DCAF15
C2orf49
MRPS36
C21orf33
KIAA1671
ADCY7
FAM13B
ZNF330
C12orf4
PDCL3
DNAJB2
SGTB
ATP6V1B2
DYNLT1
PDE4DIP
KIAA1967
ACTR8
HNF1B
SURF1
RAP1A
N
SESTD1
SYNPO
FXR2
GSDMD
NO
KNG1
MPV17
KANSL1
FBXL5
PCGF3
LYRM1
KLHL12
PPM1A
DNAJC2
URGCP
DBR1
MRC2
VPS28
PRSS3
GPR125
SPATS2
ATF7
DECR1
CUL9
HPRT1
PANK2
SPG11
CLK4
DHHC
PSMA5
AGAP3
STX4
USP3
EPC1
NSUN5
BAG2
BPNT1
TRAF3
USP13
PNKP
ZNF24
VPS54
M
PTDSS1
TADA3
ZZZ3
HNRNPL
GNG
HNRNPC
SKIV2L
SCAF8
DH
TSPAN6
CDCP1
ELP2
ATAD1
VPS26A
ABCC3
RSRC2
D
CLCN3
TET2
LRPPRC
MTMR2
MRPS7
KPNA4
PARN
TFDP2
CLINT1
TYRO3
NO
ZNFX1
NAA25
DNMT1
ATF1
WARS
NSUN2
TSR2
PSMD1
ARAF
AIG1
OAS3
SIDT2
NR
UBL5
PARK7
SSRP1
DRGC
DBN1
VILL
RPL30
CMIP
ATP5E
LARP1
BMS1
VMP1
RPL26
CHD1
CSK
RPL15
MAP4
CD
HNRN
ALDH18A1
FGB
TRIO
PPA1
SIK3
CD63
H
RPN2
SMARCA5
KHDRBS1
Q
PRRC2C
TUBGCP2
MAPKAPK5
ARHGEF1
NDUFB10
ATP6V1A
SMCR7L
PRSS23
PACSIN2
GPBP1L1
CAMKK2
RU
ANAPC5
ITGB1BP1
PLEKHM2
ARHGAP29
CS
HMGA1
ZNF207
THUMPD3
PRDX1
IGF2BP3
RPS12
PSMD3
PPP1R16
MRPL37
RB1CC1
ASCC3
GXYLT1
TMEM165
RANBP3
H2AFY
ERBB2
TMEM168
FBXO31
SREK1
C2orf72
ARID1B
SF3B2
ZNF384
APH1A
TMEM198
EIF4H
MAP4K5
RAB6A
GPBP1
MYH9
CEP164
CALCOCO1
PPP5C
CCDC51
ERCC6L2
SYNE2
RPS2
UTP20
GRPEL1
RBM33
DHX9
RRP12
CH
ZFC3H1
ZRANB2
CENPB
LAMTOR3
SUV39H2
C10orf2
HG
PRPF4
SLC39A4
FBXO2
KNTC1
PPP1R8
IDH3B
TMEM69
RNH1
CLOCK
TOM1L2
XPO7
TMEM115
FAM207A
MLLT1
PI4K2B
WHSC2
PES1
RBP4
MAD1L1
MRPS2
BUB3
ATG2A
CDK18
CD99
CNPY3
C10orf12
NOL10
SLC45A3
ACO1
PGM3
STAT3
SPOP
PEX5
MAEA
DLG5
RUSC1
RDH13
FBXL3
MAST4
MPC2
GOPC
NUFIP1
TPR
XRCC1
CDC40
EEFSEC
PNPLA6
TOX4
GSR
ZFYVE19
GLB1
ILVBL
PYGO2
NAPA
HMBOX1
GCHFR
GLT8D1
SF1
CNOT4
BCL2L2
FUT8
GRIN2D
TOR1B
LIG1
ZNF526
T
D
STAM2
OVOL1
RN
TM4SF5
RAI1
MBD1
TGS1
ORC1
TAF10
DTD1
APOOL
IDI1
THG1L
BRF1
PUS1
PRIM1
LSM11
EIF2B2
CEP68
E
ADAP1
TDG
SZT2
GAS8
SETD4
RHBG
RNF2
BCAS3
TTC12
ACO1
MEM51
PIGA
R1D2
CBR4
RM
NO
NRM
DYM
RCC6
2E3
CPH1
HID1
GO
M
NC
H
O
C
D
G
RCN
CN
R
M
NDC
M
C
GR
W
M
GR
COMMD
COMMD
R
R
CCHC
C
DCDU
HMGC
MG
GC
H
GRN
MD
NC
DC
GO
CO
OMM
GRGN
CN
GM
WDR
HN
NGD
O
Q
CN
C
RN
U
G
H
N
RC
RO
D
H
N
G
D
NC
MO
WH
CCHC
N
GM
MR
RCOR
MR
DDUC
CNO
RCC
H
C
DCD
CCDC
RN
COR
RH
U
CR
U
GM
NCM
N
DG
D
DN
GRMC
RMND
N
H
U
MORC
NUM
H
N
OG
R
RN
RM
WC
M
G
HOD
NHR
H
H
DRG
M
NDU
HNRN
RD
R
C
GO
D
DN
C
UNDC
DCDCH
CCN
GCC
NH
CO
GR
NGO
NG
U
NO
DH
N
UH
GM
HDM
W
G
C
NO
WDR
COMMD
CCOG
NUD
DR
CR
RG
UMO
HUM
RMC
RMC
NH
RC
R
RCH
R
R
OC
M
CR
C
U
R
M
H
D
D
U
N
MCM
GCR
MC
NU
U
CCN
GRH
U
U
CDC
R
R
R
C
NRDCHCHD
U
NDU
CO
MM
DM
H
C
CU
O
C
N
RN
M
NR
NCO
RN
N
GD
DHHC
HQ
MC
NC
RMC
C
DD
CU
HC
UR
C
W
M
D
MR
MUCC
C
C
MUR
CC
M
RWD
CWC
DC
CR
CORO
G
CDC
DC
DR
R
NDU
RRC
CO
MC
G
N
RD
N
NDU
R
RDH
MC
HNRN
G
CDC
NH
QD
GN
RRC
RC
D
MC
GM
GOR
UCD
DND
HDC
MOD
MR
CCDC
MC
HMG
CM
U
MR
CO
RUMO
CD
DO
D
UW
CUC
W
NU
M
O
NO
C
N
CMH
R
MM
C
UN
GD
RN
M
R
ND
M
R
D
M
C
MRMR
ORCU
RMCN
DD
RCH
DCD
RR
MMM
DD
DD
RD
NUD
U
DM
RNO
NC
RC
COQ
C
D
G
DD
DGUO
HD
C
H
R
DCUN
M
CD
MOG
DU
Cm
O
DN
N
CHR
GG
NUDCD
CGG
MCM
CH
DU
C
WDR
CCDC
MRD
DH
GCN
NU
G
NOMO
HOO
NDN
OMMG
G
HDC
CD
R
C
M
NO
HGDH
NG
RM
D
CC
GD
NDU
M
NR
O
UN
RCC
HNMHD
MM
GHM
DN
M
R
H
N
CDC
WD
CR
NM
DD
C
W
H
UG
CD
DHHC
N
G
C
MG
CHM
R
RG
R
CR
WN
CCD
HH
OM
GC
OR
CD
CM
RD
M
MH
OC
C
RR
D
N
CD
W
NM
DC
M
NW
UO
C
N
DC
D
N
C
G
C
C
M
MDN
HROOM
DH
O
MCO
DN
NUDCD
C
MCHD
HC
DN
H
D
C
MU
C
UD
COC
HC
DD
WDR
W
H
O
R
C
HR
RHG
DM
U
OR
D
UNC
COMMD
RCH
NND
MCC
CHU
C
OC
ROM
CC
NCOR
CC
G
NOC
RC
RR
R
HDC
R
C
CCDC
NUC
DMD
CHD
U
NN
CR
RN
MGN
NDU
RRG
GRMC
CHM
RMC
DRC
R
UDC
DDR
RDU
NUD
MN
C
OC
N
D
NR
G
UQCR
R
NDU
HROOM
CCOMMD
M
CRDHDD
NRR
MR
U
GO
M
R
DGCR
WDR
COQO
M
UCH
G
NCO
CH
NO
HNRN
R
O
G
RN
NR
H
GD
DC
CM
QG
WDR
CHDH
RO
CDMUG
RCN
RR
RMD
DRD
R
NU
U
DN
M
DON
OC
H
RCC
MRH
QR
RC
CH
RM
ON
DC
DDC
RHG
MR
DCC
D
RN
CNNM
QG
H
C
CH
OMGN
O
NCD
NOMO
DH
NU
GD
MOC
CNR
HDC
M
RC
G
R
MD
QR
NG
RN
MD
M
COQ
WWO
O
NO
D
GG
UMO
QR
CC
OR
ND
RD
RRC
OC
DH
CON
RN
HOC
RO
DH
C
M
CO
CDH
CH
W
N
NC
RM
CM
NG
UND
UM
M
U
H
RN
G
OD
MD
CH
MG
RC
O
D
NC
M
GN
CH
CC
H
DH
M
G
RG
ND
N
RH
CH
G
HC
RD
HM
N
N
ON
H
G
C
U
D
HC
M
H
RR
NUD
MCR
N
GN
D
O
ND
CM
OGDH
CD
CCND
CD
HMGC
GGC
HH
C
OC
N
N
GC
O
OH
DH
O
D
OR
CCN
R
GOR
UHR
R
C
W
RH
DD
D
D
O
HNR
DM
M
GCDH
ORC
CHCHD
CN
CNM
RRM
RRC
CHCHD
RQCD
CDC
GRN
C
HDDC
WH
U
UG
MDH
OW
GG
MC
DM
N
HURC
COG
GN
OM
MCO
GR
GN
RH
CR
HD
RD
G
O
Q
G
Q
CDC
HMG
RN
CH
N
DD
NUN
DHR
NUD
HDHD
DOC
NRN
DN
NU
O
CCDC
DC
NDU
NN
GG
MCM
DH
RNC
CNO
GC
MU
U
H
WDR
GN
QR
DC
WG
HCC
OU
GG
CQ
MU
MMDC
GCH
RCHG
G
RCC
HR
CD
RRG
CRN
G
OW
GC
R
M
D
O
D
G
DOR
M
R
CORRDC
RN
CU
W
H
CCDC
N
CC
CD
NDU
HNRN
CCDC
CW
R
CDCDO
C
D
CCDC
CR
CDHR
CCNDN
UQCRC
MO
NDU
W
R
RHG
O
MR
GR
HMG
CHCHD
CCDC
CNO
DC
GG
COMMD
NDU
NH
C
CCDC
CN
UNC
MR
N
RN
O
CCDC
CRN
HOM
DM
MO
CR
RN
DHHC
MON
NR
NUD
MR
CO
NDU
CCDC
U
COM
GM
CD
HD
NDOR
RCOR
G
GO
UH
CNO
RN
RN
DH
DHR
UNC
CDC
UGG
DN
C
WDR
CR
DDO
MMG
RC
NH
NUD
H
RNM
G
MR
CO
CH
RNG
RHG
ROMO
DGCR
CHDC
RM
NMD
RNN
WDR
COCH
RR
NO
HC
CN
RCHM
MM
RN
HMCO
URM
DO
R
GO
UC
N
OR
CO
RRDC
DH
NU
CN
GMNN
NHG
WW
CR
G
RRC
N
CRC
DH
DD
RCG
CDH
RR
UNC
UC
MCM
NND
M
RMC
RHO
NO
NMG
R
G
N
CO
RH
GU
RM
HGDH
OMM
MCO
NM
D
U
RN
RRC
DM
CC
RN
RD
CRN
G
CU
RR
MN
OD
D
MM
O
C
CGN
UR
N
NOC
DN
CMC
O
RR
HRD
OG
RDM
HGR
NR
CM
RH
D
RD
RCC
HH
RR
UC
CG
N
MC
CO
GD
RN
H
M
O
UR
R
MOD
MO
MM
MD
NDC
GC
DC
CM
G
N
D
HND
UD
Q
MC
MD
GG
O
H
OG
G
CC
NRG
RM
NRD
RH
RD
H
CU
NM
CR
MC
C
NCG
OD
HD
WDC
M
O
RD
H
D
DC
CO
MN
G
CR
HD
ND
R
OC
CH
RC
O
D
U
R
OC
N
D
OM
W
G
C
H
N
CH
U
RD
H
N
G
M
R
G
H
GR
RR
D
D
C
D
H
C
D
N
MM
CCHC
W
NO
M
RMND
CMH
DN
NUDD
NC
HD
M
RC
QR
D
N
OG
WR
UQCR
CD
GN
GO
R
QC
DN
DN
CD
O
R
B4GALT4
TNFRSF11B
F
C
(b) Vo cano p ot
Figuur 4.6: Re at e tussen og2 fo d change express e n veau en FDR voor genen voor en na AURKA
knockdown
30
le
to
Fi n,
br ca
on lm
ec od
tin ul
, in
M cel bi
us l a nd
cl d in
e he g
co s
nt io
Is Ap ract n
op o io
ep pt n
t o
AA ide sis
tra bon
d
Ly nsp
s o
W oso rt
D m
TP re e
p
G
TP A R r eat
as NK epe
e
a
Tr
re rep t
an
sc E gu ea
l
r
a
n
R ip d ti t
eg tio o o
u n c n
G
ly S lat re yto
co e io gu si
s
xu n
p
ro a of lati
R
es
te l r b on
in ep in
po
, d ro di
n
n
K se t Rib isu duc g
in o o lfi ti
as o nu de on
e, rga cle b
m ni op on
ito c s ro d
s ub te
In is, c sta in
s
K olu ell nce
in b c
as le yc
e f
l
O r ra e
C rga egu ctio
yt
op ne lat n
l
Pl N las le l ion
as uc mi um
m le c v e
a ar e n
m e si
em nv cle
br elo
Pr P
an p
ot lec
e e
ei k
n st
pa
co rin
rt
m h
D plex om IG
ef
o
en as log
s
T se em y
Ex ran res bl
tra sm po y
c em ns
Pr ellu br e
ot lar an
ei m e
n
tra atr
n ix
C
Pr spo
el
l s Io ot rt
ur n ea
fa b se
ce in
re din
ce g
pt
or
ke
,c
yt
os
ct
in
A
ES
ub
ul Ce
i, ll
cy cy
to cl
sk e ,
el m
et ito
K
on s
in
i
as
In , c s, s
M
e
e
us
, n Osolu ntr pin
cl
r
u
g bl os dl
e
Ep de Cycleoanee fr ome
ith ve to tid lle act e
el lop pla e lu ion
ia m s b m
l c e m in e
e n ic d n
O Li ll d t re ve ing
ss m if g s
ifi b d fer ul icle
ca e en at
Pr
tio ve tia ion
ot C
C n r lop tio
e
e e m n
M in marb
ic o oh ll a gul en
ro d y
d a t
tu ific dra Zi he tion
O bu ati te nc sio
f n
l
r
o
t
i
g
C
an , m n r raninge
ol
el ot eg sp r
or
l
u
o
o
e
ec
or r p lati rt
ta A
ga ro on
l c po
t
n
an pt C Ce is ein
ce os el ll c atio
r, is l d o n
N
eu Wn reg ivi rtex
ro D t u sio
n ru sig lat n
R
es
C GT diff g re na ion
al P e s li
po
ci a re po ng
n
C
um se n n
se
el
t s
to
lm
io act iati e
n iv on
ot E Corg
io m e an binatio
n, br ll m ic
d n
ne yo o su Re ing
ur nic rph bs pe
on d o ta at
g
St
deeve en nce
er
l
oi P vel opmesis
d
Pr Ly m rot Endopm en
ot m et ein o e t
ei ph ab t cy n
n o o ra to t
c c li n s
Pr om yte c p sp is
H
ot pl a ro or
th orm E ein ex activ ces t
yr o n
s
os ne do C dim sseatio
in t s e e m n
C e p ran om ll pr riza bly
hr h s e, o ti
om os po ly jec on
a ph rt, so tio
D E tin ata sec somn
N xt o se re e
A ra rg
da ce a ac tion
m ll ni tiv
Tr Tra
an ns ag ula sat ity
O
e r m io
sc m
xi
do
rip em He res at n
G red tion bra mo ponrix
ly uc
fa ne poe se
co t
m Ce proase cto pro sis
R ll te , m A r a te
N m in
A ig , itoNK ctiv in
pr ra di ch re ity
oc tio su o pe
es n lfid ndr at
si re e io
ng gu bo n
, s la nd
pl tio
ic n
in
g
ro
t
ic
M
ES
Hoofdstuk 4. Resultaten
4
3
2
1
0
(a) Opgereguleerde genen
2.0
1.5
1.0
0.5
0.0
(b) Downgereguleerde genen
Figuur 4.7: Aanrijking van functionele annotatie clusters in differentiële genen na AURKA KD. Clusters met een enrichment score (ES) groter dan 1.3 (grijze lijn) zijn significant aangerijkt
31
Hoofdstuk 4. Resultaten
KRAS
BCL2L1
PDLIM5
SPTBN1
TPM3
COL12A1
FN1
ALB MYD88
HSPA5
SKP2
ANKRD1
NEO1
FNDC3A
KRT18
IGF2
SPTAN1
HSPB1
Anti-apoptosis
YWHAZ
Contractile fiber
Fibronectin
MSX2
NOTCH1
CTNNB1
HIPK3
TTN
CHD7
Limb
morphogenesis
DYRK2
CDK2
WEE1
KIF11
Cell cycle
Ser Thr kinase
PSKH1
AURKA
PLK1
MAPRE1
TPX2
NEK9
ASPH
PITX1
STK17B
CDC20
CCNB1
MBNL1
DICER1
SLK
MST4
CDK19
CDK6
NCAPD2
SLC7A7
SLC36A1
AA transport
SLC7A2
SLC7A5
Figuur 4.8: Geperturbeerde functies na AURKA knockdown
4.4.3
DMSO versus AURKA inhibitor
In totaal werden 25345 genen gedetecteerd met minstens 1 uniek gemapte read in minstens
1 van de 4 stalen. Na onafhankelijk filteren werd differentiële genexpressie uitgevoerd tussen
DMSO en AURKA inhibitor (MLN8237) behandeling op 5819 genen. Dit resulteerde in 169
differentiële genen (FDR < 0.05) waarvan 53 opgereguleerde en 116 downgereguleerde genen.
De relatie tussen log2 fold change, gemiddeld expressieniveau en FDR is weergegeven in figuur
4.9.
Effecten van inhibitie op transcriptie is kleiner dan effecten van AURKA knockdown. Log2
fold change zijn kleiner en er mijn minder genen significant geperturbeerd. Er zijn veel meer
downgereguleerde dan opgereguleerde genen.
Functionele clusters die geperturbeerd worden na AURKA inhibitie zijn weergegeven in figuur
4.10. Celcyclus, mitose, apoptose en chromosoom organisatie clusters zijn aanwezig in op
-en neergereguleerde genen. Opgereguleerde genen tonen de grootste aanrijking in genen
gerelateerd aan het sterol metabolisme en de celmenbraan. Downgereguleerde genen hebben
zeer sterke aanrijking voor chaperone gerelateerde genen.
32
Hoofdstuk 4. Resultaten
NDRG1
1.0
CKB
TTN
APOC3
PHGR1
SORL1
MUC13
log2FoldChange
0.5
0.0
SLC36A1
HMGCS2
TULP4
PRODH INSIG1
ZNF703
MYO1A
USP54
FAM46A
ABCC3
ERBB3
SLC26A2
KDM3A
MYO15B
KDM5B
SOX4
MID1
FZD5
MDM2
AQP3SORBS1
ACSL5
TOB1
GLS
CHPF
NFAT5
CDHR5
AMNFABP1
TRAK1
ANXA4
MVP
LRP1
GRAMD1B
TMPRSS4
SYT7
TACC2
TMEM45B
NEB
TMEM141
NBR1
IRS1
SLC39A5
SIDT2
HSD17B11
TDP2
ACSS2
OCLN
KSR1
PIK3R1
TNRC18
CEACAM6
EPPK1
IGFBP4
SRC
MMP14
NCR3LG1
FMOD
DOCK5
SOX9 SLC11A2
C12orf49
PLIN2
PHYHIPL
KLF6
COBLL1
C4orf3
RBBP8NL
PGPEP1
TEP1
ZKSCAN1
SPRY4
RNF44
FOXP1
KLC4
SLCO2B1 ABCC2
ATG13
SOS1
C6orf48
LPP
BAIAP2L2
FOXO3
AHSG
INSR
PHF15
AFF1
MAN1A1 KLF5
SEMA6A
PLEC
MALL
SFI1
IPMK
ZBTB38
ABCA2
SLC40A1
MPZL3
LPIN3
TJP3
PIK3C2B
NFATC2
COL27A1
MYH14
SLC26A6
DNMBP
NUDT4
RREB1 ERBB2
SORT1
GIGYF1
CYP27A1
VPS13C
RHOBTB2
ZBTB44
MT−ATP8
IQGAP3 ZFP36L2
ETS2
KIAA1109
CD97
ESPL1
FCGRT
CTSD
OBSL1
HEATR5B
ATRN
ESRP1
CHD6
PVR
HNMT
SNTB1
PLEKHH1
MVD
LRP5
GTF2IRD1
GSN
PBX1
SPTBN1
TBL1XR1
GALM
ATG2A
FOSL2
ZFP36L1
BLCAP
KIAA0195
TMEM63A
DOCK6
KIAA1217
TNRC6B
AMBRA1
GPC3
DPYSL2
HELZ
UGT8
RNF213
ELF3
KLF3
GOLGA2
CMIP
TMEM41A
HECTD4
MARCKS
MACC1
LCOR
CDC42EP4
FLCN
NEU1
AFF4
SPATA20
ZNF292
MLL3
EXOC7
DUSP16
LRRC16A
MACF1
MEGF8
HIST1H2BK
NCK2
ZNF652
EP300
SEMA4G
ZFHX3
ACSF2
H1F0
PLXNA3
TMBIM1
TSC1
ITGA6
LRP2
FAM160A2
IRF2BP2
TGFBI
MT−ND4
CIT
FAM102A
BCAM
MAGI1
SFXN3
RERE
ANK3
TSPAN8
BRWD1
ITGA2
HMGCR
ABCA1
SIK3
NBEAL2
ASS1
SGSM2
GRN
BTBD2
SHANK2
MSMO1
ANO9
APOB
SLC25A36
NRCAM
PAM
MLLT6
SERINC3
AATK
TET3
PARP4
LRP10
RAB11FIP1
CELSR3
RBP2
TAPBP
CGGBP1
ZMYND8
COL6A1
WSB1
CTDSP1
DST
CYP1A1
PDPK1
ZBTB40
ARHGAP32
CDX2
TLN2
OSBPL2
CDH1 MT−ND4L
ZNF217
RBCK1
OGT
MAN2C1
RBM47
ZMIZ2
MAN1B1
HMGCS1SERPINA1
ELF1
STAT6
MAN2A1
KDM3B
USP11
CLCN7
LAMB2
CERS6
TMEM199
YIPF3
PTPRU
MTMR3
PLCD3
AGT
TRIM2
SLC6A6
F2RL1
CAMSAP3
PCSK9
LETMD1
LENG8
LMTK2
ARHGAP26
CLDN4
RBM33
CORO2A
APBB2
PITPNM1
TRIB3
SERF2
IGF1R
HEPH
SUSD1
PLEKHA6
KIAA1671
MED12
PATZ1
HAVCR1
TSC2
MT−CO2
GLTSCR2
NCOA3
DMXL1
IGF2
ZNF512B
GPBP1L1
MYO18A
CDC42BPG
LNPEP
PTMS
GPRC5A
OAF
MINK1
L1CAM
KIF12
RICTOR
ZZEF1
ARID3A
ATF6
USP9X
RABGAP1
CGN
MAP3K2
MAU2
LSS
NFATC3
SLC12A7
WIPI2
ARID5B
BIRC6
VAV2
DSPAPOA1 SLC2A1
SLC46A1
SSFA2
KIAA0141
MFGE8
ADCK3
LPCAT2
DENND1A
NCOA1
TGFBR2
VEGFA
MMP15
BRD3
IGF2R
GUCY2C
CREBBP
DAB2IP
YTHDF2
C6orf62
THOC2
TFDP2
ZMIZ1
SH3D19
SLC5A3
TRAK2
PIKFYVE
AKAP13
PTPRS
N4BP2L2
RXRA
WDFY3
C1orf106
NDFIP1
NDFIP2
MGEA5
ETV4
DLG3
PLEKHG3
SSH3
ELMSAN1
FN1
MAPK8IP3
RASSF3
TRMT61A
CDC14B
APPL2
SQSTM1
CNOT2
STAP2
CLCN5
SYNE2
GBF1
AURKA
ATP11A
MYO6
CYTH2
CFLAR
RBL2
ATE1
NF1
PSKH1
MAGED2
LIMA1
AMOTL1
VPS13D
ANXA13
MBNL1
ASXL2
FMNL2
CSNK1D
DENND5B
SCARB2
MAPK3
UBR4
SNX30
GLB1
LAMB3
PPP2R5C
FAT1
CBFA2T2
TJP2
JMJD1C
GAK
CAMKK2
KIAA1522
ARL5B
LPIN2
ABL1
MED13
ITM2C
WASL
ATP9A
ELMO3
SREBF2 ITPR3
MGA
PPARGC1B
TCF20
GNS
ARHGAP27
ZNF587
DBNDD1
KDM5A
PTPRA
CEP164
HIPK2
KIF20A
CCNI
MT−CYB
MKRN1
RCOR1
F2
RAPH1
VAT1
SPINT1
PSEN1
HJURP
ZFAND3
WEE1
YAP1
BAZ2A
SEZ6L2
UCKL1
TAOK1
EIF4EBP2
NQO1
SEPN1
CD9
SIN3A
WDR59
C1orf115
LZTS2
WASF2
METTL7B
MED14
BRD8
MAP1LC3B
COX5A
SIPA1L1
PABPC1
UBXN7
EPS8
KHNYN
LRCH4
PPP1R10
CTDSP2
GATA6
DCAF7
ROMO1
VPS13B
TNFRSF10B
PARD6B
EPS8L2
PLEKHA7
NBAS
UBR5
MLL2
ENC1
FLVCR1
SCAF8
CREB3L2
TPP1
SMTN
GTSE1
HERC2
MRPS26
DGKD
ERC1
MPST
SEC31A
CDK18
ATG9A
LMBRD2
NELF
CCNL2
ZC3H11A
GAB1
PUM1
C19orf6
TIA1
NCOA2
TXNIP
CRTAP
SYTL2
SIK2
MT−ATP6
TFPI
PLIN3
PYGL
PDLIM5
ERBB2IP
NCOA4
TNKS
PPL
ATOX1
CAMK2D
ITM2B
ARID1B
HNF4A
LDLR
VASP
DGAT1
PLLP
NENF
ATF6B
RASA1
FZD7
FBRSL1
HIPK3
AVL9
AGPAT3
RC3H2
NLK
VPS51
IGSF3
MTA1
RALGPS2
PDPR
GTF2I
TSC22D1
LRBA
GBA2
SEC24A
MSI2
INPPL1
C20orf112
ARFGEF1
ATM
SHROOM3
R3HDM1
WDR81
AIP
TSPAN6
UBE2S
NPC2
CDH3
NEDD4L
CBL
CPS1
CXADR
GOLGA3
PACS1
CAMK2G
INCENP
REEP6
ABR
POF1B
ABCA3
GFPT1
RPL37
PPM1H
AGPAT2
RAB22A
LGR4
CUL7
TFRC
PCSK7
TRIO
LRP6
HTT
HIATL1
LTA4H
SYS1
MPP6
MT−ND3
CDK5RAP3
JUP PSAP
HIC2
MAF1
SOGA1
SLC25A6
NCOA6
SC5DL
SEC16A
PLCG1
GPR107
PEPD
BRPF3
STMN3
EPB41L1
TROAP
DYNC1H1
RNF43
MYO1E
TMED4
LMNA
C11orf24
TRIM71
BPTF
SETD5
EIF4B
COX5B
LGALS3
ZNFX1
TAB2
CHD2
ANKRD11
BRD1
SLC29A2
CACUL1
SPHK2
BTAF1
C2orf29
ARHGEF12
UBE2R2
DYNC1LI2
MLXIP
MLL
MGAT5
POGZ
CDS2
UBAC2
MOV10
PAN3
PCMTD2
ALDH18A1
USP32
MYC
MED13L
UNC5B
EPT1
PTPN23
LAPTM4A
FOXK1
EEF2K
GLUL
ADD3
ATXN2L
ZBED3
ST14
PCED1A
ASH1L
CDC42BPB
QPRT
TTYH3
CEP350
CLASP1
ANKS1A
ARFGEF2
FAM83H
FUT4
ID2
MKLN1
YEATS2
NSMCE4A
ZC3H4
SGK223
RFFL
SLC35F5
PIK3C2A
MAST2
ERVMER34−1
MYO1D
OS9
SKI
ZNF395
QSER1
AFP
NPTXR
KDM5C
TMSB10
DPP4
WWP1
HECTD3
TPCN1
GSE1
AHR
TMEM127
PRKAR1A
SLC35D2
KDM2A
APOE
TBC1D4
ITGB4
ADCY6
MAEA
SLC12A2
DVL3
FOXJ3
RLIM
MET
DAZAP2
MAML1
ACOX1
PUM2
NPNT
DLG5
EPB41L5
STAT3
SLC25A23
KIAA0494
ATP11B
NAMPT
CHMP2A
CHST3
FGA
GPATCH8
GOLPH3
ZDHHC9
HUWE1
NADSYN1
SYNJ2
HNF1A
ENOSF1
SPG7
WDR26
TTC17
CDH17
COMMD7
RTN4
PEX26
PAK1
CNTNAP2
MYCBP2
SUMF2
PLEKHG4
LLGL2
BUB1
KLF13
MLLT4
MKNK2
RAPGEF1
PNRC2
DNMT3A
SCRIB
AXIN2
ABHD12
CDK10
KDELR1
TAF1
RAP1GAP2
ATP13A3
MARCH6
FAM60A
DIDO1
GSK3B
STX3
SNHG16
ANKRD27
PLXNB1
CNPPD1
SNX13
ARHGEF7
HLA−E
KIAA0528
TNFAIP3
PPP6R2
USP24
PBX2
SLC44A1
TCTN3
UBN1
SVIL
FBRS
CNOT6
TBL1X
ABHD2
SLC27A4
SCARB1
TPCN2
TMSB4X
CALM2
GBA
PI4KA
TNRC6A
ZDHHC3
DYRK2
POLRMT
HDHD3
SUPT6H
WFS1
SLC43A2
RMND5A
SUN1
GPR56
PHF19
AP1S1
CBLC
SNX9
ESYT2
PCNX
HDAC6
TRPM7
TMEM131
CXXC5
ZNF507
CBX6
MYO9B
RAB3B
TENM3
DAB2
HERC1
RPS15A
SBF1
PTPRF
TMEM43
PPP1R15B
NOS2
CTSA
CHP1
NAA30
MKL2
NCOR2
TOX4
MYL12A
CC2D1A
TTR
CASK
CST3
GUCD1
FBXO2
PIK3R2
EFR3A
CREBZF
ERP44
NEDD4
CES2
PRKAB2
BIRC5
GYS1
RPL30
IER2
RNF187
PERP
TNFAIP1
STXBP2
CCDC85C
OST4
RTKN
CUX1
PTPRK
NDST1
CLSTN1
NIPBL
CFTR
STK17B
NEK9
KIAA2013
ARHGAP12
PURB
CABIN1
ATP6V0A1
SDCBP
RC3H1
PJA2
ECH1
SENP6
IREB2
EREG
RNF169
PLCB3
ACSS1
DLGAP4
CCNB1IP1
RACGAP1
LCLAT1
GRINA
CCDC6
GNA11
NR2F6
SPTAN1SCD
CLDN7
SH3BGRL2
WNK1
SPTLC2
FUT8
COX7B
COMT
CHMP4B
DCTN2
ASAP1
PTK2
NUMB
ITPKC
LSR
ARHGAP35
PLK1
AKIRIN1
NUMA1
CDC25B
SBNO1
FAM109A
FBXW5
RNF149
CHKA
VGLL3
EXOC4
A
SXL1
TRIM24
ZNF664
C1orf43
SLC20A2
POLR2A
USP34
DDAH1
PRR11
CHDH
VHL
LASP1
ANKIB1
MT−CO3
C14orf1
DOT1L
RAVER1
NFE2L2
NFE2L1
KIF13B
ZMYM2
AES
MAVS
SRRM2
MBOAT7
CLCN3
ANKRD17
KAT2A
ZNF609
CBX5
HNRNPH2
SNX14
DOCK1
TOB2
USP19
B4GALT4
KAT7
FRS2
TYK2
DROSHA
DICER1
PIEZO1
EPHB4
EIF3F
CYB5B
TMEM181
DDAH2
TNFRSF1A
CSNK1A1
SMAD5
ATRX
DNAJB6
COX8A
RPL13
CBX4
SMG5
KANSL1
MYO1C
MPZL2
SP1
DIP2B
NIPSNAP1
LPGAT1
DCAF12
ARID2
ATP8B1
GON4L
S
ERPINB1
ATP6V0D1
TEAD3
PCNXL3
TLE3
SAP130
TM4SF1
ARFGAP1
SHISA5
CLTA
SLC35D1
TEX10
MYO10
PROSER1
DDX6
NSD1
CES1
SPPL3
DDI2
ZFYVE26
MFHAS1
LMBR1
PTGR1
CCDC93
KIAA1598
DDX39B
CNNM4
CTBP2
CHD9
BAG6
S
YMPK
ALAS1
DDR1
FGFR4
ARAP1
ARGLU1
ECT2
SRCAP
OAT
BACH1
CTNND1
SMG1
MON1B
PRRC2C
PRTG
CPD
OSBPL3
RASAL2
PTTG1IP
USP36
SMAD3
PLD3
GALNT6
C20orf111
ATP6V1B2
MT−ND6
BCL2L13
ZMYM3
SERINC5
RAB3GAP2
COPA
IPO8
PROS1
REV3L
RBM15B
ATP2B1
BZW2
GNPTAB
METTL9
FKBP9
CREG1
SUV420H1
TMEM66
JOSD1
SPRED2
LRIG1
PCBP2
IDH1
SMARCAD1
RNMT
FBXO11
EEF2
ODF2
PPIP5K2
CNOT1
UBP1
PRC1
SPEN
PRSS8
COL4A3BP
GDE1
ATL3
MON2
K
IF2C
TRAPPC10
GNA12
UBE4A
RETSAT
TRIM14
ARHGEF11
ITFG3
B4GALT2
KALRN
TP53BP1
PANX1
MTUS1
T
TC38
ZNF592
KIAA1147
MTMR4
HLA−C
ACBD3
GTF3C2
TBC1D16
ANKRD28
DCAF11
MYO5B
IBTK
HSD17B4
CDCA8
SPAG5
TSPYL1
ZDHHC5
CPSF1
CHPT1
SOLH
NKTR
PRRC2B
ZCCHC11
PSME1
NAPA
MYOF
ARFIP2
SAR1B
GGNBP2
SLC38A2
FERMT1
ABI1
MDN1
KIF5B
CASC5
ADNP
ATF7IP
HK2
CCNT1
GPX4
PTTG1
TACC1
COPB1
RPL41
GAA
RBM39
TBC1D9B
DHRS11
APC
MAGED1
GNA13
ARID1A
PRR14L
CD99
FAM53C
PCNT
SPATS2L
HCFC1
SQLE
FOXP4
WAC
PITPNA
PPTC7
XBP1
YLPM1
DIP2A
FNIP1
KIAA0284
FGFR3
MAP4K3
CTBP1
QRICH1
NCOR1
CALM3
TNKS1BP1
SPAG9
OSBP
PLBD2
SPINT2
MGAT4B
CDC42BPA
MST4
OGFR
SIPA1L3
FAM126A
AGPS
SYNRGCCNK
SRRM1
HS2ST1
CHD7
ANO6
MT−ND5
SP3
CHTF18
SON
DUSP6
CERS2
CCNB2
CDR2
CRKL
SUPT5H
TIMP2
ACAA2
FGFR1OP
B2M
COG2
ZHX1
EFNB2
SLC39A14
WBP7
MYO1B
TPX2
ITGAV
CD164
PODXL
BRAT1
SMARCC2
POLR2H
ACAP3
ZNF384
M
EPCE
COPG1
PVRL3
ACAA1
TMEM167A
SULF2
SCP2
RPL37A
NAA60
POM121
TRPC4AP
OCIAD1
MORF4L2
ARL6IP1
COX7A2L
ARIH1
ATN1
MGAT4A
CAT
SLC38A10
LAPTM4B
IGF2BP3
ATXN7L3
EIF3L
ZDHHC12
GSTK1
DHX8
SPOP
NCAPD2
ASAH1
FLNC
SARS2
UBE2O
EIF4E2
APP
HSF1
SAPCD2
SH3RF2
GPT2
CTTN
KAT6A
TRRAP
ARHGAP21
STX16
ATXN7L3B
BRD4
MGAT1
ZC3H7A
MZT2A
TMEM50A
POLG
ATG4B
APOA2
QARS
WDR41
PTP4A1
PAK2
SLC25A3
CALCOCO2
TPRG1L
KIF4A
YIF1A
KLHL36
ARCN1
MCM3AP
MYADM
GTF2A1
PKN2
NET1
TMBIM6
UHMK1
MED1
CDK12
PRKCD
TM9SF2
TBL2
DNAJC22
LAMP1
MT−ND1
SLC38A1
AKAP1
ABI2
TJP1
SLC7A8
SUPT7L
LNX2
SETX
GCFC1
MRPL45
H2AFY
SLC25A44
AMOT
UBAP2L
DYRK1A
UBAP2
PKD1
SRSF6
MT−ND2
PANK3
ALS2
TRIM26
ATF5
DENND4B
INF2
ITCH
FAM120A
YIPF5
PCK2
GRB2
HS6ST2
EPAS1
PRKAA1
ENTPD7
TM9SF3
AGFG1
RSF1
ANXA11
SNW1
AAAS
FAM134A
DDX17
DLGAP5
BRI3BP
SLC17A9
ACO2
MLLT10
TCF12
AGPAT6
DDHD2
NID1
CHTOP
TUBA4A
KLHDC3
XAB2
PCF11
GAPVD1
PPIL2
PAFAH1B2
PKP3
DCAF6
DGAT2
SMEK2
CDC42SE2
PRSS23
PPDPF
AK4
FDFT1
TNFRSF21
AZIN1
NONO
TMEM41B
CARM1
XPR1
SCAF4
GNAI2
GNG4
CIRBP
COX4I1
TRAF4
FAF2
FLNB
IVD
LMO7
AKAP11
MIB1
PISD
AFTPH
ABLIM1
CPNE7
CCNL1
LARP1
THRA
PDCD6
CARD10
RAP1B
IST1
OXSR1
TIAL1
PFKL
LCP1
KDELR2
SERPINH1
HNRNPH1
KIF23
TPT1
WDFY1
CCNF
WDR11
CHD8
TCF25
CCNY
SETD3
GCLC
ZNF451
SLC2A8
EBP
USP48
XPNPEP1
EPB41L2
AP1M2
RNF114
AMMECR1L
YTHDF1
GLG1
MED15
MBTPS1
PLBD1
PATL1
RAB11FIP4
SP6
HSDL2
BRD2
VCL
CNOT3
MIA3
FASTK
CD46
ATP2A2
B4GALT5
FAM32A
FMR1
ERGIC3
COX6C
URM1
FBXO7
STK35
CLASP2
SLC16A1
APH1A
PLEKHA5
ADD1
BUB1B
DOK4
TNIP1
TMEM135
MAPKAPK2
KIAA1551
MKI67ALDOA
SZRD1
KDM2B
ENAH
SHKBP1
MED16
ERLIN2
PABPN1
OXA1L
CCDC50MGRN1
TMEM38B
MRPL10
TRIP12
CAPN1
PTPN18
RPL28
ERF
ELL2
AUP1
KRT19
SNRNP200
KIF1B
ACSL4
SPCS1
EPHB2
POLR3E
HIPK1
SND1
GM2A
WIPF2
CYB561
ATP6AP2
TMED7
GOSR1
ARFRP1
LIPA
PGM3
SERINC1
DTX4
IMPAD1
IMMT
PFDN5
NUFIP2
COX6B1
DNAJC11
SUGP2
RAB10
ENTPD6
NLRP2
WAPAL
TMEM230
CNOT7
FAF1
GAB2
C6orf132
GNG12
RPS20
TCEB2
CEP192
SLC7A7
DCTN4
ADI1
EPN1
GLRX5
COBRA1
TNKS2
MAPK6
ANKLE2
SF1
NRBP1
LONP1
EIF2A
RANGAP1
FAM129B
ZNF629
CORO1B
DNM2
YY1
NUP43
VPS35
KIF3B
SNX19
TSPAN3
FUCA2
MAPK1IP1L
MAP4
ZC3HAV1
RPL15
FADS1
TMX2
TGFBRAP1
STAU1
SNX1
CBFB
DPP7
FUBP1
SRF
RELA
SETD2
TGFBR1
PMPCB
PBRM1
TMED3
CALM1
SKIV2L
WHSC1
CDC20
UBR2
MICAL2
FBXO9
ARF4
KPNA4
PNKD
C3
SNX12
SLC39A9
TOR1AIP2
AGRN
PRKAR2A
S100A6
RPS28
EPCAM
VAMP3
DNAJC13
MPRIP
ECE1
IDH3B
UBXN1
ANKS6
TP53BP2
RALGAPB
ALDH9A1
BFAR
NADK
ATP6AP1
DDC
TES
CNN2
MAP3K11
EIF2C1
CTSB
PHIP
HMGA2
LSM14B
CDC73
SERP1
USF2
LIMK2
MMADHC
MARK2
ZFP106
RPS27
PAPD7
RNF126
CTSL2
AP3D1
RPL23A
ZNRF3
KIAA0317
TAF1C
ALG8
DUSP3
SLC9A3R1
CAST
DBI
PIGO
ARHGAP1
PCSK6
FLII
CD63
SLC30A9
MGST3
AKAP17A
POU2F1
FAM111A
RAB6A
USP12
K
IF22
TNPO2
F11R
UHRF1BP1
SF3B1
ARRB1
ACTN1
GTPBP1
ZBED4
TMEM248
DYNLRB1
ATP5SL
YIPF6
CLDN1
UBA6
PIP4K2C
KIDINS220
YTHDC2
TMEM132A
PCYT1A
EGFR
UBE2Q1
RNPEP
MRPS25
RSPRY1
SRSF5
SPTLC1
ADRBK1
IGF2BP2
USP28
ATAD1
TBC1D20
FGG
RIC8A
PAPOLA
TMEM97
LAMC2
NOTCH2
SDC1
DHX16
MAP4K4
CTSH
SMARCA4
GOLM1
RBM5
COPE
AGAP1
FAM20B
PPM1B
ALKBH5
RBFOX2
VWA8
PPP1R15A
SLC7A1
RPS4X
TC2N
MARK3
COBL
SH2B1
GGA3
RPS11
SEC24B
PYGB
HECTD1
HSD17B12
AMD1
GLOD4
COL18A1
NUCB1
USP22
PTP4A2
CKAP2
IGF2BP1
INTS3
CLPX
DUS3L
NUTF2
MAPK13
ARHGEF1
SLMAP
TM9SF4
UBE2D2
GRK6
MAP3K9
SLC12A9
SLC7A2
OGDH
ATP6V1A
HP1BP3
CHCHD10
HADHA
PRRC1
MORC2
CTNNB1
CDCA2
BAP1
ERP29
FUBP3
RPTOR
METAP1
RNF26
UNC119BSNF8
LTACC3
RRC1
RPL19
OCRL
REEP3
C12orf75
RPL13A
PLEKHG6
SOWAHC
OTUD4
CSNK2B
EHD1
ATMIN
MED24
CCNT2
ZNF259
PHACTR2
RPL12
MIDN
MAP7
RCC2
CMTM6
PDS5A
ILVBL
MAPK14
SLC35C2
ATP6V1G1
NAA25
GATAD2A
RAB7A
CYP2S1
SLC20A1
CAPNS1
DHX38
EHMT2
TFEC
ARPC2
POLR3A
SREK1
NDUFB7
CMTM4
FBXO31
MSL1
CHD1L
MLL5
AKT1S1
GOSR2
VMP1
CKAP5
NDUFA10
LONP2
POLE
KIAA0196
PLAGL2
EIF2AK1
TTPAL
TOP1MT
SAR1A
PIP4K2B
HMGXB3
TSKU
PDZD8
NUP98
WDR90
USH1C
MTRR
DCTD
TNFRSF1B
ITPK1
HNRNPA0
SUMO1
ACIN1
ATP13A1
SIK1
TNPO1
PSPH
MRRF
DCP2
GOT1
DDOST
PHKB
ARHGEF18
LRP3
SPATA2
PTBP3
GCC2
GIT1
RPL10A
FAM8A1
ENDOD1
PRKCSH
FTL
AGBL5
ABCC1
PPP2R2A
CDCP1
SMG7
FBLN1
RHNO1
VAPA
STK40
AP2A2
CDKN1B
FAM168A
RAC1
SCAP
FAM91A1
GLT25D1
DCBLD2
RAB21
ITGB1
GALNT2
PCCB
PGRMC1
UBQLN1
NDUFS3
PGK1
EPHA1
PPP2R5E
CSK
ANXA5
INTS4
GID8
TEX2
YWHAG
CBX2
UGDH
FAM48A
ACAP2
ARAF
FBXO18
LAMP2
CTNNA1
PDCD6IP
CCND1
GLUD1
FBXW11
CDC34
EIF2S3
RPS25
PGD
YTHDC1
RBM22
SYPL1
CDIPT
EXOSC10
DAG1
RAB14
PPFIA1
PIGT
CNNM3
ZGPAT
FEM1B
SERTAD2
PPP6C
ADAM10
ADIPOR2
PCYT2
NDUFB5
UBE4B
EP400
TMEM123
G6PC3
RPS16
PRKAR1B
ETFA
RNF10
SURF4
LDHA
ZC3H18
EEF1A1
SCYL1
PDIA5
STK4
SDF4
SHPK
DPP9
KIAA0368
DDX41
MPZL1
SNX8
CEP57
ACVR1B
RPAP1
LAMTOR1
RPL29
STC2
SART1
SLC35B2
ATP1B3
CELF1
LIN28B
CSTF1
TNFRSF10D
PTOV1
RPL31
ZFR
SUDS3
LSM4
GPAM
SEC23A
SEPT2
PKM
MLEC
URGCP
RPUSD4
EXT2
STK25
KIAA0947
YWHAZ
EIF4G3
SORD
HDGFRP2
ALDH1A1
AKT2
NUDCD3
GORASP2
DPAGT1
TECR
PTCD3
UBQLN4
CSNK1E
SSR4
STRN
ASNS
MSRB1
PKN1
OSBPL9
SENP2
RBMS1
SYNGR2
RRBP1
INO80
KIAA0100
RNF4
HKDC1
CABLES2
CPSF3L
GOLGB1
PRR13
CD2AP
TARDBP
HDLBP
SCRN2
ARPP19
FNDC3A
MYH9
PAFAH1B1
BTF3
C2orf72
KIAA0930
MPC2
SLC25A13
ALDH16A1
SSR2
WDR55
FAM118A
S100A14
RNF40
EEF1B2
AHNAK
MTOR
KCTD9
NRAS
CCNG1
RPS19
STIM1
PPME1
EIF2AK4
HIF1AN
LBR
QSOX2
IDI1
RPL39
UBA52
TRAPPC4
HIF1A
RPS15
ATL2
NACC2
LMAN1
PPP3R1
DNPEP
CASC3
MAP2K2
CDC42
POLE4
STAT1
TSPAN14
PVRL2
RPS7
PCM1
PRCP
FAM83G
EPS15
MED28
ERAP1
ESRP2
FOXM1
PABPC4
PVRL1
RPS8
KIAA1191
EIF4A2
ASPM
ATP5A1
ITSN1
VPS25
FAU
MCCC2
MADD
GALNT3
A
CAT2
NOP9
ATP5L
POGK
APEX1
ARHGAP11A
RPS21
RTN3
ACTN4
GMFB
TRIM44
PLEKHB2
EHMT1
PREPL
CLNS1A
ROCK2
ARPC4
ANKFY1
PGRMC2
G3BP2
SEL1L
RAB13
TRIM25
TMED10
FKBP10
RPS24
UGP2
RPL10
CLIC4
CLINT1
SIAE
C19orf21
AXIN1
EIF2AK2
CEBPG
FNBP4
KIAA1731
MED25
PI4KB
CEP250
RPL4
DCTN1
CUL4A
GALC
CORO1C
TOLLIP
HM13
DCUN1D1
TRMU
PAK4
ESRRA
KEAP1
CDC42EP1
TAOK2
UQCR10
NDUFA8
DARS2
DHX30
TMEM164
ARL15
NUSAP1
RHPN2
COPB2
SLC31A1
DPF2
TSPAN9
AGL
ACSL3
EDC4
LTBR
AGPAT5
RNF216
WBP11
DESI2
LIMS1
TMEM33
TCF3
SUCO
TRA2A
DBNL
PIP5K1A
KIAA1161
MOB4
AP1M1
PDXDC1
SAT1
BCAR1
SDAD1
BCR
TM7SF3
DNAJC5
MAP3K7
HDAC1
KIF18B
CAPZB
GNB1
HEXB
RPS29
NEK6
PFKFB2
RAI1
GPBP1
CHD4
NDRG3
BIRC2
EML4
USMG5
DESI1
GMPR2
SLC35F2
TRIM27
SLC52A2
SFSWAP
PRKCI
DHCR7
STAMBP
D
ERA
TATDN2
U2AF1
HADH
CHAMP1
ALDH2
CDK6
TMEM8A
CAPRIN1
MICU1
CLIP1
FOXRED2
CSDA
CSNK2A2
VDAC2
UBE3A
LUZP1
ZNF598
BCL9L
COPZ1
GMEB2
ATP13A2
EIF3K
WIZ
ACACA
TBCD
VPS41
RPL32
HNRNPUL1
RPS18
S100A16
KCMF1
AAGAB
BSG
GCN1L1
PDIA3
NIT2
NCOA5
DGCR2
DAP
MAN2B1
CDC27
TRIP10
RPL26
CPSF6
PRCC
TAF4
GALE
RBM38
ATP7B
POR
SACM1L
RAF1
ZNF335
CPNE1
KHDRBS1
SF3B2
STARD4
TUBGCP2
HGS
MANBAL
GIGYF2
SPAST
RPRD1B
AHCTF1
CCDC84
TFG
AP1G1
ATF4
CDC16
SHC1
CHMP3
ACADVL
SH3GL1
NMD3
RAB1A
N4BP2
DAXX
LIPG
JAG2
MCL1
SCAF1
SAMD4B
PRRC2A
GOLIM4
WDR6
AKAP9
MARCH7
POLR1D
A
TP6V0E1
RBM3
MFN2
POM121C
GSK3A
UBE2Z
RPL18A
UBE2J1
STK24
AIDA
SLC30A6
ZBTB2
UGGT1
RER1
TYRO3
STT3B
SLC1A5
RBM26
EIF3H
MDC1
CUL4B
LRRC58
RPL22
PDS5B
ARF5
TRAF3
DDX3X
WDR18
PPHLN1
UBE3C
FAM208B
UBE2I
CRLS1
PCYOX1
ZCCHC14
ELAC2
SRSF11
WDR33
STARD10
FAM49B
UBFD1
DLG1
CASP8
BABAM1
NECAP1
S100A11
SNX3
DIAPH1
ATP6V1C1
DNAJA2
ERCC3
ANAPC1
PPP1R2
CCNYL1
MTHFD2
SMARCD2
WWP2
ACLY
PHF3
ARHGAP5
SNX5
PLOD1
KIAA1033
THOC5
ANAPC5
RPL11
S
MG6
MRPS30
KCTD10
ELOVL5
FZR1
PPP2R5D
POLR1A
SLC44A2
DNTTIP1
RPL3 RPS2
SRPR
GUSB
GTF3C5
USO1
MTHFD1L
NDUFB11
PPP6R3
USP10
PIGU
FEM1A
PITX1
TGOLN2
SMARCD1
MDK
FAM213A
EDF1
NBN
SEC13
RAB35
GLE1
PPP4R2
SLC25A46
SH3YL1
RDH11
FKBP1A
STRN4
PNPO
RPS6
BLOC1S6
EIF3G
GSS
HADHB
UBR3
NAP1L4
AAR2
NOM1
REPIN1
PXN
KANSL2
PCBP1
NDUFS8
ISOC2
ACO1
USP14
CPNE3
ITSN2
DKC1
TAF7
KANSL3
OTUB1
SF3A1
CIZ1
NCKAP1
OSBPL8
SREBF1
VPS36
ERO1L
METTL16
RPL38
RPL7A
RALY
SNAPC4
MIER3
GNB2L1
PSME4
ARPC3
SDC4
RPL9
LMNB1
CCDC88C
KIFC1
KDM1A
RBM42
WTAP
NSUN5
GTF3C3
PTBP1
NUB1
RPS23
CRNKL1
TLK1
NUP160
GBAS
PAPD5
NT5C2
ATXN10
NNT
TRAM1
SFPQ
AKAP8
M6PR
EMC1
SETD1A
UBTF
MAPK1
THUMPD1
PM20D2
TMEM245
CANT1
LRRC41
DOCK9
UBE2D3
LTN1
ZNF638
TBC1D10B
RAB3GAP1
PARD3
MLST8
CNIH
EZR
RAB8A
LLGL1
NCBP2
FASN
CTCF
SLC23A2
NPEPPS
GLYR1
PLOD3
MTPN
ATP5F1
CLPB
DCUN1D5
SCAMP2
ZC3H7B
AP3B1
RBM12
LARP4B
ZNF207
ALDH3A2
MDH1
CSNK1G2
SGPL1
RAPGEF2
CHD3
PTPN1
YWHAH
CSDE1
RPS9
BRK1
CYBA
MRPL49
PHF10
BAG5
PFKP
GSTP1
ATP5J
PPP1CB
ELF4
KXD1
SUPV3L1
PPFIBP1
NDUFA1
CAMSAP1
CHCHD2
SEC24C
FAM168B
HLA−A
HNRNPU
TOMM20
ATP1B1
SMARCB1
MYL12B
ITGB5
VMA21
ANAPC7
PRDX6
TIMM8B
POLR2B
NAB1
MTCH1
AQR
VIL1UBC
DEF8
SLMO2
ATP2C1
LARS
ANKRD40
BCAP31
UQCRC1
SUCLG2
AP2A1
IPO7
HMOX2
MCFD2
PNISR
COX7A2
RPL5
UPF1
TMEM106C
PRPF8
KIF11
GPI
TMED2
EWSR1
PHGDH
RRN3
RPLP2
HINT1
GPX3
SNX27
ARF6
NSMAF
DDX42
ATRAID
RBM23
DIS3
M
AT2A
XPO4
VAPB
PTGES2
MMS19
SEC11A
UBE2K
SPATS2
MBNL3
CCNB1
ENSA
KLHL8
RBMX
DPP3
NUDT16
NUP214
MESDC2
DMKN
ARF3
NOB1
NEK7
CUL5
PHF20
VPS26A
VDAC1
RPLP1
ARHGEF16
EIF1
ZHX3
CHMP1A
SFXN4
NDUFA4
ZFYVE16
CD276
NFX1
TTC7A
PRDX5
CSNK2A1
SPR
WDR45L
NDUFS1
OAS3
TXLNG
CLTC
LAMC1
TWF1
RAB11B
SLC25A39
RSL24D1
SCYL2
UBE2L3
CLU
RAB11A
NDUFB10
PRPF6
AGR2
C1orf198
SAFB2
AIM1L
CHERP
RTF1
RPS27A
DBF4
ZMAT2
IK
TOMM7
PDCD2
PPP2R1A
IMPDH2
ERCC2
SUZ12
XRN2
SHFM1
RTFDC1
PCNXL4
RPL36
RDBP
GARS
UBL5
ECD
CYB5R3
ATXN1L
RPS13
CSTF2T
GTF2H1
ZFP91
LSM14A
RALA
NUP50
TRAF7
STARD7
RPL14
MTR
ARHGEF17
RPL21
PPP4C
RANBP2
BIN1
DPM1
RNF121
NPTN
SPG21
FLOT2
COA1
SKA2
LIG3
BOD1
PLEKHM2
HNRNPF
AP3S1
UPF2
A
TAD3B
TADA3
MRP63
WDR1
WSB2
RPLP0
NDUFB9
CDK5RAP2
RAD23A
FDX1
CDC5L
DAZAP1
RPL18
PSPC1
GGA2
NCSTN
SSR1
SPCS2
NES
TPM1
GAPDH
CCDC14
PEX5
TPP2
TNPO3
UBL3
OSTC
SDCCAG3
CAPZA1
SNRPA
GDI2
N4BP1
CYFIP1
LMAN2
RNF128
PREP
SFXN1
C20orf72
DARS
HARS2
CBX1
MAGT1
BMP7
SUMO2
FTSJD2
IPO9
TTLL4
MOB1A
ADAR
PACSIN2
SCRN1
PAPSS1
RPL27A
MRPL37
ANXA7
EBPL
DSG2
TTC37
BRD9
ARF1
SPECC1
CHID1
ASH2L
PCIF1
GPR125
NUP153
NCLN
JAG1
RPS3
TXNDC12
WDR82
C5orf43
FBXO21
ECI1
CIAO1
SLC4A2
SKP1
SEC61A1
HNRNPA1
UQCR11
BAZ1B
ERGIC1
MRPL28
RAB2A
C5orf15
RAB25
JTB
MTCH2
NIPA2
TMCO1
PFN1
C6orf106
KLHDC4
SF3B14
H2AFV
KIF1C
RAB4B
COX15
SEPT10
ALDH7A1
C11orf9
CAD
DBN1
RBM19
PTPN11
JAK1
ATP5G3
GNL3L
SURF6
GSPT1
CARS2
RPS12
RBBP7
MBD3
C11orf58
TOP3A
PRKDC
SDHB
TMEM9
PLXNB2
FLNA
ARL8B
NDUFS5
TMEM214
IQGAP2
YES1
RHEB
GRSF1
DAP3
UBB
MOGS
NUP85
INTS10
RAD21
B4GALT1
CD55
SMU1
GJB1
KIAA0664
MTA2
IQGAP1
CLPTM1
COX11
TOMM70A
SRP68
DCTN5
IDE
MRPL11
INTS1
RPS5
SEC23IP
ELMO2
UBE2G2
TXN
BICC1
HDGF
LANCL1
ABCF1
RPS10
SLC39A7
PDE4DIP
SMARCA5
CENPB
NDUFB4
EHD4
NDUFB3
UBXN4
CDK16
STT3A
GTF3C4
CLIC1
NDUFA6
CENPF
PPP4R1
ISOC1
CLEC16A
SRPRB
NFS1
DGKZ
ASPH
SEPT8
EEA1
DDX39A
ANLN
ADAM9
TUBB4B
AP2B1
ELAVL1
RPL23
FLOT1
POLDIP3
SEPT9
CEP55
USP47
IRF8
KPNA3
RPS6KB2
RALBP1
ANP32A
UQCRQ
ALG3
PPP1R12A
SELT
TTL
NSA2
COG4
RPL8
SAP18
POMP
RNF6
LSG1
SCAMP3
CANX ACTG1
DDX5
CHTF8
DEPDC1B
EHBP1
FUS
CRK
MARC1
RAB5C
ATP5G2
PDDC1
IRAK1
AFG3L2
KPNA1
NUDT21
SAFB
ATP11C
GXYLT1
GSTO1
ADH5
IL6ST
ASNA1
AHCY
ZYX
SDHD
SEP15
GALNT1
TNS3
PARL
DNAJA3
RBBP6
BRD7
ACTR2
MYL9
RPL7
DFFA
KCTD3
AARS
SNX6
CAP1
TCERG1
STAG2
UBE2M
DUS1L
RPS3A
RPS14
LRRC47
HNRNPL
SEC14L1
MDH2
MRPL15
MRS2
EPRS
RPL27
POLD1
MAPKAPK3
RABGGTB
NUP155
PTMA
RNPS1
NUP54
DAD1
PEBP1
CSG3BP1
SIRPA
MRPS27
NOMO1
ERH
SLC25A5
ATP5E
FAM136A
TTC3
RQCD1
KRAS
CDV3
MRPS18B
TMEM30A
TAF15
SLTM
PTDSS1
RFC1
UQCRC2
TTI1
RBBP4
TPD52L2
KPNB1
BUB3
STMN1
MTMR2
GPC1
ALDH5A1
TOMM22
PRDX4
FKBP8
SETD7
HEATR1
HPGD
SNRNP70
HMGN3
RABL6
DYNLL1
RPL17−C18ORF32
EIF4EBP1
CTDSPL
UQCRFS1
TOP2A
EPHA2
COASY
LYPLA1
HOOK1
PLCXD1
ACP1
NPRL3
HPS4
CFL1
BMI1
CDC123
CAPZA2
FAR1
ELP3
ATP1A1
PPP2CA
PPIA
POFUT1
HERPUD1
UQCRH
CALU
CTSZ
TPI1
EXTL3
UTRN
PGAM1
SARS
CHEK1
ABHD14B
SOAT1
WDR62
NF2
ATP5C1
TELO2
GPAA1
PDHB
SRSF10
TRMT112
PITRM1
ADCY3
MRE11A
GANAB
CHUK
RCN1
SMPD4
SMEK1
EIF3M
DENR
GREB1L
DLST
SESTD1
KNTC1
SMCR7L
MARCKSL1
ELOVL1
VPS4A
TOP2B
ARL1
ACAT1
RPSA
SYAP1
DSTN
GART
THRAP3
SRSF1
RPN1
RPN2
MTDH
TTLL12
GOT2
DNMT3B
EIF6
PSMB4
TFCP2
RPS6KA1
HNRNPH3
GLO1
MCRS1
NOP14
TRAPPC2L
NHP2L1
FARP1
GOPC
TALDO1
SDHC
HSPG2
DDX11
C17orf70
DCDC2
TXN2
ZDHHC7
LARP4
LUC7L3
KIRREL
RIF1
CIAPIN1
NAT10
COX7C
CPSF7
HAX1
ACTR1A
ATAD3A
FAM192A
SRPK1
TMEM147
GNAI3
C6orf211
RBM8A
FAM208A
THADA
GTF2F1
CDC23
PAIP1
SSU72
FOXA1
CMPK1
SEPHS1
PELP1
DHX36
RAI14
ACTB
FXR1
USP7
AP2M1
ARIH2
SPCS3
HARS
MAP3K1
LYPLA2
TMEM183A
CCNC
ESYT1
UMPS
UQCRB
PCMT1
PDLIM1
FOXK2
HDAC3
XPO7
NACA
LAD1
LETM1
DYNLL2
CTNNBL1
TMEM106B
GNL1
SRRT
LPCAT3
TGM2
EIF4G1
CALD1
ADIPOR1
NDUFV1
NUP133
DHX15
HDAC7
TRIP13
ALDH1B1
ETF1
RPL6
PTK7
AP3M1
SART3
NPM3
CAB39
IL4R
URI1
TH1L
SHMT1
GPX1
PRNP
CDIP1
FKBP11
SMYD5
HNRNPR
SSR3
TCEA1
RPL35
SBDS
TRIM28
NACC1
DYNC1I2
HNRNPM
CDC37
PRELID1
C14orf166
COTL1
HMGB3
TMEM194A
PPRC1
EIF2B1
ARFGAP2
TEX261
DDX54
ARHGAP23
RPL24
YWHAQ
FANCA
MORF4L1
CSRP1
C22orf28
CPSF3
TKT
PLS3
SUCLG1
EIF4G2
ZC3H14
OPA1
PPP5C
CUTA
MAPRE1
PHB2
PSMD3
GNPDA1
TONSL
VDR
TFIP11
CNP
AMFR
KPNA6
RNH1
HMGN1
TMEM185B
SLC2A4RG
TOP1
RPL36AL
NADKD1
HNRNPA3
MYBBP1A
TXLNA
NFRKB
RAD23B
CD151
CBX3
NDUFS2
ICMT
GTPBP6
PLEKHJ1
C8orf33
RFC3
NFE2L3
RBM10
MRPL51
MYO19
LRPAP1
IFI30
PRKRIR
PRDX2
MLTK
RHOBTB3
MCMBP
PDE12
SEC63
STRADB
ARPC5
SRSF7
RBBP9
C15orf39
FAM98A
UAP1
C14orf2
USP15
ILF2
SRSF9
NGFRAP1
STRAP
CNBP
DHCR24
YWHAE
VPS26B
PITPNB
COPS6
TFDP1
SF3A2
EZH2
CTR9
TRAM2
RPL34
WDR36
PSMB5
HSD17B10
TMOD3
ABCB10
EMD
TMED5
VAC14
RFWD3
HPDL
C11orf57
PKP4
MARS
PPP1R14B
COA4
H3F3A
MLF2
NUP205
EIF3D
GADD45GIP1
TMEM126B
GPD2
USB1
MRGBP
DDX27
YWHAB
SF3B3
NAGA
EXOSC2
CUL1
ADAM15
POLR2E
CLN6
LRPPRC
SNRPD2
C2CD3
MRPS16
VPRBP
DLAT
MRPS5
CLDN2
TIMM13
GMPPA
MTIF2
IFNGR1
POLR2L
UTP20
ETFB
WBSCR16
PTPLAD1
RANBP3
LDHB
TUBGCP3
FAM83D
GNPAT
MRPL38
RYK
DDX19A
PCBD1
SIGMAR1
NFATC2IP
ILF3
EIF3A
PDCD11
NCBP1
PDIA6
CISD1
SOHLH1
PIGS
MLLT1
ATP5B
GNL3
PRDX3
IL13RA1
SMYD2
FOXRED1
GLB1L2
CCNA2
DDB1TPM3
PHRF1
DNM1L
TAX1BP1
HEATR2
DDX24
BDP1
RHOT2
CDK2
DNAJC10
CCDC47
P4HB
MAK16
GAL
VTA1
RPS26
SLC39A1
CFDP1
PPP6R1
HNRNPD
TMEM14C
HMBS
ARMC6
RSRC2
TMED9
BCL2L1
AKT1
EIF5A
MGST1
PPM1G
NSUN2
MATR3
CUL2
WBSCR22
MRPL16
SF3B4
CD2BP2
POLD2
PKDCC
CAND1
CDCA7
GSR
TUBA1C
EXOC5
KIAA1429
ASCC3
PDXK
PWP1
FASTKD5
COL12A1
MRPL18
MYH10
DDX50
PLXNA1
TMEM48
RPS19BP1
APOA1BP
YKT6
PPP2R1B
SEC61B
IARS2
RPS6KB1
MRPL3
PTRF
PSMF1
HN1
YME1L1
EEF1D
USP5
RNF141
TUBG1
ECHDC1
PON2
FURIN
NUP107
UBA1
NDUFS6
KIAA1967
ENO1
MRPL44
PPIF
LRRC59
FANCI
PRPF4
SRP72
TSTA3
SRP9
TIMM44
SORBS3
RAE1
ANKRD52
APLP2
MRPL17
PRPF4B
MPP5
POLR1B
EIF2B5
ACTR3
PPP2CB
AKR1A1
TPR
GTPBP5
EIF5
RPL7L1
UBE2C
SRP14
BAX
UBE2N
HTATIP2
SMARCC1
AAMP
OAZ1
C2orf18
EMC8
PPP1CC
RPL35A
RBM6
SNRPG
PODXL2
RHOA
VKORC1L1
C19orf48
DDX56
IFRD2
BOD1L1
PRDX1
U2SURP
NARS
SUCLA2
MRPL4
RARS
HEXIM1
UBA5
MRPS35
PRMT5
RAN
UCK2
SLC4A1AP
SIVA1
BCLAF1
TBCA
FAM35A
EFTUD2
ERLIN1
GMNN
A
DSS
NPLOC4
PICALM
XYLT2
TOPBP1
SEPT11
ST13
STOML2
RRP1B
HSBP1
HNRNPK
SYNCRIP
RNF20
YARS
RCN2
PCNP
UBAC1
LARS2
SF3A3
LGALS2
LAMB1
PFAS
PSMB3
KITLG
PGAM5
C1QBP
NETO2
BST2
PPIB
SLC25A1
PPP1CA
POLR2C
BLVRB
PROM1
FAM199X
GINS1
SF3B5
ATP6V1E1
DDX23
TSPAN13
HDHD1
GFM1
OLA1
KHSRP
TUFM
SET
NDUFA9
SNRPC
EIF2B4
ARPC1A
LAMA5
NAP1L1
FAM105B
CCT8
HMGA1
ABCF3
IMPDH1
KCTD20
NIP7
SKP2
SMCHD1
PSMB7
CASP2
VARS
H3F3B
NUCKS1
DNA2
URB1
GGCX
SNX17
GTF3C1
HYOU1
C19orf10
ZBED1
PEA15
PRKD3
KARS
SLC39A10
XPO5
RBM14
EIF3B
HNRNPA2B1
PTPLB
HNRNPC
AHCYL1
NUS1
SPTBN2
GPATCH4
WARS
SRSF2
YBX1
PUF60
RUVBL2
PPT1
SMARCE1
CUL3
LATS2
MAPKAP1
EIF3I
CD81
SUMO3
FAM217B
AGMAT
LSM12
YARS2
THOP1
OGFOD1
UFM1
PSMB1
NUDC
WDR12
ISG20L2
AP2S1
PSMD4
DLD
THAP4
XPOT
CENPE
VEZT
USP39
EFHD2
MRFAP1
PDAP1
CTSC
E2F6
DRG1
FASTKD2
NCAPD3
PAF1
IL32
C10orf2
RBM27
LMF2
CALR
EI24
CHD1
MED22
PDIA4
SDHA
BZW1
C19orf43
HMMR
APRT
ACOT7
NOL11
TMTC3
ATIC
NXN
CTPS1
SCFD1
TOMM34
MRPL27
UNC45A
POLE3
PFKM
PPIL1
EIF4A3
NAALAD2
GEMIN5
GLYCTK
TPM4
GYG2
E2F4
SLC35B1
RRP12
U2AF2
SRSF3
PPP2R4
SGTA
TRA2B
GGH
IWS1
GLDC
MRPL42
WDR5
VDAC3
MAD2L1
TAF1D
DDX52
IPO5
KIF2A
NDUFA5
MRPS2
UQCC
NXF1
AP1B1
NDUFAB1
VPS29
NEMF
ECHS1
DHX9
GTPBP4
PSMD6
FAM107B
DNAJB11
DHX37
ERAL1
TBRG4
REEP5
GNAS
AURKAIP1
PRMT7
AK2
HSPA4
NMT1
NUP210
RPE
APMAP
GHITM
CHAF1A
UBA2
LIG1
PA2G4
PSMA3
NAE1
CHMP2B
HSPBP1
BMS1
CYC1
MPHOSPH8
HSPA5
MRPS34
TXNRD1
ESD
NSFL1C
ACTL8
ENOPH1
BRCA2
CPSF2
PPA1
PLRG1
NOLC1
MIPEP
TIMP3
LUC7L2
SMS
ABCC9
DDX1
NUPL1
ARL5A
RPS6KA3
SMC1A
UTP18
HDDC2
STEAP3
RAD50
MRPL47
TMX1
SLC35A4
PHB ANXA2 HSPA9
NUP62
IMP4
EIF4H
ASCC2
ADK
MYL6
MEST
ACTL6A
SAMM50
SLC25A15
MRPS12
MRPL21
XPO6
BRMS1
ROCK1
NLN
PSMD5
PSMD1
CDCA5
PMPCA
MAPK9
KPNA2
PNPT1
SAE1
ATP5H
MRPS7
PES1
CCT3
ZW10
AP1S3
RBM25
ABCC4
GLRX3
VCP
TAF9
BCAT2
MINOS1
AIMP1
HELLS
DCAF13
DSN1
CDT1
FARSB
BCAT1
NDUFV2
ZC3H13
PSMD13
CDK4
ADSL
SOD2
GIPC1
WDR46
HMGB2
EIF4E
MAP2K3
DHX35
SOD1
DDX10
APEH
TWSG1
SNX4
PREB
RSL1D1
MSH2
DTYMK
PARK7
G6PD
RPS6KA4
PSMD8
GNB2
PDHA1
NUP188
H2AFX
BANF1
CMAS
RPA1
SSBP1
IVNS1ABP
HMGN2
UACA
NAA20
IKBKAP
SEC23B
SCAF11
CTNNAL1
HIGD1A
RBP4
UFD1L
C20orf27
PSMC2
SRP54
XPO1
SNRPE
ARHGDIA
ABCE1
GPS1
AATF
VOPP1
GTF3A
IPO11
AIFM1
SLC3A2
NT5DC2
API5
TMPO
CKS1B
HNRPDL
HNRNPAB
PAICS
FBL
CSRP2BP
LGMN
NCAPH
PSMD11
UBL4A
ANP32B
SERBP1
PSMC5
CNDP2
E2F1
N
R2F2
RRP1
RALB
ALYREF
HLTF
DNAJC21
NOL6
RAC3
NCOA7
RBM28
FH
QKI
METTL13
ABCD3
GTF3C6
NOP2
SNRPF
PPAT
IARS
NPM1
GRWD1
ID1
RRM2
CDC25A
COPS2
CNN3
GPR126
ANP32E
HN1L
ASNSD1
DDX21
SLK
SEPT7
WDR43
S100A10
SLC19A1
PBK
TYMS
ABCF2
TIMM50
CCT5
TSN
SUGT1
GMPS
RFC5
ZNF146
CSE1L
COPS3
NUP93
PRPF19
DDX18
SLIRP
TRAP1
TSR1
MCM3
SNRPB2
SKIV2L2
CHCHD3
AHSA1
RDX
KIF20B
TMEM98
TEAD4
XRCC6
MCM2
WWC1
KIFC3
CKAP4
RSAD1
EIF3E
MRPS24
C3orf37
LMNB2
HAT1
SYCP2
CECR5
PNN
NME4
CYCS
EIF4A1
DNMT1
REXO2
ZMPSTE24
DNAJA1
ATP5G1
PSMB6
PRTFDC1
MCM4
EARS2
SLBP
UXS1
ATAD2
TARS
CCAR1
CCT7
SEC62
KIF21A
PTGES3
RBM17
PARP1
UCP2
TIMM17A
PSME3
TIMELESS
EED
NCAPH2
PSMC6
SNRPD1
ADRM1
CDK5RAP1
PUS7L
MTHFD1
PRPF40A
SLC25A10
UNG
ME1
FARSA
ANXA3
SLC7A6
PEG10
BRCA1
NRD1
CDK1
PSMB2
LAS1L
SCARA3
GRPEL1
MSH6
PSMA5
NCAPG
SNRPB
CCND2
MRPL14
PYCR1
PSMA7
TK1
PWP2
NOP56
LAP3
SEH1L
TCP1
SUB1
COPS7A
DDX46
MRPL19
SLC5A6
EIF3J
EGR1
PSME2
TUBB
RANBP1
RRP15
PAWR
EIF1AX
PSMD14
TLN1
RAD51AP1
NOC2L
MCM5
DCXR
SNRPA1
ASUN
PSMC4
PFDN1
ZC3H15
NCAPG2
MRPS9
HDAC2
KDELC2
MCM6
XRCC5
HSPD1HSPA8
EIF2S1
PRPS2
MRTO4
ENTPD4
BCS1L
HSPE1
PSMD7
GINS2
MCM7
IL17RB
WDR34
NOL7
CLPTM1L
SNRNP25
CD320
PDHX
HTATSF1
SNX2
RRP7A
UTP6
DEK
CEBPZ
ODC1
CCDC124
LY6E
TBL3
CCT6A
FAM98B
SUPT16H
CCT4
TCOF1
TFAM
NAA50
MELK
WDR75
RRM1
SPDL1
DNAJC7
FTSJ3
DHX29
SSRP1
URB2
CRIM1
CIRH1A
SHMT2
PSMD2
NOC3L
UBE2V2
PSMC3
HMGB1
NASP
METAP2
TAGLN2
HSP90B1
EIF2S2
TEAD1
SMC3
STIP1
NOL10
PRMT1
SLC7A5
KRT8
DIMT1
GOLGA4
KREMEN1
HSPH1
DNAJC2
DNAJB1
COL5A2
MORC4
TOMM40
TMEM200A
PKP2
SMC4
SLC29A1
NAA15
FKBP4
PNO1
SLC2A3
CDC6
TMEM109
ABCB1
NCL
PSMA4
H2AFZ
CCT2
PSMD12
PSMC1
RUVBL1
RCC1
HSP90AB1
C7orf50
RPAP3
CHML
DHFR
LTV1
MCM8
PCNA
MYBL2
NOP58
PSMG1
WWC2
MPHOSPH10
SMC2AJUBA
KRT18
KLHL5
ZWINT
SRM
BLMH
WDR3
SMC6
TUBA1B
CAPN2
GNL2
BAZ1A
AMOTL2
DNAJC8
MCM10 EBNA1BP2 CHORDC1
KTN1
SLC1A3
TAGLN
FAM111B
BCCIP
CACYBP
PDCD5
EMP2
SSB
FAM115A
−0.5
EIF5B
PPIG
sig
a no
a yes
MT−CO1
DKK1
HSP90AA1
ANKRD1
10
12
14
16
log2(baseMean)
18
(a) MA plot
HSP90AA1
15
CKB
−log10(padj)
DKK1
10
sig
a no
a yes
TTN
EIF5B
SORL1
MUC13
HSP90AB1
5
SSB
HMGCS2
SLC26A2
KRT18
NCL
KRT8
HSP90B1
MYBL2
APOC3
LRP1
ERBB3
GLS
SLC2A3
HSPA8
HMGB1
CACYBP
CHORDC1
CCT2
HSPD1
TULP4
PDCD5
FZD5
KTN1
SLC7A5
CAPN2
INSIG1
MYO1A
TAGLN
AMOTL2
CDHR5
FAM46A
FAM115A
PKP2
NFAT5
PSMD2
BCCIP
ZWINT
EIF2S2
TUBB
TAGLN2
PCNA
TOMM40
SLC36A1
MYO15B
NOP58
XRCC5
CCT4
CCT6A
STIP1
SSRP1
SUPT16H
AJUBA
ABCC3
H2AFZ
SLC1A3
NAA50
ODC1
TMPRSS4
TOB1
USP54
MCM7
COL5A2
NPM1
HSPH1
AHSG
KDM3A
CCT7
PRMT1
EMP2
PRODH
TCOF1
EBNA1BP2
FKBP4
SRM
PSMA7
TMEM45B
SMC2PEG10
ABCC2
TCP1
PSMC1
XRCC6
TFAM
GOLGA4
HSPE1
ACSL5
SHMT2
MCM6
TLN1
LY6E
DEK
EIF4A1
OCLN
SORBS1
CSE1L
PLEC
ZNF703
NASP
SOX4
DHFR
METAP2
MYH14
SLC39A5
CHPF
EIF1AX
SMC6
PSMA4
HDAC2
MDM2
SMC3
BLMH
SMC4
CLPTM1L
SLC5A6
NOP56
FAM111B
ANXA4
MCM4
PARP1
RRM1
TACC2
MT−ND4
DDX46
NUDT4
MCM10RANBP1
PTGES3
CCT5
LPP
TMEM109
PRPF40A
HSPA5
PSMC3
ZC3H15
NOC2L
LMNB2
SLC11A2
S100A10
KDELC2
SNRPB
PHGR1
KDM5B
NAA15
CIRH1A
CYCS
SLC29A1
SLC25A10
ANXA2
ACSS2
SLCO2B1
ATP5G1
GNL2
RCC1
PSMC4
PIK3R1
SUB1
MVP
MTHFD1
RUVBL1
BAZ1A
KLF5
TARS
SOX9
SLC3A2
GNAS
FABP1
DNAJC8
SERBP1
MCM3
EIF3E
MCM2
HMGN2
NBR1
ANKRD1
TEAD1
CDK1
RRM2
APOBIGFBP4
SIDT2
PRPF19
HSPA9
MAN1A1
PAICS
PSME3
DDX18
PSMD12
PHB
CRIM1
DNMT1
CALR
TMEM141
TRAK1
MID1
CEBPZ
TNRC18
MT−ATP8
TRAP1
EIF4H
VCP
KSR1
XPO1
MCM8
PSMD7
NCR3LG1
CDC6
PYCR1
LRP5
ABCB1
LRP2
CCAR1
EIF2S1
DNAJA1
PNN
ZFP36L2
MCM5
CCT3
TMPO
CDH1
IRS1
WWC2
HNRNPA2B1
HNRPDL
AMN
ME1
KLHL5
FTSJ3
HN1L
MALL
COBLL1
MPHOSPH10
GRAMD1B
EIF3J
DNAJB1
DNAJC7
MORC4
ANXA3
PSMD11
WDR3
PSMG1
PSMD14
RDX
MSH6
RNF44
DOCK5
SEH1L
HNRNPAB
H1F0
MEST
HSPA4
ENO1
IARS
SNX2
YBX1
C7orf50
ARHGDIA
GHITM
MT−CO2
MMP14
NEB
RPAP3
UTP6
KIF21A
KPNA2
SAE1
HNRNPC
CHML
WDR75
SOS1
TBL3
SPATA20
DNAJC2
APLP2
SRC
RRP7A
GPC3
TUBA1B
NME4
ADRM1
NOP2
APEH
IPO5
PDIA4
FBL
DHX29
RPS6KA3
C12orf49
GPR126
TDP2
TSN
LTV1ATAD2
PSME2
NEU1
SOD2
DHX9
PVR
SRSF3
TIMELESS
NCAPG2
CDK5RAP1
FARSA
PSMC6
RSL1D1
IGF2
SYT7
WDR43
NUP93
TSR1
SET
ZBTB38
IPMK
CEACAM6
RREB1
BZW1
NUP188
TMBIM1
PHF15
TMEM98
TMEM200A
MRTO4
NRD1
H2AFX
SOD1
SMC1A
ECHS1
KREMEN1
ACTL8
MYL6
EIF3B
FOXO3
ABCE1
DDX1
SLC7A6
HSD17B11
TK1
PARK7
RPA1
SLC40A1
FOXP1
LDHB
HYOU1
HMGCR
IQGAP3
ENTPD4
NOL10
ATP5B
GMPS
FH
RBM25
HNRNPK
TUFM
PNO1
PSMD1
CKAP4
SCAF11
HMGB2
GINS2
GNB2
P4HB
FOSL2
CYC1
RNF213
DIMT1
PDHX
NUCKS1
HMGCS1
UBE2V2
RSAD1
AHSA1
RBP4
RAN
SERINC3
EP300
ATG13
SKIV2L2
CD320
TIMM50
PDHA1
MT−ND4L
RAB11FIP1
WDR34
RBM17
HMGA1
TPM3
C6orf48
COPS3
KHSRP
ERBB2
MRPL19
NT5DC2
PSMC5
H3F3B
EI24
TGFBI
MACF1
LAMB1
ATIC
SEMA6A
HTATSF1
SLK
DSP
TEP1
MACC1
SEPT7
XPO6
UBA2
PSMD8
GPS1
GTF3A
FARSB
NOC3L
SPDL1U2AF2
WWC1
AP1B1
PGPEP1
APOA1
ESRP1
PPIG
CECR5
BAIAP2L2
EPPK1
MARCKS
NAP1L1
CTSC
AFF4
SDHA
KARS
OAZ1
BLCAP
FCGRT
LRRC59
ST13
DPYSL2
SLC2A1
SCARA3
PHYHIPL
LAP3
UCP2
FMOD
BCAT1
OGT
SNRPD1
ZC3H13
PPA1
CHD6
AFF1
CCT8
TSPAN8
NOL7
FAM98B
YWHAE
KIF20B
PES1
PSMC2
PLIN2
SEC62
HIGD1A
SERPINA1
TBL1XR1
EIF5
IARS2
URB2
SEC23B
TPM4
PRDX1
ZMYND8
MELK
RAD51AP1
API5
MATR3
UBA1
NCAPG
TRA2B
SNTB1
ABCF2
MVD
ITGA6
PNPT1
GRWD1
ALYREF
NOL6
SLC19A1
COPS7A
TIMM17A
TXNRD1
PIK3C2B
AGT
YWHAB
PPP1CA
PWP2
BANF1
RALB
ABCA2
EGR1
VARS
DDB1
ILF3
TMEM63A
ESPL1
SNRNP25
HELZ
SMS
DCXR
BCS1L
SRSF2
LAS1L
DDX10
TAF1D
UNG
IL17RB
PA2G4
ATRN
CCDC124
NMT1
ASUN
GALM
PAWRRHOA
PMPCA
PSMB1
PDIA6
INSR
RBBP8NL
MRPS9
PSMB2
SLC35B1
ACTB
PRPS2
CTSD
ZKSCAN1
SNRPA1
CCND2
SYCP2
MLL3
GIGYF1
CTNNAL1
PSMD13
AATF
FN1
ADSL
RPS6KA4
SLC35A4
GLRX3
PICALM
CD81
GSN
NCAPD3
MPZL3
PSMA5
KIFC3
B
CL2L1
ZNF146
CKS1B
NUP210
RHOBTB2
C4orf3
MRPL14
AIFM1
TIMP3
APRT
ASS1
SKP2
RPL35A
LRPPRC
SEMA4G
BMS1
MRFAP1
APMAP
DUSP16
SORT1
LPIN3
BCLAF1
CLDN4
CHCHD3
PFDN1
TBRG4
KIAA0195
PUS7L
CDK4
HAT1
SYNCRIP
GLDC
DLD
RPL6
KIAA1217
TRIM28
IVNS1ABP
MSH2
EIF3A
XPOT
KDM3B
SPRY4
DNMBP
ZFHX3
EARS2
ITGA2
HECTD4
RERE
DDX23
MRPS24
PSMB6
NDUFV2
RUVBL2
PSMD4
PUF60
RPL7L1
SF3B3
VPS13C
SNRPF
EFTUD2
PBX1
PPP1CC
NFATC2
DNAJB11
KIAA1109
TOMM34
PPP2R4
PFKM
SLBPYWHAQ
IMP4
GTPBP4
HNRNPA3
ACTR3
GRPEL1
BRCA1
CSRP2BP
EED
UFD1L
CMAS
CPSF2
TSPAN13
EIF4A3
ESD
HNRNPD
AK2
U
PHB2
SP5
CYP27A1
UGT8
ZBTB44
NLNTKT
MRPS7
NUP62
EIF4G1
RAC3
TUBA1C
EXOC7
NCAPH2
UXS1
COPS2
LUC7L2
SLC39A10
REEP5
SLC25A36
RRP15
CNN3
SSBP1
CMIP
KLF3
SLC26A6
E2F1
CDT1
GTF3C1
OLA1
MAPRE1
SNRPE
SFXN3
OBSL1
RPSA
SNRPB2
RAD50
SIK3
IGF2R
SGTA
PSMB7
MRPL21
RPN2
ZFP36L1
PSMA3
NCAPH
PDAP1
PPM1G
RPS26
TPI1
TJP3
VDAC3
EIF5A
PPIF
TPR
LCOR
ABCC4
RPL35
DHCR24
CGN
KLC4
CNDP2
SUMO3
CAND1
METTL13
HELLS
ATP5H
PABPC1
HEPH
MLLT6
ZMPSTE24
TYMS
SMARCC1
NUDC
PDXK
TLN2
ETS2
MRPS35
EEF1D
ACTL6A
ACOT7
HNRNPM
PRDX3
EIF4G2
USP9X
XPO5
RPL24
ANP32E
PSMB3
BIRC6
CDC25A
SLIRP
QKI
NAE1
MT−CYB
F2RL1
DNAJC21
CDCA5
SEPT11
LIG1
PTPLB
MAN2A1
NBEAL2
BCAM
EIF3I
AAMP
TMEM41A
RRP1
PLEKHH1
YME1L1
ASCC3
MLF2
PREB
TAF9
AGMAT
PRTFDC1
ABCD3
MAPK9
ARPC1A
GANAB
ILF2
PPIA
LRRC16A
LRP10
ROCK1
EIF3D
NACA
TMX1
CTDSP1
C20orf27
ERAL1
PTPLAD1
CD97
DCAF13
SUGT1
NUPL1
ARL5A
NPLOC4
TMED9
NARS
GSR
TOP1
KPNB1
RBM47
FAM107B
PPAT
STOML2
SMARCE1
COL27A1
WSB1
PTMS
GTF2IRD1
GRN
IKBKAP
EIF4E
C19orf48
U2SURP
CELSR3
CDX2
ASNSD1
TEAD4
NR2F2
SLC25A1
RAD23B
DOCK6
ATG2A
E2F4
SSFA2
MAP2K3
AATK
DHX37
C3orf37
HNMT
REXO2
AURKAIP1
UBR4
AP1S3
DDX52
CNBP
HMGN1
IPO11
GLTSCR2
GTF3C6
AURKA
PBK
MRPL27
BCAT2
POLR2E
SRP54
ATP1A1
PPP6R1
RPL8
RPL7
ZNF652
ZW10
IWS1
LSS
GIPC1
UQCC
MRPL3
SRP72
RPS3A
MED22
PPP2R1B
PON2
ATP11A
HEATR5B
STRAP
RPL34
FAT1
UACA
CHD1
NUS1
NDUFV1
FLCN
ID1
CIT
ASCC2
RPS14
BRMS1
SLC39A1
NUP205
PPT1
PTRF
ARID5B
RRP12
SRP9
GEMIN5
SAMM50
GLYCTK
SUCLG1
WDR46
G6PD
ELF1
ARID3A
AMBRA1
MARS
PTMA
HLTF
RFC5
HSBP1
CORO2A
CBX3
CHMP2B
RRP1B
DDX27
PGAM1
TH1L
CANX
AMOTL1
TRIM2
ZNF292
DLAT
RBM28
HSPBP1
AIMP1
ANKRD52
NOL11
KIF2A
PSMF1
SRSF1
ACSF2
UBL4A
EIF4EBP2
UBE2C
DHX35
AHCY
TWSG1
MAPKAP1
CCDC47
KITLG
PARP4
GOLGA2
RBM14
DDX56
URB1
RARS
PSMD5
NSUN2
PLXNA1
HSPG2
MEGF8
LENG8
ELF3
KIAA1967
AP2S1
PDCD11
RFWD3
NF1
ERLIN1
MAGI1
MORF4L1
VOPP1
PRMT7
WDR5
ADK
PIGS
MYO18A
SHANK2
ANK3
RBM27
HNRNPR
SNX4RPL27
FASTKD2
WDR12
USP39
SREBF2
SNRPC
DNM1L
RAE1
PSMD3
C1orf106
POLR2C
SPTBN2
NRCAM
POLD2
RPL17−C18ORF32
POLE3
PRPF4B
PCNP
TOP2A
ETF1
CLCN5
DTYMK
LGMN
ABCC9
G
LO1
SLC6A6
CCNA2
DDX24
AHCYL1
RPN1
STEAP3
SRP14
H3F3A
CDC42EP4
IRF2BP2
TNRC6B
GINS1
UBE2N
TRAM2
TUBB4B
SLC46A1
HIST1H2BK
NAA20
PSMD6
ARHGAP26
NCOA3
CHAF1A
SNX17
GFM1
SRSF7
COTL1
CREBBP
PRDX2
DNAJC10
LAMB3
TAPBP
ETFB
GBF1
SIGMAR1
YARS
SRSF9
R
PS3
DRG1
C1QBP
BRWD1
ACTR2
CFL1
STAT6
NDUFS2
MRPS12
FAM217B
PKDCC
SLC25A5
GAPDH
TGFBR2
SCARB2
THOP1
MAD2L1
ARHGAP32
PPIB
GUCY2C
DHX15
GAL
PLS3
USP7
RPL23
ATP9A
MINOS1
MIPEP
HMMR
PRKRIR
TFDP1
PKP4
C6orf62
COL6A1
SMCHD1
HEXIM1
AKT1
MLL2
WBSCR22
RPE
SUCLA2
ZNF217
KIAA1671
KCTD20
TOPBP1
MYH10
AP2M1
MRPS34
SNRPD2
YKT6
ICMT
FAM102A
PRMT5
CUL3
RPS10
HNF4A
PAM
NCK2
SNRPG
DDX21
POFUT1
HDGF
TRIB3
OSBPL2
SPTBN1
MT−ATP6
SGSM2
CD151
GPD2
MRPS16
VPS29
NXF1
LAD1
UQCRC2
SSR3
NCBP1
RBCK1
ENOPH1
DSN1
RPS12
MRPL47
NDUFAB1
HDDC2
FAM83D
SRPK1
SEPT9
UFM1
NAALAD2
PRKD3
RBM33
LPCAT3
UBB
TSC1
PLCD3
ANP32B
NSFL1C
HNRNPL
GOT2
NOLC1
PAF1
PCBD1
FUS
RPLP0
PLRG1
SQSTM1
GGH
ITPR3
CLCN7
BTBD2
MGST1
CERS6
SLC25A15
BRCA2
GPATCH4
UTP18
TMTC3
UCK2
UTP20
GNL3
OPA1
ATP5E
AARS
ACTG1
RPS5
SLC12A7
LETMD1
PGAM5
TBCA
ATP5C1
YAP1
LAMB2
MRPL4
PSMB4
PDPK1
PPIL1
MDH2
FAM160A2
PODXL2
XYLT2
COX7C
HNRNPA1
AP2B1
STT3A
CLIC1
CD9
MSMO1
C22orf28
PROM1
POLR1B
MCMBP
SF3B4
PRKDC
RPL37
GNS
TET3
SLC2A4RG
TCEA1
LUC7L3
RNH1
ABCA1
TAX1BP1
DDX54
CDC37
NIP7
TEX261
C19orf10
CTNNBL1
GNPDA1
SEC63
CS
BAZ2A
NEMF
DSTN
MGEA5
HN1
MRPL51
WARS
NDUFS6
RHOT2
SRRT
MPHOSPH8
SF3A3
SMPD4
TPD52L2
KIAA0664
ETV4
IFNGR1
C19orf43
PPP2CB
TUBG1
MAN1B1
EPRS
GYG2
MYO19
PLXNA3
LSM12
DNA2
TMEM48
HEATR2
FANCI
PHRF1
CAMSAP3
VEGFA
PSMB5
MRPL42
BDP1
LNPEP
USP11
NDUFA5
PRPF4
ISG20L2
ATP6V1E1
MRPS2
RHOBTB3
EXOC5
CUL1
MINK1
TIMM44
VEZT
NACC1
NCOA4
L1CAM
ZBTB40
OGFOD1
CTPS1
LMF2
GGCX
LARS2
NXN
IFRD2
NADKD1
WDR36
NFRKB
TTLL12
ATP5G3
VAT1
PITPNM1
OAF
RBP2
FURIN
VAV2
EIF6
THOC2
GNPAT
HDHD1
MLLT1
GART
JUP
ABCF3
RABL6
IRAK1
RPL27A
TFRC
SNRNP70
LMTK2
C10orf2
APOA1BP
SORBS3
HNRNPH3
PTK7
KIF20A
SH3D19
PTPRU
PCSK9
HMBS
NAT10
ACAT1
RPS2
XPO7
LATS2
TTC3
YIPF3
FAM199X
LRPAP1
CALU
IMPDH1
LGALS2
YARS2
NUP107
EIF2B5
PWP1
LARP4
PLXNB2
LIMA1
CGGBP1
PFAS
UBR5
EFHD2
GTPBP5
RPS27A
CDC42BPG
IL6ST
ARHGAP23
DDX50
ALDH1B1
PPP5C
KIRREL
SDHC
SLC25A6
CYP1A1
TIMM13
RXRA
BOD1L1
UNC45A
ITM2C
E2F6
SMCR7L
NQO1
MED12
SCFD1
NDUFA9
LAMA5
RPL36AL
DNMT3B
C2orf18
RPL18
RPL21
FAM105B
BLVRB
MRGBP
VPS26B
MPP5
ATE1
ZMIZ2
COL12A1
TAF15
SIVA1
CENPE
FAM35A
CALD1
LETM1
EIF3M
PPRC1
ESYT1
RCN2
ADSS
MRPL38
VKORC1L1
PPP1R14B
KIAA1429
CMPK1
SRSF10
TNS3
G3BP1
PLEKHG3
SFI1
SEC61A1
CDV3
PEA15
MFGE8
CTSZ
KIAA0141
HTATIP2
ASPH
THAP4
MRPL44
MRPS5
COPS6
CISD1
PDLIM1
UQCRH
DLST
RIF1
DYNC1H1
ASXL2
MTDH
TMEM14C
DYNC1I2
HPDL
PTDSS1
MBNL1
RNF20
GMNN
MTIF2
ZDHHC7
VTA1
THRAP3
CLN6
CPSF7
NUDT21
BUB3
ADAR
ARF1
GDI2
EIF4B
PLEKHA6
TMEM199
GAK
TSC2
CPSF3
DYNLL1
TXN
RSRC2
BST2
PITPNB
FLNA
TGM2
EIF2B4
RNF141
SMYD2
PIKFYVE
FOXRED1
CTR9
RAB5C
MED13
DDX19A
NUP155
RPL14
RPLP1
DGAT1
DENND1A
PSEN1
SUSD1
MMP15
SERF2
CASP2
CD2BP2
PTPN11
PPP2CA
ZBED1
MRPS27
CCNC
KPNA3
MAP3K2
SYNE2
SF3B5
UQCRFS1
AGR2
ABL1
ADCK3
PRPF8
WASF2
TOP2B
CAP1
AKAP13
TALDO1
AKR1A1
INTS1
SPINT1
RFC3
HSD17B10
TMEM185B
ECHDC1
RAD21
CAD
CLTC
LGALS3
TCF20
ARL5B
ZZEF1
KLF6 AQP3
CENPF
SLC39A7
MAPK8IP3
JMJD1C
APBB2
GPBP1L1
GSTO1
UBAC1
HERC2
MYO6
NCOA1
INPPL1
ARPC5
FANCA
VIL1
CAMKK2
NDFIP1
TFDP2
MAP3K1
SMYD5
SART3
AMFR
ACP1
GSPT1
GPI
VPS13D
MAN2C1
IGF1R
ST14
TMEM30A
MTMR3
SLC4A1AP
TMEM126B
NETO2
SEC61B
POLR2L
ARMC6
TSTA3
FAM98A
CUL2
GTF2F1
HARS
PEBP1
IQGAP1
ERGIC1
RPLP2
CTDSP2
PTPRA
NELF
GLB1
PPP2R5C
HMGB3
MARCKSL1
BAX
GSTP1
ZNF512B
IL13RA1
ARFGAP2
EMC8
NUP133
TOMM22
CAPZA2
MCRS1
URI1
STAG2
ADAM9
HNRNPF
VDAC1
PDLIM5
DENND5B
DCAF7
MAGED2
MED14
CCNI
HAVCR1
FOXK2
SNX30
SEC31A
KIAA1522
LPIN2
NFATC2IP
HEATR1
CDC14B
RANBP3
FAM136A
LYPLA1
ANKRD11
SOHLH1
RBM6
UBA5
IQGAP2
WDR59
SLC5A3
LMAN2
RPS6KB1
NGFRAP1
ABCB10
TMOD3
DENR
STARD7
CIAPIN1
PYGL
ENC1
DMXL1
MRPL17
CSRP1
CDIP1
GPAA1
DFFA
RPS13
GNB2L1
C20orf112
PSAP
RABGAP1
MRPL16
VAC14
USB1
COX5A
GNL1
RPL5
FASTKD5
SEPHS1
NHP2L1
FKBP8
EXOSC2
C14orf166
GLB1L2
TMEM147
NFE2L3
FAM208A
PAIP1
TTI1
ZYX
RPL7A
ZC3H11A
SIPA1L1
EPS8
NDFIP2
PATZ1
C11orf57
AFG3L2
HNRNPU
RPS19BP1
WIPI2
LAMC1
CLDN2
PCMT1
ABCF1
MGA
TJP2
SSH3
USP15
EZH2
HDAC7
TRAPPC2L
VPRBP
DYNLL2
CDC23
DDX11
IFI30
MTMR2
CHEK1
CLPTM1
MRPL11
C11orf9
KDM5A
SIK2
KIF12
SAFB
GATA6
C14orf2
WBSCR16
UBXN4
RCN1
MLTK
RYK
ALDH7A1
RNPS1
FKBP11
UQCRB
SPCS3
MRPL18
RBM10
SBDS
PRDX4
BICC1
CDH17
GFPT1
TOMM70A
CAB39
CNP
FXR1
ALDH18A1
PPL
ZC3H14
MARC1
CYFIP1
ATF6
IL4R
PPP2R1A
ADIPOR1
ARIH2
FAR1
PFN1
RPS9
LRBA
LPCAT2
TMEM183A
COA4
TMSB10
MAU2
TXN2
GMPPA
NCLN
SKP1
CREB3L2
RICTOR
DLG3
SMEK1
DAB2IP
PPARGC1B
TPP1
NOMO1
UTRN
PITRM1
VDR
RPL36
LMNA
NFATC3
ARHGAP27
CRK
MAPK3
CDK2
CNOT2
ADAM15
ANP32A
ARHGEF12
TAOK1
GTPBP6
UAP1
KIF1C
ARFGEF2
PTPRS
TRMT61A
TXLNA
RQCD1
KRAS
EEA1
RPL3
EPS8L2
WDFY3
APPL2
TUBGCP3
CFDP1
MAK16
C8orf33
SF3A2
ACTR1A
TCERG1
UMPS
DNAJA3
SDHD
IMPDH2
BAZ1B
IDE
TNFRSF10B
MYO1D
CPS1
SEZ6L2
DGKD
YTHDF2
TMED5
RBBP9
GREB1L
LYPLA2
DHX36
FOXA1
COASY
MTCH2
NSA2
DAP3
WDR1
CBX1
ERBB2IP
GLUL
C19orf6
ZNF587
RAPH1
RASSF3
WASL
BRD3
NAGA
PRPF6
C2CD3
ADH5
GALNT1
CSNK1D
ZMIZ1
ITM2B
HTT
C15orf39
SAP18
BRD8
RPS6KA1
MLL
SEPN1
FARP1
ALDH5A1
SMARCA5
NPM3
TRAK2
PRDX6
N4BP2L2
GADD45GIP1
TSPAN6
SHMT1
SYAP1
CBL
ATAD3A
RBMX
CYTH2
TONSL
PSKH1
PEPD
C6orf106
WDR82
IPO9
MRPS26
SUMO2
AP3M1
HDAC3
PLEKHJ1
PRELID1
HERPUD1
KPNA6
EIF2B1
EMD
HMGN3
KNTC1
PDHB
KPNA1
POMP
UQCRC1
SCRN1
ANLN
EWSR1
PTBP1
RPS6
SEC16A
STRADB
SEC24A
ERH
RPS23
PPM1H
TMEM214
MAGT1
AGPAT3
POLDIP3
ELAVL1
NDUFS1
FASN
CCNB1
STAP2
VPS4A
CUTA
B4GALT1
ARL1
BRD7
TWF1
CDK5RAP3
GTF2I
MYL12B
POLD1
YES1
NCOA2
SEC23IP
CCNL2
ELOVL1
DCTN5
MYC
TMEM106B
ATP5G2
TTC37
BIN1
CDK16
DST
CSNK2A1
TRIP13
THADA
SLC4A2
HIPK3
HIPK2
UBXN7
TELO2
QPRT
HUWE1
CDC123
NCOA6
PDE12
C11orf58
RBBP6
ARF3
TXNIP
ZFAND3
MYBBP1A
FAM192A
PRNP
DUS1L
SRPRB
CYB5R3
DARS
STMN1
GARS
TMEM194A
TFIP11
SSU72
HOOK1
MTA2
HINT1
EZR
UBC
REEP6
ROMO1
PUM1
CFLAR
SSR1
TMED2
MAT2A
ATG9A
TFCP2
MRPS18B
H2AFV
EPB41L1
APOE
PDPR
WEE1
CSDE1
VPS51
PELP1
NOP14
RPL11
UBE2S
SARS
RBBP7
GTF3C4
RFC1
SRP68
FAM168B
SFPQ
EIF1
IPO7
TRIO
ELMSAN1
UCKL1
ELMO3
NUP153
BCAP31
SNX6
ANXA13
NES
PARD6B
PLCG1
TRMT112
SEC14L1
GPC1
GPR107
NPRL3
XRN2
GOLGA3
TOMM20
DDX39A
ERC1
ADCY3
GPX1
HAX1
KCTD3
RPL9
CBFA2T2
RBM8A
PPP4R1
NCKAP1
MAP1LC3B
PLIN3
SIN3A
RBL2
C6orf211
GXYLT1
SETD7
LSM14A
VAPB
CALM2
KDM2A
GSE1
PCSK7
ADD3
RCOR1
TFPI
GNAI3
RALBP1
GRSF1
NF2
ALG3
PPP1R10
EPT1
FLVCR1
LRP6ANO9
NLK
DDX42
LZTS2
NUP50
ABR
SLTM
CHCHD2
NFS1
ZNF207
CIAO1
KHNYN
SELT
MRE11A
FMNL2
RALY
CHMP1A
SDHB
PHGDH
DSG2
RAI14
PACSIN2
PEX5
ACLY
COX5B
METTL7B
CEP164
AVL9
HJURP
MRS2
NDUFA4
SC5DL
GGA2
MOGS
DPP4
SOAT1
CDH3
DBN1
RPL38
PIK3C2A
TIA1
TGOLN2
FBRSL1
DBNDD1
VASP
IRF8
MKRN1
MCFD2
DYNC1LI2
ARFGEF1
RTN4
INCENP
POF1B
NCOA7
UBE2G2
COG4
FAM83H
C17orf70
DCDC2
NDUFA6
LANCL1
VPS26A
UPF1
RPS18
DAZAP2
SHROOM3
ATXN2L
OS9
MTA1
NBAS
SFXN1
SCAF8
RBBP4
DIAPH1
SIRPA
EHD4
MTCH1
MED13L
CXADR
BPTF
MAPKAPK3
WDR62
MRPL15
EXTL3
NDUFB9
SLC1A5
TSC22D1
USP47
NPC2
CENPB
RAB22A
TMCO1
SLMO2
MAPK1
HIC2
DAZAP1
MYO1E
MBD3
TTLL4
SPECC1
SETD5
CHD2
CTDSPL
PDE4DIP
GOPC
HPS4
FLOT1
DGKZ
PREP
RPL18A
KDELR1
LAPTM4A
PUM2
FOXK1
CAMK2D
ATM
F2
ABHD14B
DAD1
SMTN
SURF6
ATP13A3
MET
RC3H2
UBE2M
PDDC1
ELP3
PARL
SYTL2
RAB4B
DPP3
DEPDC1B
CAPZA1
SUZ12
PLEKHA7
SESTD1
NCSTN
RHEB
BMP7
SDC4
MLLT4
ARID1B
GAB1
XPO4
EHBP1
ANKRD40
PSPC1
LMBRD2
VPS13B
PPP1CB
DDX3X
STARD10
SEP15
SEPT8
ANXA7
SPCS2
FLOT2
PPP1R12A
SLC25A39
TMEM245
RAB2A
TNPO3
UBE2D3
JTB
RALGPS2
CDK18
GTSE1
GBA2
MPST
ATXN1L
NDUFS5
HPGD
MDH1
PFKP
CHID1
INTS10
MOB1A
LSG1
UBE2L3
TTC7A
PLLP
SF3B14
BMI1
LARS
PPP4C
GJB1
BRD9
ZC3H7B
PRDX5
EIF4EBP1
PNPO
FZD7
PLCXD1
IK
SUPT6H
RNF6
CAMK2G
NPTN
PRRC2A
LMNB1
POLR2B
RBM12
ADCY6
LGR4
CLEC16A
ARL8B
UBE2K
TROAP
NENF
TOP3A
MBNL3
POLR1A
SGPL1
PERP
KDM5C
NEDD4L
TNKS
LRRC47
CHTF8
AGPAT2
MRPL37
RPL32
CHUK
COX15
TRAF7
AP2A1
NOB1
MDK
PTPRF
SLC35F5
CTSA
DIDO1
STX3
TMED4
SEC24C
KIF11
SMARCB1
TMEM106C
PTGES2
SNRPA
PPP6R3
ENSA
RPL22
RPL4
SCAMP3
QSER1
LRCH4
PSME4
SEPT10
RPS6KB2
GPR125
ELMO2
UQCRQ
ATP5F1
DPM1
RABGGTB
NUP54
ASNA1
ISOC1
FTSJD2
RTFDC1
MYL9
MMS19
TPP2
DMKN
PTPN1
C11orf24
CRTAP
STT3B
CST3
RAB25
MFN2
NAMPT
MTR
SMU1
CLU
UBAC2
SNX5
PRKAR1A
SPHK2
BTAF1
SPTAN1
UGGT1
CEP350
RASA1
ALDH3A2
SMARCD1
RAB11A
FKBP1A
PCBP1
GCN1L1
BSGMT−CO3
TTYH3
C2orf29
IGSF3
RAD23A
ZFP91
LTA4H
IL32
ZNFX1
NUP85
HNRNPUL1
PHF20
TRAM1
ATF4
CDC42BPB
FAM60A
ATF6B
ATOX1
MRPL28
CD276
PDIA3
JAG1
RPL26
DHCR7
UQCR11
PCIF1
CUL5
M6PR
BRPF3
ID2
OSTC
SCARB1
STMN3
COX11
NUP160
PLOD1
RNF43
CDK5RAP2
SDCCAG3
NDUFB4
ATP11C
CEP55
SHFM1
ATP2C1
AP3S1
LARP4B
ZMAT2
DKC1
SRPR
RPS24
RPL10
MKLN1
ASH1L
DVL3
RBM19
NUP214
JAK1
BOD1
ITGB5
R3HDM1
SREBF1
TTL
AP1G1
USP10
PXN
MSI2
NDUFB3
CHERP
CPNE3
FBXO21
RNF128
SEC11A
CD55
NIPA2
KDM1A
NAB1
CYBA
MTPN
SF3A1
UBE2Z
CHD4
MARCH6
NCOR2
SCD
CACUL1
BUB1
ITGB4
CUL7
GPRC5A
SUCLG2
MGAT5
NPEPPS
MLXIP
GSS
SF3B2
CLASP1
MAST2
PACS1
PDCD2
ATP1B1
USP14
RPS21
HIATL1
P
LEKHG4
WDR45L
CAPRIN1SPG7
C5orf43
ATRAID
SUMF2
CDCA7
YWHAH
PLOD3
AIP
ECI1
ACTN4
ABCA3
GNL3L
PCYOX1
WDR81
AIM1L
HLA−A
KIAA0494
NDUFB10
ZFYVE16
RAB1A
PAK1
C1orf198SLC25A23
CARS2
DDX5
MT−ND3
SCYL2
UBL3
RNF121
EDF1
REPIN1SLC44A1
NDST1
AHR
TXNDC12
EBPL
ANAPC5
ERO1L
UBTF
EML4
GOLPH3
TMEM9
CDC5L
FOXRED2
STRN4
DIS3
EIF3H
ATP5A1
CIZ1
RPS7
ANAPC1
HADHB
ZDHHC9
COX7A2RAPGEF1
MTHFD2
DLG5
C5orf15
ZC3H4
CPNE1
N
FE2L1
NAP1L4
MPP6
KLHDC4
PAPSS1
TOMM7
FDX1
CNTNAP2
ARPC3
SAFB2
GPX3
SOGA1
WSB2
TAB2
RRN3
SPR
PNRC2
UBE2R2
RAB3GAP1TPCN1
RSL24D1
RBM3
WDR6
C20orf72
ASH2L
DEF8
OAS3
ATXN10
ARF6
RPS8
MRP63
PM20D2
ATAD3B
DCUN1D5
ZNF638
CSTF2T
AP3B1
POGZ
FUT4
RBM42
TIMM8B
UBL5
GNB1
PCMTD2
ARHGEF17
ARHGAP5
PPFIBP1
ERCC2
SPG21
PNISR
NCBP2
UBE3C
CTCF
RPS29
EIF3KGPATCH8
AHNAK
RPS19
RMND5A
DNMT3A
RPL30
WDR26
PTPN23
SBF1
NPNT
USP32
BRD1
SYS1
LIG3
SMARCD2
SNHG16
SLC44A2
RTF1
EMC1
TRIM71
CDS2
PLEKHM2
CCDC14
MESDC2
HARS2
N4BP1
MRPL49
TADA3
RDBP
CSDAPOLRMT
TNFAIP1
EPB41L5
SLC29A2
HNF1A
ACOX1
EEF2K
RRBP1
ERVMER34−1
TPM1
GUCD1
PCNXL4
COA1
GLYR1
LLGL1RAP1GAP2
DNAJC5
KIFC1
BCL9L
EEF1B2
NNT
ARHGAP35
RPL13
TMEM127
MYCBP2
GPR56
ATP11B
UNC5B
MAEA
ACO1
RAPGEF2
GTF2H1
SCAMP2
RBM23
NDUFS8
DOCK9
UPF2
SKA2SH3BGRL2
RALA
RPRD1B
RAB8ASLC43A2
AHCTF1
SH3GL1
PDXDC1
BRK1
EIF3G
CNIH
ACACA
STK24
TLK1
MCL1
EEF1A1
HM13
CHMP4B
PTPRK
PLXNB1
MAML1
SUN1
PBX2
STAT3
MAF1
AFP
LDLR
KANSL3
ZHX3
PHF10
AQR
ABHD12
ATP5J
ZNF395
KLF13
CORO1C
WNK1
S
LC35D2
ANAPC7TMSB4X
BLOC1S6
HMOX2
OSBPL8
S100A11
CANT1
PLEKHB2
GOLIM4
WDR33
ECD
WBP11
PHF3
SLC12A2
PEX26
CDC6
MOV10
UBR3
TFG
RAB11B
AAR2
RACGAP1
METTL16
SPATS2
TUBGCP2
GTF3C3
DBF4
TMEM8A
NEK7
OTUB1
SEC13
TMED10
LTN1
CDK6
HDLBP
NADSYN1
CLSTN1
LASP1
CNOT6
USP24
CASK
CHP1
DAB2
LSR
NPTXR
RLIM
POR
YEATS2
MTHFD1L
NFX1
DCTN1
CYB5B
ECH1
PAN3
SKI
SFXN4
CSNK2A2
ACSL3
ESYT2
LLGL2
ARHGEF16
MLST8
HGS
MYH9
PKM
ANKS1A
ABHD2
GSK3B
TXLNG
KHDRBS1
FAM208B
SNX27
LRRC58PLK1
S100A16HLA−E
NT5C2
ELF4
EIF4A2
RPS15
CREBZF
MYL12A
ASXL1
CFTR
PCED1A
RFFL
UBN1
SGK223
MCCC2
SUPV3L1NSMCE4A
RPL39
NUMA1
WWP1
UBA52
UBFD1
ROCK2
FOXJ3
PARD3
TYRO3
BTF3
CSNK1G2
NSMAF
MRPS30
SRSF11
KLHL8
PPP4R2
SAMD4B
DGCR2
AKAP9
CPSF6
U2AF1
RPL31SYNJ2
POLR2A
KIAA0528
CDK10
PI4KA
CHMP3
CUL4BCABIN1
PAPD5
NUDT16
GTF3C5
TAF7
G3BP2
CDC42
CHMP2A
BIRC5
PIGU
AXIN2
CRNKL1
VMA21
PPP1R2
ELOVL5
BAG5
WTAP
CLPB
CLNS1A
VDAC2
YWHAZ
LDHA
TMEM131
TRPM7
NIPBL
HECTD3
RTKN
SCRIB
ZBED3
ZDHHC3
CAMSAP1
PITX1
COMMD7
TTC17
SETD1A
NDUFA1
KIAA2013
TBC1D4
DNAJA2
DLG1
HEXB
CHD3
MARCH7
COPB2
NUB1
NDUFB11MKNK2
ACADVL
ZCCHC14
ZNF664
TBC1D10B
SLC23A2
KXD1
PLCB3
U
SP34
KIAA0100
FBXO2
IREB2
TAF1
RAB35
ARF5
PPP6R2
THUMPD1
ATP6V0E1
PPHLN1
CAPZBCOMT
NBN
RPL29
ANKRD17
SBNO1
ENOSF1
USO1
EPHA2
SNX3
SEL1L
BCR
EFR3A
CXXC5
GUSB
GLE1
RPS16
MT−ND6
COPZ1
ELAC2TNRC6A
CUX1
SMAD5
SLC31A1
LBR
RDH11
CLINT1
PPP2R5D
LRRC41
PHF19
KIAA1033
RBM26
EDC4
RANBP2
SCAF1
HDAC1
T
MEM43
MIER3
SMG6
POLR1DTBL1X
SIAE
EEF2
NEDD4
NEK9
TOX4
MANBAL
GBAS
DERA
SLC25A46
NSUN5
KCTD10
AKAP8ANKRD27
BCAR1
APEX1
TCF3
MLEC
THOC5
SURF4
SLC27A4
VPS36
CASP8
CUL4A
TAF4
RTN3
DYRK2
WDR18
CEP250
C
BX5
TTR
WWP2
HDAC6
KANSL2
ITSN2DICER1
RNF187
COX7B
CCDC88C
ATP6V1C1FBRS
FAM213A
POM121C
DNTTIP1
CCNYL1
SH3YL1
KIAA1161
SLC35F2
ERCC3
GIGYF2
ISOC2
PDS5B
CRLS1
GSK3A
NOM1
TMEM123
CDC27
FKBP10
UBE3A
MDC1
GPBP1
ATP7B
TRIM25
TARDBP
ALDH2SENP6
NMD3
RER1
DARS2
DHX30
FOXM1
DNPEP
RAF1
AIDA
PVRL2
STAT1
RPS25
FAU
FTL
CTNND1
CCDC85C
ARHGEF7
STXBP2
RPS15A
SDCBP
CLDN7
CNPPD1
ACSS1
GRINA
HERC1
ERP44
AP1S1
PTK2
TCTN3
GYS1
PCNX
PJA2
GBA
SVIL
SNAPC4
LTBR
TSPAN14
ARHGAP11A
SEC23A
MYO1C
UBE2I
CCNG1
LIPG
GLUD1
SNX13
ENM3
FEM1A
TBCD
MYO9B
NOS2
GALC
PCM1
ARFGAP1
PPP1R15B
STK17B
SMG5
SNX9
CLIC4
AP1M1
CTNNA1
SLC20A2
NFE2L2
PIK3R2
CHKA
HDHD3
TPCN2
PURB
CBLC
FAM49B
LIMS1
PGK1
PRRC2C
TNFAIP3
JAG2
DIP2B
RAB3B
N4BP2
FZR1
GALEZMYM2
UGP2
C1orf43
SLC30A6
BABAM1
CLIP1
HKDC1CBX6
DAP
DCTN2
UBE2J1
TRIP10
DAXX
TAOK2
DBNLCPD
CNOT1
FBXW5
EREG
TRAF3
AAGAB
ASPM
SEPT2
E
IF3F
PAK4
NECAP1
SACM1L
STARD4
ALDH1A1
RHPN2
ATP5L
GNA11
AES
WFS1
S100A14
PTTG1IP
BAG6
PAFAH1B1
PRCC
PTCD3
PRCP
TRIM24
DOT1L
SLC25A13
SYNGR2
ARHGAP12
CES2
TMEM33
MTOR
DDAH1
PFKFB2
CD2AP
DLGAP4
NAA30
RNF149
CHDH
CEBPG
MAVS
NCOA5
KEAP1
SLC52A2
FGFR4
KIAA1191
STAMBP
PIP5K1A
UQCR10
EIF2AK2
TATDN2
ZBTB2
EHMT1
SHC1
LMAN1
GMFB
ZFR
RAVER1
SMG1
SPTLC2
C
ZNF507
RC3H1
MKL2
C2D1A
IER2
MAN2B1
ARPP19
WIZ
MPZL1
ZNF335
TMEM164
NUSAP1
RBM38
ITSN1
ACVR1B
DESI2
RAI1
C
DC25B
CHAMP1
GORASP2
SPASTDDX6
ERAP1
PIGT
OST4
CCDC84
MAP2K2
NEK6
RPL10A
CCNB1IP1
CELF1
ASAP1
GALNT3
DROSHA
PRKCIKAT7
PRKAB2
USMG5
CDC16LCLAT1
SRCAP
PGD
GMPR2
ACAT2
SFSWAP
GOLGB1
ATL2
PABPC4
DDR1
AGPAT5
ATP6V0A1
KCMF1
ESRRA
TM7SF3
CDC42EP1
DESI1
MBOAT7
NUMB
CCND1
IDH1
TRIM44
LUZP1
ARL15
CLCN3
SP1
NDRG3
SHISA5
IDI1
KIAA1731
ATP13A2
C19orf21
ADIPOR2
VPS41
SDAD1
ESRP2
CASC3
NIT2
SSR2
AKT2
ITGB1
FUT8
C
OPA
YWHAG
TECR
RPL41
EPHB4
RNF216
GALNT6
TRIM27
MOB4
DAG1
C2orf72
C1orf115
KIAA0368
RNF169
ITPKC
GLT25D1
POGKNR2F6
ETFA
LAMTOR1
ZNF598
GMEB2
KIF18B
MICU1
BIRC2
HADH
SUCO
ATP1B3
SCRN2
EIF2S3
DDOST
RPL13A
SDF4
RPL12
ANKIB1
EXOC4
VGLL3
UBQLN4
CSNK1A1
NDUFA8
TRA2A
PRKCSH
GPAM
MAP3K7
PPP3R1
CSNK1E
FNBP4
RBMS1
MADD
SAT1
FBLN1
ARAP1
SRRM2
CES1
PVRL1
RNF40
AKIRIN1
USP19
PTBP3
MYO10
MED25
DPAGT1
HIF1AN
AXIN1
HIF1A
SSR4
RPL19
NIPSNAP1
HNRNPH2
B4GALT4
PRSS8
MPZL2
KIF13B
VHL
FNDC3A
AGL
PROSER1
DDI2
DCUN1D1
QSOX2
VPS25
ATP6V1B2
DNAJB6
PI4KB
GID8
LPGAT1
ATP8B1
PPME1
ANXA5
FAM109A
DOCK1
KAT2A
FAM118A
ANKFY1
OSBPL9
ARPC4
EIF4G3
EP400
STC2
UBE4A
TOLLIP
LSM4
TNFRSF1A
PRRC2B
TSPAN9
EXT2
NUP98
TNPO1
DPF2
ADAM10
RBM39
PDCD6IP
TMEM181
PCNXL3
PREPL
DDAH2
TRMUCLTA
ARID2
DDX41
SAP130
PRR11
T
OB2
KIAA0947
CPSF3L
SORD
CKAP5
MT−ND5
SERPINB1
PCBP2
SYMPK
PGRMC2
ZC3H18
PRR13
PPFIA1
PCYT2
NRAS
ACIN1
RAC1
ZNF609
FRS2
NACC2
PKN1
KIAA1598
C14orf1
TYK2
HNRNPA0
POLE4
NOP9
CSTF1
LAMP2
ARGLU1
E
CT2
FAM83G
BZW2
IGF2BP1
RNF4
SNX14
OX8A
ENDOD1
CALM3
ATP2B1
KIF5B
PLAGL2
RNF10
KIAA0930
STK25
MPC2
RAB7A
SLC35B2
RPUSD4
PTOV1
CEP57
ATP6V0D1
MED28
SPEN
STK4
SUDS3
ALDH16A1
TRAPPC4
PGRMC1
GALNT2
DPP9
SMG7
ATRX
EIF2AK4
NUDCD3
EPS15
EIF2AK1
UBE4B
RAB14
SYPL1
USH1C
STRN
ARPC2
RPS4X
SLC39A14
HSD17B4
MTUS1
MDN1
ADNP
CTBP2
TLE3
FGA
SENP2
CAPNS1
CABLES2
RPS11
KIAA1147
PRKAR1B
STIM1
INO80
SCAP
CCDC93
DDX39B
GON4L
CHST3
SCYL1
HADHA
SPINT2
MFHAS1
NSD1
CPSF1
MSRB1
WDR55
ASNS
VAPA
RAB3GAP2
KANSL1
CNNM4
JOSD1
LMBR1
ALAS1
SART1
SERINC5
SLC20A1
POLE
TRIM14
TMEM66
SON
CDKN1B
KCTD9
PPP6C
SAR1A
UGDH
SLC38A2
MAGED1
HCFC1
OSBPL3
ZMYM3
MYOF
TEAD3
UBP1
PRTG
CHD9
ATL3
IPO8
CBX4
ITPK1
FKBP9
DCAF12
GATAD2A
EPHA1
DCP2
TPX2
SOLH
SHPK
EXOSC10
USP36
YTHDC1
NDUFS3
RPAP1
ACAP2
CMTM4
SUV420H1
USP22
ANO6
BACH1
HDGFRP2
LIN28B
FEM1B
CD99
CBX2
TRAPPC10
FAM91A1
TBC1D9B
RASAL2
MON1B
TNFRSF10D
PPP2R2A
URGCP
CNNM3
G6PC3
TM9SF4
AP2A2
SREK1
DHX38
GOT1
VMP1
RCC2
ARHGEF11
SPATS2L
MGAT4B
ZDHHC5
ZFYVE26
SLC35D1
COPB1
SPAG5
PROS1
PTGR1
XBP1
GPX4
TEX10
NDUFA10
NDUFB5
ATP13A1
SPPL3
UBQLN1
PLD3
SNX8
HMGXB3
CYP2S1
SUMO1
TMEM97
ZNF259
PDS5A
PHKB
C20orf111
AGPS
KIF2C
PDIA5
SMAD3
ITFG3
ARHGEF18
FBXW11
RBM22
COL4A3BP
PPIP5K2
SPRED2
ARID1A
GNPTAB
RBM15B
RETSAT
FOXP4
MYO5B
PIEZO1
PRC1
PAPOLA
ERP29
CD164
KALRN
GCC2
PPP2R5E
CDCP1
CDIPT
CREG1
IBTK
FBXO18
FAM48A
HP1BP3
ZGPAT
SLC7A1
INTS4
PCCB
FERMT1
FBXO11
MTMR4
SPAG9
WAC
SERTAD2
FAM168A
SLC35C2
DCBLD2
MAPK14
CTNNB1
RHNO1
HECTD1
CDC34
RAB21
PDZD8
LONP2
ARAF
MTRR
TEX2
MAP7
EHD1
SF3B1
MIDN
KIAA0284
SUPT5H
GGNBP2
DHRS11
BCL2L13
GTF3C2
FGFR3
TACC1
GNA12
CHD7
NKTR
RNMT
GDE1
B2M
GIT1
PLEKHG6
SMARCA4
PIP4K2B
AKT1S1
CHD1L
PRRC1
AMD1
LAPTM4B
ARL6IP1
PITPNA
PODXL
METTL9
YLPM1
CCNT1
SAR1B
EIF3L
OSBP
TTC38
REV3L
LRIG1
HK2
NCAPD2
NCOR1
FAM8A1
AGBL5
MED24
NAA25
TACC3
TTPAL
FUBP3
RNF26
LRP3
CSK
TRPC4AP
F11R
TBC1D16
ATF7IP
S
ODF2
SP3
QLE
MAP4K4
EHMT2
MSL1
SMARCAD1
ANKRD28
SIPA1L3
MYO1B
CTBP1
PCNT
SLC7A2
NUTF2
ATMIN
TSPYL1
PSME1
STK40
TNFRSF1B
ABCC1
RPL23A
ATP6V1G1
PHACTR2
KIAA0196
TOP1MT
ATP6V1A
CSNK2B
METAP1
SPATA2
UBE2D2
GOSR2
CMTM6
PTP4A2
MORC2
RPTOR
OTUD4
LRRC1
NUCB1
MRRF
CKAP2
DCTD
PSPH
CLDN1
OGDH
SRSF5
ACTN1
TSKU
ILVBL
TMEM167A
MLL5
RPS27
PYGB
SIK1
SDC1
TNKS1BP1
MORF4L2
CD63
SLC25A3
TMBIM6
MGAT4A
TP53BP1
B4GALT2
PRR14L
SRRM1
CERS2
ACAA2
ARFIP2
ZNF592
CASC5
ACBD3
HLA−C
TM4SF1
PANX1
CRKL
MON2
APP
NAPA
ABI1
POLR3A
FBXO31
GOLM1
HS2ST1
COPG1
CDCA8
CHPT1
OGFR
GAA
MAPK13
GNA13
CTTN
NDUFB7
NOTCH2
PTTG1
DCAF11
CCNT2
POM121
HSD17B12
ALKBH5
REEP3
BAP1
ZCCHC11
FLII
ITGAV
WBP7
APC
QRICH1
DIP2A
ADRBK1
RAB6A
ARCN1
ATN1
RBFOX2
SCP2
ARHGEF1
GRK6
FAM53C
CDC42BPA
UNC119B
CTSH
COPE
SNF8
SMARCC2
CTSB
MAP4K3
SLMAP
RNPEP
OCRL
TIMP2
QARS
FLNC
TRRAP
SLC38A10
SOWAHC
CDCA2
EPCAM
FNIP1
COL18A1
C12orf75
IGF2BP2
TNPO2
AP3D1
KIF22
FAM126A
PTP4A1
DBI
CCNB2
PLBD2
PPTC7
DYNLRB1
PPP1R15A
SLC9A3R1
RPL37A
KIDINS220
RAB13
COBL
NAA60
CHCHD10
TMEM248
SLC12A9
PPM1B
DUS3L
GGA3
CLPX
FGFR1OP
MT−ND2
COX7A2L
CHTF18
ZNF384
SYNRG
ACAA1
CCNK
OAT
MAP3K9
RIC8A
USP28
PCYT1A
CALCOCO2
USP12
INTS3
TC2N
ALG8
APOA2
COG2
ZHX1
UHRF1BP1
SEC24B
FAM20B
GLOD4
MARK3
CAST
LAMP1
EFNB2
PAK2
MST4
MEPCE
BRAT1
GSTK1
DUSP6
OCIAD1
PIP4K2C
POU2F1
DHX16
DUSP3
AKAP1
ASAH1
PVRL3
SPOP
SH2B1
VWA8
TM9SF2
IGF2BP3
CDR2
ZFP106
ARHGAP1
TBC1D20
RALGAPB
MRPS25
UBE2Q1
GTPBP1
SPTLC1
ATP5SL
AGAP1
HMGA2
SERP1
CTSL2
RBM5
MPRIP
RPS28
EGFR
UBA6
SLC38A1
AGRN
CNN2
MCM3AP
ATXN7L3
SH3RF2
POLR2H
TES
H2AFY
CDK12
MGAT1
SARS2
KAT6A
SULF2
ARIH1
BRD4
DHX8
CAT
YTHDC2
RSPRY1
LSM14B
MGST3
ZBED4
ATAD1
CALM1
UBAP2L
SAPCD2
SRSF6
ACAP3
NET1
TJP1
TMEM132A
IDH3B
C3
MMADHC
LAMC2
ARHGAP21
ARRB1
ATXN7L3B
RPL15
ZDHHC12
DDC
UBE2O
AKAP17A
KIAA0317
FAM111A
MAP3K11
SLC30A9
WDR90
ATP6AP1
SLC39A9
MT−CO1
MARK2
MICAL2
PCSK6
EIF2C1
TFEC
YIPF6
LIMK2
TM9SF3
KLHL36
UHMK1
STX16
MED1
YIF1A
KIF4A
GPT2
HSF1
STAU1
TAF1C
DNAJC13
TMEM50A
PIGO
EIF4E2
SETX
DDX17
MZT2A
PRKAR2A
TPRG1L
POLG
ECE1
VAMP3
USF2
ATG4B
WHSC1
ZNRF3
CDC20
NADK
ZC3H7A
MYADM
PANK3
ITCH
DNAJC22
VPS35
SLC7A8
WDR41
RNF126
S100A6
CDC73
PAPD7
ANXA11
PHIP
ANKS6
ARF4
TP53BP2
KPNA4
MAP4
BFAR
GTF2A1
PRKCD
AMOT
TBL2
ALDH9A1
PKN2
PNKD
KIF3B
TSPAN3
GCFC1
RANGAP1
MRPL45
UBAP2
NONO
ACO2
TGFBRAP1
TOR1AIP2
FAM129B
CORO1B
TGFBR1
PAFAH1B2
SLC25A44
SLC7A7
UBXN1
PBRM1
SKIV2L
TMED3
FBXO9
SNX12
SETD2
FUCA2
FAM120A
FUBP1
LONP1
SNX19
ALDOA
FADS1
RPS20
PRSS23
PRKAA1
DNM2
UBR2
FGG
DYRK1A
CBFB
TMX2
DPP7
COX4I1
SUPT7L
BRI3BP
EPN1
TRIM26
PPDPF
AGFG1
EPAS1
YY1
SF1
FLNB
PKP3
PCK2
RSF1
PKD1
ALS2
LNX2
INF2
ABI2
NID1
PMPCB
AK4
ZC3HAV1
GRB2
NRBP1
AZIN1
MAPK1IP1L
EIF2A
DENND4B
SMEK2
SRF
MAPK6
NUP43
GAPVD1
RAB10
MT−ND1
HS6ST2
AGPAT6
SNX1
PCF11
YIPF5
ATF5
SNRNP200
COBRA1
ANKLE2
COX6B1
NUFIP2
FAM134A
TNKS2
TCEB2
KLHDC3
DLGAP5
ENTPD7
RELA
CARM1
DDHD2
LARP1
IMMT
DGAT2
FDFT1
CIRBP
ADI1
LMO7
SNW1
PPIL2
AAAS
ENTPD6
WAPAL
SND1
TMEM230
CDC42SE2
TNFRSF21
ZNF629
DCTN4
CNOT7
GLRX5
NLRP2
TUBA4A
KRT19
MLLT10
DTX4
DCAF6
TRAF4
TCF12
XAB2
FAF2
C6orf132
CHTOP
CEP192
XPR1
IMPAD1
RPL28
SCAF4
GNG12
PFDN5
ABLIM1
SERINC1
SUGP2
AKAP11
GNAI2
GAB2
KIF1B
DNAJC11
TMEM41B
FAF1
IVD
GOSR1
SLC17A9
GNG4
LIPA
ATP6AP2
TMED7
AUP1
MIB1
KDELR2
CAPN1
EPHB2
PGM3
TPT1
SERPINH1
HNRNPH1
ARFRP1
POLR3E
MRPL10
CYB561
TRIP12
SPCS1
WIPF2
GM2A
THRA
LCP1
PFKL
ERF
PISD
IST1
ACSL4
PDCD6
HIPK1
AFTPH
RAP1B
MKI67
PTPN18
OXA1L
ELL2
TMEM38B
CARD10
WDFY1
OXSR1
TIAL1
CCDC50
MGRN1
ENAH
PABPN1
ERLIN2
MAPKAPK2
KIAA1551
SHKBP1
MED16
CPNE7
DOK4
CHD8
KIF23
SZRD1
TCF25
CCNF
KDM2B
TNIP1
ADD1
TMEM135
WDR11
SETD3
CCNL1
CCNY
SLC16A1
BUB1B
APH1A
GCLC
PLEKHA5
EBP
XPNPEP1
EPB41L2
CLASP2
YTHDF1
ERGIC3
RNF114
SLC2A8
ZNF451
FBXO7
AP1M2
STK35
USP48
GLG1
AMMECR1L
RAB11FIP4
B4GALT5
MBTPS1
FAM32A
ATP2A2
COX6C
MED15
HSDL2
PLBD1
URM1
PATL1
BRD2
CD46
SP6
FMR1
FASTK
MIA3
VCL
CNOT3
NDRG1
0
−0.5
0.0
log2FoldChange
0.5
1.0
(b) Volcano plot
Figuur 4.9: Relatie tussen log2 fold change, expressie niveau en FDR voor genen voor en na AURKA
inhibitie
33
an
el
C le
D AT ha lum
N P p e
A
e
re bin ronn
C
ha
D pl d e
pe C Ch NAica ing
ro el Ub ro r tio
ne l c i c m ep n
o
y
C , ca cleonju so air
el
m
l c nce , h ga e
r p eli tio
Pr
yc
n
c
ot
l
a
e,
th as
ei
wa e
p
n
co rot
y
m C ea HS s
pl S s P
ex d om
R
as om e
Te ibo
se ai
lo so
M mb n
m m
Em ere e He ito ly
s
b
br
m iog lica is
a e s
yo
ni Tinte ne e
Tr
an c d ra na sis
e n n
sc
rip M veloslat ce
ti ito p io
Am on chome n
in T reg nd nt
C
e P ul r i
as
pa V bio R r atioa
sy ep n
se ir
a
ac l r Apnth eat
ep o es
t
i
vi ro pt is
C
ty d o
hr
s
Fi om
R reg uct is
N u i
l a at
m in D A b lat on
N
en o A in io
d n
t r
C , c ga bi in
D en yto nisndi g
N tr s a ng
A o k ti
O
rg rec someleton
om e o
an
, n
i
N
uc Pc a C bin MT
le ro cid ell ati
ot te t d on
id in ra ea
e t ns th
bi ra p
In osy nsport
so
n
lu Pr theort
bl ot s
e e is
Ex
fra as
tra RN
c e
ce A tion
llu sp E
C Ang lar lici R
al io re n
ci g g g
um e io
Tr
n n
an
bi es
sc
n is
G rip T GT din
TP tio F P g
b a
Ap ase n a ind se
op I re ctiv ing
o
g
Phtos n t ulaato
os is r ran tio r
ph eg sp n
or ula ort
yl tio
at n
io
n
rg
O
ES
ns
ol
m
a
on
e
m
ol
is
im
ul
st
et
ab
m
br
an
em
u
m
em s
br
an
e
e
tra
In
so
ns
lu
po
bl
rt
e
fr
AT acti
o
P
n
bi
nd
A
i
n
ct
g
in
AT
bi
Pa
nd
s
e
in
g,
R
ep
cy
ea
to
t
sk
e
EG leto
n
F
do
m
E
a
Ex
n
in
tra doc
y
ce
llu tosi
s
la
rr
eg
io
Ap
n
op
Iro tosi
s
n
bi
nd
M
i
ng
ito
Pr
ch
ot
on
ei
dr
n
ia
co
m
K
in
pl
ex
as
e
as
se
Tr
m
an
bl
sc
C
y
el
rip
lc
tio
y
n
cl
Pr
re
e
gu
ot
ei
la
n
t
io
ca
n
ta
bo
M
l
i
sm
e
Ph tal
bi
os
nd
ph
i
or ng
yl
at
io
n
as
rm
er
ho
St
Pl
to
sm
e
Tr
an
po
es
R
ES
Hoofdstuk 4. Resultaten
2.0
1.5
1.0
0.5
0.0
(a) Opgereguleerde genen
8
6
4
2
0
(b) Downgereguleerde genen
Figuur 4.10: Aanrijking van functionele annotatie clusters in op en neer gereguleerde genen na
AURKA inhibitie
34
Hoofdstuk 4. Resultaten
Figuur 4.15 toont de relatie tussen genen van enkele aangerijkte functionele clusters in differentiële genen na AURKA inhibitie.
SMC
SMC4
SMC2
SMC3
NASP
FKBP4
ZWINT
NAA15
TTN
TPR repeat
SMC6
Mitosis
STIP1
RCC1
CHORDC1
CS domain
PARP1
PSMC3
PSMC1
TUBB
PSMC4
PRODH HSPE1
SLC11A2
ERBB3
HSPD1
Proteasome
PSMD2
PSMA4
PSMA7
Apoptosis
NPM1
HSP90B1
MCM7
HMGB1
CACYBP
PTGES3
Telomere
maintenance
XRCC6
XRCC5
CCT6A
PDCD5
CCT5
SOX4
CCT7
CYCS
ANXA4
KRT18
HSPH1
HSPA5
TCP1
CCT2
HSP
DNA unwinding
MCM4
Chaperonin
T-complex
CCT4
HSPA8
MCM6
Figuur 4.11: Geperturbeerde functies na AURKA inhibitie in Caco2 cellen
Alhoewel er niet veel overlap is tussen significant differentiële genen na AURKA knockdown en
significant differentiële genen na AURKA inhibitie (16 gemeenschappelijke genen), komen de
gekende processen waarbij AURKA betrokken is wel terug in de functionele clusteringsanalyse
van beide behandelingen.
4.5
Differentiële splicing analyse
Alternative exon usage analyse (DEXSeq) werd gebruikt als proxy voor detectie van differentiële splicing events.
4.5.1
Non targeting siRNA versus AURKA siRNA
In totaal werden 397821 (partiële) exonen gedetecteerd met minstens 1 uniek gemapte read
in minstens 1 van de 4 stalen. Na onafhankelijk filteren werd differentiële splicing analyse
uitgevoerd tussen non targeting siRNA en AURKA siRNA op 205572 exonen. Dit resulteerde
in 57 differentiële exonen (FDR < 0.05) in 26 loci.
Het effect van AURKA knockdown op alternatieve splicing is relatief klein gezien de lage FC
waarden en het klein aantal differentiële exonen. Bovedien wees manuele inspectie uit dat de
35
Hoofdstuk 4. Resultaten
2 outliers in figuur 4.12 valse positieven zijn. Functionele clustering analyse van de betrokken
genen wijst op aanrijking in cytoskelet gerelateerde functies.
●●
●
● ● ●
●●●●
●
●●● ●
●
●● ●
●●
●
●
●
●
●●●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●● ● ●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●● ● ●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●●
●●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●●
●
●●
●●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●●
●●
●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●
●●●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●●
●●●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●●
●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●●
●●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ● ● ●●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●● ●●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
● ●● ●● ●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●
●
●
●●
●●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●
m
●
●
B
M
m
(a) MA p ot
(b) Vo cano p ot
Figuur 4.12: Re at e tussen og2FC gem dde d express en veau en FDR van exonenna AURKA
knockdown
ES
15
10
05
N
C
C
C
m
m
m
M
O
m
C
m
m
A
m
m
m
00
Figuur 4.13: Geperturbeerde funct es na AURKA knockdown n a ternat ef gesp cte genen
4.5.2
DMSO versus AURKA inhibitor
In totaal werden 403356 (partiële) exonen gedetecteerd met minstens 1 uniek gemapte read
in minstens 1 van de 4 stalen. Na onafhankelijk filteren werd differentiële splicing analyse
uitgevoerd tussen non targeting siRNA en AURKA siRNA op 51524 exonen. Dit resulteerde
in 76 differentiële exonen (FDR < 0.05) in 38 loci.
Ook hier zijn de effecten op splicing zeer klein. Functionele clustering analyse van de betrokken
36
Hoofdstuk 4. Resultaten
genen wijst op aanrijking in ribosomale proteı̈nen.
●
●
0.50
● ●
●
log2fold_treatment_control
0.25
0.00
●
● ●
●● ●
● ●●●
● ●
●
●
●
●
●●
●
●●●●● ● ●● ●
● ●● ● ●
●
●● ●
●
●●
● ●● ● ●
●
●
●●●● ●●
●
●
●
●
●●
● ● ●
●● ●
●●
●
●
●
●
●
● ●● ●● ●● ●●
●● ● ●●
●●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●●●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●●●●●●
●
●
●●●●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●● ●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●● ● ● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●
●
●
●
●
●●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
● ●● ●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●● ●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●● ●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●● ●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●●●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
● ● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●●
●
●
●
●
●●
● ●● ●● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ● ●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●● ● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●● ●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●● ●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ● ●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
●● ●
●
●● ●●
●●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●● ● ●
●
●
●
●●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●● ●
●
●
●
●
●
●
●
●●●●●
●●
●
●
● ●
●
●●●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
● ● ●
●●
●●
●
●●● ●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
sig
●
●
no
●
yes
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●
−0.25
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●● ●
●
●
●
● ● ●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●
● ●
●
●●
● ●●
● ●●
● ● ●●
● ●●
●
●●
●
●
●
●
●● ●
●
● ●●
● ●● ●● ● ●● ● ●
●●●● ●
●●●● ●
●●●● ●
●●● ●●
●●
●
●●●●●
●
● ●●●
●● ●● ●
●●●
●
●
●
●
●● ●
●●●● ●
●
●●● ●● ●
●
●
●
●●
● ●●
●
●●
● ●●
●
●●●●●●
●
●
● ●●
●
●
●
●●
● ●●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●
●
●●
●●
●●●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
● ●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●● ●● ●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
● ●●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●●
●
●
●●
●●
●
●●
●●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●
●●
●●●
●●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●●
●●●
●●
●●●
●
●●
●●
●●
●
●●●
●●●
●●
●●
●
●●●
●●●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●●
●●
●●●
●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●●●
●
●●●●
●●
●
●●●
●●●●
●●
●●
●●
●
●●
●
●●●
●●
●●
●●●
●
●●
●●
●●
●●●
●
●●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●
●●●
●●●
●
●●
●●
●●●
●●●
●
●●
●●
●●
●
●●
●●
●●●
●
●●
●●●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●●
●
●●●
●●
●●
●●●
●
●●
●●●
●●
●●
●
●●
●●●
●
●●
●●
●●
●●●
●
●●
●●
●●●
●
●●
●●
●●
●
●●
●●●
●●
●●
●●●
●
●●
●●
●●●
●
●●
●●●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●●
●●
●●
●
●●
●●
●●●
●
●●
●●
●
●●
●●●
●●●
●●
●
●●
●●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●●●●
●●
●●
●●●
●
●●●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●●
●●●
●●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●●●
●●
●●
●
●●
●●
●●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●●
●●
●
●
●●
●●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●●
●
●●
●
●
●
●
●●
●
●●
●
●●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●●
●
●●
●●
●
●
●
●
●
●
●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●●●
●
●
9
12
15
●
●
●
18
log2(exonBaseMean)
m
(a) MA plot
(b) Vo cano p ot
Figuur 4.14: Re at e tussen og2FC gem dde d express en veau en FDR van exonen na AURKA
nh b t e
ES
3
2
1
m
m
O
m
m
m
m
N
D
m
C
K
M
m
C
C
R
N
K
m
R
N
A
m
m
0
Figuur 4.15: Geperturbeerde funct es na AURKA nh b t e n gesp cte genen
37
Hoofdstuk 4. Resultaten
Tabel 4.4: Overzicht van genen die differentiëel exon gebruik vertonen
AURKA knockdown
ABCC9, AC073610.5, ACTN4, ARF3, ASPH, BICD2, BIN1, C11orf31, CTNND1, CUL4A, DYRK2,
FCGRT, FKBP11, FN1, HMGB1, KIF1B, LAMC1, LAMP2, MAL2, MYL6, MYL6B, NAP1L1, NPIPA8,
POLR2J2, POLR2J3, RASA4, RASA4B, REEP5, RP11-1212A22.4, RP11-514P8.6, RP11-691N7.6, RPL4,
TMEM167A, TMEM189, TMX2, TNPO1, UBE2V1, UPK3BL
AURKA inhibitie
ACTB, AGPS, APLP2, APOA1, ARAP1, CAPRIN1, CCDC183, CPD, EIF1, EIF3F, EPCAM, ERBB3,
FLNA, FUCA2, H2AFY, HLA-A, HNRNPAB, HNRNPU, IGF2, INS, KRAS, KRT8, MVP, MXD1,
PA2G4, PAICS, PKM, PSMD3, PTMA, RABL6, RP11-603J24.9, RPL13, RPL37A, RPL9, RPS21, RPS3,
RRBP1, SET, SFPQ, SNRNP27, STARD10, TMEM141, TOP1
38
Hoofdstuk 5
Discussie
5.1
Staalspecifieke peptiden
Het gebruik van staalspecifieke proteı̈ne databases op basis van RNA-seq data maakt het
mogelijk om peptiden te identificeren die afkomstig zijn van missense mutaties en niet geannoteerde splice varianten die niet voorkomen in publiek beschikbare databases.
Op basis van MS/MS spectra afkomstig van Caco2 celoppervlak proteı̈nen werden hier in
totaal 11981 peptiden geı̈dentificeerd. 36 peptiden waren niet terug te vinden in publieke
databases. Alhoewel de fractie staalspecifieke peptiden klein is ten opzichte van de niet specifieke (hier minder dan 1%), kan ze wel belangrijk zijn voor het ziektebeeld en kunnen deze
peptiden mogelijks in aanmerking komen als biomerker. Dit illustreert dat het gebruik van
RNA-seq afgeleide databases voor peptide identificatie in MS/MS data inderdaad nuttig kan
zijn. Om de klinische relevantie hiervan na te gaan is het echter nodig om een gelijkaardige
peptide screening uit te voeren op patiënt stalen.
10 peptiden bevatten een aminozuur afkomstig van een missense mutatie. Alhoewel het hier
gaat om gekende varianten illustreert dit wel dat MS/MS met gebruik van RNA-seq afgeleide
databases deze vertaalde mutaties kan detecteren. Er werden ook 49 peptiden opgepikt die
geen aminozuur variant bevatten en ook niet aanwezig zijn in de kanonieke uniprot database.
23 ervan waren wel aanwezig in de uniprot isoform database. De overige 26 peptiden zijn
afkomstig van pseudogenen, uORFs en onbekende slice varianten.
Manuele inspectie wijst uit dat in het geval van peptiden afkomstig van pseudogenen het
hoogstwaarschijnlijk gaat om valse positieven. Dit kan worden afgeleid uit de blast resultaten
die aantonen dat sequentieverschil met de overeenkomstige functionele genen zeer klein is.
De kleine massaverschillen van de gesubstitueerde aminozuren kunnen namelijk binnen de
aanvaardbare mass error ligging die gehanteerd werd in de MS/MS analyse. Peptiden afkom39
Hoofdstuk 5. Discussie
(a) HEG1
(b) PREP
Figuur 5.1: Locatie van peptiden die splice sites overlappen van nieuwe isoformen
stig van uORFs en niet gekende splice varianten van HEG1, PREP en CACNA2D4 lijken
daadwerkelijk echt te zijn.
5.2
Differentiële gen expressie
Knockdown van AURKA resulteerde in een afname van AURKA mRNA concentratie van
ongeveer 75 %. Dit betekent dat de effecten van de knockdown dus voornamelijk te wijten
zijn aan een vermindering van al dan niet actief AURKA in de cel. Anderszijds worden de
effecten van AURKA inhibitie veroorzaakt door een gebrek van AURKA kinase acitiviteit
zonder verandering van AURKA concentatie in de cel.
Weinig overlap tussen AURKA KD en AURKA inhibitie
Differentiële gen expressie toont aan dat AURKA expressie en functie invloed heeft op transcriptoneel niveau aangezien zowel AURKA mRNA knockdown als AURKA inhibitie resulteren
in respectievelijk 274 en 169 significant differentiële genen (adj.P.val < 0.05). De effecten zijn
echter niet zeer uitgesproken gezien de relatief kleine log2 fold change waarden (figuren 4.6 en
4.9). Alhoewel er een overlap is in geperturbeerde functies tussen AURKA KD en AURKA
inhibitie is er slechts een zeer beperkte overlap in significant differentiële genen tussen beide
40
Hoofdstuk 5. Discussie
behandelingen (16 genen). Bovendien bewegen slechts 6 van deze genen in dezelfde richting5.1.
Beide behandelingen lijken dus een verschillend effect te hebben op transcriptioneel niveau.
Dit kan enerzijds te wijten zijn aan een dosage effect van kinase activiteit en anderszijds aan
niet kinase gerelateerde functies van AURKA.
Tabel 5.1: Overzicht van geperturbeerde genen die betrokken in mitose, celcyclus en kinase activiteit
GeneID
Richting na KD
Richting na inhibitie
METAP2
TMEM109
PEG10
SLC7A5
ZNF703
SLCO2B1
TTN
FZD5
SLC36A1
TAGLN
HSPA5
KRT18
LY6E
ODC1
SLC2A3
AMOTL2
down
down
down
down
up
up
down
down
down
up
up
up
up
up
up
up
down
down
down
down
up
up
up
up
up
down
down
down
down
down
down
down
Mitose
De meest beschreven functies van AURKA zijn gerelateerd aan mitose progressie, centrosoom maturatie en vorming van de mitotische spoelfiguur. Ook hier wordt de betrokkenheid
van AURKA bij de mitose bevestigd. Zowel knockdown als inhibitie van AURKA leidt tot
significante perturbatie van celcyclus en mitose gerelateerde genen (tabel5.4). Significante
aanrijking voor celcylcus gerelateerde functies is echter vooral aanwezig in opgereguleerde genen na AURKA KD terwijl deze functies vooral aangerijkt zijn in downgereguleerde genen na
AURKA inhibitie. In de context van colorectale kanker springen onder andere TPX2,PLK1
en CTNNB1 in het oog aangezien deze genen reeds gekend zijn als mogelijke drivers voor deze
aandoening. TPX2 interageert rechtstreeks met AURKA en leidt tot activatie. PLK1 is ook
een centrosoom gerelateerde kinase en mutaties in CTNNB1 (catenin-beta) worden gezien als
een van de eerste gebeurtenissen in colorectale ontwikkeling.
Celadhesie en -migratie
Naast mitose komen ook celadhesie en -migratie naar voor als sterk geperturbeerde functies
na AURKA KD maar niet na AURKA inhibitie. In een minder conservatieve differentiële gen41
Hoofdstuk 5. Discussie
Tabel 5.2: Overzicht van geperturbeerde genen die betrokken in mitose, celcyclus en kinase activiteit
Up na AURKA KD
ACTG1, ATAD3B, CCNB1, CCND1, CDC20, CDK2, CDK6, CDKN3, CKS1B, CTNNB1, GTSE1,
HSPB1, IGF2, KIF11, KRT18, LAMC1, MAPRE1, MKI67, NCAPD2, NOS2, NOTCH1, PLK1, PTP4A1,
RAC1, RACGAP1, TPX2, USH1C, WEE1, YWHAZ
Down na AURKA KD
ACTR2, AHR, ARF3, AURKA, B4GALT4, CDK19, CUL4A, DICER1, DUSP5, FGD4, GFPT1, HS6ST2,
KIF21A, KRAS, LPGAT1, MGAT1, MST4, NEK9, NFKB2, PIGO, PIK3CB, RGS2, SAT1, SKP2,
SLC7A5, SPTBN1, THRAP3, TOP1, TTN, TWF1
Up na AURKA inhibitie
ABCC2, ABCC3, ACSL5, ACSS2, CKB, ERBB3, ID, KDM3A, LPP, LRP1, MDM2, MYH14, MYO1A,
NDRG1, NUDT4, PLEC, SORBS1, TACC2, TTN, TULP4
Down na AURKA inhibitie
BCCIP, BLMH, CACYBP, CAPN2, CCT2, CCT4, CCT5, CCT6A, CCT7, CYCS, DDX46, DHFR,
EIF4A1, EIF5B, FKBP4, GNL2, H2AFZ, HDAC2, HMGB1, HSP90AA1, HSP90AB1, HSP90B1, HSPA5,
HSPA8, HSPD1, HSPE1, HSPH1, ID, KRT18, KRT8, KTN1, MCM4, MCM6, MCM7, METAP2, NAA15,
NASP, NCL, NPM1, PARP1, PEG10, PSMA4, PSMA7, PSMC1, PSMC3, PSMC4, PSMD2, RANBP1,
RCC1, RRM1, SMC2, SMC3, SMC4, SMC6, SSB, TCP1, TLN1, TUBB, XRCC5, XRCC6, ZWINT
set na AURKA inhibitie komen deze functies echter wel naar voor. Downgereguleerde genen
betrokken bij celadhesie blijken bovendien te zijn aangerijkt aan genen met een fibronectine
domein. Functionele assays brachten AURKA onlangs in verband met celadhesie en -migratie
in eierstokkanker en colorectale kanker (Do et al., 2014; Ratushny et al., 2012) en met invasie
in colorectale kanker (Sillars-Hardebol et al., 2012). Bovendien werd recent opgemerkt dat de
oncogene aard van AURKA niet noodzakelijk exclusief gelinkt is aan mitotische en proliferatieve effecten. AURKA wordt namelijk geassocieerd met een slechte prognose in colorectale
kanker lever metastase en deze prognostische waarde is onafhankelijk van antiproliferatieve
behandeling.(Goos et al., 2013) De rol van AURKA in celadhesie en -migratie is dus mogelijks
een interessante piste om verder te onderzoeken.
Tabel 5.3: Overzicht van geperturbeerde genen die betrokken in celadhesie
Up na AURKA KD
ABCB1, ACTG1, AMOTL2, CHD7, COL12A1, CTNNB1, EPHB2, ITGA7, LAMC1, MTSS1, NOTCH1,
OLR1, PTK7, PVRL1, PVRL3, RAC1, TGFBI, TROAP, YES1
Down na AURKA KD
CLDN2, FN1, FNDC3A, HABP2, IL2RG, LAMC2, NEO1, PIK3CB, TTN
Apoptose
42
Hoofdstuk 5. Discussie
Een algemeen kenmerk van kankercellen is het ontwijken van apoptose wat de cellen in kwestie
onsterfelijk maakt. Alhoewel er zowel na AURKA KD als inhibitie apoptose gerelateerde
genen aanwezig zijn, zijn apoptose gerelateerde termen niet significant aangerijkt in op- of
neergereguleerde genen.
Tabel 5.4: Overzicht van geperturbeerde genen die betrokken in apoptose
Up na AURKA KD
AXIN2, CTNNB1, DYRK2, HIPK3, HSPA5, HSPB1, IGF2, KRT18, MSX2, NOTCH1, OLR1, RAC1,
SLK, STK17B, TNFRSF19, YWHAZ
Down na AURKA KD
AHR, ALB, ASPH, BCL2L1, CUL4A, FGD4, KRAS, MMD, MST4, MYD88, PEG10, SKP2, TMEM123,
TNFRSF11B, TOP1
Up na AURKA inhibitie
ANXA4, ERBB3, PRODH, SLC11A2, SOX4
Down na AURKA inhibitie
CLPTM1L, CSE1L, CYCS, HMGB1, HSP90B1, HSPA5, HSPD1, HSPE1, KRT18, KRT8, NPM1, PDCD5,
PEG10, TUBB, XRCC5
Colorectale kanker en Wnt signaling
Clustering van genen na AURKA knockdown leverde ook een annotatiecluster op van 10 genen
(AXIN2, CTNNB1, CCND1, FLNA, NXN, PRKCSH, PPP2R1B, RAC1, RNF40, ZFHX3)
die geassocieerd worden met colorectale kanker, Wnt signalisatie en endometrische kanker.
Dit is eerder contra-intuı̈tief aangezien downregulatie van een oncogen resulteert in opregulatie van andere oncogenen. Verschillende auteurs vermelden bovendien een positief effect
van AURKA op beta catenin proteı̈ne expressie door inactivatie van GSK3 wat leidt tot beta
catenin accumulatie (Dar et al., 2009; Xia et al., 2013). Een mogelijke verklaring op transcriptioneel niveau is dat CTNNB1 transcriptie wordt opgedreven om het verlies aan beta
catenin op proteı̈ne niveau te compenseren. Beta catenin zou echter in samenwerking met
TCF4 binden op zijn eigen promoter om transcriptie op te drijven zodat verlies aan beta
catenin niet zou leiden tot opregulatie van het gen (Bandapalli & Dihlmann, 2009). Het is
echter wel mogelijk dat naast deze vorm autoregulatie er nog andere vormen bestaan van
transcriptionele regulatie van CTNNB1.
5.3
Differentiële splicing
Differentiële splicing analyse suggereert dat AURKA inderdaad invloed heeft op alternatieve
splicing. Deze effecten zijn echter zeer discreet gezien de lage log2 fold change waarden van
significant differentiële exonen en het klein aantal significante splicing events (57 na AURKA
43
Hoofdstuk 5. Discussie
knockdown en 76 na AURKA inhibitie). Bovendien is ook hier zeer weinig overlap tussen geaffecteerde genen na AURKA knockdown en na AURKA inhibitie. Slechts 1 gen (EEF1A1P5)
vertoont differentieel exon gebruik in beide analyses. Dit benadrukt opnieuw het verschillend
effect van beide behandelingen. De hierna volgende discussie en interpretatie met betrekking
tot differentieel exon gebruik zijn dus helemaal niet conservatief en eerder speculatief van
aard en het wordt ten sterkste aangeraden om de differentiële exon events te valideren met
qPCR.
Functionele clusteringsanalyse identificeerde verschillende al dan niet signifcant aangerijkte
clusters met termen gelinkt aan gekende AURKA functies zoals cytoskelet, kinase activiteit
en celadhesie. Ook kwamen voor beide behandelingen apoptose gerelateerde genen naar voor
uit deze analyse (INS, IGF2, KRT8, RPS3, TOP1, KRAS, ERBB3 na AURKA inhibitie en
ACTN4, CUL4A, DYRK2, HMGB1 na AURKA knockdown). Recent werd een link gelegd
tussen de AURKA, celcyclus controle, alternatieve splicing en apoptose regulatie (Wang &
Silver, 2010). AURKA overexpressie werd geassocieerd met anti-apoptose isoformen en knockdown van AURKA veroorzaakte een shift naar pro-apoptose isoformen waaronder Bclx-S en
Mcl1-S gevolgd door mitotische arrest. Voor deze genen werd echter geen differentieel exon
gebruik gedetecteerd.
Genen met differentiële exonen na AURKA inhibitie vertonen een sterke aanrijking in ribosoom en translatie gerelateerde termen. Alternatieve splicing van mRNAs die coderen voor
ribosomale proteı̈nen.
Na beide behandelingen vertonen ook genen met een rol in proteı̈ne transport differentieel
exon gebruik.
44
Hoofdstuk 6
Conclusies
In dit werk werd een peptide identificatie strategie ontwikkelt op basis van RNA-seq data en
tandem massaspectrometrie. De pipeline combineert publiek beschikbare software en custom
perl scripts en is eenvoudig implementeerbaar. Het stelt de gebuiker in staat om in korte tijd
custom proteı̈ne databases aan te maken op basis van RNA-seq data. De custom database
kan vervolgens gebruikt worden om peptiden en proteı̈nen te identificeren in MS data.
Op deze manier werden in LC-MS/MS data van Caco2 celoppervlak proteı̈nen 9 peptiden
geı̈dentificeerd die afkomstig zijn van gekende missense mutaties die niet aanwezig zijn in publieke proteı̈ne databases. Bovendien werden ook X peptiden ontdekt afkomstig van upstream
open reading frames en 3 peptiden die afkomstig zijn van staalspecifieke en niet gekende alternatieve isoformen van HEG1, PREP en CACNA2D4. De peptide sequentie van HEG1 komt
overeen met een computationeel voorspelde proteı̈ne variant van HEG1. Voor de peptiden
afkomstig van PREP en CACNA2D4 werd geen noemenswaardige sequentieoverlap gevonden. Deze bevindingen bevestigen het potentieel van de strategie om staalspecifieke proteı̈ne
varianten op te pikken.
Alhoewel er weinig additionele peptiden werden gedetecteerd in vergelijking met peptide identificatie op basis van publieke databases, is het gebruik van RNA-seq gebaseerde databases
desalniettenmin de enige manier om staalspecifieke varianten op te pikken en wordt het aangeraden als complementaire methode naast het gebruik van publieke databases.
Differentiële expressie analyse na AURKA knockdown en inhibitie bevestigt de algemeen gekende rol van AURKA in de celcyclus en tijdens mitose. Bovendien lijkt AURKA ook een
significant effect te hebben op mRNA expressie van celadhesie gerelateerde proteı̈nen. Ook
angiogenese komt naar voor als potentieel geperturbeerde functie. Zo is METAP2 één van de
sterkst neergereguleerde genen na AURKA knockdown en is deze neerregulatie ook significant
na AURKA inhibitie. In opgereguleerde genen na AURKA knockdown zijn ook enkele genen
45
Hoofdstuk 6. Conclusies
aanwezig die geassocieerd worden met colorectale kanker en de Wnt pathway zoals AXIN2,
CTNNB1.
De effecten op transcriptioneel niveau zijn echter niet zeer uitgesproken gezien de relatief lage
log2 fold change waarden. Dit kan echter het gevolg zijn van residueel AURKA na AURKA
knockdown en van residuele kinase activiteit na AURKA inhibitie. AURKA inhibitie vertoonde de kleinste effecten op transcriptie met lagere log2 fold change waarden en minder
significant differentiële genen dan AURKA knockdown.
Er is slechts een kleine overlap tussen differentiële genen na AURKA knockdown en differentiële genen na AURKA inhibitie. Dit suggereert dat beide behandelingen een verschillend
effect hebben. Dit kan enerzijds te wijten zijn aan een dosage effect van AURKA kinase activiteit maar anderszijds kan dit ook veroorzaakt worden door niet kinase gerelateerde functies
van AURKA.
Alhoewel er uit de differentiële splicing analyse na AURKA knockdown en inhibitie enkele
alternatieve splicing events naar voor komen lijken de effecten van de AURKA behandelingen klein gezien de lage log2fold change waarden en het klein aantal gedetecteerde splicing
events. Ook hier is er practisch geen overlap tussen significante splicing events na AURKA
knockdown en splicing events na AURKA inhibitie.
AURKA inhibitie vertoont vooral differentiële splicing in mRNA van ribosomale genen. Na
AURKA knockdown zijn vooral cytoskelet gerelateerde genen geaffecteerd door alternatieve
splicing. In beide behandelingen komen ook genen naar voor die betrokken zijn in proteı̈ne
transport.
46
Hoofdstuk 7
Aanbevelingen
Momenteel is het perl script die werd geschreven statisch van aard in die zin dat er door de
gebruiker geen opties kunnen worden meegegeven. Het script zou verder ontwikkelt kunnen
worden om interactief gebruik mogelijk te maken. Zo zou het onder andere interessant zijn
om de gebruiker toe te laten een cut-off waarde mee te geven voor de te incorporeren SNPs.
Beslissingscriteria over hoe het script moet omgaan met monoallelische varianten en INDELs
zouden ook door de gebruiker moeten kunnen worden meegegeven.
Wanneer peptiden die uniek zijn voor de custom database geı̈dentificeerd zijn wordt semiautomatisch nagegaan of het hier effectief om staalspecifieke peptiden gaat. Dit proces zou
ook geautomatiseerd kunnen worden om de downstream analyse te versnellen. Incorporatie
van geautomatiseerd blasten van deze peptiden zou ook een verbetering zijn.
Om de pipeline ter beschikking te stellen van een groter publiek zou het interessant zijn om
een web interface of een Galaxy wrapper te maken die de gebruiker eenvoudig in staat stelt
om de pipeline te gebruiken.
Alhoewel differentiële expressie analyse op RNA-seq data algemeen betrouwbare resultaten
oplevert is het aangewezen om enkele interessante targets te valideren met qPCR. In het geval
van de AURKA behandelingen zouden bijvoorbeeld CTNNB1, AXIN2, BCL2L1, METAP2
en enkele celadhesie gerelateerde genen kunnen gevalideerd worden. Dit zou ook moeten gebeuren voor enkele genen die differentiële splicing vertonen.
47
Hoofdstuk 7. Aanbevelingen
48
Bijlage A
Bijlage
A.1
Perl script die SNPs (VCF file) toevoegd aan transcripten
(fasta file)
#! / u s r / b i n / p e r l
#
#
#
#
SNPs t o t r a n s c r i p t s
This s c r i p t i n s e r t s v a r i a n t s
use
use
use
use
use
strict ;
warnings ;
Term : : ANSIColor ;
Bio : : SeqIO ;
Bio : : P e r l ;
usage :
my $ i n
my
my
my
my
my
my
my
my
my
my
perl
f r o m a VCF f i l e
snpsToTranz . p l
into a
transcripts . fa
= Bio : : SeqIO−>new(− f i l e => ”$ARGV [ 0 ] ”
,
fasta
file
generated
with
var . f l t . v c f
’−f o r m a t ’ => ’ f a s t a ’ ) ;
$ o l d c h r o m =0;
%pos =() ;
%r e f =() ;
%snp =() ;
$ c =0;
$d =0;
@exstart ;
@exstop ;
@segstart ;
@segstop ;
while ( my $ s e q = $ i n −>n e x t s e q ( )
){
#p a r s e e a c h h e a d e r and e x t r a c t t h e l o c u s , e x o n s s t a r t s t o p en s e g m e n t s t a r t
i f ( $ s e q−>d e s c =˜ / l o c : ( . ∗ ? ) \ | ( . ∗ ? ) − ( . ∗ ? ) \ | ( . ) e x o n s : ( . ∗ ? ) s e g s : ( . ∗ ) / g ) {
my
my
my
my
my
my
my
my
my
my
my
if
$chromo=$1 ; #chrom number
$ g e n e s t a r t=$2 ; #g e n e s t a r t
$ g e n e s t o p=$3 ;
#g e n e s t o p
$ s t r a n d=$4 ;
$ s e q u e n c e=$ s e q−>s e q ;
$ i d=$ s e q−>i d ;
@exstart ;
@exstop ;
@segstart ;
@segstop ;
$ d e s c=$ s e q−>d e s c ;
( $chromo ne $ o l d c h r o m ) {
p r i n t ”new chrom i s
” . $chromo . ” \n” ;
49
stop
gffread
Bijlage A. Bijlage
&makeSNPhash ( $chromo ) ;
};
open (OUTFILE , ’>>report MUTS . t x t ’ ) ;
p r i n t OUTFILE ” \n” . $ i d . ” ” . $ d e s c . ” \n” ;
c l o s e (OUTFILE) ;
my ( @exons ) = s p l i t / , / , $5 ; #p a r s e e x o n s
f o r my $ e l e m ( @exons ) {
my ( $ e x t a r t , $ e x t o p ) = s p l i t ”−” , $ e l e m ;
push ( @ e x s t a r t , $ e x t a r t ) ;
#s t o r e s t a r t and s t o p s
push ( @exstop , $ e x t o p ) ;
}
of
each exon
my ( @segs ) = s p l i t / , / , $6 ;
# same f o r t h e s e g m e n t s
#
i f ( $4 e q ”−”){ @ s e g s= r e v e r s e ( @ s e g s ) ; }
f o r my $ e l e m ( @segs ) {
my ( $ s e g t a r t , $ s e g t o p ) = s p l i t ”−” , $ e l e m ;
push ( @ s e g s t a r t , $ s e g t a r t ) ;
push ( @ s e g s t o p , $ s e g t o p ) ;
}
my $ t o t a l E x o n s = $#e x o n s ;
my $ b o o l e a n =0;
if
#b o o l
to
p r i n t SNP a d d e d
if
necessary
( $ s t r a n d eq ”+” ) {
#my $ t o t a l S N P s =0;
f o r (my $ i=$ t o t a l E x o n s ;
$ i >= 0 ; $ i −−){
my @ f i l t e r e d k e y s = grep { $ > $ e x s t a r t [ $ i ] and $ < $ e x s t o p [ $ i ] } keys %pos ;
my @ s o r t e d k e y s = s o r t { $b <=> $a } @ f i l t e r e d k e y s ;
i f ( @ f i l t e r e d k e y s ) { $ b o o l e a n =1} ;
foreach ( @ s o r t e d k e y s ) {
#p r i n t ” r e f ” . $ r e f { $ } . ” op p o s ” . $ p o s { $ } . ” s u b s d o o r ” . $ s n p { $ } . ” \ n ” ;
my $ p o s= $ p o s { $ }− $ e x s t a r t [ $ i ]+ $ s e g s t a r t [ $ i ] − 1 ;
substr ( $ s e q u e n c e , $pos , length ( $ r e f { $ } ) , $snp { $ } ) ;
open (OUTFILE , ’>>report MUTS . t x t ’ ) ;
p r i n t OUTFILE ”SNP from ” . $ r e f { $ } . ” t o ” . $snp { $ } . ” on p o s ” . $ p o s . ” and
v c f p o s i s ” . $ . ” \n” ;
c l o s e (OUTFILE) ;
}
#$ t o t a l S N P s=$ t o t a l S N P s+ l e n g t h ( @ f i l t e r e d k e y s ) ;
undef @ f i l t e r e d k e y s ;
undef @ s o r t e d k e y s ;
}
open (MYFILE,
’>>MUTS. f a ’ ) ; #p r i n t
to
file
if
( $ b o o l e a n ) { p r i n t MYFILE ”>$ i d $ d e s c SNPS added \ n $ s e q u e n c e \n” ; }
e l s e { p r i n t MYFILE ”>$ i d $ d e s c \ n $ s e q u e n c e \n” ; }
c l o s e (MYFILE) ;
$ b o o l e a n =0;
}
if
( $ s t r a n d eq ”−” ) {
f o r (my $ i =0; $ i <= $ t o t a l E x o n s ; $ i ++){
my @ f i l t e r e d k e y s = grep { $ > $ e x s t a r t [ $ i ] and $ < $ e x s t o p [ $ i ] } keys %pos ;
my @ s o r t e d k e y s = s o r t { $a <=> $b } @ f i l t e r e d k e y s ;
i f ( @ f i l t e r e d k e y s ) { $ b o o l e a n =1} ;
foreach ( @ s o r t e d k e y s ) {
#p r i n t ” r e f ” . $ r e f { $ } . ” op p o s ” . $ p o s { $ } . ” s u b s d o o r ” . $ s n p { $ } . ” \ n ” ;
my $ s e g i n d e x=$ t o t a l E x o n s −$ i ;
my $ s e q r = $snp { $ } ;
$ s e q r =˜ t r /atcgATCG/tagcTAGC / ;
my $ r e v c o m = r e v e rs e ( $ s e q r ) ;
my $ s e q u = $ r e f { $ } ;
$ s e q u =˜ t r /atcgATCG/tagcTAGC / ;
my $ r e f c o m = r e v e rs e ( $ s e q u ) ;
my $ p o s= $ e x s t o p [ $ i ] − $ p o s { $ } + $ s e g s t a r t [ $ s e g i n d e x ] − 1 ;
50
Bijlage A. Bijlage
substr ( $ s e q u e n c e , $pos , length ( $ r e f { $ } ) , $ r e v c o m ) ;
open (OUTFILE , ’>>report MUTS . t x t ’ ) ;
p r i n t OUTFILE ”SNP from ” . $ r e f c o m . ” t o ” . $ r e v c o m . ” on p o s ” . $ p o s . ” and
v c f p o s i s ” . $ . ” \n” ;
c l o s e (OUTFILE) ;
}
undef @ f i l t e r e d k e y s ;
}
open (MYFILE, ’>>MUTS. f a ’ ) ; #p r i n t
to
file
( $ b o o l e a n ) { p r i n t MYFILE ”>$ i d $ d e s c SNPS added \ n $ s e q u e n c e \n” ; }
e l s e { p r i n t MYFILE ”>$ i d $ d e s c \ n $ s e q u e n c e \n” ; }
if
c l o s e (MYFILE) ;
}
$ o l d c h r o m=$chromo ;
}
}
#S u b r o u t i n e s
# f o r e a c h chrom we make a 3 h a s h e s ( p o s i t i o n ,
# key i s always the v a r i a n t s p o s i t i o n
reference
base ,
variant
base ) ,
sub makeSNPhash
{
undef %pos ;
undef %r e f ;
undef %snp ;
open ( FILE , ”$ARGV [ 1 ] ” ) ;
while (<FILE>) {
chomp $ ;
my @columns = s p l i t ( ’ \ t ’ ) ;
if
( $ c ol u m n s [ 0 ]
eq $ [ 0 ]
){
@pos{ $ c ol u m ns [ 1 ] } = $ c o lu m n s [ 1 ] ;
@ r e f { $ c ol u m ns [ 1 ] } = $ c o lu m n s [ 3 ] ;
@snp{ $ c ol u m ns [ 1 ] } = $ c o lu m n s [ 4 ] ;
}
}
my $ s i z e = keys %pos ;
p r i n t ”my hash s i z e o f chrom ” . $ [ 0 ] . ”
c l o s e ( FILE ) ;
}
exit ;
is
” . $ s i z e . ” \n” ;
51
Bijlage A. Bijlage
A.2
Significant differentiële genen na AURKA knockdown
ENSG id
ENSG00000127022
ENSG00000111142
ENSG00000152558
ENSG00000135862
ENSG00000103257
ENSG00000109084
ENSG00000103018
ENSG00000127184
ENSG00000087586
ENSG00000167244
ENSG00000121578
ENSG00000100697
ENSG00000164761
ENSG00000163110
ENSG00000152601
ENSG00000082516
ENSG00000213593
ENSG00000109686
ENSG00000112414
ENSG00000166851
ENSG00000115762
ENSG00000188042
ENSG00000128567
ENSG00000029993
ENSG00000125844
ENSG00000081051
ENSG00000106546
ENSG00000183283
ENSG00000213390
ENSG00000133703
ENSG00000196937
ENSG00000127334
ENSG00000115306
ENSG00000139116
ENSG00000085449
ENSG00000140465
ENSG00000204335
ENSG00000149657
ENSG00000148702
ENSG00000104870
ENSG00000168646
ENSG00000136238
ENSG00000113368
ENSG00000161800
ENSG00000081479
ENSG00000155380
ENSG00000169908
ENSG00000127314
ENSG00000110108
ENSG00000189060
ENSG00000176853
ENSG00000088325
ENSG00000110092
ENSG00000112245
ENSG00000139842
ENSG00000171055
ENSG00000108960
ENSG00000072364
ENSG00000168036
ENSG00000171316
ENSG00000054793
ENSG00000174695
ENSG00000154978
ENSG00000164466
ENSG00000173207
ENSG00000139146
ENSG00000105810
ENSG00000064651
ENSG00000152291
ENSG00000198363
ENSG00000141449
baseMean
15904.26
2051.32
5285.72
9053.64
8845.26
4807.92
4776.26
2880.79
2373.36
13481.36
1085.52
3193.48
845.61
2525.00
1874.52
1156.71
1592.01
1387.84
3910.53
2637.58
3392.43
486.91
2177.82
1112.46
16998.91
2164.02
1935.39
3579.97
663.19
1410.78
944.94
979.65
23781.73
2265.34
2731.19
2530.95
347.36
1742.59
309.99
1746.40
832.57
2248.92
2652.01
2794.58
5458.60
2285.52
2631.53
1102.46
937.49
6678.44
1561.57
7696.08
3056.08
4227.71
1962.39
463.73
549.18
2528.06
1872.88
2597.19
3711.04
2337.89
720.00
1680.41
1351.11
2571.23
2289.15
1246.96
5773.53
4136.46
1175.19
log2FoldChange
-0.80949
-1.08574
-0.83553
0.64441
-0.59010
0.70869
0.58559
-0.62396
-1.86432
0.42838
-0.85835
-0.53229
-0.87051
-0.55193
0.65830
0.75438
-0.62782
0.69424
-0.45122
0.52498
-0.46046
0.99924
0.53009
-0.68798
0.32620
-0.54186
-0.54775
-0.43241
0.84967
-0.62731
-0.70798
0.74139
-0.31590
-0.49111
0.85826
-0.47887
1.04686
-0.54975
-1.08605
0.51656
0.71237
0.49859
0.46796
0.43725
0.38014
0.49243
-0.44425
0.59556
-1.23715
-0.33526
-0.50704
0.33438
0.39292
0.40054
-0.45998
-0.86270
-0.76037
-0.42744
0.47631
0.41640
0.36548
-0.41278
-0.69297
0.49708
0.50797
-0.40398
0.41606
0.51746
0.31155
-0.34256
-0.52886
lfcSE
0.058028
0.088253
0.073326
0.061448
0.060995
0.074232
0.072263
0.081182
0.248433
0.059201
0.121928
0.075793
0.125425
0.080951
0.099424
0.115023
0.096126
0.106754
0.070941
0.083198
0.073673
0.160450
0.085451
0.111227
0.052763
0.090387
0.091430
0.072396
0.142121
0.105395
0.119229
0.125123
0.055080
0.085568
0.150091
0.084756
0.185195
0.097464
0.194927
0.092828
0.128361
0.090831
0.085352
0.081448
0.071265
0.092477
0.083382
0.112243
0.235366
0.063874
0.097054
0.064324
0.076045
0.077590
0.089757
0.168892
0.149675
0.084761
0.094577
0.083553
0.073439
0.082959
0.139389
0.100359
0.102631
0.081861
0.084525
0.106059
0.063941
0.070331
0.108757
52
stat
-13.9500
-12.3026
-11.3948
10.4870
-9.6746
9.5469
8.1037
-7.6860
-7.5043
7.2360
-7.0399
-7.0229
-6.9405
-6.8180
6.6211
6.5585
-6.5312
6.5032
-6.3605
6.3101
-6.2500
6.2277
6.2034
-6.1854
6.1824
-5.9949
-5.9909
-5.9729
5.9785
-5.9519
-5.9380
5.9253
-5.7352
-5.7394
5.7183
-5.6499
5.6527
-5.6405
-5.5716
5.5647
5.5497
5.4892
5.4827
5.3684
5.3341
5.3249
-5.3278
5.3060
-5.2563
-5.2487
-5.2243
5.1983
5.1669
5.1623
-5.1247
-5.1080
-5.0802
-5.0429
5.0362
4.9837
4.9766
-4.9757
-4.9715
4.9531
4.9494
-4.9350
4.9223
4.8789
4.8725
-4.8706
-4.8628
pvalue
3.1459e-44
8.7671e-35
4.4363e-30
9.9084e-26
3.8673e-22
1.3367e-21
5.3332e-16
1.5185e-14
6.1745e-14
4.6213e-13
1.9243e-12
2.1731e-12
3.9081e-12
9.2285e-12
3.5657e-11
5.4347e-11
6.5243e-11
7.8642e-11
2.0110e-10
2.7892e-10
4.1037e-10
4.7318e-10
5.5244e-10
6.1957e-10
6.3131e-10
2.0358e-09
2.0863e-09
2.3309e-09
2.2526e-09
2.6499e-09
2.8855e-09
3.1171e-09
9.7401e-09
9.4996e-09
1.0760e-08
1.6050e-08
1.5791e-08
1.6952e-08
2.5242e-08
2.6263e-08
2.8608e-08
4.0376e-08
4.1891e-08
7.9421e-08
9.6001e-08
1.0102e-07
9.9382e-08
1.1206e-07
1.4699e-07
1.5319e-07
1.7478e-07
2.0107e-07
2.3797e-07
2.4396e-07
2.9797e-07
3.2557e-07
3.7712e-07
4.5862e-07
4.7489e-07
6.2374e-07
6.4707e-07
6.5008e-07
6.6445e-07
7.3051e-07
7.4431e-07
8.0171e-07
8.5547e-07
1.0665e-06
1.1018e-06
1.1124e-06
1.1575e-06
padj
2.5938e-40
3.6142e-31
1.2192e-26
2.0424e-22
6.3771e-19
1.8369e-18
6.2817e-13
1.5650e-11
5.6566e-11
3.8103e-10
1.4423e-09
1.4931e-09
2.4787e-09
5.4349e-09
1.9599e-08
2.8005e-08
3.1643e-08
3.6023e-08
8.7268e-08
1.1498e-07
1.6112e-07
1.7734e-07
1.9804e-07
2.0820e-07
2.0820e-07
6.3709e-07
6.3709e-07
6.6269e-07
6.6269e-07
7.2829e-07
7.6746e-07
8.0315e-07
2.3620e-06
2.3620e-06
2.5347e-06
3.5765e-06
3.5765e-06
3.6781e-06
5.3364e-06
5.4134e-06
5.7530e-06
7.9262e-06
8.0324e-06
1.4882e-05
1.7590e-05
1.7721e-05
1.7721e-05
1.9248e-05
2.4733e-05
2.5260e-05
2.8256e-05
3.1881e-05
3.7020e-05
3.7250e-05
4.4669e-05
4.7934e-05
5.4550e-05
6.5195e-05
6.6364e-05
8.5712e-05
8.6450e-05
8.6450e-05
8.6959e-05
9.4110e-05
9.4413e-05
1.0015e-04
1.0527e-04
1.2932e-04
1.3102e-04
1.3102e-04
1.3442e-04
Gene
CANX
METAP2
TMEM123
LAMC1
SLC7A5
TMEM97
CYB5B
COX7C
AURKA
IGF2
B4GALT4
DICER1
TNFRSF11B
PDLIM5
MBNL1
GEMIN5
TMX2
SH3D19
GPR126
PLK1
PLEKHB2
ARL4C
PODXL
HMGB3
RRBP1
AFP
AHR
DAZAP2
ARHGAP19
KRAS
FAM3C
DYRK2
SPTBN1
KIF21A
WDFY1
CYP1A1
SP5
LSM14B
HABP2
FCGRT
AXIN2
RAC1
LMNB1
RACGAP1
LRP2
SLC16A1
TM4SF1
RAP1B
TMEM109
H1F0
FAM91A1
TPX2
CCND1
PTP4A1
CUL4A
FEZ2
MMD
AFF4
CTNNB1
CHD7
ATP9A
TMEM167A
VOPP1
SFXN1
CKS1B
FAM60A
CDK6
SLC12A2
TGOLN2
ASPH
GREB1L
dir
down
down
down
up
down
up
up
down
down
up
down
down
down
down
up
up
down
up
down
up
down
up
up
down
up
down
down
down
up
down
down
up
down
down
up
down
up
down
down
up
up
up
up
up
up
up
down
up
down
down
down
up
up
up
down
down
down
down
up
up
up
down
down
up
up
down
up
up
up
down
down
Bijlage A. Bijlage
ENSG00000185787
ENSG00000181061
ENSG00000100410
ENSG00000010292
ENSG00000242265
ENSG00000134287
ENSG00000132669
ENSG00000112984
ENSG00000230989
ENSG00000089154
ENSG00000163251
ENSG00000123684
ENSG00000085563
ENSG00000086548
ENSG00000184009
ENSG00000110422
ENSG00000162878
ENSG00000177707
ENSG00000155657
ENSG00000149218
ENSG00000138071
ENSG00000013588
ENSG00000197694
ENSG00000006611
ENSG00000155111
ENSG00000183779
ENSG00000171004
ENSG00000081320
ENSG00000059804
ENSG00000196227
ENSG00000198380
ENSG00000183741
ENSG00000115339
ENSG00000183734
ENSG00000001629
ENSG00000240849
ENSG00000008282
ENSG00000114019
ENSG00000164300
ENSG00000014123
ENSG00000077147
ENSG00000174839
ENSG00000074527
ENSG00000110880
ENSG00000145604
ENSG00000169894
ENSG00000136051
ENSG00000159792
ENSG00000136111
ENSG00000005893
ENSG00000112655
ENSG00000163631
ENSG00000076770
ENSG00000100526
ENSG00000123643
ENSG00000138119
ENSG00000137713
ENSG00000102531
ENSG00000101160
ENSG00000134193
ENSG00000066777
ENSG00000180182
ENSG00000196924
ENSG00000171617
ENSG00000055483
ENSG00000174780
ENSG00000183579
ENSG00000155465
ENSG00000101935
ENSG00000198900
ENSG00000206053
ENSG00000007171
ENSG00000117399
ENSG00000149591
ENSG00000143164
3212.84
2223.23
567.30
6761.77
12243.64
2707.43
757.21
2529.33
1764.84
6376.12
2965.27
2293.65
1478.46
1054.96
31973.91
1793.78
2536.98
1102.02
2085.83
2594.60
7613.62
4878.02
10986.50
2740.79
500.93
624.75
1023.25
1297.93
19600.29
1351.25
3220.22
863.82
1639.78
342.78
1017.24
456.12
1456.07
2641.95
1314.35
761.09
7169.47
282.04
617.62
3995.91
3481.52
340.99
1615.79
1016.21
643.97
1657.24
1933.73
500.83
1514.36
536.46
1086.38
3732.49
2579.56
1582.55
1983.40
337.28
1448.93
1985.66
12297.28
2780.21
1406.97
2537.04
818.54
4889.97
594.07
5058.40
2923.92
1089.85
2240.58
1478.52
1317.35
-0.36208
-0.40796
-0.69716
0.30562
-0.25948
-0.36995
0.60605
0.38960
-0.42396
0.28900
-0.38277
-0.38732
0.45346
-0.51796
0.22485
0.42374
0.37363
0.52317
-0.40041
0.36020
-0.26784
-0.29855
-0.25435
0.35388
-0.71664
0.62199
-0.49882
0.46943
0.23386
-0.44356
-0.35317
0.52864
0.42720
0.79889
-0.49149
0.69373
0.44536
0.33618
0.45226
-0.55323
-0.25360
-0.87839
0.60267
-0.31030
-0.30316
-0.79614
-0.39680
0.49344
0.58455
0.40040
0.36782
-0.63219
0.41072
0.65419
-0.51065
-0.28843
0.32423
-0.38372
-0.35555
-0.74570
-0.40039
-0.35194
0.22803
0.31053
0.39658
-0.31802
0.49705
-0.26466
-0.58130
-0.26257
0.30231
0.44136
0.32931
0.39181
-0.40620
0.074699
0.085074
0.147062
0.064616
0.055102
0.078959
0.130038
0.084333
0.091776
0.062734
0.083251
0.084364
0.099696
0.114042
0.049521
0.093526
0.082950
0.116277
0.089137
0.080267
0.059748
0.066718
0.056999
0.079374
0.161471
0.141199
0.113918
0.107890
0.053953
0.102619
0.081867
0.122838
0.099428
0.186468
0.115187
0.162536
0.105480
0.079633
0.107732
0.131907
0.060554
0.210165
0.144467
0.074514
0.072982
0.192101
0.096400
0.119938
0.142152
0.097477
0.089958
0.155726
0.101438
0.161432
0.126121
0.071512
0.080522
0.095698
0.088875
0.186556
0.100575
0.088754
0.057502
0.078525
0.100363
0.080673
0.126119
0.067435
0.148407
0.067128
0.077430
0.113149
0.084389
0.100670
0.104906
53
-4.8473
-4.7953
-4.7405
4.7298
-4.7091
-4.6853
4.6606
4.6199
-4.6195
4.6067
-4.5977
-4.5911
4.5484
-4.5418
4.5406
4.5308
4.5043
4.4993
-4.4921
4.4876
-4.4829
-4.4749
-4.4623
4.4584
-4.4382
4.4051
-4.3787
4.3510
4.3345
-4.3224
-4.3139
4.3036
4.2966
4.2843
-4.2669
4.2681
4.2223
4.2217
4.1980
-4.1941
-4.1879
-4.1796
4.1717
-4.1644
-4.1540
-4.1444
-4.1162
4.1142
4.1121
4.1076
4.0887
-4.0597
4.0489
4.0524
-4.0489
-4.0334
4.0266
-4.0098
-4.0005
-3.9972
-3.9810
-3.9653
3.9656
3.9545
3.9515
-3.9420
3.9411
-3.9246
-3.9170
-3.9116
3.9042
3.9007
3.9022
3.8920
-3.8720
1.2518e-06
1.6242e-06
2.1315e-06
2.2471e-06
2.4879e-06
2.7957e-06
3.1534e-06
3.8401e-06
3.8458e-06
4.0910e-06
4.2711e-06
4.4089e-06
5.4052e-06
5.5774e-06
5.6101e-06
5.8774e-06
6.6587e-06
6.8163e-06
7.0519e-06
7.2047e-06
7.3636e-06
7.6451e-06
8.1079e-06
8.2575e-06
9.0711e-06
1.0574e-05
1.1937e-05
1.3549e-05
1.4609e-05
1.5435e-05
1.6037e-05
1.6807e-05
1.7347e-05
1.8328e-05
1.9819e-05
1.9712e-05
2.4186e-05
2.4248e-05
2.6929e-05
2.7393e-05
2.8149e-05
2.9208e-05
3.0232e-05
3.1224e-05
3.2678e-05
3.4073e-05
3.8524e-05
3.8861e-05
3.9206e-05
3.9980e-05
4.3375e-05
4.9143e-05
5.1450e-05
5.0686e-05
5.1464e-05
5.4983e-05
5.6581e-05
6.0783e-05
6.3197e-05
6.4097e-05
6.8612e-05
7.3290e-05
7.3219e-05
7.6704e-05
7.7677e-05
8.0789e-05
8.1110e-05
8.6873e-05
8.9674e-05
9.1702e-05
9.4528e-05
9.5932e-05
9.5309e-05
9.9419e-05
1.0793e-04
1.4334e-04
1.8344e-04
2.3749e-04
2.4704e-04
2.6991e-04
2.9935e-04
3.3333e-04
3.9635e-04
3.9635e-04
4.1642e-04
4.2946e-04
4.3796e-04
5.3054e-04
5.3786e-04
5.3786e-04
5.5700e-04
6.2387e-04
6.3147e-04
6.4603e-04
6.5278e-04
6.5992e-04
6.7778e-04
7.1117e-04
7.1666e-04
7.7908e-04
8.9880e-04
1.0043e-03
1.1284e-03
1.2045e-03
1.2600e-03
1.2963e-03
1.3454e-03
1.3753e-03
1.4392e-03
1.5271e-03
1.5271e-03
1.8342e-03
1.8342e-03
2.0185e-03
2.0347e-03
2.0722e-03
2.1312e-03
2.1865e-03
2.2386e-03
2.3226e-03
2.4011e-03
2.6918e-03
2.6925e-03
2.6938e-03
2.7242e-03
2.9314e-03
3.2942e-03
3.3676e-03
3.3676e-03
3.3676e-03
3.5696e-03
3.6446e-03
3.8849e-03
4.0081e-03
4.0342e-03
4.2856e-03
4.5095e-03
4.5095e-03
4.6846e-03
4.7092e-03
4.8460e-03
4.8460e-03
5.1530e-03
5.2812e-03
5.3623e-03
5.4886e-03
5.4928e-03
5.4928e-03
5.6532e-03
6.0952e-03
MORF4L1
HIGD1A
PHF5A
NCAPD2
PEG10
ARF3
RIN2
KIF20A
HSBP1
GCN1L1
FZD5
LPGAT1
ABCB1
CEACAM6
ACTG1
HIPK3
PKDCC
PVRL3
TTN
ENDOD1
ACTR2
GPRC5A
SPTAN1
USH1C
CDK19
ZNF703
HS6ST2
STK17B
SLC2A3
FAM217B
GFPT1
CBX6
GALNT3
ASCL2
ANKIB1
TMEM189
SYPL1
AMOTL2
SERINC5
UFL1
TM9SF3
DENND6A
NTN4
CORO1C
SKP2
MUC3A
KIAA1033
PSKH1
TBC1D4
LAMP2
PTK7
ALB
MBNL3
CDKN3
SLC36A1
MYOF
PPP2R1B
FNDC3A
CTSZ
REG4
ARFGEF1
MED14
FLNA
ENC1
USP36
SRP72
ZNRF3
SLC7A7
AMMECR1
TOP1
HN1L
NOS2
CDC20
TAGLN
DCAF6
down
down
down
up
down
down
up
up
down
up
down
down
up
down
up
up
up
up
down
up
down
down
down
up
down
up
down
up
up
down
down
up
up
up
down
up
up
up
up
down
down
down
up
down
down
down
down
up
up
up
up
down
up
up
down
down
up
down
down
down
down
down
up
up
up
down
up
down
down
down
up
up
up
up
down
Bijlage A. Bijlage
ENSG00000120708
ENSG00000167881
ENSG00000116741
ENSG00000134057
ENSG00000072571
ENSG00000226887
ENSG00000172936
ENSG00000127863
ENSG00000164924
ENSG00000165282
ENSG00000165219
ENSG00000139132
ENSG00000164164
ENSG00000185896
ENSG00000166483
ENSG00000147168
ENSG00000148773
ENSG00000107929
ENSG00000107854
ENSG00000168288
ENSG00000140836
ENSG00000163249
ENSG00000115414
ENSG00000154727
ENSG00000111799
ENSG00000120690
ENSG00000138166
ENSG00000148400
ENSG00000067141
ENSG00000102804
ENSG00000120149
ENSG00000134569
ENSG00000125520
ENSG00000035681
ENSG00000111911
ENSG00000131446
ENSG00000137491
ENSG00000065613
ENSG00000091527
ENSG00000110651
ENSG00000112972
ENSG00000133216
ENSG00000044574
ENSG00000123374
ENSG00000179833
ENSG00000155100
ENSG00000130826
ENSG00000137693
ENSG00000054983
ENSG00000111652
ENSG00000120705
ENSG00000143549
ENSG00000151239
ENSG00000109654
ENSG00000165905
ENSG00000152939
ENSG00000183742
ENSG00000054118
ENSG00000123505
ENSG00000211460
ENSG00000106211
ENSG00000135424
ENSG00000035499
ENSG00000074416
ENSG00000110492
ENSG00000112531
ENSG00000136444
ENSG00000186185
ENSG00000187772
ENSG00000125871
ENSG00000099194
ENSG00000110400
ENSG00000107331
ENSG00000110075
ENSG00000110917
3318.44
1468.45
488.06
4706.42
1216.90
962.25
663.05
660.68
9585.62
851.62
1618.58
851.89
1292.90
3824.49
1146.48
578.36
12098.53
1801.85
1634.78
1409.90
1697.11
1103.28
80416.44
637.66
1371.63
1854.99
357.51
372.40
447.88
1390.69
364.40
608.98
2566.78
886.21
563.16
1829.49
4099.52
2020.99
3481.66
2743.40
5316.08
1106.86
18326.36
784.10
871.99
358.45
2640.84
3501.46
1510.66
1055.11
4591.04
9391.73
4540.02
1606.52
289.32
656.54
2419.45
1898.87
2630.78
2126.27
383.84
648.40
1100.82
544.61
3942.39
1063.50
1847.27
879.98
996.38
802.96
11385.83
1201.34
1042.41
4329.43
4996.59
0.29076
-0.40015
-0.60246
0.27957
0.41169
0.45439
-0.52303
0.54034
0.24301
-0.47586
-0.36825
-0.46534
0.39653
0.26699
0.41233
-0.54701
0.21209
-0.34373
0.35921
-0.37255
0.34697
-0.41399
-0.17561
-0.51394
0.37757
-0.33441
-0.66585
0.65170
-0.59781
0.36775
0.67317
0.51709
0.28940
-0.43443
0.53067
-0.32736
0.25258
0.32871
0.27252
0.27827
0.22922
0.38842
0.19191
0.46758
-0.43770
0.62940
0.27869
0.25193
-0.33732
0.39541
0.25189
-0.20535
-0.23280
-0.32716
0.71432
-0.47255
0.50601
-0.30960
0.28610
0.30560
0.59886
0.47817
0.38704
-0.51373
0.24002
0.42074
0.31720
0.41895
-0.39154
0.44942
0.18842
0.36229
0.40817
0.24279
0.22443
0.075232
0.103650
0.157180
0.073034
0.107713
0.118883
0.137059
0.142011
0.064027
0.125614
0.097675
0.123679
0.105516
0.071061
0.109947
0.145950
0.056649
0.092208
0.096543
0.100156
0.093675
0.111885
0.047582
0.139689
0.103187
0.091383
0.182509
0.179237
0.164581
0.101420
0.185656
0.142615
0.080602
0.121354
0.148188
0.091642
0.070793
0.092797
0.076937
0.078875
0.065219
0.110534
0.054692
0.133219
0.125622
0.180940
0.080281
0.072799
0.097879
0.114626
0.073032
0.059517
0.067545
0.095064
0.207829
0.137576
0.147433
0.090393
0.083553
0.089372
0.175426
0.140077
0.113667
0.150728
0.070435
0.123559
0.093110
0.123245
0.115153
0.132428
0.055583
0.106904
0.120736
0.072017
0.066581
54
3.8648
-3.8606
-3.8329
3.8279
3.8221
3.8222
-3.8161
3.8049
3.7954
-3.7883
-3.7701
-3.7625
3.7580
3.7571
3.7502
-3.7479
3.7439
-3.7278
3.7207
-3.7197
3.7040
-3.7001
-3.6907
-3.6792
3.6591
-3.6594
-3.6483
3.6360
-3.6323
3.6260
3.6259
3.6258
3.5905
-3.5799
3.5811
-3.5722
3.5678
3.5423
3.5421
3.5280
3.5146
3.5141
3.5090
3.5098
-3.4843
3.4785
3.4714
3.4606
-3.4463
3.4495
3.4491
-3.4502
-3.4465
-3.4415
3.4370
-3.4348
3.4322
-3.4250
3.4241
3.4195
3.4137
3.4136
3.4050
-3.4083
3.4076
3.4052
3.4068
3.3993
-3.4002
3.3937
3.3899
3.3890
3.3807
3.3712
3.3709
1.1117e-04
1.1311e-04
1.2664e-04
1.2924e-04
1.3233e-04
1.3229e-04
1.3557e-04
1.4185e-04
1.4740e-04
1.5167e-04
1.6315e-04
1.6825e-04
1.7129e-04
1.7187e-04
1.7668e-04
1.7832e-04
1.8121e-04
1.9319e-04
1.9867e-04
1.9942e-04
2.1222e-04
2.1548e-04
2.2364e-04
2.3396e-04
2.5308e-04
2.5282e-04
2.6397e-04
2.7692e-04
2.8087e-04
2.8784e-04
2.8796e-04
2.8811e-04
3.3009e-04
3.4375e-04
3.4217e-04
3.5401e-04
3.5999e-04
3.9671e-04
3.9688e-04
4.1866e-04
4.4040e-04
4.4130e-04
4.4985e-04
4.4838e-04
4.9350e-04
5.0426e-04
5.1775e-04
5.3890e-04
5.6826e-04
5.6159e-04
5.6256e-04
5.6007e-04
5.6781e-04
5.7853e-04
5.8809e-04
5.9293e-04
5.9878e-04
6.1469e-04
6.1675e-04
6.2741e-04
6.4077e-04
6.4101e-04
6.6155e-04
6.5370e-04
6.5532e-04
6.6125e-04
6.5740e-04
6.7564e-04
6.7348e-04
6.8957e-04
6.9915e-04
7.0158e-04
7.2303e-04
7.4829e-04
7.4929e-04
6.2353e-03
6.3014e-03
7.0077e-03
7.1042e-03
7.1780e-03
7.1780e-03
7.3059e-03
7.5946e-03
7.8406e-03
8.0162e-03
8.5681e-03
8.7799e-03
8.8567e-03
8.8567e-03
9.0478e-03
9.0754e-03
9.1662e-03
9.7124e-03
9.9051e-03
9.9051e-03
1.0478e-02
1.0575e-02
1.0911e-02
1.1347e-02
1.2131e-02
1.2131e-02
1.2581e-02
1.3122e-02
1.3233e-02
1.3345e-02
1.3345e-02
1.3345e-02
1.5204e-02
1.5659e-02
1.5659e-02
1.6037e-02
1.6219e-02
1.7688e-02
1.7688e-02
1.8558e-02
1.9354e-02
1.9354e-02
1.9521e-02
1.9521e-02
2.1303e-02
2.1654e-02
2.2118e-02
2.2903e-02
2.3544e-02
2.3544e-02
2.3544e-02
2.3544e-02
2.3544e-02
2.3850e-02
2.4123e-02
2.4202e-02
2.4320e-02
2.4805e-02
2.4805e-02
2.5112e-02
2.5409e-02
2.5409e-02
2.5608e-02
2.5608e-02
2.5608e-02
2.5608e-02
2.5608e-02
2.5910e-02
2.5910e-02
2.6322e-02
2.6535e-02
2.6535e-02
2.7221e-02
2.7954e-02
2.7954e-02
TGFBI
SRP68
RGS2
CCNB1
HMMR
ERVMER34-1
MYD88
TNFRSF19
YWHAZ
PIGO
GAPVD1
FGD4
OTUD4
LAMP1
WEE1
IL2RG
MKI67
LARP4B
TNKS2
MMADHC
ZFHX3
CCNYL1
FN1
GABPA
COL12A1
ELF1
DUSP5
NOTCH1
NEO1
TSC22D1
MSX2
LRP4
SLC2A4RG
NSMAF
HINT3
MGAT1
SLCO2B1
SLK
CDV3
CD81
HMGCS1
EPHB2
HSPA5
CDK2
SERTAD2
OTUD6B
DKC1
YAP1
GALC
COPS7A
ETF1
TPM3
TWF1
TRIM2
GYLTL1B
MARVELD2
MACC1
THRAP3
AMD1
TSN
HSPB1
ITGA7
DEPDC1B
MGLL
MDK
QKI
RSAD1
KIF18B
LIN28B
C20orf72
SCD
PVRL1
ABCA2
PPP6R3
MLEC
up
down
down
up
up
up
down
up
up
down
down
down
up
up
up
down
up
down
up
down
up
down
down
down
up
down
down
up
down
up
up
up
up
down
up
down
up
up
up
up
up
up
up
up
down
up
up
up
down
up
up
down
down
down
up
down
up
down
up
up
up
up
up
down
up
up
up
up
down
up
up
up
up
up
up
Bijlage A. Bijlage
ENSG00000172478
ENSG00000058085
ENSG00000130066
ENSG00000003989
ENSG00000176105
ENSG00000139645
ENSG00000088305
ENSG00000165376
ENSG00000148677
ENSG00000177469
ENSG00000111057
ENSG00000118271
ENSG00000083099
ENSG00000101367
ENSG00000130520
ENSG00000106541
ENSG00000051382
ENSG00000069011
ENSG00000198478
ENSG00000168476
ENSG00000115758
ENSG00000124831
ENSG00000119471
ENSG00000082153
ENSG00000103549
ENSG00000177853
ENSG00000077150
ENSG00000075218
ENSG00000149328
ENSG00000134602
ENSG00000119638
ENSG00000171552
ENSG00000130175
ENSG00000160932
ENSG00000167693
ENSG00000185650
ENSG00000170873
ENSG00000160072
ENSG00000013364
ENSG00000167508
ENSG00000135451
ENSG00000114520
ENSG00000175311
ENSG00000138398
ENSG00000153574
ENSG00000173391
ENSG00000122786
ENSG00000138160
ENSG00000076351
ENSG00000149257
ENSG00000139505
ENSG00000065060
ENSG00000123416
634.86
3964.11
1272.85
1919.55
2012.93
2974.97
2371.94
737.57
1155.40
2141.19
14549.17
1684.43
536.57
7418.15
1438.16
11595.74
718.68
1017.29
2918.67
745.14
9688.16
741.57
2331.23
6881.30
1512.54
1533.31
722.63
906.78
986.94
844.60
1219.51
6095.51
4070.01
4186.44
832.07
1304.86
294.01
1152.94
1472.91
1866.63
1495.66
875.78
479.08
2339.62
735.47
430.77
1896.48
1880.89
1848.96
4285.30
587.01
1665.04
6991.55
0.48292
-0.23736
-0.36092
0.30874
0.29340
0.25586
0.27532
-0.43927
-0.36276
0.29322
0.17944
-0.31007
-0.51052
0.20652
0.32996
-0.19178
-0.43863
0.38409
-0.26266
0.44136
0.19015
-0.43984
0.50572
0.22144
0.31903
-0.31801
-0.43345
0.39215
0.38103
-0.40045
-0.34471
-0.20418
0.22984
0.22352
0.42050
0.33268
0.64914
0.34963
-0.34961
0.31364
0.31628
-0.40665
-0.50888
-0.28355
0.42410
0.53263
-0.28413
0.28911
0.28658
0.21744
0.45712
0.29985
0.19283
0.144015
0.070961
0.107933
0.092385
0.087810
0.076607
0.082601
0.131799
0.108931
0.088109
0.054032
0.093342
0.154091
0.062349
0.099595
0.057942
0.132671
0.116216
0.079587
0.134037
0.057778
0.133706
0.154053
0.067504
0.097377
0.097098
0.132740
0.120540
0.117196
0.123749
0.106598
0.063180
0.071200
0.069303
0.130459
0.103226
0.201719
0.108726
0.108807
0.097616
0.098478
0.126699
0.158625
0.088688
0.132805
0.167215
0.089339
0.090981
0.090543
0.068725
0.144703
0.094955
0.061278
55
3.3533
-3.3450
-3.3440
3.3419
3.3413
3.3400
3.3332
-3.3329
-3.3302
3.3279
3.3210
-3.3218
-3.3131
3.3123
3.3130
-3.3099
-3.3062
3.3050
-3.3003
3.2928
3.2911
-3.2896
3.2827
3.2803
3.2762
-3.2751
-3.2654
3.2533
3.2512
-3.2360
-3.2337
-3.2317
3.2281
3.2253
3.2232
3.2228
3.2180
3.2157
-3.2131
3.2130
3.2117
-3.2096
-3.2081
-3.1972
3.1934
3.1853
-3.1804
3.1777
3.1652
3.1639
3.1590
3.1579
3.1469
7.9862e-04
8.2292e-04
8.2585e-04
8.3215e-04
8.3396e-04
8.3793e-04
8.5853e-04
8.5958e-04
8.6792e-04
8.7490e-04
8.9686e-04
8.9433e-04
9.2273e-04
9.2522e-04
9.2307e-04
9.3342e-04
9.4582e-04
9.4980e-04
9.6588e-04
9.9178e-04
9.9795e-04
1.0032e-03
1.0280e-03
1.0369e-03
1.0522e-03
1.0561e-03
1.0931e-03
1.1407e-03
1.1492e-03
1.2121e-03
1.2220e-03
1.2304e-03
1.2462e-03
1.2584e-03
1.2675e-03
1.2692e-03
1.2907e-03
1.3012e-03
1.3130e-03
1.3134e-03
1.3195e-03
1.3292e-03
1.3362e-03
1.3879e-03
1.4062e-03
1.4459e-03
1.4707e-03
1.4845e-03
1.5499e-03
1.5565e-03
1.5831e-03
1.5894e-03
1.6502e-03
2.9660e-02
3.0398e-02
3.0398e-02
3.0425e-02
3.0425e-02
3.0435e-02
3.0948e-02
3.0948e-02
3.1113e-02
3.1228e-02
3.1737e-02
3.1737e-02
3.2324e-02
3.2324e-02
3.2324e-02
3.2473e-02
3.2766e-02
3.2766e-02
3.3182e-02
3.3930e-02
3.4001e-02
3.4040e-02
3.4738e-02
3.4895e-02
3.5253e-02
3.5253e-02
3.6342e-02
3.7772e-02
3.7902e-02
3.9817e-02
3.9982e-02
4.0096e-02
4.0452e-02
4.0689e-02
4.0720e-02
4.0720e-02
4.1248e-02
4.1423e-02
4.1492e-02
4.1492e-02
4.1525e-02
4.1671e-02
4.1730e-02
4.3181e-02
4.3587e-02
4.4651e-02
4.5247e-02
4.5500e-02
4.7330e-02
4.7355e-02
4.7988e-02
4.8001e-02
4.9658e-02
C2orf54
LAMC2
SAT1
SLC7A2
YES1
ANKRD52
DNMT3B
CLDN2
ANKRD1
PTRF
KRT18
TTR
LYRM2
MAPRE1
LSM4
AGR2
PIK3CB
PITX1
SH3BGRL2
REEP4
ODC1
LRRFIP1
HSDL2
BZW1
RNF40
ZNF518A
NFKB2
GTSE1
GLB1L2
MST4
NEK9
BCL2L1
PRKCSH
LY6E
NXN
ZFP36L1
MTSS1
ATAD3B
MVP
MVD
TROAP
SNX4
ANKS4B
PPIG
RPIA
OLR1
CALD1
KIF11
SLC46A1
SERPINH1
MTMR6
UHRF1BP1
TUBA1B
up
down
down
up
up
up
up
down
down
up
up
down
down
up
up
down
down
up
down
up
up
down
up
up
up
down
down
up
up
down
down
down
up
up
up
up
up
up
down
up
up
down
down
down
up
up
down
up
up
up
up
up
up
Bijlage A. Bijlage
A.3
Significant differentiële genen na AURKA inhibitie
ENSG id
ENSG00000080824
ENSG00000166165
ENSG00000107984
ENSG00000245532
ENSG00000155657
ENSG00000158417
ENSG00000137642
ENSG00000173702
ENSG00000096384
ENSG00000134240
ENSG00000155850
ENSG00000111057
ENSG00000115053
ENSG00000110245
ENSG00000138385
ENSG00000170421
ENSG00000123384
ENSG00000166598
ENSG00000101057
ENSG00000065361
ENSG00000115419
ENSG00000258486
ENSG00000059804
ENSG00000109971
ENSG00000189403
ENSG00000110172
ENSG00000116161
ENSG00000130338
ENSG00000144381
ENSG00000166226
ENSG00000237973
ENSG00000105185
ENSG00000163251
ENSG00000126777
ENSG00000103257
ENSG00000162909
ENSG00000186480
ENSG00000104419
ENSG00000166866
ENSG00000099834
ENSG00000112773
ENSG00000114019
ENSG00000149591
ENSG00000057294
ENSG00000198420
ENSG00000102908
ENSG00000175166
ENSG00000107949
ENSG00000122952
ENSG00000125977
ENSG00000196230
ENSG00000158710
ENSG00000130204
ENSG00000132646
ENSG00000123643
ENSG00000188126
ENSG00000055044
ENSG00000079246
ENSG00000115484
ENSG00000146731
ENSG00000168439
ENSG00000251562
ENSG00000149136
ENSG00000092201
ENSG00000129474
ENSG00000108846
ENSG00000164032
ENSG00000079215
ENSG00000115758
ENSG00000121579
ENSG00000137648
baseMean
29403.32
17203.01
7142.93
3982.80
1983.58
4228.48
2440.45
2915.43
34880.96
3634.05
8842.07
19363.22
21740.92
1107.91
2768.24
72892.18
9161.47
28171.32
8660.80
4020.33
5107.63
15489.58
20461.83
47283.79
11507.36
2745.96
2038.59
1824.59
36626.95
5590.68
1615.11
1838.60
3235.24
2498.61
12264.16
2825.75
1680.36
1207.66
1760.51
3408.19
2386.25
2349.01
2237.91
5180.39
1384.47
3256.05
6489.86
1620.46
2946.14
6180.33
23376.11
6529.76
4714.07
3366.50
1245.28
2051.42
3262.08
11071.42
6109.64
6795.35
5464.65
2882.27
5354.52
5458.00
2711.87
1517.36
3027.57
1533.55
10214.49
5066.95
2661.81
log2FoldChange
-0.56586
0.89299
-0.53292
0.58370
0.68940
-0.52725
0.56642
0.55645
-0.32356
0.45663
0.40023
-0.34833
-0.31625
0.67634
-0.45591
-0.29783
0.33379
-0.29208
-0.33089
0.40460
0.35750
0.53161
-0.31114
-0.27132
-0.28857
-0.38512
-0.43091
0.44754
-0.26629
-0.32043
-0.49256
-0.43585
0.37898
-0.39839
-0.29635
-0.37414
0.45644
1.20561
0.43402
0.34439
0.42666
-0.38103
-0.41595
-0.30530
-0.45688
0.35452
-0.28622
-0.42448
-0.35218
-0.29252
-0.25643
-0.29005
-0.30383
-0.33040
0.47782
0.38896
-0.33161
-0.26586
-0.27999
-0.27929
-0.29391
0.33420
-0.28360
-0.27951
-0.33341
0.41264
-0.31965
-0.41511
-0.27654
-0.28111
0.33022
lfcSE
0.057937
0.112144
0.069630
0.077152
0.097830
0.076836
0.089172
0.091405
0.056584
0.080986
0.072271
0.064729
0.058671
0.128567
0.086632
0.057480
0.065263
0.057185
0.065238
0.080994
0.073835
0.113060
0.067241
0.058935
0.062841
0.085613
0.095379
0.099567
0.058775
0.070999
0.109414
0.097723
0.084879
0.089542
0.066974
0.084794
0.103492
0.276769
0.099572
0.081342
0.100549
0.089713
0.098133
0.072369
0.108171
0.084615
0.068755
0.102694
0.085087
0.070609
0.062085
0.070315
0.074008
0.080465
0.116810
0.095267
0.081753
0.065498
0.069593
0.069655
0.073803
0.084316
0.072409
0.071718
0.085721
0.106396
0.082942
0.108369
0.072058
0.073450
0.086325
56
stat
-9.7667
7.9629
-7.6537
7.5655
7.0469
-6.8620
6.3520
6.0877
-5.7183
5.6384
5.5379
-5.3814
-5.3901
5.2606
-5.2627
-5.1815
5.1146
-5.1077
-5.0720
4.9954
4.8419
4.7020
-4.6273
-4.6037
-4.5920
-4.4984
-4.5179
4.4949
-4.5307
-4.5132
-4.5018
-4.4601
4.4649
-4.4492
-4.4248
-4.4123
4.4104
4.3560
4.3588
4.2339
4.2433
-4.2472
-4.2387
-4.2187
-4.2237
4.1898
-4.1629
-4.1335
-4.1390
-4.1428
-4.1303
-4.1251
-4.1054
-4.1061
4.0906
4.0828
-4.0563
-4.0590
-4.0232
-4.0096
-3.9824
3.9636
-3.9167
-3.8974
-3.8895
3.8784
-3.8539
-3.8306
-3.8378
-3.8272
3.8253
pvalue
1.5644e-22
1.6801e-15
1.9532e-14
3.8624e-14
1.8289e-12
6.7890e-12
2.1253e-10
1.1455e-09
1.0757e-08
1.7168e-08
3.0606e-08
7.3921e-08
7.0406e-08
1.4357e-07
1.4198e-07
2.2016e-07
3.1441e-07
3.2615e-07
3.9359e-07
5.8699e-07
1.2861e-06
2.5763e-06
3.7050e-06
4.1497e-06
4.3896e-06
6.8465e-06
6.2468e-06
6.9600e-06
5.8793e-06
6.3858e-06
6.7389e-06
8.1930e-06
8.0109e-06
8.6206e-06
9.6516e-06
1.0225e-05
1.0316e-05
1.3246e-05
1.3075e-05
2.2971e-05
2.2026e-05
2.1645e-05
2.2485e-05
2.4573e-05
2.4033e-05
2.7916e-05
3.1418e-05
3.5730e-05
3.4880e-05
3.4305e-05
3.6237e-05
3.7065e-05
4.0367e-05
4.0237e-05
4.3024e-05
4.4494e-05
4.9864e-05
4.9276e-05
5.7402e-05
6.0821e-05
6.8213e-05
7.3826e-05
8.9782e-05
9.7236e-05
1.0047e-04
1.0516e-04
1.1624e-04
1.2785e-04
1.2417e-04
1.2959e-04
1.3062e-04
padj
6.5706e-19
3.5282e-12
2.7345e-11
4.0555e-11
1.5363e-09
4.7523e-09
1.2752e-07
6.0139e-07
5.0200e-06
7.2106e-06
1.1686e-05
2.3882e-05
2.3882e-05
4.0199e-05
4.0199e-05
5.7791e-05
7.6101e-05
7.6101e-05
8.7004e-05
1.2327e-04
2.5722e-04
4.9184e-04
6.7657e-04
7.2620e-04
7.3745e-04
9.4297e-04
9.4297e-04
9.4297e-04
9.4297e-04
9.4297e-04
9.4297e-04
1.0427e-03
1.0427e-03
1.0649e-03
1.1582e-03
1.1710e-03
1.1710e-03
1.4265e-03
1.4265e-03
2.2437e-03
2.2437e-03
2.2437e-03
2.2437e-03
2.2935e-03
2.2935e-03
2.5489e-03
2.8075e-03
2.9842e-03
2.9842e-03
2.9842e-03
2.9842e-03
2.9937e-03
3.1397e-03
3.1397e-03
3.2855e-03
3.3371e-03
3.6108e-03
3.6108e-03
4.0863e-03
4.2575e-03
4.6966e-03
5.0011e-03
5.9855e-03
6.3811e-03
6.4916e-03
6.6921e-03
7.2864e-03
7.5877e-03
7.5877e-03
7.5877e-03
7.5877e-03
Gene
HSP90AA1
CKB
DKK1
NEAT1
TTN
EIF5B
SORL1
MUC13
HSP90AB1
HMGCS2
SLC26A2
KRT18
NCL
APOC3
SSB
KRT8
LRP1
HSP90B1
MYBL2
ERBB3
GLS
RN7SL1
SLC2A3
HSPA8
HMGB1
CHORDC1
CACYBP
TULP4
HSPD1
CCT2
hsa-mir-6723
PDCD5
FZD5
KTN1
SLC7A5
CAPN2
INSIG1
NDRG1
MYO1A
CDHR5
FAM46A
AMOTL2
TAGLN
PKP2
FAM115A
NFAT5
PSMD2
BCCIP
ZWINT
EIF2S2
TUBB
TAGLN2
TOMM40
PCNA
SLC36A1
MYO15B
NOP58
XRCC5
CCT4
CCT6A
STIP1
MALAT1
SSRP1
SUPT16H
AJUBA
ABCC3
H2AFZ
SLC1A3
ODC1
NAA50
TMPRSS4
dir
down
up
down
up
up
down
up
up
down
up
up
down
down
up
down
down
up
down
down
up
up
up
down
down
down
down
down
up
down
down
down
down
up
down
down
down
up
up
up
up
up
down
down
down
down
up
down
down
down
down
down
down
down
down
up
up
down
down
down
down
down
up
down
down
down
up
down
down
down
down
up
Bijlage A. Bijlage
ENSG00000141232
ENSG00000166348
ENSG00000166508
ENSG00000181163
ENSG00000204262
ENSG00000120694
ENSG00000145192
ENSG00000115548
ENSG00000135624
ENSG00000126457
ENSG00000213853
ENSG00000100033
ENSG00000070814
ENSG00000004478
ENSG00000117395
ENSG00000116649
ENSG00000101182
ENSG00000151715
ENSG00000136824
ENSG00000242265
ENSG00000023839
ENSG00000120438
ENSG00000100764
ENSG00000196419
ENSG00000108064
ENSG00000144674
ENSG00000115541
ENSG00000197142
ENSG00000182199
ENSG00000076003
ENSG00000137076
ENSG00000160932
ENSG00000124795
ENSG00000095637
ENSG00000161960
ENSG00000197822
ENSG00000124207
ENSG00000178209
ENSG00000183779
ENSG00000124766
ENSG00000132780
ENSG00000111142
ENSG00000228716
ENSG00000105357
ENSG00000139540
ENSG00000123989
ENSG00000173674
ENSG00000041357
ENSG00000135679
ENSG00000163029
ENSG00000196591
ENSG00000108055
ENSG00000049656
ENSG00000101361
ENSG00000108578
ENSG00000113810
ENSG00000138074
ENSG00000189057
ENSG00000196975
ENSG00000104738
ENSG00000143799
ENSG00000138162
ENSG00000167325
ENSG00000198886
ENSG00000145833
ENSG00000173598
ENSG00000065328
ENSG00000099901
ENSG00000110958
ENSG00000150753
ENSG00000145012
ENSG00000110108
ENSG00000196504
ENSG00000044574
ENSG00000065548
1958.24
1267.06
6474.63
27957.38
3467.87
3868.88
7355.66
1474.39
11637.30
4725.77
1186.70
1159.36
4873.41
3087.90
1577.09
1963.73
7588.70
2778.16
2165.70
10733.58
6215.92
6681.53
2439.00
11065.87
4374.21
3116.90
5966.42
1527.96
3452.89
4680.84
5144.03
4820.23
3843.87
1354.89
10453.71
2667.34
11714.24
6853.51
920.70
1317.76
2935.00
2876.08
2152.26
5519.50
2590.46
1554.49
4042.53
2195.32
1354.76
1362.61
3723.50
2526.98
3330.15
6107.37
1396.33
2420.31
4057.20
929.63
1650.51
5914.28
5140.45
1871.50
2896.09
221030.04
4012.95
5479.61
1036.50
3822.85
5734.00
9045.85
3552.68
1831.31
4290.49
21580.38
3160.58
0.36684
0.42872
-0.26823
-0.21813
-0.30357
-0.29905
0.26596
0.39949
-0.23677
-0.29620
-0.44208
0.44505
-0.28058
-0.30727
-0.38112
-0.35426
-0.25017
0.31929
-0.34341
-0.24363
0.26262
-0.25267
-0.32151
-0.22852
-0.28077
-0.29810
-0.26761
0.37089
-0.28475
-0.26562
-0.25964
-0.27781
-0.27543
0.38895
-0.23300
0.30294
-0.22312
0.25845
0.43839
0.37916
-0.28885
-0.28914
-0.32698
0.24414
0.30522
0.35542
-0.25809
-0.31734
0.37699
-0.36325
-0.26425
-0.29253
-0.26957
-0.25069
-0.35686
-0.30538
-0.25388
-0.41598
0.34024
-0.23528
-0.23746
0.31917
-0.28191
0.18977
-0.25341
0.24157
-0.38782
-0.25724
-0.23688
-0.22230
0.27104
-0.31299
-0.24118
-0.18608
-0.26218
0.095957
0.111893
0.070328
0.057335
0.079834
0.078799
0.070112
0.105670
0.063167
0.079094
0.118289
0.119629
0.075529
0.082939
0.102836
0.095779
0.067754
0.086431
0.093099
0.066401
0.071841
0.069504
0.088596
0.063015
0.077719
0.082748
0.074457
0.104188
0.080127
0.074944
0.073212
0.078537
0.078142
0.110705
0.066379
0.086256
0.063833
0.074626
0.126929
0.110134
0.083940
0.084277
0.095294
0.071303
0.089233
0.104661
0.076887
0.094783
0.112576
0.108545
0.078939
0.087620
0.081348
0.075697
0.107543
0.092143
0.076642
0.126091
0.103336
0.071506
0.072242
0.097281
0.085943
0.057922
0.078291
0.074944
0.120717
0.080156
0.073813
0.069375
0.084671
0.097849
0.075441
0.058331
0.082292
57
3.8229
3.8315
-3.8140
-3.8045
-3.8026
-3.7951
3.7934
3.7806
-3.7483
-3.7449
-3.7373
3.7203
-3.7149
-3.7048
-3.7060
-3.6987
-3.6923
3.6941
-3.6887
-3.6690
3.6556
-3.6354
-3.6290
-3.6264
-3.6127
-3.6024
-3.5941
3.5598
-3.5537
-3.5443
-3.5464
-3.5373
-3.5247
3.5134
-3.5101
3.5121
-3.4954
3.4633
3.4538
3.4427
-3.4411
-3.4308
-3.4313
3.4240
3.4205
3.3959
-3.3567
-3.3481
3.3488
-3.3466
-3.3476
-3.3386
-3.3138
-3.3118
-3.3183
-3.3143
-3.3126
-3.2990
3.2926
-3.2903
-3.2870
3.2809
-3.2802
3.2763
-3.2368
3.2233
-3.2127
-3.2093
-3.2092
-3.2044
3.2011
-3.1987
-3.1970
-3.1901
-3.1860
1.3188e-04
1.2737e-04
1.3674e-04
1.4209e-04
1.4320e-04
1.4756e-04
1.4861e-04
1.5646e-04
1.7805e-04
1.8046e-04
1.8599e-04
1.9900e-04
2.0328e-04
2.1154e-04
2.1052e-04
2.1671e-04
2.2223e-04
2.2065e-04
2.2540e-04
2.4350e-04
2.5654e-04
2.7757e-04
2.8457e-04
2.8735e-04
3.0307e-04
3.1524e-04
3.2554e-04
3.7113e-04
3.7989e-04
3.9370e-04
3.9050e-04
4.0420e-04
4.2392e-04
4.4249e-04
4.4793e-04
4.4455e-04
4.7342e-04
5.3362e-04
5.5265e-04
5.7592e-04
5.7929e-04
6.0181e-04
6.0079e-04
6.1708e-04
6.2508e-04
6.8411e-04
7.8870e-04
8.1358e-04
8.1162e-04
8.1823e-04
8.1523e-04
8.4206e-04
9.2047e-04
9.2698e-04
9.0556e-04
9.1888e-04
9.2435e-04
9.7024e-04
9.9269e-04
1.0008e-03
1.0125e-03
1.0349e-03
1.0373e-03
1.0516e-03
1.2088e-03
1.2673e-03
1.3150e-03
1.3306e-03
1.3311e-03
1.3536e-03
1.3690e-03
1.3804e-03
1.3887e-03
1.4220e-03
1.4425e-03
7.5877e-03
7.5877e-03
7.7609e-03
7.9139e-03
7.9139e-03
8.0019e-03
8.0019e-03
8.3181e-03
9.3477e-03
9.3570e-03
9.5263e-03
1.0070e-02
1.0164e-02
1.0331e-02
1.0331e-02
1.0462e-02
1.0487e-02
1.0487e-02
1.0519e-02
1.1238e-02
1.1712e-02
1.2535e-02
1.2704e-02
1.2704e-02
1.3259e-02
1.3650e-02
1.3952e-02
1.5745e-02
1.5955e-02
1.6211e-02
1.6211e-02
1.6482e-02
1.7120e-02
1.7582e-02
1.7582e-02
1.7582e-02
1.8411e-02
2.0562e-02
2.1101e-02
2.1723e-02
2.1723e-02
2.2172e-02
2.2172e-02
2.2537e-02
2.2632e-02
2.4558e-02
2.8073e-02
2.8169e-02
2.8169e-02
2.8169e-02
2.8169e-02
2.8753e-02
3.0416e-02
3.0416e-02
3.0416e-02
3.0416e-02
3.0416e-02
3.1589e-02
3.2072e-02
3.2086e-02
3.2216e-02
3.2513e-02
3.2513e-02
3.2716e-02
3.7330e-02
3.8852e-02
3.9932e-02
3.9932e-02
3.9932e-02
4.0321e-02
4.0492e-02
4.0504e-02
4.0504e-02
4.1190e-02
4.1213e-02
TOB1
USP54
MCM7
NPM1
COL5A2
HSPH1
AHSG
KDM3A
CCT7
PRMT1
EMP2
PRODH
TCOF1
FKBP4
EBNA1BP2
SRM
PSMA7
TMEM45B
SMC2
PEG10
ABCC2
TCP1
PSMC1
XRCC6
TFAM
GOLGA4
HSPE1
ACSL5
SHMT2
MCM6
TLN1
LY6E
DEK
SORBS1
EIF4A1
OCLN
CSE1L
PLEC
ZNF703
SOX4
NASP
METAP2
DHFR
MYH14
SLC39A5
CHPF
EIF1AX
PSMA4
MDM2
SMC6
HDAC2
SMC3
CLPTM1L
NOP56
BLMH
SMC4
SLC5A6
FAM111B
ANXA4
MCM4
PARP1
TACC2
RRM1
MT-ND4
DDX46
NUDT4
MCM10
RANBP1
PTGES3
CCT5
LPP
TMEM109
PRPF40A
HSPA5
ZC3H15
up
up
down
down
down
down
up
up
down
down
down
up
down
down
down
down
down
up
down
down
up
down
down
down
down
down
down
up
down
down
down
down
down
up
down
up
down
up
up
up
down
down
down
up
up
up
down
down
up
down
down
down
down
down
down
down
down
down
up
down
down
up
down
up
down
up
down
down
down
down
up
down
down
down
down
Bijlage A. Bijlage
ENSG00000165916
ENSG00000188976
ENSG00000176619
ENSG00000110911
ENSG00000197747
ENSG00000178202
ENSG00000125835
ENSG00000233041
ENSG00000117139
ENSG00000141076
ENSG00000164134
ENSG00000172115
ENSG00000112759
ENSG00000183048
ENSG00000182718
ENSG00000131069
ENSG00000137491
ENSG00000159199
ENSG00000013275
ENSG00000134697
ENSG00000145675
ENSG00000180198
ENSG00000113387
2407.28
3167.39
5471.81
2879.27
8546.23
3069.46
3665.60
1228.24
991.35
2440.31
2265.74
4679.05
1918.54
3968.85
12020.18
2164.55
4056.14
4396.76
2839.28
1024.13
1946.89
1689.00
3244.65
-0.28815
-0.26046
-0.23063
0.27203
-0.22135
-0.26487
-0.24926
0.64123
0.38719
-0.28444
-0.30572
-0.23278
-0.30557
-0.24122
-0.20040
0.30290
0.27248
-0.23457
-0.26179
-0.37727
0.29801
-0.32235
-0.25304
0.090415
0.081870
0.072544
0.085698
0.069869
0.083818
0.079051
0.203500
0.123064
0.090597
0.097409
0.074102
0.097488
0.076953
0.063994
0.097165
0.087617
0.075513
0.084577
0.121760
0.096126
0.104122
0.081826
58
-3.1870
-3.1814
-3.1791
3.1743
-3.1681
-3.1601
-3.1532
3.1510
3.1463
-3.1396
-3.1385
-3.1414
-3.1344
-3.1346
-3.1315
3.1174
3.1099
-3.1063
-3.0953
-3.0985
3.1002
-3.0959
-3.0924
1.4378e-03
1.4658e-03
1.4773e-03
1.5019e-03
1.5346e-03
1.5772e-03
1.6152e-03
1.6270e-03
1.6537e-03
1.6918e-03
1.6982e-03
1.6815e-03
1.7220e-03
1.7208e-03
1.7392e-03
1.8245e-03
1.8713e-03
1.8946e-03
1.9660e-03
1.9450e-03
1.9337e-03
1.9624e-03
1.9852e-03
4.1213e-02
4.1598e-02
4.1642e-02
4.2054e-02
4.2686e-02
4.3580e-02
4.4338e-02
4.4372e-02
4.4811e-02
4.5142e-02
4.5142e-02
4.5142e-02
4.5202e-02
4.5202e-02
4.5371e-02
4.7303e-02
4.8218e-02
4.8519e-02
4.9150e-02
4.9150e-02
4.9150e-02
4.9150e-02
4.9337e-02
PSMC3
NOC2L
LMNB2
SLC11A2
S100A10
KDELC2
SNRPB
PHGR1
KDM5B
CIRH1A
NAA15
CYCS
SLC29A1
SLC25A10
ANXA2
ACSS2
SLCO2B1
ATP5G1
PSMC4
GNL2
PIK3R1
RCC1
SUB1
down
down
down
up
down
down
down
up
up
down
down
down
down
down
down
up
up
down
down
down
up
down
down
Bijlage A. Bijlage
A.4
chr
2
16
16
2
19
13
20
11
13
19
5
15
9
11
1
19
16
7
5
20
11
12
15
20
11
20
11
7
13
5
20
7
12
8
8
11
11
11
11
12
9
12
20
12
12
19
19
12
1
11
7
12
2
19
X
13
12
Significant differentiële exonen na AURKA knockdown
start
216257654
18445631
18489112
216257871
50028038
31035633
48740581
57507842
31036675
39201916
72205851
66795089
135894991
57506136
183111669
50028270
18484602
102309362
82349881
48747393
57505080
21950335
66795150
48744512
57506654
48741506
57506685
102212919
113873641
112212084
48746083
102208457
49329506
62413788
120255889
57505826
57507571
57505385
57506603
56554410
95475744
68052690
48747402
49318829
49319083
50028422
39201473
49318344
10363221
57480097
102212969
76441499
127825739
50016731
119570349
113884267
49318399
end
216257870
18445800
18489281
216257926
50028269
31035670
48741505
57508441
31036708
39202001
72210215
66795149
135895052
57506242
183114727
50028421
18484776
102309451
82352353
48747401
57505140
21954115
66795209
48744724
57506684
48741716
57506732
102212968
113874126
112213781
48746227
102208631
49331471
62416068
120257909
57505889
57507841
57505498
57506653
56554454
95477534
68059186
48747484
49318894
49319268
50028520
39201915
49318398
10366522
57480279
102212986
76441746
127825831
50017138
119572643
113884592
49318431
exonBaseMean
2512.25
27.00
27.00
1444.75
108.00
531.25
422.75
733.00
508.25
209.00
1587.00
42.00
475.50
411.50
2333.00
92.25
11.75
67.25
1099.50
99.75
409.25
570.75
33.75
247.25
291.75
197.50
305.00
22.25
42.25
609.50
222.75
59.75
2031.25
614.50
2082.00
328.75
628.75
305.00
305.25
228.25
95.50
556.25
143.00
529.75
512.25
70.00
156.25
519.25
206.25
433.25
13.75
220.50
30.75
54.75
579.25
90.50
488.00
dispersion
0.00019992
0.00716900
0.00716900
0.00023637
0.00155380
0.00038441
0.00046723
0.00054071
0.00040419
0.00079146
0.00025710
0.00381545
0.00050211
0.00046838
0.00071905
0.00219702
0.01589515
0.00597211
0.00040164
0.00161482
0.00049337
0.00056666
0.00464226
0.00111698
0.00073647
0.00085355
0.00058874
0.00704282
0.00358023
0.00037115
0.00119040
0.00255103
0.00018156
0.00036324
0.00019387
0.00058284
0.00064296
0.00070485
0.00068968
0.00087457
0.00165648
0.00045292
0.00273139
0.00044434
0.00048095
0.00337964
0.00270535
0.00040647
0.00117662
0.00046384
0.01114196
0.00076757
0.00930217
0.00307121
0.00045690
0.00168726
0.00059825
stat
88.417
69.863
69.863
59.768
58.134
55.059
54.758
49.905
48.817
47.653
46.096
45.725
45.101
43.194
40.566
40.000
39.525
39.568
36.808
36.398
34.949
34.090
33.542
33.154
32.714
32.604
31.898
30.201
28.802
28.652
27.798
27.723
26.876
26.409
26.157
26.001
26.036
25.670
25.590
24.382
24.235
23.896
23.543
22.743
22.614
22.432
21.899
21.593
21.449
21.123
20.705
20.616
20.291
19.789
19.586
19.356
19.208
59
pvalue
5.3023e-21
6.3561e-17
6.3561e-17
1.0675e-14
2.4480e-14
1.1696e-13
1.3634e-13
1.6138e-12
2.8100e-12
5.0864e-12
1.1262e-11
1.3607e-11
1.8712e-11
4.9568e-11
1.9008e-10
2.5393e-10
3.2383e-10
3.1686e-10
1.3036e-09
1.6089e-09
3.3838e-09
5.2623e-09
6.9753e-09
8.5127e-09
1.0677e-08
1.1295e-08
1.6250e-08
3.8951e-08
8.0166e-08
8.6620e-08
1.3468e-07
1.4000e-07
2.1699e-07
2.7630e-07
3.1473e-07
3.4130e-07
3.3505e-07
4.0498e-07
4.2220e-07
7.9002e-07
8.5261e-07
1.0169e-06
1.2214e-06
1.8520e-06
1.9808e-06
2.1773e-06
2.8736e-06
3.3705e-06
3.6332e-06
4.3063e-06
5.3568e-06
5.6119e-06
6.6502e-06
8.6484e-06
9.6164e-06
1.0848e-05
1.1720e-05
padj
1.0900e-15
4.3555e-12
4.3555e-12
5.4863e-10
1.0065e-09
4.0039e-09
4.0039e-09
4.1469e-08
6.4184e-08
1.0456e-07
2.1047e-07
2.3309e-07
2.9590e-07
7.2784e-07
2.6050e-06
3.2626e-06
3.6984e-06
3.6984e-06
1.4104e-05
1.6538e-05
3.3125e-05
4.9172e-05
6.2344e-05
7.2916e-05
8.7795e-05
8.9308e-05
1.2372e-04
2.8597e-04
5.6827e-04
5.9355e-04
8.9312e-04
8.9935e-04
1.3517e-03
1.6706e-03
1.8486e-03
1.8963e-03
1.8963e-03
2.1909e-03
2.2254e-03
4.0601e-03
4.2749e-03
4.9771e-03
5.8393e-03
8.6527e-03
9.0489e-03
9.7304e-03
1.2569e-02
1.4435e-02
1.5243e-02
1.7705e-02
2.1592e-02
2.2186e-02
2.5794e-02
3.2924e-02
3.5943e-02
3.9823e-02
4.2269e-02
log2FC
-0.168919
-2.581353
-2.581353
-0.176165
-0.607121
-0.261390
0.293790
-0.236739
-0.252310
-0.394825
-0.137554
0.955001
0.213290
-0.267400
0.168666
-0.558272
-8.505283
-0.733782
-0.141312
0.516887
-0.241647
-0.183237
0.901167
0.323085
-0.284499
0.336622
-0.265978
1.066838
0.681822
-0.162949
0.309831
-0.561091
-0.089608
0.163950
-0.076509
-0.233764
-0.186641
-0.244422
-0.245035
0.278687
-0.375458
-0.114846
0.391011
0.170344
0.174654
-0.490896
-0.364858
0.164347
0.275679
-0.181469
1.149020
0.256294
-0.763975
-0.505431
0.140769
0.360157
0.169614
groupID
ENSG00000115414
ENSG00000214940+...
ENSG00000214940+...
ENSG00000115414
ENSG00000104870
ENSG00000189403
ENSG00000240849+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000189403
ENSG00000130402
ENSG00000083312
ENSG00000202529+...
ENSG00000196205
ENSG00000254462+...
ENSG00000135862
ENSG00000104870
ENSG00000214940+...
ENSG00000267645+...
ENSG00000174695
ENSG00000240849+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000069431
ENSG00000202529+...
ENSG00000240849+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000240849+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000267645+...
ENSG00000139842
ENSG00000129625
ENSG00000240849+...
ENSG00000267645+...
ENSG00000224453+...
ENSG00000198363
ENSG00000147676
ENSG00000254462+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000092841+...
ENSG00000185963
ENSG00000127334
ENSG00000240849+...
ENSG00000224453+...
ENSG00000224453+...
ENSG00000104870
ENSG00000130402
ENSG00000224453+...
ENSG00000264501+...
ENSG00000254462+...
ENSG00000267645+...
ENSG00000187109
ENSG00000136717
ENSG00000104870
ENSG00000005893
ENSG00000139842
ENSG00000224453+...
Bijlage A. Bijlage
A.5
chr
11
11
9
2
11
16
11
2
2
16
15
16
1
12
9
16
8
20
12
12
20
12
12
1
12
12
12
10
12
1
12
5
11
9
X
5
12
15
11
12
12
12
20
8
12
2
4
2
12
17
12
11
2
2
20
2
6
12
12
Significant differentiële exonen na AURKA inhibitie
start
129939879
129939910
135896262
98262503
129939914
29827285
2150680
70165472
217363573
2014540
72491377
2014583
43424305
56480315
139686703
88709691
22224818
62152130
56495313
56500477
62375019
56503014
56481608
245027774
25357723
56500372
56500774
123842523
56494845
167385376
56473989
180668640
2151195
139734937
153577152
149829055
56506607
44092825
72465909
53291000
56487548
56504966
33680417
22224883
56496619
217363578
57325831
62096575
56492543
28705923
56501004
2151151
232577567
217363585
17639335
98264459
74230742
56496159
56501305
end
129939909
129939913
135896553
98262559
129939932
29828328
2151150
70169772
217363577
2014582
72491445
2014629
43424500
56480415
139686798
88709921
22224882
62152247
56495618
56500500
62375877
56503073
56481697
245027793
25362101
56500476
56500879
123847474
56495069
167396582
56474108
180668813
2153729
139735639
153577198
149829259
56506904
44092982
72465937
53291013
56487615
56505093
33680610
22224921
56497283
217363584
57327527
62096688
56492689
28706633
56501040
2151194
232577723
217363589
17639577
98264642
74231229
56496553
56501397
exonBaseMean
359.25
393.00
395.75
409.75
372.75
460.00
5953.75
238.50
298.25
589.50
647.75
459.25
1942.25
228.50
807.25
382.25
184.50
766.00
389.50
654.25
142.00
1253.75
200.75
147.25
1505.00
636.50
1081.50
416.75
328.00
1379.75
162.25
178.00
24049.00
674.50
264.25
393.25
1289.50
292.00
651.25
1014.25
176.50
1125.25
132.25
318.25
411.00
1077.50
2849.50
315.75
233.75
245.50
868.00
2481.75
4011.25
1855.00
1939.75
1279.25
449.00
325.50
1297.25
dispersion
0.00079690
0.00055456
0.00058348
0.00171817
0.00067254
0.00046162
0.00013554
0.00127607
0.00071435
0.00092603
0.00036295
0.00046704
0.00027336
0.00079335
0.00031956
0.00059570
0.00141530
0.00038705
0.00051276
0.00035716
0.00179259
0.00027765
0.00097847
0.00111418
0.00049200
0.00037007
0.00029729
0.00049768
0.00058001
0.00034550
0.00102861
0.00125818
0.00010339
0.00036166
0.00069301
0.00051542
0.00024685
0.00074648
0.00154162
0.00027602
0.00106277
0.00030717
0.00122988
0.00067779
0.00055132
0.00032453
0.00025945
0.00067664
0.00108367
0.00073203
0.00054442
0.00031449
0.00014983
0.00020422
0.00020077
0.00026994
0.00082245
0.00059320
0.00062831
stat
45.086
41.714
40.725
37.445
36.378
35.423
32.742
26.630
26.204
25.665
24.431
24.542
23.914
23.681
23.682
23.184
23.326
23.161
22.837
22.831
22.408
22.343
22.245
22.086
21.459
21.217
21.260
20.886
20.830
20.690
20.607
20.636
20.181
19.918
19.931
19.798
19.744
19.740
19.613
19.143
18.496
18.479
18.338
18.264
18.264
18.359
18.009
17.969
17.912
17.851
17.829
17.709
17.702
17.409
17.316
17.267
17.296
17.320
16.895
60
pvalue
1.8858e-11
1.0564e-10
1.7522e-10
9.4008e-10
1.6249e-09
2.6539e-09
1.0525e-08
2.4636e-07
3.0724e-07
4.0602e-07
7.7011e-07
7.2694e-07
1.0072e-06
1.1372e-06
1.1361e-06
1.4719e-06
1.3677e-06
1.4902e-06
1.7634e-06
1.7693e-06
2.2047e-06
2.2806e-06
2.3996e-06
2.6064e-06
3.6147e-06
4.1018e-06
4.0098e-06
4.8736e-06
5.0196e-06
5.3983e-06
5.6385e-06
5.5532e-06
7.0444e-06
8.0831e-06
8.0308e-06
8.6082e-06
8.8552e-06
8.8704e-06
9.4821e-06
1.2130e-05
1.7029e-05
1.7176e-05
1.8502e-05
1.9231e-05
1.9231e-05
1.8293e-05
2.1986e-05
2.2456e-05
2.3130e-05
2.3888e-05
2.4163e-05
2.5741e-05
2.5833e-05
3.0133e-05
3.1654e-05
3.2483e-05
3.1988e-05
3.1588e-05
3.9516e-05
padj
1.3427e-06
3.7611e-06
4.1588e-06
1.6734e-05
2.3140e-05
3.1494e-05
1.0705e-04
2.1927e-03
2.4307e-03
2.8910e-03
4.5695e-03
4.5695e-03
5.3984e-03
5.3984e-03
5.3984e-03
5.8947e-03
5.8947e-03
5.8947e-03
6.2990e-03
6.2990e-03
7.3811e-03
7.3811e-03
7.4286e-03
7.7327e-03
1.0295e-02
1.0817e-02
1.0817e-02
1.2325e-02
1.2325e-02
1.2546e-02
1.2546e-02
1.2546e-02
1.5199e-02
1.6444e-02
1.6444e-02
1.6621e-02
1.6621e-02
1.6621e-02
1.7312e-02
2.1591e-02
2.9118e-02
2.9118e-02
2.9768e-02
2.9768e-02
2.9768e-02
2.9768e-02
3.3308e-02
3.3311e-02
3.3611e-02
3.3735e-02
3.3735e-02
3.4706e-02
3.4706e-02
3.9733e-02
3.9878e-02
3.9878e-02
3.9878e-02
3.9878e-02
4.7689e-02
log2FC
0.303372
0.266628
NA
NA
0.260653
NA
-0.056105
NA
-0.244928
0.182641
0.162650
0.179834
0.088717
0.266214
0.136102
NA
0.296459
NA
0.196060
-0.163987
NA
-0.122592
0.278890
0.317076
NA
-0.161232
-0.127457
NA
0.203385
NA
0.296601
-0.281762
0.020643
-0.147405
0.212371
-0.185125
-0.113231
NA
0.199682
0.114073
0.260490
-0.118999
NA
0.189413
0.173036
-0.105871
0.065881
-0.201693
0.234870
0.217841
-0.142374
-0.077159
-0.047186
-0.074632
0.077662
NA
-0.182836
0.187292
-0.128409
groupID
ENSG00000084234
ENSG00000084234
ENSG00000196205
ENSG00000135940
ENSG00000084234
ENSG00000263136+...
ENSG00000167244+...
ENSG00000124380+...
ENSG00000197756
ENSG00000140988+...
ENSG00000067225
ENSG00000140988+...
ENSG00000117394
ENSG00000170515+...
ENSG00000196642+...
ENSG00000051523
ENSG00000104635
ENSG00000125534
ENSG00000170515+...
ENSG00000170515+...
ENSG00000130584
ENSG00000170515+...
ENSG00000170515+...
ENSG00000188206+...
ENSG00000133703
ENSG00000170515+...
ENSG00000170515+...
ENSG00000138162
ENSG00000170515+...
ENSG00000143190
ENSG00000170515+...
ENSG00000204628+...
ENSG00000167244+...
ENSG00000196642+...
ENSG00000196924
ENSG00000164587
ENSG00000170515+...
ENSG00000242028+...
ENSG00000186635+...
ENSG00000170421
ENSG00000170515+...
ENSG00000170515+...
ENSG00000100991
ENSG00000104635
ENSG00000170515+...
ENSG00000197756
ENSG00000128050
ENSG00000115484
ENSG00000170515+...
ENSG00000108582
ENSG00000170515+...
ENSG00000167244+...
ENSG00000187514
ENSG00000197756
ENSG00000125844
ENSG00000135940
ENSG00000156508
ENSG00000170515+...
ENSG00000170515+...
Bibliografie
a. F. M. Altelaar, J. Munoz & A. J. R. Heck (2013). Next-generation proteomics: towards
an integrative view of proteome dynamics. Nature reviews. Genetics, 14(1):35–48. ISSN
1471-0064. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23207911.
S. Anders & W. Huber (2010). Differential expression analysis for sequence count data. Genome biol. URL http://www.biomedcentral.com/content/pdf/gb-2010-11-10-r106.
pdf.
S. Anders, D. J. McCarthy, Y. Chen, M. Okoniewski, G. K. Smyth, W. Huber & M. D.
Robinson (2013). Count-based differential expression analysis of RNA sequencing data
using R and Bioconductor. Nature protocols, 8(9):1765–86. ISSN 1750-2799. URL http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23975260.
S. Anders, P. Pyl & W. Huber (2014). HTSeq A Python framework to work with highthroughput sequencing data. Bioinformatics, pp. 4–7. URL http://bioinformatics.
oxfordjournals.org/content/early/2014/09/25/bioinformatics.btu638.short.
S. Anders, A. Reyes & W. Huber (2012). Detecting differential usage of exons from RNA-seq
data. Genome research, pp. 2008–2017. URL http://genome.cshlp.org/content/22/
10/2008.short.
S. B. B. Andrews (2010). FastQC.
T. E. Angel, U. K. Aryal, S. M. Hengel, E. S. Baker, R. T. Kelly, E. W. Robinson & R. D. Smith (2012). Mass spectrometry-based proteomics: existing capabilities and future directions. Chemical Society reviews, 41(10):3912–28. ISSN
1460-4744.
URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=
3375054&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
O. Bandapalli & S. Dihlmann (2009). Transcriptional activation of the beta-catenin gene at
the invasion front of colorectal liver metastases. The Journal of . . . , (February):370–379.
URL http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/path.2539/full.
61
Bibliografie
Y. Benjamini & Y. Hochberg (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and
powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society. Series B
. . . . URL http://www.jstor.org/stable/2346101.
A. M. Bolger, M. Lohse & B. Usadel (2014). Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina
sequence data. Bioinformatics (Oxford, England), 30(15):2114–2120. ISSN 1367-4811. URL
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24695404.
J. Carter, L. Jin & S. Sen (2005). Genomic and expression array profiling of chromosome 20q amplicon in human colon cancer cells. Indian Journal of Human Genetics,
11(3):128–134. URL http://www.ijhg.com/article.asp?issn=0971-6866;year=2005;
volume=11;issue=3;spage=128;epage=134;aulast=Carter.
B. Carvalho, C. Postma & S. Mongera (2009). Multiple putative oncogenes at the chromosome
20q amplicon contribute to colorectal adenoma to carcinoma progression. Gut, 58(1):79–
89. ISSN 1468-3288. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18829976http://
gut.bmj.com/content/58/1/79.short.
A. E. Clark, E. J. Kaleta, A. Arora & D. M. Wolk (2013). Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry: a fundamental shift in the routine
practice of clinical microbiology. Clinical microbiology reviews, 26(3):547–603. ISSN
1098-6618.
URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=
3719498&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
P. J. a. Cock, C. J. Fields, N. Goto, M. L. Heuer & P. M. Rice (2010). The Sanger FASTQ file
format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic
acids research, 38(6):1767–71. ISSN 1362-4962. URL http://www.pubmedcentral.nih.
gov/articlerender.fcgi?artid=2847217&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
R. Craig & R. C. Beavis (2004). TANDEM: matching proteins with tandem mass spectra.
Bioinformatics (Oxford, England), 20(9):1466–7. ISSN 1367-4803. URL http://www.ncbi.
nlm.nih.gov/pubmed/14976030.
R. Cunningham, D. Ma & L. Li (2012). Mass spectrometry-based proteomics and peptidomics
for systems biology and biomarker discovery.
P. Danecek, A. Auton, G. Abecasis, C. a. Albers, E. Banks, M. a. DePristo, R. E.
Handsaker, G. Lunter, G. T. Marth, S. T. Sherry, G. McVean & R. Durbin (2011).
The variant call format and VCFtools. Bioinformatics (Oxford, England), 27(15):2156–
8. ISSN 1367-4811. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?
artid=3137218&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
62
Bibliografie
A. Dar, A. Belkhiri & W. El-Rifai (2009). The aurora kinase A regulates GSK-3β in gastric
cancer cells. Oncogene, 28(6):866–875. URL http://www.nature.com/onc/journal/v28/
n6/abs/onc2008434a.html.
K. De Meestere & G. Du Laing (2014). Chemische analysetechnieken. URL http://lib.
ugent.be/catalog/rug01:001868380.
M. a. DePristo, E. Banks, R. Poplin, K. V. Garimella, J. R. Maguire, C. Hartl, A. a. Philippakis, G. del Angel, M. a. Rivas, M. Hanna, A. McKenna, T. J. Fennell, A. M. Kernytsky,
A. Y. Sivachenko, K. Cibulskis, S. B. Gabriel, D. Altshuler & M. J. Daly (2011). A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data.
Nature genetics, 43(5):491–8. ISSN 1546-1718. URL http://www.pubmedcentral.nih.
gov/articlerender.fcgi?artid=3083463&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
T. Do, F. Xiao, L. Bickel & A. Klein-Szanto (2014). Aurora kinase A mediates epithelial
ovarian cancer cell migration and adhesion. Oncogene, 33(5):539–549. URL http://www.
nature.com/articles/onc2012632.
A. Dobin, C. a. Davis, F. Schlesinger, J. Drenkow, C. Zaleski, S. Jha, P. Batut, M. Chaisson
& T. R. Gingeras (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics
(Oxford, England), 29(1):15–21. ISSN 1367-4811. URL http://www.pubmedcentral.nih.
gov/articlerender.fcgi?artid=3530905&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
ENCODE (2011). Standards, Guidelines and Best Practices for RNA-Seq. Technical Report June. URL http://genome.ucsc.edu/ENCODE/protocols/dataStandards/ENCODE_
RNAseq_Standards_V1.0.pdf.
J. Eng, A. McCormack & J. Yates (1994). An approach to correlate tandem mass spectral
data of peptides with amino acid sequences in a protein database. Journal of the American Society for . . . . URL http://link.springer.com/article/10.1016/1044-0305(94)
80016-2.
L. T. C. França, E. Carrilho & T. B. L. Kist (2002). A review of DNA sequencing techniques.
Quarterly reviews of biophysics, 35(2):169–200. ISSN 0033-5835. URL http://www.ncbi.
nlm.nih.gov/pubmed/12197303.
S. Frank (2007).
NBK1568/.
Dynamics of cancer.
URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/
J. Fu, M. Bian, Q. Jiang & C. Zhang (2007). Roles of Aurora kinases in mitosis and
tumorigenesis. Molecular cancer research : MCR, 5(1):1–10. ISSN 1541-7786. URL
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17259342.
63
Bibliografie
L. Geer & S. Markey (2004). Open mass spectrometry search algorithm. Journal of proteome
. . . , pp. 958–964. URL http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/pr0499491.
B. George & S. Kopetz (2011). Predictive and prognostic markers in colorectal cancer.
Current oncology reports, (323):237–246. URL http://link.springer.com/article/10.
1007/s11912-011-0162-3.
D. Glover, M. Leibowitz, D. McLean & H. Parry (1995). Mutations in aurora Prevent Centrosome Separation Leading to the Formation of Monopolar Spindles. Cell, 81:95–105. URL
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0092867495903747.
J. a. C. M. Goos, V. M. H. Coupe, B. Diosdado, P. M. Delis-Van Diemen, C. Karga, J. a. M.
Beliën, B. Carvalho, M. P. van den Tol, H. M. W. Verheul, a. a. Geldof, G. a. Meijer,
O. S. Hoekstra & R. J. a. Fijneman (2013). Aurora kinase A (AURKA) expression in
colorectal cancer liver metastasis is associated with poor prognosis. British journal of
cancer, 109(9):2445–52. ISSN 1532-1827. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=3817339&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
M. G. Grabherr, B. J. Haas, M. Yassour, J. Z. Levin, D. a. Thompson, I. Amit, X. Adiconis,
L. Fan, R. Raychowdhury, Q. Zeng, Z. Chen, E. Mauceli, N. Hacohen, A. Gnirke, N. Rhind,
F. di Palma, B. W. Birren, C. Nusbaum, K. Lindblad-Toh, N. Friedman & A. Regev (2011).
Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature
biotechnology, 29(7):644–52. ISSN 1546-1696. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=3571712&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
A. Grada & K. Weinbrecht (2013). Next-generation sequencing: methodology and application.
The Journal of investigative dermatology, 133(8):e11. ISSN 1523-1747. URL http://www.
ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23856935.
J. Griffiths (2008). A brief history of mass spectrometry. Analytical chemistry, 80(15):5678–
83. ISSN 1520-6882. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18671338.
M. Guttman, M. Garber, J. Z. Levin, J. Donaghey, J. Robinson, X. Adiconis, L. Fan,
M. J. Koziol, A. Gnirke, C. Nusbaum, J. L. Rinn, E. S. Lander & A. Regev (2010).
Ab initio reconstruction of cell type-specific transcriptomes in mouse reveals the conserved multi-exonic structure of lincRNAs. Nature biotechnology, 28(5):503–10. ISSN
1546-1696.
URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=
2868100&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
D. Hanahan & R. a. Weinberg (2011). Hallmarks of cancer: the next generation. Cell,
144(5):646–74. ISSN 1097-4172. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21376230.
64
Bibliografie
E. Hannak, M. Kirkham, a. a. Hyman & K. Oegema (2001). Aurora-A kinase is required for
centrosome maturation in Caenorhabditis elegans. The Journal of cell biology, 155(7):1109–
16. ISSN 0021-9525. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?
artid=2199344&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
G. J. H. H. M. I. Hannon (2009). FASTX-Toolkit. URL http://hannonlab.cshl.edu/
fastx_toolkit/.
K. D. Hansen, S. E. Brenner & S. Dudoit (2010). Biases in Illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming. Nucleic acids research, 38(12):e131. ISSN
1362-4962.
URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=
2896536&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
M. Hattori (2005). [Finishing the euchromatic sequence of the human genome]. Tanpakushitsu
kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 50(2):162–8. ISSN 0039-9450. URL http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15704464.
D. W. Huang, B. T. Sherman & R. a. Lempicki (2009). Systematic and integrative analysis of
large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Nature protocols, 4(1):44–57. ISSN
1750-2799. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19131956.
H. Jiang, R. Lei, S. Ding & S. Zhu (2014). Skewer: a fast and accurate adapter trimmer for
next-generation sequencing paired-end reads. BMC bioinformatics, pp. 1–12. URL http:
//www.biomedcentral.com/1471-2105/15/182?fmt_math=yes&fmt_math_check=on.
G. Kang (2011). Four Molecular Subtypes of Colorectal Cancer and Their precursor lesions.
Archives of pathology & laboratory medicine, pp. 6–11. URL http://europepmc.org/
abstract/med/21631262.
B. L. Karger & A. Guttman (2009). DNA sequencing by CE. Electrophoresis, 30 Suppl 1:S196–
202. ISSN 1522-2683. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?
artid=2782523&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
Y. Katz, E. Wang, E. Airoldi & C. Burge (2010). Analysis and design of RNA sequencing
experiments for identifying isoform regulation. Nature methods, 7(12):1009–1015. URL
http://www.nature.com/articles/nmeth.1528.
A. T. Kicman, M. C. Parkin & R. K. Iles (2007). An introduction to mass spectrometry
based proteomics-detection and characterization of gonadotropins and related molecules.
Molecular and cellular endocrinology, 260-262:212–27. ISSN 0303-7207. URL http://www.
ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17097803.
M. Kollareddy & P. Dzubak (2008).
Aurora kinases: structure, functions and
their association with cancer.
Biomed Pap Med Fac . . . , 152(1):27–33.
URL
65
Bibliografie
http://www.researchgate.net/profile/Petr_Dzubak/publication/23261503_
Aurora_kinases_structure_functions_and_their_association_with_cancer/links/
542117a60cf241a65a1e59b6.pdf.
F. B. L. Krueger (2012). Trim Galore. URL http://www.bioinformatics.babraham.ac.
uk/projects/trim_galore/.
V. Lao & W. Grady (2011). Epigenetics and Colorectal Cancer. Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology, 8(12):686–700. URL http://www.nature.com/articles/nrgastro.
2011.173.
G. Lequeux (2005). Een introductie tot het zetsysteem Latex. Ph.D. thesis, Ugent.
H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth,
G. Abecasis & R. Durbin (2009). The Sequence Alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics (Oxford, England), 25(16):2078–9.
ISSN 1367-4811.
URL
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2723002&tool=
pmcentrez&rendertype=abstract.
J. Li & R. Tibshirani (2013). Finding consistent patterns: a nonparametric approach for
identifying differential expression in RNA-Seq data. Statistical methods in medical research,
22(5):519–36. ISSN 1477-0334. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22127579.
L. Liu, Y. Li, S. Li, N. Hu, Y. He, R. Pong, D. Lin, L. Lu & M. Law (2012).
Comparison of next-generation sequencing systems. Journal of biomedicine & biotechnology, 2012:251364. ISSN 1110-7251. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=3398667&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
Y. Liu, J. Zhou & K. P. White (2014). RNA-seq differential expression studies: more sequence
or more replication? Bioinformatics (Oxford, England), 30(3):301–4. ISSN 1367-4811. URL
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24319002.
M. Martin (2011). Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet, 17(1):10–12. URL http://journal.embnet.org/index.php/
embnetjournal/article/view/200.
T. Marumoto, S. Honda, T. Hara, M. Nitta, T. Hirota, E. Kohmura & H. Saya (2003).
Aurora-A kinase maintains the fidelity of early and late mitotic events in HeLa cells. The
Journal of biological chemistry, 278(51):51786–95. ISSN 0021-9258. URL http://www.
ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14523000.
M. L. Metzker (2010). Sequencing technologies - the next generation. Nature reviews.
Genetics, 11(1):31–46. ISSN 1471-0064. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
19997069.
66
Bibliografie
N. Nagaraj, J. R. Wisniewski, T. Geiger, J. Cox, M. Kircher, J. Kelso, S. Pääbo & M. Mann
(2011). Deep proteome and transcriptome mapping of a human cancer cell line. Molecular
systems biology, 7(548):548. ISSN 1744-4292. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=3261714&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
A. S. Nikonova, I. Astsaturov, I. G. Serebriiskii, R. L. Dunbrack & E. a. Golemis (2013). Aurora A kinase (AURKA) in normal and pathological cell division. Cellular and molecular life
sciences : CMLS, 70(4):661–87. ISSN 1420-9071. URL http://www.pubmedcentral.nih.
gov/articlerender.fcgi?artid=3607959&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
K. Ning & A. Nesvizhskii (2010). The utility of mass spectrometry-based proteomic data
for validation of novel alternative splice forms reconstructed from RNA-Seq data: a preliminary. Bmc Bioinformatics, 11(Suppl 11). URL http://www.biomedcentral.com/
1471-2105/11/S11/S14/.
D. J. C. Pappin, D. M. Creasy & J. S. Cottrell (1999). Probability-based protein identification
by searching sequence databases using mass spectrometry data Proteomics and 2-DE.
R. Patro, S. M. Mount & C. Kingsford (2014). Sailfish enables alignment-free isoform quantification from RNA-seq reads using lightweight algorithms. Nature biotechnology, 32(5):462–4.
ISSN 1546-1696. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24752080.
R Core Team (2013). R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL http://www.R-project.org/.
F. Rapaport, R. Khanin, Y. Liang, M. Pirun, A. Krek, P. Zumbo, C. E. Mason,
N. D. Socci & D. Betel (2013). Comprehensive evaluation of differential gene expression analysis methods for RNA-seq data. Genome biology, 14(9):R95. ISSN
1465-6914.
URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=
4054597&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
V. Ratushny, H. Pathak & N. Beeharry (2012). Dual inhibition of SRC and Aurora kinases
induces postmitotic attachment defects and cell death. 31(10):1217–1227. URL http:
//www.nature.com/articles/onc2011314.
M. D. Robinson, D. J. McCarthy & G. K. Smyth (2010). edgeR: a Bioconductor package
for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics (Oxford,
England), 26(1):139–40. ISSN 1367-4811. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=2796818&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
C. Roghi, R. Giet & R. Uzbekov (1998). The Xenopus protein kinase pEg2 associates with
the centrosome in a cell cycle-dependent manner, binds to the spindle microtubules and is
involved in bipolar. Journal of Cell . . . , 572:557–572. URL http://jcs.biologists.org/
content/111/5/557.short.
67
Bibliografie
F. Sanger & a. R. Coulson (1975). A rapid method for determining sequences in DNA by
primed synthesis with DNA polymerase. Journal of molecular biology, 94(3):441–8. ISSN
0022-2836. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1100841.
F. Sanger & S. Nicklen (1977). DNA sequencing with chain-terminating. 74(12):5463–5467.
F. Seyednasrollah, A. Laiho & L. L. Elo (2013). Comparison of software packages for detecting
differential expression in RNA-seq studies. Briefings in bioinformatics. ISSN 1477-4054.
URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24300110.
P. Shannon, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin,
B. Schwikowski & T. Ideker (2003). Cytoscape : A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks. (Karp 2001):2498–2504.
A. Sillars-Hardebol (2012). BCL2L1 has a functional role in colorectal cancer and its protein
expression is associated with chromosome 20q gain. The Journal of . . . , 226(3):442–450.
URL http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/path.2983/full.
A. H. Sillars-Hardebol, B. Carvalho, M. Tijssen, J. a. M. Beliën, M. de Wit, P. M. Delis-van
Diemen, F. Pontén, M. a. van de Wiel, R. J. a. Fijneman & G. a. Meijer (2012). TPX2
and AURKA promote 20q amplicon-driven colorectal adenoma to carcinoma progression.
Gut, 61(11):1568–75. ISSN 1468-3288. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
22207630.
C. Soneson & M. Delorenzi (2013). A comparison of methods for differential expression
analysis of RNA-seq data. BMC bioinformatics. URL http://www.biomedcentral.com/
1471-2105/14/91?utm_source=dlvr.it&utm_medium=twitter.
S. Tarazona & F. Garcı́a-Alcalde (2011). Differential expression in RNA-seq: a matter of
depth. Genome . . . , pp. 2213–2223. URL http://genome.cshlp.org/content/21/12/
2213.short.
The Uniprot Consortium (2014). UniProt: a hub for protein information. Nucleic Acids Research, 43(October 2014):204–212. ISSN 0305-1048. URL http://nar.oxfordjournals.
org/lookup/doi/10.1093/nar/gku989.
C. Trapnel, D. G. Hendrickson, M. Sauvageau, L. Goff, J. L. Rinn & L. Pachter (2013).
Differential analysis of gene regulation at transcript resolution with RNA-seq. Nature
biotechnology, (31):46–53.
C. Trapnell, L. Pachter & S. L. Salzberg (2009). TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq.
Bioinformatics (Oxford, England), 25(9):1105–11.
ISSN
1367-4811.
URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=
2672628&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
68
Bibliografie
C. Trapnell, B. a. Williams, G. Pertea, A. Mortazavi, G. Kwan, M. J. van Baren, S. L. Salzberg, B. J. Wold & L. Pachter (2010). Transcript assembly and quantification by RNA-Seq
reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation. Nature
biotechnology, 28(5):511–5. ISSN 1546-1696. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=3146043&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
M. Vaudel, H. Barsnes, F. S. Berven, A. Sickmann & L. Martens (2011). SearchGUI: An
open-source graphical user interface for simultaneous OMSSA and X!Tandem searches.
Proteomics, 11(5):996–9. ISSN 1615-9861. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
21337703.
M. Vaudel, J. M. Burkhart, R. P. Zahedi, E. Oveland, F. S. Berven, A. Sickmann, L. Martens
& H. Barsnes (2015). PeptideShaker enables reanalysis of MS-derived proteomics data
sets. Nature Biotechnology, 33(1):22–24. ISSN 1087-0156. URL http://www.nature.com/
doifinder/10.1038/nbt.3109.
B. Vogelstein & K. W. Kinzler (2004). Cancer genes and the pathways they control. Nature
medicine, 10(8):789–99. ISSN 1078-8956. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
15286780.
Q. Wang & P. a. Silver (2010). Genome-wide RNAi screen discovers functional coupling of
alternative splicing and cell cycle control to apoptosis regulation. Cell Cycle, 9(22):4419–
4421. ISSN 1538-4101. URL http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/cc.9.22.
14051.
X. Wang, R. J. C. Slebos, D. Wang, P. J. Halvey, D. L. Tabb, D. C. Liebler & B. Zhang
(2011). Protein Identification Using Customized Protein Sequence Databases Derived from
RNA-Seq Data.
X. Wang & B. Zhang (2013). customProDB: an R package to generate customized protein databases from RNA-Seq data for proteomics search. Bioinformatics (Oxford, England), 29(24):3235–7. ISSN 1367-4811. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=3842753&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
WHO (2015). Cancer fact sheet. URL http://www.who.int/mediacentre/factsheets/
fs297/en/.
Z. Xia, P. Wei, H. Zhang, Z. Ding, L. Yang, Z. Huang & N. Zhang (2013). AURKA governs
self-renewal capacity in glioma-initiating cells via stabilization/activation of β-catenin/Wnt
signaling. Molecular cancer research : MCR, 11(9):1101–11. ISSN 1557-3125. URL http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23761169.
F. Yang, X. Guo, G. Yang, D. G. Rosen & J. Liu (2011). AURKA and BRCA2 expression
highly correlate with prognosis of endometrioid ovarian carcinoma. Modern pathology : an
69
Bibliografie
official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc, 24(6):836–
45. ISSN 1530-0285. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?
artid=3152794&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
D. Yu, W. Huber & O. Vitek (2013). Shrinkage estimation of dispersion in Negative Binomial models for RNA-seq experiments with small sample size. Bioinformatics (Oxford,
England), 29(10):1275–82. ISSN 1367-4811. URL http://www.pubmedcentral.nih.gov/
articlerender.fcgi?artid=3654711&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
J. Zimmermann, H. Voss, C. Schwager, J. Stegemann & W. Ansorge (1988). Automated
Sanger dideoxy sequencing reaction protocol. FEBS letters, 233(2):432–6. ISSN 0014-5793.
URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3289973.
70