Examenvragen_januari_2014

Examenvragen methoden: januari 2014
Set 1
1.Bespreek Solexa/illumnia van de next generation sequencing. Leg het principe uit en geef enkele
mogelijke voordelen of beperkingen
2. Geef 2 superresolutie microscopie methoden. Eventuele nadelen en beperkingen
3. Je hebt een 5’ van een ORF en via homologe sequentie genen wordt verwacht dat dit gaat over
een DNA binden domein. Aan welke genen gaat dit eiwit binden en van welke genen beïnvloed het
de expressie? Welke stappen ga je uitvoeren en welke methode ga je gebruiken.
Set 2
1. methode massARRAY
2. Bespreek 3 manieren om een specifiek eiwit uit een complex eiwitstaal te identificeren en
kwantificeren
3. Je hebt een ORF van een gen uit een tumorcel gehaald,hoe kan je aantonen dat dit gen instaat
voor de invasiviteit,celproliferatie en celmigratie van de tumor cel
Set 3
1. Beschrijf Ligation by sequencing. Wat zijn voordelen, mogelijkheden, beperkingen? Bij welk
platform van next generation sequencing wordt dit toegepast?
2. Bespreek bottom up en top down proteomics. Welke vraagstellingen kan je geven per methode?
3. Je hebt via RNAseq een transcript kunnen identificeren. Via een homologiestudie vermoed je dat
het transcript iets te maken heeft met het metabolisme van fosfolipiden. Hoe ga je deze hypothese
testen? Beschrijf hoe je te werk gaat vanaf je RNAsequentie.