Examenvragen_Methoden_Swinnen

Examenvragen Methoden Swinnen
- SSCP
- 3 differentiele proteoomanalyses
- ORF gen en zien of het uw kankercellijn beinvloedt (zoiets)
3 verschillende methodes om eiwitconcentratie te meten
Waarom is next-next beter dan next. Bespreek enkele next-next.
Je hebt 5' ORF van een DNA-bindend eiwit gevonden. Hoe weet je aan welke genen het gaat binden
en of dat eiwit invloed heeft op expressie van die genen.
1) PCR screening
2) 2 methode voor dif. proteoomanalyse
3) PCR fragment met ORF en codeert voor DNA bindend eiwit => welke genen worden beinvloed
door dit eiwit
PCR library screening, Bottom-up - Top-Down, en dan welke methoden zou jij gebruiken bij deze
situatie: iets met dna-proteine interactie.
1) wat houdt " sequencing by ligation" in? hoe wordt dit in NGS gebruikt( ofzo iets)
2) Geef twee methoden om een specifieke eiwit uit een complexe staal te kwantificeren. Vergelijk ze
3) Je hebt een gen met een specifieke promotor gekloneerd? je wilt weten welke
transscriptiefactoren aan deze promotor binden en hoe ze de transcriptie( expressie) van dat
promotor beïnvloeden. Geef de stappen en de methoden hiervoor.
1) Bespreek en vergelijk 2 methoden om DNA te isoleren/zuiveren
2) Bespreek en vergelijk bottom up en top down approach voor seq van eiwitten
3) je hebt een tumor gedissecteerd, je wil weten of en welke mutaties die heeft hoe ga je te werk
1) Bespreek 3 technieken voor de kwantificatie van DNA
2) Geef het principe en werkwijze van RNAseq. Welke vraagstellingen zou hier een voorbeeld van
kunnen zijn? ( Alé ze wilden weten waarvoor ge het ging gebruiken :) )Voor en nadelen tov
micoarrays.3) Je hebt het 3' uiteinde van een ORF van het eiwit gecodeerd. Hoe vind je de 3D
structuur van het volledige eiwit? Geef de methoden hiertoe.
1) Leg kort 2 methoden uit voor analyse van metabolieten en vergelijk deze. (NMR+MS)
2) Bespreek pyrosequencing. Hoe wordt dit gebruikt in next generation sequencing?
Bijvraag: Waarom gebruikt men hiervoor geen Sanger methode? Omdat sanger geen geintegreerde
methode is -> nog overbrengen op gel, mr wel efficienter op zich.
3) Je hebt het 5' uiteinde van een ORF voor een nucleair eiwit gecloneerd. Je wil weten met welke
eiwitten dit nog zal interageren. Welke methodes ga je gebruiken + concrete stappen?
(3' race -> co-immunoprecipitatie of yeast two hybrid)