opdracht bioinformatica lln versie

Opdracht bio-informatica en evolutie
Verwantschap tussen soorten kunnen wetenschappers afleiden uit verschillende gegevens. Wetenschappers
kijken naar overeenkomsten in bouw of embryonale ontwikkeling, maar ze kunnen ook kijken naar DNA.
Wanneer organismen meer met elkaar verwant zijn, dan zal hun DNA ook meer overeenkomen. Zijn
organismen niet aan elkaar verwant, dan zal hun DNA ook weinig overeenkomsten vertonen.
Door het DNA van heel veel verschillende soorten te vergelijken kun je een soort stamboom maken van het
leven op aarde. Zo'n stamboom geeft dan de verwantschappen tussen de soorten weer. Hoe minder soorten
verwant zijn, hoe eerder de ‘takken’ waar deze soorten uit ontstaan zijn gesplitst zijn in het verloop van de
evolutie.
Op basis van deze splitsingen in takken kun je de verwantschap tussen soorten aangeven. In deze opdracht ga
je een evolutionaire stamboom maken voor twee eiwitten en de verwantschappen tussen diersoorten
bepalen.
Wat heb je nodig:
- Een computer met internet
- Handleiding bio-informatica
- Opdracht
Onderdeel A
1. Wat is de naam van het hieronder genoemde eiwit?
MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMI
FVGIKKKEERADLIAYLKKATNE
2. Bij welk(e) proces(sen) speelt dit eiwit een rol?
3. Zijn er organismen met vergelijkbare eiwitten? Noteer de namen van soorten op de 1e en 2e pagina.
Let op: kies alleen de organismen waar het eiwit achter staat. Je mag de wetenschappelijke namen
noteren en/of de gegeven Engelse soortnamen.
4. Hoe ziet de fylogenetische boom op basis van dit eiwit eruit? Gebruik de volgende organismen: konijn
(rabit*), steppe zebra (equbu*), schaap (sheep*), hond (canfa*), varken (pig*), mens (human*), grijze
walvis (escgi*).
* In de ID van het eiwit staan de letters na het liggende streepje voor het organisme waarin het eiwit
voorkomt aan.
Onderdeel B
5. Wat is de naam van het hier ondergenoemde eiwit?
MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGH
HEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG
6. Bij welk(e) proces(sen) speelt dit eiwit een rol?
7. Zijn er organismen met vergelijkbare eiwitten? Noteer de namen van soorten op de 1e en 2e pagina.
Let op: kies alleen de organismen waar het eiwit achter staat. Je mag de wetenschappelijke namen
noteren en/of de gegeven Engelse soortnamen.
8. Hoe ziet de fylogenetische boom op basis van dit eiwit eruit? Gebruik de organismen van opdracht 2.
Onderdeel C
9. Vergelijk de stambomen van onderdeel A en B. Wat valt je op met betrekking tot de
verwantschappen?
Opdracht bio-informatica (leerling)
LMW©
2011