TENTAMEN BIOCHEMIE

TENTAMEN BIOCHEMIE (8S135)
Vrijdag 26-1-2007, 9.00–12.00
Dit tentamen bestaat uit 7 opgaven.
Geef bij alle antwoorden een duidelijke uitleg.
1
Zowel -helices als -sheets kunnen amfifatisch zijn (een kant van het molecuul
polair, andere kant apolair).
a.
Geef een aminozuurvolgorde die geschikt zou zijn voor een amfifatische
-helix, en een die geschikt zou zijn voor de vorming van een amfifatische
-sheet.
b.
Wat is de drijvende kracht voor de vorming van een -helix en een sheet?
c.
Wat is de rol van S–S bruggen in de tertiaire structuur van eiwitten?
2
Je hebt een kleine hoeveelheid van een mengsel van twee eiwitten met een
molecuulgewicht van resp. 25 en 50 kDa, en je wilt de relatieve hoeveelheden in
dit mengsel bekijken met SDS-gelelektroforese.
a.
Het eiwit is bij elektroforese niet met het blote oog te zien. Beschrijf twee
methoden om eiwitten toch detecteerbaar te maken en daarmee hun
hoeveelheden te bepalen.
b.
Welk eiwit loopt het snelste? Leg uit waarom.
c.
Wat is de functie van het SDS?
3
Een enzym katalyseert een bepaalde reactie volgens Michaelis-Menten
condities. Bij een bepaalde enzymconcentratie is de maximale reactiesnelheid 20
mM/min. Wat kun je zeggen over de initiële reactiesnelheid bij:
a.
[S] = KM
b.
[S] = 2KM
c.
als a., maar de enzymconcentratie 2 keer hoger
d.
als a., na toevoeging van een competitieve inhibitor
e.
als a., na toevoeging van een niet-competitieve inhibitor
4
Ontwerp de active site van een enzym dat een ester kan hydrolyseren. Gebruik
echte aminozuren.
5
Je hebt een mutatie aangebracht in een stukje DNA, zoals hieronder
aangegeven, dit in een plasmide gezet m.b.v. restrictie-enzymen, en je hebt het
plasmide teruggezet in een aantal bacteriecellen die je vervolgens apart laat
uitgroeien tot kolonies van identieke cellen. Daarna wil je de sequentie van het
DNA analyseren m.b.v. de Sanger dideoxymethode.
Oorspronkelijk DNA:
ATAGTACCAATGGTTCAGTCCAA
Gemuteerd DNA:
ATAGTCCCAATGGTTCAGTCCAA
a.
Wat zou een geschikte primer zijn en waarom?
b.
Voor deze specifieke vraagstelling zou je in principe kunnen volstaan met
slechts 1 gelabeld dideoxynucleotide. Leg uit waarom, en geef aan wat
voor patroon je met dat dideoxynucleotide dan verwacht te zien op de gel.
c.
Voor sommige toepassingen van recombinant DNA technologie is een
speciaal hittebestendig DNA polymerase nodig. Is dat hier ook het geval?
6
In een eiwit bevindt zich de sequentie Ala–Lys.
a.
Welke anticodons hebben we nodig op de tRNA’s bij de synthese van dit
stukje van het eiwit? Welk tRNA wordt het eerste gebruikt?
b.
Wat is de rol van de ribosomen bij eiwitsynthese?
c.
Wat is het genetisch materiaal van retrovirussen?
7
Lipiden kunnen zowel vesicles als micellen vormen.
a.
Leg aan de hand van de structuur van de lipiden uit wanneer een van
beide structuren gevormd zal worden.
Veel bacteriën kunnen bij verschillende temperaturen groeien. Hierbij past de
lipidensamenstelling in hun membranen zich aan bij de omgevingstemperatuur.
b.
Als je bacteriën, die bij 37 C gegroeid zijn, in de koelkast zet en ze daar
verder laat groeien, hoe verwacht je dan dat de lipiden zich aanpassen
wat betreft verzadigdheid van de ketens?
SUCCES
2. Op welke manier(en) kan behandeling van een eiwit met -mercaptoethanol het
gedrag van dit eiwit op een gelfiltratiekolom beïnvloeden?