Examenvragen kwantitative celbiologie

Examenvragen kwantitative celbiologie
2010-2011
- verschillende compartimenten dat betrokken zijn bij central dogma (translation/transcription)
- Bohr’s law
- relatie tussen microscopy/ cytomics
- (black box etc)
- MAnders
- verschillende soorten microscopy
Confocal microscopy
- Kholer illumination
- G1, G2
2008-2009
1) Waar/vals: de NA van het objectief heeft een invloed op de
resolutie
2) Waar/vals: microtubuli zijn dunner dan actine of microfilamenten en
dienen als trekweerstand (of zoiets)
3) Denkvraag: FRAP grafiek, verklaar de recovery. Hoe kan je dit
controleren met een andere techniek? (Das dus FLIP dat je moet
beschrijven)
4) Denkvraag: (grafiek) Welke curve beschrijft carrier mediated
transport en verklaar?
5) Kennisvraag: beschrijf PCR en geef toepassingen
waar/vals:
1) het transmembraandeel van een proteine is hydrofoob (+ met welke
index kan je dit aantonen)
2) een cel met meer receptoren is gevoeliger voor een hormoon
denk:
1) gegeven is grafiek van FRAP: welke conclusie trek je hieruit
2) gegeven zijn 4 grafieken van flowcytometrie: een cel voor en op
verschillende tijdstippen na de behandeling. Wat doet de behandeling
(apoptose)
kennis:
1) gegeven is grafiek saturatie ifv p02 met 3 curves: Mb, Hg met
p50=10 en Hb met p50=30. bespreek + leg het verschil in Hb uit tussen
embryo en moeder
waar/vals: veel ribosomen = veel eiwitsynthese
waar/vals: om glucose in CO2 en water om ze zetten heb je zuurstof nodig
denk: die vraag met het visualiseren van ronddraaiend atpase
denk: er werd voor korte tijd een radioactive voedingsstof toegediend aan cellen die opgenomen
wordt in het DNA. Je krijgt een grafiek met op y-as percentage gelabelde delingen en op de x-as de
tijd sinds blootstelling. Verklaar de grafiek + zeg hoelang G2 en synthese duren aan de hand van de
grafiek.
kennis: leg uit: de immunocytochemische detectie van eiwitten in cellen
Waar/vals:
1) Enzymeconcentratie is een bepalende factor voor Vmax
2) We hebben een intact membraan bij mitochondrien nodig voor protonentransport
Denk:
1) 2 grafiekjes met op x-as hoeveelheid DNA, y-as hoeveel cellen.
Eerste grafiek vertoont 2 pieken, 2de grafiek enkel de eerste grafiek.
Tussen beide hebben we een enzym toegevoegd, is dit enzym mitose
inhibiterend of DNA synthese inhibiterend
2) lijst van substraatconcentraties, v uitmetingen zonder inhibitie,
met inhibitie. Bepaal Km en Vmax (en toon aan met grafiek)
Kennis:
1) Bespreek de onderdelen bij een fluorescentiemicroscoop
kennis: leg uit mitose en meiose
waar/vals: zaadcel heeft dubbel dna van gewone cel (vals dus)
en het therapeutisch effect van ioniserende straling bij kankercellen
is het gevolg van verhoogde celdeling
denk:-gegeven concentraties en opname van een stof, gebeurt de opname
met een transporter?
-gegeven is optische microscoop, resolutie, NA, partikels die 10-200nm
groot kunnen zijn, ze zijn te detecteren met fluorescentie, ccd camera
met aantal pixels van 6micrometer pixelgrootte
gevraagd is dan om de instructies te bepalen om te analyseren hoeveel
partikels er zijn en verklaar.
1. Waar/vals. Microtubili zijn dunner en resistenter tegen uitrekking
dan microfilamenten
2. Waar/vals. Bij een functioneel mitochondrium is het membraan
ondoorlaatbaar voor protonen.
3. Kennis: leg de principes van chemocytoplasmatische imuundectie uit
4. Denkvraag: Iets met de celcyclus. Had die vraag verkeerd begrepe.
5. Denkvraag. Over resolutie van microscoop.
1. Kennis: geef enkele typische kenmerken van een kankercel (bijvraag: wat is oncogen en
tumorsupressor)
2. Waar/vals: een cel die natuurlijk gekleurd is belichten we best met licht waarbij de absorptie
maximaal is
3. Waar/vals: bij fasecontrastmicroscopie zorgt een hogere brekingsindex van het medium zorgt een
verminderd contrast (afhankelijk van de brekingsindex van het medium en van de cellen, hoe kleiner
het verschil, hoe minder contrast)
4. Denk: gegeven grafiek van FRAP, welke besluiten kan je hieruit trekken?
5. Denk: microtubuli groeien aan 2 micrometer/seconde, alfa,beta-dimeer is 8 nm groot
A) hoeveel dimeren komen er per seconde bij? (hou rekening met het feit dat microtubuli buisjes zijn
en er 13 dimeren zijn per cirkeldoorsnede)
B) als de resolutie van de microscoop 250 nm is, na hoeveel tijd kunnen we een signifacante
vergroting zien?
2007-2008
1. Kennis: Bespreek DNA replicatie, situering in de celdeling en
betekenis van het telomeer.
2. Waar/Vals: De preciese formulering weet ik niet meer. Kwam erop
neer dat je het verschil tussen een microfilament (actinemoleculen) en
microtubuli moest toelichten.
3. Denkvraag: FLIP toepassen op een schema waar een aantal cellen aan
elkaar hingen en enkele ervan geisoleerd waren. Gevraagd was de intensiteitsverschillen tussen de
cellen te verklaren en voorspellen wat er ging
gebeuren als je alle cellen los van elkaar zou doen (er werd een stof
toegevoegd die dit als resultaat ging hebben).
2007-2008
1.-waar/vals vraag: goed ontwikkelde endoplasmatisch reticulum zorgt voor een actieve secretie van
proteïnen
-->ik heb eigenlijk niet geantwoord met waar of vals maar uitgelegd wat het ER doet, nl. eiwitten
maken. (enzymen vallen daar ook onder) kheb uitgelegd hoe van DNA naar RNA naar mRNA wordt
gegaan, en dat dat dan naar het cytoplasma gaat waar het met tRNA in de ribosomen eiwitten
maakt. er zijn ook vrije ribosomen (dus niet enkel het ER bepaalt of er eiwitten worden gemaakt)
tis dus eigenlijk nie zo'n vraag waar ge waar of vals kunt op zeggen :-)
2.-kennisvraag: bespreek de enzymactiviteiten in het cytoplasma
-->heb het gehad over competitieve, oncompetitieve en gemengde inhibitie. mondelinge bijvraag:
voor farmaceutische producten, welke regeling valt te verkiezen? antwoord: competitieve omdat Km
wijzigen meer invloed heeft.
3.-denkvraag: De werking van ATP-synthase werd aangetoond via een construct waarbij de een
fluorescent molecule via een actine polymeer gekoppeld werd aan het roterende intern deel van ATP
complex. (cfr figuur )
Via fluorescentie microscopie werd de draaiing van de molecule gevolgd in functie van de ATPafbraak. De synthese of afbraak van ATP is in het complex reversiebel en afhankelijk van de
hoeveelheid ATP, ADP en anorganisch fosfaat aanwezig.
Gegeven dat een subeenheid actine een afmeting heeft van ongeveer 8nm, hoeveel actine
subeenheden zullen minimaal moeten gebruikt worden om het fluorescent molecule te koppelen
aan de roterende as-molecule (de gamma-subeenheid).
Geef bij je voorstel tevens aan welke observatie componenten welke minimale eigenschappen
moeten hebben.
-->minimaal 13 actinemoleculen in geval de microscoop een resolutie van 200nm heeft. (200/8=12,5
=>13) maar in werkelijkheid véél meer dan 13 om een deftig beeld te verkrijgen
2007-2008
Waar/Vals: De nucleolus kan aanschouwd worden als een cytoplasmatisch organel
==> Vals (zit in kernplasma + geen eigen membraan). Bijvragen: waar worden ribosomen gemaakt
(blijkbaar in de nucleolus), bevat de nucleolus ook DNA (blijkbaar wel)
Kennisvraag: Waarom hebben cellen die enzymen secreteren, zoals darmcellen, endoplasmatische
membranen en bloedcellen niet?
==> Ribosomen, RER, Golgi, ... Bijvragen: Hoe worden enzymen in de extracellulaire ruimte gebracht
(versmelten met membraan, membraaneiwitten, ...)
Denkvraag: Een grafiek, snelheid in functie van concentratie. Een een steile curve die afvlakt (A) en
een lineair verband (B). Welke curve hoort bij een carriergemedieerd transport?
==> A, na activatie (acetylcholine, depolarisatie), gaat het kanaal geleiden en heel veel stoffen
doorlaten (steil). Bij een hogere concentratie geraken alle kanalen gesatureerd waardoor de grafiek
afvlakt.
2007-2008
-Kennisvraag: welke technieken ken je om de mobiliteit van intracellulaire eiwitten te meten,
wetende dat er een GFP aan het eiwit gekoppeld is ofzo...
-Vals of vals: een zaadcel heeft een dubbele hoeveelheid DNA t.o.v. een gewone lichaamscel.
-Denkvraag: je krijgt drie kolommen getallen, ene is de substraatconcentratie, tweede is de
omvormingssnelheid zonder inhibitor, derde is de snelheid na toevoeging van inhibitor. Kolom 1
heeft getallen 20, 10 ,..., 2.5,..., 1kommanogiets, tot 1,00. Kolom 2 heeft getallen van 0.55 (bij de 20
uit kolom 1), en de getallen blijven dalen tot 0kommaweetikveel (bij de 1.00 uit kolom 1). Kolom 3
heeft getallen van 0.37 (bij de 20 in kolom 1) tot 0kommazoveel. Beinvloedt de inhibitor de Km, de
Vmax of allebei, en geef er ook een grafiekje bij.
oplossing kennisvraag: flip, frap en fcs, dat volstond
mijn oplossing denkvraag: enkel de Vmax daalt van 0.55 tot 0.37, de Km was 2.5 want in kolom 2
stond hierbij 0.27 (=0.55/2) en in kolom drie stond er 0.17 (=0.37/2) bij 2.5 in kolom 1.
2007-2008
- kennis: Km en Vmax uitleggen
-waar/vals: resolutie bepaald door NA (waar , gewoon wat uitleggen met
formule en zo)
- FRAP en FLIP bij denkvraag (eerder kennis dan denken)
2007-2008
waar/vals: Door het toepassen van frap, neemt het verschil tussen
emissie en excitatie toe.
Denkvraag: microtubuli groeien 2microm/s. Hoeveel tubulines (8nm)
moeten er aangroeien omdat dit zichtbaar zou zijn met een resolutie
van 250nm. En na hoeveel tijd zie je dat groeien.
Kennisvraag: bespreek flowcytometrie en waarvoor wordt het gebruikt.
2007-2008
1. (waar/vals): Als een lichtmicroscoop een resolutie heeft van 200 nm, dan kan ik een object van 100
nm niet zien.
2. (kennis): Bespreek de verzadiging van zuurstof aan hemoglobine in functie van de pH (met
gegeven grafiek: pH 7,2; 7,4 en 7,6)
3. (denkvraag): Gegeven drie koppels van primers voor PCR: 2 koppels zijn niet geschikt: welke en
waarom?
2007-2008
1. waar/vals: het celmebraan bestaat uit een dubbel lipidelaag met amfoteer karakter (waar)
2. kennis: waarom hebben pancreascellen endoplasmatische membranen en RBC's niet?
3. denk: iets met diffusie en carrier mediated, niet zo moelijk, maar wle paniek bij het lezen van de
vraag...
2005-2006
Er wordt een grafiek gegeven met een paar curves die resultaat zijn van een FRAP experiment. Vraag
is nu wat je hieruit kunt afleiden. Let op: hij stelt hierover heel veel bijvragen die inzicht vereisen in
de verschillende fluorescentietechnieken.
Waarom kan er vanalles misgaan in de ATP-generatie als het membraan van de mitochondrieën stuk
is
Er worden een paar grafiekjes getoond met resultaten van een cytometrie-experiment (Y-as aantal
cellen, x-as hoeveelheid DNA). Vraag is bij welk experiment een mitose-inhibitor wordt gebruikt en
bij welke een inhibitor voor DNA-productie
Waarom heeft kanker meer kans als het DNA-herstelmechanisme mank loopt
In welke zin is de anti-parallelliteit van DNA belangrijk bij PCR?
Geef de specifieke voor-en nadelen van confocale microscopie