Studiefiche - studiegids UGent

Studiefiche
Academiejaar 2016-2017
Moleculaire technieken en hun toepassingen in evolutionaire en
ecologische studies (C002931)
Cursusomvang
(nominale waarden; effectieve waarden kunnen verschillen per opleiding)
Studiepunten 3.0
Studietijd 90 u
Contacturen
30.0 u
Aanbodsessies en werkvormen in academiejaar 2016-2017
A (semester 2)
practicum
20.0 u
hoorcollege
10.0 u
Lesgevers in academiejaar 2016-2017
De Clerck, Olivier
WE11
Aangeboden in onderstaande opleidingen in 2016-2017
International Master of Science in Marine Biodiversity and
Conservation
Verantwoordelijk lesgever
stptn
3
aanbodsessie
A
Onderwijstalen
Engels
Trefwoorden
moleculaire evolutie, genetica, staalname, technieken
Situering
Het opleidingsonderdeel biedt een overzicht van de gebruikelijke moleculaire
technieken en analysemethoden in fylogenetisch, biogeografisch en ecologisch
onderzoek om genetische diversiteit in populaties, verwantschappen tussen
organismen en gemeenschappen te bepalen.
Inhoud
In eerste instantie worden de basisprincipes van moleculaire evolutie bondig toegelicht,
waarna de meest courante technieken in detail worden besproken. Technieken worden
zowel benaderd vanuit een theoretisch als praktisch perspectief en de diverse
toepassingsmogelijkheden worden kritisch geëvalueerd. Er wordt zowel aandacht
besteed aan de reconstructie van verwantschappen tussen individuen als aan
technieken die gelijkenissen tussen gemeenschappen nagaan. Volgende technieken
en bijhorende analyses worden besproken: staalname en bewaring van weefsels,
isozyme electrophorese, DNA-DNA hybridisatie, DNA en RNA extractie, primer design
en amplificatie (PCR), sequentiebepaling, Amplified Length Polymorphism (AFLP),
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), quantitative realtime PCR (qPCR),
Denaturing Gradients Gel Electrophoresis (DGGE), clone libraries, amplificatie en
toepassingen van microsatellieten. Nieuwe technologiën die gebruik maken van high
throughput sequencing (bv. RNA-seq, RAD-seq, Pool-seq) worden theoretisch
toegelicht en hun toepassingen in biologische onderzoek besproken. Door middel van
praktische oefeningen zal de student kennismaken met de diverse technieken.
Begincompetenties
Basisbegrippen uit de genetica en celbiologie. Een basiskennis van evolutie en
overervingmechanismen is tevens aangewezen.
Eindcompetenties
Het verwerven van een zowel praktisch als theoretisch inzicht in de verschillende
methodieken en analysetechnieken die gebruikt worden om verwantschappen tussen
organismen te bepalen.
Creditcontractvoorwaarde
Toelating tot dit opleidingsonderdeel via creditcontract is mogelijk mits gunstige beoordeling
(Goedgekeurd)
1
van de competenties
Examencontractvoorwaarde
Dit opleidingsonderdeel kan niet via examencontract gevolgd worden
Didactische werkvormen
Hoorcollege, practicum
Leermateriaal
Powerpoint presentaties van elk hoorcollege worden beschikbaar gesteld in pdf formaat
via Minerva. Geraamde totaalprijs: 0 EUR
Referenties
Avice, J.C. 2004. Molecular markers, natural history and evolution. 2nd edition. Sinauer.
Weising K. 2005. DNA Fingerprinting in plants. Principles methods and applications.
Taylor & Francis.
Vakinhoudelijke studiebegeleiding
Interactieve ondersteuning via Minerva en werkcolleges. Persoonlijk contact met
lesgevers is mogelijk op elektronische afspraak.
Evaluatiemomenten
periodegebonden en niet-periodegebonden evaluatie
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de eerste examenperiode
Mondeling examen
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de tweede examenperiode
Mondeling examen
Evaluatievormen bij niet-periodegebonden evaluatie
Participatie
Tweede examenkans in geval van niet-periodegebonden evaluatie
Niet van toepassing
Eindscoreberekening
De punten worden berekend op basis van de score van het mondeling examen (75%)
en participatie tijdens de geleide oefeningen (25%).
(Goedgekeurd)
2