Studiefiche - studiegids UGent

Studiefiche
Academiejaar 2015-2016 t.e.m. 2016-2017
Gevorderd programmeren in bio-informatica (C002681)
Cursusomvang
(nominale waarden; effectieve waarden kunnen verschillen per opleiding)
Studiepunten 3.0
Studietijd 80 u
Contacturen
25.0 u
Aanbodsessies en werkvormen in academiejaar 2016-2017
A (semester 1)
hoorcollege
10.0 u
werkcollege: PC-klasoefeningen
15.0 u
Lesgevers in academiejaar 2016-2017
De Bleser, Pieter
WE14
Aangeboden in onderstaande opleidingen in 2016-2017
Master of Science in Biochemistry and Biotechnology
Master of Science in de biochemie en de biotechnologie
Uitwisselingsprogramma Biochemie en biotechnologie (niveau
master)
Verantwoordelijk lesgever
stptn
3
3
3
aanbodsessie
A
A
A
Onderwijstalen
Engels
Trefwoorden
Bio-informatica, programmeren, Perl, Java, Python, R
Situering
De bedoeling van deze cursus is om de student kennis te laten maken met andere
computertalen zoals Java, Python en R die veelvuldig worden gebruikt in de bioinformatica. Dit is belangrijk aangezien sommige bio-informatica taken efficienter
kunnen worden geimplementeerd in Java, Python of R dan in Perl en de student moet
kunnen herkennen wanneer een bepaalde taal meer geschikt is voor het oplossen van
een bepaald probleem.
Dit opleidingsonderdeel sluit aan bij volgende opleidingscompetenties: Ma.WE.BB.1.1,
Ma.WE.BB.1.2, Ma.WE.BB.1.4, Ma.WE.BB.2.1, Ma.WE.BB.2.5, Ma.WE.BB.2.6, Ma.
WE.BB.2.7, Ma.WE.BB.2.8
Inhoud
• Versiebeheer met Git
• Object Georiënteerde Programmatie (OOP)
• OOP in Perl
• Perl modules
• Perl bio-informatica applicaties
• Grafische representatie van genomische data (Perl, Java)
• Web database toegang m.b.v. Perl en Java
• Java: Overzicht, OOP
• Java: Applets
• Java: bio-informatica toolbox
• Python
• Biopython
• Data banken API programmering (Perl, Java)
• R voor bio-informatica
• Integratie van Perl met R
Begincompetenties
Basisprincipes programmeren in Perl en Bioperl.
Eindcompetenties
(Goedgekeurd)
1
1 De student kent en begrijpt de basisprincipes van het programmeren in (Bio)Perl, Bio
1 (Java), Bio(Python) en R.
2 De student is in staat de situaties te herkennen wanneer een bepaalde computertaal
1 meer geschikt is voor het oplossen van een bio-informatica probleem.
Creditcontractvoorwaarde
Toelating tot dit opleidingsonderdeel via creditcontract is mogelijk mits gunstige beoordeling
van de competenties
Examencontractvoorwaarde
Dit opleidingsonderdeel kan niet via examencontract gevolgd worden
Didactische werkvormen
Hoorcollege, werkcollege: PC-klasoefeningen
Leermateriaal
Uitgebreide powerpoint presentaties
Eigen nota's Geraamde totaalprijs: 0 EUR
Referenties
-
Vakinhoudelijke studiebegeleiding
Op electronische afspraak
Evaluatiemomenten
periodegebonden evaluatie
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de eerste examenperiode
Schriftelijk examen met meerkeuzevragen, vaardigheidstest
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de tweede examenperiode
Schriftelijk examen met meerkeuzevragen, vaardigheidstest
Evaluatievormen bij niet-periodegebonden evaluatie
Tweede examenkans in geval van niet-periodegebonden evaluatie
Niet van toepassing
Eindscoreberekening
(Goedgekeurd)
2