Inhoudsopgave

TIPS & TRUCS VOOR BIBLIOGRAFISCH MANAGEMENT
VAN SR'S MET REFERENCE MANAGER
De uitvoering van systematische reviews (SR's) vereist dat dit zorgvuldig, betrouwbaar en reproduceerbaar gebeurt. Ook het literatuuronderzoek moet als onderzoeksmethode helder en compleet
worden verantwoord. Daarnaast worden er vaak veel referenties aan het uiteindelijke artikel toegevoegd. Daarom is het goed managen van referenties belangrijk om dit proces efficiënt te laten verlopen.
Deze tips & trucs zijn opgesteld om de compleetheid en betrouwbaarheid van en het schrijven met
referenties te vergemakkelijken. Dit alles met het oog op het Prisma Statement (www.prismastatement.org), dat de standaard is die tijdschriftredacties hanteren voor het beschrijven van een
systematisch review.
Dit stuk is met name geschreven met Reference Manager (RefMan) als referentiesoftware in gedachten. De tips en trucs zijn ook toepasbaar in andere software-paketten.
Inhoudsopgave
1.
Eén database ................................................................................................................................... 2
2.
Vastleggen van de search in een logboek ....................................................................................... 2
3.
Trefwoord voor bestand en datum ................................................................................................. 2
4.
Gooi geen items weg ....................................................................................................................... 2
5.
Tellen en nog eens tellen en flow diagram ..................................................................................... 2
6.
Sneller importeren van referenties ................................................................................................. 3
7.
Ontdubbelen met de hand en op het oog....................................................................................... 3
8.
Selecties vastleggen m.b.v. trefwoorden ........................................................................................ 3
9.
Samenvoegen van twee selecties ................................................................................................... 4
10.
Toevoegen van known items....................................................................................................... 4
11.
Zoeken in de database ................................................................................................................ 4
12.
Slim schrijven en invoegen in artikel ........................................................................................... 5
13.
Versies 11 en 12 .......................................................................................................................... 5
14.
Tijdschriften en output styles ...................................................................................................... 5
15.
Meer informatie .......................................................................................................................... 6
Dec 2013
1. Eén database
Gebruik altijd één database voor het gehele onderzoek. Het gebruik van meerdere databases per
onderwerp lijkt misschien handig, maar is het niet. Voor het ontdubbelen met latere zoekacties en
andere bestanden is het juist voordelig om één bestand te hebben. Ook blijft in één bestand het
overzicht veel makkelijker behouden.
2. Vastleggen van de search in een logboek
Maak van alle searches in de verschillende bestanden èlke keer een kopie van de zoekgeschiedenis
(Search History) en verzamel die in een Word-document. Vermeld per Search History de bestandsnaam en de datum. Zo ontstaat er een logboek van alle searches. Dit is zeer bruikbaar om terug te
kijken hoe en wanneer en waar er gesearched is. De aantallen treffers zijn ook weer van belang voor
het flow diagram en de verantwoording van de methode volgens het Prisma Statement
(www.prisma-statement.org).
3. Trefwoord voor bestand en datum
Voeg op het moment van importeren van referenties altijd een trefwoord toe dat bestaat uit de bestandsnaam plus de datum waarop die items gevonden zijn, bv. PubMed 20131007. Zo is altijd te traceren, m.b.v. het logboek, met welke search een item gevonden is. Doe dat ook met losse items die
bijvoorbeeld via een referentielijst zijn gevonden. Dit trefwoord wordt ingevoegd in het importeerscherm (File > Import Text File), onder het kopje Additional Keywords.
4. Gooi geen items weg
Verwijder nooit items uit de RefMan-database! Ook als ze overduidelijk niet relevant zijn. Als er later
ontdubbeld moet worden is het juist van belang om alle items die al beoordeeld zijn niet nog eens
een keer terug te zien. Zo nodig kan een aparte database gemaakt worden, die bijv. Prullenbak heet,
en waar overbodige items naar toe gesleept kunnen worden.
5. Tellen en nog eens tellen en flow diagram
Voor het Prisma Statement moet een flow diagram worden gemaakt waarin twee selectiefases worden weergegeven en de in- en exclusiecriteria voor beide fases. Bij beide fases moeten ook de getallen geïncludeerde en geëxcludeerde items worden genoemd. Houd daarom de aantallen treffers bij
uit de searches in het logboek. Noteer ook de aantallen overgebleven treffers na ontdubbelen. Dit is
ook later weer na te kijken door te zoeken op de trefwoorden voor de bestandsnaam en de datum
van de import in combinatie met trefwoorden voor geselecteerde items.
Dec 2013
6. Sneller importeren van referenties
Importeren van (nieuwe sets met) referenties gaat traag. Om dat te versnellen is het verstandig een
aantal automatische functies bij importeren uit te zetten. Dit betreft de functies: Check for
Duplicates, Scan … for Keywords en Sort Keyword List. Deze opties zijn af te vinken via het menu
Tools > Options > Reference Edit. Of, gelijk bij importeren al, in de box Import Text File: Options >
Reference Edit.
7. Ontdubbelen met de hand en op het oog
Laat het ontdubbelen tussen resultaten van nieuwe searches of bij toevoegen van resultaten uit andere bestanden niet automatisch verlopen. Er is dan geen controle of dit inderdaad dubbele referenties betreft en er mogen tenslotte geen relevante items gemist worden. Ontdubbelen gaat op de volgende manier: laad de nieuwe treffers in de database. Zorg dat de Reference List Display de volgende
velden bevat: Reference ID, eerste auteur, titel, tijdschrifttitel, publicatiedatum, volume, issue en
eerste pagina. Laat vervolgens ontdubbelen (via Tools > Batch Operations > Duplicate Search (alleen
ontdubbelen op titel instellen)). Sorteer de lijst op eerste auteur. Nu is snel duidelijk of een referentie
inderdaad dubbel is op basis van de gegevens die in de Reference List Display te zien zijn. Via de
Duplicate Search worden zeker niet alle dubbelen boven water gehaald. Dus kijk nogmaals de hele
database door op dubbelen. Ga pas, natuurlijk, nà het ontdubbelen de nieuw gevonden items selecteren!
8. Selecties vastleggen m.b.v. trefwoorden
Voer het selectieproces in het RefMan-bestand uit en niet in de databases zelf. Vermeld bij items die
relevant zijn, waar nog naar gekeken moeten worden of die op één of andere manier interessant zijn,
een eigen trefwoord in het Keyword-veld. Maak hier een trefwoord van dat niet in de natuurlijke taal
voorkomt, omdat Reference Manager automatisch trefwoorden toevoegt aan nieuwe items. Maak er
bijvoorbeeld van: 'HANS:JA', 'HANS:TWIJFEL', 'RALPH:Achtergrond'. Er kunnen talloze trefwoorden
worden toegevoegd. Bij het beginnen met intikken van het trefwoord, wordt dit in het keuzemenu
zichtbaar en kan geselecteerd worden met Enter. Trefwoorden kunnen makkelijk gezocht worden via
de index (Term Manager). Ook kunnen trefwoorden via de index eenvoudig worden samengevoegd,
verwijderd en gewijzigd.
Het is ook mogelijk om in (een selectie van) de database in bulk een trefwoord toe te voegen: voeg
aan één referentie het gewenste trefwoord toe en sla de referentie op. Blok vervolgens het toegevoegde trefwoord en via het menu Edit > Copy Field kan dit trefwoord vervolgens aan gemarkeerde
of alle items worden toegevoegd.
Dec 2013
9. Samenvoegen van twee selecties
Voor het selecteren eist een systematisch review dat dat gebeurt door twee personen onafhankelijk
van elkaar. Dat betekent dat het RefMan-bestand gekopieerd moet worden en apart door beide onderzoekers in zijn geheel bekeken moet worden. Elke onderzoeker geeft dan bij relevante items of
twijfelgevallen een trefwoord. (Nìet bij niet-relevante items: dat zijn er namelijk veel meer!)
Vervolgens wordt de selectie van de tweede onderzoeker toegevoegd aan die van de eerste. Die samenvoeging werkt als volgt: van het tweede bestand worden de items met het bijbehorende selectietrefwoord opgezocht. Via een Output Style, die alleen de Reference ID's afdrukt, wordt van deze
geselecteerde items het Ref ID in een Word-document gezet. Zorg dat er om elk Ref ID heen accolades komen te staan en tussen alle items ook OR met spaties daaromheen. Dat kan zowel in Word
met zoeken/vervangen (Ctrl-H), als ook meteen al via de Output Style. Dus: {679} OR {717} OR {848}.
Maak op deze manier blokken van maximaal 50 Ref ID's. Deze blokken worden vervolgens in het
zoekscherm van de eerste database ingevoerd via het menu References > Search References. Kies onder Field voor Ref ID. Nu worden de geselecteerde Ref ID's opgezocht en deze komen in een tabblad
Search Result te staan. In dit tabblad wordt in het eerste item bij het trefwoordveld (Keyword) het
trefwoord ingevoerd dat bij de selectie van de tweede beoordelaar hoort. Blok dit trefwoord vervolgens en voeg via het menu Edit > Copy field > All references in list dit trefwoord vervolgens aan
alle gevonden items toe.
10.
Toevoegen van known items
Als een referentie wordt gevonden in een referentielijst van een artikel kan deze snel en gemakkelijk
worden toegevoegd aan de RefMan-database. Dit zijn zgn. known items. Kies daarvoor in Reference
Manager het menu References > New > vink Internet Search aan. Nu wordt automatisch gezocht in
PubMed. Gebruik voor het zoeken bij voorkeur de achternaam van de eerste auteur (met voorvoegsels voorop) in het veld Author en eerste pagina van de publicatie in het veld Pagination. Of, als dat
bekend is, gebruik dan het PubMed ID in het veld 'UID'.
De gevonden items worden nìet meteen in de database opgenomen, maar staan apart in het tabblad
Search. De gewenste referenties kunnen met aanklikken en slepen (Move) verplaatst of met het
menu Copy between databases onder de rechtermuisknop gekopieerd worden naar de eigen database.
11.
Zoeken in de database
Er kan in de database gezocht worden via het menu References > Search References. Vervolgens
zoeken per veld of kiezen voor geïndexeerde (trefwoord, auteursnaam of tijdschrifttitel), dan wel
niet-geïndexeerde velden (de overige).
Dec 2013
Er kan ook gezocht worden via de indexen (Term Manager-knop). Zoek hier het trefwoord op en
highlight dit. Dit kan ook met meerdere trefwoorden. Klik vervolgens op het zoekicoon (de verrekijker). Bij meerdere trefwoorden wordt nog gevraagd om een AND- of OR-combinatie. Vervolgens
worden alle items gevonden waar het gezochte trefwoord bij voorkomt. Gebruik het trefwoordzoeken ook voor het terugvinden van items in selecties.
12.
Slim schrijven en invoegen in artikel
Bij het schrijven van het artikel is het handig om de RefMan-database open te zetten en vervolgens
een zoekactie uit te voeren op de relevante items (m.b.v. de trefwoorden voor deze selectie(s)). Dat
helpt om makkelijk de in te voegen artikelen te zien. Een truc om referenties alvast in de tekst te vermelden is door de auteursnaam en publicatiejaar tussen accolades te vermelden, bv. {Ket 2005}. Deze verwijzing kan al in de tekst worden toegevoegd zonder dat Reference Manager zelf of een RefMan-database beschikbaar is. Via de knop Update Citations and Bibliography in het Reference Manager-lint van Word wordt vervolgens in de database gezocht naar deze referenties en kunnen de juiste
referenties gemakkelijk worden aangevinkt.
13.
Versies 11 en 12
Versie 12 van Reference Manager is vooral geproduceerd om te zorgen dat de samenwerking tussen
Reference Manager en recente versies van Word (v.a. Office 2007) correct verloopt. Verder zijn er zo
weinig verschillen tussen beide versies dat handleidingen e.d. zonder meer door elkaar kunnen worden gebruikt.
Zorg er wel voor dat op verschillende PC's die gebruikt worden voor Reference Manager wel dezelfde
versie staat. Het converteren van versie 12 naar versie 11 (downgraden) zal waarschijnlijk niet soepel
gaan. Andersom (upgraden) gaat wel probleemloos.
14.
Tijdschriften en output styles
Per tijdschrift wordt een opmaak van de referenties vereist, een zgn. output style. Veel (medische)
tijdschriften hanteren de standaardstijl die door het leven gaat onder de namen Uniform Requirements (of Manuscript), ICMJE Recommendations of Vancouver. Veel tijdschriften die deze standaard
hanteren kennen toch weer kleine variaties.
Check zowel de omschrijving van de output style in de author guidelines van het tijdschrift als in een
aantal recente artikelen om er achter te komen wat de vereiste stijl precies inhoudt.
Dec 2013
Er zijn verschillende bronnen voor al bestaande stijlen: in RefMan zelf, via het menu Output Style, of
in de directory C: > Program Files > Reference Manager > Styles. Verder zijn er verbeterde en nieuwe
stijlen te vinden op de site van de UB VU: www.ub.vu.nl > Hulp, Advies > Tools > Reference Manager
> Output Styles. Ook is het mogelijk te zoeken naar stijlen via Google en/of de site van het tijdschrift
en/of de officiële site van RefMan: www.refman.com.
Mocht er geen bestaande correcte stijl te vinden zijn, dan is er nog een handleiding van de UB VU beschikbaar voor het zelf maken van een stijl: www.ub.vu.nl > Hulp, Advies > Tools > Reference Manager > Output Style maken.
15.
Meer informatie
Meer informatie over Reference Manager, met name Output Styles, Import Filters, FAQ's en Helpdesk via de UB-site: www.ub.vu.nl > Hulp, Advies > Tools > Reference Manager.
<http://www.ub.vu.nl/nl/hulp-advies/tools/reference-manager/index.asp>
Medische Bibliotheek, De Boelelaan 1117, 1081 HV Amsterdam | kamer: 0B100
www.ub.vu.nl
Contactpersoon: Hans Ket
Medisch Informatiespecialist/Literatuuronderzoeker
T (020) 44 42523 | [email protected]
Dec 2013