Cytochroom C stamboom

CYTOCHROME C
DE MODERNE MOLECULAIRE KLOK
(Larry Moran )
De eerste moleculaire fylogenetische stambomen werden opgebouwd met behulp van de aminozuur -sequenties van kleine eiwitten.
Een van die eiwitten was Cytochroom C en het bleek een zeer nuttige keus te zijn, omdat homologen van het eiwit gemakkelijker dan
andere konden worden gevonden in alle organismen , toen men er naar op zoek ging , en dat inclusief bacteriën.
De oorspronkelijke stambomen werden gepubliceerd in het handboek van Margoliash ...een latere versie is te vinden bij van Fitch en Margoliash
(1967). Dit is een beroemde stamboom die in veel leerboeken staat afgedrukt
(De versie die hier wordt getoond is van Mulligan (2008).)
Vanaf het allereerste begin, constateerden de auteurs dat binnen de moleculaire fylogenetische stam op iedere vertakking (stamlijn) die
leide tot een belangrijke nieuwe hoofdsoortengroep , de mate van nodige veranderingen(mutatie frequentie ) in
iedere afstammingslijn ___ en om uit te komen bij het voorlopige(belangrijke huidige eindpunt ) vanuit hun gemeenschappelijke laatste
voorouder ____ , ongeveer constant was .
Zo kun je in bovenstaand voorbeeld van Muligan
zien dat :
-Het aantal noodzakelijke veranderingen (mutaties ) in de ontwwikkelings lijn die vanuit een gemeenschappelijke wortel (common ancestor
) leide tot de groep der gisten (Saccharomyces) ongeveer 17 +10 +2 = 31 was
-Het aantal (significante) veranderingen ( muaties ) in de stam -lijn die leide tot de "insecten " 31 of 28, is ( en dat is afhankelijk van de
resulterende belangrijke soorten insecten-hoofd groepen ) .
Het "mutatie-frequentie " nummer dat leide tot de groep mens en de apen = 32.
Alle moderne soorten lijken op de stamboom te zitten aan de uiteinden van stamlijnen die zijn geëvolueerd aan een relatief constante
snelheid waarbij ze (relatief met een ongeveer gelijkaardig aantal veranderingen ) afweken van een gemeenschappelijke uitgangs-vooroudergroep .
Dit resultaat was verrassend, omdat de meeste biochemici toendertijd dachten dat evolutie door natuurlijke selectie het belangrijkste ( indien al
niet het enige ) mechanisme.was ... en dat had als consequenties dat veranderende millieu-omstandigheden(over de verschillende era's van
de geologische tijd ) , steeds nieuwe veranderingen in de stamlijnen opleverden
Maar hoe is het mogelijk dat de opstart- en verdere ontwikkeling omgevingen van insecten, gist, en primaten , gespreid over
miljoenen jaren( en/ in verschillende periodes van de geschiedenis van de aarde ) en de natuurlijke selectie toch
steeds opnieuw (ongeveer) hetzelfde aantal wijzigingen kon aanbrengen in iedere stamlijn ongeacht de
verschillende geologische tijdjvakken waarin dat plaatsvond ? {(bijvoorbeeld ) Insekten en mensen zijn duidelijk niet in dezelfde periode onstaan
, maar hebben wel in hun huidige verschiiningsvorm een gelijkaardig aantal mutaties nodig gehad om zich te ontwikkelen uit hun laatste
gemeenschappelijke voorouder ? }
Alleen maar ecologische niches ? of gelijk-aardige omgevingen in verschillende era ? ( bijvoorbeeld vergelijkbare ijstijden en
vergelijkbare globale en mondiale uitstervingsgolven ) of iets anders ?
Hetzelfde fenomenale resultaat van mutatiefrekwenties werd ( een paar jaar later ) waargenomen
onder de verschillende stamlijnen van bacteriën , die eveneens aan de levensstamboom konden worden toegevoegd
De gevonden mutatie frequentie gegeven s leverden uiteraard
een zeer grove benaderde moleculaire klok.
Toendertijd had Kimura (en anderen waaronder Fitch)de neutrale "mutatie" theorie gepubliceerd (en daarmee die benaderde moleculaire
klok , uitgelegd ?) .
= De veranderingen in de aminozuursequenties zijn neutraal en worden veroorzaakt door willekeurige genetische drift.
Omdat drift een stochastisch proces is : zal het tempo van de fixatie van deze neutrale allelen ongeveer constant in de tijd. zijn (1 )
De verbazingwekkende conclusie ___die de meeste mensen nog steeds niet begrijpen___ is dat de overgrote meerderheid van alle
evolutionaire verandering(Mutaties ) door toevallige genetische drift onstaat en niet door ( zeker niet : uitsluitend ? door
de moleculair minder belangrijke ) natuurlijke selectie. (2)
De ontdekking van een benaderde moleculaire klok leidde onmiddellijk tot pogingen om de klok te kalibreren met betrekking tot de geologische tijd.
Margoliash (1963) was de eerste om dit te doen met behulp van CytochroomC sequenties. ... Hier is de tabel uit zijn paper : ...
Merk op dat het aantal wijzigingen die leidden tot gist (en van alle ) dieren ongeveer 44 aminozuursubstituties bedraagt . (De Fitch en Margoliash
waarden in de bovenstaande tabel zijn percentages, maar het punt is nog steeds geldig.)
Als men het aantal "veranderingen " gaat vergelijken met de bekende geologische ouderdom van fosiele gegevens( in het bijzonder over het
beschouwde Common ancestraal begin en (voorlopig ) eindpunt van een stamlijn ) en vervolgens met behulp van bekende ijkpunten( zoals
de divergentie van paarden en mensen, of paarden en kippen ) ,dan kan men de uitkomsten extrapoleren naar een voorspelbare gist-dier
split op ongeveer - 500 MY mi
We weten nu dat de kalibratie punten onjuist waren en dat schimmels en dieren ongeveer een miljard jaar geleden hun gezamelijk pad
verlieten . Maar dat verandert niets aan het feit dat er een benaderde moleculaire klok is .Het beïnvloedt alleen maar de kalibratie van die klok
met de bekende fossiele gegevens uit de geologische tijd
Er zijn heelwat problemen met moleculaire klokken, waaronder het feit dat ze op verschillende wijze tikken voor verschillende eiwitten, zoals
hieronder afgebeeld.
Dit komt omdat de "veranderlijke" sequenties van enkele eiwitten, zoals cytochroom c, erg beperkt geconserveerd werden door de natuurlijke
selectie
Andere eiwitten, zoals fibrinepeptiden, tolereren veel meer veranderingen in hun strucuren .
Er zijn twee recente evaluaties , die de moeite waard zijn om te lezen als je geïnteresseerd bent in de moleculaire klokken (Broham en Penny,
2003; Kumar, 2005).
Zij bespreken de problemen met de kalibratie (zichtbaar in de figuur hierboven) en de problemen met betrekking tot de moleculaire klok op
generatie tijd en niet (volgens de geologische )jaren.
De grondredenering is dat de moleculaire klok niet precies overeen komt met de voorspellinggen van de neutrale theorie ___maar het
is wel dichtbij genoeg om gebruikt te worden om de tijdstippen van mogelijke divergentie in .Het is nog steeds krachtig bewijs dat de meeste
veranderingen in de gen / eiwit-sequenties neutrale veranderingen (mutaties ) zijn die zijn qaangebracht door willekeurige genetische drift.
Natuurlijke selectie is slechts een kleine (mee)speler in de moleculaire evolutie.
(1.) Het is gelijk aan de mutatie snelheid, μ, en onafhankelijk van de grootte van de populatie.
(2) uiteraard is dit de denkpiste van de pluralisten en Gouldianen , waartoe ook Moran behoort
Bromham L, Penny D. (2003) The modern molecular clock. Bromham L, Nat Rev Genet. Nat Rev Genet. 2003 Mar;4(3):216-24. 2003
Mar; doi:10.1038/nrg1020]http://adn.bioinfo.uqam.ca/bif7001/articles/BIF7001-Phylo-NatureReviewsGenetics4b.pdf
Fitch, WM and Margoliash, E. (1967)
Construction of phylogenetic trees. . Science 155:279–284.
Kumar. Kumar. S. (2005) Molecular clocks: four decades of evolution. S. (2005) . Nat, Rev, Genet, 6:654-662.
Margoliash, e. Margoliash, e. (1963) Primary structure and evolution of cytochrome c. (1963) . Proc. Proc. Natl. Acad. Sci. Sci. USA 50:672-679.
Mulligan, PK (2008) Proteins, evolution of in AccessScience, ©McGraw-Hill Companies.
http://sandwalk.blogspot.com/2012/01/modern-molecular-clock.html#more
human
chimpanzee
rhesus
monkey
rabbit
mouse
rat
guinea pig
gray whale
camel
pig
chicken
duck
pigeon
penguin
ostrich
mgdvekgkki
npkkyipgtk
mgdvekgkki
npkkyipgtk
gdvekgkkif
nlhglfgrkt
gdvekgkkif
pkkyipgtkm
mgdvekgkki
npkkyipgtk
mgdvekgkki
npkkyipgtk
gdvekgkkif
pkkyipgtkm
gdvekgkkif
pkkyipgtkm
gdvekgkkif
pkkyipgtkm
gdvekgkkif
pkkyipgtkm
mgdiekgkki
npkkyipgtk
gdvekgkkif
pkkyipgtkm
gdiekgkkif
pkkyipgtkm
gdiekgkkif
pkkyipgtkm
gdiekgkkif
pkkyipgtkm
fimkcsqcht
mifvgikkke
fimkcsqcht
mifvgikkke
imkcsqchtv
gqapgysyta
vqkcaqchtv
ifagikkkde
fvqkcaqcht
mifagikkkg
fvqkcaqcht
mifagikkkg
vqkcaqchtv
ifagikkkge
vqkcaqchtv
ifagikkkge
vqkcaqchtv
ifagikkkge
vqkcaqchtv
ifagikkkge
fvqkcsqcht
mifagikkks
vqkcsqchtv
ifagikkkse
vqkcsqchtv
ifagikkkae
vqkcsqchtv
ifagikkkse
vqkcsqchtv
ifagikkkse
vekggkhktg
eradliaylk
vekggkhktg
eradliaylk
ekggkhktgp
anknkgitwg
ekggkhktgp
radliaylkk
vekggkhktg
eradliaylk
vekggkhktg
eradliaylk
ekggkhktgp
radliaylkk
ekggkhktgp
radliaylkk
ekggkhktgp
radliaylkk
ekggkhktgp
redliaylkk
vekggkhktg
ervdliaylk
ekggkhktgp
radliaylkd
ekggkhktgp
radliaylkq
ekggkhktgp
radliaylkd
ekggkhktgp
radliaylkd
pnlhglfgrk tgqapgysyt aanknkgiiw gedtlmeyle
katne
pnlhglfgrk tgqapgysyt aanknkgiiw gedtlmeyle
katne
edtlmeylen
nlhglfgrkt
atne
pnlhglfgrk
katne
pnlhglfgrk
katne
nlhglfgrkt
atne
nlhglfgrkt
atne
nlhglfgrkt
atne
nlhglfgrkt
atne
pnlhglfgrk
datsk
nlhglfgrkt
atak
nlhglfgrkt
atak
nlhgifgrkt
atsk
nldglfgrkt
atsk
pkkyipgtkm ifvgikkkee radliaylkk atne
gqavgfsytd anknkgitwg edtlmeylen
tgqaagfsyt danknkgitw gedtlmeyle
tgqaagfsyt danknkgitw gedtlmeyle
gqaagfsytd anknkgitwg edtlmeylen
gqavgfsytd anknkgitwg eetlmeylen
gqavgfsytd anknkgitwg eetlmeylen
gqapgfsytd anknkgitwg eetlmeylen
tgqaegfsyt danknkgitw gedtlmeyle
gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen
gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen
gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen
gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen
gdvekgkkif
pkkyipgtkm
snapping
gdvekgkkif
turtle
pkkyipgtkm
gdvekgkkif
rattlesnake
pkkyipgtkm
gdvekgkkif
monitor
pkkyipgtkm
gdvekgkkif
bullfrog
pkkyipgtkm
gdvakgkktf
tuna
pkkyipgtkm
gdvekgkkvf
carp
pkkyipgtkm
gqvekgkkif
starfish
pkkyipgtkm
gvpagdvekg
flesh fly
ylenpkkyip
mgvpagdvek
fruit fly
eylenpkkyi
asfseappgn
corn
tlydyllnpk
asfaeapagd
sunflower
tlydyllnpk
alligator
vqkcaqchtv
ifagikkkpe
vqkcaqchtv
ifagikkkae
smkcgtchtv
vftglkskke
vqkcsqchtv
ifagikkkte
vqkcaqchtc
ifagikkkge
vqkcaqchtv
ifagikkkge
vqkcaqchtv
ifagikkkge
vqrcaqchtv
vfaglkkqke
kkifvqrcaq
gtkmifaglk
gkklfvqrca
pgtkmifagl
pkagekifkt
kyipgtkmvf
pttgakifkt
kyipgtkmvf
ekggkhktgp
radliaylke
ekggkhktgp
radliaylkd
eeggkhktgp
rtdliaylke
ekggkhktgp
rddliaylke
ekggkhkvgp
rqdliaylks
enggkhkvgp
rqdlvaylks
zbggkhkvgp
radliaylks
ekagkhktgp
rqdliaylea
chtveaggkh
kpnergdlia
qchtveaggk
kkpnergdli
kcaqchtvek
pglkkpqera
kcaqchtvek
pglkkpqera
nlhgligrkt
atsn
nlngligrkt
atsk
nlhglfgrkt
atak
nlhqlfgrkt
atak
nlygligrkt
acsk
nlwglfgrkt
ats
nlwglfgrkt
ats
nlngilgrkt
atk
kvgpnlhglf
ylksatk
hkvgpnlhgl
aylksatk
gaghkqgpnl
dliaylkeat
gaghkqgpnl
dliaylktst
gqapgfsyte anknkgitwg eetlmeylen
gqaegfsyte anknkgitwg eetlmeylen
gqavgysyta anknkgiiwg ddtlmeylen
geaegfsyta anknkgitwg edtlfeylen
gqaagfsytd anknkgitwg edtlmeylen
gqaegysytd ankskgivwn entlmeylen
gqapgfsytb abkskgivwb zztlmeylzb
gqaagfsytd anrnkgitwk netlfeylen
grktgqapgf aytdankakg itwnedtlfe
igrktgqaag faytdankak gitwnedtlf
nglfgrqsgt tagysysaan knkavvween
a
nglfgrqsgt tagysysaan knmaviween
a
http://members.cox.net/ardipithecus/evol/HovindLie.html
http://members.cox.net/ardipithecus/evol/lies/lie010.html
Man, chimpanzee
Rhesus monkey
Horse
Donkey
Cow, pig, sheep
Dog
Rabbit
Calif. gray whale
Great gray kangaroo
Chicken, turkey
Pigeon
Pekin duck
Snapping turtle
Rattlesnake(*)
Bullfrog
Tuna
Dogfish
Samia cynthia (moth)
Tobacco hornworm moth
Screwworm fly
Drosophila (fruit fly)
Baker’s yeast
Candida krusei (yeast)
Neurospora crassa (mold)
Wheat germ
Buckwheat seed
Sunflower seed
Mung bean
Cauliflower
Pumpkin
Sesame seed
Castor bean
Cottonseed
Abutilon seed
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVG
ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFTG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMVFTG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG
ETLRIYLENPKKYIPGTKMIFAG
DTLFEYLENPKKYIPGTKMVFAG
DTLFEYLENPKKYIPGTKMVFAG
DTLNPKKYNPKKYIPGTKMIFAG
DTLFEYLENPKKYIPGTKMIFAG
NNMSEYLTNPKKYIPGTKMAFGG
PTMSDYLENPKKYIPGTKMAFGG
NTLFEYLENPKKYIPGTKMAFGG
NTLYDYLLNPKKYIPGTKMVFPG
DTLYEYLLNPKKYIPGTKMVFPG
NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG
KTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG
KTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG
KTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG
NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG
NTLYAYLENPKKYIPGTKMVFPG
NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG
NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG
(*)
Rattle snake
0198.pdf
Cytochrome C http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1149985/pdf/biochemj00163-
Internationale Afkortingen Lijst



voor
aminozuren
de 20 ( engelse namen voor aminozuren
de 3 letter afkorting
de l letter code voor het aminozuur
( Engels) click here.
Aminozuur
3 Letter Code 1 Letter Code
Alanine
Ala
A
Arginine
Arg
R
Asparagine
Asn
N
Asparaginezuur
Asp
D
Cysteïne
Cys
C
Glutamine
Gln
Q
Glutaminezuur
Glu
E
Glycine (aminozuur) Gly
G
Histidine
His
H
Isoleucine
Ile
I
Leucine
Leu
L
Lysine
Lys
K
Methionine
Met
M
Fenylalanine
Phe
F
Proline
Pro
P
Serine
Ser
S
Threonine
Thr
T
Tryptofaan
Trp
W
Tyrosine
Tyr
Y
Valine
Val
V
Hieronder volgt een lijstje van de twintig aminozuren die de universele code uitmaken en de codons die ervoor coderen
+ start en stop codons ( = triplets )
Meerdere triplettten coderen voor hetzelfde aminuzuur
het zijn dus eigenlijk "synoniemen "
Het verschijnsel dat meerdere codons coderen voor hetzelfde in de universele code noemt "degeneracy "
: Iets wat soms verkeerdelijk ( of (on)opzettelijk door( on)wetende creato's en andere ideologische desinformanten en junk wetenschappers ?
) als degeneratie wordt vertaald
Ala/A
Arg/R
Asn/N
Asp/D
Cys/C
Gln/Q
Glu/E
Gly/G
His/H
Ile/I
GCU,
CGU,
AAU,
GAU,
UGU,
CAA,
GAA,
GGU,
CAU,
AUU,
START AUG
GCC,
CGC,
AAC
GAC
UGC
CAG
GAG
GGC,
CAC
AUC,
Leu/L UUA,
GCA, GCG
CGA, CGG, AGA, AGG Lys/K AAA,
Met/M AUG
Phe/F UUU,
Pro/P CCU,
Ser/S UCU,
Thr/T ACU,
Trp/W UGG
GGA, GGG
Tyr/Y UAU,
Val/V GUU,
AUA
STOP
UUG, CUU, CUC, CUA, CUG
AAG
UUC
CCC, CCA, CCG
UCC, UCA, UCG, AGU, AGC
ACC, ACA, ACG
UAC
GUC, GUA, GUG
UAG, UGA, UAA
All animals are equal... Tomaso Agricola
...but some are more equal then others.
Dit is een zin uit Animal Farm van George Orwell, inderdaad.. Wat heeft deze uitspraak met evolutie te
maken?
In het artikel van Dobzhansky uit 1973 zit een gedeelte dat gaat over de eenheid van het leven.
We zien bij bepaalde groepen dieren een bepaald bouwplan.
Bijvoorbeeld bij zoogdieren zien we dat de vingers van de ‘hand’ bij bepaalde soorten heel lang en dun zijn
geworden en een soort vleugels vormen, zoals bij vleermuizen, terwijl bij anderen de vingers heel erg
vergroeid zijn en uitkomen in 1 harde nagel zoals bijpaarden.
Maar die eenheid gaat nog veel verder.
Zij bestaat ook op het niveau van het DNA en de eiwitten die daaruit geproduceerd worden.
Daar vinden we ook dat bepaalde enzymen in alle levende organismen voorkomen omdat ze een zeer basale functie
uitoefenen.
Maar wanneer je goed kijkt blijkt dat er ondanks dat die enzymen dezelfde functie uitoefenen er in het DNA dat
codeert voor die enzymen wel degelijk verschillen voorkomen.
Dobzahnsky geeft zelf het voorbeeld van cytochroom C, een enzym dat een belangrijke rol speelt bij het
metabolisme van een aerobe cel (een cel die zuurstof ademt, zoals onze cellen).
Hij geeft het volgende lijstje van het aantal verschillen dat gevonden is in het onderliggende DNA tussen de
mens en genoemde soort of soortgroep:
Zoogdieren
Apen 1
Hond 13
Paard 17
Ezel 16
Varken 13
Konijn 12
Kangoeroe 12
Vogels
Eend 17
Duif 16
Kip 18
Pinguin 18
Reptielen
Schildpad 19
Ratelslang 20
Vissen
Tonijn 31
Insecten
Vlieg 33
Mot 36
Schimmels
Schimmel (niet nader gespecificeerd) 63
Gist 56
Het zal duidelijk zijn dat het cytochroom C van sommige soorten meer op het onze lijkt dan dat van anderen.
All deze soorten gebruiken cytochroom C.
Daarin zijn ze dus allemaal gelijk.
Evolutie van de structuur van macromoleculen
Evolutie van organismen is berust op verandering in moleculaire bouwstenen. Elke verandering van een organisme is een
gevolg van een verandering op het niveau van nucleïnezuren en eiwitten. Evolutie van organismen kunnen we dus ook
bekijken als een evolutie van macromoleculen en stofwisseling. Een tak van de biochemie houdt zich dan ook bezig met
het bepalen van de volgorde van aminozuren in gelijksoortige eiwitten van verschillende diersoorten. Men kan besluiten dat
hoe meer de aminozuurvolgorde verschilt, hoe meer de verwantschap afneemt, en omgekeerd.
Cytochroom c is een zeer belangrijk ijzerhoudend enzym betrokken bij de eindoxidaties van de ademhaling (mits het een
cruciale rol speelt in de stofwisseling, is de kans dat een mutatie gunstig is of geen invloed heeft, zeer klein). Elk
organisme (dus alle planten en dieren) met een anaërobe ademhaling bezit dit enzym (wat op zich weer al een
argument voor evolutie is, en naar een gemeenschappelijke voorouder wijst).
Niet alle aminozuren in dit eiwit kunnen gewijzigd worden.
Behalve 70 aminozuren, zal een mutatie op een andere plaatst steeds een verlies van functie met zich meebrengen (wat leidt
tot het afsterven van het individu).
Dit eiwit verschilt bij mensen en rhesus-aapjes maar voor 1 aminzozuur, en is het gevolg van 1 enkele mutatie.
Mensen en honden verschillen reeds voor 11 aminozuren, wat betekent dat mensen vroeger werden afgesplitst van honden,
dan van rhesusapen.
De cytochroom c( Cytochrome c ) -keten van de mens en de gistcel hebben voor de helft van hun lengte eenzelfde
aminozuursamenstelling. Ook dit kan geen toeval zijn en wijst op een gemeenschappelijke oorsprong.
Cytochromes
Heemverbinding
Oxidatieve fosforylering - Wikipedia
Cytochrome c oxidase - Wikipedia, the free encyclopedia- [ Vertaal deze pagina ]
Moleculaire
klok
Men kan uitrekenen en aantonen dat mutatiefrequenties constant zijn (maar wel verschillend naargelang het eiwit), dat het
aantal aminozuren dat per tijd kan veranderen constant blijft.
Men kan dus de evolutietijd weergeven als de tijd waarin gemiddeld 1 aminozuur over een lange periode in een reeks van
100 veranderd. Voor cytochroom c is dat 1 AZ/100 per 18 à 26 miljoen.
Uit de evolutiesnelheid (die verschillend is voor verschillende eiwitten!) kan men vervolgens berekenen wanneer de
stamboomlijnen zijn afgesplitst. Ook hier dient opgemerkt te worden dat een stamboom – opgemaakt en gedateerd op basis
van volgorde in aminozuren van de cytochroomketen – grote gelijkenissen vertoont met stambomen opgesteld op basis van
morfologie, paleontologie, etc…
Onderzoek van de eiwitten hemoglobine en myoglobine leidden tot een gelijkaardig resultaat: de nauwst verwante
organismen hebben de meeste gelijkaardige samenstelling.
Ook kan men verwantschap nagaan door onderzoek van volgorde van DNA-basen.
http://web.virginia.edu/Heidi/chapter5/chp5.htm
Cytochroom C stamboom
http://sandwalk.blogspot.com/2006/12/michael-denton-and-molecular-clocks.html
http://www.freethinker.nl/forum/viewtopic.php?t=1122
http://www.imagebam.com/image/3192eb26637812
Nov 15, '10
The Bull frog affaire etc ...
http://www.ntskeptics.org/2001/2001october/october2001.htm
http://www.talkorigins.org/faqs/denton.html
http://en.wikipedia.org/wiki/Evolution:_A_Theory_in_Crisis
http://www.wasdarwinright.com/homology-f.htm
http://www.don-lindsay-archive.org/creation/denton.html
M Denton heeft zijn eigen claims teruggetrokken
http://home.planet.nl/~gkorthof/kortho29.htm
http://ncse.com/creationism/analysis/excursion-chapter-6-biochemical-similarities
http://members.cox.net/ardipithecus/evol/HovindLie.html
Cytochrome C is a small iron containing protein responsible for shuttling electrons within the electron transport chain. From widespread research we
know that its primary amino acid sequence is largely independant from its tertiary structure and overall effiacy. It’s evolution is therefore largely
independent from external selection pressures (as long as the protein works, it’s good enough) and as such it serves as an excellent tool in demonstrating
the inheritance of mutations across clades. By comparing mutations across species, we should be able to construct non-random phylogenetic trees that
conform with those constructed by independent methods. It should be emphasized that a common creationist argument against the evolution of proteins
is that they were created to meed the specific needs of the organism, with one amino acid pattern conforming to the needs of one organism, and another
to the needs of another organism, and therefore differences in AA sequence is a prediction made by creationists as well. I therefore chose Cytochrome C
since its nature negates any a priori reason to assume anything but randomized varients across forms of life, and I included the yeast/human Cyt C
transfer as a specific refutation of the aformentioned claim.
Nov 15, '10,
dymaco
Nov 10
" .....Klinkt leuk, maar als we het cytochroom C van een primitieve bacterie vergelijken met cytroom C van andere
organismen
zie je de volgende verschillen.
Bacterie --> Zoogdier 65%, Reptiel 64%, Amfibie 64%, Vis 64%, Insect 65%, plant 66&.
Al deze verschillen zijn even groot……
Met andere woorden, het verschil tussen een bacterie en ALLE andere organismen is even groot.
Waar is dat het de overgangsvoorm tussen een bacterie en meercelligen....?????
Ik meen te hebben gevonden dat je een ( sporadisch ?) EO-kijker bent ...
Niets mis mee natuurlijk ... Moet je trouwens zelf maar weten wat je bekijken wilt ...
Maar ik vraag toch met aandrang "geloof en wetenschap ( in het bijzonder evolutiewetenschappen ) gescheiden te houden
Een gelovig Christelijk mens ben je natuurlijk wel , of je een klassiek YEC creationist bent laat ik in het midden
Je schrijft ergens ( of is het iemand anders die zich ook bediend van jouw nickname) ? )
" ...Het wordt tijd dat de mensen in Nederland gaan nadenken en er achter gaan komen dat er echt een God bestaat die aan het begin van ons leven staat,
naar ons omziet, ons kent en een persoonlijk relatie met ons wil door het bloed van Zijn Zoon, die voor onze zonder stierf. "
Ach wat maakt het uit ? ..... (voor een anders gelovige theist klopt het al niet )
Geloof wat je wil ... maar meng geen zogenaamde "kennis " uit verschillende deelgebieden van het menselijke weten
met elkaar en die bovendien zijn verkregen door methodisch onverenigbare aanpakken ...
(Ja ik weet het dat velen denken dat (natuur)wetenschap en geloof verenigbaar zijn: maar dat is alleszins niet op grond van het
methodisch naturalisme = de wetenchappelijke methode en de feiten die daardoor aan het licht worden gebracht )
In Frankrijk zegt men : je moet dweilen en servietten ook niet mengen ...
TSJA , jouw "kennis" en opmerkingen lijken VOLGENS MIJ gedeeltelijk te zijn gevonden in/ uit het boek van Hobrink
"Wetenschap in de Bijbel' ____Of misschien zijn ze wel afkomstig van gedweep met Sheele en /of gaan ze terug op
creationist Michael Denton en Nederlandstalige pulp daaromtrent ____...... Het is in elk geval een gelijkaardig verhaal ....
Waarschijnlijk is dit gewone creationististische "cut en paste " van Nederlandse makelij ?
Graag de volgende keer jouw bron duidelijk vermelden ...
of ben je zelf Hobrink of iemand die daar" onderzoek "naar doet ? Kan je toch ook eventueel vermelden ...
Trouwens
-Verkijk je niet tezeer op dergelijke gedateerde (nederlandse )creationistische boekjes! of hun amerikaanse modelletjes
-De info is niet erg betrouwbaar want selectief en tendentieus
('Wetenschap in de bijbel' klinkt niet zo erg wetenschappelijk, het is vooringenomen ...De bijbel, tja, da' s geen science )
http://anticreato.multiply.com/journal/item/56/Hobrink?&item_id=56&view:replies=reverse
Een goede raad =
Zoek de echte info in de wetenschappen en de studie daarover , niet bij de meningen spuiers en smaakmakers van de
anti- en pseudo - wetenschap , ideologen allerhande en de sekten van het fanatieke bijgeloof en het rationele niemandsland
tussen wetenschap en geloof .....en al helemaal niet als de wetenschap je te hoog gegrepen is ....
HOBRINK schrijft letterlijk :
"Het feit dat bacterieel DNA net zoveel verschillen vertoont met amfibien als met zoogdieren, is een bewijs tegen de evolutietheorie.
Immers, als amfibien de voorlopers van de zoogdieren zijn, moeten hun DNA-sequenties dus dichterbij die van bacterien liggen..."
Antwoord van MarX(= Marnix Medema )
http://www.nadarwin.nl/forum/viewtopic.php?t=160
" .....Amfibien waren voorlopers van de zoogdieren.
Maar dat waren niet de huidige amfibien, maar dieren die grotendeels dezelfde eigenschappen hadden als de huidige amfibien.
In bovenstaande redenatie wordt net gedaan alsof de huidige amfibien de voorouders zijn van de huidige zoogdieren, wat natuurlijk niet zo is.
Het feit dat het DNA van de huidige amfibien net zoveel als dat van zoogdieren verschilt met het DNA van bacterien, is logisch, omdat de huidige
zoogdieren net zoveel evolutie (evolutionaire tijd, mutaties) hebben doorgemaakt als de huidige amfibien vanaf de afstamming van de oer-'amfibien.'
(Ik zal het even heel simpel maken. )
Stel we hebben dier 1 en dier 2. Beiden stammen af van dier 3. Beiden hebben dus door de tijd heen ongeveer net zoveel veranderingen in hun DNA
opgelopen, vanaf de tijd dat dier 3 de aarde nog onveilig maakte.
Dier 2 is een meer conservatieve richting ingeslagen dan dier 1, en heeft grotendeels dezelfde anatomische kenmerken behouden die dier 3 ook al had.
Dier 2 heeft op moleculair niveau echter net zoveel veranderingen ondergaan als dier 1. Dier 2 noemen we nu een amfibie, dier 1 een zoogdier. Omdat
dier 2 op dier 3 lijkt, anatomisch gezien, noemen we dier 3 ook een amfibie.
Meneer H. zegt nu dat, omdat bacterieel DNA net zoveel op dat van een amfibie (hier heeft hij het over dier 2) lijkt als op dat van een zoogdier (dier 1),
beide dieren geen product van evolutie kunnen zijn. Immers, amfibien (nu heeft hij het over dier 3!) zijn toch de voorouders van zoogdieren (dier 1)?!
Hobrink maakt er dus een zootje van, en doet net alsof dier 2 ongeveer gelijk zou zijn aan dier 3, en dus stilgestaan zou moeten hebben in zijn
evolutie, sinds zijn afstamming van dier 3. Dat dit niet het geval is, lijkt me duidelijk.
Dier 2 heeft immers net zoveel evolutie doorgemaakt als dier 1, hoewel het dat in een andere richting heeft gedaan. ...."
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ice_age
http://www.freethinker.nl/forum/viewtopic.php?t=1122
...Het verhaal rond cytochroom is tamelijk ingewikkeld.
Ik zal een en ander echter proberen te verduidelijken.
Allereerst speelt cytochroom een belangrijke rol in de energiehuishouding van de AEROBE cel.
Gezien die essentiele rol zullen veel mutaties in de praktijk schadelijk blijken te zijn en weggeselecteerd
worden, en slechts weinigen blijven behouden.
Gedurende de evolutie is er aan het cytochroom dus al lange tijd weinig veranderd. Gezien het geringe
aantal mutaties zijn er dan ook sterke overeenkomsten tussen het cytochroom c van de diverse plant en
diersoorten.
Dit maakt cytochroom c uitermate geschikt om evolutie en verwantschappen op de lange termijn( bij eukaryioten ) te onderzoeken.
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Overigens is hieronder ook nog een klein begin in een zoektocht naar antwoorden op deze door creationisten aangekaarte kwesties, te vinden
http://www.wetenschapsforum.nl/index.php?showtopic=53677
1.- "De" bacterie bestaat niet, als je begrijpt wat ik bedoel.
... :
-Wie of wat is trouwens de "primitieve " bacterie die jij aanhaalde ? ( geef maar eens de "classificatie" en wetenschappelijke
naam van een (paar? ) van uw microbieele voorbeelden )
-Denton's "
Rhodospirillum rubrum " misschien ?
Hier is trouwens het oude vergelijkingslijstje met Rhodospirillum cytochrome C2 , van Denton zelf
Human 65
Chicken 64
Tuna 65
Monkey 64
Penguin 64
Bonito 64
Pig 64
Duck 64
Carp 64
Horse 64
Pigeon 64
Dog 65
Dogfish 65
Whale 65
Turtle 64
Rabbit 64
Rattlesnake 66
Lamprey 66
Kangaroo 66
Bullfrog 65
Fruit Fly 65 Mung-bean 66
Candid Cruse 72
Screw-worm 64
Silkworm 65
Sesame 65
Castor 69
Debaryomyces kloeckeri 67
Tobacco Horn Sunflower 69
Baker's yeast 69
Worm Moth 64
Wheat 66
Neurospora crassa 69
http://en.wikipedia.org/wiki/Rhodospirillum_rubrum
-Cytochroom C komt voor bij een hoop bekende bacterieen ,
bij sommige echter niet
2.- Een "witte " bacterie kolonie bevat bijvoorbeeld geen Cytochroom C.
http://www.kennislink.nl/publicaties/fasevariatie-het-switchen-van-genexpressie
Een beter evolutionaire chronometer (en algemeen gebruikt) is het 16s rRNA (of 18s rRNA, afhankelijk van prokarioot of eukarioot)
Maar ook 16 sRNA is een slechte universele chronometer.
Tegenwoordig gebruiken ze homeobox genen.
Want die bepalen ontwikkeling en segmentatie etc op embryonaal niveau, en daar worden de grote verschillen gemaakt.
(m.a.w. het cytochroom C verhaaltje is erg verouderd ; het is gedepasseerd § en alleen nog van historische waarde ) en er zijn
ondertussen veel betere "chronometers " die bovendien de oudere cytochroom C bevindingen hebben aangevuld , gecorigeerd en /of bevestigd ...
Creationisten blijven echter vasthouden aan verouderde wetenschappelijke discussies ... dat doen ze trouwens altijd al )
-cytochroom verschilt niet veel bij planten en mensen--> evolutionair gezien staan die ook dichter bij elkaar. dan bij de bacterieen
Cytochroom is nogal strict.
Zorgt voor energie, dus LEVENSNOODZAKELIJK, dus ingrijpende mutaties niet toegestaan.
Het feit dat Cytochroom weinig veranderd is in die tijd (in verhouding tot sommige andere genen) wilt gewoon zeggen dat er weinig tolerantie is voor
veranderingen. Dit in combinatie met het feit dat een niet-adequaat werkend cytochroom C lethaal is zorgt er voor dat het weinig is veranderd. Enkel die
veranderingen waarmee het cytochroom C nog goed genoeg functioneert om voldoende kans op overleving en voortplanting te geven zullen worden
doorgegeven. Veel veranderingen zorgen er overigens voor dat de foetus al de eerste weken na de bevruchting overlijdt wat resulteert in een miskraam en
we weten het gewoonlijk zelfs niet dat het een miskraam is : Van alle bevruchtingen overleeft 2/3de niet de eerste weken, een bijwerking van de blinde
horlogmaker. Omdat er bij een miskraam ook bloed verloren gaat wordt dit vaak verward met een gewone menstruatie waardoor veel miskramen
onbekend zijn. Het is juist het uitblijven van de menstruatie wat voor veel vrouwen het 1ste signaal is dat ze zwanger zouden kunnen zijn.
Bedenk ook dat het cytochroom C al zeer oud is en daardoor al erg lang geleden ver was geëvolueerd (bij veranderende omstandigheden zal uiteraard
weer verdere evolutie nodig zijn) en dat de genen tussen de soorten sowieso maar weinig verschillen.
Waar is de overgangsvorm tussen een bacterie en meercelligen....?????
-De "overgang " tussen prokaryote( zonder celkern ) en eukaryoten( met kerncel) is mij (nog )niet bekend ... als die al bestaat
-Ook de "Overgang" tussen "eencelligen" en "meercelligen "wordt nog gezocht ...
er bestaan natuurlijk wel een hoop hypothetische scenario's
http://www.museumkennis.nl/nnm.dossiers/museumkennis/i004844.html
choanoflagellata van eencellig naar meercellig.docx
- De zogenaamde "Overgangen" zijn trouwens alleen maar van toepassing bij (meestal meercellige ) organismen met geslachtelijke voortplanting
(inclusief dergelijke organismen met parthenogenesis natuurlijk) )
Echter zelfs als dat niet van toepassing is dan zijn ook " bacterieen " geen (noodzakelijke ) voorouders van eukaryoten
(Zie ook het veel simpelere voorbeeld hierboven van Marnix Medema )
-Ook "Bacterieen " ( zoals we ze nu kennen ) zijn eveneens eindpunten van een zeer
lange evolutielijnen ( misschien even oud als eukaryoten ? )
Overigens is hieronder meer te vinden over het BASISNETWERK dat aan de WORTELS ligt van de zogenaamde algemene "stamboom " van het leven
en waar HGT ( horizontal gene transfer) ) en gene sharing over alle "soort"grenzen heen de regel is ( er is daar dus geen overwegend genetische isolatie
/laat staan een absolute )
http://sandwalk.blogspot.com/2007/05/theme-three-domain-hypothesis.html
Verschillend eukaryoten kunnen zeer wel verschillende keren zijn onstaan uit het basisnetwerk
( hetzij door samensmeltingen = endosymbiosis , hetzij onafhankelijk ?
http://evodisku.multiply.com/journal/item/213 : endosymbiose ) van onderlinge genuitwisselingen ( met inbegrip van de virusgenen )
Wat daarom dus nog niet betekent dat ze zouden zijn gebaseerd op "verschillende" genetische codes-alfabetten ...
Bovendien kent de huidige wetenschap van de variatie binnen de microbieele wereld ( , bacterieen , virussen , bacteriofagen , viroiden etc ) slecht een
uiterst klein topje van de ijsberg ...
Hetzelfde geld trouwens voor het leven in de oceanen ...
En misschien zal dat alles ( inclusief de mens zelf ) binnenkort toch uitgestorven zijn , en zullen we het nooit te weten komen ....
Maar dat is koffiedik kijken ... dat laat ik over aan de confessionele en professionele "profeten" van hyde park en soms uit de psychiatrische afdeling en
de van kaft tot kaft bijbel-babbelarij ....