Studiefiche - studiegids UGent

Studiefiche
Vanaf academiejaar 2016-2017
Systeembiologie (C003616)
Cursusomvang
(nominale waarden; effectieve waarden kunnen verschillen per opleiding)
Studiepunten 4.0
Studietijd 120 u
Contacturen
25.0 u
Aanbodsessies en werkvormen in academiejaar 2016-2017
A (semester 1)
hoorcollege
15.0 u
werkcollege: PC-klasoefeningen
10.0 u
Lesgevers in academiejaar 2016-2017
Maere, Steven
WE09
Aangeboden in onderstaande opleidingen in 2016-2017
Master of Science in Biochemistry and Biotechnology
Master of Science in de biochemie en de biotechnologie
Uitwisselingsprogramma Biochemie en biotechnologie (niveau
master)
Verantwoordelijk lesgever
stptn
4
4
4
aanbodsessie
A
A
A
Onderwijstalen
Engels
Trefwoorden
Integratieve biologie, top-down en bottom-up systeembiologie, clustering, moleculaire
netwerken, modelleren van gennetwerken, synthetische biologie
Situering
De cursus heeft tot doel de studenten te introduceren in het vakgebied
systeembiologie, bewust te maken van de complexiteit van moleculair biologische
systemen op verschillende niveaus, en methodes aan te leren om deze complexiteit te
begrijpen door het analyseren en integreren van systeemwijde moleculaire datasets
van verschillende aard (met behulp van bioinformatica- en modelleertechnieken). Inhoud
• Lecture 1-2: introduction, history of systems biology, overview of systems biology
• concepts, classification of systems biology approaches (top-down, bottom-up),
• overview of data sources and techniques used in systems biology applications. • Lecture 3-4: transcriptomics analyses: detection of differentially expressed genes,
• clustering and biclustering, functional enrichment analyses, 'guilt-by-association'
• dogma.
• Lecture 5-6: biological network analyses: network topology measures, global
• topology of biological networks, biological network motifs, identification of network
• modules.
• Lecture 7-8: data integration in systems biology: data integration
• techniques, dynamics of biological networks, candidate gene discovery and
• prioritization, regulatory network inference, evolution of biological systems.
• Lecture 9-10: bottom-up modelling techniques: Boolean models, Markov models,
• intro to differential equation models
• Lecture 11-12: synthetic biology: concepts and applications, discussion of state-of• the-art at the hand of recent papers.
Begincompetenties
Basiskennis van moleculaire biologie, genetica, biochemie en functionele
genoomanalyse, en de hieraan verbonden technologie zoals aangebracht in de
Bachelor Biochemistry–Biotechnology. Een zekere affiniteit met wiskunde en
bioinformatica is nuttig.
Eindcompetenties
(Goedgekeurd)
1
1 De student zal in staat zijn om de resultaten die in de gerelateerde literatuur
1 beschreven zijn te begrijpen.
2 Hij/zij zal experimenten in het veld van de systeembiologie kunnen uitwerken en
1 uitvoeren, en dit in de context van zijn of haar biologisch onderzoek.
3 Hij/zij zal in staat zijn om de resultaten te interpreteren en te communiceren aan de
1 verantwoordelijke onderzoekers.
Creditcontractvoorwaarde
Toelating tot dit opleidingsonderdeel via creditcontract is mogelijk mits gunstige beoordeling
van de competenties
Examencontractvoorwaarde
Dit opleidingsonderdeel kan niet via examencontract gevolgd worden
Didactische werkvormen
Hoorcollege, werkcollege: PC-klasoefeningen
Toelichtingen bij de didactische werkvormen
Hoorcolleges
Werkcollege 1: begeleide computeroefeningen
Werkcollege 2: begeleide computeroefeningen
Leermateriaal
Alle slide shows (ppt documents) en artikels (pdf documents) waarnaar verwezen wordt
worden beschikbaar gemaakt via Minerva. De aankoop van tekstboeken is niet vereist.
Geraamde totaalprijs: 0 EUR
Referenties
PDFs van de artikels die worden gerefereerd tijdens de lessen en dienen als
achtergrondmateriaal worden aangeboden via het Minerva-platform
Vakinhoudelijke studiebegeleiding
Zie hierboven “Leermateriaal”
Evaluatiemomenten
periodegebonden evaluatie
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de eerste examenperiode
Schriftelijk examen met open vragen
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de tweede examenperiode
Schriftelijk examen met open vragen
Evaluatievormen bij niet-periodegebonden evaluatie
Tweede examenkans in geval van niet-periodegebonden evaluatie
Niet van toepassing
Toelichtingen bij de evaluatievormen
Schriftelijk examen
Eindscoreberekening
(Goedgekeurd)
2