Examenvragen_bioinf_en_sysbio_2013

Bioinformatica:
Hoe PCR-set bekomen voor Lactobacillus soorten voor bepaald gen als je weet dat het gen aanwezig
is in L.Sakei 23K?
Wat is PAM120 en waarvoor wordt het gebruikt?
Wat is Ensembl?
Woordjes uitleggen waaronder:
Megablast
Refseq
Paralogen
Systeembiologie:
Vb van malaat uitleggen (case study)
Waarom S.sereviceae goed voor... (celfabriek?)
Waarom 13C belangrijk in systeembio
2014-2015:
Bio-informatica
1) Een collega sequeneert het genoom van een bacterie en vraagt je om deze te annoteren.
Hoe ga je te werk? Welke databases/programmas gebruik je?
2) Geeft afbeelding van sequence logo en vraagt: Bespreek onderstaande figuur, hoe wordt
deze bekomen?
3) Woordjes:
a. OMIM
b. Paraloge genen
c. BRENDA
d. BLAT
e. ?
Systeembiologie
1) Case study van succinaat bij S. serevisiae uitlegen
2) Waarom is E.coli een goede celfabriek? (bijvraag mondeling: enkele nadelen)
3) Waarom 13C-labeling en metabolomics handig voor industriele systeembiologie?