De " tree of life "
advertisement
Verslaggevers, pop-wetenschap en creationisten Trefwoorden Animalia Darwin Dieren Eukaryoten Helioconus HGT Horizontal gene transfer Hybridisatie ← Laterale(LGT )/Horizontale gentransfert(HGT)Horizontale genoverdracht (HGO) post-transcriptional modification Wohlbachia ° Komplete wetenschappelijke internet –papers Ciccarelli FD, Doerks T, von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P. 2006. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science. 311:1283–1287. http://www-binf.bio.uu.nl/pdf/Ciccarelli.s06-311.pdf B.E. Dutilh, B. Snel, T.J.G. Ettema, and M.A. Huynen, 2008. Signature Genes as a Phylogenomic Tool. Mol. Biol. Evol. 25(8):1659–1667. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2464742/ ° http://www.pinterest.com/jestill/phylogeny/ ° De verloedering van de populair-wetenschappelijke bladen bij het begin van het Darwinjaar 23-01-2009 (de vooravond van Darwin’s geboortedag ) (Kranten en pers berichten ) http://www.newscientist.com/article/mg20126921.600-why-darwin-was-wrong-about-the-tree-oflife.html?page=1 http://www.telegraph.co.uk/scienceandtechnology/science/4312355/Charles-Darwins-tree-of-life-iswrong-and-misleading-claim-scientists.html http://www.guardian.co.uk/science/2009/jan/21/charles-darwin-evolution-species-tree-life (1) (A) De metafoor the " tree of life " De stamboom van het leven is vertakt voorgesteld (in zijn vroegste vorm een zeer eenvoudig , maar inspirerend model) .... Sommige tak-uiteinden ( = wat men dus "species " noemt) zijn inderdaad samengesmolten( in elkaar gedraaid en op elkaar ge-ent ) en hebben zo nieuwe " soorten" laten onstaan... Ook Hybridisatie IS een vorm van speciatie ( planten /vlinders ... De klassieke weg voor soortvorming in de natuur is dat verschillende populaties van dezelfde soort door geografische barrières van elkaar gescheiden raken, elk hun weg gaan en finaal een punt bereiken waarachter ze zoveel van elkaar verschillen dat ze zich niet meer onderling kunnen voortplanten. (=De allopatrische soortvorming ( van Mayer ) met als uiteindelijk resultaat genetische isolatie )Maar er blijken ook andere manieren te zijn . Uiteindelijk vertoont de stamboom des levens niet alleen afstammingstakken maar ook takkennodes die met elkaar versmelten (hybridiseren ) http://rstb.royalsocietypublishing.org/content/364/1527/2177.full ___________________________(intermezzo)_____________________________________________ Een Zuid-Amerikaanse vlinder(Helioconus heurippa ) ontstond als soort op héél afwijkende wijze: als een versmelting van twee oudere soorten, één met een oranje vleugelband en een andere met een witte. The new species in question was a graceful little butterfly called Heliconius heurippa. zie ook ; http://scienceblogs.com/loom/2006/06/14/darwin_meet_frankenstein.php#more De nieuwe soort plaatste de twee banden netjes naast elkaar. Soortvorming door hybridisatie is zeldzaam(bij dieren ) omdat de nakomelingen van hybriden meestal steriel zijn, waardoor hun soort uitsterft. In de plantenwereld is soortvorming door hybridisatie( met inbegrip van fertiele nakomelingen ) algemener dan bij dieren ( gebaseerd op " Twee in één " door Dirk Draulans Knack - 23-08-2006) _________________________________________________________________________________ (B) De boom van het leven Tomaso Agricola 26-02-2008 Ee Eerste schets levensboom Deze ( iconische ) schets, gemaakt door Charles Darwin in 1837 vlak nadat hij teruggekeerd was naar Engeland van zijn reis rond de wereld met de Beagle, is zijn eerste schets van een ‘levensboom' (tree of life). Het laat zien hoe hij dacht over het ontstaan van verschillende variaties en soorten als vertakkingen uit 1 enkele ‘ouder' soort. De schets ontwikkelde zich uiteindelijk tot de enige afbeelding die in 1859 in The origin of species is te vinden (zie onder). Vele bomen zijn er nadien opgetekend, in het begin vaak alleen maar op basis van anatomische (en evt fysiologische) overeenkomsten, maar na de ontdekking van DNA ook op basis van het erfelijk materiaal van verschillende soorten Voor de tijd van Darwin werden organismen ook al ingedeeld in een klassificatiesysteem (het systeem van Linnaeus was al een tijd in gebruik). Het concept van Darwins boom hield in dat de klassificatie in het vervolg op basis van de genealogische relatie van de soorten zou moeten worden gedaan. Soms zijn de overeenkomsten en verschillen tussen soorten vrij duidelijk en is dat geen probleem. Soms lijkt een soort alleen maar op zichzelf en dan lukt het niet. Een reden hiervoor kan zijn dat de mogelijke tussenvormen allemaal uitgestorven zijn. Om een goede klassificatie te doen is het altijd handig wanneer er fossielen zijn die mogelijke tussenvormen representeren. Tegenwoordig kan er ook op basis van het DNA nog een poging worden gedaan om de soort in te delen in het grotere geheel. (Tip : Hier is een webpagina met een heleboel uitleg waar iedereen zelf de moderne versie van de Tree of life kan onderzoeken ) Natuurlijk wist Darwin niets af van Genetica en bijna niets van " microben " ...( Net zoals Newton niets afwist van Quantum-mechanica ....) NET ZOALS BIJ NEWTON WAS ZIJN BASISIDEE EN UITWERKING NIET VERKEERD , MAAR ALLEEN MAAR EEN SPECIAAL(nauw begrensd) ONDERDEEL(GEBASEERD OP DE TOENMALIGE TECHNOLOGISCHE WAARNEMINGSMIDDELEN, BESCHIKBARE EMPIRISCHE DATA en/of DE OPLOSKORREL )of EEN SECIALE TOEPASSING( binnen bepaalde beperkende omstandigheden ) VAN EEN GROTER GEHEEL (waarvan gehoopt werd dat het deze beperkingen in de toekomst kon overschrijden : door de vooruitgang van de techniek , de nieuwe fossiele vondsten en de theoretische kennis (1 ) De " tree of life " van Darwin was dan ook een (hypothetische )schets van een ( mogelijke ) afstammingsboom van de toendertijd bekende "hogere "organismen KIJK GOED NAAR DE SCHETS VAN DARWIN _____de enige officieele afbeelding die in 1859 in "The origin of species "verscheen ____ EN JE ZAL METEEN KUNNEN VAST STELLEN DAT DARWIN GEEN UITSLUITSEL HEEFT GETEKEND OVER 1.- DE WORTELS VAN DE BOOM 2.- NOCH OVER DE OORSPRONG VAN DE (hypothetische )AFTAKKINGEN ZIE ook Voetnoot #3 van het vroegere blogartikel 27-10-2008 HET GELIJK VAN DARWIN http://www.bloggen.be/evodisku/archief.php?ID=73922 (C ) HGT ← Laterale(LGT )/Horizontale gentransfert(HGT)Horizontale genoverdracht (HGO) http://evolutie.blog.com/4507581/#cmts (comments ) #2 Bart klink * Er wordt in dit artikel( New Scientist ) nogal een hoop stampij gemaakt over HGT (wat zeker aantoont dat het oorspronkelijk beeld te simplistisch is), maar om hiermee te zeggen dat Darwin het fout had gaat veel te ver. De invloed van HGT op dieren(= eukaryoten animalia ) bijvoorbeeld is vrij goed onderzocht, maar blijkt daar zeer minimaal. (maar toch aanwezig Daardoor blijft de boom dus fier overeind. Nieuw is dit overigens ook niet, het komt bijvoorbeeld uitgebreid aan bod in het handboek evolutiebiologie van Barton et al. Het lijkt dus vooral een publiciteitsstunt, waar creationisten gretig misbruik van zullen gaan maken. #8 Gerdien de jong * De mate van verwarring onderaan de fylogenetische boom lijkt in feite wel mee te vallen, vergeleken met wat het een paar jaar geleden als gevolg van HGT leek. HGT kan kennelijk redelijk herkent worden. Zie ook : // Ciccarelli FD, Doerks T, von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P. 2006. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science. 311:1283–1287. http://www-binf.bio.uu.nl/pdf/Ciccarelli.s06-311.pdf B.E. Dutilh, B. Snel, T.J.G. Ettema, and M.A. Huynen, 2008. Signature Genes as a Phylogenomic Tool. Mol. Biol. Evol. 25(8):1659–1667. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2464742/ TOMASSO : Een artikel in science ( The paradigm of life ) zette in 2007 al deze zaken al stevig neer http://www.sciencemag.org/cgi/content/summary/318/5855/1390 " (Abstract / summary ) Lateral gene transfer may have spurred microbial evolution, producing a pattern of evolution that resembles a network, rather than a tree. " "...an ongoing debate about whether the genetic relationship of life on the planet should be depicted as a Tree or Web of Life......"(Dit bijschrift bij een plaatje (foto van een boom en een web) kan op het verkeerde been zetten en wordt dan ook door creationisten gebruikt als (mis)quote ....) In de tekst van het artikel zelf is het vollediger uitgeschreven... " .....a tree reflects evolution as a process in which new species arise, or branch, from specific ancestors, a web may more accurately portray microbial evolution based on the rise of variation (and new species) through the lateral transfer of genetic information between distantly related species." We weten al heel lang dat bacterien in staat zijn om genetisch materiaal uit te wisselen (horizontal gene transfer). Niets nieuws onder de zon dus. Maar men doet net alsof eukaryoten hier ook zeer frekwent toe in staat zijn en dit vooral met de regelmaat van de klok doen…….En dat is niet zo. Bovendien zullen creationisten die dit alles willen gebruiken , moeten aantonen dat deze prokaryotische eigenschap een eigenschap is die niet door evolutie ( in dit geval dus in afstammingslijnen met asexuele voortplanting ) tot stand is gekomen. Laat ik het zo zeggen. "Zijn er aanwijzingen voor dat deze eigenschap niet door evolutie is ontstaan, maar door een ander proces?" (reactie ) "....De genetiese elementen zijn er al en worden gewoon uitgewisseld. Daarvoor hebben deze organismen ook nog eens een heel mooi opname systeem. Het uitwisselen en recombineren is als het ware bacteriesex. Bacterien zijn blijkbaar een grote familie.Feit is, het systeem van variatieinductie dmv uitwisseling van genetiese elementen is er gewoon. Er zijn geen aanwijzingen dat deze eigenschappen door een darwinisties proces zijn ontstaan...." § ( Mijn kommentaar) "De genetiese elementen zijn er al "---> in de huidige extante bacterieen toch ; het is een succesvolle "overlevingsstrategie " §( Mijn kommentaar)"Een grote familie ? "---> De meeste familieleden stammen van elkaar af of incorporeren individuen van dezelfde "soort " die ergens toch een gemeenschappelijke voorvader hebben et de familie waarin ze "introuwen " --> familie is een iets andere naam voor natuurlijk onstane netwerken (= interactieve relaties ) (Tomasso ) "Het is er gewoon? "……Huh?Heeft men er ook over nagedacht hoe men de hypothese van "Het is er gewoon "falsificeert? §( Mijn kommentaar) Het is er gewoon = goddidit ? -- Maar dat is dan geen wetenschap meer maar een argument afkomstig uit "onwetenheid " intellectuele luiheid en gemakzuchtige sectaire religie (---> zie verder over HGT de endosymbiosis theorie van Margulis = http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/history_24 http://en.wikipedia.org/wiki/Endosymbiotic_theory en vooral ook de cytoplasma parasieten in bijvoorbeeld eicellen van verschillenden wespensoorten Wolbachia-bacterieën < ← Wolbachia Bacterieën http://redes.eldoc.ub.rug.nl/FILES/root/2002/l.w.beukeboom/OratieBeukeboom.pdf ) (D) Genetic Parasites 10.26.07 Talk about "the stranger within" "De vreemdeling binnenin "...Wetenschappers ontdekken wat het "ingeplakte "complete gecodeerde genoom lijkt te zijn van een bacterie-species in het DNA van een fruitvlieg . De ontdekking kan grote gevolgen hebben voor de DNA-sequencing projekten .... http://www.sciencentral.com/articles/view.php3?article_id=218393012&cat=1_2 Zie video op de web pagina(movie will open in a separate window) Quicktime( required ) Waargenomen Laterale gentransfert(= horizontal transfer Horizontale genoverdracht) en endosymbiose tussen Wolbachia wormen en fruitvliegen Wetenschappers aan de universiteit van Rochester hebben het complete genoom(!) van een bacteriële parasiet gevonden in het genoom van een slachtoffer van deze parasiet. Deze ontdekking toont aan dat het mogelijk is dat een uitwisseling van genomen tussen verschillende soorten mogelijk is en het werpt een volledig nieuw licht op evolutie zoals we die tot nu toe in kaart hebben weten te brengen. Vóór deze studie was al lange tijd bekend dat deze uitwisseling kon plaatsvinden, echter tot nu toe hebben wetenschappers altijd aangenomen dat het in zeer lage frequenties voorkwam. Het is ook de reden geweest dat men in het verleden sprak van ‘vervuiling’ wanneer men bacterieel DNA tegenkwam in een niet-bacterieel monster. Een voorbeeld hiervan is het ontrafelen van het DNA van de ‘ananassae fruitvlieg‘ geweest waarin DNA van de Wolbachia werd aangetroffen. In het finale genoom werd dit DNA aanvankelijk niet gepresenteerd als onderdeel van het genoom van de fruitvlieg. http://www.astrobio.net/pressrelease/2451/when-the-parasite-becomes-the-host VIDEO: Professor Werren describes the genome-in-a-genome Wolbachia genes transferring to host's DNA. Credit: Nicolle Rager Fuller, National Science Wolbachia Gene in Fly Genome // This image show a Wolbachia gene that has been inserted into the fly genome. /Credit: University of Rochester Wolbachia infection inside fly ovaries // Credit: University of Rochester Boston Globe A Trojan horse inside genes of the fruit fly New York Times When Bacteria Transfer Genes to Invertebrates and Spread From There Washington Post One Species' Genome Found Within Another Biology Wolbachia Aids Speciation NIH Agrees to Sequencing The Jack Werren Lab HGT ( horizontale genoverdracht ) speelt dus niet aleen bij de zogenaamde (hypothetische ) verschillende " LUCA" populaties/groepen en bacterieën onderling een evolutionaire rol, maar ook bij meercelligen (eukaryoten ) . __________________________________________________________________________________ -Maar ook de wortels ( the roots of the tree ) van de "stamboom van het leven" , zijn ( waarschijnklijk erg ) vertakt en nog grotendeels onbekend ( want ze hebben vooral te maken met abiogenese en virusachtige dingen die met elkaar voortdurend interageren ---> een soort "oersoep " dus , die nog altijd bestaat en waarbij allerlei kombinaites voortdurend worden uitgevonden ) ... Net zoals het grootste deel van een ijsberg onder water zit , zit het grootste deel van de boom des levens nog verstopt , diepgeworteld in de "oersoep ".... -“Luca “ is NIET één enkel organisme = Maar een groot aantal groepen organismen en voorlopers van de huidige microbiontische levensvormen ( evolutionair ook voorafgaand aan de meercelligen ) , die ( nog steeds )uitwisselings- netwerken vormen ..... A modern view of the tree of life: From W. Ford Doolittle (2000) "Uprooting the tree of life." Scientific American, 282(2):90-5. Note that distances are not necessarily to scale in this image. This image reflects a view held by some practicing scientists (including Dr. Doolittle, the author of the original article) that there was a period in life's early history when genes swapped so frequently that it is impossible to treat those earlier lineages as truly distinct, nor to trace those lineages back cleanly to a single ancestor. They do not dispute that life has some common ancestor, but they do seek to clarify how we talk about that ancestor. Maar Het feit dat alle levende wezens ( voor zover tot nu toe bekend ) grosso modo "dezelfde " universele genetische code ** hanteren, betekent slechts dat ze met zijn allen ( en hun nakomelingen ) afstammen van enkele " overwinnaars " uit de replicatoren van de voorafgaande " chemische evolutie -wereld" (**we hebben , zeker in de biologie , ondertussen wel geleerd dat er altijd uitzonderingen mogelijk zijn op de heuristieke en empirisch vastgestelde "regels of wetten " ... David Hume wist dat trouwens ook al ) "Waarom zou het, als het al 1 keer gelukt is, zo moeilijk moeten zijn om een 2e keer leven te doen onstaan? " Dat is een uiterst valide vraag. Een mogelijk deel- antwoord is dat al het leven dat we op aarde aantreffen dezelfde RNA/DNA codering gebruikt. *( speculatief) Als het leven twee keer was ontstaan was de codon codering ( in het huidige bekende leven )nooit zo exclusief en " universeel " geweest. * ( speculatief) Het is ook mogelijk dat ( tot zover wij reeds weten) het leven slechts één keer is ontstaan in het hele gigantische heelal in de 13.5 miljard jaar dat het bestaat. *( speculatief) Het is dus inderdaad heel goed mogelijk dat het een uiterst onwaarschijnlijke en zeldzame gebeurtenis was. *Een tweede mogelijk ( speculatief) deelantwoord is dat de 2de vorm leven ( onstaan of ingevoerd ) op deze planeet , en nadat er al een 1ste levensvorm aanwezig was , is opgeeten of weggekonkureerd ( of integendeel het 2de leven , het 1ste leven heeft verorbert of diens overlevingsmogelijkheden heeft beknot ) *( speculatief) Alle ( tot nu bekende leven ) leven stamt in elk geval af van een groep " overlevers " in het bezit van de universele code (E) Virus Bepaalde Virussen zijn trouwens vectoren die genen overbrengen als werkpaarden -shuttles van de Genetische manipulatie technieken ...Het is te verwachten dat er ook natuurlijke GM bestaat , en altijd heeft bestaan .... ( Menno schilthuizen heeft dat ook al geopperd , meen ik me te herinneren --> "Mysterie der mysterieen" ) Virussen en virusachtige deeltjes weven voortdurend nieuwe genetische opstellingen , passen bestaande aan , breiden ze uit of veranderen ze door het inbouwen van nieuwe moleculaire pathways .... Dat alles is al een tijdje ( ongeveer ) geweten( maar nog niet algemeen bekend of aanvaardalseen belangrijk mechanisme dat ooknu van kracht is )... (F) Een weverij van genen Virussen stuwen de evolutie van het leven. Ze kunnen ons helaas ook ziek maken. Op héél vernuftige wijze. En ze hebben hun sporen in ons genetisch materiaal achtergelaten. Virussen zijn de kleinste levende wezens. Er wordt zelfs aan getwijfeld of het wel leven is. Want ze kunnen zich niet zelf voortplanten. Ze zijn de eenvoud tot de perfectie uitgewerkt. Ze beschikken alleen over een beetje genetisch materiaal in een manteltje. De genetische molecule draagt alles wat ze nodig hebben. Ze dringt binnen in het genetisch materiaal van een gastheer. Die doet het werk: die vermenigvuldigt de genen van de bezoeker, waarna ze in een manteltje kruipen en uit de besmette cel breken om elders de cyclus te herbeginnen. Virussen zijn er het levende bewijs van dat de natuur uitsluitend gericht is op de eigen voortplanting. Een complexe structuur maakt dat alleen ingewikkelder - kijk maar hoe moeilijk onze levens geworden zijn, hoe wij ons zorgen maken over wat vanzelfsprekend is: voortplanting. Het wordt steeds duidelijker dat virussen een uiterst belangrijke rol spelen in de evolutie, de evolutie van het leven in zijn totaliteit. De hoeveelheid virussen in de wereld is enorm onderschat. Zo ook de rol die virussen spelen in het mengen van genen, het cre챘ren van variatie, van nieuwe combinaties een van de motoren achter de natuurlijke selectie als stuwende kracht van evolutie. Overal waar virologen kijken, vinden ze nieuwe virussen: in een ziekenhuis in India, het apenhuis van een dierentuin, zelfs onder een rozenstruik in de buurt van een laboratorium. Die virussen lijken niet eens op elkaar. Variatie is troef. Berekeningen wijzen uit dat er meer onontdekte virale genen zouden zijn dan genen in alle andere levensvormen samen. Dat zijn enorm veel genen. De meeste virussen zouden bacteriofagen zijn: virussen die bacteriën besmetten. Bacteriën hebben een kwalijke reputatie, omdat wij ze verantwoordelijk achten voor veel van wat misloopt, infecties en besmettingen. Maar er zijn ook goede bacteriën. Massa's goede bacteriën. En bacteriën kunnen zelf ook slachtoffer zijn. Slachtoffer van virussen. Het lijkt er steeds meer op dat de microbenwereld massaal door virussen geviseerd wordt. Virussen kunnen zo efficiënt huishouden in een microbenpopulatie dat een ecologisch systeem erdoor ontwricht raakt. Als een leger virussen een aanval lanceert op mariene algen, kan er zoveel zwavelhoudend afval vrijkomen dat het de vorming van wolken in de atmosfeer beïnvloedt. 250 MILJOEN LICHTJAREN Dit inzicht is door handige mensen gebruikt om er een gat in de markt mee te dichten, iets nieuws in te voeren: er zijn viruscocktails als voedseladditief op de markt gebracht. Ze kunnen over, bijvoorbeeld, koud vlees gesproeid worden om het te beschermen tegen bacteriën die zelf voedselvergiftigingen veroorzaken. De aanvallers van onze aanvallers worden onze vrienden. Omdat deze virussen alleen bacteriën aanvallen, zijn ze onschadelijk voor dieren als de mens. In onze darm zitten veel natuurlijke bacteriofagen. Overigens heeft men onlangs ontdekt dat ook(enkele ) virussen kunnen leven in ( waarschijnlijk allerlei ?) symbiotische relaties met elkaar --> " sputnik " bijvoorbeeld http://www.exploremagazine.nl/virus-loopt-virus-op.40432.lynkx http://www.intermediair.nl/artikel.jsp?id=1542713 De onderzoekers noemen de nu ontdekte klasse van virussen ‘virofagen', naar analogie met de ‘bacteriofagen', virussen die bacteriën infecteren. Onderzoek aan bacteriofagen werd in de loop van de vorige eeuw goeddeels gestaakt, toen de ontwikkeling van antibiotica een probaat genoeg middel tegen bacteriële infecties bleek te zijn. Een door het blad NewScientist (= ja het blad heeft wel degelijk een zeer goede reputatie te verdedigen/dubbel jammer dus wat nu is gebeurt ) geraadpleegde viroloog merkte echter op dat een bacteriofaag alleen maar een bacterie nodig heeft om zich voort te planten, maar dat de ‘virofaag' nog steeds stoffen nodig heeft uit de cellen van de gastheer die door zijn viruscompagnon werden geinfecteerd inge , om welke stoffen "de virofaag" dan concurreert met het virus waarop hij zich voortplant. ) - Maar wijzelf hebben uiteraard ook onze eigen vijanden. Virussen laten geen enkele biotoop op aarde onbenut. Voor hen zijn wij een gigantische bron van leven en van kansen . Bij het uit een gastheer plukken van nieuwe kopieën van de eigen genen kan er iets mislopen. Kunnen er genen van de gastheer aan een virus blijven plakken en elders terechtkomen. Virussen worden steeds meer als een soort weverij van genen gezien, waaruit steeds wisselende patronen komen. Virussen zijn, in de perceptie van mensen die ze bestuderen, geëvolueerd van outsiders in het levensspel tot misschien wel de grootste stuwende kracht ervan. Er zijn enorm veel virussen in de wereld. Het is bekend dat ze in water héél talrijk zijn: 60.000 stuks per milliliter in de koudste zee- en tot liefst 254 miljoen in gematigde oppervlaktewateren. Overal waar wetenschappers virussen zoeken, vinden ze er. Als alle virusgenen die er op aarde zouden zijn, achter elkaar worden gelegd, zouden ze een astronomische afstand van 250 miljoen lichtjaren overbruggen. In de ruimte zit je dan al makkelijk enkele honderden sterrenstelsels ver. Nieuwe genetische technieken maken het mogelijk om efficiënt naar virussen te zoeken. De machine doet het mensenwerk. In slib op de zeebodem kunnen tot meer dan een miljoen verschillende virale stammen zitten. In de darm van een mens zitten minstens duizend soorten virussen. Op elke biotoop waarop de onderzoekers hun sequencers - de machines waarmee ze de genetische code ontrafelen loslaten, vinden ze een boel nieuwigheden. Het is nu ook mogelijk de genensamenstelling van virussen vlot met elkaar te vergelijken. Gemiddeld is de helft van het genenpakket van een gescreend virus nieuw; de andere helft is al eens elders gevonden. Vorsers vinden de vreemdste dingen in virussen, zoals het gen dat bij dieren (de mens uiteraard inbegrepen) het smeermiddel voor gewrichten maakt, of dat wat verantwoordelijk is voor de productie van chitine: het pantser uit de schilden van insecten. Of en waarvoor die genen nuttig zijn voor de virussen is nog niet bekend. Wetenschappers gaan er nu van uit dat virussen voortdurend genetisch materiaal door elkaar haspelen. Dat ze behouden wat nodig is voor hun eigen overleving, maar verder ballast meezeulen dat ze elders droppen. Sommige specifieke genencombinaties kunnen heel succesvol zijn. Er is een genetische lijn aangetroffen in virussen uit water van de Zuidpool, een koraalrif in de Cara챦ben en de darm van een koe in Amerika. De verspreiding ervan zou minder dan tweeduizend jaar geduurd hebben. Sommigen stellen nu dat er een kleine, harde kern is van uiterst belangrijke genen, die floreren in een steeds wisselende pool van genen, op zijn beurt een soort genetisch superorganisme waaruit iedereen kan putten. De vraag dringt zich op in welke mate de tentakels van dit allesomvattende 'ding' tot in de genomen van de gastheren reiken, de slachtoffers van besmetting be챦nvloeden, van bacterieën tot de meest complexe organismen. GEPROGRAMMEERDE DOOD Virussen lijken zich niets gelegen te laten liggen aan de klassieke soortgrenzen waar wij zo graag mee werken. Ze springen van de ene soort naar de andere dat het een lieve lust is. Daarbij veroorzaken ze soms problemen of dwingen ze een soort ertoe zich aan te passen. Het is ondertussen duidelijk dat het aidsvirus de mensengemeenschap binnengedrongen is door contact met besmette apen. Apen die waarschijnlijk lang last hebben gehad van de apenversie van het virus, maar er ondertussen weerstand tegen hebben opgebouwd. De mens is nog bezig met het verwerven van weerstand. Naar schatting 2 procent van de met het aidsvirus besmette personen, krijgt nooit last van de symptomen en wordt dus ook nooit ziek, hoewel de ziekte wel kan worden doorgegeven. Er wordt koortsachtig gezocht naar de basis van die natuurlijke immuniteit, want daarin zou het meest voor de hand liggende wapen tegen de ziekte kunnen liggen. Ondertussen woekert het ebolavirus in gorillapopulaties van Centraal-Afrika. De populaties worden er gedecimeerd. Hun evolutie wordt angstvallig in het oog gehouden, niet alleen omdat ze catastrofaal kan zijn voor soorten die het zo al moeilijk hebben, maar ook om te kijken hoe weerstand zich op natuurlijke wijze in een populatie verspreidt. Ook de mens is vatbaar voor ebola, hoewel het aantal besmettingen vooralsnog beperkt is gebleven. Ebola is te dodelijk voor de mens om 챕cht succesvol te zijn als virus. Stilaan geeft het aidsvirus zijn geheimen prijs. Het is ondertussen bekend hoe het zijn desastreuze invloed op een mensenlichaam uitoefent. Het virus doodt in feite niet zelf, maar het put het afweersysteem zo uit dat het geen kracht meer heeft. Het afweersysteem is niet meer in staat op banale infecties te reageren, zodat slachtoffers bezwijken aan, bijvoorbeeld, een longontsteking. Als het virus zich in het bloed opstapelt, verhogen speciale afweercellen (zogenaamde CD8-cellen) de productie van een specifieke receptormolecule: de programmed death-1 - griezeliger kan haast niet. Die molecule stapelt zich op op het celoppervlak, waardoor de effici챘ntie van de CD8-cellen verzwakt en ze minder antivirale stoffen loslaten. Ze branden op en kunnen hun functie niet meer vervullen. Wat de receptor in normale omstandigheden doet, is onduidelijk, maar het lijkt erop dat hij mee helpt verhinderen dat de afweer zijn eigen lichaamscellen aanvalt. Het is niet uitgesloten dat het virus de overproductie van de molecule zelf in de hand werkt en een lichaam zo stimuleert om zichzelf kwetsbaar te maken. Waardoor het makkelijker zijn gang kan gaan. Aids is als ziekte zo succesvol, omdat hij zijn slachtoffers niet meteen doodt. Het virus krijgt de tijd om zich te verspreiden. DE KIPPEN BINNEN Een ziekte waar iedereen ondertussen doodsbang van is, hoewel het aantal menselijke slachtoffers dat ze gemaakt heeft heel beperkt is, is de vogelgriep. In zogenaamde kwetsbare gebieden natuurgebieden met veel watervogels - zitten de kippen ondertussen weer binnen, of op zijn minst in met netten afgesloten rennen. Een zegen voor mensen wier buren veel hanen hebben, maar een ramp voor de kippen zelf, zeker als ze gewend zijn buiten te lopen. De vogelgriep wordt veroorzaakt door een virus (het H5N1) dat erom bekendstaat dat het als vanzelfsprekend over soortgrenzen heen springt. Het nestelt zich ook in trekvogels, zodat het op korte tijd grote afstanden kan overbruggen, en kan toeslaan in zowel Oost-Azië als West-Afrika. Het beschikt over twee eigenschappen die het tot een pandemie, een wereldwijde epidemie, kunnen doen uitgroeien: het is heel besmettelijk én onze lichamen zijn er niet op voorbereid. Als het virus er nu nog in zou slagen om van de ene mens naar de andere over te springen - zonder de tussenstap van een trekvogel - zou het een groot gevaar kunnen vormen. Eén manier om dat te realiseren is dat het zich gedeeltelijk zou mengen met een virus dat een gewone mensengriep veroorzaakt. Volgens de nieuwe inzichten in de virale genenpool is dat niet uitgesloten. In gecontroleerde laboratoriumomstandigheden is die mix al eens gemaakt, maar hij blijkt minder besmettelijk te zijn dan het originele H5N1. Het griepvirus dat in 1918 op korte tijd wereldwijd 40 miljoen mensen doodde, was echter niet zo'n mengeling, maar een gewone mutatie (een verandering) van een vogelgriepvirus. Er is ondertussen een vaccin tegen het virus in de maak. De vraag is altijd of zo'n vaccin ook effici챘nt zal zijn tegen eventuele nieuwe vormen van het virus. Want virussen kunnen zich gemakkelijk zo aanpassen dat ze niet meer kwetsbaar zijn voor de middelen die tegen hen worden ingezet, omdat die de virussen niet meer herkennen. Daarom moet er elk jaar een nieuw griepvaccin (tegen de gewone griep) worden ontwikkeld, om het zo effectief mogelijk te maken. Het is ondertussen ook duidelijk dat de meeste bacteri챘le ziekten (zoals cholera en difterie) eigenlijk veroorzaakt worden door genen die bacteriën van virussen 'geërfd' hebben. De meeste bacteriën huizen genen die van virussen afkomstig zijn. Dat geldt ook voor mensen. Zogenaamderetrovirussen zijn gespecialiseerd in het aanvallen van dierlijke cellen. Het aidsvirus is zo'n retrovirus. Liefst 8 procent van ons genetisch materiaal zou afkomstig zijn van virussen. Zo is een eiwit dat het virus gebruikt om zich aan een gastcel te verankeren, ook terechtgekomen in onze moederkoek, waar het bij het begin van een zwangerschap zorgt voor verbindingen tussen cellen in de groeiende placenta. Er zijn zelfs mensen die beweren dat een deel van de genen die ons van de chimpansee onderscheiden, een virale oorsprong zou hebben. Wat betekent dat wij mens werden bij gratie van wezentjes die we wanhopig proberen te bestrijden. DOOR DIRK DRAULANS Knack - 04-10-2006 __________________________________________________________________________________ IDEE *Hetgene waar het New Scientist artikel op teruggrijpt = dat het evolutionaire proces veel ingewikkelder is dan dat darwin dacht. Maar common descent en natuurlijke selectie valt hiermee absoluut niet( als onhoudbaar geworden Integendeel : Zoals het b ovenstaand artikel zegt, common descent zit veel gecompliceerder in elkaar omdat er vele soorten met andere soorten dieren sex hebben(waargenomen feit, omdat het hedendaags gebeurd).Hybridisatie is zelfs een bron van nieuwe soortvorming (Vrijblijvende speculatie) * Het gaat er om dat alles op aarde meer met elkaar verwant is dan we ooit hadden gedacht.( = want de elementen van de bouwdozen blijken inwissel- en uitwisselbaar- / universele code ) * Vandaar dat velen denken dat de "boom "( = oorspronkelijk eigenlijk alleen opgesteld voor de klassificatie van hogere organismen met sexuele voortplanting ) aangepast moet worden en meer op een "web " zou moeten lijken.( zeker in zijn wortels ) * Niet alle levensvormen zijn te herleiden op één oerorganisme (een microbe)of één enkele Luca , maar wel allemaal op een wereldomvattend microbieel netwerk ...en eigenlijk is dat niets anders dan een weer andere vorm van de "oersoep " ( of noem het LUCA om het te onderscheiden van de allereerste soep ) , gevormd ( met allerlei interacties van unieke virale genen en fysische omstandigheden )in een voortdurend verschuivend chaotisch proces van herangschikkingen , uiteenvallen en samenwerken ..... ________________________________________ Maar de New Scientist reporter doet ( in dat jammerlijk gestelde artikel ) over dat alles precies alsof het recente kapitale ontdekkingen betreft .... Het "artikel " in New Scientist is( zoals in NS niet ongewoon ) op zijn minst sensatiezoekend en misleidend .... en het geeftt allerlei dilettanten , anti-wetenschappers en creationisten opnieuw wat reanimerende (hoognodige) zuurstof Niemand zal echter ontkennen dat de "evolutietheorie "( althans datgene wat daarvan doorsijpeld naar het geinteresseerde publiek ) aan een serieuze up-dating toe is .... De dingetjes en argumenten uit de jaren 50 en 60 van vorige eeuw volstaan niet ... (Jammer is dat zelfs deze "oudere" verklaringen niet eens gemeengoed zijn geworden ) Darwin is de begin-inspiratie van de evolutietheorie , maar hij is allang morsdood .... Stoppen met van die Darwin een " heilige" autoriteit van te maken .die over van alles en nog wat absolute onbetwijfelbare "waarheden " heeft verkondigd ...en die men daarna met graagte onderuit schopt omdat het ( misschien ) geld kan opbrengen voor de persmuskieten , inktkoelies en uitgevers .... (zie verder ook op ) http://www.freethinker.nl/forum/viewtopic.php?t=6106&start=0 Ik denk dat minstens een goede , opzoekbare , inspirerende en nuttige documentatie ( en het begin van een bruikbare lijst met argumenten ) valt tedestilleren uit de vele (engelstalige )discussies/blogs /artikels en commentaren die reeds op het net en de pers van start zijn gegaan .... Zeker wanneer ook de herkauwende (Nederlandstalige ) " discussies " daarover opnieuw zullen opstarten http://evolutionarynovelty.blogspot.com/2009/01/was-darwin-wrong.html http://sandwalk.blogspot.com/2009/01/darwin-was-wrong.html http://scienceblogs.com/pharyngula/2009/01/speaking_of_media_mangling.php#comments http://pandasthumb.org/archives/2009/01/the-trouble-wit.html en vooral ; The Trouble With Science Journalism / Jason Rosenhouse http://scienceblogs.com/evolutionblog/2009/01/the_trouble_with_science_journ.php REACTIE’S 18 February 2009 http://www.newscientist.com/article/mg20126960.100-darwin-was-right.html http://sandwalk.blogspot.com/2009/02/blunt-talk-from-four-evolutionists.html#links Reacties van Dawkins, Dennett , J Coyne e.a. (Tsjok45) Spin offs 1) http://www.physorg.com/news152274071.html " ....The possibility that evolution isn't as clear as the tree of life is not a brand new idea to biologists, but it has slowly risen from various studies. In the 1950s and following decades, the discovery of DNA, RNA, and protein sequences revealed that species once thought to be near each other on the tree are in fact quite different, molecularly speaking. In the early '90s, scientists had hoped that gene sequencing would help them piece together the tree of life, but instead it showed conflicting results. For instance, some species that are closely related based on their DNA are not closely related at all based on their RNA....." # Comment 3 bmcghie The assertion that RNA differs between organisms that share DNA very closely is nothing new... it's called post-transcriptional modification, and it's here to stay. It's actually a very quick way to generate diversity of function in the proteome, without changes at the DNA level Het is alleszins de moeite waard de zaak van nabij te blijven volgen.... ° Misschien toch nog iets goeds in die hele heisa : (DrWho ) : ....ondanks dat al dat mercantiel en journalistiek gedoe over de tree of life , is voor mensen die op de hoogte zijn van die gekende gegevens ; "oud nieuws" ……. Toch juist goed dat New Scientist dit onder de aandacht brengt ? .... __________________________________________________________________________________ Het kan daadwerkelijk voor verdere verdieping en enige sceptische bezinning zorgen over de stand van zaken in het debat tussen pop-wetenschap , journalistieke stommiteiten /smaakmakerijen en creationistische desinformatie campagnes....(2) Waarvan akte (1) Creationisten ( en het gros van de mensen ) zullen het "Newscientist " artikel gaan lezen ?__laat staan begrijpen of uitspitten .... Natuurlijk niet echt .... Wat voor de creationistische militanten en spin-doctors telt is dat de "NewScientist cover" goed zichtbaar verschijnt in de (Engelse) krantenwinkel ( ook ter meerdere eer en vooral winst van die uitgeverij ) en dan maar ( mogelijks ) meteen (heel populistisch ) : " .We hebben het altijd geweten ...zie je wel dat we gelijk hebben ? Zelfs New Scientist zegt het ook al ...." of iets in die trant …..Je moet geen raket-geleerde zijn om dat te kunnen voorspellen ... # Elberfeld schrijft Het is ook zo simpel om met zo'n voorblad meteen met een mooie misleidende en aandacht trekkende one liner te komen : Voortschrijdende “wetenschap”, ontkracht Darwin ? ……. (Of is het slechts een journalistiek opgeklopte Hype ? ) Vraag in 2004: Antwoord in 2009: ? _________________________________________________________________________________ (2) # Fishhook schreef ; Het wordt tijd dat iemand de huidige stand van zaken in een populair wetenschappelijk boek samen gaat brengen, ik raak het spoor een beetje bijster. (1.)- Velen zijn het spoor bijster Ook veel niet-specialisten ; - Net zoals de "kamergeleerde filosofen " nog altijd bezig zijn de verbijsterende schok van de moderne natuurkunde van ondertussen 100 jaar geleden , te verwerken .... (2.) Hoog tijd dat een bekwaam en talentvol iemand zich daar eens op gaat toeleggen ... maar dat zullen zeker die brood-schrijvelaars van New Scientist niet zijn ....en ook niet meteen Dawkins die alleen nog maar wat anti-religieus kan doen, de laatste tijd / Dawkins schijnt vandaag(2009) wél aan een nieuw boek bezig te zijn dat toch weer eens wat meer over de "evolutie " zelf zal gaan ... afwachten dus maar * (wat overigens niet betekent dat ik zelf in staat ben een dergelijk boek te schrijven ....) _________________________________________________________________________________ 24/01 Onder tussen heeft ook G KORTHOF een goed inhoudelijk informatief artikel geschreven dat van groot nut kan zijn bij het rechtzetten van deze door New Scientist de veroorzaakte kunstmatige"controverse " ... http://evolutie.blog.com/4507581/#cmts Dit schetsmatig artikel levert alleszins een goed stramien waarop verder kan worden gewerkt en een goede argumentatie opgebouwd ....Ik verwacht ook nog iets van de (eventuele) comments op dat artikel van Korthof .... (3) .- de populariserende "wetenschaps"journalistiek( ook in die zogenaamde gespecialiseerde bladen ) is van langs om meer een potje huilen aan het worden .... Kan ook niet anders ;de nodige achtergrondsinfo om de ingewikkelde materie die de moderne biologie en de evolutiewetenschappen geworden zijn , blijkt nog nauwelijks te vatten of te volgen voor de niet gespecialiseerde maar ( af en toe-) belangstellende( zij het beperkt ) publiek Maar vooral : Tijdschriften zoals" New Scientist" zijn goed in het verspreiden van verteerbaar en boeiend leesvoer voor niet-wetenschappers ..... Dat lezerspubliek bestaat uit o.a. mensen met een brede belangstelling /opleiding en bovendien ook dikwijls voorzien van een goede wetenschapskennis afkomstig uit genoten degelijk (secundair) onderwijs en/ of door zelfstudie verworven ... Dat zijn belangstellenden die meestal geen tijd hebben om diepgravende en dikwijls erg komplexe "high brow" artikels te ontleden of te doorspitten , maar niettemin graag informatie blijven krijgen ... Een dergelijke "New Scientist " cover is natuurlijk een misser van formaat Het is doodgewoon ongewenste munitie voor de sjoemelaars en ontkenners van wetenschappelijk feitenmateriaal Niemand van de naivelingen , sensatie-zoekers , de wetenschap- analfabeten en zelfs de mainstream media van het infotainment , zal ook maar een seconde besteden om het artikel zelf te begrijpen De kaft is meer dan voldoende voor hen ...Ook wanneer het niet de bedoeling was dergelijke opgeklopte "controverses" en (onbedoelde ) steun voor / aan en geflirt met , allerhande antien pseudo-wetenschap te leveren De uitgevers en de redactie( waar ook de schrijver van het artikel deel van uit maakt ) moesten dergelijke discreditering van hun goede reputatie en de onbedoelde steun aan het obscurantisme , toch hebben voorzien ? Maar natuurlijk hebben ze dat voorzien .... de uitgevers( de redactie en de schrijver ) zijn toch geen stupiede idioten ? ....Het feit dat ze dit toch publiceerden spreekt boekdelen . De boodschap die ze overbrengen( en hun trouwe lezers) kan hen niets schelen . Ze willen alleen zoveel mogelijk geld blijven verdienen ( in de toekomst) , door zoveel mogelijk van hun "produkt" te slijten( en te lonken naar een "grotere" lezerspubliek ) …..hun afkalvend publiek is zeker de redding niet …..Tsja , het wordt nogal hard gespeeld in die sector van de tegenwoordige (slabbakkende ) economie .... __________________________________________________________________________________ TIP NIET TE MISSEN VOLGENDE MAAND Don't Miss this one next month Titel van het (eventueel) begeleidend artikel "sexual selection more important then HGT ? "
