Examenvragen_methoden_`16-`17

Examenvragen Methoden ‘16-‘17
17/01 NM:
Hoofdvragen:
 Hoe kunnen we genoomwijd verschillen in DNA methylaties aantonen mbv het
Illumina platform
 Leg het principe van PET uit, bij welk type radionucliden wordt dit gebruikt en geef 2
voorbeelden met hun klinische toepassing
 Bij multiple sclerose is een verhoogde expressie van miRNA-145 aangetoond. Hoe
zou je kunnen bevestigen of dit een effect heeft en welk effect het heeft
17/01: VM
Hoofdvragen:
 leg confocale microscopie en 2photonmicroscopie uit en vergelijk
 leg ARMS PCR uit en geef een toepassing hiervoor
 Overexpressie van een ABC1 eiwit bij Alzheimer patiënten: onderzoek of het gebruikt
zou kunnen worden bij therapie
MKV:










wat is MAPPIT?
wat is SEQUENOM?
Itraq dient voor
18S piek dubbel zo groot als 28S piek bij bioanalyser wilt zeggen:
Pyrosequencing:
STED is voluit:
DELFIA is voluit:
bij beschadigd DNA door straling...
Bij proxiimty ligation assay…
voor wat dient ICAT
16/01 NM
Hoofdvragen:
 Leg uit hoe in Q-RT-PCR een absolute kwantificatie kan gedaan worden door middel
van een standaardcurve
 Leg two-photon microscopie uit
 In een bepaalde tumor komt er een mutatie voor in het BRAF eiwit. Waar deze
mutatie zich voordoet is al gekend. Men denkt dat BRAF zijn invasiviteit verwerft door
middel van eiwit-eiwit interactie. Welke methoden zal je gebruiken om dit aan te
tonen?
19/01 NM



MKV:
Leg fluxomics uit: stable isotope-resolved metabolomics (uitleggen en ook het NMR
spectrum en MS spectrum kunnen tekenen/uitleggen wat er gebeurd doordat je de
C13 isotoop toevoegd)
leg PCR-screening uit: wat is het voordeel ten opzichte van de klassieke methode?
(dus uitleggen en dan zeggen dat je bij PCR screening niet hoeft uit te platen in
vergelijking met bv filterscreening).
Je hebt een nieuwe auto-immuunziekte ontdekt. Hoe ga je aantonen dat dit ook
effectief een auto-immuunziekte is, hoe ga je het mechanisme erachter ontrafelen en
bedenk een methode om deze ziekte aan te tonen en op te volgen. Leg stap voor
stap uit!











wat is ARMS? (letterlijk afkorting kennen)
wat is STED? (letterlijk afkorting geven)
SILAC wordt gebruik voor… (differentiele proteomics)
je hebt en staal geanalyseerd met de bioanalyser en krijgt te zien dat de piek van 18S
dubbel zo groot is als die van 28S: het RNA is : (A=intact B=partieel gedegradeerd
C= helemaal gedegradeerd D=gecontamineerd met eiwitten)
wat gebeurde er met de populatie na de kernramp in Chernobyl? (ik dacht groter
aantal leukemie patienten, niet zeker…)
Een potter elvehjem wordt gebruikt voor? (homogenisatie van biologisch weefsel)
2 vragen over electrofysiologie (iets met voltage clamp en een stelling kiezen die juist
was)
je hebt RNA tumorweefsel en van gezond weefsel, met welke van de vier technieken
kan je deze het beste vergelijken?
een vraag over FAIRE ( bij elke optie stond het proces kort uitgelegd, je moest
diegene kiezen die het correcte proces omschreef)
gemethyleerd dna (?) kan aangetoont worden door bisulfiet toe te voegen. Vier opties
over wat het effect was van bisulfiet (niet-gemethyleerde C omzetten naar U, geen
herkenning meer van primers)
je kreeg 4 primers gegeven en moest zeggen welke niet geschikt was voor PCR (er
was eentje die zou hybridiseren doordat de complement van het eind aan het begin
paste, die was dus fout)
20/01 NM
Hoofdvragen:
 leg PCR-screening uit: wat is het voordeel ten opzichte van de klassieke methode?
 Leg Yeast 2 Hybrid methode uit
 Een bepaalde ziekte door een defect gen, geeft bepaalde symptomen. Het zorgt ook
voor een veranderde lipidenmetabolisme. Toon dit aan
23/01 VM
Hoofdvragen:
 Leg Single Cell Proteomics uit.
 Geef twee manieren om aan vergelijkende transcriptoomanalyse te doen (DNA micro
arrays en RNAseq)
24/01 NM
Hoofdvragen:
 Bespreek 4 methoden om een specifiek eiwit in een een complex weefselstaal te
kwantificeren.
 Bespreek PET. Welk type radionuclide wordt hierbij gebruikt? Geef 2 voorbeelden
van radiofarmaca en hun voornaamste klinische toepassing.
 NGS heeft recent aangetoond dat bij een hartaandoening ADS er vaak een mutatie
aanwezig is in een bepaald gen die codeert voor een bepaalde TF. Hoe kan je nu
aantonen dat de aandoening veroorzaakt wordt door de mutatie. Hoe ga je te werk,
welke methoden gebruik je?
25/01
hoofdvragen
 leg uit sequencing by ligation en hoe dit in next generation sequencing gebruikt
wordt.
 leg het principe van PALM uit
 Bij een neurodegeneratieve ziekte precipiteert ataxin-3 meer dan normaal. Bij
patiënten is er een polyglutaminisatie in het gen. Normaal heb je 31 glutaminen en bij
de ziekte kan dit oplopen tot 71. Hoe kan je aantonen dat deze polyglutaminisatie aan
de basis ligt van deze ziekte.
MKV






beste temporele resolutie van technieken van hoofdstuk 15
fluxomics besturen kan via: NMR en MS
Massarray stellingen
hoe werkt DNase footprinting
Taqman: hoe werkt het
voor wat kan DELFIA gebruikt worden