Studiefiche - studiegids UGent

Studiefiche
Vanaf academiejaar 2015-2016
Gentechnologie I (C003366)
Cursusomvang
(nominale waarden; effectieve waarden kunnen verschillen per opleiding)
Studiepunten 4.0
Studietijd 110 u
Contacturen
25.0 u
Aanbodsessies en werkvormen in academiejaar 2016-2017
A (semester 2)
hoorcollege
Lesgevers in academiejaar 2016-2017
Van Craenenbroeck, Kathleen
Berx, Geert
25.0 u
WE10
WE14
Aangeboden in onderstaande opleidingen in 2016-2017
Bachelor of Science in de biochemie en de biotechnologie
Verantwoordelijk lesgever
Medelesgever
stptn
4
aanbodsessie
A
Onderwijstalen
Nederlands
Trefwoorden
Restrictie-enzymen, modificatie-enzymen, opzuivering-scheiding-detectie-kwantificatie
van DNA en RNA, plasmiden, klonering: mechanismen en vectoren, mutagenese,
DNA sequenering, heterologe genexpressie bij prokaryoten
Situering
Aanbrengen van de basistechnieken die gebruikt worden in de recombinant DNAtechnologie. Analytische en preparatieve methoden voor DNA-onderzoek.
Gespecialiseerde RNA-analysetechnieken. Voorstelling van geselecteerde systemen
voor hoog-efficiënte expressie van gekloneerde genen in Escherichia coli.
Inhoud
1. Introductie (wat verstaan we onder gentechnologie - overzicht kloneringsproces)
2. DNA en RNA-modificerende enzymes (Restrictie-enzymes, andere
nucleasen, DNA en RNA Ligasen, kinasen, fosfatasen, DNA en RNA Polymerase,
Topoisomerasen, Recombinase/clonase)
3. Opzuivering DNA/RNA
4. Scheiding en detectie DNA (agarose gel, Polyacrylamide gel, Detectiemethoden,
denaturerende gels, Pulsed field elektroforese, Analytische gelscheiding, Preparatieve
gelscheiding en elutietechnieken, Capilaire elektroforese en lab on a chip)
5. PCR (Overzicht + optimalisatie, Analyse van PCR producten, Toepassingen PCR +
afgeleide technieken zoals diagnostica, Kloneren met behulp van PCR, RAPD (rapid
amplified polymorphic DNA) analyse, AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
PCR, Real-time PCR of quantitatieve PCR
6. mRNA analyse (isolatie van RNA, methodes voor het analyseren van mRNA zoals
Northern blot analyse, RT-PCR, Macro- en microarray)
7. Mutagenese (Plaatsspecifieke mutagenese, willekeurige mutagenese)
8. Vectoren (Plasmiden, enkelstrengige DNA-fagen, Faagmiden, Faagvectoren afgeleid
van de faag λ, Cosmiden, Supervectoren: YACs en BACs, constructie van een
genomische bank)
9. kloneringsmethodes (Klassieke kloneringsmethode, TOPO klonering, Gateway
klonering, Creator klonering)
10 Labelingsmethodes
DNA/RNA 11. DNA sequentie bepaling (Chemische en Dideoxy sequeneringsmethoden,
Pyrosequeneren, Sequencing by oligoligation and detection: SOLiD sequencing,
‘Sequencing by synthesis’ technologie: Illumina (Solexa) sequenering, Ion Torrent)
12 Transformatie van bacteriën (methodes an analyse)
13. Heterologe genexpressie in bacteriën (Functionele elementen van een prokaryoot
expressieplasmide, Phage-display, optimalisaties, voorbeelden)
(Goedgekeurd)
1
Begincompetenties
De student wordt geacht inzicht te hebben in de opbouw van het genetisch materiaal.
Deze basis wordt verworven in de inleidende vakken Biochemie, Genetica I en
Moleculaire biologie I.
Eindcompetenties
1 De student is vertrouwd met de basistechnieken van de recombinant DNA
1 technologie.
2 Hij heeft inzicht in het instrumentarium dat ter beschikking staat om genen te
1 kloneren, doelgericht te wijzigen en in prokaryoten tot expressie te brengen.
3 Hij zal in staat zijn de meest aangewezen benadering voor een bepaalde
1 vraagstelling te kiezen.
Creditcontractvoorwaarde
Toelating tot dit opleidingsonderdeel via creditcontract is mogelijk mits gunstige beoordeling
van de competenties
Examencontractvoorwaarde
Dit opleidingsonderdeel kan niet via examencontract gevolgd worden
Didactische werkvormen
Hoorcollege
Leermateriaal
Nederlandstalige cursus (geschatte printkosten: 25 euro)
Referenties
Nuttige websites en relevante publicaties worden in de les meegegeven / op minerva
geplaatst. De aankoop van een handboek is niet nodig.
Vakinhoudelijke studiebegeleiding
Tijdens de hoorcolleges worden voorbeelden gegeven van de vraagstelling zoals die
op het examen wordt opgevat. De lesgevers zijn ter beschikking voor toelichting (dit
kan via e-mail of in een persoonlijk onderhoud). Via gezamenlijke oefeningen en
discussies wordt er dieper ingegaan op de materie, zo kunnen de studenten peilen
naar hun inzichten in de leerstof en ook op een meer persoonlijke basis vragen aan de
docenten stellen rond bepaalde onderdelen van de cursus.
Evaluatiemomenten
periodegebonden evaluatie
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de eerste examenperiode
Schriftelijk examen met open vragen, mondeling examen
Evaluatievormen bij periodegebonden evaluatie in de tweede examenperiode
Schriftelijk examen met open vragen, mondeling examen
Evaluatievormen bij niet-periodegebonden evaluatie
Tweede examenkans in geval van niet-periodegebonden evaluatie
Niet van toepassing
Toelichtingen bij de evaluatievormen
Een deel van de vragen toetst de parate kennis; een ander deel omvat opdrachten met
meerdere antwoordmogelijkheden en is gericht op inzicht in de leerstof.
Eindscoreberekening
periode gebonden evaluatie (deel Kathleen Van Craenenbroeck): 50%
periode gebonden evaluatie (deel Geert Berx): 50%
Voor beide delen moet minimaal 9/20 behaald worden om te kunnen slagen.
(Goedgekeurd)
2