Snelle moleculaire diagnostiek virologie

Snelle moleculaire diagnostiek
virologie
Kurt Beuselinck – CEMOL LabA (microbiologie)
November 2016
Snelle moleculaire diagnostiek microbiologie
Inleiding
•
•
Waarom / hoe ?
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
Snellere moleculaire diagnostiek in het labo
• Kort overzicht
‘Point of care’ / ‘Point-of impact’ toestellen & analyses
•
•
•
•
•
Toestel hardware
Reagentia / Analyse-verloop
Werkwijze / manuele handelingen
Testaanbod: huidig en nabije toekomst
Resultaten / studies van het huidig testaanbod
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek microbiologie: waarom?
•
•
•
•
•
•
Verbeteren patiënten management.
Vermijden van secundaire verspreiding infecties
Vermijden van onnodig antibiotica gebruik
Betere en tijdige behandeling
Kostenreductie door het vermijden van onnodige testen
Verkorten ziekenhuisverblijf
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek microbiologie: hoe?
Analyse bestaande uit 4 stappen:
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Verkorten analysetijd:
• Snellere procedures per stap
• Integratie van meerdere stappen in één
• (Automatisatie van één of meerdere stappen)
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
Stijgend stalenaantal
Vast personeelskader
Kortere antwoordtijd (TAT)
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
1994 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Manueel: fenol/chloroform
Manueel: COBAS Ampliprep CT/NG
Manueel: kolom (QIAGEN)
Manueel
PE 9600
Electroforese (PAGE)
GeneAmp 9700
ELISA (probe detectie): ES300
COBAS amplicor CT/NG: PCR + ELISA
Signaal-amplificatie:
• bDNA (Chiron) (HIV-VL)
• Hybrid Capture (Digene HPV)
minimum TAT: 8 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
2000 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Manueel: kolom (QIAGEN)
Manueel
Real-time PCR
ABI7900
ABI7500
minimum TAT: 6 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
2006 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Semi-automatisch: easyMAG
Manueel
Real-time PCR
ABI7900
ABI7500
Automatisch: extractie + PCR set-up
m1000/ m2000sp (Abbott)
Real-time PCR
m2000rt (Abbott)
minimum TAT: 6 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
2007 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Semi-automatisch: easyMAG
Manueel
Real-time PCR
ABI7900
ABI7500
Fast Real-time PCR
SmartCycler
minimum TAT: 5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
2009 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Semi-automatisch: easyMAG
Manueel
Fast Real-time PCR
ABI7900Fast
Fast Real-time PCR
SmartCycler
minimum TAT: 5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
2009 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Automatisch: GeneXpert (Cepheid)
•
•
•
•
MRSA (2009)
Enterovirus (weekend) (2012)
MTB-Rif (2012)
vanA / vanB (2013)
minimum TAT: 1,5 – 2,5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
2013 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Automatisch: Qiasymphony SP/AS
•
Fast Real-time PCR
EDTA-bloed (transplant parameters)
ABI7900Fast
QuantStudio Dx
minimum TAT: 5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
2014 …
Staalvoorbereiding
PCR set-up
PCR
Amplicon detectie
DNA/RNA-extractie
Automatisch: Panther
•
HPV E6/E7 mRNA (cervixcytologie)
TC
TMA
HPA
DKA
Target Capture
Transcription
Mediated
Amplification
Hybridisation
Protection
Assay
Dual
Kinetic
Assay
minimum TAT: 3,5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek microbiologie
Inleiding
•
•
Waarom / hoe ?
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
Snellere moleculaire diagnostiek in het labo
• Kort overzicht
‘Point of care’ / ‘Point-of impact’ toestellen & analyses
•
•
•
•
•
Toestel hardware
Reagentia / Analyse-verloop
Werkwijze / manuele handelingen
Testaanbod: huidig en nabije toekomst
Resultaten / studies van het huidig testaanbod
Kurt Beuselinck - juni 2016
‘Nieuwe’ geïntegreerde labo systemen
Panther (Hologic)
COBAS 6800 (Roche)
BD MAX (BD)
ELITe InGenius (ELITech)
3M Integrated cycler (Focus Diagnostics)
ePlex (GenMark Dx)
ARIES (Luminex)
Iridica (Abbott)
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: Panther
•
•
•
•
•
Technologie: TC + TMA + HPA + DKA
Volledige automatisatie: staal in – resultaat uit
Random access (continu laden stalen mogelijk)
TAT: 3,5 uur eerste staal of prioritair staal ( + 5 min per 5 stalen)
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
•
•
HPV mRNA
HIV-VL
HCV-VL
HBV-VL
CT/NG
Open mode: Panther Fusion vanaf eind 2017 (+ RT PCR module)
3,5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: COBAS 6800
•
•
•
•
•
Technologie: NZE + real-time PCR
Volledige automatisatie: staal in – resultaat uit
Batches van max. 96
TAT: 3,5 uur per batch + 1,5 uur voor volgende batch
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
•
•
•
•
HIV-VL
HBV-VL
HCV-VL
CT/NG
HPV
MTB/MAI
MPX (screening HIV, HBV en HCV)
Open mode: ja
3,5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: BD MAX
•
•
•
•
•
Technologie: NZE + real-time PCR
Volledige automatisatie: staal in – resultaat uit
Batches van max. 24
TAT: 2,5 uur per batch
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
•
•
•
•
MRSA
C. difficile
CT/GC/TV
Group B streptokokken
Enteric bacterieel panel
Enteric parasieten panel
Enteric viraal panel
Open mode: ja
2,5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: ELITe InGenius
•
•
•
•
•
Technologie: NZE + real-time PCR
Volledige automatisatie: staal in – resultaat uit
Batches van max. 12
TAT: 2,5 uur per batch
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
•
•
•
•
•
MRSA/SA ELITe MGB
C. difficile ELITe MGB
HSV-1/HSV-2 ElITE MGB
CMV ELITe MGB
EBV ELITe MGB
Adeno ELITE MGB
BKV ElITE MGB
Parvovirus B19 ELITE MGB
Open mode: ja
2,5 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: 3M Integrated Cycler
•
•
•
•
•
Technologie: NZE + real-time PCR op Direct Amplification Disc
Automatisatie: staal /reagens zelf pipetteren – resultaat uit
Batches van max. 8
TAT: 1 uur per batch
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
Simplexa Flu A/B & RSV Direct Kit
Simplexa HSV 1 & 2 Direct Kit
Simplexa Group A Strep Direct Kit
Open mode: ja (via Universal Disc 1-96 + evt. afz. extractie)
1 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: ePlex
•
•
•
•
•
Technologie: NZE + PCR + multiplex detectie (eSensor) in cassette
Migratie van vloeistofdruppels via ‘electrowetting’
eSensor: electrochemische detectie met ferrocene label
Automatisatie: Staal in – resultaat uit
Capaciteit : 6 stalen / toren. Max 4 torens.
TAT: 60-90 minuten per staal
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
Respiratoir panel (> 20 targets)
Bloed cultuur ID – GP (> 20 targets)
Bloed cultuur ID – GN (> 20 targets)
Open mode: nee
1 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: ARIES
•
•
•
•
•
Technologie: NZE + real-time PCR in cassette
Automatisatie: Staal in cassette pipetteren – resultaat uit
Capaciteit ARIES: 2 x 6 stalen
TAT: 2 uur per staal
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
ARIES HSV 1 & 2
ARIES FluA/B & RSV (RUO)
ARIES GBS (RUO)
Open mode: ja (User Defined Protocol Capability)
2 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek in het labo: IRIDICA
•
•
•
•
•
Technologie: lysis + NZE + PCR + ontzouten + massa-spectrometrie
Automatisatie: beperkt tot laden van de toestellen en overzetten 96-well plaat
Capaciteit: 6 stalen per batch (BAC BSI / BAC SFT)
TAT: 8 uur (snel t.o.v. cultuur rechtstreeks van staal)
Voornaamste analyses:
•
•
•
•
IRIDICA BAC BSI /SFT / LRT (> 750 ID)
Fungal assay (> 200 fungi)
Viral assay (> 130 virussen)
Open mode: Nee
8 uur
Kurt Beuselinck - juni 2016
Snelle moleculaire diagnostiek microbiologie
Inleiding
•
•
Waarom / hoe ?
Historiek moleculaire microbiologie UZ Leuven
Snellere moleculaire diagnostiek in het labo
• Kort overzicht
‘Point of care’ / ‘Point-of impact’ toestellen & analyses
•
•
•
•
•
Toestel hardware
Reagentia / Analyse-verloop
Werkwijze / manuele handelingen
Testaanbod: huidig en nabije toekomst
Resultaten / studies van het huidig testaanbod
Kurt Beuselinck - juni 2016
“Point-of-care” / “Point-of-impact” toestellen / analyses
GeneXpert (Cepheid): uitgebreid gamma aan testen
IdyllaTM (Biocartis): alle staalsoorten mogelijk
AleriTM i (Alere): snelheid van snelle antigentest gecombineerd met gevoeligheid van PCR
Filmarray (BioFire / BioMérieux): syndroom gerichte panels
COBAS-Liat (Roche)
Kurt Beuselinck - juni 2016
GeneXpert (Cepheid): Toestel hardware
GeneXpert I
GeneXpert Omni – 2016
GeneXpert II
GeneXpert Infinity 48S
GeneXpert IV
GeneXpert XVI
GeneXpert Infinity 80S
Kurt Beuselinck - juni 2016
GeneXpert (Cepheid): Reagentia / analyse-verloop
Staalvoorbehandeling : filtreren + sonicatie mogelijk
Lysis: + SPC (Sample Processing Control)
DNA/RNA opzuivering
Amplificatie en detectie:
• Nested PCR mogelijk (eerste amplificatie zonder detectie)
• real-time PCR met specifieke primers en probes in 1 PCRkamer telkens met detectie van SPC en één tot 6 targets.
Vloeistoftransport in
de reactiekamers via
een verticaal
bewegende
toestelplunjer en een
draaiende klep
onderaan de cassette
GeneXpert cassette
11 kamers
•
•
•
Staal
Buffers
Beads met
gelyophiliseerde reagentia
(SPC, enzyme, primers /
probes)
Amplificatie tube
Draaiende klep + filter + ultrasoon interface
Kurt Beuselinck - juni 2016
GeneXpert (Cepheid): Werkwijze
Werkwijze:
•
•
•
•
Staal inscannen
GeneXpert specifieke assay cassette inscannen
Staal toevoegen (evt. kleine voorbehandeling)
Cassette in het GeneXpert toestel plaatsen
2-5 min.
40-150 min
Kurt Beuselinck - juni 2016
GeneXpert (Cepheid): Testaanbod
Kurt Beuselinck - juni 2016
IdyllaTM (Biocartis): Toestel hardware
In ontwikkeling
Automatisch laden cassettes
Kurt Beuselinck - juni 2016
IdyllaTM i (Biocartis): Reagentia / analyse-verloop
Lysis-kamer: staal + SPC (Sample Processing Control) +
lysis buffer
DNA/RNA opzuivering:Gu ‘binding’ buffer + silica
membraan + wasbuffers + elutiebuffer
Amplificatie en detectie: real-time PCR met specifieke
primers /probes in 5 afzonderlijk PCR-kamers telkens met
detectie van SPC en één of meerdere targets.
Max. targets/cassette = 30
Idylla cassette
Uniek voor Idylla-cassette: compabiliteit met vele staalsoorten zonder extra voorbehandeling (nu gevalideerd voor VTM en FFPE)
Relevance
BLOOD/ PLASMA/ SERUM
Viral load tests
Sepsis
Liquid biopsies

SWAB
Infectious disease tests
Genetic tests

URINE
STDs
Urogenital cancers
Liquid biopsies

SPUTUM
Respiratory tract
infections

STOOL
FFPE
Gastrointestinal
tract infections
Standard sample
type for tumor
biopsies


FINE NEEDLE ASPIRATE
Lung biopsies
Spinal fluid
(meningitis)

Kurt Beuselinck - juni 2016
IdyllaTM i (Biocartis): Werkwijze
Werkwijze:
•
•
•
•
Staal inscannen
Idylla specifieke assay cassette inscannen
Staal toevoegen
Cassette in het Idylla toestel plaatsen
2 min.
35-150 min.
Kurt Beuselinck - juni 2016
IdyllaTM (Biocartis): Testaanbod
ONCOLOGY
2014
BRAF (melanoma)

2015

KRAS (colon)
NRAS / BRAF /
EGFR492 (colon)***
ctBRAF***
2016
2017
NRAS (colon)
undisclosed assay
NRAS / BRAF (colon)
undisclosed assay
LCP
ctKRAS***
undisclosed assay
ctNRAS***
ctLC***
MSI
INFECTIOUS
DISEASES
Ebola*
Influenza Virus –
Respiratory Syncytial Virus+
Influenza Virus –
Surveillance+
Sepsis
Respiratory
mixed panel
HIV-VL++
HBV-VL
HCV-VL
* Emergency Use Authorization label
** LC is the code name for an undisclosed lung cancer panel assay
*** research use only
+ J&J assay
++ Biocartis assay in collaboration with J&J
Kurt Beuselinck - juni 2016
IdyllaTM (Biocartis): Testaanbod
Staalsoort
IdyllaTM Respiratory (IFV-RSV) Panel – CE-IVD
8 kwalitatieve resultaten in 50 min
• Influenza A
• H1
• H3
• 2009 H1N1
• H275Y mutatie
• Influenza B
• RSV A
Infl A
• RSV B
Studie/evaluatie:
Bijsluiter-info
349 NPS stalen
t.o.v. FDA goedgekeurde NAAT
of sequencing
Nasopharyngeale wisser in viraal
transport medium
200 µl
500 µl
Overeenkomst
200 µl
500 µl
% pos
% neg
% pos
% neg
96,3
100
97,6
100
H1
96,2
100
100
100
H3
96,3
100
96,3
100
H1N1
96,6
100
96,7
100
H275Y
n.v.t.
100
n.v.t.
100
Infl B
94,4
99,7
94,6
99,7
RSV-A
96,6
100
97,0
100
RSV-B
97,4
99,7
97,3
100
50 min.
Kurt Beuselinck - juni 2016
AlereTM i (Alere): Toestel hardware
Kurt Beuselinck - juni 2016
AlereTM i (Alere): Reagentia / analyse-verloop
Staal-houder: lysis van het staal
Gelyseerd staal
Transfer cassette
Test-basis
Staal-houder
(Gelyophiliseerde reagentia)
(Lysis reagens)
Transfer cassette
Test basis
Isotherme amplificatie
Alere i NEAR technologie
Alere i NEAR technologie: Nicking Enzyme Amplification Reaction
Isotherme amplificatie + detectie via ‘molecular beacons’ in 15 minuten
RNA
Primer 1 + reverse transcriptase
ssDNA
Primer 2 + ‘Nicking’ enzyme + DNA-polymerase
dsDNA - amplificatie
Molecular beacons
detectie
Kurt Beuselinck - juni 2016
AlereTM i (Alere): Werkwijze
2 min.
8-15 min.
Hurtado BMC Inf. Dis 2015
Kurt Beuselinck - juni 2016
AlereTM i (Alere): Testaanbod
Alere i Flu
•
•
•
•
Influenza A + Influenza B + Internal Control
Staalsoort: neuswisser / of viraal transport medium (200µl)
Resultaat in 15 minuten
Studie :
•
•
Bell et al. JCV 2014
- Multicenter studie op 545 stalen.
- Alere i Flu t.o.v. cultuur + RT-PCR voor de discordante resultaten
Nguyen Van et al DMID 2015
- 96 neuswissers.
- Alere i Flu t.o.v. GeneXpert Flu /RSV
Gevoeligheid
Specificiteit
Influenza A
99,3%
98,1 %
Influenza B
97,6%
98,9 %
Gevoeligheid
Specificiteit
Influenza A
93,8%
100 %
Influenza B
100%
100 %
Kurt Beuselinck - november 2016
AlereTM i (Alere): Testaanbod
Alere i RSV
•
•
•
•
RSV A / B + Internal Control
Staalsoort: neuswisser / of viraal transport medium (200µl)
Resultaat in 15 minuten
Beschikbaar november 2016
Alere i StrepA
• Groep A Streptococcus + Internal Control
• Staalsoort: keelwisser
• Resultaat in 8 minuten
Kurt Beuselinck - november 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Toestel hardware
Filmarray Torch
2016
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Reagentia / analyse-verloop
‘Filmarray pouch’
Lysis-kamer: Mechanische lyse via bead
beating
DNA/RNA opzuivering: via magnetische
beads en wasbuffers
PCR I: multiplex PCR
Dilutie PCR I: verwijderen primers
PCR II: array-PCR.
Array-PCR
• 102 wells
• elke well is gespot met één parameter
specifiek primerpaar
• 3 wells per parameter
• Max. 27 parameters
• 2 IC:
o ‘RNA process’ (RNA transcript
in lysis kamer)
o ‘PCR2’ (DNA target in array)
• Reactiemix bevat fluorescent molecule
die bindt aan dsDNA
• Smeltcurve na de PCR
• Positief indien
o Min. 2/3 wells positief
o Tm binnen bepaald interval
o Smeltcurve gelijklopend
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Werkwijze
Werkwijze:
•
•
•
•
‘Pouch’ in laadblok plaatsen
Blauwe reagenstube: hydratatie-oplossing injecteren in ‘pouch’ via laadblok
Rode reagenstube:
•
staalbuffer toevoegen
•
staal toevoegen via een transferpipet
•
sluiten en 3 maal opmengen door omdraaien
•
Mengsel injecteren in ‘pouch’ via laadblok
‘Pouch’ in het Filmarray toestel plaatsen
2 min.
65 min.
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Respiratoir
Panel
Bloed Cultuur
Identificatie
Panel
Gastrointestinaal
Panel
Meningitis
Encephalitis
Panel
2017:
RP nieuw
LRTI
20
27
22
14
targets
targets
targets
targets
• 3 bacteriën
• 17 virussen
• 19 bacteriën
• 5 fungi
• 3 antibiotica
resistentie genen
• 13 bacteriën
• 5 virussen
• 4 parasieten
• 6 bacteriën
• 7 virussen
• 1 fungus
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Respiratoir
Panel
20
targets
• 17 virussen
• 3 bacteriën
Viraal
Adenovirus
Coronavirus 229E
Coronavirus HKU1
Coronavirus OC43
Coronavirus NL63
Humaan metapneumovirus
Humaan rhinovirus/
enterovirus
Influenza A
Influenza A/H1
Influenza A/H1-2009
Influenza A/H3
Influenza B
Parainfluenza 1
Parainfluenza 2
Parainfluenza 3
Parainfluenza 4
RSV
Staalsoort
Nasopharyngeale wisser in viraal
transport medium
300 µl
Bacterieel
Bordetella pertussis
Chlamydophila pneumoniae
Mycoplasma pneumoniae
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Resultaten/ studies: “Filmarray selection of publications 2015”
Respiratoir
Panel
•
Pettit N et al. JMM 2015
•
•
•
20
targets
• 17 virussen
• 3 bacteriën
•
Filmarray RP decreased the average time to discontinuation of
oseltamivir by 50% when compared to the Luminex Xtag RVP, resulting
in cost savings
The easy of use of Filmarray RP panel enables test to be run 24/7,
optimizing lab workflow and resources used
Rogers B.B. et al. APLM 2015
•
Filmarray RP impacted viral positive patients allowing earlier
discontinuation of antibiotics, decreased length of stay and reduced
time in isolation
Xu M. et al. AJCP 2013
•
•
Patients tested with Filmarray RP were placed into cohorts effectively
By using Filmarray RP patients were given appropriate treatment in a
timely manner
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Bloed Cultuur
Identificatie
Panel
27
targets
• 19 bacteriën
• 5 fungi
• 3 antibiotica
resistentie genen
Gram + Bacteria:
Enterococcus spp.
L. monocytogenes
Staphylococcus
S. aureus
Streptococcus spp.
S. agalactiae (Group B)
S. pyogenes (Group A)
S. pneumoniae
Gram - Bacteria :
A. baumannii
Enterobacteriaceae
Enterobacter cloacae Complex
E. coli
H. influenzae
K. oxytoca
K. pneumoniae
N. meningitidis
P. aeruginosa
Proteus
S. marcescens
Fungi:
C. albicans
C. glabrata
C. krusei
C. parapsiolosis
C. tropicalis
Antibiotic Resistance:
mecA
Van A/B
KPC
Staalsoort
Positieve fles bloedcultuur
100 µl
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Resultaten/ studies: “Filmarray selection of publications 2015”
Bloed Cultuur
Identificatie
Panel
•
Altun O et al. JCM 2013
•
•
•
Zheng X et al. JCM 2014
•
•
27
targets
•
Filmarray BCID covered microorganisms in 91,6% of the positive
blood cultures included in the study
Filmarray BCID detected some microorganisms not detected by
conventional microbiological methods
Filmarray BCID identified 89,4% of 188 organisms recovered by
culture
Filmarray BCID accurately reported mecA and vanA/B resistance
markers
Banerjee R et al. CID 2015
•
Filmarray BCID testing combined with antimicrobial stewardship
resulted in the most rapid antibiotic de-escalation
• 19 bacteriën
• 5 fungi
• 3 antibiotica
resistentie genen
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Gastrointestinaal
Panel
22
targets
• 13 bacteriën
• 5 virussen
• 4 parasieten
Bacteriën:
Campylobacter (C. jejuni, C. coli, and C. upsaliensis)
Clostridium difficile (Toxin A/B)
Plesiomonas shigelloides
Salmonella
Vibrio (V. parahemaemolyticus, V. Vulnificus and V. cholerae)
Vibrio cholerae
Yersinia enterocolitica
E. coli O157
Enteroaggregative E. coli (EAEC)
Enteropathogenic E. coli (EPEC)
Enterotoxigenic E. coli (ETEC)
Shiga-like toxin-producing E. coli (STEC) stx1/stx2
Shigella/Enteroinvasive E. coli (EIEC)
Protozoa:
Cryptosporidium
Cyclospora cayetanensis
Entamoeba histolytica
Giardia lamblia
Staalsoort
Stool in Cary Blair Transport
Medium
200 µl
Virussen:
Adenovirus F 40/41
Astrovirus
Norovirus GI/GII
Rotavirus A
Sapovirus
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Resultaten/ studies: “Filmarray selection of publications 2015”
Gastrointestinaal
Panel
•
Buss S.N. et al. JCM 2015
•
•
•
Stockman C. et al. CMID 2015
•
•
22
Filmarray GI provides a comprehensive, rapid and streamlined alternative
to conventional methods for the etiological diagnosis of infectious
gastroenteritis
The Filmarray GI has the potential to more quickly identify and further
reduce transmission in an outbreak of enteric pathogens
Filmarray GI showed a higher diagnostic yield than standard laboratory
methods
Filmarray GI helped identify additional bacterial infections, where
treatment adjustments would be useful, and additional viral infections
which could facilitate infection control efforts
targets
• 13 bacteriën
• 5 virussen
• 4 parasieten
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Meningitis
Encephalitis
Panel
14
targets
• 7 virussen
• 6 bacteriën
• 1 fungus
Viraal
Cytomegalovirus (CMV)
Enterovirus
Herpes simplex type 1 (HSV-1)
Herpes simplex type 2 (HSV-2)
Human herpesvirus 6 (HHV-6)
Parechovirus
Varicella zoster virus (VZV)
Staalsoort
Cerebrospinaal vocht
200 µl
Bacterieel
E. coli
H. influenzae
L. monocytogenes
N. meningitidis
S. agalactiae
S. pneumoniae
Fungi:
Cryptococcus neoformans / gattii
Kurt Beuselinck - juni 2016
Filmarray (BioFire/BioMérieux): Testaanbod
Resultaten/ studies: “Filmarray selection of publications 2015”
Meningitis
Encephalitis
Panel
•
•
Demogines A. et al. ASM 2015 (poster #1074)
•
Bowman H. et al. ASM 2015 (poster #1068)
•
•
14
targets
Overall, the Filmarray ME panel is a highly sensitive, specific and
robust test for infectious bacterial, viral and yeast agents of meningitis
and encephalitis illness.
•
The Filmarray ME panel assay are inclusive for clinically important
variants of ME pathogens and exclusive of most other potential
patogens or CSF contaminants
The Filmarray ME panel process is tolerant of blood and and other
potential PCR inhibitors that may be in CSF specimens
The Filmarray ME panel leads to highly reproducible test results in the
hands of multiple users, systems and other variables
• 7 virussen
• 6 bacteriën
• 1 fungus
Kurt Beuselinck - juni 2016
COBAS Liat (Roche): Toestel hardware
Kurt Beuselinck - juni 2016
COBAS Liat (Roche): Reagentia / analyse-verloop
Principe:
Reagentia in verschillende compartimenten.
Verplaatsen reagentia en staal via plunjers
Lysis: segment 1
DNA/RNA opzuivering: segment 2/3/4/5/6
Amplificatie en detectie: real-time PCR met specifieke primers /probes in 2 afzonderlijk
PCR-kamers (segment 6/7) met elke kamer een eigen temperatuur en een photometer in
segment 7.
Kurt Beuselinck - juni 2016
COBAS Liat (Roche): Werkwijze
Kurt Beuselinck - juni 2016
COBAS Liat (Roche): Testaanbod
Nog niet gelauncht in België !
COBAS influenza A/B
• Influenza A + Influenza B
• Staalsoort: wisser nasopharynx
• Resultaat in 20 minuten
COBAS influenza A/B &RSV
• Influenza A + Influenza B + RSV
• Staalsoort: wisser nasopharynx
• Resultaat in 20 minuten
COBAS Strep A
• Streptococcus pyogenus
• Staalsoort: keelwisser
• Resultaat in 20 minuten
Kurt Beuselinck - juni 2016
Kurt Beuselinck - juni 2016