Onzichtbaar maar wel aanwezig! Environmental DNA
advertisement
14:30 Soorten monitoren met Environmental DNA in de praktijk Jelger Herder 14:45 DNA monitoring Kees van Bochove 15:00 Vragen 1/17 Soorten monitoren met Environmental DNA in de praktijk Jelger Herder Eindhoven, 19 maart 2015 Sommige soorten zijn lastig te monitoren 3/17 Grote modderkruiper (Misgurnus fossilis) • Vrijwilligers schepnet • Professionals electrovissen • Maar pit-tag onderzoek liet zien lage trefkans zien • Habitat • Environmental DNA eDNA verzamelen en aantonen in het lab Snel en efficiënt monsteren 4/17 In het lab is er met PCR en soortspecifieke primers aan te tonen of er DNA van de doelsoort aanwezig was. Eerste studie in Nederland In 2011 hebben RAVON en SPYGEN een pilotstudie naar de toepassingsmogelijkheid van eDNA methode voor grote modderkruiper (Misgurnus fossilis) • Trefkans met eDNA 87,5% (7 van de 8 locaties) • Negatieve veldcontroles allen negatief (4 locaties) Herder et al., 2012 – H2O 5/17 Hogere trefkans met eDNA Vergelijking in het veld: 48 wateren electrovissen vs eDNA 40 35 30 25 Trefkans eDNA ~ 3x hoger 20 Trefkans electrovissen max 37,5% Electro vangst eDNA positief (100%) 15 24 10 9 5 0 Electro Kranenbarg et al., 2014 – H2O 6/17 eDNA Habitatkennis cruciaal voor succes Herder et al., 2013 - Visionair 7/17 2.5 x meer succes in habitats die als geschikt waren beoordeeld Kamsalamander 8/17 • Tilburg: 9 wateren met schepnet, fuiken en eDNA bemonsterd. eDNA toonde 2,5 keer vaker kamsalamander aan. • Nulmeting N2000 Uiterwaarden Lek met eDNA: kamsalamander voor het eerst aangetoond binnen begrenzing. Kamsalamander Grootschalig onderzoek uit Engeland • Trefkans met eDNA 99,3% (139 van de 140 locaties) • Negatieve veldcontroles allen negatief (30 locaties) 100% 90% 80% 70% 60% 50% Niet aangetoond 40% Aangetoond 30% 20% 10% 0% eDNA 9/17 Flesfuik Zaklamp Eitjes Biggs et al., 2014 – Biological Conservation Soort specifiek onderzoek succesvol Bemonsterde locaties 2011-2013 10/17 Soortenlijsten uit één monster Tot enkele soorten met soort specifieke aanpak Hele soortenlijst soort specifieke aanpak niet geschikt 11/17 • Kunnen maar enkele primers aan PCR toegevoegd dus monster moet verdeeld worden over PCRs • Je vindt alleen “verwachte soorten” Soortenlijst eDNA metabarcoding 12/17 Universele primer voor soortgroep Al het DNA van deze soortgroep wordt vermeerderd in PCR Het vermeerderde DNA wordt uitgelezen met Next Generation Sequencing (NGS) Uitgelezen DNA-codes worden vergeleken met een referentie database soortenlijst eDNA metabarcoding vissen Vergelijking tussen electrovisbemonstering voor de Kaderrichtlijn water monitoring (KRW) en eDNA metabarcoding Stilstaand water Aantal soorten gedetecteerd Locatie eDNA Electrovis Samen Lummerwetering 17 12 18 Terwoldse wetering 8 8 12 Nieuwe wetering 11 7 13 Dijkwetering 11 11 13 Met eDNA metabarcoding een gelijk of hoger aantal soorten aangetoond 13/17 eDNA metabarcoding – relatieve dichtheid Stilstaand water nabij IJsselmeer Electrovissen eDNA metabarcoding Pungitius pungitius Leucaspius delineatus Alburnus alburnus Perca fluviatilis Salmo salar Tinca tinca Esox lucius Leucaspius delineatus Perca fluviatilis Rhodeus amarus Ruisvoorn Barbatula barbatula Tinca tinca Rutilus rutilus Pungitius pungitius Cobitis taenia Rutilus rutilus Gymnocephalus cernuus Esox lucius Proterorhinus semilunaris Blicca bjoerkna Platichthys flesus Abramis brama Cobitis taenia eDNA fragmenten per soort 14/17 Cyprinus carpio Ruisvoorn Gymnocephal us cernuus Blicca bjoerkna Proterorhinus semilunaris Individuen gevangen per soort eDNA metabarcoding – relatieve dichtheid Snel stromend water in Noord-Brabant eDNA metabarcoding Pungitius pungitius Perca fluviatilis Esox lucius Electrovissen Pungitius pungitius Abramis brama Barbatula barbatula 8 species eDNA fragmenten per soort 15/17 Gobio gobio Gasterosteus aculeatus Cyprinus carpio Gasterosteus aculeatus Perca fluviatilis Esox lucius Squalius cephalus Gobio gobio Lepomis gibbosus Pseudorasbor a parva Barbatula barbatula 8 species Individuen gevangen per soort eDNA metabarcoding “Snelle soorten” vaak gemist met electrovissen Karper (Cyprinus carpio) Brasem (Abramis brama) Gemist op 2 van de 2 locaties (100% gemist) Gemist op 2 van de 4 locaties (50% gemist) 2015 vervolg onderzoek naar eDNA metabarcoding vissen 16/17 Verder lezen Uitgebreid review 17/17 Do’s and Don’ts eDNA onderzoek www.environmental-dna.nl
