Afspraken biomaterialen en SOPs Radboud Biobank

Afspraken biomaterialen en SOPs
Radboud Biobank
Versie 1.4 – september 2013
Inhoud
Inhoud ..................................................................................................................................................... 2
1.
Te verzamelen materiaal ................................................................................................................. 3
1.1
Implementatie van biobankafspraken .................................................................................... 3
1.2
Wijzigingsbeleid biobankafspraken ......................................................................................... 3
2.
Te verzamelen materiaal ................................................................................................................. 4
3.
Procesgegevens afname en opslag van biomaterialen ................................................................... 5
4.
Codering van biomateriaal .............................................................................................................. 5
5.
Uitgifte van materiaal ...................................................................................................................... 6
6.
Hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent ......................................................... 6
7.
Materiaal specifieke afspraken ....................................................................................................... 7
7.1
DNA uit bloed .......................................................................................................................... 7
7.2
Serum ...................................................................................................................................... 8
7.3
EDTA plasma ............................................................................................................................ 9
7.4
Citraat plasma........................................................................................................................ 10
7.5
Liquor..................................................................................................................................... 11
7.6
Urine ...................................................................................................................................... 12
7.7
Urine met antioxidans ........................................................................................................... 13
7.8
Feces ...................................................................................................................................... 14
7.9
Vriesmateriaal ....................................................................................................................... 15
7.9.1
Biopten .......................................................................................................................... 15
7.9.2
Weefsels ........................................................................................................................ 15
7.10
Paraffine materiaal ................................................................................................................ 16
7.10.1
Biopten .......................................................................................................................... 16
7.10.2
Weefsels ........................................................................................................................ 16
7.11
Isolatie van viabele cellen...................................................................................................... 17
7.12
RNA isolatie uit intacte cellen ............................................................................................... 18
7.13
DNA isolatie uit intacte cellen ............................................................................................... 19
7.14
Peritoneaal dialysaat ............................................................................................................. 20
7.15
DNA uit speeksel.................................................................................................................... 21
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
2
Inleiding
In het UMC St Radboud wordt door diverse afdelingen, ketens en consortia biomateriaal verzameld.
Deze biomaterialen worden in verschillende deelbiobanken opgeslagen, maar worden uiteindelijk
allemaal ondergebracht bij de Radboud Biobank. Om de kwaliteit en de vergelijkbaarheid van het
biomateriaal te borgen zijn er algemene afspraken gemaakt. Deze afspraken zijn afgeleid van de
afspraken die gemaakt zijn in het kader van het Parelsnoer Initiatief (PSI) en zijn vastgelegd in dit
document.
1. Te verzamelen materiaal
1.1
Implementatie van biobankafspraken
Voor de vergelijkbaarheid van het biomateriaal dat verzameld wordt, is het belangrijk dat de
afspraken die opgenomen zijn in dit document door alle deelbiobanken van de Radboud Biobank
nageleefd worden indien mogelijk. In het geval van bestaande biobanken en restmateriaal is het niet
altijd mogelijk de gemaakte biobankafspraken exact na te leven. Dit geldt echter wel voor nieuwe
deelbiobanken.
De afspraken die vastgelegd zijn in dit document zijn opgesteld in overeenstemming met alle
betrokken partijen binnen het UMC St Radboud tijdens de aanvang van PSI. Wijzigingen van deze
afspraken moet op een zelfde wijze tot stand komen. Waarbij centraal bijgehouden wordt waarom
en wanneer een wijzing doorgevoerd is. Hierdoor is het te allen tijde mogelijk te achterhalen wat de
oorsprong van het biomateriaal is.
1.2
Wijzigingsbeleid biobankafspraken
Het moet mogelijk zijn de biobankafspraken te wijzigen. Hiervoor zijn echter goede argumenten
nodig. Een wijzigingsverzoek moet met argumentatie ingediend worden bij het lid van het
management team van de Radboud Biobank, dat verantwoordelijk is voor de biomaterialen. Indien
alle betrokken partijen binnen het UMC St Radboud instemmen met het wijzigingsverzoek, wordt de
wijziging doorgevoerd in dit document en in de praktijk.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
3
2. Te verzamelen materiaal
Voor iedere deelbiobank is een up-to-date versie van de algemene SOP “Procedures deelbiobank X”
opgesteld. In dit document wordt het hele proces beschreven van welke gegevens en materialen
verzameld moeten worden en door wie en wanneer dit gebeurt. De laatste versie van deze SOP dient
aanwezig te zijn bij het secretariaat van de Radboud Biobank.
In de SOP “Procedures deelbiobank X” wordt ook aangegeven welke de te verzamelen biomaterialen
zijn. Onderstaande opsomming geeft een overzicht van de biomaterialen die door de verschillende
deelbiobanken verzameld kunnen worden. Specifieke details zoals afnamefrequentie,
afnamehoeveelheden, bewaartemperatuur en type buis zijn terug te vinden in Hoofdstuk 8 van dit
document.









Bloed
o EDTA bloed voor DNA (8.1)
o Serum (8.2)
o EDTA plasma (8.3)
o Citraat plasma (8.4)
Liquor (8.5)
Urine
o Met antioxidans (8.6)
o Zonder antioxidans (8.7)
Feces (8.8)
Weefsel
o Biopt vriesmateriaal (8.9.1)
o Resectiemateriaal vriesmateriaal (8.9.2)
o Biopt paraffine (8.10.1)
o Resectiemateriaal paraffine (8.10.2)
Heparine bloed voor cellen
o Viabele cellen (8.11)
o RNA uit cellen (8.12)
o DNA uit cellen (8.13)
Beenmerg voor cellen
o Viabele cellen (8.11)
o RNA uit cellen (8.12)
o DNA uit cellen (8.13)
Peritoneaal dialysaat (8.14)
Speeksel voor DNA (8.15)
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
4
3. Procesgegevens afname en opslag van biomaterialen
De onafhankelijkheid van de deelbiobanken staat centraal in het kwaliteitsbeleid. Er zijn echter wel
afspraken die essentieel zijn in het biobankproces. Het inrichten van de processen en procedures is
vrij voor iedere deelbiobank, mits:


Er SOPs aanwezig zijn;
SOPs voldoen aan de SOP afspraken zoals vastgelegd in dit document (zie Hoofdstuk 8 van dit
document).
Alle partijen binnen het UMC St Radboud die betrokken zijn bij het verwerken, opwerken en opslaan
van de biomaterialen dienen de onderstaande gegevens vast te leggen:













Gebruikte apparatuur, kalibratiegegevens, onderhoud;
Datum/tijd registratie van verschillende stappen in het verzamelproces;
Vertragingstijden (derivaat van datum/tijdregistratie);
Specifieke afwijkingen van SOP;
Locatie van opslag;
Soort materiaal;
Hoeveelheid die is opgeslagen – aantal eenheden;
Procesinformatie (bijvoorbeeld patiënt nuchter bij afname ja/nee);
Samplecodes;
Biobankcodes;
Concentratie DNA in μg/ml;
Kwaliteit DNA uitgedrukt als OD 260/280 ratio.
Het is wenselijk om het volume te registreren.
Deze data zijn van belang voor de controle van kwaliteit. Daarnaast zijn deze gegevens ook van belang voor onderzoekers bij het selecteren van materiaal voor een onderzoeksaanvraag.
4. Codering van biomateriaal
Het UMC St Radboud gebruikt een eigen systeem voor het coderen van de materialen die in de Radboud Biobank worden opgeslagen. Omdat voor het verrichten van wetenschappelijk onderzoek geen
gebruik gemaakt mag worden van (in)direct identificerende persoonsgegevens, wordt pseudonimisatie uitgevoerd. Hiermee is het onder strikte condities mogelijk om de identiteit van een patiënt te
achterhalen.
In ItemTracker wordt voor elk nieuw sample(Item) een uniek Id aangemaakt. Dit Item Id staat vermeld op het label van het Item. Het Item Id is in de databsae van ItemTracker gelinked aan het Radboudnummer.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
5
5. Uitgifte van materiaal
De Radboud Biobank en de deelbiobanken hebben afspraken gemaakt over hoe de besluitvorming
plaatsvindt over de uitgifte en het gebruik van deze verzamelingen ten behoeve van onderzoek. Deze
afspraken vastgelegd in “Zeggenschap Radboud Biobank”.
6. Hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent
In het geval dat een patiënt (een deel van) zijn/haar informed consent intrekt middels het
zogenaamde “Intrekkingformulier” (aanwezig bij iedere deelbiobank) en hierbij aangeeft dat (een
deel van) zijn/haar data en lichaamsmateriaal vernietigd dient te worden, dienen opgeslagen
samples en data vernietigd te worden in opdracht van de patiënt en zoals aangegeven op het
“Intrekkingformulier”. De procedure hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent is
vastgelegd in de memo “Procedures na intrekken informed consent of foutieve inclusie”.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
6
7. Materiaal specifieke afspraken
7.1
DNA uit bloed
Afname
Type buis
Type naald
Standaard EDTA buis, geen gel, geen proteaseremmers.
Minimaal 4 ml, bij voorkeur 7 – 10 ml.
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Temperatuur
Afhankelijk van tijd tot bewerking dienen de buizen te worden bewaard bij
kamertemperatuur, 4°C of ≤ -20°C.
Tijd tot bewerking
DNA isolatie (of isolatie van buffy coat) dient zo snel mogelijk plaats te vinden.
Tussentijdse opslag KT:
opwerken op dag van afname.
Tussentijdse opslag 4 °C:
binnen 4 weken opwerken.
Tussentijdse opslag <-20 °C:
binnen 3 maanden opwerken.
DNA isolatie
Protocol
DNA concentratie
Opslag
Aliquotering
Gezien de verschillen in technieken worden alleen eisen aan het eindproduct
gesteld.
Na de isolatie moet de DNA concentratie van de stockoplossing worden bepaald.
Materiaal wordt opgeslagen in een stockoplossing.
De stockoplossing wordt opgeslagen in 1 aliquot. Daarnaast worden er 2 aliquots DNA met een concentratie van 100 μg/ml opgeslagen.
Type buis
Geen afspraak.
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen bij 4°C of wordt ingevroren bij ≤ -20°C. Na verdunnen tbv uitgifte worden de oplossingen opgeslagen bij 4°C.
PIM gegevens
Aan centrale database wordt concentratie (µg/ml) aangeleverd.
Aan centrale database wordt OD-ratio 260 – 280 nm aangeleverd.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
7
7.2
Serum
Afname
Type buis
Type naald
Patiënt nuchter
Standaard buis, geen gel, geen proteaseremmers.
BD buis 367896 of gelijkwaardig.
Bloedmonsters niet poolen: Bij afname van 10 ml bloed bij voorkeur één buis
van 10 ml gebruiken in plaats van twee van 5 ml.
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Is afhankelijk van afspraken binnen een parel.
Stoltijd
Minimaal 60 minuten, maximaal 120 minuten.
Stolling vindt plaats bij kamertemperatuur.
Temperatuur
Buizen tot bewerking bewaren bij kamertemperatuur.
Tijd tot invriezen
Afgenomen bloed dient zo snel mogelijk bewerkt te worden:
Streeftijd: binnen 2 uur.
Maximum: binnen 4 uur.
Centrifugeren
g-kracht
Tijd
Temperatuur
Opslag
Aliquotering
Type buis
Temperatuur
Advies 2000g, toegestane range is 1500-2500g.
10 minuten.
Kamertemperatuur of bij 4°C.
Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml.
Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen.
Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan.
Geen afspraak.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Opmerking:
Voor het verzamelen van serum ten behoeve van parels NDZ en DIA is gebruik van gelbuizen toegestaan mits deze afwijking op juiste en volledige wijze gedocumenteerd wordt.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
8
7.3
EDTA plasma
Afname
Type buis
Type naald
Patiënt nuchter
Standaard buis, geen gel, geen proteaseremmers.
Bloedmonsters niet poolen: bij afname van 10 ml bloed bij voorkeur één buis
van 10 ml gebruiken in plaats van twee van 5 ml.
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Is afhankelijk van afspraken binnen een parel.
Temperatuur
Buizen tot bewerking bewaren op kamertemperatuur of bij 4°C.
Tijd tot invriezen
Afgenomen bloed dient zo snel mogelijk bewerkt te worden:
Streeftijd: binnen 2 uur.
Maximum: binnen 4 uur.
Centrifugeren
g-kracht
Tijd
Temperatuur
Opslag
Aliquotering
Type buis
Temperatuur
Advies 2000g, toegestane range is 1500-2500g.
10 minuten.
Bij kamertemperatuur of bij 4°C.
Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml.
Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen.
Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan.
Geen afspraak.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
9
7.4
Citraat plasma
Afname
Type buis
Standaard buis, geen glazen buis tenzij gesiliconeerd, geen gel, geen proteaseremmers. BD buis 366575 (6ml), Greiner buis 455322 (9 ml) of gelijkwaardig.
Bij voorkeur één buis gebruiken en bloedmonsters niet poolen.
Type naald
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Patiënt nuchter
Is afhankelijk van afspraken binnen een parel.
Temperatuur
Buizen tot bewerking bewaren bij kamertemperatuur.
Tijd tot invriezen
Afgenomen bloed dient zo snel mogelijk bewerkt te worden:
Streeftijd: binnen 2 uur.
Maximum: binnen 4 uur.
Centrifugeren
g-kracht
Tijd
Temperatuur
Advies 2000g, toegestane range is 1500-2500g.
10 minuten.
Kamertemperatuur.
Opslag
Aliquotering
Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml.
Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen.
Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan.
Type buis
Geen afspraak.
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
10
7.5
Liquor
Afname
Type buis
Type naald
Hoeveelheid
Liquor moet in een polyprolyleen buis worden afgenomen.
Bij voorkeur een dunne naald (patiëntcomfort).
Minimaal 3 ml, de beoogde hoeveelheid is 20 ml.
Temperatuur
Buizen tot bewerking bewaren bij RT of 4°C.
Tijd tot bew.
Maximaal 2 uur.
Centrifugeren
g-kracht
Tijd
Temperatuur
Advies 2000g, toegestane range is 1500-2500g.
10 minuten.
RT of 4°C.
Opslag
Aliquotering
Type buis
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml.
Er worden bij voorkeur 6 aliquots van 0,5 ml opgeslagen.
Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan.
Liquor moet in een polypropyleen buis worden opgeslagen.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
11
7.6
Urine
Afname
Type buis
Type urine
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Bij voorkeur midstream urine.
Temperatuur
Materiaal tot bewerking bewaren op ijs of bij 4°C.
Tijd tot bew.
Maximaal 4 uur na afname (afname in UMC).
Centrifugeren
Mengen
Voor verwerking monster mengen.
g-kracht
Tijd
Temperatuur
2000g, toegestane range is 1500-2500g.
10 minuten.
4°C.
Opslag
Aliquotering
Type buis
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,9 ml.
Er worden minimaal 6 aliquots van 0,9 ml opgeslagen.
Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,9 ml op te slaan.
Geen afspraak.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
12
7.7
Urine met antioxidans
Afname
Type buis
Type urine
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Bij voorkeur midstream urine.
Temperatuur
Materiaal tot bewerking bewaren op ijs of bij 4°C.
Tijd tot bew.
Maximaal 4 uur na afname (afname in UMC).
Antioxidans: ascorbinezuur/EDTA oplossing
Weeg 1,3 g EDTA af.
Weeg 1,3 g Ascorbinezuur af.
Los op in demiwater en vul aan tot 100ml (maatkolf).
Verdeel de oplossing over ca. 100 buisjes van 1 ml.
Vries in -20°C vriezer.
Ververs elke week de ascorbinezuur/EDTA oplossing.
Toevoegen van antioxidans
Pipetteer 10 ml urine (goed gemengd) en voeg 50 µl EDTA/ascorbinezuur toe en meng.
De rest van de urine wordt verdeeld.
Centrifugeren
Mengen
Voor verwerking (toevoeging antioxidans)monster mengen.
g-kracht
Tijd
Temperatuur
2000g, toegestane range is 1500-2500g.
10 minuten.
4°C.
Opslag
Aliquotering
Type buis
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,9 ml.
Er worden 6 aliquots van 0,9 ml opgeslagen.
Geen afspraak.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
13
7.8
Feces
Afname
Type buis
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Temperatuur
Kamertemperatuur (tot bewerking).
Tijd tot bew.
Maximaal 12 uur.
Bewerking
Homogenisatie
Homogeniseren en niet-homogeniseren is beide toegestaan.
Opslag
Aliquotering
Type buis
Temperatuur
Er worden minimaal 5 aliquots van 5 ml opgeslagen.
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
14
7.9
Vriesmateriaal
7.9.1 Biopten
Afname
Tijd tot invriezen
Opslag
Type buis
Temperatuur
Na afname direct ter plekke invriezen.
Geen afspraak.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Invriezen gebeurt bij voorkeur door plaatsing in gekoeld isopentaan (snel
vriestraject).
Het gebruik van vloeibaar stikstof is ook toegestaan.
7.9.2 Weefsels
Afname
Temperatuur
Tijd tot invriezen
Opslag
Type buis
Hoeveelheid
Temperatuur
Na afname zo snel mogelijk invriezen, bij voorkeur in de ruimte van afname.
Direct na afname en vóór diagnostiek.
Geen afspraak.
Hoeveelheid dient te worden aangegeven in aantal eenheden van (circa)
0,5 cm3.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Invriezen gebeurt bij voorkeur door plaatsing in gekoeld isopentaan (snel
vriestraject).
Het gebruik van vloeibaar stikstof is ook toegestaan.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
15
7.10 Paraffine materiaal
7.10.1 Biopten
Afname
Tijd tot fixatie
Na afname direct ter plekke onder formaline brengen.
Bewerking
Inbedden
Materiaal wordt ingebed in paraffine.
Opslag
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen bij kamertemperatuur.
7.10.2 Weefsels
Afname
Tijd tot fixatie
Na afname zo snel mogelijk onder formaline brengen.
Bewerking
Inbedden
Materiaal wordt ingebed in paraffine.
Opslag
Hoeveelheid
Temperatuur
Hoeveelheid dient te worden aangegeven in aantal eenheden van (circa)
0,5 cm3.
Materiaal wordt opgeslagen bij kamertemperatuur.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
16
7.11 Isolatie van viabele cellen
Alle handelingen dienen steriel uitgevoerd te worden.
Bronmateriaal (bloed)
Type buis
2-4 Heparine-containers, 6 ml.
Type naald
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Temperatuur
Buizen tot bewerking bewaren bij kamertemperatuur.
Tijd tot bewerking Cellen moeten binnen 24 uur na afname ingevroren zijn.
Bronmateriaal (beenmerg)
Type buis
Heparine-container (30 ml max.).
Type naald
Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.
Temperatuur
Flesje gedurende transport op kamertemperatuur.
Tijd tot bewerking Cellen moeten binnen 24 uur na afname ingevroren zijn.
Isolatie van Cellen
Methode
Cellen worden uit het bloed geïsoleerd d.m.v. dichtheidsscheiding
centrifugatie.
medium
Dichtheids-scheidingsmedium moet 1.077 g/ml zijn.
Lysis
Ficoll-scheiding mag worden gevolgd door erythrocyten-lysis met een
toon medium. Dit is echter niet verplicht.
Tijd
Na scheiding moeten cellen direct worden opgeslagen.
Opslag
Opslagmedium
10% cryoprotectant (meestal 10% DMSO).
Aliquots
1-8 ampullen (1ml) a 10x10E6 cellen/ml. Als er minder dan 10x10E6
cellen aanwezig zijn, worden bij voorkeur 2 ampullen van 2x10E6
cellen/ml opgeslagen. Als er ook niet genoeg materiaal aanwezig is
voor 2 ampullen van 2x10E6 cellen/ml, hoeven er geen cellen opges
lagen te worden.
Type buis
Geen afspraak.
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -130°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
hypo-
17
7.12 RNA isolatie uit intacte cellen
Bronmateriaal
Viabele cellen uit Bloed of beenmerg, vers of vers ontdooid.
RNA concentratie
Concentratie van het RNA moet bepaald worden middels spectrofo
tometrie of Nanodrop technologie.
Kwaliteitscontrole
De kwaliteit van het RNA wordt bepaald door analyse van het 18S en
28S rRNA middels een agarosegel elektroforese of bijvoorbeeld een
BioAnalyzer.
Opslagtemperatuur
RNA zal worden bewaard als ethanol precipitaat bij ≤ -80°C zodat
vaker een monster kan worden genomen zonder herhaald ontdooien
en invriezen.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
18
7.13 DNA isolatie uit intacte cellen
Bronmateriaal
Viabele cellen uit Bloed of beenmerg, vers of vers ontdooid.
DNA concentratie
Concentratie van het DNA moet bepaald worden met behulp van spectrofotometrie of Nanodrop technologie.
Kwaliteitscontrole Op DNA moet een standaard PCR kunnen worden uitgevoerd.
Indien een lab routinematig DNA isoleert is deze controle niet noodzakelijk op
elk sample.
Temperatuur
Materiaal wordt opgeslagen bij 4°C of wordt ingevroren bij ≤ -20°C. Na verdunnen tbv uitgifte worden de oplossingen opgeslagen bij 4°C.
PIM gegevens
Aan centrale database wordt concentratie (µg/ml) aangeleverd.
Aan centrale database wordt OD-ratio 260 – 280 nm aangeleverd.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
19
7.14 Peritoneaal dialysaat
Inleiding
Een deel van de patiënten die geincludeerd zijn in de Parel Nierfalen zullen op enig moment de behandeling “peritoneaal dialyse” (PD) ondergaan.
De behandeling houdt in dat de patiënten via een permanent aanwezige catheter meermalen per
dag een dialysevloeistof in de buikholte laten lopen.
Na een verblijftijd van enkele uren in de buikholte, waarin afvalstoffen en biomarkers worden opgenomen in de vloeistof (dialysaat), wordt de vloeistof via dezelfde catheter weer uit het lichaam verwijderd.
Binnen het veld van de peritoneaal dialyse neemt het onderzoek naar de karakteristieken van PD
dialysaat (zoals bijvoorbeeld aanwezigheid van biomarkers) een essentiële plaats in.
De Parel Nierfalen heeft op verzoek van een van de deelnemende centra besloten om onderzoek
naar PD dialysaat te ondersteunen voor patiënten die vervolgd worden binnen de Parel.
Hiertoe is de Parel voornemens om bij patiënten die PD behandeling ondergaan jaarlijks PD dialysaat
af te nemen voor opslag in de biobank.
Verwerking en opslag dialysaat
Afname
Type buis
Twee steriele 5ml buizen zonder toevoegingen.
Temperatuur
Afhankelijk van tijd tot bewerking dienen de buizen bewaard te worden kamertemperatuur of bij 4°C.
Tijd tot bew.
Bij voorkeur direct.
Opslag bij kamertemperatuur:
Opslag bij 4°C:
bewerken binnen 2 uur.
bewerken binnen 24 uur.
Centrifugeren
Het dialysaat van 1 buis wordt niet afgedraaid, zie verder.
Voor het dialysaat van de 2e buis geldt:
g-kracht
2000g, toegestane range is 1500-2500g.
Tijd
10 minuten.
Temperatuur
RT.
Opslag
Aliquotering
Type buis
Temperatuur
Materiaal van beide buizen wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml.
Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen.
Geen afspraak.
Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
20
7.15 DNA uit speeksel
Afname
Type buis
Voeg 2 ml speeksel toe aan Oragene/saliva vial (Oragene kit)
(Oragene.DNA (OG-500) van DNAgenotek, Ontario, Canada)
Type naald
n.v.t.
Temperatuur
Kamertemperatuur
Tijd tot bewerking
Wanneer het speekselmonster is samengevoegd met de Oragene oplossing
dan is deze bij kamertemperatuur houdbaar tot één jaar.
DNA isolatie
Protocol
Het DNA uit speeksel wordt geïsoleerd conform het protocol, van DNAgenotek “sample handling for DNA”.
DNA concentratie/
zuiverheid
Na de isolatie moet de DNA concentratie van de stockoplossing worden bepaald met behulp van de OD(-ratio) meting bij 260-280 nm.
Opslag
Aliquotering
Materiaal wordt opgeslagen in een stockoplossing.
De stockoplossing wordt opgeslagen in een aliquot van 2 ml en een genormaliseerde oplossing (100ng/µl)
Type buis
2 ml epjes
Temperatuur
Materiaal wordt ingevroren bij ≤ -20°C.
PIM gegevens
Aan centrale database wordt concentratie (µg/ml) aangeleverd.
Aan centrale database wordt OD-ratio 260 – 280 nm aangeleverd.
Afspraken biomaterialen Radboud Biobank
21