ALLIANTIE UNIVERSITEIT GENT – VRIJE

ALLIANTIE UNIVERSITEIT GENT – VRIJE UNIVERSITEIT BRUSSEL
Continu openstaande oproep
ALLIANTIEONDERZOEKSGROEPEN
AANVRAAGFORMULIER
LUIK I – ADMINISTRATIEF OVERZICHT
Naam van de
Alliantieonderzoeksgroep
NanoMicrobiologie (NanoMicrobiology)
Lettercode (4 letters)
NAMI
Naam en affiliatie van de
voorzitter die als hoofd van de
alliantieonderzoeksgroep
zal
1
optreden
Voornaam:
Ronnie
Familienaam:
Willaert
Instelling(en) waaraan
u verbonden bent met
opgave van %
aanstelling, aard en
duur van de
aanstelling:
Vakgroep:
Vakgroepcode:
Vrije Universiteit Brussel,
10% ZAP, docent, 2018
Bioingenieurswetenschappen
DBIT
Pleinlaan 2, 1050 Brussel
Adres:
Telefoon:
E-mail:
Naam en affiliatie van de covoorzitter die als hoofd van de
alliantieonderzoeksgroep zal
optreden namens de andere
universiteit
02/6291846
[email protected]
Voornaam:
Bart
Familienaam:
Devreese
Instelling(en) waaraan
u verbonden bent met
opgave van %
aanstelling, aard en
duur van de
aanstelling:
Vakgroep:
Vakgroepcode :
Universiteit Gent
Adres:
Telefoon:
E-mail:
K.L. Ledeganckstraat 35, 9000 Gent
100% ZAP, hoogleraar, permanent
Department of Biochemistry and
Microbiology
09/2645273
[email protected]
1
De (co)voorzitter zijn verbonden aan de instelling als ZAP-lid of behoren als werkleiders,
hoofdlectoren, docenten, hoofddocenten, hoogleraren en gewoon hoogleraren tot het integratiekader
en dienen te beschikken over een doctoraat
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
1
Identificatie van de
onderzoekslijn(en)
Cellulair en moleculair biofysisch onderzoek op microorganismen door
gebruik te maken van een geïntegreerde aanpak van hoofdzakelijk
nano-manipulatie en –analysetechnieken, en wiskundige
analyse/modellering. Technieken zullen aangewend worden die
toelaten om enkelvoudige moleculen (“single molecule analysis”),
cellen (“single cell analysis) en hun onderlinge interacties te
bestuderen.
De initiële onderzoekslijnen zijn:
1. Nanobiotechnologische analyse van outer membrane vesicles van
multiresistente bacteriën
2. Nanobiotechnologische AFM analyse van lipiden en en hun
interactie met eiwitten
3. Ontwikkeling van AFM-krachtspectroscopietechnieken om
gistadhesie en bacteriële adhesie te bestuderen.
4. Dynamische proteomica gebaseerd op microscopische detectie
van fluorescent gemerkte eiwitten in levende cellen en
massaspectrometrie-gebaseerde proteomica voor de studie van
systeembiologie van microorganismen
5. Ontwikkelen van beeldverwerkings- en data-mining-technieken
voor hoge-resolutie beelden (confocale microscopie, superresolutie microscopie, FRET(-FLIM), AFM) van cellen en
biomoleculen.
Aantal betrokken (A)UGentonderzoekers
4: Bart Devreese, Katarzyna Ciesielska, Simon Devos, Jolien Vitse.
Aantal betrokken VUB/UABonderzoekers
3: Ronnie Willaert, Katty Goossens, Charlotte Yvanoff
Handtekening
promotor/voorzitter UGent
Handtekening
promotor/voorzitter VUB
1 exemplaar (origineel getekend door de promotor)
Datum afgifte UGent
Datum afgifte VUB
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
10/3/2016
2
Aanvraag te bezorgen aan:
De voorzitter van de Onderzoeksraad UGent, p/a Onderzoekscoördinatie, St Pietersnieuwstraat
25, 9000 Gent
Tevens een elektronische PDF-versie van de aanvraag verzenden naar
[email protected]
&
De voorzitter van de Onderzoeksraad VUB, dept. R&D, Pleinlaan 2, B-1050 Brussel
Tevens een elektronische PDF-versie van de aanvraag verzenden naar
[email protected]
Raadpleegdemodaliteitenvoorhetoprichtenvanalliantieonderzoekgroepenop
deBOF-website:http://www.ugent.be/nl/onderzoek/financiering/bof/alo
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
3
LUIK II – IDENTIFICATIE VAN DE LEDEN
SAMENSTELLING VAN DE ALLIANTIEONDERZOEKSGROEP
Som per participerende instelling de leden van het Zelfstandig Academisch Personeel en
onderzoekers met doctoraat op en vermeld voor elk van hen de volgende gegevens:
UAB:VrijeUniversiteitBrussel/ErasmushogeschoolBrussel
Voornaam en naam
Ronnie Willaert
Vakgroep
Bioingenieurswetenschappen
DBIT
Vakgroepcode
Personeelscategorie
Procentuele aanstelling
ZAP
95
Voornaam en naam
Katty Goossens
Vakgroep
Bioingenieurswetenschappen
DBIT
Vakgroepcode
Personeelscategorie
Procentuele aanstelling
BAP (postdoc)
100
Voornaam en naam
Charlotte Yvanoff
Vakgroep
Bioingenieurswetenschappen
DBIT
PhD student
100
Vakgroepcode
Personeelscategorie
Procentuele aanstelling
UniversiteitGent
Voornaam en naam
Vakgroep
Bart Devreese
Biochemie en Microbiologie
WE10
Vakgroepcode
Personeelscategorie
Procentuele aanstelling
ZAP
100
Voornaam en naam
Katarzyna Ciesielska
Vakgroep
Vakgroepcode
Personeelscategorie
Procentuele aanstelling
Biochemie en Microbiologie
WE10
BAP (postdoc)
100
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
4
Voornaam en naam
Simon Devos
Vakgroep
Vakgroepcode
Biochemie en Microbiologie
We10
Personeelscategorie
BAP
Procentuele aanstelling
(bladzijden tussenvoegen indien nodig)
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
5
LUIK III – BESCHRIJVING VAN DE ONDERZOEKSERVARING EN OUTPUT
1. Beschrijving van de huidige onderzoeksactiviteiten van de participerende
onderzoekers en hun onderzoeksgroep/ vakgroep
(vrije tekst op max. 1 bladzijde per participerende instelling)
(bladzijden tussenvoegen indien nodig)
UAB
NANO/SBB
Ronnie Willaert is sinds 2013 aangesteld als onderzoeksprofessor voor het onderzoeksthema
'biofysica van enkelvoudige molecule” (“single-molecule biophysics"). In 2015 werd de IJRG
(International Joint Research Group) “NanoBiotechnology & NanoMedicine” opgericht.
Het huidig onderzoek is gefocussed op de ontwikkeling en het gebruik van nanobiotechnologische
technieken om enkele moleculen en enkele cellen te bestuderen, en celfysiologie te bestuderen met
behulp van systeembiologische technieken en toepassen van wiskundige modellen. Het huidige
onderzoek richt zich op:
• Mechanobiologie van botcellen: effect van ont/be-lading van osteocyten, osteoblasten en
osteoclasten, “printen” van botcellen, groei op micropatronen, groei in microfluïdische chips.
• Gistonderzoek: Saccharomyces cerevisiae, brouwerijgisten, gistflocculatie, gistadhesinen,
pathogene gisten zoals Candida albicans en C. glabrata, gistevolutie).
• Biologisch onderzoek in (gesimuleerde) micrograviteit: gistcellen en botcellen.
• Eiwitkristalgroei: eiwitkristalgroei op micropatronen bestaande uit lipiden.
• Nanobiotechnologie:
o Ontwikkeling van analysemethoden door gebruik te maken van hoge-resolutie
microscopie
(AFM,
confocale-laser-microscopie,
super-resolutiemicroscopie,
Scanning Electron Microscopy), AFM-krachtspectroscopie, dip-pen-nanolithografie, en
nanovibratieanalyse van cellen.
o Bestuderen op nanoschaal van: eiwitten, cellen, lipiden, eiwit-eiwit interacties, eiwitDNA interacties, eiwitlipiden interacties, eiwit-glycaan-interacties, glycaan-glycaan
interacties.
• Biomicrofluidics: ontwerp en gebruik van microfluidische bioreactoren voor cellulaire
microarrays (dynamische proteomica).
• Wiskundige (engineering) analyse: bioinformatica (biologische netwerken), massatransport en
vloeistofstroommodellering in microfluïdische bioreactoren, kinetisch gedrag in minibioreactoren.
UGent
LPROBE – unit voor proteomics en biologische massaspectrometrie
Het Laboratorium voor eiwitbiochemie en biomoleculaire engineering heeft als doelstelling om via
grondige structurele en functionele analyse inzicht te krijgen van de werking van biomoleculen, in het
bijzonder van eiwitten, en om die kennis onder meer toe te passen in de ontwikkeling van vaccins en
in de recombinante eiwitproductie. De unit voor proteomics en biologische massaspectrometrie maakt
deel uit van de IJRG (International Joint Research Group) “NanoBiotechnology & NanoMedicine”
opgericht in 2015. Zij voert fundamenteel onderzoek in volgende domeinen
•
•
Gistonderzoek:
Saccharomyces
cerevisiae,
gistflocculatie,
sophorolipidenproductie door Starmerella bombicola
Biologisch onderzoek in (gesimuleerde) micrograviteit: gistcellen.
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
gistadhesinen),
6
•
•
•
“outer membrane vesicles” als vehikels voor de verspreiding van resistentie en de hierin
aanwezige eiwit-lipide interacties
Secretie van virulentiefactoren in opportunistische pathogenen betrokken in infecties bij
mucoviscidosepatiënten
Ontwikkelen van massaspectrometrische tools voor onderzoek naar microbiële resistentie
tegen antibiotica.
2. Beschrijving van de reeds bestaande gezamenlijke onderzoeksactiviteiten tussen
de instellingen (indien van toepassing)
(vrije tekst op max. 2 bladzijden)
(bladzijden tussenvoegen indien nodig)
- 2006-2011: ESA-project AO-20040069 (YING/YEAST-project) "The influence of microgravity on
cellular adhesion, biofilm formation and invasive growth in the model eukaryote Saccharomyces
cerevisiae".
Bijkomende partners: prof. Freddy Delvaux (KU Leuven), prof. Jens Nielsen (Chalmers University of
Technology, Gotenburg, Zweden).
- 2012-2015 (verlengbaar): ESA-PRODEX-Belspo-project “YEAST BIOREACTOR”: ”Network biology
of stress responses and cell flocculation of Saccharomyces cerevisiae grown in a continuous
bioreactor in microgravity conditions”.
Bijkomende partners: prof. Patrick Van Dijck (KU Leuven). prof. Marcel Egli (Lucerne School of
Engineering and Architecture, Hergiswil, Zwitserland), prof. Jens Nielsen (Chalmers University of
Technology, Gotenburg, Zweden).
-Samenwerking in het kader van doctoraatsonderzoek:
VUB:
o Katty Goossens (2003-2008): “Cell – cell and cell – substrate adhesion through Flo1 and
Flo11 proteins of Saccharomyces cerevisiae”
o Dagmara Donohue (2007-2012): “Engineering novel binding proteins based on Als and Flo
proteins from Candida albicans and Saccharomyces cerevisiae, respectively”.
o Francesco Ielasi (2009-2014): “Carbohydrate binding domains from yeast adhesins involved
in flocculation and host-pathogen interaction”
UGent:
o Catherine Stassen (2006-2011): “The influence of microgravity on the model organism
Saccharomyces cerevisiae: a proteomic study.”
KU Leuven:
o Sebastiaan Van Mulders (2006-2010): “Phenotypic diversity of Flo protein family-mediated
adhesion in Saccharomyces cerevisiae”.
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
7
3. Wetenschappelijke output gedurende de voorbije 3 jaar per participerende
onderzoeker (enkel voor de (co)voorzitters en de leden van het Zelfstandig
Academisch Personeel)
Gelieve per onderzoeker en per vermelde categorie de publicaties met volledige bibliografische
opgave op te lijsten
Vrije Universiteit Brussel
NANO-DBIT
Ronnie Willaert
C-artikels
Willaert RG, Goossens K (2015) Microfluidic bioreactors for cellular microarrays. Fermentation
1(1):38-78.
Goossens K.V.Y., Ielasi F.S., Nookaew I., Stals I., Alonso-Sarduy L., Daenen L., Van Mulders S.E.,
Catherine Stassen, van Eijsden R.G.E., Siewers V., Delvaux F.R., Kasas S., Nielsen J., Devreese
B., Willaert R.G. (2015) Molecular mechanism of flocculation self-recognition in yeast and its role in
mating and survival. 6(2):e00427-15.
Ielasi FS, Hirtz M, Sekula-Neuner S, Laue T, Fuchs H, Willaert RG. (2015) Dip-pen nanolithographyassisted protein crystallization. J Am Chem Soc 137(1):154-7.
Alioscha-Perez M, Willaert R, Sahli H (2014) A segmentation framework for phase contrast and
fluorescence microscopy images. Int J Pattern Recogn Artif Intelligence 28 (7):1460013
Ielasi FS, Verhaeghe T, Desmet T, Willaert RG (2014) Engineering the carbohydrate binding site of
Epa1p from Candida glabrata: generation of adhesin mutants with different carbohydrate
specificity. Glycobiology, 2014 Jul 21. pii: cwu075. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 25049238.
Willaert RG (2013) The growth behavior of the model eukaryotic yeast Saccharomyces cerevisiae in
microgravity. Curr Biotechnol 2(3): 226-234.
Ielasi FS, Goyal P, Sleutel M, Wohlkonig A, Willaert R. (2013) The mannose-specific lectin domains of
Flo1p from Saccharomyces cerevisiae and Lg-Flo1p from S. pastorianus: crystallization and
preliminary X-ray diffraction analysis of the adhesin-carbohydrate complexes. Acta Crystallogr Sect
F Struct Biol Cryst Commun. F69:779-782.
van Eijsden RG, Stassen C, Daenen L, Van Mulders SE, Bapat PM, Siewers V, Goossens KV, Nielsen
J, Delvaux FR, Van Hummelen P, Devreese B, Willaert RG (2013) A universal fixation method
based on quaternary ammonium salts (RNAlater) for omics-technologies: Saccharomyces
cerevisiae as a case study. Biotechnol Lett 35:891-900.
Stiens, J., Matvejev, V., De Tandt, C., Ranson, W., Mangelings, D., Willaert, R., de Raedt, W. (2013)
Waveguide-capillary tube integration schemes for the characterization of nano-liter liquids at
millimeter wave frequencies with record sensitivities. IEEE Radio and Wireless Week
(RWS/SiRF/PAWR/WisNet/BioWireleSS), pp. 58-60.
Perez Gonzalez Michel Alloscha, Willaert Ronnie, Helen Tournu, Van Dijck Patrick, Sahli Hichem
(2013) Oriented Polar Snakes for Phase Contrast Cell Images Segmentation. Progress in Pattern
Recognition, Image Analysis, Computer Vision, and Applications, 8259: 25 - 32
Goossens K., De Greve H., Willaert R. (2013) Cloning, expression and purification of the N-terminal
domain of the Flo1 flocculation protein from Saccharomyces cerevisiae in Pichia pastoris. Protein
Expr Purif. 88(1):114-9.
Ielasi F, Decanière K, Willaert RG (2012) The epithelial adhesin 1 (Epa1) from the human pathogenic
yeast Candida glabrata: structural and functional study of the carbohydrate-binding domain. Acta
Crystallogr D Biol Crystallogr, 68(Pt 3):210-7.
Goossens KV, Willaert RG (2012) The N-terminal domain of the Flo11 protein from Saccharomyces
cerevisiae is an adhesin without mannose binding activity. FEMS Yeast Res 12(1):78-87.
B-artikels
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
8
Willaert R. (2012) Cell immobilisation and its applications in biotechnology: current trends and future
prospects. In: Fermentation microbiology and biotechnology. El-Mansi E.M.T., Bryce C.F.A. (eds.),
3rd edition, CRC Press; pp. 313-367.
Willaert R. (2012) Biochemistry and Fermentation of Beer. In: Benjamin Simpson, Leo Nollet,
Gopinadhan Paliyath, Soottawat Benjakul and Fidel Toldrá (Eds.), Food Biochemistry and Food
Processing, Second Edition, Wiley-Blackwell, Iowa, pp. 627-653.
I-artikels (Congress presentations, oral presentations or as poster/ in proceedings)
1
Goossens K , Hirtz M, Sekula S, Fuchs H, Willaert R (2015) Micropatterning for single-cell adhesion of
osteoblasts and yeast cells. XVII Annual Linz Winter Workshop Advances in Single-Molecule
Research for Biology & Nanoscience. January 30 - February 2, Linz, Austria.
Francesco S. Ielasi, Michael Hirtz, Sylwia Sekula-Neuner, Thomas Laue, Harald Fuchs, Ronnie
Willaert (2015) Dip-pen nanolithography assisted protein crystallization. XVII Annual Linz Winter
Workshop Advances in Single-Molecule Research for Biology & Nanoscience. January 30 February 2, Linz, Austria.
Goossens K, Hirtz M, Sekula S, Yvanoff C, Ielasi F, Fuch H, Willaert R (2014) Micropatterning for
single-cell adhesion in microwells of high-density microfluidic living-cell microarrays. KNMF/ANKA
th
Users’ Meeting, Karlsruhe, Germany, October 13-14 .
Ielasi FS, Hirtz M, Fuchs H, Willaert R (2014) Dip-pen nanolithography-assisted protein crystallization.
th
KNMF/ANKA Users’ Meeting, Karlsruhe, Germany, October 13-14 .
Francesco S. Ielasi, Katty Goossens, Livan Alonso-Sarduy, Sandor Kasas, Ronnie Willaert (2013)
Unraveling the yeast flocculation mechanism at the molecular level. EBC Congress, Luxembourg.
Francesco Ielasi, Katty Goossens, Ronnie Willaert (2013) Yeast cell-wall adhesins from
Saccharomyces cerevisiae and Candida glabrata: structure and activity of the N-terminal lectin
domains. Yeasterday Gent.
Goossens KVY, van Eijsden RGE, Stassen C, Daenen L, Van Mulders SE, Bapat PM, Siewers V,
Nielsen J, Delvaux FR, Van Hummelen P, Devreese B, Willaert RG (2013) A universal fixation
method based on quaternary ammonium salts (RNAlater) for omics-technologies: Saccharomyces
cerevisiae as a case study. UK Astrobiology Conference, Edingburgh, UK, April 17-19.
Goossens K., Ielasi F., Alonso L, Kasas S. and Willaert R. (2013) The N-terminal domain of the Flo1
flocculation protein from Saccharomyces cerevisiae shows homotypic binding properties,
Yeasterday Gent
Ielasi FS, Dagmara Donohue, Livan Alonso-Sarduy, Katty Goossens, Sandor Kasas, Ronnie Willaert
(2013) Biophysical characterization of yeast cell-wall adhesins from Saccharomyces and Candida
spp. XV Linz Winter Workshop Advances in Single-Molecule Research for Biology & Nanoscience.
February 15-18, Linz, Austria.
Ielasi F.S., Decannière K., Willaert R. (2012) Solving the three-dimensional structure of the N-terminal,
carbohydrate-binding domain of Epa1p, an adhesin from the human pathogenic yeast Candida
glabrata using X-ray crystallography. Yeasterday congress, Groningen University, Groningen, The
Netherlands, May 16, 2012.
Octrooien
Ielasi FS, Willaert RG, Schols D (2013) Anti-viral FimH polypeptides and uses thereof. European
patent application 13196010.6
3.1.
Voor de (co)voorzitter en de betrokken leden van het zelfstandig academisch
personeel van de UGent:
Categorieën
Effectief
A1
P1
VABB/
A
VABB
/B1
VABB/
B2
VABB
/B3
36
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
VABB
/P
A2
1
A3
B1
B2
B3
C1
1
9
C2
In druk of
aanvaard
3
Als enige
auteur
Als eerste
auteur (*)(**)
Als laatste
6
auteur (*)(**)
(*) Aantal effectief, in druk en aanvaard
(**) Enkel invullen voor publicaties met twee of meer auteurs
Publicaties
Geef alle publicaties weer, opgesplitst in de hiernavolgende categorieën met vermelding van alle
auteurs per publicatie. Gelieve de publicaties per categorie chronologisch en genummerd weer te
geven. Vermeld enkel de effectieve, in druk of aanvaarde publicaties. Geef tevens aan welke
publicaties in druk zijn of aanvaard werden. Indien een A1-artikel zowel werd opgenomen in Web of
Science als het Vlaams Academisch Bibliografisch Bestand (VABB) gelieve dit dan enkel te vermelden
als A1-artikel. Om alle kandidaten gelijke kansen te bieden, zullen na de uiterlijke indiendatum geen
bibliografische aanvullingen meer aanvaard worden.
A1
1.
Web of Science
A1-artikels opgenomen in ISI Web of Knowledge (Science Citation Index, Social
Science Citation Index, Arts and Humanities Citation Index) - beperkt tot artikels van
het type: article, review, letter, note, proceedings paper – sinds januari 2011 tot de
indiendatum. Verplicht aan te vullen met de impactfactor en de ranking van het
tijdschrift - bij voorkeur de impactfactor en de ranking van het jaar van publicatie, of
indien (nog) niet beschikbaar de meest recente impactfactor en de ranking. Indien het
tijdschrift verschillende rankings heeft, dient de hoogste vermeld te worden.
(impactfactor en ranking zie http://apps.isiknowledge.com).
A comparative study of lipid and hypochlorous acid induced oxidation of soybean proteins
LWT-Food Science and Technology (2013) 2, 451-458 (IF 2.468, Q1)
Cucu, T., Devreese, B., Kerkaert, B., Mestdagh, F., Sucic, M.,Van de Perre, I., De Meulenaer, B.
2.
Effect of oxidation in the presence or absence of lipids on hazelnut and soybean protein
detectability by commercial ELISA
Food Agr. Immunol. (2013) 24, 179-192. (IF 0.984, Q3)
Platteau, C., Cucu, T., Taverniers, I., Devreese, B., De Loose, M. and De Meulenaer, B.
3.
Macedovicin, the second food-grade lantibiotic produced by Streptococcus macedonicus ACADC 198
Food Microbiol. (2013) 33, 124-130 (3.374, Q1, top 10%)
Georgalaki, M., Papadimitriou, K., Anastasiou, R., Pot, B. Van Driessche, G., Devreese, B.
Tsakalidou E.
4.
New insights into the assembly of bacterial secretins: structural studies of the periplasmic domain
of XcpQ from Pseudomonas aeruginosa.
J. Biol. Chem. (2013) 288, 1214-1225 (IF 4.600 Q1)
Van der Meeren, R., Wen, Y., Van Gelder, P., Tommassen, J., Devreese, B., Savvides SN
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
10
5.
Restoration of Cytoskeleton Homeostasis After Gigaxonin Gene Transfer for Giant Axonal
Neuropathy.
Human Gene Ther. (2013) 24, 209-219 (IF 3.623, Q1)
Mussche S, Devreese B, Nagabhushan Kalburgi S, Bachaboina L, Fox JC, Shih HJ, Samulski
RJ, Van Coster R, Gray SJ.
6.
Extending the honey bee venome with the antimicrobial peptide apidaecin and a protein
resembling wasp antigen 5.
Insect Mol. Biol. (2013) 22, 199-210 (IF 2.976, Q1, top 10%)
Van Vaerenbergh M, Cardoen D, Formesyn EM, Brunain M, Van Driessche G, Blank S, Spillner
E, Verleyen P, Wenseleers T, Schoofs L, Devreese B, de Graaf DC.
7.
A universal fixation method based on quaternary ammonium salts (RNAlater) for omicstechnologies: Saccharomyces cerevisiae as a case study.
Biotechnol. Lett. (2013) 35, 891-900 (IF 1.736, Q3)
van Eijsden RG, Stassen C, Daenen L, Van Mulders SE, Bapat PM, Siewers V, Goossens KV,
Nielsen J, Delvaux FR, Van Hummelen P, Devreese B, Willaert RG.
8.
Effect of partial hydrolysis on the hazelnut and soybean protein detectability by ELISA
Food Control (2013), 30, 497-503 (IF 2.819, Q1)
Cucu, T., Platteau, C., Taverniers, I., Devreese, B., De Loose, M., De Meulenaer, B.
9.
Visualization procedures for proteins and peptides on flat-bed monoliths and their effects on
matrix-assisted laser-desorption/ionization time-of-flight mass spectrometric detection
J. Chromatogr. A (2013) 1286:222-228 (IF 4.258, Q1, top 10%)
Wouters, B., Vanhoutte, D.J.D., Aernoutse, P., Visser, A., Stassen, C., Devreese, B., Kok, W.Th.,
Schoenmakers, P.J., Eeltink, S.
10.
Human IL-34 and CSF-1 Establish Structurally Similar Extracellular Assemblies with Their
Common Hematopoietic Receptor.
Structure (2013) 21, 528-539 (IF 6.974, Q1)
Felix, J., Elegheert, J., Gutsche, I., Shkumatov, A.V., Wen, Y., Bracke, N., Pannecoucke, E.,
Vandenberghe, I., Devreese, B., Svergun, D.I., Pauwels, E., Vergauwen, B., Savvides, S.N.
11.
Analysis of the Membrane Proteome of Ciprofloxacin-Resistant Macrophages by Stable Isotope
Labeling with Amino Acids in Cell Culture (SILAC).
Plos One (2013) 8, e58285 (IF3.543, Q1)
Caceres, N.E., Aerts, M., Marquez, B., Mingeot-Leclercq, M.P., Tulkens, P.M., Devreese, B., Van
Bambeke. F.
12.
Comparative proteomic profiling in compatible and incompatible interactions between hop roots
and Verticillium albo-atrum.
Plant Physiol. Biochem. (2013) 68C:23-31 (IF2012 2.352, Q2)
Mandelc S, Timperman I, Radišek S, Devreese B, Samyn B, Javornik B.
13.
A review on recent developments in mass spectrometry instrumentation and quantitative tools
advancing bacterial proteomics.
Appl. Microbiol. Biotechnol. (2013) 97, 4779-4762 (IF 3.811, Q1)
Van Oudenhove, L. and Devreese, B.
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
11
14.
Recombinant expression of trypanosome surface glycoproteins in Pichia pastoris for the
diagnosis of Trypanosoma evansi infection.
Vet, Parasitology (2013) 197,571-579 (IF 2.545, Top 10%)
Rogé S, Van Reet N, Odiwuor S, Tran T, Schildermans K, Vandamme S, Vandenberghe I,
Vervecken W, Gillingwater K, Claes F, Devreese B, Guisez Y, Büscher P.
15.
In-depth Proteomic and Glycomic Analysis of the Adult-Stage Cooperia oncophora
Excretome/Secretome.
J. Proteome Res. (2013) 12, 3900-3911 (IF 5.001, Q1)
Borloo J, De Graef J, Peelaers I, Nguyen DL, Mitreva M, Devreese B, Hokke CH, Vercruysse J,
Claerebout E, Geldhof P.
16.
Distribution and isolation of milk fat globule membrane proteins during dairy processing as
revealed by proteomic analysis
Int. Dairy J. (2013) 32, 110-120 (IF2012 2.279, Q1)
Le, T.T., Debyser, G., Gilbert, W., Struijs, K., Van Camp, J., Van de Wiele, T., Devreese, B.,
Dewettinck, K.
17.
Milk fat globule membrane glycoproteins prevent adhesion of the colonic microbiota and result in
increased bacterial butyrate production
Int. Dairy J. (2013) 32, 99-109 (IF2012 2.279, Q1)
Struijs, K., Van de Wiele, T., Le, T.T., Debyser, G., Dewettinck, K., Devreese, B., Van Camp, J.
18.
SILAC-based proteome analysis of Starmerella bombicola sophorolipid production.
J Proteome Res. (2013) 12, 4376-4392 (IF 5.001, Q1)
Ciesielska K, Li B, Groeneboer S, Van Bogaert I, Lin YC, Soetaert W, Van de Peer Y, Devreese
B.
19.
Characterization of Amylolysin, a Novel Lantibiotic from Bacillus amyloliquefaciens GA1.
PLoS One. (2013);8:e83037 ((IF2012 3.543, Q1)
Arguelles Arias A, Ongena M, Devreese B, Terrak M, Joris B, Fickers P.
20.
Exoproteome analysis of Starmerella bombicola results in the discovery of an esterase required
for lactonization of sophorolipids.
J. Proteomics (2014) 98, 159-74. (IF2014 3.888, Q1)
Ciesielska K, Van Bogaert IN, Chevineau S, Li B, Groeneboer S, Soetaert W, Van de Peer Y,
Devreese B.
21.
Toxin-Antitoxin systems: their role in persistence, biofilm formation and pathogenicity.
Pathog Dis (2014) 70, 240-249 (IF2014 2.403, Q3)
Wen Y, Behiels E, Devreese B.
22.
Finding the missing honey bee genes: lessons learned from a genome upgrade.
BMC Genomics. (2014) 30;15:86
Elsik CG, Worley KC, Bennett AK, Beye M, Camara F, Childers CP, de Graaf DC, Debyser G,
Deng J, Devreese B, Elhaik E, Evans JD, Foster LJ, Graur D, Guigo R, Hoff KJ, Holder ME,
Hudson ME, Hunt GJ, Jiang H, Joshi V, Khetani RS, Kosarev P, Kovar CL, Ma J, Maleszka R,
Moritz RF, Munoz-Torres MC, Murphy TD, Muzny DM, Newsham IF, Reese JT, Robertson HM,
Robinson GE, Rueppell O, Solovyev V, Stanke M, Stolle E, Tsuruda JM, Van Vaerenbergh M,
Waterhouse RM, Weaver DB, Whitfield CW, Wu Y, Zdobnov EM, Zhang L, Zhu D, Gibbs RA.
(IF2014 3.986, Q1)
23.
Exploring the hidden honeybee (Apis mellifera) venom proteome by integrating a combinatorial
peptide ligand library approach with FTMS.
J Proteomics. (2014) 99, 169-78 (IF2014 3.888, Q1)
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
12
Van Vaerenbergh M, Debyser G, Devreese B, de Graaf DC.
24.
Perfrin, a novel bacteriocin associated with netB positive Clostridium perfringens strains from
broilers with necrotic enteritis.
Vet Res. (2014) 45, 40. (IF2014 2.815, Q1 (3/133))
Timbermont L, De Smet L, Van Nieuwerburgh F, Parreira VR, Van Driessche G, Haesebrouck F,
, Ducatelle R, Prescott J, Deforce D, Devreese B, Van Immerseel F.
25.
GlycoDelete engineering of mammalian cells simplifies N-glycosylation of recombinant proteins.
Nat Biotechnol. 2014 32, 485-489 (IF 2013 41.514, Q1 (2/162)
Meuris L, Santens F, Elson G, Festjens N, Boone M, Dos Santos A, Devos S, Rousseau F, Plets
E, Houthuys E, Malinge P, Magistrelli G, Cons L, Chatel L, Devreese B, Callewaert N.
26.
Secretome analysis identifies potential virulence factors of Diplodia corticola, a fungal pathogen
involved in cork oak (Quercus suber) decline.
Fungal Biol. (2014) 118, 516-523 (IF2014 2.342, Q2)
Fernandes I, Alves A, Correia A, Devreese B, Esteves AC
27.
The bacterial antitoxin HipB establishes a ternary complex with operator DNA and
phosphorylated toxin HipA to regulate bacterial persistence.
Nucleic Acids Res. (2014) 42, 10134-10147 (IF2014 9.112, Q1, 20/289)
Wen Y, Behiels E, Felix J, Elegheert J, Vergauwen B, Devreese B, Savvides SN.
28.
Structural basis of IL-23 antagonism by an Alphabody protein scaffold
Nature Comm. (2014) 5, 5237 (IF 2014 11.470, Q1, 3/56)
Desmet J, Verstraete K, Bloch Y, Lorent E, Wen Y, Devreese B, Vandenbroucke K, Loverix S,
Hettmann T, Deroo S, Somers K, Henderikx P, Lasters I, Savvides SN
.
29.
Generation of a Nanobody Targeting the Paraflagellar Rod Protein of Trypanosomes
PLosONe (2014)9, e115893 (IF2014, 3.234, Q1)
Obishakin E, Stijlemans B,; Santi-Rocca J, Vandenberghe, I, Devreese, B, Muldermans, S.,
Bastin, P Magez, S
30.
The Unipept Metaproteomics Analysis Pipeline.
Proteomics (2015) 15, 1437-1442 (IF2014 3.807 17/79)
Mesuere B, Debyser G, Aerts M, Devreese B, Vandamme P, Dawyndt P.
31.
IgE recognition of chimeric isoforms of the honeybee (Apis mellifera) venom allergen Api m 10
evaluated by protein array technology.
Mol Immunol. (2015) 63, 449-455 (IF 2013 2.973., Q2, 67/148)
Van Vaerenbergh M, De Smet L, Rafei-Shamsabadi D, Blank S, Spillner E, Ebo DG, Devreese B,
Jakob T, de Graaf DC.
32.
The effect of imipenem and diffusible signaling factors on the secretion of outer membrane
vesicles and associated Ax21 proteins in Stenotrophomonas maltophilia
Frontiers Microbio. (2015) 6:298 (IF 2014 3.989, Q1, 27/119)
Devos S, Van Oudenhove L, Stremersch S, Van Putte W, De Rycke R, Van Driessche G, Vitse J,
Raemdonck K, Devreese B
33.
Molecular mechanism of flocculation self-recognition in yeast and its role in mating and survival.
MBio (2015) 6, e00427-15 (IF 2014 6.786, Q1, 11/119)
Goossens KV, Ielasi FS, Nookaew I, Stals I, Alonso-Sarduy L, Daenen L, Van Mulders SE,
Stassen C, van Eijsden RG, Siewers V, Delvaux FR, Kasas S, Nielsen J, Devreese B, Willaert
RG.
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
13
34.
The genomes of two key bumblebee species with primitive eusocial organization.
Genome Biol. (2015) 16;76. (IF 2014 10.810, Q1. 5/162)
Sadd BM, Barribeau SM, Bloch G, de Graaf DC, Dearden P, Elsik CG, Gadau J,
Grimmelikhuijzen CJ, Hasselmann M, Lozier JD, Robertson HM, Smagghe G, Stolle E, Van
Vaerenbergh M, Waterhouse RM, Bornberg-Bauer E, Klasberg S, Bennett AK, Câmara F, Guigó
R, Hoff K, Mariotti M, Munoz-Torres M, Murphy T, Santesmasses D, Amdam GV, Beckers M,
Beye M, Biewer M, Bitondi MM, Blaxter ML, Bourke AF, Brown MJ, Buechel SD, Cameron R,
Cappelle K, Carolan JC, Christiaens O, Ciborowski KL, Clarke DF, Colgan TJ, Collins DH, Cridge
AG, Dalmay T, Dreier S, du Plessis L, Duncan E, Erler S, Evans J, Falcon T, Flores K, Freitas
FC, Fuchikawa T, Gempe T, Hartfelder K, Hauser F, Helbing S, Humann FC, Irvine F, Jermiin
LS, Johnson CE, Johnson RM, Jones AK, Kadowaki T, Kidner JH, Koch V, Köhler A, Kraus FB,
Lattorff HM, Leask M, Lockett GA, Mallon EB, Antonio DS, Marxer M, Meeus I, Moritz RF, Nair A,
Näpflin K, Nissen I, Niu J, Nunes FM, Oakeshott JG, Osborne A, Otte M, Pinheiro DG, Rossié N,
Rueppell O, Santos CG, Schmid-Hempel R, Schmitt BD, Schulte C, Simões ZL, Soares MP,
Swevers L, Winnebeck EC, Wolschin F, Yu N, Zdobnov EM, Aqrawi PK, Blankenburg KP, Coyle
M, Francisco L, Hernandez AG, Holder M, Hudson ME, Jackson L, Jayaseelan J, Joshi V, Kovar
C, Lee SL, Mata R, Mathew T, Newsham IF, Ngo R, Okwuonu G, Pham C, Pu LL, Saada N,
Santibanez J, Simmons D, Thornton R, Venkat A, Walden KK, Wu YQ, Debyser G, Devreese B,
Asher C, Blommaert J, Chipman AD, Chittka L, Fouks B, Liu J, O'Neill MP, Sumner S, Puiu D,
Qu J, Salzberg SL, Scherer SE, Muzny DM, Richards S, Robinson GE, Gibbs RA, SchmidHempel P, Worley KC.
35.
Unraveling the venom proteome of the bumblebee (Bombus terrestris) by integrating a
combinatorial peptide ligand library approach with FT-ICR MS.
Toxicon. 2015 102:81-88 (IF2014 2.492, Q2, 41/87)
Van Vaerenbergh M, Debyser G, Smagghe G, Devreese B, de Graaf DC.
36.
Engineered strains of Streptococcus macedonicus towards an osmotic stress resistant phenotype
retain their ability to produce the bacteriocin macedocin under hyperosmotic conditions.
J. Biotechnology, (2015) 212: 125-133 (IF2014 2.871, Q2, 51/162)
Anastasiou R, Driessche GV, Boutou E, Kazou M, Alexandraki V, Vorgias CE, Devreese B,
Tsakalidou E, Papadimitriou K.
37.
Towards the industrialization of new biosurfactants: Biotechnological opportunities for the lactone
esterase gene from Starmerella bombicola.
Biotechnol Bioeng. 2015 accepted (IF2014 4.126, Q1, 24/162)
Roelants SL, Ciesielska K, De Maeseneire SL, Moens H, Everaert B, Verweire S, Denon Q,
Vanlerberghe B, Van Bogaert IN, Van der Meeren P, Devreese B, Soetaert W.
38.
Recombinant Expression of Trichoderma reesei Cel61A in Pichia pastoris: Optimizing Yield and
N-terminal Processing.
Mol Biotechnol. 2015 accepted (IF2014 1.876, 88/162, Q3)
Tanghe M, Danneels B, Camattari A, Glieder A, Vandenberghe I, Devreese B, Stals I, Desmet T.
39.
Faecal proteomics : A tool to investigate dysbiosis and inflammation in patients with cystic
fibrosis
J. Cystic Fibr (2015) accepted (IF2014 3.475, 14/57, Q1)
Debyser G, Mesuere B, Clement L, Van de Weygaert J, Van Hecke P, Duytschaever G, Aerts M,
Dawyndt P, De Boeck K, Vandamme P, Devreese B
Overige
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
14
A2
Artikels in ruim verspreide wetenschappelijke tijdschriften waarvan de ingezonden
manuscripten beoordeeld zijn door internationale deskundigen en die niet inbegrepen
zijn in A1 of VABB/ A – sinds januari 2011 tot de indiendatum.
1. Moerman, P., Sergeant, K., Debyser, G., Debyser, G., Devreese, B. and Samyn, B. Eupa
Open Proteomics (2014) 3, 250-251.
A3
B2
Hoofdstukken in boeken (geen proceedings van conferenties) niet inbegrepen in
VABB/ B2 – sinds januari 2011 tot de indiendatum.
B3
Boeken als editor (inclusief editor van proceedings) niet inbegrepen in VABB/ B3 –
sinds januari 2011 tot de indiendatum.
Sophorolipids : Microbial synthesis and applications.
In Biosurfactants : Production and utilization. Processes, technologies and economics (Kosaric, N.
and Vardar Sukan, F., eds) (2015) CRC Press, chapter 2, pp.19-36)
Van Bogaert, I., Ciesielska, K., Devreese, B., Soetaert W.
C2
Octrooien, chronologisch geordend – geen beperking in tijd.
WO/2013/092421 A LACTONASE DERIVED FROM CANDIDA BOMBICOLA AND USES THEREOF (Van
Bogaert, Devreese, Ciesielska, Roelants, Soetaert)
Bent u de laatste 3 jaar afwezig geweest wegens zwangerschapsverlof, langdurig ziekteverlof,
ouderschapsverlof, zorgverlof of andere? Zo ja, hoeveel maanden was u afwezig? Bij het beoordelen
van het dossier zal rekening gehouden worden met de beschikbare tijd voor het produceren van
wetenschappelijke output.
neen
3.2.
Voor de (co)voorzitter en de betrokken leden van het zelfstandig academisch
personeel verbonden aan de VUB:
(enkel indien deze informatie niet aanwezig is in de centraal beheerde databank (academische
bibliografie) van de instelling).
Wetenschappelijke publicaties gericht op het forum van onderzoekers, van volgende
categorieën:
A = (co-) auteur van wetenschappelijke monografie
B = artikels/bijdragen in wetenschappelijke monografieën /verzamelwerken met internationaal refereesysteem
C = artikels in wetenschappelijke tijdschriften met internationaal referee-systeem
D = artikels/bijdragen in wetenschappelijke monografieën/verzamelwerken met nationaal refereesysteem
E = artikels in wetenschappelijke tijdschriften met nationaal referee-systeem
F = artikels/bijdragen in wetenschappelijke monografieën/verzamelwerken zonder referee-systeem
G = artikels in wetenschappelijke tijdschriften zonder referee-systeem
H = wetenschappelijke uitgever van wetenschappelijke monografieën/verzamelwerken en tijdschriften
I = mededelingen op internationale congressen/symposia integraal gepubliceerd in proceedings
Octrooien
(Bladzijden tussenvoegen indien nodig)
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
15
4. Begeleiding van doctoraten
Gelieve per onderzoeker in de alliantieonderzoeksgroep de naam van de begeleide
doctoraatstudenten op te geven met vermelding van de titel van het doctoraatsonderzoek, de
instelling waaraan het doctoraat werd behaald, het type begeleiding (promotor, copromotor, lid
begeleidingscommissie, supervisor van het onderzoek, …) en indien van toepassing ook de
promotiedatum te vermelden.
VUB
Ronnie Willaert
Naam doctoraatstudent
Mike Sleutel
Instelling waaraan het doctoraat werd Vrije Universiteit Brussel
behaald
Naam promotor en (evt) copromotor
Ronnie Willaert, Dominique Maes, Lode Wyns
Datum
Titel
November 2008
Growth kinetics and mass transport phenomena
during protein crystallisation
Aard van de betrokkenheid
Copromotor (hoofdbegeleider)
Naam doctoraatstudent
Katty Goossens
Instelling waaraan het doctoraat werd Vrije Universiteit Brussel
behaald
Naam promotor en (evt) copromotor
Ronnie Willaert, Lode Wyns
Datum
Titel
June 2011
Cell – cell and cell – substrate adhesion through Flo1 and Flo11
proteins of Saccharomyces cerevisiae
Aard van de betrokkenheid
Promotor 2 (hoofdbegeleider)
Naam doctoraatstudent
Dagmara Donohue
Instelling waaraan het doctoraat werd Vrije Universiteit Brussel
behaald
Naam promotor en (evt) copromotor
Ronnie Willaert, Lode Wyns
Datum
Titel
December 2012
Engineering novel binding proteins based on Als and Flo proteins
from Candida albicans and Saccharomyces cerevisiae, respectively
Aard van de betrokkenheid
Promotor 2 (hoofdbegeleider)
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
16
Naam doctoraatstudent
Francesco Ielasi
Instelling waaraan het doctoraat werd Vrije Universiteit Brussel
behaald
Naam promotor en (evt) copromotor
Ronnie Willaert, Lode Wyns
Datum
Titel
February 2014
Carbohydrate binding domains from yeast adhesins involved in
flocculation and host-pathogen interaction
Aard van de betrokkenheid
Promotor (hoofdbegeleider)
UGent
Bart Devreese
Naam doctoraatsstudent / Name doct. candidate
Maarten Aerts
Instelling waaraan het doctoraat werd behaald/ UGent
Institution that granted the PhD degree
Naam promotor en (evt) copromotor / Name Bart Devreese, Jozef Van Beeumen
promoter and (if applicable) copromoter
Datum / Date
Titel / Title
May 2010
The impact of high resolution mass spectrometry
in shotgun proteomics : two case studies.
Naam doctoraatsstudent / Name doct. candidate
Tatiana Cucu
Instelling waaraan het doctoraat werd behaald/ Institution UGent
that granted the PhD degree
Naam promotor en (evt) copromotor / Name promoter and Bruno De Meulenaere, Bart Devreese
(if applicable) copromoter
Datum / Date
Titel / Title
Naam doctoraatsstudent
candidate
May 2011
Food allergen : an analytical challenge
for the agri-food chain
/
Name
doct. Catherine Stassen
Instelling waaraan het doctoraat werd behaald/ UGent
Institution that granted the PhD degree
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
17
Naam promotor en (evt) copromotor / Name Bart Devreese
promoter and (if applicable) copromoter
Datum / Date
Titel / Title
October 2011
The influence of microgravity on the model
organism Saccharomyces cerevisiae : a proteomic
study
Naam doctoraatsstudent / Name doct. Ester Behiels
candidate
Instelling waaraan het doctoraat werd Ugent
behaald/ Institution that granted the PhD
degree
Naam promotor en (evt) copromotor /
Name promoter and (if applicable)
copromoter
Bart Devreese, Jozef Van Beeumen
Datum / Date
Titel / Title
15/1/2013
Molecular and functional characterization of the HipBA
toxin/antitoxin module of Shewanella oneidensis and its
possible involvement in persistence
Naam doctoraatsstudent / Name doct. candidate Silke Mussche
Instelling waaraan het doctoraat werd behaald/ Ugent
Institution that granted the PhD degree
Naam promotor en (evt) copromotor / Name
promoter and (if applicable) copromoter
Rudy Van Coster, Bart Devreese
Datum / Date
Titel / Title
17/5/2013
Quantitative proteomic analysis in cultured skin
fibroblasts from patients with rare genetic disorders
Naam doctoraatsstudent
candidate
/
Name
doct. Laurence Van Oudenhove
Instelling waaraan het doctoraat werd behaald/ Ugent
Institution that granted the PhD degree
Naam promotor en (evt) copromotor / Name
promoter and (if applicable) copromoter
Bart Devreese
Datum / Date
Titel / Title
25/9/2013
Unveiling the response of Stenotrophomonas
maltophilia to an imipenem challenge by proteomics
Naam doctoraatsstudent / Name doct. candidate
Katarzyna Ciesielska
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
18
Instelling waaraan het doctoraat werd
Institution that granted the PhD degree
behaald/ Ugent
Naam promotor en (evt) copromotor / Name promoter
and (if applicable) copromoter
Bart Devreese
Datum / Date
Titel / Title
17/9/2013
Proteomic study of the sophorolipid
producer Starmerella bombicola
Naam doctoraatsstudent / Name doct. Matthias Van Vaerenbergh
candidate
Instelling waaraan het doctoraat werd Ugent
behaald/ Institution that granted the PhD
degree
Naam promotor en (evt) copromotor / Dirk de Graaf, Bart Devreese
Name promoter and (if applicable)
copromoter
Datum / Date
Titel / Title
29/11/2013
Honeybee (Apis mellifera) and bumblebee (Bombus
terrestris) venom : analysis and immunological
importance of the proteome
Naam doctoraatsstudent / Name doct. candidate
Yurong Wen
Instelling waaraan het doctoraat werd behaald/ Ugent
Institution that granted the PhD degree
Naam promotor en (evt) copromotor / Name
promoter and (if applicable) copromoter
Bart Devreese
Datum / Date
Titel / Title
6/2/2014
An integrative structural biology approach in
the study of persistence and virulence
Naam doctoraatsstudent / Name doct. candidate
Instelling waaraan het doctoraat werd
Institution that granted the PhD degree
Pablo Moerman
behaald/ Ugent
Naam promotor en (evt) copromotor / Name promoter Bart Devreese
and (if applicable) copromoter
Datum / Date
Titel / Title
2/10/2014
Novel methods for C-terminal sequence
analysis in the proteome era
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
19
Naam doctoraatsstudent / Name doct. candidate
Griet Debyser
Instelling waaraan het doctoraat werd behaald/ Ugent
Institution that granted the PhD degree
Naam promotor en (evt) copromotor / Name Bart Devreese
promoter and (if applicable) copromoter
Datum / Date
Titel / Title
4/2/2015
A proteomic study on faecal samples of patients
with cystic fibrosis and their unaffected siblings
LUIK IV – BELEIDSPLAN
1. Uitgeschreven beleidsplan
Gelieve melding te maken van minstens de volgende gegevens:
• Gemeenschappelijke onderzoekslijn(en)
• Doelstelling(en) van de alliantieonderzoeksgroep
• Gemeenschappelijke onderzoeksinitiatieven (met vermelding van de herkomst van de
financiering van reeds lopende en van geplande initiatieven)
(vrije tekst op max. 3 bladzijden)
(bladzijden tussenvoegen indien nodig)
Cellulair en moleculair biofysisch onderzoek op micro-organismen door gebruik te maken van een
geïntegreerde aanpak van hoofdzakelijk nano-manipulatie en –analysetechnieken, en wiskundige
analyse/modellering. Technieken zullen aangewend worden die toelaten om enkelvoudige
moleculen (“single molecule analysis”), cellen (“single cell analysis) en hun onderlinge interacties te
bestuderen.
De initiële onderzoekslijnen zijn:
1. Nanobiotechnologische analyse van outer membrane vesicles:
Wij beogen het onderzoek naar de structuur van outer membrane vesicles en hun vermogen
om zich te hechten aan doelwitcellen, bijvoorbeeld voor het uitwisselen van genetisch materiaal
met andere bacterien. Zowel AFM als microscopische analyse van fluorescent gemerkte
eiwitten en DNA zijn hiervoor essentieel.
2. Nanobiotechnologische AFM analyse van lipiden en en hun interactie met eiwitten
In eerste instantie zal dit onderzoek zich richten op de interactie van het Starmerella bombicola
lipase met substraat sophorolipiden om in zicht te verwerven over de manier waarop dit lipase kan
inwerken op de nanostructuren die deze sophorolipiden vormt.
3. Ontwikkeling van AFM-krachtspectroscopietechnieken om gistadhesie en bacteriële adhesie te
bestuderen:
AFM-krachtspectroscopie zal gebruikt worden om de adhesie van enkelvoudige cellen te
bestuderen, i.h.b. cel-cel-adhesie, cel-oppervlakte-adhesie.
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
20
4. Dynamische proteomica gebaseerd op microscopische detectie van fluorescent gemerkte eiwitten
in levende cellen en massaspectrometrie-gebaseerde proteomica voor de studie van
systeembiologie van microorganismen:
Gebruik van de GFP-klooncollectie in cellulaire arrays om de dynamica van het proteoom te
bestuderen. Deze resultaten zullen gecorreleerd en aangevuld (bvb. fosfoproteomica) worden
met de massaspectrometrie gebaseerde proteomica-technieken. In eerste instantie zal dit
onderzoek zich richten op ontdekking van het eiwitdoelwit en werkingsmechanisme van
antifungale moleculen in S. cereviae en pathogene gisten (bvb. C. albicans).
Dynamische proteomica zal gebaseerd worden op een microfluïdisch cellulair microarrayplatform. Het platform is gebaseerd op een microfluidicasysteem met microrooster waar levende
cellen uit een kloonverzameling kunnen aangebracht worden op bepaalde plaatsen in het
rooster. In elke celkloon zit een specifiek gen gekoppeld aan de gensequentie van een
fluorescerend proteïne (FP) ("Green Fluorescent Protein" (GFP) of een "Reversibly Switchable
Fluorescent Protein" (RSFP)). “Blinking” van het FP is noodzakelijk om super-resolutie te
bekomen. De cellen zullen gedurende een aantal generaties gekweekt worden in microputjes
waarbij de met GFP- of RSFP-gemerkte eiwitten doorlopend gevolgd zullen worden met superresolutiefluorescentiemicroscopie (zoals pcSOFI en STORM). Met deze techniek kunnen
afzonderlijke eiwitten in afzonderlijke cellen bekeken worden.
5. Ontwikkelen van imaging-technieken voor hoge-resolutie beelden (confocale microscopie, superresolutie microscopie, AFM) van cellen en biomoleculen.
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
21
2. Beoogde realisaties na drie jaar samenwerking
Op basis van deze informatie zal bij een eventuele aanvraag tot verlenging van de erkenning als
alliantieonderzoeksgroep, nagegaan worden in hoeverre de beoogde doelstellingen bereikt werden.
(vrije tekst op max. 2 bladzijden)
(bladzijden tussenvoegen indien nodig)
Doelstellingen en realisaties op korte termijn (3 jaar)
Op korte termijn zal een onderzoeksteam in dit domein uitgebouwd worden en wetenschappelijke
output gerealiseerd worden. Verschillende financieringskanalen om werkingsmiddelen, apparatuur en
mandaten te bekomen zullen aangewend worden.
We zullen streven om de volgende realisaties na drie jaar te bekomen:
- gemeenschappelijke onderzoeksprojecten:
- minimum 2 gemeenschappelijke onderzoeksprojecten (nationaal/internationaal) ingediend.
- gemeenschappelijk masterthesisstudenten, doctoraten, postdocs:
- minimum 1 gemeenschappelijk doctoraat opgestart.
- gemeenschappelijk publicaties: 5 gemeenschappelijke publicaties
- onderzoekslijn 1: minimum 1 publicatie
- onderzoekslijn 2: minimum 1 publicatie
- onderzoekslijn 3: minimum 1 publicatie
- onderzoekslijn 4: minimum 1 publicatie
- onderzoekslijn 5: minimum 1 review-publicatie
Doelstellingen en realisaties op lange termijn (> 3 jaar)
Nationale en internationale erkenning van het team voor de opgebouwde expertise in het domein van
de nanomicrobiologie.
Alliantieonderzoeksgroepen – Continu openstaande oproep
22