tentamen - bioplein.nl

TENTAMEN BIOCHEMIE – ONDERDEEL RAUCH
JUISTE ANTWOORDEN
OPGAVE 1 (27 punten): afkortingen, ‘ladingstoestanden’ en fysisch-chemische groepen:
3-letter
Arg
Asn
Asp
Gln
Glu
Gly
1-letter
D
E
K
1-letter
R
N
D
Q
E
G
Volledige naam
Aspartaat/asparaginezuur
Glutamaat/glutaminezuur
Lysine
3-letter
Thr
Trp
Tyr
1-letter
T
W
Y
1-letter
N
Q
Y
Volledige naam
asparagine
Glutamine
Tyrosine
Naam
´Ladingstoestand´
Naam
´Ladingstoestand´
Apolair
Polair
Alanine
Threonine
Polair
Polair
Glutamine
Tyrosine
Positief geladen
Apolair
Lysine
Valine
Bij fysiologische pH! Kies uit: apolair, polair, positief geladen, negatief geladen
Naam
Fysisch-chemische
Naam
Fysisch-chemische
groep(en)
groep(en)
Cyclisch (&
Aromatisch &
Proline
Tyrosine
alifatisch)
alcoholisch
Basisch
Basisch
Lysine
Arginine
Alifatisch
Zuuramide
Leucine
Asparagine
Kies uit: zuur, basisch, alifatisch, aromatisch, zwavelhoudend, alcoholisch (= met OH-groep),
zuuramide, cyclisch. Let op: een aminozuur kan tot meerdere groepen behoren!!
OPGAVE 2 (7 punten): Aminozuurstructuren
a. Geef de namen van deze aminozuren. Zet de namen onder de structuren.
Serine (threonine
half goed)
Fenylalanine
(tyrosine ¼
goed)
Glutaminezuur
/glutamaat
(asparaginezuur/a
spartaat half
goed)
b. Geef per aminozuur aan of je dit meestal in een eiwit aan de buitenkant of aan de
binnenkant verwacht (foute bewering doorstrepen) en eventueel wat de naam is van het
aminozuur (voor 1 bonuspunt per juiste naam).
Binnenkant/buitenkant
Naam (voor bonus): methionine
Binnenkant/buitenkant
Naam (voor bonus): threonine
Binnenkant/buitenkant
Naam (voor bonus): valine
Binnenkant/buitenkant
Naam (voor bonus): glutamine
OPGAVE 3 (6 punten): Verwante aminozuren
D en E zijn aan elkaar verwant, want het zijn beiden zure aminozuren (alleen verschil in
lengte keten)
S en T zijn aan elkaar verwant, want het zijn beiden alcoholische aminozuren (alleen
verschil in lengte keten)
OPGAVE 4 (16 punten): De alfa-helix
R -
R -
R -
R -
R -
R -
R -
R -
R -
R -
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
N
|
C
|
C
|
- H
Een eiwit bevat een alfa-helix van 10 aminozuren met de
aminozuursequentie WEANIKQRLS. Vragen d en e zijn bonusvragen!
Deze alleen beantwoorden als je voldoende tijd hebt!
= O
a. Hoeveel keer gaat deze alfa-helix rond, met andere woorden:
hoeveel turns heeft deze alfa-helix? BETER: HOEVEEL
VOLLEDIGE TURNS
A. één
B. twee
C. drie (half goed)
D. vier
E. vijf
F. zes
G. dit kun je niet uit de gegeven informatie afleiden
- H
= O
- H
= O
- H
= O
- H
b. Steken de zijgroepen van de aminozuren in deze alfa-helix naar
buiten of naar binnen?
A. naar buiten
B. naar binnen
c. Hiernaast is deze alfa-helix schematisch weergegeven (o.a.
zijgroepen weergegeven met een R). Geef hierin de ligging van de
H-bruggen aan die deze alfa-helix tot stand brengen door de
betrokken atomen met elkaar te verbinden. Is bij de bespreking
behandeld.
= O
- H
d. Deze alfa-helix maakt contact met een beta-sheet ernaast via
hydrofobe interactie. Omcirkel hieronder de aminozuren die hier
volgens jou bij betrokken zijn.
W
E
(A)
N
I
K
Q
R
L
S
= O
- H
e. Bonusvraag (alleen beantwoorden als je nog tijd over hebt):
Probeer een verklaring te bedenken voor de onderlinge afstand van
de bij d omcirkelde aminozuren.
= O
- H
= O
- H
= O
- H
= O
Steeds op zelfde punt in helix t..o.v. de naastliggende beta-sheet.
Hierdoor hydrofobe interactie tussen deze alfa-helix en de
betreffende beta-sheet.
OPGAVE 5 (14 punten): Tertiaire structuur
a.
Aminozuurduo
Aspartaat en lysine
Glutamaat en arginine
Cysteïne en cysteïne
Glutamine en serine
Valine en tryptofaan
Meest waarschijnlijke
interactiebindingstype (I, II, III of IV):
III
III
IV
I
II
b.
Interactie/binding in figuur:
A
B
C
D
Type (I, II, III of IV):
III
I
II
IV
OPGAVE 6 (4 punten); glycosylering
a. Vul aan: De meest voorkomende vorm van glycosylering is N-glycosylering en deze is
zo genoemd, omdat de suikerboom daarbij altijd vastzit aan een N-atoom van Asn.
b. De herkenningssequentie voor N-glycosylering is Asn-X-Ser/Thr. Welke van de
onderstaande aminozuursequenties bevat deze consensus?
A.
B.
C.
D.
E.
F.
G.
H.
NNST en NNST (dus in feite twee herkenningssequenties aanwezig in dit stukje)
NNSS en NNSS (dus in feite twee herkenningssequenties aanwezig in dit stukje)
NNTS en NNTS (dus in feite twee herkenningssequenties aanwezig in dit stukje)
NNSN
NNTN
NNNT
NSTS
Meerdere antwoorden zijn juist, namelijk ALLEMAAL
Consensus-sequentie Asn-X-S/T = NXS of NXT en die is terug te vinden in alle
gegeven sequenties
OPGAVE 7 (8 punten); proteolytische klieving
MAGKYMRWYLSKPRN
Geef de aminozuurvolgordes in 1-letter-code van de producten (brokstukken) van behandeling
van het polypeptide met trypsine.
MAGK & YMR & WYLSKPR & N
BONUS-OPGAVE (5 bonuspunten):
Een kleine eiwit zantingine heeft de aminozuursequentie ACNCKAPMLCARYCALH. Het is
bekend dat dit eiwit twee zwavelbruggen, maar men weet nog niet waar deze disulfidebruggen
zich precies bevinden. Daarom behandel jij het eiwit met trypsine en bekijkt vervolgens in
hoeveel brokstukken het eiwit uit elkaar valt. Aangezien disulfidebruggen covalente bindingen
zijn (en dus stukken eiwit die proteolytisch van elkaar worden gescheiden bij elkaar kunnen
houden), kun jij uit het aantal ontstane brokstukken afleiden waar zich de disulfidebruggen
bevinden. Je ziet dat er twee brokstukken ontstaan.
a. Leid hieruit de precieze locatie van de zwavelbruggen af. Geef ze schematisch aan in de
onderstaande sequentie door de betrokken aminozuren met elkaar te verbinden.
A C N C K A P M L C A R Y C A L H
1e C verbonden met 2e C, 3e C verbonden met 4e C; alleen bij
deze configuratie ontstaan er twee brokstukken bij
behandeling met trypsine. Bij de andere twee mogelijke
configuraties ontstaan er geen brokstukken.
b. Met welke van de volgende twee behandelingen van zantingine, chymotrypsine-behandeling
of incubatie met CNBr, kun je je conclusie uit a bevestigen? Leg uit.
Behandeling van zantingine met chymotrypsine/CNBr (doorstrepen wat niet van toepassing is)
geeft het onomstotelijke bewijs, omdat…
Chymotrypsine: hier heb je in dit geval niets aan. Bij alle mogelijke disulfidebrugconfiguraties onstaan er GEEN brokstukken bij behandeling met chymotrypsine.
CNBr: bij de configuratie uit vraag a ontstaan er bij behandeling met CNBr 2 fragmenten,
terwijl bij de andere twee configuraties er GEEN brokstukken ontstaan. Dus als je
inderdaad twee brokstukken vindt bij behandeling met CNBr dan moet de configuratie uit
a inderdaad de enige juiste zijn.