Examenvragen Medische Gentechnologie 2006

Examenvragen Medische Gentechnologie 2006-2007
Prof. Jan Gettemans
-Omschrijf bondig de verschillende types DNA herhalingen (transcriptioneel inactief) die voorkomen
in het humane genoom en hun eventuele nut in het onderzoek.
-Welke verschijnselen zijn gemeenschappelijk aan ziekten die veroorzaakt worden door een
expressie van een onstabiele CAG herhaling?
-Een ziekte met CAG expansie kan men met behulp van RNAi onderdrukken. Hoe noemen de oligo’s
die hierbij gebruikt worden? Kan onderdrukking van het zieke allel ook het normale allel
onderdrukken? Hoe kan men het zieke allel onderdrukken zonder deze van het normale te
onderdrukken?
-Welke factoren liggen mede aan de basis van het fenomeen dat bij sommige aandoeningen een
beperkt aantal mutaties aan de oorsprong van een pathologie ligt (beperkte allelische
heterogeneïteit)? Licht die factoren kort toe.
-Wanneer kan men zeggen dat een DNA sequentiewijziging zeer waarschijnlijk pathogene gevolgen
zal hebben? (Welke vuistregels bestaan daarvoor)
-Wat is SAGE, hoe werkt het, waarvoor wordt het gebruikt en weeg deze technologie af tegen microrooster technologie
-Een onderzoeker bestudeert een gen dat bij constitutieve expressie in een muis lethaal blijkt te zijn.
Omschrijf 2 verschillende technologieën waarbij hier aan kan verholpen worden, zodanig dat de
functie van dit gen toch bestudeerd kan worden.
-Bespreek de biologische inperking van Lactococcus lactis
-Figuur: (Slipped strand mispairing) CA met zwakke banden: hoe noemt men deze banden en door
wat veroorzaakt? Leg uit
-Voor gentherapie behandeling heeft men de optie om ofwel lentivirale of adenovirale vectoren te
gebruiken als vehikel voor de introductie van een therapeutisch gen.Welke van beide geniet de
voorkeur als men een lange termijn behandeling voor ogen houdt?Motiveer je antwoord.
-Er zijn verschillende methoden om op een niet-gecontroleerde manier mutaties te introduceren in
cDNA's of in genen. Vergelijk 2 methoden met elkaar.
-Illustreer aan de hand van een voorbeeld hoe men door middel van DNA shuffling tot een
verbeterde versie van een thymidine kinase kan komen.
a) hoe werkt de technologie?
b) hoe gaat men het testen?
c) wat is het substraat van het enzym?
d) wat beoogt men bij deze strategie (waarom is het noodzakelijk/interessant om een verbeterde
variant te maken?)
e) bij welke aandoening kan dit nuttig zijn
-Welke gene targeting strategie(en) gebruikt men in het geval van een
a) LOF en in het geval van een
b) GOF,teneinde dergelijke aandoeningen te kunnen simuleren en bestuderen in proefdieren?
-Het proteine MEF2C staat bekend als een transcriptie factor die de expresie van meerdere genen
aandrijft. In cellen waar MEF2C geactiveerd is,ziet men verhoogde expressie van een potentieel
doelwitgen, het catenine, op Western blots (in vergelijking met niet geactiveerde cellen)
De vraag luidt : op welke manier kan men aantonen dat MEF2C expressie van het endogeen catenine
stimuleert in vivo (in levende cellen), en hoe verloopt dit in grote lijnen?
Hou rekening met de volgende elementen:
-men beschikt niet over cDNA van catenine
-men beschikt over het cDNA dat codeert voor de transcriptiefactor
-men heeft antilichamen tegen de transcriptiefactor MEF2C
(je methodologie moet logisch opgebouwd zijn)
-Door middel van screeningsprocedures wordt een lipide molecule gevonden die interageert met een
ziekte-veroorzakend proteine. De pathologie van dit proteine ontstaat door zijn interactie met een
cytoplasmatisch tyrosine kinase waardoor cruciale fosforyleringsprocessen niet meer kunnen
doorgaan in aangetaste cellen. Hoe kan men te weten komen of de lipide molecule in staat is de
interactie tussen het ziekte-veroorzakend proteine en het tyrosine kinase te verbreken en licht die
methodologie in het kort toe.
-Eiwit: recessief + dominant ...
-Een eiwit wordt “opgevist” en is schijnbaar LOF, maar later geklasseerd bij dominant GOF....?
-Prostaatkanker op een gegeven moment geen effect van medicijnen, hoe noemt men deze fase +
bespreek moleculair mechanisme
-Wat is transcript mapping en welke methoden gebruikt men om het uit te voeren?
-Veronderstel dat een onderzoek(st)er mbv bepaalde technieken een gen geïdentificeerd heeft
waarvan men sterke vermoedens heeft dat een ziektegen vertegenwoordigt. Hoe kan men dit
confirmeren?
-Waarvoor wordt 5’ RACE gebruikt en hoe werkt het? Is het een technologie die vandaag of in de
toekomst, nog veel gebruikt zal worden? (motiveer kort je antwoord)
-Omschrijf in het kort waarom het mitochondriale genoom een zgn hotspot voor mutaties is
-Wat zijn de voornaamste oorzaken van 21-hydroxylase deficiëntie?
-In vivo en ex vivo gentherapie: afwegen
-Welke oorzaken liggen aan de oorzaken van GOF. Enkel opsommen, geen uitleg erbij
-Om translatie te stoppen worden morfolino's en fosforothioaten gebruikt. Welkvan de 2 wordt
vandaag de dag het meest toegepast?
-Invultekst waarbij je moet zeggen welke techniek gebruikt wordt.
vb: om EW-EW interactie te bekijken gebruik je...
om transcriptiefactoren die binden op DNA aan te duiden gebruik je...
-5 peptiden zijn gegeven. Welke 2 peptiden zijn het meest geschikt om primers van te maken? Maak
van die 2 peptiden een forward en reversed primer. Welke primer gebruik je voor het 3' uiteinde te
maken bij RACE en welke voor het 5' uiteinde?
-Een eiwit pendelt tussen kern en plasmamembraan. als je het eiwit tot overexpressie brengt, komt
het ook op de centromeren te zitten. Hoe noem je dit fenomeen dat een EW op een plaats zit waar
het normaal niet zit? En als je het EW wilt zichtbaar maken in levende cellen, zonder dus te
overexpresseren, welke techniek gebruik je dan?
-Omschrijf in het kort de volgende termen:
a) anticipatie
b) compound (gemengd) heterozygoot
c) peptide aptameren
d) morfolino’s
e) hammerhead ribozyme
f)EST en STS
g) YAC
h) KLH
i) LINE
j)CMT
k) HLA
l) allo-en xenotransplantatie
-Blinde platen:
a) 1 codon verwisselen met HPRT vectorplasmide
b) Gene trapping met genen met defecte reg. elementen
c) DMD stamboom
d) Bubble PCR
e) mRNA differential analysis
f)rat liver NE PLC NE (gelretardatie)
g) hybridisatie chips
h) denaturerend profiel (DGGE)