Op weg naar snelheid in het lab, door herinrichting

Op weg naar snelheid in het lab, door herinrichting, high throughput,
biobanking en tracing.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
Problemen:
Eigen laden onderzoekers
Losse excel bestanden
.
Codering samples
Mutaties samples doorvoeren
University Medical Center Utrecht
Vragen:
Wat moet bewaard blijven?
Wie heeft de samples gebruikt, hoe vaak is het ontdooid en wat is het rest volume?
Is er een goede anonieme codering en blind voor onderzoeker?
.
Welk cohort is gebruikt?
Waar blijven de meetgegevens na vertrek van de onderzoekers?
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
De Ambitie:
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
De Ambitie:
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
De Ambitie de krachten bundelen van UMC speerpunten ALS en SCZ:
37700
Genetisch onderzoek bij patiënten en controles
ALS : 14500 patiënten en controles
SCZ : 37700 patiënten en controles
Stroke: 5800 patiënten en controles
Totale workload 58000 DNA samples
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
Overzicht houden is een noodzaak:
Al verzamelde samples en oude benamingen geen barcodering
Nieuwe samples afname registratie aanpassen
Opslagsystemen vriezers en koelkasten, wat komt erin en wat gaat eruit
Over meerdere locaties verdeeld: diverse labs en biobank
Dbases en losse excel sheets gebruikers
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
Overzicht en methodieken:
LIMS alle klinische en lab data in 1 systeem ivm cohort selectie
Track and trace barcodering van afname tot assay resultaten
Alles heeft een unieke patiëntcode gekregen en een studienummer
De samples en de opbergsystemen zijn inclusief indeling in het LIMS te
vinden
Werklijsten zijn alleen uit LIMS te creëren
Koppeling gebruiker met samples en geproduceerde data.
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
P.Sodaar
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
De uitdagingen:
Simple en complexe genetica (NGS etc.)
Grote aantallen goed gekarakteriseerde
populatie verzamelen.
Biobanking track en trace.
LIMS systeem
NGS, qPCR, Bioinformatica
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
De workflow benodigdheden:
LIMS software
Barcodereaders
Barcodeprinters
96 well format opslagsysteem
Robot voor:
- Reformating van buizen naar platen
- Plate 96 well fragment analyzer
- Normalisatie DNA conc 96 well plate
- Distributie naar 96 of 384 well assay
- NGS platform (illumina)
Meetinstrumenten .
University Medical Center Utrecht
.
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
De workflow benodigdheden:
LIMS software
Barcodereaders en Barcodeprinters
Vriezers en koelkasten
96 well format opslagsysteem
Robot voor:
- Reformating van buizen naar platen
- Plate voor 96 well fragment analyzer
- Normalisatie DNA conc 96 well plate
- Distributie naar 96 of 384 well assay
Meetinstrumenten
.
University Medical Center Utrecht
- EUROMOTOR
http://www.euromotorproject.eu/
- Het vastleggen van pedigrees, klinische
vragenlijsten, MRI en klinische data
- LIMS systeem voor projecten, samples
posities en assay platen
- Gebruiker registratie
.
- JCI accreditatie
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
De workflow benodigdheden:
LIMS software
Barcodereaders en Barcodeprinters
Vriezers en koelkasten
96 well format opslagsysteem
Opslag:
- Inpassen in bestaande indeling vriezer
- Indeling basis voor alle assay ’s
- Communicatie met LIMS
- Labelsysteem van samples
ilabel vial printer, Brady labelprinter,
Honeywell 1900 en Dolphin
6100 scanners
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
De workflow benodigdheden:
LIMS software
Barcodereaders en Barcodeprinters
Vriezers en koelkasten
96 well format opslagsysteem, 50% meer
ruimte 6 platen ipv 4 dozen.
Opslag:
- Inpassen in bestaande indeling vriezer
- Indeling basis voor alle assay’s
- Communicatie met LIMS
- Labelsysteem van samples
Panasonic vriezer met indeling,
.
FLUIDX 96 well racks
extern schroefdraad
Labinco LD76 rotary mixer
University Medical Center Utrecht
.
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
De workflow benodigdheden:
LIMS software
Barcodereaders en Barcodeprinters
Vriezers en koelkasten
96 well format opslagsysteem
Robot Hardware:
- Decapper
- 1D en 2D barcodereader
- Pipetteer station
Hamilton Starlet robot met
gecombineerde 2D reader (de-)capper
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
De workflow benodigdheden:
Robot Hardware bepalen:
- Gripper of iswap
- Autoload of niet
- Fluid level detect geleiding of druk
- Liquid classes (viscous , alcohol etc.)
- Kruiscontaminatie
-
Meedenken met lab en protocollen
Servicecontracten
Samenwerking met illumina
Erg veel randapparaten en ervaring
met andere toepassingen.
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
.
.
University Medical Center Utrecht
Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken.
Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.
.
.
University Medical Center Utrecht