Interpretatie resultaten PCR-virustoetsing PlAMV

Interpretatie resultaten PCR-virustoetsing PlAMV en TVX
PlAMV is een contactvirus waarbij infecties plaatsvinden middels mechanische verspreiding
van het virus tijdens de verwerking en als de bollen in contact komen met geïnfecteerde
grond en/of waardplanten. Deze waardplanten kunnen uiteraard lelies zijn maar ook
onkruiden.
Cq-waarde (Cq=Cycle quantification)
Het resultaat van PCR-virustoetsingen op PlAMV en TVX wordt bepaald door de
gegenereerde Cq-waarde tussen 0 en 40. Een hoge waarde betekent een laag aantal
virusdeeltjes (of geen bij een Cq-waarde van 40) in het monster en visa versa. Deze Cqwaarde wordt afgegeven per getoetst (sub)monster.
Een laag aantal gedetecteerde virusdeeltjes kan duiden op de detectie van virus op de
buitenzijde van het getoetste materiaal. Wij maken onderscheid tussen “besmetting” (virus
op buitenzijde van schubben) en “infecties” (virus in de schubben/blad). Door beschadiging
tijdens verwerken kan een “besmetting” zich ontwikkelen tot een “infectie”.
Onderzoek toont aan dat een besmetting met een zeer laag aantal virusdeeltjes (Cq-waarde
tussen 33 - 37) zich niet altijd ontwikkeld tot een infectie, al dan niet met visuele symptomen
tijdens de broei. Dit is afhankelijk van groep, cultivar en (broei)omstandigheden.
Desalniettemin is er wel degelijk een risico voor het materiaal waarin PlAMV of TVX met
deze Cq-waarde is aangetoond.
Hieronder het beslismodel voor Cq-waarden bij PCR-toetsen op PlAMV en TVX voor
verschillende schakels in de productieketen van lelies.
Geen Cq-waarde voor andere virussen
Bij het resultaat van virustoetsing op andere virussen worden geen Cq-waarden afgegeven.
Deze resultaten, positief (+) of negatief (-), zijn namelijk veel duidelijker. Dat wil zeggen dat
er nauwelijks Cq-waarde worden gemeten tussen 33 - 37 zoals veelvuldig bij PlAMV en TVX
het geval is.
Ruis
Regelmatig komt het voor dat het resultaat van een PCR-virustoetsing op PlAMV waarbij een
een hoge Cq-waarde wordt afgegeven bij herhaling niet meer aangetoond kan worden.
Daarom is hygiëne tijdens de monstername van groot belang.
Bij een dergelijke hoge Cq-waarde (33 – 37) gaat het om zo weinig virusdeeltjes dat de ene
keer wel voldoende virusdeeltjes worden gepipetteerd voor een PCR-toets om tot een
signaal te komen en een andere keer niet. Zolang deze “risico Cq-waarde” incidenteel blijft
voorkomen zou je dit kunnen uitleggen als “ruis”. Voor de interpretatie van deze gegevens
moet je wel voldoende monsters hebben om te kunnen vergelijken. Daarom houden we vast
aan de 10 submonsters voor een PCR-10 toets.
Waar komt de ruis vandaan?
- Schoeisel?
- Harde wind met droog weer (stof)?
- Latex handschoenen niet meer geheel schoon?
- Schop bij het bemonsteren te velde?
- Schone handen bij het wisselen van handschoenen?
- Laboratorium?
- Etc. etc.
Het is uitermate lastig om alle ruis uit te schakelen. Aansluitend op het eerdere beslismodel
voor de verschillende schakels in keten, is het model hieronder uitgewerkt voor verschillende
resultaten van een PCR-10x24 toets.