Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 1 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be 1. DE CEL INLEIDING In dit eerste hoofdstuk behandelen we de essentiële structuren en eigenschappen van de cel. We bestuderen achtereenvolgens de algemene eigenschappen van een cel, de lichtmicroscopische bouw van plant- en diercellen, de submicroscopische structuur van eukaryote cellen, de celorganellen met hun specifieke locatie, functie en bouw, de belangrijkste biomoleculen en tenslotte de energiewinning en energieopslag van de cel, met als centrale verbinding ATP. Een goede kennis van de bovenstaande thema’s is essentiële kennis voor de studie geneeskunde. Ook is het zo dat er dikwijls kennisvragen verschijnen op het toelatingsexamen over dit onderdeel. ALGEMENE ASPECTEN VA N DE CEL De cel is de centrale eenheid in het leven. Het is zo dat elk levend wezen is opgebouwd uit één of meerdere cellen. Een cel is een functionele eenheid die een enorm groot scala van functies kan uitvoeren. De uiteindelijke basisfunctie van de cel is het repliceren van zichzelf (alleen of in samenwerking met andere cellen) en zo zijn genetische code te verspreiden in de natuur. In alle cellen kunnen we een gemeenschappelijk aantal structuren aanduiden. Eerst komen we de celmembraan tegen. Deze membraan omgeeft het cytoplasma en de kern (uitzondering: bacteriën). Het cytoplasma kan verder worden opgedeeld in het cytosol en de celorganellen. Het cytosol is dus hetgeen overblijft na het verwijderen van de membraan en alle andere organellen. Op de onderstaande figuur is dit in schemavorm weergegeven. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 2 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 1: OPDELING VAN DE CEL IN CYTOPLASMA EN CELKERN, OPDELING IN CYTOSOL EN ORGANELLEN Bij de bacteriën, schimmels en planten zien we bovendien nog de aanwezigheid van een celwand. Een celwand is een sterkere structuur die de cel beschermt tegen fysische krachten. Deze wand speelt ook een belangrijke rol bij het tot stand laten komen van turgor (de druk van de celinhoud op de celwand). DE LICHTMICROSCOPISCHE BOUW VAN PLANT- EN DIERCELLEN PROKARYOTEN EN EUKARYOTEN Vooreerst maken we de opdeling tussen de prokaryoten en de eukaryoten. Prokaryoten hebben hun naam te danken aan het afwezig zijn van een echte kern. Tot deze structuur behoren onder andere de bacteriën. De eukaryoten hebben wel een echte kern. Tot de eukaryoten behoren onder andere de planten en de dieren. Je kan je misschien afvragen waarom er levende organismen zijn die een kern hebben, terwijl anderen er geen nodig hebben. Het is zo dat we kunnen vaststellen dat bacteriën relatief eenvoudige wezens zijn. Hierdoor volstaat het dat hun genetisch materiaal “ergens” in de cel circuleert. Eukaryoten zijn meer ontwikkeld (lees: gecompliceerder). Een kern heeft als voordelen dat er een extra bescherming voor het www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 3 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be genetisch materiaal dat hier veel omvangrijker is, dat het genetisch materiaal op een duidelijke plaats gelokaliseerd is, dat er meer controle kan plaatsvinden tegen fouten (de kernmembraan laat selectief moleculen toe),… Het is zo dat de kern eigenlijk wordt gebruikt als een bibliotheek met daarin (bijna) alle genetische informatie. Het zijn de ribosomen die deze informatie verwerken. DE PLANTENCEL In dit onderdeel geven we een schematische voorstelling van een plantencel. Let er wel op dat dit slechts een schema is om in deze beknopte cursus te passen. Hierdoor zijn enkele onderdelen die niet relevant zijn voor deze uiteenzetting weggelaten (zie bijschrift figuur ). FIGUUR 2:PLANTENCEL, LICHTMICROSCOPISCH (SCHEMA, VEREENVOUDIGD). IN DEZE FIGUUR ZIJN ONDER ANDERE GEEN ACTINEFILAMENTEN EN MICROTUBULI OPGENOMEN (BEPALEN VORM EN STRUCTUUR VAN DE CEL) De verschillende organellen/structuren die we kunnen onderscheiden zijn: 1) Golgi-apparaat 7) Peroxisoom 2) Nucleolus 8) Lysosoom 3) Nucleus 9) Plasmamembraan 4) Chloroplast 5) Ruw endoplasmatisch reticulum 10) Celwand 11) Vacuole 6) Mitochondrion www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 4 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be DE DIERENCEL Een dierlijke cel onderscheidt zich tegenover de plantencel als men kijkt naar de aanwezigheid van organellen, maar ook bijvoorbeeld de begrenzing van de cel. Hieronder wordt er weer een schematische voorstelling gegeven van een dierlijke cel en worden de verschillende waar te nemen organellen vermeld. In het volgende deel vergelijken we beide celtypes en kijken we naar de belangrijkste verschillen. FIGUUR 3: DIERLIJKE CEL, LICHTMICROSCOPISCH (SCHEMA, VEREENVOUDIGD). ACTINEFILAMENTEN, INTERMEDIAIRE FILAMENTEN EN MICROTUBULI ZIJN NIET WEERGEGEVEN. De verschillende organellen/structuren die we kunnen onderscheiden zijn: 1) plasmamembraan 2) peroxisoom 5) golgi-apparaat 6) ruw endoplasmatisch reticulum 3) lysosoom 4) mitochondrion 7) nucleolus in de nucleus 8) chromatine in de nucleus Verder zien we ook nog vrije ribosomen op dit schema (de zwarte puntjes). We vermelden nog even dat er een membraan rond de kern aanwezig is en dat deze poriën heeft waardoor bepaalde moleculen kunnen passeren en anderen niet. Hierdoor wordt het mogelijk om een gereguleerd, selectief transport te voorzien. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 5 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be DE VERSCHILLEN TUSSEN EEN PLANTENCEL EN EEN DIERENCEL Na de vorige 2 topics in beschouwing te hebben genomen kunnen we enkele belangrijke verschillen opsommen tussen de plantaardige en dierlijke cel. Om te beginnen zien we dat de plantaardige cel een celwand heeft, en dat de dierlijke cel deze niet heeft. Een plantencel heeft meestal 1 of enkele grote vacuolen, waar een dierlijke cel meerdere en (veel) kleinere vacuolen heeft. Tenslotte valt het op dat de plantencel bladgroenkorrels en chloroplasten heeft en de dierlijke cel niet. Er zijn nog veel meer verschillen, maar deze vallen buiten het bestek van deze cursus. Het is voldoende te weten wat de verschillen zijn tussen de twee gegeven types cel, en welk functioneel belang dit heeft (zie verder bij de bespreking van de functies van de verschillende organellen). www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 6 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be DE SUBMICROSCOPISCHE STRUCTUUR VAN EUKARYOTE CELLEN De structurele en functionele eenheid van elk organisme is de cel. Er zijn 2 soorten cellen: de prokaryote en de eukaryote cel. Tot de organismen met prokaryote cellen behoren enkel de bacteria en de archaea. Tot de eukaryoten behoren de protisten, fungi, dieren (mensen) en planten. Indien je vorige onderdelen bestudeerd hebt, weet je eigenlijk wat de structuur is van een eukaryote cel, want zowel de plantencel als de dierencel zijn eukaryoot. We zien in de eukaryoten een grotere ordening van organellen, en de aanwezigheid van een kern met een nucleaire envelope er omheen. In de volgende onderdelen worden de functies van de verschillende organellen uitvoerig besproken zodat je een goed beeld hebt van wat er zich allemaal afspeelt in de cel. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 7 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be DE CELORGANELLEN MET HUN EIGENSCHAPPEN Dit onderdeel is zeer belangrijk naar het toelatingsexamen toe. Er worden zeer frequent vragen gesteld om te peilen of je de functies kent van de verschillende organellen in de eukaryote cel. Daarom hebben we dit onderdeel uitgebreider gemaakt dan de rest. Bestudeer het goed en zorg dat je van elk organel weet welke functie het uitoefent in de cel, en eventueel ook wat zijn karakteristieke eigenschappen zijn. DE NUCLEUS (KERN): DE BIBLIOTHEEK VAN HET GENETISCH MATERIAAL De nucleus of kern bevat bijna al het genetisch materiaal in de cel. Het is zo dat er een aantal genen zijn die gelokaliseerd zijn in de mitochondria of chloroplasten. De kern word omgeven door een nucleaire envelope. Hiermee bedoelen we dat er een dubbele membraan met poriën rond zit. De kern scheidt zijn inhoud van het cytoplasma. Door de poriën blijft de snelle transportmogelijkheid van relatief grote moleculen mogelijk. Dit transport wordt gecontroleerd door grote eiwitcomplexen. In de nucleus vinden we het DNA terug. Dit DNA is onderverdeeld in chromosomen. Elke chromosoom is opgebouwd uit chromatine, een complex van proteïnen en DNA. Lichtmicroscopisch kunnen we chromatine eigenlijk niet zeer duidelijk onderscheiden. Het is pas wanneer een cel zich klaarmaakt om te delen en de chromatinedraden gaat oprollen dat deze structuren (nu chromosomen genaamd) duidelijk worden. In de natuur heeft elke soort heeft een eigen aantal van deze chromosomen dat constant is in alle cellen. De mens heeft 46 chromosomen (23 paar) in de nucleus van een gewone diploïde cel. Onder de niet gewone cellen verstaan we onder andere de zaaden eicellen die haploïd zijn (zie verder). Soms kunnen we in een nucleus ook een nucleolus onderscheiden. Dit is een massa in een ronde of ovale vorm die iets donkerder kleurt dan de rest van de inhoud van de nucleus. Soms is het ook mogelijk dat er meerdere nucleoli aanwezig zijn. In de nucleolus vindt een groot scala van activiteiten plaats, bijvoorbeeld het aanmaken van rRNA. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 8 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 4: VOORSTELLING VAN DE STRUCTUUR VAN DE KERN MET ZIJN NUCLEOLUS EN GEASSOCIEERD RUW ENDOPLASMATISCH RETICULUM De hoofdfunctie van de nucleus is het controleren van proteïnesynthese door het maken van mRNA. De opdrachten voor deze activiteiten liggen gecodeerd in het DNA. Vervolgens wordt het mRNA naar het cytoplasma gebracht doorheen de poriën van de nucleus. Eenmaal aangekomen in het cytoplasma gaan ribosomen het ‘bericht’ van het mRNA vertalen in een basisstructuur van een polypeptide. Je zou al moeten weten dat dit het proces van transcriptie respectievelijk translatie is. Indien dit niet het geval is dien je dit extra aandachtig te bestuderen in het desbetreffende hoofdstuk. DE RIBOSOMEN: AANMAAK VAN PROTEÏNEN Ribosomen zijn complexen die gemaakt zijn van ribosomaal RNA (rRNA) en andere eiwitten (proteïnen). Hun functie is het synthetiseren van eiwitten. We kunnen twee vormen van ribosomen aanduiden: de vrije ribosomen en de gebonden ribosomen. De vrije ribosomen vinden we los terug in het cytosol. We kunnen eigenlijk stellen dat de eiwitten die gemaakt worden op vrije ribosomen later gaan functioneren in het cytosol. De gebonden ribosomen vinden we terug aan het endoplasmatisch reticulum (ER) of aan de nucleus. De eiwitten die worden gemaakt op de ribosomen gaan later functioneren in organellen, op een membraan (van organellen of celmembraan) of worden uit de cel verwijderd (voorbeeld: eiwitsecretie). www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 9 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 5: VOORSTELLING VAN DE STRUCTUUR VAN RIBOSOMEN EN ENDOPLASMATISCH RETICULUM HET ENDOPLASMATISCH RETICULUM (ER): BIOSYNTHESE Het endoplasmatisch reticulum (reticulum = netwerk) is een uitgebreid en complex netwerk, bestaande uit tubuli en kleine vesikels (kleine “zakjes”). Het membraan van het ER is continu met dat van de nucleus. We kunnen 2 soorten ER onderscheiden: Ruw Endoplasmatisch Reticulum (RER) en het Gladde (smooth) Endoplasmatisch Reticulum (SER). Het verschil is dat het SER geen gebonden ribosomen heeft, en het RER wel. De belangrijkste functies van het glad endoplasmatisch reticulum zijn de synthese van lipiden (vetten) en het metaboliseren van suikers. De belangrijkste functie van het ruw endoplasmatisch reticulum is zoals eerder gezien het produceren van eiwitten voor secretie, of met als bestemming een membraan van de cel. HET GOLGI-APPARAAT: TRANSPORTCONTROLE De eiwitten die op het ruw endoplasmatisch reticulum worden gemaakt worden in de zogenaamde vesikels (kleine “blaasjes”, “zakjes”) getransporteerd. Deze vesikels komen van het RER bij het golgi-apparaat aan. Het is zo dat er in het RER dikwijls een primaire (inactieve) vorm van een eiwit wordt gemaakt. Dikwijls wordt deze vorm in het golgi omgezet tot een actieve vorm. Het golgi gaat ook “markers” toevoegen die bepalen waar het eiwit naartoe zal gaan. Ook dit transport gebeurd weer via vesikels. Het golgi functioneert voornamelijk als sorteercentrum en doet ook nog aan de modificatie van eiwitten. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 10 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 6: VOORSTELLING VAN DE STRUCTUUR VAN HET GOLGI-APPARAAT LYSOSOMEN: AFBRAAKCOMPARTIMENT In een lysosoom vinden we hydrolytische enzymes. In het lysosoom is er bovendien een lage pH, wat de afbraak vergemakkelijkt. Het is zo dat deze hydrolytische enzymes niet of nauwelijks actief zijn bij een neutrale pH, dus het openbarsten van een lysosoom betekent niet dat de cel zichzelf zou vernietigen (autodigestie). De hydrolytische enzymen worden gemaakt door het RER en worden dan naar het golgi gebracht. Initieel is de pH in een lysosoom niet zo laag. Het lysosoom moet als het ware ‘groeien’ door het verwijderen van basische en het inbrengen van zure componenten, of door het fuseren met reeds “volwassen” lysosomen. Het lysosoom verwerkt oude organellen van de cel (bijvoorbeeld oude mitochondriën) die via vesikels naar het lysosoom worden gebracht. VACUOLEN: OPSLAG Vacuolen vinden we niet (of toch in elk geval niet in diezelfde vorm) terug in de dierlijke cel, maar wel in de plantencel. Een cel kan één of meerdere vacuolen hebben. Enkele functies zijn: opslag van allerlei belangrijke stoffen, pigmenten, afvalstoffen en giftige stoffen zodat bepaalde dieren de plant niet zouden eten. Een andere functie is het bieden van een ondersteuning. Vacuolen voorzien dus ook in de structurele behoeften van de cel. MITOCHONDRIËN: ENERGIE In nagenoeg alle eukaryote cellen kan je mitochondriën terugvinden. Het mitochondrion is omgeven door een dubbele membraan. De buitenste membraan is mooi effen, maar de binnenste is sterk gekronkeld (functie: oppervlaktevergroting). In het mitochondrion kunnen we bijgevolg 2 compartimenten aanduiden: tussen de eerste en www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 11 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be tweede membraan zien we de intermembranaire ruimte, en binnen de tweede membraan zien we de mitochondriale matrix. FIGUUR 7: OPBOUW VAN EEN MITOCHONDRION De belangrijkste functie van dit organel is de cellulaire ademhaling. Hierdoor wordt energie uit verbindingen zoals suikers en vetten omgezet in ATP (zie verder). We duiden er ook nog even op dat het mitochondrion ook genen heeft. Daarom noemen we dit organel semi-autonoom. Het feit dat dit organel ook genen heeft, heeft een evolutionaire betekenis waar we hier niet verder op in gaan. CHLOROPLASTEN: LICHTENERGIE EN KLEUR Chloroplasten bevatten het pigment chlorofyl waardoor ze een groene kleur geven. Deze organellen vinden we terug in de bladeren van planten, of in algen. Ook de chloroplast heeft (net zoals het mitochondrion) twee membranen om zich heen. Hun belangrijkste functie is het “vangen” van lichtenergie, en dit omzetten in energie die voor de cel en het organisme bruikbaar is. PEROXISOMEN: VERBRANDING Een peroxisoom bevat enzymes die waterstof overzetten van een verbinding naar een zuurstofmolecule , en zo waterstofperoxide vormen. Deze reactie kan verschillende functies hebben, maar algemeen kunnen we twee belangrijke functies aanduiden: het breken van vetten in kleinere onderdelen zodat deze kunnen worden getransporteerd naar mitochondria en het ontgiften (ze breken bijvoorbeeld ook alcohol af). www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 12 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be BIOMOLECULEN In dit onderdeel bespreken we de basisstructuur en de betekenis van biomoleculen. De moleculen die we besprek zijn sachariden, lipiden, proteïnes en nucleïnezuren. Elke molecule bespreken we in een apart onderdeeltje zodat dit alles overzichtelijk blijft. SACHARIDEN (= SUIKERS, CARBOHYDRATEN) De meest eenvoudige van deze soort zijn de monosachariden, maar deze kunnen eveneens aan elkaar worden gemaakt tot ze disachariden of zelfs lange polymeren vormen (polysachariden). MONOSACHARIDEN De meest voorkomende monosacharide is glucose (C6H12O6). Deze groep (en in het speciaal dan ook glucose) is een van de belangrijkste voedingsstoffen voor cellen. In het proces van de cellulaire ademhaling wordt de energie uit glucose omgezet in energierijke verbindingen zoals ATP. FIGUUR 8: DE STRUCTUUR VAN DE BELANGRIJKSTE MONOSACHARIDEN. HET KAN NUTTIG ZIJN DEZE NAMEN TE MEMORISEREN. DISACHARIDEN Een disacharide bestaat uit twee monosachariden die aan elkaar zijn gemaakt door een glycosidische verbinding. Dat is een covalente verbinding die gevormd wordt in een dehydratatiereactie (bij een dehydratatiereactie wordt water afgesplitst). De meest voorkomende disacharide is sucrose (de gewone tafelsuiker). Deze bestaat uit glucose en fructose, 2 monosachariden. Tenslotte geven we nog het voorbeeld van lactose, de suiker die aanwezig is in melk en bestaat uit een verbinding van glucose en galactose. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 13 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 9: STRUCTUUR VAN SUCROSE, BETER BEKEND ALS TAFELSUIKER. POLYSACHARIDEN Polysachariden zijn zeer grote (lange) verbindingen van honderden tot duizenden monosachariden, verbonden door glycosidische verbindingen. Deze verbindingen kunnen 2 functies hebben: oftewel dienen ze als reserve en worden ze later afgebroken in kleinere deeltjes (zoals zetmeel en glycogeen voor energie in de cel), oftewel dienen ze als structuurelement (zoals cellulose) Zetmeel is een opslagvorm van glucose in planten. Al deze glucose monosachariden zijn dus door middel van glycosidische verbindingen met elkaar verbonden. Zetmeel wordt bijvoorbeeld opgeslagen in vacuolen. Glycogeen is de opslagvorm van glucose bij dieren. Bij de mens wordt de grootste hoeveelheid van het glycogeen opgeslagen in de lever. Cellulose wordt in planten als structureel element gebruikt voor bijvoorbeeld de celwand. Cellulose bestaat ook enkel uit glucose, maar de verbindingen tussen de monosachariden zijn anders gevormd. LIPIDEN Lipiden zijn dikwijls zeer grote moleculen die door hun chemische samenstelling en structuur weinig of geen affiniteit voor water vertonen. De biologisch meest belangrijke lipiden zijn de vetten, fosfolipiden en steroïden. VETTEN Vetten zijn samengesteld uit twee componenten: glycerol en vetzuren. Glycerol is een alcohol met 3 koolstofatomen. Een vetzuur heeft een lange koolstofketting met op het einde een carboxylgroep, de reden waarom we ‘vetzuur’ zeggen. De ketting bestaat uit koolstofatomen aan elkaar met waterstofatomen aan de zijkanten gebonden. Deze configuratie is hydrofoob, waardoor vetten en water niet mengen. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 14 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Tussen glycerol en de drie vetzuren komt een verbinding van het type esterverbinding. Het vet dat daaruit resulteert is een triacylglycerol (of triglyceride). Het is zo dat de zonet besproken vetzuren dezelfde kunnen zijn (dus even lang) of verschillend. De algemene structuur van een vet staat hieronder afgebeeld. Op het plaatje staat de letter R voor de restgroep, de rest van de koolstofketting met als structuur CH 3CH2- CH2- CH2- CH2- CH2- CH2- CH2- en als enige variabelen de lengte van de ketting en het al dan niet aanwezig zijn van dubbele bindingen. FIGUUR 10: DE ALGEMENE STRUCTUUR VAN EEN VET. WE KUNNEN TWEE DELEN ONDERSCHEIDEN: HET GLYCEROLGEDEELTE EN HET VETZUUR, VERBONDEN DOOR EEN ESTERVERBINDING In de vetten kunnen we verder de verzadigde en de onverzadigde vetten onderscheiden. Als er geen dubbele bindingen aanwezig zijn in de vetzuurketting noemen we het vet verzadigd. Een onverzadigd vet heeft een of meerdere dubbele verbindingen ergens in de ketting. Als gevolg van deze dubbele binding ontstaat er een hoek op die plaats. Als gevolg hiervan gaat de vetzuurstaart er niet recht uitzien maar gaat een ‘knik’ vertonen. De meeste dierlijke vetten zijn verzadigd. Deze vetten hebben op kamertemperatuur meestal een vaste vorm. De reden hiervoor ligt in de structuur van de vetzuurstaarten: deze zijn allemaal mooi recht en kunnen dus parallel langs elkaar worden geschikt. De meesten plantaardige vetten echter zijn onverzadigd: ze hebben een of meerdere dubbele bindingen ergens in de vetzuurstaart. Deze vetten zijn bij kamertemperatuur meestal vloeibaar en ook hier ligt de verklaring daarvoor in de structuur. De vetzuurstaarten zijn namelijk geknikt waardoor ze niet mooi rechtlijnig langs elkaar kunnen gaan liggen en bijgevolg een minder solide structuur vormen. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 15 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Voor de naar gezondheid gerichte studies is het belangrijk te weten dat de verzadigde vetten in verband worden gebracht met cardiovasculaire ziekten (hart & bloedvaten) zoals atherosclerose. FOSFOLIPIDEN Een fosfolipide lijkt op een vet maar in dit geval zijn er maar twee vetzuren verbonden met de glycerolmolecule in plaats van drie. Op de open gebleven plaats is er nu een fosfaatgroep. Een fosfaatgroep heeft een negatieve lading, waardoor deze kant nu wel polaire kenmerken gaat vertonen. We zeggen dat deze moleculen een ‘ambivalent’ karakter hebben: 1 kant van de molecule is hydrofoob terwijl de andere kant hydrofiel is. Deze configuratie maakt deze moleculen zeer geschikt om te functioneren in een membraan, dewelke een zogenaamde ‘lipide bilayer’ is. STEROÏDEN Steroïden zijn lipiden die gekenmerkt worden door een koolstofskelet bestaande uit vier ringen. Een belangrijk biologisch steroïd is cholesterol. Deze molecule is hieronder weergegeven. FIGUUR 11: STRUCUUR VAN CHOLESTEROL. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 16 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be PROTEÏNES INLEIDING Er zijn heel veel verschillende soorten proteïnen (=eiwitten). Ze tellen voor ongeveer 50% van de droge massa van een cel. Er zijn bijvoorbeeld proteïnen die chemische reacties sneller kunnen laten verlopen, er zijn er die dienen voor structurele ondersteuning van de cel,communicatie tussen cellen,… De belangrijkste groep van proteïnen zijn de enzymen. De functie van enzymen is het katalyseren van reacties in het lichaam en zo mee het metabolisme bepalen. Een belangrijke eigenschap hierbij is dat het enzym zelf niet verbruikt wordt. In het menselijke lichaam zijn er enorm veel soorten enzymen, met elk een zeer complexe opbouw en specifieke functie. PROTEÏNEN ZIJN POLYPEPTIDEN OPGEBOUWD UIT AMINOZUREN EN ZE HEBBEN EEN SPECIFIEKE RUIMTELIJKE OPBOUW DIE WE DE CONFORMATIE NOEMEN Proteïnen zijn in wezen allemaal polymeren die opgebouwd zijn uit afzonderlijke aminozuren. Een aminozuur is een organische molecule die zowel een carboxyl als een aminogroep bevat. Cellen gebruiken slechts 20 verschillende aminozuren om alle proteïnen mee op te bouwen, en dat zijn er werkelijk enorm veel. Aminozuren polymeriseren om proteïnen te vormen. Deze aaneenschakeling gebeurt door middel van een enzym. Deze zal een dehydratatiereactie doen, en een peptidebinding vormen tussen de twee aminozuren. Zo zal er uiteindelijk een lange keten ontstaan die in zijn functionele vorm een proteïne wordt genaamd. Aan het ene uiteinde heeft zo een proteïne een vrije aminogroep, en aan de andere kant een vrije carboxylgroep. Deze gegevens kunnen we onder andere gebruiken om de volgorde van aminozuren correct weer te geven. De opeenvolging van de verschillende aminozuren noemen we de sequentie. De 20 te onderscheiden aminozuren hebben bovendien nog een specifieke afkorting van 3 letters. Zo kan op een eenvoudige manier de sequentie worden genoteerd. Voorbeeld: TyrSer-Leu-Ser-Asn. In de bijgevoegde tabel kan u de naam en afkorting van de 20 aminozuren terugvinden. Naam Afkorting Alanine Ala Arginine Arg Asparagine Asn Asparaginezuur Asp www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 17 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be We hebben net gezien dat aminozuren aan elkaar moeten worden gekoppeld om een proteïne te vormen. Nu is het zo dat een correcte sequentie nog niet leidt tot een werkzaam proteïne. Eerst moet het proteïne nog een specifieke conformatie krijgen. Een conformatie is de specifieke 3D-structuur die het proteïne moet krijgen om zijn uiteindelijke functie te Cysteïne Cys Glutamine Gln Glutaminezuur Glu Glycine Gly Histidine His Isoleucine Ile kunnen uitoefenen. We spreken van een polypeptide als Leucine Leu het gaat over de sequentie, en van een proteïne als het Lysine Lys zijn specifieke conformatie heeft gekregen. Het Methionine Met functionele nut van een conformatie ligt in zijn Fenylalanine Phe uiteindelijke functie. Zo zal een correct opgevouwen Proline Pro proteïne kunnen binden aan bepaalde stoffen, terwijl een verkeerd gevouwen proteïne dit niet zal kunnen. Serine Ser Threonine Thr Tryptofaan Trp Tyrosine Tyr Valine Val Indien je vorige deeltjes hebt geleerd en je nog wat meer wil weten over de opbouw van proteïnen kan je volgend onderdeeltje ook nog leren. Het geeft meer gedetailleerde informatie over de verschillende structuren die een proteïne in zijn ontwikkeling zal tegenkomen. We onderscheiden 4 structuren: een primaire, secundaire, tertiaire en quaternaire structuur. De primaire structuur is de specifieke sequentie van aminozuren die het proteïne heeft. Dit geeft dus enkel de opeenvolging van de verschillende aminozuren weer. De secundaire structuur ontstaat wanneer de voorgaande structuur door het repetitief voorkomen van dezelfde structuren een bepaalde vorm gaat krijgen. Als voorbeeld kunnen we de helixvorm beschrijven. Dit is een gewonden structuur rondom 1 as. Er zijn nog andere vormen zoals een plaatvorm. Het proteïne zal dan op een geordende wijze in een aantal vlakken repetitief structuren ontwikkelen. (voorbeeld). De tertiaire structuur ontstaat door het nog verder vorm krijgen van het proteïne. Hieronder vallen bijvoorbeeld de vorming van disulfide verbindingen. Dit heeft een functioneel belangrijke waarde omdat dit dikwijls het wel of niet correct werken van het proteïne bepaalt. Zo zien we regelmatig dat een proteïne zich zó heeft gewonden dat er een kant hydrofiel is terwijl de andere hydrofoob is. De quaternaire structuur tenslotte wanneer verschillende proteïnen samenkomen om één functioneel geheel te vormen. Het meest frequente voorbeeld dat hierbij wordt gegeven is hemoglobine, een proteïne in rode bloedcellen dat zuurstof bindt. Dit proteïne bestaat uit vier zogenaamde subunits (allemaal afzonderlijke eiwitten), die samen één geheel vormen. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 18 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Een proteïne kan zijn specifieke vorm ook verliezen. Dit proces noemen we denaturatie van het proteïne en kan verschillende oorzaken hebben. Als je een spiegelei bakt zal zullen de talrijke eiwitten in het eiwit gaan denatureren als gevolg van de intense hitte van de pan. Dit leidt tot een ruimtelijke, vaste structuur die bovendien onomkeerbaar is. In fysiologische omstandigheden (omstandigheden zoals we ze in de cel vinden) vindt er ook regelmatig denaturatie plaats (bijvoorbeeld door een pH die verandert) maar dit is meestal wel omkeerbaar. Denaturatie betekent dat het eiwit niet meer zijn juiste conformatie heeft en bijgevolg dus niet meer kan functioneren. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 19 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be NUCLEÏNEZUREN We hebben net gezien hoe een proteïne is opgebouwd uit aminozuren. Maar wat bepaalt hoe de sequentie van die aminozuren moet zijn? Deze informatie ligt opgeslagen in de genetische code. Het is deze code die we nu van nader bij gaan bekijken. De informatie die de cel nodig heeft om structuren te synthetiseren ligt opgeslagen in het zogenaamde DNA. DNA is een nucleïnezuur dat opgebouwd is uit afzonderlijke nucleotiden. Nucleotiden op hun beurt zijn dan weer opgebouwd uit een aantal structuren. In dit onderdeel is er getracht een duidelijk maar kort overzicht te geven over deze structuren. Indien je niet alle termen begrijpt is dat geen probleem, deze terminologie en processen komen nog uitgebreid aan bod bij het proces ‘transcriptie’. We bespreken eerst de functie van de nucleïnezuren. Vervolgens bespreken we de structuur van de nucleïnezuren. We gaan kijken uit welke elementen ze zijn opgebouwd. Hierbij besteden we het meeste aandacht aan DNA. Het is echter wel belangrijk te beseffen dat ook RNA zeer essentieel is in de cel. Tenslotte bekijken we het plaatje in zijn geheel: de gepolymeriseerde vorm zoals hij in de cel terug te vinden is. FUNCTIE VAN NUCLEÏNEZUREN Vooreerst kunnen we twee soorten nucleïnezuren onderscheiden: DNA (desoxyribonucleïnezuur) en RNA (ribonucleïnezuur). Het zijn deze moleculen die toelaten informatie te dragen en te dupliceren. Informatie uit deze codes kan uiteindelijk worden omgezet in nagenoeg alle proteïnen die een organisme nodig heeft om te kunnen leven en groeien. Het grootste deel van het DNA vinden we terug in de nucleus (kern) van de cel. DNA beschouwen we best als de bibliotheek van de cel. Hierin ligt alle informatie gecodeerd. Deze informatie kan worden overgeschreven en zo een functionele betekenis uitoefenen. Wanneer dergelijke informatie wordt overgeschreven zal dit zijn op het zogenaamde m-RNA (messenger of boodschapper RNA). Meer hierover vind je in de onderdelen die gaan over de celdeling. STRUCTUUR EN BOUWSTENEN VAN NUCLEÏNEZUREN Een nucleïnezuur is een polymeer die bestaat uit bouwstenen. Die bouwstenen zijn de nucleotiden. Een nucleotide is opgebouwd uit een stikstofbase, een pentosesuiker (suiker bestaande uit 5 C-atomen) en tenslotte een fosfaatgroep. Een nucleotide zonder de fosfaatgroep is een nucleoside. Het is de stikstofbase die gaat bepalen welk nucleotide of nucleoside er is. Deze is dus de specifieke groep. De pentosecomponent alsook de fosfaatgroep is in elk van deze structuren identiek. De verschillende stikstofbasen zijn: cytosine, thymine, uracyl, adenine en guanine. We kunnen, afhankelijk van hun chemische structuur ook nog een onderscheid maken tussen pyrimidines en purines. De pyrimidines zijn C, T en U. De purines A en G. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 20 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 12: IN DEZE FIGUUR ZIEN WE DE VOORSTELLING VAN DE VERSCHILLENDE STIKSTOFBASEN, DIE DE VERSCHILLENDE NUCLEOTIDEN BEPALEN IN DNA. De atomen van de pentosecomponent hebben een nummer meegekregen. Op onderstaande figuur wordt deze nummering weergegeven. Deze nummering is belangrijk als we kijken naar de opbouw van DNA. Het is zo dat het ene 5’ einde met het 3’ einde van het volgende nucleotide bindt. Uiteindelijk heeft de DNA-streng dan aan de ene kant een 3’-eind en aan de andere kant een 5’-eind. FIGUUR 13: VOORSTELLING VAN HET DEOXYRIBOSE EN RIBOSE. DIT IS DE PENTOSECOMPONENT VAN DE NUCLEOTIDEN. OOK DE NUMMERING IS ZICHTBAAR. Als we spreken over het volledige nucleïnezuur dan zijn de namen die we gebruiken een beetje anders. Zo spreken we dan van cytidine in plaats van cytosine (zie onderstaande figuur). Een volledige tabel van de verschillende namen is hieronder weergegeven. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 21 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 14: STRUCTUUR CYTIDINE Afkorting Stikstofbase Nucleosidenaam Naam in DNA A Adenine Adenosine Adenosinemonofosfaat T Thymine Thymidine Thymidinemonofosfaat G C Guanine Cytosine Guanosine Cytidine Guanosinemonofosfaat Cytidinemonofosfaat Hun voorkomen verschilt afhankelijk of men met DNA of RNA te maken heeft. In onderstaande tabel wordt dit weergegeven. Structuur Gebruikte nucleotiden DNA Cytosine, Thymine, Adenine, Guanine RNA Cytosine, Uracyl, Adenine, Guanine POLYMERISATIE VAN NUCLEÏNEZUREN: DNA Zoals eerder vermeld zijn DNA en RNA polymeren. Hier bespreken we kort de opbouw van DNA. Zoals u waarschijnlijk wel weet is DNA opgebouwd in een structuur die we een helix noemen. 2 strengen van aan elkaar gekoppelde nucleotiden winden rond elkaar. Zoals je uit het bovenstaande reeds hebt kunnen zien, is er aan een DNA-streng een 3’-einde en een 5’-einde. Het 3’-einde heeft een hydroxylgroep op zich, en het 5’-einde een koolstof. In de DNA structuur zien we aan het uiteinde dat er één streng is met een 3’eind en een andere streng met een 5’-eind. De twee strengen zijn wel complementair aan www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 22 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be elkaar. Het is namelijk zo dat bepaalde nucleotiden met elkaar gaan binden. De bindende paren zijn A-T en C-G in DNA, en A-U en C-G in RNA. FIGUUR 15: WEERGAVE VAN DE VERBINDINGEN DIE WORDEN GEVORMD TUSSEN COMPLEMENTAIRE BASENPAREN. HET IS BELANGRIJK GOED TE MEMORISEREN WELKE BASEN AAN ELKAAR COMPLEMENTAIR ZIJN EN ALDUS PAREN GAAN VORMEN. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 23 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Uiteindelijk leidt dit tot de volgende structuur: FIGUUR 16: STRUCTUUR VAN DNA. MERK OP DAT EEN STRENG EEN 3’ EINDE HEEFT AAN DE ENE KANT, WAAR DE COMPLEMENTAIRE STRENG DAT HEEFT AAN DE 3’-KANT. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 24 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be HET WAT EN HOE VAN ENERGIE IN DE CEL In dit deel gaan we kijken hoe de cel aan zijn energie komt. Concreet gaan we kijken hoe de glycolyse ineen zit . We zullen dus leren hoe suikers worden afgebroken (glycolyse) en hoe de energie van deze molecule vervolgens wordt omgezet in de hoogenergetische molecule ATP of adenosinetrifosfaat. DE OMZETTING VAN GLUCOLSE NAAR ATP VIA HET PROCES GLYCOLYSE Glucose is de universele energiebron voor menselijke cellen. De cellen in het lichaam zijn immers in staat om de energie uit deze molecule om te zetten in ATP (adenosinetrifosfaat) via het proces glycolyse. Dit is een zeer ingewikkeld proces. Hier wordt het schematisch en aldus onvolledig voorgesteld. Glycolyse kan altijd plaatsvinden als er glucose is en de cel behoefte heeft aan energie. Er is geen zuurstof nodig voor dit proces, maar de afwezigheid van zuurstof beperkt wel enorm de energetische opbrengst van de reactie, en zorgt er ook voor dat de cel dit niet kan volhouden. De glycolyse vind plaats in het cytosol van de cel. Glucose wordt afgebroken tot twee moleculen pyruvaat. Er worden tegelijkertijd ook nog twee moleculen NADH gevormd en twee moleculen ATP. De reactievergelijking is aldus: Glucose + 2 NAD+ + 2Pi + 2 ADP 2 Pyruvaat + 2 NADH + 4 H+ + 2 ATP + 2 H2O Glucose ken je reeds, NAD+ is een molecule die eigenlijk ook een deel van de energie van glucose zal krijgen, en NADH vormt (de energie wordt dus opgeslagen in de vorm van elektronen). Deze energie wordt later in de mitochondriën omgezet via de elektronentransportketen indien er zuurstof beschikbaar is. Vervolgens zien de 2 anorganische (inorganic) fosfaatmoleculen en 2 moleculen ADP (adenosinedifosfaat) die samen ATP gaan vormen. Er worden ook twee moleculen water gevormd maar dit is nu niet belangrijk. Het is hier vooral belangrijk te beseffen dat glucose wordt afgebroken in het cytosol van de cel. Het moet ook duidelijk zijn dat de glycolyse zowel aeroob (er is zuurstof aanwezig) als anaeroob (er is geen zuurstof) kan plaatsvinden, en dat de situatie waarin er zuurstof is de meest gunstige is. Onderstaand schema geeft dit proces kort weer. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be Hoofdstuk 1: De Cel - Pagina 25 van 25 www.toelatingsexamen-geneeskunde.be FIGUUR 17: HET PROCES GLYCOLYSE. MERK OP DAT DE GLYCOLYSE ENKEL HET PROCES IS BIJ DE OMZETTING VAN GLUCOSE NAAR PYRUVAAT (REACTIE VIND PLAATS IN HET CYTOSOL). HET SCHEMA GEEFT VERDER NOG WEER WAT ER MET PYRUVAAT ZAL GEBEUREN IN DE SITUATIE WAARIN ER RESPECTIEVELIJK WEL OF GEEN ZUURSTOF IN DE CEL BESCHIKBAAR IS. www.toelatingsexamen-geneeskunde.be