Moleculaire Diagnostiek - Oncologie in perspectief
advertisement
Moleculaire Diagnostiek Afdeling pathologie Major Breakthroughs in Cancer Treatment Precision Medicine/Behandeling op maat Moleculaire diagnostiek @ NKI-AVL 1. Aanvraag in LMS door patholoog 2. Coupes uit FFPE materaal door histologie/cytologie gesneden 3. DNA of RNA-isolatie (TC% en gebied) 4. DNA concentratie bepalen Moleculaire diagnostiek @ NKI-AVL 5. Moleculair bepaling uitvoeren door analist Techniques Targets Uitslag termijn (werkdagen) Sanger sequencing KRAS, NRAS, EGFR, PIK3CA, BRAF, KIT, PDGFRA, TP53, PTEN 3-10 Fragment analysis RT-PCR qPCR MSI, ERBB2, EGFR 5-10 EWS, FUS, SSX1, SSX2, etc 3-10 MDM2 3-5 FISH Translocations ALK, BCL2, BCL6, MYC, EWS, FUS, ROS, RET FISH Amplifications HRM aCGH MLPA HER2, MDM2, MYC, MET 3-5 3-5 BRAF, KRAS, EGFR 3-5 genome-wide 5-10 Promotor Methylation 5-7 AVL-panel Hotspots mutations in 8 genes 3-5 NGS TSACP Hotspots mutations in 48 genes 6-10 Moleculaire diagnostiek @ NKI-AVL 6. Moleculaire uitslag gecontroleerd door moleculair geneticus en terug gerapporteerd naar Patholoog Melanoom casus - NGS TSACP • Patholoog vraagt Melanoom NGS TSACP aan • DNA is geisoleerd uit FFPE materiaal • TruSeq Amplicon Cancer Panel (TSACP) • 212 amplicons covering hotspots in 48 genen DAG 1 DAG 2 DAG 3 DAG 4 DAG 5 DAG 6 Melanoom casus - TSACP: procedure • DNA concentratie bepalen m.b.v. Quantus Afvalmoment: concentratie <10 ng/uL • Eerste deel library preparation - 8, 16 of 24 samples DAG 1 DAG 2 DAG 3 DAG 4 DAG 5 DAG 6 Melanoom casus - TSACP: procedure • Tweede deel library preparation • DNA concentratie bepalen m.b.v. de Bioanalyzer • Normalisatie pool (10nM) • Sample op de MiSeq DAG 1 DAG 2 DAG 3 DAG 4 DAG 5 DAG 6 Melanoom casus - TSACP: procedure • • • MiSeq run 26 uur na start afgerond Resultaten MiSeq gaan in de analyse-pipeline 15-20 miljoen clusters DAG 1 DAG 2 DAG 3 DAG 4 DAG 5 DAG 6 Melanoom casus - TSACP: procedure • Data analyse m.b.v. Cartagenia BENCH Afvalmoment: >>200 inputvarianten • Uitslagbrief Moleculaire Diagnostiek - Mutaties + genamplificaties DAG 1 DAG 2 DAG 3 DAG 4 DAG 5 DAG 6 Melanoon Casus – NGS TSACP • BRAF mutatie aangetoond!!! 40-60% van melanomen Fout in DNA: T wordt A Fout in eiwit: Val600Glu (90% !!!) • Behandeling op maat: Vemurafenib (Zelboraf) Erfelijke mutatiedetectie m.b.v. NGS • BRAF en CDKN2A zitten in het pakket NGS TSACP en zijn beschikbaar voor analyse bij Polikliniek Familiaire Tumoren DNA. • 5% tot 10% van alle melanomen is erfelijk • FAMMM: Famelial Atypical Mutiple Mole Melanoma. Voornaamste oorzaak is mutatie in CDKN2A (autosomaal dominant overerfelijk)
