De snelheid waarmee het eiwit TFAM en veranderde

De snelheid waarmee het eiwit TFAM en veranderde TFAM
van DNA afkomen
In cellen zijn mitochondriën aanwezig. In deze mitochondriën is DNA aanwezig, mtDNA.
De lengte van DNA is echter langer dan de lengte van mitochondriën. Om DNA toch in
de mitochondriën te laten passen, wordt het DNA compacter gemaakt door verschillende
eiwitten. Een van deze eiwitten is TFAM. Dit eiwit heeft ook nog andere functies, bijvoorbeeld
het repliceren van het mtDNA.
De verschillende functies van eiwitten worden reguleert door de structuur van eiwitten
te veranderen. Door een structuur verandering kan het zijn dat de eigenschappen van het
eiwit verandert, zodat het bepaalde functies wel of niet kan uitvoeren. Een van de veranderde
TFAM eiwitten heet SSDD-TFAM. Er is al eerder onderzoek gedaan naar de verschillen tussen
deze twee eiwitten. Uit biomedisch en biofysisch onderzoek is gebleken dat er een verschil in
bindingsconstante is. De reden voor dit verschil in binding is echter nog niet bekend.
De bindingsconstante wordt bepaald door twee processen: het op het DNA gaan en het
van het DNA afgaan. De verhouding van de snelheden van deze processen bepaald de grote
van de bindingsconstante. In mijn bachelorproject heb ik onderzoek gedaan naar de snelheid
waarmee het eiwit van het mtDNA af gaat, om te onderzoeken of dit proces de verandering
in de bindingsconstante veroorzaakt.
Dit heb ik gedaan door een DNAmolecuul volledig te coaten met eiwitten. Deze eiwitten zijn gelabeld met kleine
deeltjes die licht uitstralen. Dit betekend
dus dat het eiwitten zichtbaar is. Van het
licht dat deze gelabelde eiwitten uitstralen,
wordt de intensiteit gemeten. Dit heb ik
gedaan tot dat er geen licht meer van het
DNA afkwam. Vervolgens is in een grafiek
de intensiteit uitgezet tegen de tijd, zie
figuur. Hierin is een exponentieel verval
zichtbaar. Door een exponentiële functie
te fitten, wordt de vervaltijd bepaald.
Voor beide eiwitten heb ik deze vervaltijd bepaald. De vervaltijden die ik vond zijn voor
TFAM en SSDD-TFAM hetzelfde. Dit betekend dat de snelheid waarmee deze eiwitten van
het mtDNA afgaan hetzelfde is. Ik kan hieruit concluderen dat het verschil in de bindingsconstante tussen het mtDNA en het eiwit niet gegeven wordt door het proces van het loskomen
van het DNA. Dus het verschil wordt veroorzaakt door het proces van op het DNA gaan van
de eiwitten. Deze kennis kunnen we mogelijk gebruiken om de processen waarin TFAM van
belang is te reguleren.
1