Practicum 1 - rshbiologie

Christian Bijvoets, klas 11a
Periode Biologie – DNAlabs
Docent: Bart J. van Zweeden
Datum: 6 januari / 24 januari
Practicum 1
Over rode uien
Handelingen:
Ik zat in een “team” met Jente, en we begonnen met de ui. We merkten dat
we eigenlijk te groot en niet nauwkeurig genoeg bezig waren, dus besloten we
om het kleiner aan te pakken. We sneden éérst een vierkantje uit de uienrok,
en haalden daar het vliesje vanaf. Dat konden we goed bekijken. Zie voor een
tekening de volgende pagina. Vervolgens legden we op de voorgeschreven
manier een druppel zout water naast het dekglaasje, en zogen het water
vanaf de andere kant met behulp van een groen papieren doekje onder het
dekglaasje door.
Waarnemingen:
Nadat we het zout hadden toegevoegd wachtten we een paar minuten, maar
er gebeurde niets. We deden nog wat extra zout water bij het preparaat,
maar na weer een paar minuten gebeurde er nog steeds niets. We besloten
het opnieuw te proberen, maar weer hetzelfde resultaat. Gelukkig stond er
een filmpje op Youtube, zodat ik het proces van de plasmolyse tóch kan
beschrijven. Wat er eigenlijk gebeurt is dat het water in de cellen minder
zout is dan het water wat we er kunstmatig omheen brachten. Het zout kan
niet door de celmembranen heen, maar het water wel. En nu is het zo dat de
natuur het evenwicht probeert te herstellen, om het overal even zout te
krijgen. Het gevolg is dat het water de cellen uit stroomt, zodat de inhoud
van de cellen kleiner wordt, en het zoutgehalte weer overeenkomt met het
zoutgehalte van het water buiten de cellen. Maar de cellen krimpen dus, en
de celmembranen komen dus los van de celwanden. Ook hiervan is op de
volgende pagina een tekening te vinden.
Als we vervolgens weer gewoon water zouden toevoegen aan het preparaat op
dezelfde manier als eerder met het zoute water, dan zullen de cellen weer
“zwellen”. Dat is ook logisch, want ervan uitgaande dat de zoutconcentratie
overal zo veel mogelijk gelijk wil zijn, kun je bedenken dat de
zoutconcentratie ín de cel nu weer te hoog is, met als gevolg dat er extra
water instroomt, met als gevolg dat de cellen weer groter worden. Dit
gebeurde nogmaals niet echt bij ons in de klas, waarschijnlijk omdat het
water toch niet zout genoeg was, of omdat we nóg langer hadden moeten
wachten.
Ik had tijdens de biologielessen al wel eens dit soort zaken gezien, maar nog
niet zo goed zelf geprobeerd. Bovendien vond ik het erg leuk om te zien dat je
naast de celwanden ook heel af en toe de intercellulaire ruimten kon zien. En
de celkernen natuurlijk, ook die waren vaak goed te zien. Zie hiervoor ook de
tekeningen op de volgende bladzijde.
Practicum 2
Over tulpen
Handelingen:
We sneden eerst zelf wat coupes. We hadden hem eerst weer véél te dik
gemaakt, en moesten ons dus weer dwingen om een stuk nauwkeuriger te
werken. We sneden weer een coupe, en deze was redelijk dun. We konden
hem mooi bekijken. Later kwamen we een bakje tegen met methyleen, een
blauwe kleurstof, waardoor de contrasten van de coupe beter zichtbaar
werden na toevoeging door middel van intrekking van deze stof aan het
preparaat. Wel was het zo dat we niet het hele preparaat in één keer konden
bekijken, we zagen een stuk van de rand, ongeveer een kwart van de coupe,
schat ik.
Waarnemingen:
Zie voor een tekening de volgende bladzijde. We zagen dat de steel uit
allemaal ronde cellen was opgebouwd, variërend in grootte. Hier en daar, in
aantal toenemend naarmate men meer naar de rand van de stengel keek,
waren donkerder plekken te zien, waarin de cellen gemiddeld wat kleiner
werden, met een bepaalde structuur van grote en kleine cellen. Zie hiervoor
de tekening. We vroegen David, de TOA, wat dit waren, en hij vertelde dat dit
de transportvaten waren. Aan de rand van de coupe werden de cellen ook
sowieso wat kleiner, niet alleen bij die vaten. En helemaal aan de rand was
nog een soort lijn te zien, vermoedelijk van heel kleine cellen, maar die
konden we niet onderscheiden.
Omdat er in de opdracht ook een plaatje van een éénzaadlobbige plant te
zien was, konden we onze coupe met deze doorsnede vergelijken, en ik
vermoed dat ook een tulp een éénzaadlobbige plant is. Een vlugge search op
het internet leerde mij dat bij een éénzaadlobbige plant de vaatbundels
verspreid door de stengel zaten, en bij tweezaadlobbige planten zouden ze in
een ring zitten. Dat klopte wel, de vatenbundels leken best wel verspreid.
Bart vertelde ons ook dat er inderdaad verschillende cellen in zo’n coupe te
onderscheiden waren, zoals de opperhuid (epidermis) helemaal aan de
buitenkant (die lijn die ik al had waargenomen). Maar ook de zeefvaten en
houtvaten zouden moeten kunnen worden
waargenomen, deze zou je terug moeten
kunnen vinden in de vatenbundels. Ik kon
deze vaten nauwelijks onderscheiden, maar de
vorm van de gehele vatenbundel klopt wel met
wat ik vindt op het internet over deze
verschillende vaten, die in zo’n vatenbundel
zitten. Hiernaast een aardig plaatje om een
beeld te geven van die vatensoorten. Merk op
dat de vorm van het geheel, van de hele
vatenbundel in de tekening, inderdaad wel
wat overeenkwam met de vorm op het plaatje.
Practicum 3
Over fruitvliegen
Handelingen deel 1:
We kregen een binoculair, wat in feite een heel lux vergrootglas is. Hieronder
legden we eerst wat preparaten van fruitvliegen (met de officiële Latijnse
naam: drosophila melanogaster) en we gingen kijken of we verschillen of
andere opmerkelijkheden konden zien.
Waarnemingen deel 1:
We konden inderdaad heel goed de verschillen zien in oogkleur, vleugelvorm
en geslacht. De mannetjes waren namelijk opmerkelijk kleiner dan de
vrouwtjes. Ik vond het heel mooi dat er bij een paar preparaten de kop van
de vliegjes gedraaid was, zodat je het lijf vanaf de zijkant kon bekijken, en de
kop mooi van voren. Ook vond ik het opmerkelijk om waar te nemen dat
fruitvliegjes ook nog behaard zijn. Dat verwacht je niet van zo’n minibeestje.
Ook zaten er beestjes bij met een bruinig achterlijfje, maar ook waren er
exemplaren die het met een zwarte achterkant moesten doen. Bij gebrek aan
een smartphone om foto’s te maken heb ik maar een fotootje van het internet
geplukt, waarop een roodogig en een witogig beestje zijn te zien.
Handelingen deel 2:
Nu gingen we iets nog leukers doen. Bart had een buisje met een volkje
fruitvliegen bij zich, en hij had onder in het buisje een voedingsbodem, waar
meteen ook de eitjes in werden gelegd. We namen allemaal een brokje
voedingsbodem, wat we vervolgens uit elkaar lieten vallen in water in een
petrischaaltje. En we namen ons trouwe binoculairtje weer, waar we dit
schaaltje onder zetten.
Waarnemingen deel 2:
De resultaten waren verbluffend. Je kon een paar larven al met het blote oog
zien als héél kleine wormpjes, maar onder deze superloep konden we de hele
structuur van het beestje zien, en ook zijn machtige kaken. Ik heb het geluk
gehad dat een paar klasgenoten foto’s wilden maken voor me, dus die heb ik
op de volgende pagina bijgevoegd.
3e instar larva boven, pupa onder.
Genomen met een smartphone
door een binoculair (vandaar de
zwarte hoekjes).
Een van internet geplukt plaatje
waar je in de rode cirkel de kaken
van het larfje kunt zien.
Drosophila Melanogaster met
donker achterlichaam, gewone
vleugeltjes en rode ogen.
Zie je die enorme kaken? En hier en daar kwamen we ook kleinere beestjes
tegen, die simpelweg een kleinere versie van hun grotere soortgenoot waren.
Bovendien zaten er een soort zombielarven tussen, die zich in het achterlijf
van een dode fruitvlieg hadden genesteld! Er zaten ook poppen bij, die niet
bewogen, maar alleen maar stil lagen te liggen, in de hoop ooit een grote,
sterke fruitvlieg te worden. We hebben dus de 1e instar larva, de 2e instar
larva, de 3e instar larva en de pupa gezien. De embryo’s en de prepupa’s
bleven echter voor ons versscholen. Vooral de 3e instar larva vond ik echt
indrukwekkend, en ik heb ook nog geprobeerd deze beestjes te tekenen, wat
erg lastig was.
Tekening van de larven.
Levenscyclus van de
Drosophila Melanogaster.
Vragenlijst module cellen
1. Noem drie verschillen tussen plantencellen en dierlijke cellen.
- Plantencellen hebben een vacuole (vochtkamer), en dierlijke cellen
niet.
- Plantencellen bevatten plastiden (belangrijke stoffen maken en
opslaan), en dierlijke cellen niet.
- Plantencellen hebben een celwand én een celmembraan, dierlijke
cellen alleen een celmembraan.
2. Door welke celstructuur ontleent een plantencel zijn stevigheid?
Door de celwand en de vacuole.
3. Plantencellen bezitten chloroplasten. Wat is hun functie?
Ze spelen een belangrijke rol in de fotosynthese van een plant, ze
vangen het zonlicht namelijk op.
4. Zowel plantencellen als dierlijke cellen bezitten een duidelijk kern met een
eigen kernmembraan. Bestaan er celtypen die een dergelijke duidelijk te
onderscheiden kern niet hebben?
Dat zijn de procaryoten zoals bacteriën en oerbacteriën.
5. Leg in je eigen woorden uit wat chromosomen zijn.
Chromosomen zijn DNA-slierten die dusdanig samengedraaid zijn dat
ze een grote kluwen vormen, in een soort dikke worstvorm.
6. Leg in je eigen woorden uit wat de functies zijn van de kern van de cel.
In die kern bevinden zich die chromosomen, die dus alle informatie
bevatten in de vorm van DNA.
7. In het practicum heb je het verschijnsel plasmolyse gezien. Leg in enkele
zinnen uit wat er in dat proces gebeurt.
Ik heb die al eens beschreven in het practicum waarbij we die proef
gingen doen, dus hier een citaatje:
“Wat er eigenlijk gebeurt is dat het water in de cellen minder zout is dan
het water wat we er kunstmatig omheen brachten. Het zout kan niet
door de celmembranen heen, maar het water wel. En nu is het zo dat de
natuur het evenwicht probeert te herstellen, om het overal even zout te
krijgen. Het gevolg is dat het water de cellen uit stroomt, zodat de
inhoud van de cellen kleiner wordt, en het zoutgehalte weer
overeenkomt met het zoutgehalte van het water buiten de cellen. Maar
de cellen krimpen dus, en de celmembranen komen dus los van de
celwanden.”
8. Bij de celdeling vindt eerst een deling van de kern plaats. Is dat juist of
onjuist? Hoe eventueel anders?
Dat is juist. De kernmembranen verdwijnen tijdelijk, zodat de
gedupliceerde chromosomen eruit kunnen, en daarna ontstaan er om
de twee chromosomengroepjes weer kernmembranen.
9. Bij de mitose ontstaan altijd twee dochtercellen. Deze zijn volledig
identiek. Is dat juist of onjuist? Licht je antwoord kort toe.
Dit is juist. De éne cel krijgt gewoon de chromosomen die in de
moedercel zaten, de andere cel krijgt de exacte kopie daarvan.
10. De meiose-II is vergelijkbaar met de mitose. Verklaar dit.
Bij meiose-I worden de chromosomenparen verdubbelt en in paren
weggetrokken. Bij de mitose en bij de meiose worden er chromosomen
als individu weggetrokken.
11. In het DNA van de cellen kunnen tijdens het leven van de cel
veranderingen optreden als gevolg van straling of chemische stoffen. Hoe
noemen we zo'n verandering?
Een mutatie van het DNA.
12. Een zygote ontstaat als een eicel wordt bevrucht wordt door een zaadcel.
Leg kort uit waarom dit proces van zygote-vorming niet leidt tot een
verdubbeling van erfelijk materiaal.
Omdat zowel de zaadcel als de eicel beide zijn ontstaan uit meiose-II,
waarvan we net geleerd hebben dat er enkele chromosomen in een cel
terecht komen. Het is wel zo dat er bij de meiose-II minder de helft van
de chromosomen zijn als bij de mitose, maar de manier van delen is
wel hetzelfde. Kortom: de zaadcellen vormen samen een zygote die als
een normale diploïde cel door het leven gaat.
13. Het menselijk DNA bestaat voor 98% uit coderende regio's. Is dit juist of
onjuist?
Dit is juist.
14. Mendel heeft vier wetten gevormd;
- De uniformiteitswet: als je twee raszuivere individuen (die maar in één
kenmerk verschillen) met elkaar kruist, dan zijn de F1-nakomelingen
onderling identiek.
- De dominantiewet: Alle individuen uit de eerste generatie vertonen
hetzelfde kenmerk als het kenmerk van één van beide ouders (P-generatie).
- De splitsingswet: bij onderlinge kruising van individuen uit de eerste
uniforme generatie krijg je nakomelingen met verschillende genotypen.
Daarbij komen de kenmerken in een vaste getalsverhouding tot uiting: 3:1
bij dominant-recessieve overerving en 1:2:1 bij partiële (of co-) dominantie.
- De onafhankelijkheidswet of reciprociteitswet: de verschillende kenmerken
worden onafhankelijk van elkaar overgeërfd (indien ze op verschillende
chromosomen liggen).
(Bron: Wikipedia).
Geef van al deze wetten een treffend voorbeeld.
1. AA x aa geeft voor elke nakomeling Aa.
2. Aa x AA geeft voor twee nakomelingen Aa, en voor twee
nakomelingen AA. Qua genotype zijn ze ongelijk, maar qua fenotype
zijn ze hetzelfde.
3. Aa x Aa geeft AA, Aa, aA en aa. 3:1 qua fenotype dus. Met codominantie bedoelen ze dat Aa een tussenvorm van AA en aa geeft.
Dan heb je dus 1:2:1.
4. Mendel bedoelt hiermee dat de verschillende eigenschappen
(bijvoorbeeld gerimpelde erwten of gladde erwten) niet met andere
eigenschappen te maken hebben (bijvoorbeeld groene of gele kleur).
Deze twee eigenschappen zijn onafhankelijk van elkaar. Maar als ze
fysiek heel dicht bij elkaar op een chromosoom liggen, dan is de kans
dat je bijvoorbeeld groene erwten hebt, en dat groene erwten dan ook
sowieso glad zijn.
15. Wat denk je? Als Mendel geweten had dat DNA bestond en al zijn
'factoren' in het DNA van de erwt terug te vinden zouden zijn, zouden zijn
wetten dan anders zijn geweest?
Ik vind deze vraag erg lastig, maar ik vermoed dat de wetten dan nog
steeds hetzelfde zouden zijn. We gebruiken deze wetten immers nog
steeds, en nu weten we wel dat DNA bestaat.
Vragenlijst module genclassic
1. Mendel kruiste ooit twee erwtenplanten met elkaar: De ene had gele (g)
zaden, de andere groene (G) zaden. Hoe ziet de F1-generatie eruit? Beschrijf
dit kort.
Ik ga ervan uit dat de beide “ouders” (P) homozygoot waren voor deze
eigenschappen. De kinderen (F1) zullen allemaal het genotype Gg
hebben, en zullen dus allemaal groen zijn, omdat groen hier dominant
is en geel recessief.
2. Een plant die homozygoot is voor zowel het kenmerk gele zaden als
gerimpelde zaden, wordt genetisch voorgesteld door:
A. ggrr
B. GgRr
C. Ggrr
D. ggRr
3. Wat is het verschil tussen de begrippen fenotype en genotype?
Het genotype is hoe een eigenschap genetische is bepaald (we geven
dat vaak aan met hoofdletters en kleine letter, zie vraag 2). Het
fenotype is hoe een eigenschap tot uiting komt, dus bijvoorbeeld welke
kleur en structuur een erwt heeft. Aan het genotype kun je het
fenotype aflezen, maar andersom niet.
4. Wat is er een oorzaak van dat een plant (of dier) genotypisch een kenmerk
kan 'dragen' maar dit uiterlijk niet vertoond?
Die eigenschap is dan recessief, en zal worden verdrukt door een
dominante eigenschap. Bijvoorbeeld een erwt die groen is, maar wel
het genotype Gg heeft, waarin G voor groen staat en g voor geel. Geel is
hier recessief (kleine letter), maar kan deze eigenschap wel doorgeven
aan zijn kinderen.
5. Verklaar de termen diploïd en haploïd.
In een diploïde cel komen de chromosomen allemaal twee keer voor. In
een haploïde cel komen ze allemaal slecht één keer voor.
Geslachtscellen zijn haploïd.
6. Bij tomaten (en trouwens veel andere planten) komt tetraploïdie voor. Wat
zou daarvan het effect kunnen zijn?
Misschien is dit gunstig, omdat er dan minder kans is op homozygoot
recessieve nakomelingen? Ik kan me voorstellen dat een
tomatenkweker rode tomaten wil en geen gele (misschien bestaat dat
ook wel), en ook wil een kweker geen gerimpelde schil. Ik noem nu
maar een paar eigenschappen die waarschijnlijk niet erg realistisch
zijn, maar als je in plaats van Aa bij een tetraploïde cel Aaaa kan
hebben, lijkt me dat gunstig, omdat je weinig kans hebt op aaaa, wat
misschien ongunstig zou kunnen zijn.
7. Leg in je eigen woorden uit wat er (globaal) gebeurd bij de 'crossing-over'.
Als de chromosomenparen tijdens de meiose-I in paren in het
middenvlak van een cel liggen (dus dan heb je 4 chromosomen naast
elkaar), dan kunnen er delen van een chromosoom uitgewisseld
worden. Dan krijg je dus ander erfelijk materiaal, en zal je andere
genen in een cel krijgen, waardoor die een ander genotype en dus ook
mogelijk een ander fenotype zal hebben.
8. Noem drie verschillen tussen een bacterie en een lichaamscel (bijvoorbeeld
een levercel).
-Lichaamscellen zijn dierlijke cellen en hebben een celkern, bacteriën
niet.
-Bacteriën hebben soms een soort staart om zich voort te bewegen,
dierlijke cellen niet. Zaadcellen weer wel.
-Lichaamscellen hebben endoplasmatisch reticulum, bacteriën niet.
9. Zie onderstaand kruisingsschema waarin G en r niet gekoppelde
autosomale kenmerken zijn. Neem het schema over en vul het in zodat
duidelijk wordt wat de genotypen van de F1 en F2 zijn.
P
Gameten
F1
Gameten
F2
GGrr
G en r
GgRr
G, g, R, r
X ggRR
g en R
X GgRr
G, g, R, r
GGRR, GGRr, GGrr, GgRR, GgRr, Ggrr, ggRR, ggRr en ggrr.
Zie volgende pagina voor uitleg.
Zie volgende pagina voor uitleg.
Het Punnet-vierkant voor de ene eigenschap:
↓ → G
g
Gg
g
Gg
G
Gg
Gg
Het Punnet-vierkant voor de andere eigenschap:
↓ → R
r
Rr
r
Rr
R
Rr
Rr
Alle nakomelingen zullen dus GgRr hebben als genotype.
Hieronder een Punnet-vierkant, waarin in één keer alle resultaten zijn
samengevoegd voor de beide eigenschappen in de F2 (dit zou je ook eerst met
twee losse Punnet-vierkanten kunnen doen zoals ik hierboven deed).
↓
GR
Gr
gR
gr
→
GR
GGRR
GGRr
GgRR
GgRr
Gr
GGRr
GGrr
GgRr
Ggrr
gR
GgRR
GgRr
ggRR
ggRr
gr
GgRr
Ggrr
ggRr
ggrr
Er zijn dus 8 verschillende genotypen te ontdekken: GGRR, GGRr, GGrr,
GgRR, GgRr, Ggrr, ggRR, ggRr en ggrr.
Practicum 4
Over bacteriën
Handelingen:
We begonnen dit practicum in een frisse stijl. Dat wil zeggen: we gingen naar
buiten om aarde te verzamelen. We werkten in groepjes van 2, en we
verzamelden per groepje ook weer 2 buisjes met aarde. Wij haalden onze
aarde van twee verschillende plekken. Één monster haalden we uit een
molshoop, en de ander haalden we van een kaal stuk aarde tussen het gras.
Toen we weer binnen waren voegden we aan onze halfgevulde buisjes nog
wat water toe, en dit geheel schudden we (met de dop erop natuurlijk) eens
flink door elkaar. Er ontstonden na bezinking drie lagen in de buisjes. Op de
bodem lag het zand, daarboven was een soort van waas van lichter zand, en
bovenaan was alleen maar bruin water te zien.
Bart gaf ons twee gedestilleerde petrischaaltjes met een agar-bodem. Dit is
een speciale gelachtige bodem waar glucose in zit als koolstofbron, Marmite
voor nog wat extra suiker en natuurlijk agar (wierachtige plant), in
poedervorm. Dit is met z’n allen dus een gelachtige substantie geworden, en
die is gestold op de bodem van de petrischaaltjes. Wij kregen bovendien nog
een derde petrischaaltje, waar Bart ook een agar-bodem in had gedaan,
maar waar Chinese antibiotica in zat verwerkt. De vraag was of daar
bacteriën op zouden kunnen groeien.
We zetten één van de twee buisjes met aarde erin in een heet-waterbad, waar
water van een graad of 80 in zat. Het andere buisje lieten we nog even staan.
Nadat echt alles was bezonken namen we een met sterke alcohol
gedestilleerd roerstaafje, dat dienst deed als entnaald. Men gebruikt normaal
entnaalden die supersteriel worden gemaakt door ze te laten gloeien in vuur,
maar we hadden er daar niet genoeg van. Daarom gebruikten we die
roerstaafjes. We dompelden het roerstaafje in de oplossing in het aardebuisje, en we streken de ene druppel die eraan bleef hangen volledig uit over
het agar-bodempje. Meteen nadat we dat hadden gedaan sloten we het
(luchtdoorlatende, maar toch steriele) dekseltje van het schaaltje weer af,
zodat er geen loslopende bacteriën in zouden kunnen komen. We hoopten
dat er omdat we maar één druppel uitstreken, plaatsen in het schaaltje
zouden ontstaan waar maar een paar bacteriën te vinden zouden zijn, zodat
er later een kolonietje zou kunnen ontstaan uit één bacterie, en geen
mengsel van meerdere soorten bacteriën. Ook zetten we hier en daar een
vinger in de bodem, om te kijken wat voor bacteriën er op een vingertop
zouden leven.
We deden hetzelfde met de antibioticabodem, en na zo’n 30 minuten
wachten deden we weer hetzelfde met het verwarmde monster. We streken
ook dat uit over een bodem in een (ander) petrischaaltje. Nu zetten we de
schaaltjes in de kast, en was het wachten geblazen. Om verwarring te
voorkomen hadden we met een speciale stift met korte aantekeningen onze
schaaltjes gemarkeerd.
Drie dagen later gingen we de resultaten bekijken. We zagen inderdaad dat
er vreemde strepen en stippen waren ontstaan, zowel gele als witte. Van de
gele zei Bart dat deze waarschijnlijk uit het menselijk lichaam waren
gekomen. Deze zouden dan natuurlijk via het uitademen terecht kunnen zijn
gekomen op de agar-bodem. Ook zagen we schimmel ontstaan. Nu was de
opdracht om de bacteriën eens te bekijken onder de microscoop. Dat moest
op een heel specifieke manier gebeuren, omdat je ze anders minder goed zou
kunnen zien.
Het was de bedoeling dat we eerst een heel klein druppeltje water op het
objectglaasje zouden leggen, en daar een klein stukje van zo’n
bacteriekolonie in zouden leggen. We besloten om ons objectglaasje zó in te
richten, dat we er drie druppels op kwijt konden. We namen een stukje van
zo’n geel volkje, en uit een ander bakje, het bakje waar geen warm bad
overheen was gegaan, namen we een wit volkje. We legden ze in de druppel.
Uit het Chinese-antibioticabakje namen we ook een volkje, maar omdat we
buigbare, plastic roerstaafjes gebruikten om de bacteriën over te zetten,
werden deze per ongeluk gekatapulteerd in mijn gezicht, waarna we geen
bacteriën meer hadden, althans geen heel volkje. We gingen tóch verder met
dit volkje, want er waren nog genoeg bacteriën op het objectglaasje terecht
gekomen dankzij mijn eerdere pogingen om de grote bacterieklont van de
roerstaafjes op het glaasje te krijgen.
Op dit punt in het experiment stopten we even om te kijken naar de
bacteriën nu ze nog leefden. Maar helaas waren ze erg moeilijk te zien, en
gingen we maar verder op de normale manier. Nadat de druppels om de
bacteriën heen waren opgedroogd (met behulp van een vlammetje) was het
de bedoeling dat we nu één minuscuul druppeltje kristalviolet zouden
toevoegen, en dat deden we dus ook. Na een minuutje van indrogen spoelden
we het af met water (bij gebrek aan aquadest). Dit kristalviolet zou ervoor
zorgen dat de bacteriën zouden worden vastgeplakt aan het dekglaasje, zodat
we ze goed konden bestuderen zonder dat ze misschien heen en weer zouden
bewegen. Vervolgens voegden we weer een nieuw kleurstofje toe, lugol
genaamd. Dit was een bruinige kleurstof, die met de Gram-kleuring te
maken had (hierover verderop meer). Deze kleurstof lieten we ook weer een
beetje intrekken, en we spoelden de rest weer weg, dit keer met spiritus.
Nadat de spiritus was gedroogd konden we de bacteriën eindelijk gaan
bekijken! (De fuchsine voegden we niet toe, omdat het volgens Bart niet
noodzakelijk was.)
Waarnemingen:
De hele kolonies waren te zien! Echt bijzonder mooi en leuk om te zien! Ik
zag nu wél bacteriën, paarse nog wel! Dat kwam natuurlijk door de
kleuringen die we hadden gebruikt. En het gekke was dat de ene
bacteriekolonie bestond uit piepkleine bacterietjes, die met een microscoop
maar net te onderscheiden waren. De andere bacteriën daarentegen waren
reusachtig! Je kon ze gewoon tellen! Op de volgende pagina zie je de foto’s
die een aardige klasgenoot (Hannah Prins) voor mij wilde maken en
doorsturen. De bacteriën die op het eerste gezicht gelig leken, waren dus veel
groter dan de witte bacteriën! En de bacteriën uit de Chinese
antibioticaschaal waren toch niet talrijk genoeg om zeker te kunnen zijn of je
nu een bacterie of een ander vuiligheidje zag.
Hieronder de opname van de grotere
bacteriën. De blauwe kleur komt
door de violetkleurige kleurstof.
Hieronder de opname van de grotere bacteriën,
je ziet een duidelijke afscheiding tussen veel
bacteriën en weinig bacteriën. Dit is een opname
van de rand van de kolonie.
Dit is zoals je het
met het oog kon zien
door de microscoop.
Ik heb het iets
vergroot op de
computer in de hoop
dat het beter
zichtbaar zou zijn.
Hierboven zie je een groepje
bacteriën, waarschijnlijk
van de rest van de kolonie
gescheiden door mijn
geklungel met kleurstof en
andere vloeistoffen.
Hier zien we veel duidelijker
echt losse bacteriën, zoals
links boven, waar de rode
cirkel omheen staat.
Na wat geklungel met
contrast en
lichtsterkte heb ik dit
plaatje kunnen
fabriceren. De donkere
stippen zijn allemaal
bacteriën.
De bacterie die ik heb
omcirkeld in het rood
lijkt net klaar te zijn
met een
vermenigvuldiging.
Opdrachten:
1. Wat is het nut geweest van het 80 graden bad?
Daardoor werd er een beetje geëlimineerd onder de bacteriën, zodat
alleen de sterkste zouden overleven en dus ook konden worden
voortgekweekt.
2. Waren er verschillen tussen de petrischaaltjes 1,2,3 en 4,5, 6? Welke?
Wij hadden uiteindelijk maar drie petrischaaltjes, het verschil was niet
heel goed te zien. Wel was duidelijk dat er in de ene schaal meer
bacteriën door elkaar heen waren gegroeid (die waar de bacteriën níet
waren verhit in het warmwaterbad. In dat schaaltje waren ook gele
puntjes te zien, en in het verhitte schaaltje niet.
3. Wat is het nut van het uitgloeien van de entnaald?
Daarmee voorkom je dat je per ongeluk bacteriën meeneemt op die
naald, als je ermee over de agarbodem gaat strijken. In zo’n vlam wordt
het namelijk wel meer dan 300 graden Celsius, en de meeste bacteriën
kunnen daar niet tegen.
4. Welk type bacterie levert een glimmende kolonie op, en welk type een meer
doffe?
Ik heb dit verschil niet zo goed kunnen waarnemen. Voor mijn gevoel
waren de doffe bacteriën de bacteriën die verwarmd waren, en de
glimmende waren de kolonies die niet verwarmd waren.
6. Met kristalviolet en lugol, voer je een zgn. Gramtest uit. Zoek op Internet
wat deze Gram-kleuring inhoudt.
De Gram-kleuring is een manier van kleuren waarop je bacteriën kan
onderscheiden in twee groepen. De Gram-positieve bacteriën zullen
blauwpaars kleuren (dat waren al onze bacteriën), en de Gramnegatieve bacteriën, die roodachtig zouden kleuren. Dit heeft te maken
met de kristalviolet. De bacteriën die Gram-positief zouden zijn, die
houden het kristalviolet beter vast dan de Gram-negatieve bacteriën.
Sterker nog: door de alcoholische afspoeling verliezen Gram-negatieve
bacteriën al de kleurstof. Het verschil tussen Gram-positieve en Gramnegatieve bacteriën zit hem in de bouw van de celwand. Dit verklaart
ook het verschil in vasthoudbaarheid van de kleurstof. De laatste
kleuring moest eigenlijk met fuchsine gebeuren, deze zorgde ervoor dat
de gram-negatieve bacteriën roodachtig zouden kleuren. In ons
practicum deden we dit niet, met als gevolg dat alleen de Grampositieve bacteriën voor ons zichtbaar werden. Nog leuk om te weten:
Gram was een Deense microbioloog. Zijn volledig naam was: Hans
Christian Gram. Hij leefde van 1853 tot 1938.
Vragenlijst module molgen 1
1. Waar staan de letters DNA voor?
Desoxiribo Nucleine Acid
2. Wat is het verschil in structuur tussen DNA en RNA?
DNA bestaat uit een enorme reeks van fosfaatjes en desoxiribosetjes.
Deze wisselen elkaar af, en aan elke desoxiribose vinden we een base.
Dat kunnen er bij het DNA vier zijn: Adenine (A), Cytosine (C), Guanine
(G) en Thymine (T). RNA bestaat ook uit vier verschillende nucleotiden
(dat zijn de fosfaat, de desoxiribose en de base met elkaar in één
woord). RNA heeft ook Adenine (A), Cytosine (C) en Guanine (G), maar
in plaats van Thymine heeft hij Uracil (U).
3. Wat is het verschil in functie tussen DNA en RNA?
DNA is er alleen maar om alle genetisch bepaalde eigenschappen vast
te leggen, en die in iedere cel te krijgen. RNA daarentegen is bedoeld
om eiwitten te produceren die alles in een cel regelen.
4. Hoe zou een DNA-sliert van bijna 2 meter toch in elke menselijke
lichaamscel kunnen passen? (Deze cellen zijn misschien 0,005 mm groot)
Hij moet zich ontzettend oprollen en op die manier compacter worden.
5. In het wereldberoemde artikel van Watson en Crick, staat deze zinsnede:
“It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated
immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.”
Wat bedoelen de onderzoekers hier eigenlijk?
Ze zeggen hier dat ze natuurlijk niet over het hoofd hebben gezien dat
er door de specifieke gepaardheid van de nucleotiden (C met G en T
met A) een kopieermechanisme mogelijk is.
6. De replicatie van het DNA gaat vooraf aan de celdeling. Leg kort uit hoe de
replicatie van het DNA in zijn werk gaat.
Eerst wordt de dubbele “wenteltrap” losgemaakt door een soort
ritsvormig enzym, helicase genoemd. Daarna scant het DNApolymerase-enzym de twee losse strengen, en legt de tegenovergestelde
nucleotide tegen elke nucleotide aan. Het enzym DNA-ligase koppelt de
nu nog losliggende nucleotiden aan elkaar. Nu heb je twee dubbelde
wentelende DNA-strengen.
7. Wat is het verschil tussen transcriptie en translatie?
Bij transcriptie wordt er met behulp van het DNA-molecuul een RNAmolecuul gemaakt, die voor de vorming van eiwitten zorgt. Het proces
waarbij die eiwitten worden gemaakt met behulp van het RNAmolecuul heet translatie.
8. Beschrijf in je eigen woorden hoe het DNA voorschrijft hoe een eiwit eruit
gaat zien?
De RNA-moleculen die zijn ontstaan met als matrijs de DNAmoleculen, worden in stukjes van 3 nucleotiden bekeken. Elke
bepaalde combinatie van A, C, G en U geeft een ander eiwit. Zo geeft
AUG bijvoorbeeld methionine, en GUG geeft Valine. Elk drietal geeft
dus een ander eiwit.
9. Mutaties zijn veranderingen in het genoom. Wat bedoeld men hiermee?
Noem drie soorten mutaties. Gebruik eventueel Google om deze vraag te
beantwoorden.
Als er mutaties optreden in deze drietallen van nucleotiden, dan
kunnen er ineens heel andere eiwitten worden gemaakt. De drietallen
worden dan namelijk anders gevormd, net als een rij kinderen die je in
drietallen verdeeld vanaf het begin van de rij. Als er nu een kind later
ergens in het midden gaat staan, en de groepjes worden opnieuw
ingedeeld, dan zullen er veel andere drietallen ontstaan. Dit kan
gebeuren door drie verschillende manieren. Bij deletie raakt er ergens
per ongeluk een deel van de RNA-streng kwijt, er valt een deel
tussenuit of er breekt een deel af. Daardoor verschuift de hele zaak
waardoor er andere eiwitten aan worden gemaakt. Bij insertie komen
er juist per ongeluk nucleotiden extra bij. Een verzamelnaam voor
deletie en insertie is frameshift. Het “frame” wordt “geshift”,
verschoven. Bij transversie wordt A of G vervangen voor C of T. Bij
transitie wordt G door A vervangen of andersom, of wordt C door T
vervangen of andersom. En dit gebeurt dan misschien maar op één
plekje, dit zijn allemaal kleinschalige mutaties.
Er bestaan ook nog grootschalige mutaties, waarbij hetzelfde gebeurt,
maar dan op grotere schaal. Een ander voorbeeld van grootschalige
mutatie is de inversie, waarbij een hele nucleotidenketen wordt
omgekeerd.
10. Stel een enkele DNA-streng ziet eruit als 5'AGCACACTGTAGTCAGTCAAATGT- 3' De aanduidingen 5 en 3 geven de
oriëntatie weer. De andere, complementaire streng loopt precies anders om.
Neem de streng over en zet het complement er tegen aan zodat een dubbele
DNA streng ontstaat.
Ik heb ze even om en om gekleurd, om duidelijk aan te geven welke
nucleotide bij welke nucleotide hoort.
5'- AGCACACTGTAGTCAGTCAAATGT- 3'
3'- TCGTCTGACATCAGTCAGTTTACA- 5'
11. De letters in het RNA zijn A, C, G en U. T komt niet voor. De code voor
het stopcodon is UGA. Welk onderdeel in de cel moet 'reageren' op het
'langskomen' van dit stopcodon?
De ribosomen lezen alle codons af, en zullen dus ook moeten reageren
op het langskomen van een stopcodon.
12. Een ribosoom (elke cel heeft er duizenden) is de plaats van de
eiwitsynthese. Leg kort uit hoe dat gaat en noem daarbij de volgende termen:
mRNA, rRNA, triplet, codon, peptide.
De mRNA-streng (messenger-RNA) komt bij de ribosomen terecht. Daar
gaat hij door een ribosoom heen. De ribosomen zelf zijn gemaakt van
rRNA (ribosoom-RNA). Ze zijn tevens verbonden met het
endoplasmatisch reticulum om de afvoer van de eiwitten te regelen.
Die eiwitten die de ribosomen produceren bestaan allemaal uit
aminozuren. Per codon (een ander woord voor codon is triplet) wordt er
een ander aminozuur opgetrommeld. De aminozuren die door een
bepaald deel van het mRNA worden gecodeerd gaan allemaal aan
elkaar zitten en vormen zo het eiwit. De aminozuren worden
“opgehaald” door transferRNA (tRNA). Het tRNA wordt na zijn
aflevering weer opnieuw gebruikt. Een peptide bestaat ook
aminozuren, maar is kleiner dan een eiwit. Een eiwit kan ook weer
bestaan uit meerdere peptiden.
13. De vertaling van DNA in eiwitten gaat dus van DNA -> mRNA -> Eiwit
(mbv tRNA). Een virus dat als ééncellige binnendringt weet DNA in een
bacterie te lozen. Dit DNA nestelt zich in het DNA van de bacterie. Waarom
gebeurt dat?
Het nestelt zich tussen het DNA van de bacterie zodat het daar
vertaald wordt naar mRNA, die op zijn beurt dus weer wordt omgezet
in aminozuren die samen een eiwit vormen, en die eiwitten zullen dan
gunstig werken voor het virus en de bacterie zal als
virusvermenigvuldiger gaan werken.
14. In onderstaande tabel is te zien welke aminozuren (bouwstenen van
eiwitten) gemaakt worden aan de hand van de RNA-tripletten (drietallen). Per
drietal RNA-basen wordt één aminozuur geselecteerd en aan de groeiende
eiwitketen geregen.
A.
Als het mRNA er zo uitziet:
AUG ACU UAC GGG AGC AGC UUA AUA GUG GUG UAA UAA
Over welke aminozuren gaat dit dan?
Een eiwit start ALTIJD met AUG (en codeert ook voor Methionine)
AUG = methionine, ACU = threonine, UAC = tyrosine, GGG = glycine,
AGC = serine, AGC = serine, UUA = leucine, AUA = isoleucine, GUG =
valine, GUG = valine, UAA = stopcodon, UAA = stopcodon
B.
Besef: RNA-polymerase oriënteert zich op de 5-oooooooooooooooooo-3 streng
voor het begin en benut de tegenoverliggende streng
3-xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-5 als matrijs!
Hoe zag het DNA eruit?
Kies uit één van de vier en geef aan waarom.
A.
5- TAC TGA ATG CCC TCG TCG AAT TAT CAC CAC ATT ATT-3
3- ATG ACT TAC GGG AGC AGC TTA ATA GTG GTG TAA TAA-5
B.
5-ATG ACT TAC GGG AGC AGC TTA ATA GTG GTG TAA TAA-3
3-TAC TGA ATG CCC TCG TCG AAT TAT CAC CAC ATT ATT-5
C.
5-TTA TTA CAC CAC TAT TAA GCT GCT CCC GTA AGT CAT-3
3-ATG ACT TAC GGG AGC AGC TTA ATA GTG GTG TAA TAA-5
D.
5-TTA TTA CAC CAC TAT TAA GCT GCT CCC GTA AGT CAT-3
3-ATT AAT GTG GTG ATA ATT CGA CGA GGG CAT TCA GTA-5
Toelichting: De DNA-streng waarvan de mRNA-streng was gekopiëerd
begon met het overstaande van AUG ACU UAC enz. Dat is TAC TGA
ATG enz. want de A verandert in een U zoals je ziet. Nou, bij B.
oriënteert de RNA-polymerase zich op de 5-oooooooooooooooooooo-3streng, en hij gebruikt de streng die andersom ligt (de onderste van de
twee) als matrijs.
C.
Wat is de aminozuursequentie van
5- TTA CAC CAC TAT TAA GCT GCG CCC GTA AGT CAT UUU-3
3- AAT GTG GTG ATA ATT CGA CGC GGG CAT TCA GTA AAA-5
Eerst de mRNA uitvogelen (van de onderste dna-sliert, dat is de
matrijs). Dat wordt dan dus:
UUA CAC CAC UAU UAA GCU GCG CCC GUA AGU CAU UUU
Dit wordt op zijn beurt omgezet in de aminozuren:
Leucine, histidine, histidine, tyrosine, stop, alanine, alanine, proline,
valine, serine, histidine, fenylalanine.
D.
Wat is er sowieso mis met de DNA-sequentie bij keuzemogelijkheid C?
Het eerste codon (ATG) van de onderste DNA-sliert daar zou worden
omgezet in AUG, en dat kan natuurlijk niet, dat alleen de T verandert
en de rest wordt gedupliceerd. Verder lijkt het erop dat de hele zaak
om is gedraaid, en dat heet inversie. Dit kan echt voorkomen, maar is
niet echt handig, want dan worden alle tripletten ook anders.
15. Soms komen sequenties voor waarbij er als er een bepaald leesraam is
die codeert voor een eiwit, maar als men het leesraam één positie opschuift,
toch opnieuw een (ander) eiwit ontstaat. Probeer zo'n sequentie te maken
met vier verschillende aminozuren.
...G AUG ACG GUC GUA U... staat voor methionine, threonine, valine,
valine
Als ik alles één plaats naar links verschuif krijg ik:
...GA UGA CGG UCG UAU... en dat staat voor stopcodon, arginine,
serine, tyrosine.
Dit zijn natuurlijk willekeurige nucleotiden.
Schematisch overzichtje van zo’n nucleotide, in dit geval met de adenosinebase eraan.
Practicum 5
Over isolatie van DNA
Handelingen:
Dit zou een practicum worden van een ander kaliber. Hier moesten we seminauwkeurig te werk gaan. Waar we eerst maar wat rond mochten wroeten in
de aarde en in larvenvoedsel, moesten we nu al wat preciezer gaan werken.
Het begon met het prakken van de banaan. We sneden een kwart banaan in
kleine stukjes, die we met een vork in een petrischaaltje tot babyvoer
prakten. Het was echt bananenmoes. Ondertussen nam een ander lid van
ons team een bekerglaasje, en hij vulde dat met heet water, van een graadje
of 80 uit het warmwaterbad. (Celsius hé, geen Kelvin. Brrr…) Hier voegde hij
3 gram zout op, en hij deed er ook een half reageerbuisje met groen
afwasmiddel bij. Onze vloeibare banaan voegden we hier aan toe, en we
roerden het eens flink door. Je vraagt je misschien af waar het afwasmiddel
goed voor was. Nou, door het prakken met de vork waren er
hoogstwaarschijnlijk al wel een paar cellen van de banaan kapotgemaakt,
maar door de ontvettende eigenschap van het afwasmiddel werden de vettige
celmembraampjes nu makkelijker kapotgemaakt, met als gevolg dat de
inhoud van die cellen (waaronder het begeerde DNA) vrijkomt. We lieten dit
geheeltje van bananenmoes, zout, afwasmiddel en water daarom even staan,
omdat we de cellen natuurlijk wel de kans moesten geven om hun inhoud
vrij te geven. Er was ons een wachttijd van een half uur opgegeven, met als
voorwaarde dat we af en toe eens zouden roeren. We wachtten dus 10
minuten, en we goten de vloeistof in een koffiefilter.
Uiteraard hadden we dit koffiefilter zó gepositioneerd dat
we geen vloeistof zouden morsen. We gebruikten daarom
een trechter. We lieten de vloeistof, die de DNAmoleculen met zich door het filterpapier heen zou
voeren, in een klein erlenmeyertje stromen. Voor
degenen die niet weten wat dat is, hiernaast staat er een
kleine afbeelding van.
Deze kleine erlenmeyer bevatte nu dus het DNA uit de
cellen van onze banaan! Helaas kwam er een teamgenoot
op het idee om nog meer vloeistof sneller door het filter
heen te werken, met als gevolg dat er een vorkpunt in de filterwand
terechtkwam, dat daardoor knapte en zijn inhoud weer naar beneden
werkte. Dit was wel een beetje jammer, want nu konden we weer opnieuw
beginnen. Maar de aanhouder wint zeggen ze vaak, en dat was ook bij ons
het geval. Uiteindelijk hadden ook wij een erlenmeyertje met groen DNA-sap,
wat gewoon op limonade leek. We voegden snel een theelepel zout toe,
precies zoals de opdracht ons opdroeg. We roerden het erdoorheen, waarna
we nog een lepel zout oplosten. We goten het geheel over in een
reageerbuisje, en nu kwam de ijskoude spiritus aan de beurt. Het was de
bedoeling dat we de spiritus uiterst voorzichtig op de oplossing goten, maar
we deden het waarschijnlijk veel te ruw. We wachtten een tijdje, en we keken
heel goed wat er gebeurde. Er ontstond een scheiding qua kleur. Onderop
was transparante stof te zien, daarboven groenige kleur. Dit zou kunnen
wijzen op ontmenging van het afwasmiddel en het water. Boven het groene
afwasmiddelkleurige goedje was de laag koude blauwe spiritus te zien, met
daarin ons resultaat.
Waarnemingen:
Wat we nu zagen gebeuren is dat er tussen het groene en het blauwe
gedeelte van onze vloeistof een soort van wittige, bellerige klont ontstond. Je
zou het beter een soort “snotje” kunnen noemen, zo noemde Bart het ook
steeds. Het was een soort van moeilijk zichtbare drab. Ik heb op de volgende
pagina een aantal foto’s toegevoegd, waar ik het resultaat in laat zien. Ik heb
daar tevens een foto van het resultaat van klasgenoten die wél in één keer
hun filtraat konden gebruiken geplaatst. Zoals je ziet is hun resultaat toch
wat beter dan het onze. Maar dat kwam misschien ook omdat zij kiwi
gebruikten zoals het was voorgeschreven, en wij waren experimenteel en
vernieuwend bezig met een banaan.
Ik vind het overigens wel bewonderenswaardig dat dat wat altijd verborgen
blijft nu zichtbaar was geworden, weliswaar in de vorm van een bijna
ondoorzichtig samenhangseltje, maar toch. Dit vlokje DNA is namelijk wel
wat alles in het menselijk lichaam codeert, het zorgt voor alle erfelijke
factoren die jij bij je draagt en die jou uniek maken.
Opdrachten bij dit practicum:
1. Waarom voeg je bij stap 2 kokend water toe?
Hiermee zorg je ervoor dat het zeepsop beter zijn werk doet in het
stukmaken van de celmembranen, en het zorgt er ook voor dat de
eiwitmoleculen die nog aanwezig waren kapot gingen, dat noem je
denaturalisatie.
2. Welke celonderdelen maak je kapot tijdens het malen?
Dat waren de celwanden en de celmembranen die alvast een beetje
kapot gemaakt werden, en op deze manier zorgde je voor een grote
verdelingsgraad van de cellen, zodat ze sneller en effectiever zouden
worden kapotgemaakt door het afwasmiddel.
3. Welke celonderdelen gaan kapot door de toevoeging van afwasmiddel?
De celmembranen die nog over waren, die werden nu volledig
weggewerkt.
4. Zout verandert de structuur van eiwitten. Wat doet zout met de
chromosomen?
Dit vind ik een moeilijke vraag, maar ik vermoed dat het zout de
chromosomen laat despiraliseren, want dan kunnen de DNA-strengen
makkelijker door het filter heen en in ons groene filtraat belanden.
Misschien dat chromosomen daar namelijk nog te groot voor zijn.
5. Het DNA ‘overleeft’ het warme water doordat het een stabiele structuur
heeft. Waardoor is de structuur van DNA zo stabiel?
Ik vermoed dat dit komt door hun schroefvorm, ze draaien als het ware
“in elkaar”. Die manier van draaien noemen we een dubbele helix.
6. De kiwi bevat een eiwitsplitsend enzym; wat is een enzym?
Een enzym is een eiwit. En een enzym werkt als een katalysator voor
processen binnen of buiten een cel. Hij wordt zelf dus niet verbruikt,
maar zorgt er wel voor dat er een procesversnelling ontstaat. Het
enzym in de kiwi zorgt er dus voor dat de eiwitsplitsing sneller
verloopt.
De bananenmoes in het
petrischaaltje.
Het residu van onze filtersessie.
Dit was vlak voordat een teamlid
het filter stukmaakte en we
opnieuw konden beginnen.
Hier is het veel duidelijker. De
witte slijmerige brei is hier het
DNA. Dit is het resultaat van een
ander groepje, zij gebruikten een
kiwi. Opvallend is ook dat hun
DNA in tegenstelling tot het DNA
uit onze banaan wél boven
kwam drijven.
Dit was ons resultaat. In de rode
cirkel zie je heel zwakjes wat
DNA verschijnen. Misschien dat
een banaan toch minder graag
zijn DNA afstaat dan een kiwi.
Onderaan het buisje zie je ook
dat er echt een transparante
laag ontstond.
Het filtraat van onze filtersessie.
Maar vlak hierna kwam de hele
boel van boven naar beneden
zetten door ons filtermankement.
Close-up foto
Ook thuis heb ik nog geprobeerd om op deze manier DNA te isoleren. Het
resultaat was niet zo blinkend als sommige resultaten op school, maar ook
bij mij thuis was er een waas te zien. Gelukkig had ik nog wat (plastic)
reageerbuisjes liggen, en de rest van de spullen hadden we ook in huis.
Hieronder het resultaat:
De benodigdheden voor de isolatie
van DNA. Alleen het afwasmiddel
ontbreekt hier nog.
Na een aantal pogingen was dit
van de buisjesproeven toch wel het
beste resultaat. Het was lang niet
zo sterk als op school, maar toch
beter dan niets. In de rode cirkel
zie je heel vaagjes het DNA
verschijnen in een witte waas.
Hierna probeerde ik het nog eens
in een klein glaasje, maar dit leek
meer op een exotische tweelaagse
coctail dan op een DNAisolatieexperiment… Bovendien zag
ik hier helemaal niks gebeuren.
Toen ik de volgende dag weer keek, zag ik
tot mijn verbazing dat er wel degelijk iets
was gebeurd in het glaasje. Ik weet niet
precies wat, want alle lagen waren heel
anders verdeeld dan op school, maar
duidelijk was wel dat er vlokken waren
ontstaan, die niet veel anders konden zijn
dan DNA. Ze waren net zoals op school
een beetje slijmerig, en dat verbaasde me,
want ze dreven juist onder de
spirituslaag, en zelfs onder een laag
groenig spul. Maar het waren echt
sliertjes, en dat was dus een mooi
resultaat.
Vragen module molgen 2
1. In de moleculaire biologie maakt men gebruik van een techniek die
bekend staat onder de naam PCR. Leg in enkele zinnen uit wat er daarbij
gebeurd.
PCR staat voor Polymerase Chain Reaction, oftewel: Polymerasekettingreactie. Deze techniek wordt gebruikt om een klein stukje van
het DNA te vermenigvuldigen, om het daarna te kunnen onderzoeken.
Dit proces bestaat uit drie fases:
- Denaturatie: in deze fase wordt de dubbele streng DNA met een
verhoogde temperatuur “gesmolten”, om zo de strengen uit elkaar te
halen, om replicatie mogelijk te maken. Eigenlijk doe je met deze
temperatuurverhoging wat het helicase-eiwit in de natuur doet, je
maakt het DNA van elkaar los, de dubbele helixvorm verdwijnt.
- Hybridisatie: in deze fase worden er zogenaamde primers aan het
losse DNA gehecht. Dit is een klein stukje DNA, van misschien maar
20 nucleotiden, dat aan het DNA wordt gehecht. Het heeft daarom wel
een heel specifieke volgorde nodig, om precies op een deel van het DNA
te passen. Deze primer wordt later gebruikt als het “startpunt” van de
DNA-replicatie. Vanaf de primer wordt het DNA gekopiëerd in de 5’
richting. Hetzelfde gebeurt natuurlijk met de andere losse DNA-streng.
Ook deze wordt met een primer gekopiëerd.
Hoe langer een primer is, hoe specifieker hij werkt, hij kan zich dan
immers niet vergissen van plek. Hoe meer nucleotiden, hoe beter, zou
je dan zeggen. Het probleem is echter dat als hij weer té lang wordt, hij
misschien op andere manieren “vast” kan komen te zitten.
- Extensie: in deze fase wordt het DNA weer gekopieerd, bij 72 graden
Celsius om precies te zijn. Nu heb je dus al een deel van het DNA
weggewerkt, het deel vóór de primers, om precies te zijn, dat werd
immers niet gekopieerd. Nu worden er weer primers toegevoegd, die dit
keer de andere kant op werken (want het kopietje van de eerste streng
wordt nu natuurlijk in tegenovergestelde richting gedupliceerd). En nu
hebben we nog maar twee kortere stukjes DNA over, die samen een
dubbele helix kunnen vormen. Dit kun je nu heel vaak herhalen, en je
hebt genoeg DNA om het te kunnen onderzoeken.
Dit is natuurlijk een vereenvoudigde samenvatting, maar het is toch al
lastig om het helder op te schrijven. Ik hoop dat het duidelijk is.
2. Waarom is het belangrijk om een techniek als PCR te hebben? Welk groot
voordeel heeft deze techniek?
Je kunt nu één genlocatie uitkiezen, PCR toepassen en de zaak
vermenigvuldigen. Op deze manier kun je kijken of een bepaalde DNAstreng een bepaald gen bij zich draagt, zonder dat je met één DNAstreng hoeft te werken, wat veel te klein is voor de huidige technieken
om goed te kunnen onderzoeken.
3. Wij hebben in het 'kiwi-practicum' DNA geïsoleerd uit de cellen van de
kiwi. Wat was de rol van het afwasmiddel hierin?
Deze maakte de celwand van de cellen kapot, waardoor het DNA in de
oplossing terecht kwam.
4. Wat is de rol van primers?
Die zorgen er in een aantal stappen voor dat er echt maar één stukje
van het DNA wordt gereproduceerd.
5. In onze PCR-techniek maken we gebruik van een zogenaamd polymerase.
Wat is dat?
Polymerase is het enzym dat voor het feitelijke reproduceren van de
DNA-streng staat (natuurlijk wel in overstaande basenparen).
6. Bij de techniek gel-electroforese worden DNA fragmenten gescheiden. Hoe
gaat dat?
Op Wikipedia stond het in één zin helder uitgelegd, daar wil ik graag
van citeren: “Gelelektroforese is een scheidingstechniek die moleculen
onder invloed van een elektrisch veld laat bewegen in een gel.” Hoe
groter de moleculen zijn, hoe langzamer ze zullen bewegen, want ze
worden geremd door de gel. De DNA moleculen worden dus gesorteerd
op grootte, en ze worden met behulp van bijvoorbeeld ethidiumbromide
zichtbaar gemaakt met een UV-lamp. Meestal beginnen de moleculen
bovenaan, en zakken ze dus sneller of minder snel naar beneden.
7. Als men bij mensen een DNA-verwantschaps test gaat doen, worden
dikwijls 14 kenmerkende plekken in het DNA van bijvoorbeeld vader en zoon
met elkaar vergeleken. Wat hoopt men dan in de gel te zien (ná
electroforese)?
Dat er hetzelfde patroon ontstaat onder de UV-lamp. Hoe meer
overeenkomst, hoe meer verwantschap.
8. Veronderstel dat een plant een allel bevat voor de resistentie tegen een
parasiet. Bovendien kent men het hele genoom van de plant en weten we ook
waar het allel zich bevindt. Wat is er dan feitelijk bekend in dit geval? Zijn er
zaken die daarmee nog niet helder zijn? Schrijf in een paar zinnen op hoe je
daarover denkt. (Dit is geen meningsvormende vraag).
In principe is er gewoon bekend welk stuk van het DNA voor die
resistentie zorgt. Alleen is de vraag of er niet nog een ander gen codeert
voor deze resistentie. En natuurlijk zijn er zaken die nog niet bekend
zijn. Want hoe werkt die resistentie precies. Maakt de plant dan
bepaalde eiwitten aan die tegen die parasiet werken?
9. De technieken die wij in onze lessen gebruikten kunnen onderdeel zijn
van een programma waarbij planten vreemdsoortig DNA toegediend krijgen.
Wat doet men dan eigenlijk?
Er kan bijvoorbeeld een zogenaamde transferbacterie worden gebruikt.
Deze injecteert DNA met daarop bepaalde genen, zodat de plant nét
iets anders gaat functioneren. Agrobacterium tumefaciens is hier een
voorbeeld van. Er wordt een soort van kopietje gemaakt van het
transfer-DNA (eerder al besproken in dit verslag), en dat wordt
vervolgens aangepast en ingebracht.
10. Geef kort je mening weer omtrent het gebruik van genetisch
gemodificeerde gewassen.
Ik vind dat het soms wel te ver gaat. Want ik las bijvoorbeeld dat
bepaalde planten resistent worden gemaakt tegen giffen, zodat ze het
land kunnen insproeien met dat gif, en dat dan alleen de onkruidjes
dood gaan en de planten zelf niet. Maar die planten eten wij vervolgens
wel weer, inclusief opgenomen giffen. Dat kan nooit heel erg gezond
zijn.
11. Wat is het verschil tussen transgeen en cisgeen?
Als een organisme transgeen is, dan betekent dat dat hij een gen bij
zich draagt in het DNA dat niet van hemzelf afkomstig is. Dit is
natuurlijk vaak het resultaat van artificiële genetische modificatie.
Cisgeen is een organisme na het toevoegen van een gen van dezelfde
soort aan een organisme. Bijvoorbeeld extra genen voor de kleur rood
bij een tomaat.
12. Doordat het hele genoom van de mens bekend is, zijn alle loci en alle
allelen ook bekend. (Waar of niet waar). Licht je antwoord toe.
Niet waar. We kennen nog niet eens alle functies van het DNA, laat
staan dat we alle eigenschappen van het DNA kennen. Als we wel het
hele genoom zouden kennen, zouden we misschien nog niet eens alle
genen die erop liggen kennen, want misschien spelen er wel veel
andere zaken mee waarvan wij nog niet het bestaan weten.
13. Wat is een mogelijk gevaar van het bekend zijn van jouw genoom in een
denkbare databank?
Dat je altijd overal kan worden herkend. Bovendien mag je dan ook
niet meer met bepaalde mensen kinderen krijgen, omdat er dan kans
is op zwakkere kinderen. Dat zou toch wel heel ver gaan, maar je weet
het nooit. Dan is het zo dat de overheid voor jou zou bepalen met wie
jij kinderen mag krijgen om een gezonder volk voort te brengen.
Module Solanum
De opdrachten
Hoofdstuk 1: Aardappels als volksvoedsel nummer één!
Opdracht 1.
1. Welke ziekte bij aardappelen veroorzaakte de ziekte?
Dat was phytophthora.
2. Hoeveel slachtoffers heeft deze hongersnood veroorzaakt?
Bij de hongersnood in Ierland kwamen veel mensen om het leven,
maar er zijn geen keiharde getallen bekend. Er is in ieder geval sprake
van miljoenen. Er is ook een enorme inwonerafname ontstaan, want
eerst woonden er bijna 8 miljoen inwoners in Ierland, en na de
hongersnood nog maar zo’n 3,5 miljoen.
3. Wat maakte dat de ziekte zich zo enorm heeft kunnen verspreiden?
Het is een schimmel, die zich makkelijk verspreid door middel van
sporen.
4. Waarom waren boeren arm in die tijd?
Omdat ze moesten leven wat er op het land groeide, en ik vermoed dat
dat helemaal geen vaste inkomstenbron was, zeker als er zo’n
schimmel heerst waardoor veel aardappelen worden vernietigd.
5. Wat hebben boeren geprobeerd om de ziekte tegen te gaan?
Volgens het filmpje probeerden ze steeds maar weer om de rotte
aardappels eruit te halen, maar dat werkte niet want het land was
gewoon geïnfecteerd. Ik kan me zo voorstellen dat boeren hun hele
oogst weggooiden, en dan snel nieuwe planten probeerden te planten,
maar die werden natuurlijk binnen de kortste keren weer verwoest.
6. Wat was de reactie van sommige boeren?
Ze verlieten hun land, om in Amerika of Canada hun heil te zoeken.
Anderen bleven toch volhouden, in de hoop dat er wel weer planten
zouden gaan groeien, maar helaas.
7. Hoeveel mensen zijn uiteindelijk Ierland uit gegaan?
Volgens het filmpje “maar” 1,5 miljoen, maar volgens andere bronnen
in totaal wel 4,5 miljoen.
8. Wat maakt dat de makers van het filmpje melden dat het effect van de
Famine nog steeds merkbaar is?
Ook nu nog worden alle aardappellanden ingespoten, om die
phytophthora maar buiten de deur te houden. En met dat gif is de
kans op ziekte voor de mens ook weer groter. Natuurlijk is voor Ierland
de hongersnood dramatisch geweest, omdat er miljoenen mensen zijn
verdwenen, óf naar het hiernamaals, óf naar andere landen.
Hoofdstuk 2: Jij als niet-biologische aardappelteler.
Opdracht 2.
1. Welke drie infectiebronnen van Phytophthora noemt het artikel?
- Vanuit een geïnfecteerde aardappelknol, die andere aardappelknollen
dan weer infecteert.
- Vanuit afvalhopen waar geïnfecteerde aardappelknollen op liggen, die
via de sporen de ziekte tóch weer op een veld kan brengen.
- Vanuit pootaardappelen die vanbinnen geïnfecteerd zijn en niet
zichtbaar ziek zijn.
2. Op welk moment in het jaar is de infectiekans het hoogst?
In de zomer, vaak in de loop van juli. (Hoewel dat wel steeds eerder
lijkt te gebeuren.)
3. Boeren kunnen kiezen uit vroege rassen, middelvroege en late rassen.
Bij welke rassen zullen de meest resistente rassen zitten?
De meest resistente rassen zitten bij de late rassen. Deze hebben
namelijk meer met de ziekte te maken, en van die groep zullen dus
alleen de sterkste aardappelen overleven, zo vindt er een natuurlijke
selectie plaats.
4. Maak een kleine berekening op basis van de gegevens die in de tekst
hierboven staan voor de niet-biologische teler. Welke bruto-inkomsten mag
jij als niet-biologische teler verwachten?
Ik heb 41 ton aardappelen per hectare per jaar, maar ik heb 49
hectare, dus ook 49 * 41 = 2009 ton aardappelen, dat is dus 2009 *
1000 = 2009000 kilo aardappelen. Per kilo kan ik 12 eurocent
binnenhalen, dus ik zal 12 * 2009000 = 24108000 cent ophalen. Dat
deel ik vervolgens door honderd, dan weet ik hoeveel euro ik heb.
24108000 / 100 = 241080 euro per jaar!
5. Wat zal je overhouden als je ook nog eens dik 45.000 euro kwijt bent aan
pootgoed en bestrijdingsmiddelen, 60.000 euro aan loonkosten en
10.000 euro aan het machinepark? (Alle getallen per jaar!)
241080 – 45000 – 60000 – 10000 = 126080 euro per jaar!
6. Met 49 hectare ben je een redelijk fors bedrijf. Stel dat je maar 11 ha
aardappels zou hebben, hoe liggen deze cijfers dan?
De berekening doe ik nu iets sneller:
41 * 11 = 451 ton per jaar = 451000 kg per jaar.
451000 * 12 = 5412000 cent = 54120 euro per jaar (bruto).
Het probleem is dat er minder hoeft worden te betaald aan pootgoed en
bestrijdingsmiddelen, aan loonkosten en aan het machinepark. Stel
dat er nog zo’n 30 % af gaat, dan is er nog maar 16236 over! En dat is
toch wel wat weinig denk ik. (Dat weet ik overigens niet precies.)
7. Bekijk deze selectie uit het Bolk-artikel.
Welke belangrijke informatie kan je uit deze tabel halen?
Dat er in sommige landen veel meer de nadruk wordt gelegd op het
biologische deel van de zaak, terwijl landen als Frankrijk meer voor het
geld gaan, en de biologische kant maar een beetje laten gaan, dat
levert namelijk minder op. Zwitserland doet het gewoon allebei, en hier
in Nederland ligt het accent meer op de biologische inkomsten, maar
dat betekent niet per se dat er meer biologische aardappel wordt
verbouwd, maar dat de prijzen misschien wel erg hoog liggen.
8. Stel dat jij als teler overgaat op biologische aardappelen, hoe liggen dan je
opbrengsten en inkomsten? Maak een duidelijk overzicht.
De financiële opbrengsten zijn voor de biologische aardappelen wat
hoger, omdat de prijs ook hoger is. Maar daartegenover staat dat
minder mensen die dure aardappelen willen kopen. Het probleem is
ook dat er minder van het land zal worden gehaald, omdat je minder
effectief de ziektes tegengaat. Het is namelijk zo dat wát je doet qua
bescherming van de gewassen erg duur is, juist omdat het biologische
moet blijven.
Opdracht 3:
1. Kloppen deze gegevens (uit tekst uit handleiding solanum) met de 12 cent
die jij als niet biologische teler krijgt? Reden?
Nee, het is natuurlijk veel meer. Omdat er ook kosten zijn voor de
medewerkers van de veiling, en het transport en het onderhoud van
het veilingsgebouw. Het kan best zijn dat hier nog een andere reden
voor is, maar ik kom tot de slotsom dat het echt voor de
tussenpersonen wordt gebruikt. Ik heb geen economie in mijn pakket,
dus ik weet hier niet al te veel van.
Onderstaande tabel toont de hoeveelheid akkerbouwgrond van Nederland.
2. Hoeveel ton aardappels wordt in ons land op jaarbasis geoogst? Klopt dit
cijfer met de gegevens die hieronder staan?
Ik ga ervan uit dat we het hier zowel over de consumentenaardappelen,
de pootaardappelen en de zetmeelaardappelen hebben. Dan is dat
(71,5 + 40,2 + 44,0) * 1000 = 155700 hectaren grond. Ervan uitgaande
dat er 41 ton per hectare wordt geleverd, kom ik op
41 * 155700 = 6383700 ton aardappelen, en dat is best veel.
En nee, dat klopt natuurlijk niet met de gegevens die hieronder staan.
De gegevens hieronder gaan namelijk over de biologische aardappelen,
en ik heb het uitgerekend voor alle aardappelen.
Opdracht 4.
1. Leg uit wat hier bedoeld wordt: 
Men heeft voor de biologische teelt
een aardappelsoort nodig die
stikstof snel op kan nemen, juist
omdat het bemestingsniveau lager
is dan in de normale landbouw.
Anders zouden de aardappelen
misschien te weinig groeien.
Bovendien moeten die aardappelen
betere wortels en dergelijke
hebben, omdat de voedingsstoffen
vaak nog “verpakt” zitten, en de
aardappel moet de voedingsstoffen
nu meer zelf uit de grond halen.
De nutriënten (voedingsstoffen)
zijn nu niet meer zo makkelijk te
verkrijgen voor de plant, zoals dat
bij kunstmest het geval is. Dit is
wat ik uit het tekstje kan halen.
Opdracht 5.
1. Is er een biologische reden waarom het gunstig is om eerst klavers te
zaaien?
Misschien dat die plantjes de grond heel zuiver maken, zodat alle
mogelijke ziekteverwekkers zijn verdreven. Het verrijkt de grond als het
ware. Na wat opzoekwerk werd mijn vermoeden versterkt: het wordt
gebruikt om vooral nitraat vast te houden, zodat de grond rijk blijft van
meststoffen.
2. Wat zijn mogelijke gevaren als je op een stuk land jaar na jaar hetzelfde
(aardappel) gewas gaat telen?
Aardappelmoeheid is een ziekte die zich dan makkelijk kan
ontwikkelen, en de oogst kan bederven.
3. Lees onderstaande selectie uit het Bolk-artikel (zie solanum-handleiding).
Wat is jouw conclusie?
Mijn conclusie is dat men de vroeg gepote aardappelen alleen maar zo
vroeg poot om dan de phytophthora een beetje “voor” te zijn. Het gevolg
lijkt me wel dat er andere stoffen in de grond zitten dan later in het
jaar, maar de gevolgen daarvan hoeven niet per se negatief te zijn.
Hoofdstuk 3: Plantenziekten en hun verweer.
Opdracht 6.
1. In het laatste artikel wordt gesproken over antibiotica-gen? Waarom moet
dat gen ook aanwezig zijn?
Helaas heb ik dit artikel niet kunnen vinden, maar ik vermoed dat er
zo’n gen aanwezig moet zijn om ervoor te zorgen dat de antibiotica wel
kan werken op de plant.
Vraag tussendoor:
- Google op het gen Rpi-blb-2. Kan je het bedoelde gen vinden?
Ja hoor! Kijk maar:
ATGGAAAAACGAAAAGATAATGAAGAAGCAAACAACTCATTGGAGTCATTTTCTGCTCTTCGCAAGGATGCTGCCAATGTTCTGGATTTCCTAGAGAGATTAAAGAATGAAGAAGATCA
AAAGGCTGTTGATGTGGATCTGATTGAAAGCCTGAAATTGAAGCTGACATTTATTTGTACATATGTCCAGCTTTCTTATTCCGATTTGGAGAAGTTTGAAGATATAATGACTAGAAAAAG
ACAAGAGGTTGAGAATCTGCTTCAACCAATTTTGGATGATGATGGCAAAGACGTCGGGTGTAAATATGTCCTTACTAGCCTCGCCGGTAATATGGATGACTGTATAAGCTTGTATCATC
GTTCTAAATCAGATGCCACCATGATGGATGAGCAATTGGGCTTCCTCCTCTTGAATCTCTCTCATCTATCCAAGCATCGTGCTGAAAAGATGTTTCCTGGAGTGACTCAATATGAGGTT
CTTCAGAATGTATGTGGCAACATAAGAGATTTCCATGGATTGATAGTGAATTGTTGCATTAAGCATGAGATGGTTGAGAATGTCTTATCTCTGTTTCAACTGATGGCTGAGAGAGTAGG
ACGCTTCCTTTGGGAGGATCAGGCTGATGAAGACTCTCAACTCTCCGAGCTAGATGAGGATGATCAGAATGATAAAGACCCTCAACTCTTCAAGCTAGCACATCTACTCTTGAAGATT
GTTCCAACTGAATTGGAGGTTATGCACATATGTTATAAAACTTTGAAAGCTTCAACTTCAACAGAAATTGGACGCTTCATTAAGAAGCTCCTGGAAACCTCTCCGGACATTCTCAGAGA
ATATCTGATTCATCTACAAGAGCATATGATAACTGTTATTACCCCTAACACTTCAGGGGCTCGAAACATTCATGTCATGATGGAATTCCTATTGATTATTCTTTCTGATATGCCGCCCAA
GGACTTTATTCATCATGACAAACTTTTTGATCTCTTGGCTCGTGTTGTAGCACTTACCAGGGAGGTATCAACTCTTGTACGCGACTTGGAAGAGAAATTAAGGATTAAAGAGAGTACTG
ACGAAACAAATTGTGCAACCCTAAAGTTTCTGGAAAATATTGAACTCCTTAAGGAAGATCTCAAACATGTTTATCTGAAAGTCCCGGATTCATCTCAATATTGCTTCCCCATGAGTGATG
GACCTCTCTTCATGCATCTGCTACAGAGACACTTAGATGATTTGCTGGATTCCAATGCTTATTCAATTGCTTTGATAAAGGAACAAATTGGGCTGGTGAAAGAAGACTTGGAATTCATA
AGATCTTTTTTCGCGAATATTGAGCAAGGATTGTATAAAGATCTCTGGGAACGTGTTCTAGATGTGGCATATGAGGCAAAAGATGTCATAGATTCAATTATTGTTCGAGATAATGGTCTC
TTACATCTTATTTTCTCACTTCCCATTACCAGAAAGAAGATGATGCTTATCAAAGAAGAGGTCTCTGATTTACATGAGAACATTTCCAAGAACAGAGGTCTCATCGTTGTGAACTCTCCC
AAGAAACCAGTTGAGAGCAAGTCATTGACAACTGATAAAATAATTGTAGGTTTTGGTGAGGAGACAAACTTGATACTTAGAAAGCTCACCAGTGGACCGGCAGATCTAGATGTCATTTC
GATCATTGGTATGCCGGGTTTAGGTAAAACTACTTTGGCGTACAAAGTATACAATGATAAATCAGTTTCTAGCCATTTCGACCTTCGTGCATGGTGCACGGTCGACCAAGTATATGACG
AGAAGAAGTTGTTGGATAAAATTTTCAATCAAGTTAGTGACTCAAATTCAAAATTGAGTGAGAATATTGATGTTGCTGATAAACTACGGAAACAATTGTTTGGAAAGAGGTATCTTATTGT
CTTAGATGACGTGTGGGATACTAATACATGGGATGAGCTAACAAGACCTTTTCCTGATGGTATGAAAGGAAGTAGAATTATTTTGACAACTCGAGAAAAGAAAGTTGCTTTGCATGGAA
AGCTCTACACTGATCCTCTTAACCTTCGATTGCTAAGATCAGAAGAAAGTTGGGAGTTATTAGAGAAAAGGGCATTTGGAAACGAGAGTTGCCCTGATGAACTATTGGATGTTGGTAAA
GAAATAGCCGAAAATTGTAAAGGGCTTCCTTTGGTGGTGGATCTGATTGCTGGAATCATTGCTGGGAGGGAAAAGAAAAAGAGTGTGTGGCTTGAAGTTGTAAATAATTTGCATTCCT
TTATTTTGAAGAATGAAGTGGAAGTGATGAAAGTTATAGAAATAAGTTATGACCACTTACCTGATCACCTGAAGCCATGCTTGCTGTACTTTGCAAGTGCGCCGAAGGACTGGGTAAC
GACAATCCATGAGTTGAAACTTATTTGGGGTTTTGAAGGATTTGTGGAAAAGACAGATATGAAGAGTCTGGAAGAAGTGGTGAAAATTTATTTGGATGATTTAATTTCCAGTAGCTTGG
TAATTTGTTTCAATGAGATAGGTGATTACCCTACTTGCCAACTTCATGATCTTGTGCATGACTTTTGTTTGATAAAAGCAAGAAAGGAAAAGTTGTGTGATCGGATAAGTTCAAGTGCTC
CATCAGATTTGTTGCCACGTCAAATTAGCATTGATTATGATGATGATGAAGAGCACTTTGGGCTTAATTTTGTCCTGTTCGGTTCAAATAAGAAAAGGCATTCCGGTAAACACCTCTATT
CTTTGACCATAAATGGAGATGAGCTGGACGACCATCTTTCTGATACATTTCATCTAAGACACTTGAGGCTTCTTAGAACCTTGCACCTGGAATCCTCTTTTATCATGGTTAAAGATTCTT
TGCTGAATGAAATATGCATGTTGAATCATTTGAGGTACTTAAGCATTGGGACAGAAGTTAAATCTCTGCCTTTGTCTTTCTCAAACCTCTGGAATCTAGAAATCTTGTTTGTGGATAACA
AAGAATCAACCTTGATACTATTACCGAGAATTTGGGATCTTGTAAAGTTGCAAGTGCTGTTCACGACTGCTTGTTCTTTCTTTGATATGGATGCAGATGAATCAATACTGATAGCAGAG
GACACAAAGTTAGAGAACTTGACAGCATTAGGGGAACTCGTGCTTTCCTATTGGAAAGATACAGAGGATATTTTCAAAAGGCTTCCCAATCTTCAAGTGCTTCATTTCAAACTCAAGGA
GTCATGGGATTATTCAACAGAGCAATATTGGTTCCCGAAATTGGATTTCCTAACTGAACTAGAAAAACTCACTGTAGATTTTGAAAGATCAAACACAAATGACAGTGGGTCCTCTGCAG
CCATAAATCGGCCATGGGATTTTCACTTTCCTTCGAGTTTGAAAAGATTGCAATTGCATGAATTTCCTCTGACATCCGATTCACTATCAACAATAGCGAGACTGCTGAACCTTGAAGAG
TTGTACCTTTATCGTACAATCATCCATGGGGAAGAATGGAACATGGGAGAAGAAGACACCTTTGAGAATCTCAAATGTTTGATGTTGAGTCAAGTGATTCTTTCCAAGTGGGAGGTTG
GAGAGGAATCTTTTCCCACGCTTGAGAAATTAGAACTGTCGGACTGTCATAATCTTGAGGAGATTCCGTCTAGTTTTGGGGATATTTATTCCTTGAAAATTATCGAACTTGTAAGGAGC
CCTCAACTTGAAAATTCCGCTCTCAAGATTAAGGAATATGCTGAAGATATGAGGGGAGGGGACGAGCTTCAGATCCTTGGCCAGAAGGATATCCCGTTATTTAAGTAG
Hoofdstuk 4: De aardappelteler kan kiezen…
Geen opdrachten beschikbaar, wel alle filmpjes bekeken.
Hoofdstuk 5: Klassieke veredeling en moleculaire cisgenese in detail.
Opdracht 7.
1. Bespreek met je groep/partner wat men feitelijk verstaat onder klassieke
veredeling.
Bij klassieke veredeling worden de planten gekruist, en de planten die
een bepaalde eigenschap als gen hebben worden dan weer gebruikt
voor een volgende kruising. Op deze manier hoopt men planten te
krijgen die altijd dat gen hebben.
Mogelijk moet je extra info even via Google opzoeken.
Dat was niet nodig.
2. Maak duidelijk waarom het zo lang duurt voordat de gewenste eigenschap
uit de oorspronkelijke aardappelrassen is ingekruist in onze
consumptieaardappelen.
Omdat er steeds maar kleine beetjes van de goede eigenschappen bij
komen, en ook dat is weer een kwestie van kansberekenen. Voordat
alle slechte eigenschappen echt zijn verdwenen en de gewilde zijn
verschenen, ben je vele generaties verder, en dus ook vele jaren verder
in het geval van aardappelen, omdat die één keer per jaar bloeien.
3. Wat is een linkage-drag?
Dit was weer eens een moeilijke vraag, maar ik heb de volgende
conclusie kunnen trekken: Linkage-drag is eigenlijk het overerven van
een ongunstige eigenschap tijdens een kruising. Deze eigenschap
wordt overgeërfd, samen met een wél gunstige eigenschap, maar omdat
deze twee eigenschappen fysiek dicht bij elkaar op het DNA liggen, is
de kans natuurlijk groter dat ze ook samen worden overgeërfd.
Tussendoorvraag:
Verklaar met behulp van onderstaande tekst (zie leerlingenhandleiding
solanum), wat het nut is van cisgene modificatie in vergelijk met transgene
modificatie:
Cisgenese is minder lastig voor het organisme zelf, omdat de
onbekende genen wel van een zelfde soort komen, waardoor er minder
snel mutaties zullen optreden. Bovendien is cisgenese ook veel
handiger als je kijkt naar die eigenschappen die dicht bij andere
eigenschappen liggen.
Opdracht 8.
1. In het onderstaande artikel (zie leerlingenhandleiding solanum) maakt een
groepering protest tegen het zomaar inbrengen van genen van andere
organismen in bijvoorbeeld de aardappel. Men beweert zelfs dat er geen
verschil in 'schadelijkheid' is tussen transgenese en cisgenese. Lees deze
tekst hieronder en formuleer hierover je eigen standpunt.
Ik ben het ermee eens dat we wel moeten oppassen op het gebied van
genetische modificatie. Het is namelijk zo dat er inderdaad veel dingen
over het DNA nog helemaal niet zo duidelijk zijn. We weten niet hoe de
nucleotiden misschien nog wel een groter geheel vormen wat óók
meeweegt. Dat soort dingen moeten eerst nog veel beter onderzocht
worden, en als we al die dingen echt zeker weten, dan kunnen we pas
echt zeggen of genetische modificatie schadelijk is of niet. Tot die tijd
neig ik naar het niet modificeren van organismen, in ieder geval niet
voor consumptie.
Opdracht 9
1. Uit het volgende artikel, waarin het DurPh project wordt toegelicht, haal ik
dit fragment waarin Prof. Dr. Lucas Reijnders zijn mening geeft. Zoek dit
fragment op en vergelijk zijn mening met bovenstaande tekst (zie
leerlingenhandleiding solanum).
Prof. Dr. Lucas Reijnders vind dat we beide varianten om
phytophtoraresistente aardappelen te verkrijgen moeten uitwerken. Ze
hebben allebei hun voor- en hun nadelen. Maar net als bij de klassieke
veredeling moeten de neveneffecten, schadelijk of niet, wel in de gaten
worden gehouden en worden weggewerkt. In tegenstelling met het
artikel eerder genoemd, is Reijnders niet zo fel tegen de cis-, en zelfs
niet tegen de transgenese.
Hoofdstuk 6: Het practicum: Het onderzoek naar de resistentiegenen in vijf
aardappelrassen.
Opdracht10.
Maak een lijst van de vijf rassen en zet erbij welke rassen als gevoelig en
ongevoelig voor Phytophtora worden verkocht.
DORÉ:
Vrij phytophtora-gevoelig.
TEXLA:
Volledig resistent tegen phytophtora, oftewel:
ongevoelig.
MOZART:
Weinig gevoelig voor phytophtora.
MONA LISA:
Redelijk resistent tegen phytophtora, oftewel: een
klein beetje gevoelig.
IRENE:
Matig vatbaar voor phytophtora, oftewel: een klein
beetje gevoelig.
Opdracht 11.
1. Gebruik de informatie van de laatste link (solanum leerlingenhandleiding)
om te kijken of de volgende sequenties aanwezig zijn:
primer 1: CTTACTCACACCACCGATT
primer 2: TCACTCCACACTCTCCAA
Welke conclusies trek je over het fragment dat we op deze manier isoleren?
Ten eerste wil ik eventjes vermelden dat dit voor mij niet zo’n
eenvoudige opgave was, maar dat ik toch geloof dat het me is gelukt. Ik
heb een speciaal programmaatje gebruikt om te kijken of de primers
op het gen pasten, en ik kreeg inderdaad een resultaat! Ik was hier erg
blij om. Het ging hier natuurlijk om het gen Rpi-blb2.
Wat me wel opviel was dat die eerste primer een kopietje was van een
deel van de bovenste DNA streng, van links naar rechts gekeken. En
de tweede primer was een kopietje van een deel van de onderste DNA
streng, maar dan van rechts naar links gekeken. Nu vielen er een
aantal puzzelstukjes in elkaar, en begreep ik beter waar ik nu eigenlijk
mee bezig was. Het was namelijk niet eenvoudig om dat
programmaatje te gebruiken, en ik vraag me ook af of het eigenlijk wel
de bedoeling was.
Maar dit liet me wel even kennis maken met die database, en dat vond
ik toch wel erg fijn. In de leerlingenhandleiding stonden eigenlijk ook
nog twee practica om te leren omgaan met de database. Maar door
tijdsgebrek hebben we die practica overgeslagen. Nu heb ik dus het
gevoel dat ik dat verlies tóch een klein beetje in heb kunnen halen.
En nu de conclusies. Ik heb twee screenshots gemaakt van de
resultaten, en daarop kan ik zien dat er in dit gen om precies te zijn
173 basenparen meespelen. Tussen de twee primers in (die 19 en 18
basenparen lang zijn) hebben we dus 173 – 18 – 19 = 136 basenparen
zitten! En dat voor één gen!
Deze resultaten zijn verkregen met het
programmaatje PRIMER BLAST.
2. Hoe verklaar je dat sommige resistentiegenen ook in tomatenplanten
zitten?
Zowel tomaten als aardappelen zijn lid van de nachtschadefamilie.
Verder zijn bijvoorbeeld paprika en aubergine lid. Solanum betekent
dan ook: nachtschade. En in de Latijnse namen van al deze gewassen
komt het woord solanum ook weer voor. Solanum komt waarschijnlijk
van een ander Latijns woord: solari. Dit betekent verzachtend of
verdovend. Dit kan weer te maken hebben met het feit dat de
nachtschadefamilie vaak gebruikt wordt voor medicinale doeleinden.
De aardappel is dus lid van deze familie, hij heet officieel Solanum
Tuberosum. En de andere leden van de nachtschadefamilie hebben net
als de aardappel ook last van phytophtora, omdat oorsprong toch deels
overeenkomen. Daarom zullen ook die planten resistentiegenen
kunnen hebben.
Practicum 6
Over onderzoek naar DNA
Handelingen:
Vandaag was de grote dag aangebroken. We gingen de ultieme test uitvoeren:
uittesten of er een bepaald gen aanwezig was in een plant!
We begonnen de dag iets anders dan normaal. Daar waar we normaal rustig
aan begonnen, kregen we vandaag meteen labjassen aangereikt, en we
legden alle tassen in een hoek van het lokaal. Bart had een heel schema op
het bord geschreven. Links waren de aardappelrassen die beschikbaar waren
voor onderzoek te zien (en een tomaat), op het middenbord was te zien welke
tweetallen wat zouden onderzoeken (dat mochten we wel zelf beslissen), en
daar was ook precies te zien wat we moesten doen. En op het rechterbord
stonden de handelingen ook nog eens heel duidelijk uitgeschreven. Verder
stonden er ontzettend veel spullen klaar. Pipetpunten,
precisiepipetteerapparaatjes, allerlei reageerbuisjes en epjes in allerlei
formaten met allerlei goedjes erin, kleine buisjes met bladsamples, mesjes,
alcohol, doekjes, en ook waren er meerdere apparaten te vinden, zoals een
centrifuge, een trilapparaat (omgekeerde schuurmachine, heel kunstig
ingebouwd in een houten box), en natuurlijk het PCR-apparaat. Hieronder
een fotootje van de reeks onderzoeken die iedereen op het bord had
geschreven. Ik zat in een team met Jente, en we kregen groepsletter H. Na
een korte uitleg gingen we van start. Ik had echt het idee dat ik heel wat
was, werkend met al deze precisiegereedschappen.
Thermodoos met daarin onder andere de dure
polymerase.
Petrischaaltjes met daarin buisjes met DNA-buffer
(nucleotiden en dergelijke).
Bekertje met gebruikte pipetpuntjes
Biologische aardappelen, daar waren geen bladeren
van beschikbaar.
Buisjes met X-nase vrij water.
Lege, nieuwe, steriele epjes.
Doosje met daarin de ongebruikte, supersteriele
grotere minipipetpuntjes.
Doosje met daarin de ongebruikte, supersteriele
kleinere minipipetpuntjes.
Tomaat, voor het onderzoek.
Petrischaaltjes met daarin epjes met primers, er
waren 4 varianten: R1A, R1B, R3aA en R3aB. (Sorry
voor het feit dat deze petrischaaltjes niet helemaal op
de foto staan.
Één van de vele door Bart gemaakte plankjes met
daarin 4 gaatjes waar de epjes heel mooi in passen.
Buisjes met daarin diepgevroren bladmateriaal van
vijf verschillende aardappelsoorten.
Een epje waar we nog net een D op kunnen zien
staan, deze bevat een lysisbuffer (de D komt van
Dilutionbuffer)
Hiernaast zie je het deel van het bord waar (nogmaals
sorry voor de slechte fotokwaliteit) op te zien is wie
wat heeft onderzocht. De groepsletters staan hier ook
bij aangegeven, samen met het nummer van de epjes
(1 of 2).
Hiernaast zie je de Texla R1 H1 en de Texla R3 H2.
Dit heb ik opgeschreven. Het betekent dat in epje met
daarop de tekst H1 de Texla-aardappel op het R1-gen
wordt getest. En Texla R3 H2 betekent dus dat in het
epje met daarop de tekst H2 een Texla-aardappel op
de aanwezigheid van het R3-gen wordt getest. Dit
moet trouwens eigenlijk R3a zijn volgens de
practicum-beschrijving.
Hé, wat zie ik nu? Iemand heeft zijn epjes ook H1 en
H2 genoemd, in plaats van dat diegene zijn eigen
groepsletter heeft gebruikt! Als dat maar niet voor
problemen gaat zorgen…
Gelukkig had Bart ons de dag van tevoren al kennis laten maken met de
technieken die vereist waren voor het voorzichtig kunnen pipetteren van
dure materialen. Ook hadden we toen kennis gemaakt met de centrifuge en
met de vortexer.
We konden nu beginnen aan het practicum, dat ons nog lang bij zou blijven.
Wij van groepje H (Jente en ik) besloten om de Texla-aardappel eens flink
onder de loep te nemen. Op de site van de handel waar Bart de
pootaardappelen vandaan had, waaruit hij de aardappelplanten is gaan
kweken, stond dat de Texla-aardappelen volledig resistent zouden zijn tegen
phytophtora. Dat wilde ik wel eens zien. Bovendien zou dit betekenen dat we
onder de UV-lamp mooie streepjes zouden gaan zien, als dat gen inderdaad
aanwezig was.
We begonnen met het snijden van het blad. Hiervoor namen we een
superscherp starmesje, dat we eerst met alcohol steriel maakten. Eerst
hadden we een veel te klein stukje te pakken, niet dat er te weinig DNA in
zou zitten, maar het was zo moeilijk kapot te maken. Dus we namen maar
een iets groter stukje, dat we vervolgens in een epje met een D erop deden. In
dat epje zat een zogenaamde Dilusion-buffer, 20 uL om precies te zijn. Deze
lysis-buffer zorgde ervoor dat de celwanden van de bladponsjes kapot zouden
gaan, en dat het DNA dus in de vloeistof terecht zou komen. Toen we dit
hadden gedaan, pakten we een (nieuw) pipetpuntje, en begonnen die als een
vijzeltje te gebruiken, zo prikten we het bladstukje kapot, om de lysis-buffer
meer oppervlak aan materiaal te geven om celwanden kapot te maken.
Toen dit wel een beetje gedaan was, zorgden we er met de vortexer voor dat
alle druppels vloeistof en buffer nog eens goed gemengd werden. (Ik zal de
omgekeerde schuurmachine voortaan een vortexer noemen, dat klinkt veel
professioneler.) Nu was het tijd om te centrifugeren. We moesten er wel voor
zorgen dat de vier beschikbare gaten in de centrifuge gevuld waren, anders
zou de centrifuge uit balans raken en onwijs gaan schudden, met potentiële
schade als gevolg. Maar het ging goed, en toen we ons epje uit de centrifuge
haalden, zagen we op de bodem een prachtige laag groen bladmateriaal, met
daarboven een laag groendoorzichtige vloeistof. Daar zat nu het DNA in.
De volgende stap was het bereiden van het mengsel die dan het PCRapparaat in kon. We namen twee schone, nieuwe epjes, en daar pipetteerde
Bart voor ons de DNA-buffer in, 10 uL in ieder epje. En we deden in beide
epjes 0,5 uL van de groendoorzichtige vloeistof, zónder bladmateriaal van de
bodem van dat epje. Ook deden we in de nieuwe twee epjes de primers, in
het éne epje de R1A en de R1B primers (dit epje noemden we H1), en in de
andere de R3aA en de R3aB primers (dit epje noemden we H2). Deze primers
moet je in paren toevoegen, omdat primer A zorgt voor de DNAstrengreplicatie naar de ene kant, en primer B zorgt voor de DNAstrengreplicatie naar de andere kant. De één is voor de 5’-3’ richting, en de
andere is voor de 3’-5’ richting. De primers vormen het startpunt van de
replicaties. En als we ze dus beide gebruiken, dan krijg je als resultaat dat
alleen het stukje tussen de twee primers het “overleeft”. Want als er geen
streng is om te repliceren, dan gebeurt er ook niets. Dit principe had ik al
eerder in dit verslag uitgelegd, om precies te zijn bij vraag 1 van de vragen
van module molgen 2.
En natuurlijk moest de dure polymerase er nog bij (60 verduvelde euro’s voor
2 mL van dat spul!). Deze lieten we ook door Bart pipetteren. We sloten af
met een enorme hoeveelheid X-nase vrij water, wel 8 uL! Dit was een hele
verademing, en we mochten dit keer ook zelf de semi-automatische
pipeteerder gebruiken. Dat was wel fijn, beter dan dat geklungel met vingers
en pipetpuntjes. Let wel: dit deden we dus 2 keer, we bereidden op deze
manier twee epjes.
Nu vortexten we de twee epjes nog even, en vervolgens gingen ze in de
centrifuge. Nu werd het PCR-apparaat ingesteld, zodat er het volgende
gebeurde, in 3 fasen.
1. 5 min 98 graden
2. 40 keer {10 sec. op 98 graden, 20 sec. op 51 graden, 20 sec. op 72 graden}
3. 5 min 72 graden.
En dit zijn inderdaad de drie fasen die ik eerder beschreef: denaturatie,
hybridisatie, extensie. Zie hiervoor ook weer vraag 1 van de vragen van
module molgen 2.
Door een onvoorziene stroomstoring, die op onze school ongeveer zo
zeldzaam is als een gestreepte tenrek (bestaat echt!) in een
aquariumspeciaalzaak, werd ons experiment helaas ernstig verstoord. Het
PCR-apparaat had stroom nodig, en kon absoluut niet zonder. Bart zou
sowieso al de hele middag op school bezig zijn met de gel, die onder een
spanning zou moeten worden gezet van 100 volt, en dat gedurende 10
minuten. Ik was nog van plan om ’s middags na mijn schooltijd een kijkje te
nemen, maar dit kon nu ook niet door gaan. Want Bart besloot om de hele
zaak mee naar huis te nemen, en daar het experiment voort te zetten. Dit
was een verstandig besluit, maar helaas kon ik nu niet meekijken. Gelukkig
werd het experiment op deze manier tóch nog afgemaakt, al ging het anders
dan gepland.
Wat Bart nog zou doen is het volgende. Hij zou na de behandeling in het
PCR-apparaat een speciale (zeer kankerverwekkende) kleurstof toevoegen bij
elk epje, 5 uL om precies te zijn. Deze kleurstof is de zogenaamde loading
dye. Hierdoor zouden we de vloeistof beter kunnen zien in de agarose-gel. En
met een beetje ethidiumbromide zouden de banden te zien zijn onder een
UV-lamp. Vervolgens zou hij de vloeistof in kuiltjes in de agarose-gel
brengen, en zo zouden dan de elektroden worden aangesloten, waardoor het
gel-elektroforeseproces kon beginnen.
David, de TOA, verzamelde alle epjes die
klaar waren voor het PCR-apparaat. Onze
epjes stonden er ook al in, met op de
dekseltjes de markering H1 en H2.
Zo zag onze werkplek er ongeveer uit, dit
waren in ieder geval de benodigdheden. Ik
moet wel zeggen dat we ontzettend veel
pipetpuntjes hebben gebruikt, omdat we
steeds weer echt zeker moesten weten dat
we steriel bezig waren. Dus voor bijna
elke pipetteer-actie moest er een nieuw
pipetpuntje komen.
Dit was overigens de werkplek van een
ander team (Koen en Helge), dit plaatje
kon ik nog even schieten toen ik zelf al
klaar was met opruimen. Ik vond hem wel
passend, omdat je goed kan zien hoe
weinig spul je nu eigenlijk maar nodig
hebt. Neem nu die drie epjes in het
houten blokje. Je zou zo niet zeggen dat
er ook echt vloeistof in zit, maar dat is
toch echt wel het geval. We werkten hier
met zulke kleine hoeveelheden, dat de
zwaartekracht gewoon opgeheven leek, de
vloeistof bleef in de epjes zitten, al hield je
ze ondersteboven.
Waarnemingen:
De volgende dag kwamen de resultaten. Ik zelf was vervuld van hoop dat de
Texla-aardappelen inderdaad mooie, heldere bandjes zouden vertonen. Bart
vertelde echter dat er maar weinig resultaten te zien waren. Een mogelijke
verklaring was dat de bladsamples al zo lang in de vriezer hadden gelegen. Ik
vond het in eerste instantie wel jammer, maar toen bedacht ik me dat we
hier wel van leerden. Het is dus heel belangrijk dat het DNA niet te lang in
een dood blad heeft doorgebracht. Aan de andere kant is dit ook weer
vreemd, want wetenschappers kunnen DNA van vele jaren nog terugbekijken
(denk maar aan een opgraving of iets dergelijks).
Maar er waren wel wát resultaten. Bart was de avond daarvoor tot 2 uur ’s
nachts in de weer geweest om deze resultaten nog vast te leggen op de foto,
en om er een enorme uitwerking over te schrijven. Uit die uitwerking komen
ook de volgende foto’s:
Hiernaast zie je de resultaten van alle
groepjes.
Je ziet dat er niet veel duidelijke banden
zijn ontstaan, alleen bij de rulers.
Hiernaast zie je dat in het cirkeltje heel
vaagjes een bandje te zien is, gen R1 is
dus aanwezig in de aardappelsoort Irene.
Hiernaast zie je tevens H1 en H2, die niet
echt heel duidelijk zijn geworden. Hierbij
moet ik opmerken dat je in beide lanes
wél ziet dát er DNA aanwezig is, alleen
niet precies wáár het hoort te zitten,
oftewel: hoe lang het is.
Op de volgende pagina heb ik mijn H1 en
H2 nog eens onder de loep genomen…
Opvallend vind ik wel dat er nog een
groepje is geweest dat de Texla op beide
genen heeft getest (L1 en L2), en dat zij
nog minder resultaat hadden dan wij.
Hier is een heel sterk bandje te zien, gen
R3a is dus duidelijk aanwezig bij de Mona
Liza en de Mozart-aardappelen. Ook bij
Doré zie je nog een bandje verschijnen, en
bij N1, en dat vind ik wel bijzonder, zie je
helemaal onderaan nog een waas. Dit zou
kunnen betekenen dat de moleculen
superklein waren, en ze helemaal
onderaan zijn beland. Ik heb deze waas
groen omcirkeld.
Hiernaast de laatste resultaten, trouwens
allemaal van tomaten.
En een prachtig tabelletje dat Bart heeft
gemaakt. Ik kon hem wel weer opnieuw
maken, maar dat is ook zo dubbelop. Ik
besloot om deze maar gewoon te laten
zien. Je ziet dat de Texla qua genen (ja, ik
ben nu na het practicum vooral met de
Texla bezig) helemaal afwijkend is van wat
de pootaardappelhandelaar beweerde. Die
zei namelijk dat deze aardappel volledig
resistent was, terwijl wij juist volledig
niets vonden qua resistentiegenen…
Ik liet het natuurlijk niet zomaar op me zitten dat ik geen
resultaat kon verkrijgen, en daarom heb ik het fotootje een
beetje aangepast. Ik heb eerst het deel van H1 en H2 eruit
geknipt, en daar heb ik vervolgens wat contrast- en
kleurverbeteraars op los gelaten. Ik heb dus officieel niets
veranderd, ik heb er niet zelf bandjes bijgetekend. Ik heb
alleen gezorgd voor een helderder plaatje. Dit vond ik ook
wel een mooi compromis. De vriezer had mijn DNA deels
verwoest, dus dan haal ik dat verlies weer in met wat
contrastverbeteraars.
En mij valt op dat ik nu wel degelijk iets kan waarnemen.
Het is niet zo’n mooie, eenduidige streep als bij
bijvoorbeeld groepje K2, maar het is toch beter dan niets.
Want ik kan zien dat in de lane van H2 wel een soort van vage vlek is te zien,
met als “hoogtepunt” een punt wat ongeveer in de zone van 300 baseparen
terecht kwam. Kijk maar naar het plaatje hier linksboven. Ik heb even een
pijltje gezet bij die vlek. En dat die vlek daar is betekent toch dat er daar wel
degelijk DNA-moleculen aanwezig zijn. Conclusie: het zou kunnen dat de
resistentiegenen tóch aanwezig waren, R3a in ieder geval, dat was namelijk
lane H2.
De verse groenten, zoals de bio-aardappelen en de tomaten en dergelijke,
gaven over het algemeen wat meer resultaat, waarschijnlijk omdat die niet
waren ingevroren. De bron van al deze schitterende foto’s en tabellen is:
http://www.rshbiologie.nl/pcr%20technieken-late-blightprimers%20klas11%202014.pdf
We mochten overigens ook nog allemaal even in het donker met een UV-lamp
naar de resultaten kijken, want Bart had alle gel-plaatjes bij zich. Dat was
erg leuk om te zien, ook al waren er wat minder resultaten. Je zag in het
gewone licht trouwens ook heel mooi de loading dye’s zitten.
Opdrachten:
1. Geef duidelijk aan waar het practicum zou kunnen misgaan en wat
verstorende factoren zijn.
Dit practicum kan natuurlijk op heel veel vlakken misgaan. Het is
natuurlijk van belang dat de juiste hoeveelheden van alle stoffen
worden gehandhaafd, want die spelen mee in het uiteindelijke
resultaat. Ook kan het zijn dat de DNA-moleculen al vergaan zijn,
zoals bij ons hier en daar het geval was door het invriezen. Het zou
natuurlijk ook kunnen dat de primers te kort zijn, waardoor er ook
andere stukken DNA worden gedupliceerd.
En de DNA-buffer zou niet goed kunnen zijn, en de lysis-buffer zou
niet goed kunnen werken, en zo kan je nog heel lang door gaan. Er zijn
tal van potentiële verstorende fatoren.
Er waren nog wat opdrachten gegeven, maar dat waren allemaal doe- en
leesopdrachten. Ik heb er een aantal van gedaan, maar ik had niet oneindig
de tijd, want je kan bijna oneindig nieuwe artikelen en filmpjes vinden over
phytophtora.
Vragen:
1. Wat zijn de resultaten van de gel?
Zie voorgaande pagina’s.
2. Kloppen deze met wat de fabrikant opgeeft voor de resistentie?
Niet overal, zie tabel op vorige pagina.
3. Hoe zou je testen of ook tomaat over het gen R1 of R3a beschikt? Beschrijf
kort dat practicum.
Dat hebben verschillende leerlingen al gedaan, het enige verschil is dat
je een stukje tomaat moet nemen in plaats van een bladponsje van een
aardappelplant.
4. Hoe zou je dit practicum kunnen uitbreiden? (Andere genen, database,
primers ontwerpen etc.) Neem een foto van wat je ziet of teken het. Kijk of je
alle stadia kan terugvinden.
Ik heb even gekeken in de database welke genen een aardappel
allemaal kan hebben, en ik kreeg maar 140 resultaten! Ik weet bijna
zeker dat er vele duizenden genen betrokken zijn bij een
aardappelplant, maar dit zijn misschien de bekende 140. Op de
volgende pagina een screen print van mijn zoekactie. Ik klikte op één
van deze 140 genen, en ik kreeg een grafiekje te zien, zie ook hiervoor
de volgende bladzijde.
Hierboven is het snapshot van mijn scherm te
zien tijdens mijn speurtocht naar de andere
genen, die niet per se iets te maken hebben met
phytophtora.
Ik koos zomaar een gen uit, matK (maturase K),
en ik kreeg de grafiek hiernaast te zien. Ik zag
dat matK wel meer dan 1500 basenparen lang
was! 1530 om precies te zijn.
Vervolgens ging ik met de optie Pick Primers
kijken welke primers ik nodig zou hebben voor
deze matK. Helaas lukte me het niet om
resultaten te krijgen, ik kreeg steeds weer
foutmeldingen. Maar ik kwam er wel achter waar
de matK voor dient. Dit stukje codeert namelijk
voor de chloroplasten, oftewel: de
bladgroenkorrels.
Als we deze primers wél zouden kunnen vinden en kopen, dan zouden we
kunnen kijken of er inderdaad genen die coderen voor bladgroenkorrels
aanwezig zijn, op vergelijkbare methode als we met R1 en R3a deden.
Vragen module solanum
1. Leg kort uit wat de levenscyclus is van de oömyceet phytophthora.
Phytophthora is een zogenaamde waterschimmel, ze worden ook wel
pseudoschimmels genoemd. Phytophthora kan zich geslachtelijk óf
ongeslachtelijk voortplanten. Deze schimmel huist in de winter in
aardappelknollen die per ongeluk nog op in de aarde zitten. Uit die
knollen ontstaan planten, die ook de sporen van de schimmel
verspreiden. Als een volgende plant ook geïnfecteerd is worden er ook
weer nieuwe sporen gevormd, en op die manier gaat het steeds verder,
en neemt het aantal sporen weer toe.
2. Op welke wijze beschermt een aardappelplant zich tegen indringers?
Als er een deel van de aardappelplant wordt geïnfecteerd, dan begint
de plant dat deel van de plant zo snel mogelijk af te werpen, dat deel
van de plant (bijvoorbeeld een blad) sterft dan, en wordt bruinig.
3. Wat houdt de resistentie in die de aardappelplanten kunnen hebben tegen
deze waterschimmel?
Resistentie qua betekenis betekent dat de aardappelplant niet vatbaar
is voor de waterschimmel. Maar toen bedacht ik me dat het er juist om
ging hóe ze dat doen.
Dit was echter een bijna onvindbaar antwoord, ik heb dus ook bijna
niets gevonden. Ik heb het vermoeden dat die aardappelplanten een
bepaalde stof uitscheiden waar de schimmel niet tegen kan. Ik vond
ergens wél (in een artikel van de universiteit van Wageningen, over het
DuRPh-project) dat het allemaal te maken heeft met de mate waarin
een plant de geïnfecteerde delen af laat sterven. Maar meer was er niet.
4. Leg het begrip waterschimmel uit.
Een waterschimmel is een schimmel die geen echte schimmel is, maar
een pseudoschimmel. Hij komt voor in zout en zoet water, maar dus
ook op planten op het land. Ik zou graag citeren uit “De strijd tegen de
aardappelziekte”, van de universiteit van Wageningen, en wel het
volgende: “Phytophthora sporen verspreiden zich door de lucht. Wanneer
een spore op het aardappelblad terechtkomt, dringt een kiembuis het
blad binnen. Eenmaal binnen vertakt de kiembuis zich en neemt
voedingsstoffen uit de cellen op. De kiembuis groeit en de vertakkingen
tasten steeds meer cellen aan. Uiteindelijk komen er aan de onderkant
van het blad, vanuit de huidmondjes, sporendragers. Deze
sporendragers staan dwars op het blad, zodat de wind vat kan krijgen
op de sporen. De sporen waaien weg en kunnen een nieuwe besmetting
veroorzaken. Sporen kunnen ook met het regenwater de grond in
spoelen en de knol aantasten. De aardappelknol wordt dan
langzamerhand bruin, begint te rotten en flink te stinken, en is dan
natuurlijk onverkoopbaar. Het hele proces van kieming tot verspreiding
van nieuwe sporen en aantastingen kan zich bij vochtig weer binnen 4
dagen afspelen. Als de omstandigheden optimaal zijn voor de ziekte kan
het een veld aardappelen binnen 2 tot 3 weken verwoesten.”
5. Wij kunnen zien of een plant wel of geen R1-gen heeft. Wat zegt die uitslag
eigenlijk? Is dat afdoende?
R1 is slechts een onderdeeltje van een serie genen die coderen voor
resistentie. Dus als een plant alleen R1 heeft wil dit nog niet meteen
zeggen dat deze ook resistent is.
6. Waarom is men voor de resistentiegenen weer naar Bolivia en Peru
afgereisd?
Omdat de aardappelplant daar zijn oorsprong kent, en daar zullen dus
ook van nature resistente aardappelplanten voorkomen, die zijn door
de evolutie ontstaan.
7. Late Blight is de ziekte die de aardappeloogst van de Ieren in de 19e eeuw
deed mislukken. Wat waren de gevolgen?
Dat er enorm veel mensen stierven, omdat ze geen echt voedsel meer
hadden. Ze voedden zich daar alleen maar met aardappelen, of dat
waren in ieder geval de voedzaamste delen van het eten. En als je dat
voedzame niet binnenkrijgt, dan gaat het mis. De bevolkingsdichtheid
daalde enorm, er vertrokken miljoenen mensen. Zie voor nog meer
informatie ook de module solanum, en daarvan weer de opdrachten,
daarin wordt de “famine” in Ierland uitvoerig besproken.
8. Als aardappelboer heb jij de keus: Of je investeert jaarlijks enkele
duizenden euro's in bestrijdingsmiddelen, of je gaat cisgene rassen
gebruiken. Schrijf een kort betoog welke keuze je maakt en waarom.
Het probleem met bestrijdingsmiddelen is dat het heel erg duur is én
de aardappelen zijn doordrongen van chemische troep. En die
chemische middelen komen weer in ons eigen lichaam terecht, via die
aardappelen. In principe ben ik ook niet voor cisgene rassen, want je
weet niet precies hoe alles in elkaar steekt, en je hoopt maar dat je
écht alleen de resistentie verhoogt. Maar ik zou in dit geval als
aardappelboer toch voor de cisgene rassen gaan, ook omdat die
goedkoper zijn dan die bestrijdingsmiddelen, en voor zover we nu
weten ook gezonder, omdat er dan geen, of in ieder geval veel minder
bestrijdingsmiddelen in zullen zitten.
9. Welke ontwikkelingen zouden de mensen moeten doen om áf te komen
van die enorme hoeveelheden bestrijdingsmiddelen?
Men zou precies moeten weten welke bijwerkingen de cisgenese heeft,
zodat er duidelijk aan iedereen kan worden uitgelegd dat er geen
andere bijwerkingen zijn, als dat het geval is natuurlijk. Óf men moet
gewoon stoppen met het verbouwen van aardappelen die niet resistent
zijn, en alleen maar superresistente aardappelen gebruiken, zoals
(volgens de handelaar) de Texla-aardappel, hoewel dit nu juist weer
niet zo’n goed voorbeeld is, omdat we in de klas ontdekten dat de
Texla-aardappel de genen R1 en R3a allebei niet echt heel duidelijk
heeft.
10. Welke gewassen staan naast de aardappel ook hoog op de lijst van
wereldvoedsel?
Dat zijn rijst, maïs en graan (denk aan brood).
Vragen module dna1
1. Wat is de rol van de temperatuurswisselingen bij PCR?
Die temperatuurswisselingen zorgen ervoor dat de 3 verschillende
fasen: denaturatie, hybridisatie en extensie, allemaal goed werken.
Elke fase vereist gewoon een andere temperatuur.
Denaturatie: 5 min 98 graden
Hybridisatie: 40 keer {10 sec. op 98 graden, 20 sec. op 51 graden, 20
sec. op 72 graden}
Extensie: 5 min 72 graden.
2. Waarom zou het beste het DNA eerst gezuiverd moeten zijn?
Om te voorkomen dat er DNA van een ander organisme in terecht komt
dat dan misschien wordt gedupliceerd, zonder dat het test-organisme
over dat gen beschikt. Dat is een erg verstorende factor, die voorkomen
moet worden.
3. Noem twee nadelen van verkeerd gekozen temperaturen bij de PCRtechniek.
Het denaturiseren zou kunnen mislukken, en dan zou er helemaal
niets gekopieerd kunnen worden. Want de twee DNA-strengen zouden
dan niet loslaten van elkaar, ze zouden niet los “smelten”. Dat zou
natuurlijk niet zo mooi zijn, want dan gaat er sowieso niets gebeuren
in de volgende stappen.
Het hybridiseren zou misschien niet goed gaan met een andere
temperatuur dan 51 graden, waardoor er helemaal niets gekopieerd
wordt. Ook dat is natuurlijk onhandig, want dan ben je én heel duur
materiaal kwijt (polymerase bijvoorbeeld), én je proef mislukt.
4. Waarom is van het polymerase zo onstellend weinig materiaal nodig?
Omdat de polymerase-enzymen zorgen voor het aanplakken van de
juiste nucleotiden aan een DNA-streng. Er is maar één enzympje nodig
voor één streng, en dat is dus best weinig.
5. Wat zou er bij het ontwerpen van primers mis kunnen gaan?
Dat heb ik natuurlijk aan den lijve ondervonden, je kunt namelijk
errors krijgen in het programma, en niet goed weten hoe je die op kan
lossen. Maar dat is natuurlijk een kwestie van vragen aan iemand die
het wél weet.
Wat een erger probleem is, is dat je primers te kort zouden kunnen
zijn. Als dat zo is, zouden ze op een andere plek kunnen gaan hechten,
omdat er een grotere kans is dat er een andere plek met dezelfde
sequentie is als je een kortere primer neemt. Als de primers echter te
lang zijn, dan is het ook weer niet goed, want dan gaan de primers met
zichzelf in de war zitten, en kunnen ze ook niet goed aan de DNAstreng hechten.
6. Bij het gebruik van de agarose-gel wordt DNA gescheiden in fragmenten
van verschillende lengte. Geef in je eigen woorden weer hoe die fragmenten
ontstaan.
Ik wil dit graag doen aan de hand van een plaatje van wikipedia:
Eerst wordt de eerste DNA-streng gedenaturiseerd.
Nu heb je twee losse strengen.
Hier worden de primers aangehecht, dat zijn die kleine rode
stukjes.
En die primers worden als begin van het kopieergedeelte
gezien, dus daarvandaan wordt er gekopieerd.
Let wel: dit gebeurt dus bij twee strengen, zoals je in het
plaatje ook kan zien.
Vervolgens worden de strengen (waarvan er dus één net is
aangemaakt) weer van elkaar los gemaakt.
En nu worden er aan alle vier losse strengen weer primers
gehecht, dit keer andere primers. Deze coderen weer voor
het begin van het kopieerproces.
Na nog zo’n serietje van losmaken, primers aanhechten en
kopiëren vanaf de primers krijg je korte fragmenten,
fragmenten die naar één kant nog lang zijn, en fragmenten
die naar twee kanten nog lang zijn.
En nu gaat het maar door, en zal er een exponentiële
toename van de kortste fragmenten zijn, omdat die steeds
weer ontstaan uit zon 3-tal handelingen uit een halflang
fragment.
7. De PCR-reactie doorloopt de middelste stappen 40x. Aangenomen dat in
stap 1 precies 1 DNA molecuul aanwezig was, hoeveel fragmenten hebben we
na 40 stappen?
Uit één DNA-streng ontstaan 2 DNA-strengen, uit 2 DNA-strengen 4,
en uit 4 worden het er 8 enzovoort. Dus we kunnen de formule
gebruiken: 1*2^40, als we willen weten hoeveel het er zijn na 40
stappen zijn. Dit is natuurlijk hetzelfde als 2^40, en dat is
1099511627776 volgens WolframAlpha (sterke reken-engine op het
internet). Dat is ongeveer 10 keer zoveel als het aantal mensen dat
heeft geleefd tot nu toe!
8. Wat is de rol van het (giftige) Ethidiumbromide? Waarom is dit een
kankerverwekkende stof?
Met die ethidiumbromide maken we de banden zichtbaar onder UVlicht. Door de platte structuur van dit goedje kan het makkelijk tussen
de nucleotiden schuiven, en dan kun je dus zien waar die nucleotiden
zich bevinden. Maar het is ook erg kankerverwekkend, omdat het zich
ook tussen de nucleotiden van het menselijk DNA kan wringen, en dat
is natuurlijk niet zo goed, omdat er dan veel kans op mutaties is, wat
kanker als gevolg kan hebben.
9. Zie deze gel:
Leg uit wat er te zien is.
Je ziet dat er heel duidelijk in lane 4 en 7 een gen aanwezig is van
ongeveer 300 basenparen lang. Daarnaast zie je twee rulers, in lane 5
en 9, met streepjes om de 50 basenparen (dat staat er boven) En in
baan 1 zie je ook een ruler, maar dan heel wazig. Ik weet toch zeker
dan het een ruler is, want je ziet dat er zelfs nog tussenstappen
aanwezig zijn, en dat is bijna nooit het geval bij het DNA van een plant.
Ik kan deze dingen, die ik nu zo uit mijn hoofd opnoem, controleren
door de tekst onder de afbeelding. Het fragment was inderdaad
ongeveer 300 basenparen lang, 297 om precies te zijn. Verder kan ik
zien wat in welke baan heeft gezeten. In baan 4 was een tomaat
onderzocht, en in baan 7 was een afrikaantje (plantje) bekeken. Verder
zie ik dat er bij 6, 7 en 8 gebruik is gemaakt van een lysis-buffer
(diluted procedure), en bij baan 2, 3 en 4 niet. Dat kun je wel een
beetje zien, want de streep in baan 7 is feller dan die in baan 4. Wel
vind ik het opvallend dat de tomaat het zonder dilution wel deed, en
mét niet. En op dezelfde manier vind ik het opvallend dat de afrikaan
het zonder dilution niet deed, maar met wel. En de wortel (carrot) heeft
het helemaal niet gedaan. Ook zie ik dat deze gel op 20 augustus 2013
is gemaakt. Ik heb het vermoeden dat deze gel is gemaakt met de Phire
Plant Kit.
10. Stel je voor dat je profielwerkstuk (EWS) een biologisch/moleculair
onderwerp zou bevatten. Bedenk een genetisch/moleculair onderwerp dat je
zou kunnen uitwerken.
Mogelijke sleutelwoorden:
- Resistentiegenen
- Primers
- Restrictie-enzymen
- PCR
- DNA polymerase
- RNA polymerase
- Gel-electroforese
- Schimmels (bodem)
Ik zou voor een eindwerkstuk iets willen doen met die primers. Ik zou
graag meer over die dingen willen weten, bijvoorbeeld waarom ze zo
makkelijk vasthechten, en waarom de polymerase pas vanaf de
primers zijn werk begint te doen, en niet langs de gehele streng. Ik zou
die database nog beter willen leren gebruiken, want nu ging dat niet zo
heel vlug. Ook zou ik willen weten waarom die primers niet tegen
elkaar of tegen een ander gen op een ander stukje DNA plakken. Want
in zo’n vloeistof heb je meerdere chromosomen van DNA, en die drijven
allemaal los rond, met die primers eromheen. Waarom plakken die
primers precies op het juiste DNA-strengetje, hoe kan het dat een serie
van 20 basenparen maar één keer in zo’n ontiegelijk grote hoeveelheid
maar één keer voor komt.
Dit soort vragen zou ik allemaal willen beantwoorden, helaas is de
periodetijd daar niet lang genoeg voor.
Nawoord
Ik wil allereerst Bart enorm bedanken. Want wat een werk heeft hij hieraan
gehad. Al in de zomer is hij een stukje land gaan bewerken, speciaal voor
deze periode. Speciaal voor deze periode heeft hij hele lesmethodes
geschreven, en speciaal voor deze periode heeft hij allerlei dure dingen
gekocht. Speciaal voor deze periode heeft hij een hele website opgezet, met
daarop letterlijk tientallen links naar allerlei bestanden, waarvan er sommige
zelf waren gemaakt (zoals de powerpointpresentaties). En speciaal voor deze
periode heeft Bart de nacht voor de laatste periodeles zijn slaaptijd
opgeofferd om de gel-electroforeze-experimenten nog uit te voeren om onze
resultaten te verkrijgen. En dat allemaal thuis omdat er op school een
stroomstoring was. Bovendien woont Bart hier niet om de hoek, en moest hij
alle spullen van daar naar school en terug krijgen. En tot slot moest hij elke
ochtend verschillende spullen klaarzetten, die overigens allemaal van hem
zelf waren, zoals een laptop met beamer, een enorme microscoop mét digitale
camera erop die de preparaten op het bord kon tonen, via de laptop en de
beamer. Bart heeft zelfs een routertje gekocht dat hij elke dag weer aansloot,
en waarvan wij gebruik konden maken om in de les aan de opdrachten te
werken, op smartphone, tablet of laptop. En natuurlijk moesten alle epjes,
mesjes, roerstaafjes, aardappelen, tomaten, pipetpunten (2 soorten), buisjes,
X-nasevrij water (wat ook weer zelf gemaakt was), thermoboxgekoelde
vloeistoffen, doekjes, alcohol om steriel te maken, vortexer (ook zelf
gemaakt), centrifuge, allerlei zelfgefabriceerde ep-houdertjes en ga zo maar
door allemaal nog klaargezet worden. En aan het eind van de les moest dit
ook weer allemaal opgeruimd worden! En vergeet vooral niet dat Bart
massa’s dieren in zijn huis moest toelaten om ze te kweken voor onze
practica. Ik heb het hier natuurlijk over de Drosophila Melanogaster,
waarvan er honderden exemplaren door Bart werden gevoed en
onderhouden. En daar zaten natuurlijk ook weer larven en dergelijke onder.
Dat vind ik echt bewonderingswaardig, dat een leraar zó ver gaat om het de
leerlingen maar goed te laten hebben. En dat is dan ook zeer zeker gelukt.
Hoewel de theorie er soms doorheen schoot, was het voor mij goed te volgen,
zeker ook omdat we in ons hoofd konden houden dat we het later thuis nog
eens na konden lezen, in de powerpoints die op de site stonden. En van die
dingen heb ik dan ook veel gebruik gemaakt. En dan de inhoud van de les.
Want wat was die geweldig. Ik wil niet onaardig overkomen naar bepaalde
docenten, maar nadat ik deze periodelessen had meegemaakt werd mijn
mening over biologie drastisch veranderd. Daar waar ik eerst heel somber en
mopperig werd van biologie, werd ik er nu enthousiast over, en ik wilde het
liefst alles meteen uitproberen. Zo wilde ik wel álle aardappelen testen op
hun genen, inclusief de tomaat en het afrikaantje én een komkommer en een
paprika én een bloemetje uit de groenstrook naast de school. Dat laatste heb
ik helaas niet gedaan, maar als ik het wel had gedaan, dan was ik misschien
wel de eerste geweest die dat ooit had geprobeerd! Maar ik moest nu eenmaal
kiezen.
Deze manier van periodelessen vind ik erg leuk, ze werken voor mij veel
sterker. En omdat je bijvoorbeeld voor de (soms misschien iets té) uitdagende
vragen ook veel zelf moet opzoeken, onthoud je het voor mijn gevoel vele
malen beter dan wanneer het je in een boekje wordt voorgeschreven, dat je
dan maar moet doorlezen. Ik zeg nu niet dat ik schoolboeken over het
algemeen stom vind, maar het punt met sommige van die boeken (waaronder
het biologieboek) is dat alles héél droog is opgeschreven. Je leest het niet
makkelijk door, omdat er met allerlei termen wordt gegooid. Daardoor kan je
niet makkelijk onthouden. En met de manier van les die wij nu voor het
eerst kregen in deze experimentele maar zeer geslaagde periode, kon ik het
beter vinden.
Het is natuurlijk wel zo dat er erg veel huiswerk was, maar daar leer je wel
weer van. Ik merkte wel dat ik sommige vragen amper kon beantwoorden, en
ik heb echt mijn uiterste best gedaan om alle mogelijke bronnen die ik kon
gebruiken ook echt te raadplegen, maar als ik er dan nóg niet uit kwam, heb
ik opgeschreven wat mij zelf het meest logisch leek.
Wat ik zelf ook merkte is dat ik bij het beantwoorden van vragen soms iets
ontdekte, waarover ik eerder bij een andere vraag iets nét anders had
opgeschreven. Dus eigenlijk zag ik dan pas dat ik het bij die eerdere vraag
nét niet goed had begrepen. Ik heb dit niet verbeterd, omdat ik het wel mooi
vind voor Bart, zodat hij kan zien dat ik echt vooruitgang heb geboekt, dat ik
echt wat heb geleerd.
Ik hield me in het begin heel strikt aan de regels van de uitwerkingen van de
practica, maar later kon ik dat niet meer doen. Er stond ergens bijvoorbeeld
dat er een uitgebreid verslag moest worden gemaakt, maar dat werd dan nét
geen 3 A4’tjes, zoals was voorgeschreven. En bij andere uitwerkingen ben ik
over de 3 A4’tjes heengegaan, omdat er gewoon te veel was wat ik van mezelf
moest benoemen.
Nu kwam er het toeval ook nog eens bij dat ik tussen de eerste en de tweede
week van deze periode een smartphone kreeg voor mijn verjaardag, en dat ik
dus (gelukkig) zelf foto’s kon maken en in de les kon werken. Daarom zie je
dat ik in het begin van dit verslag spreek over klasgenoten die voor mij een
foto wilde maken, en later in het verslag doe ik dat niet, omdat ik daar zelf
foto’s kon maken.
Ik wil ook graag David, de TOA, bedanken, want ook hij heeft, net als Bart,
veel vragen van mij willen beantwoorden, en daar ben ik heel erg blij mee,
want veel van die vragen waren voor mij zelf erg belangrijk.
Ik wil nog één keer Bart van Zweeden heel erg bedanken voor alle moeite die
hij heeft gedaan voor deze periode. En het was het dubbel en dwars waard,
ik heb er echt van genoten, en zeker ook heel veel van geleerd. Bovendien is
mijn interesse in biologie flink aangewakkerd, en dat zegt ook wel wat denk
ik.
Christian Bijvoets