Methoden_in_het_Biomedisch_Onderzoek_Januari_2016

Methoden in het Biomedisch Onderzoek
Januari 2016
Examen no. 1
Meerkeuzevragen:
1. wat zijn nanobodies?
2. waarvoor wordt SILAC gebruikt (iets met superresolutie microscopie, differentiele proteomics,..,...)
3. met welke NGS kan je de novo sequencing doen? (de 4 NGS als opties gegeven)
4. wat wil je bij voltage clamp ? (hoge/lage Rseal + hoge/lage Rleak)
5. waarom zie je bij spieren niet snel stralingsschade? (door lang leven van functionerende cellen,
…,....,....)
6. wat gebeurt er bij DNAse footprinting (4 opties voor hoe dit gedaan wordt)
7. Waarom is er beperkte schade bij spiercellen na bestraling?(stamcellen delen niet veel, functionele
cellen hebben lange levensduur,...,...)
8. Bij de bioanalyser is mijn 18S piek 2x zo groot als mij 28S piek. Dit wil zeggen:
9. Bij gelfiltratie: (zelfde als de pollEverywhere)
10. Bij two-photon microscopie wordt gebruik gemaakt van:
Vraag radio-isotooptechnieken
Bespreek het principe van de ionenkamer en de 3 toepassingen hiervan. Geef een schets van de
…(ionenvorming~) in functie van de spanning.
Open Vragen
1. Bespreek digital PCR en vergelijk dit met de “gewone” kwantitatieve PCR (qPCR).
2. Bij patienten met Alzheimer is er een verschuiving van de oxidatieve afbraak van glucose naar de nietoxidatieve afbraak (glycolyse). Deze verschuiving is iets waar TF A (bepaalde naam van
transcriptiefactor) sterk mee betrokken is (in het algemeen, niet per se bij Alzheimer). Hoe kan je nagaan
of deze TF betrokken is bij Alzheimer?
Examen no. 2
examen 11/02 namiddag
Meerkeuzevragen:
1. bij fluxomics kan je met stabiele isotopen volgen in metabole pathways hoe kan je dit analyseren? (A:
met NMR, B: met MS, C: MS en NMR, D: MS, NMR en radioactief verval
2. Wat is MAPPIT?
3. Wat is iCELLigence?
4. Wat is MASSArray?
5. Hoe gaat het stappenplan bij DNAse footprinting?
6. welke stelling is juist over stochastische effecten. (A:er is geen veilige dosis, B: ernst is afhankelijk van
dosis)
7. Welke stellingen is juist over numeriek apertuur (A: als resolutie klein moet zijn dan moet NA ook klein
zijn, B: NA is een getal dat aangeeft onder welke hoek licht wordt opgevangen of uitgestraald)
8. Welke stellingen is juist over passieve en actieve MEA’s (A: Alle actieve MEA’s bestaan uit silicium, B:bij
passieve MEA’s gebeurt verwerking op de MEA zelf)
9. Welke stelling over STED is juist (A: heeft een tweede laser met een zero intensity spot in het midden)
10. verhouding van 260/280 nm bij OD meting is 1.8 hoe zuiver is mijn DNA? (A: behoorlijk zuiver, B: slecht,
C: onzuiver)
11. Verhouding van 28s rRNA t.o.v. 18s rRNA is bijna 2 keer zo hoog wanneer het staal gemeten wordt in
een bio-analyzer. hoe intact is mijn RNA?
12. In welke assay wordt geen gebruik gemaakt van een reductie van Cu2+? (A:Biuret, B: Bradford, C: BCA,
D: Lowry)
13. Waarin kan DELFIA gebruikt worden?
14. Welke pipet best gebruiken om 10 µL te pipetteren
15. Welke stelling is juist over single cell Westerns? (A: je moet niet overblotten)
16. Welke stelling is juist over qPCR? (A: als er meer gentranscripten zijn dan is Ct lager)
17. Welke stelling is juist over TaqMan probes (A: als Taqpol passeert dan wordt fluorescente groep los
gemaakt van quencher waardoor er fluorescentie is)
18. Welke stelling is juist over TLC? (A: Migratie is afhankelijk van adsorptie aan de silicalaag)
19. Wat zijn nanobodies
Vraag radio-isotooptechnieken
Bespreek PET-camera, bespreek welke radionuclides die gebruikt kunnen worden en geef twee voorbeelden
samen met hun klinisch gebruik.
Open Vragen
1. Geef 3 methodes om genoomwijd gentranscriptie te analyseren (dus bv: FAIRE-seq, DNAse-SEQ en
ChIP-SEQ)
2. Een neurodegeneratieve ziekte wordt veroorzaakt door precipitaatvorming van het proteïne ataxine 3.
Dit gen heeft normaal een glutamine-herhaling (tot 21) maar bij patiënten met deze ziekte loop dit aantal
op tot zelfs 70. Geef je methodes en stappenplan om te onderzoeken of de precipitaatvorming
veroorzaakt wordt door deze poly-glutaminering.
Examen no. 3
Meerkeuzevragen
1. Wat is string? (verschillende websites geeft die dan wat die doen)
2. Verhouding van 28s rRNA t.o.v. 18s rRNA is bijna 2 keer zo hoog wanneer het staal gemeten wordt in
een bio-analyzer. hoe intact is mijn RNA?
3. Wat is MAPPIT?
4. Welke stelling over SMI, SIM is juist?
5. Welke stelling is juist over SSCP?
Vraag radio-isotooptechnieken
Teken de grafiek aantal neutronen-aantal protonen. Geeft de soorten verval die er kunnen gebeuren en geef van
elk een voorbeeld. Geef van deze nucliden ook therapeutische/diagnostische toepassing.
Open Vragen
1.Geef 4 methoden om een specifiek eiwit kwantitatief te onderzoek in een weefselmengsel.
2. Een persoon met aangeboren hartziekte veroorzaakt door mutatie in gen coderend voor GATA4. Toon aan dat
deze mutatie oorzaak is voor die aandoening en waarom? Geeft methoden en leg uit.
Examen no. 4
Meerkeuzevragen
1. Met welke databank kan je genexpressiedata opzoeken? (geneID,Genevestigator,Geneontology...-)
2. Welke methode zou je NIET gebruiken voor resequencing? (454, Illumina, SOLiD of ion torrent)
3. DNA ligation assay, voor wat wordt het gebruikt? (eiwit-eiwit interacties in de cel na te gaan en te
localiseren, transcriptiefactor regeling na te gaan…)
4. …
Radio-isotooptechnieken
Bespreek beta- verval. Geef een voorbeeld van een radionuclide en een (biomedische) toepassing.
Open vragen
1. Bespreek de aanmaak van monoclonale antistoffen en nanobodies.
2. SNP in APOE4, vermoedelijk defect voor transport van dit eiwit naar de mitochondriën waardoor de
energieproductie niet normaal kan verlopen. Hoe kan je aantonen dat deze SNP hier effectief de
oorzaak van is?
Examen no. 5
Meerkeuzevragen
1.
om genexpressie van het gen LKL1 te weten te komen, welke site gebruik ik het best?
(Genevestigator,...)
2. bij RNAseq wordt gebruik gemaakt van? (nieuwsynthese met DNA polymerase en ribonucleotiden,
nieuwsynthese met DNA polymerase, nieuwsynthese met RNA polymerase, methode zoals Sanger)
3. Voor wat wordt de Boyden Chamber gebruikt? (migratie van cellen meten,...)
4. Hoe gebeurt een 2D-DIGE? (A: Eerst 2 stalen differentieel fluorescent merken, dan op aparte gels zetten
en vergelijken, B: 2 stalen differentieel fluorescent merken, dan op 1 2D-elektroforese gel zetten, …)
5. Pfu heeft proofreading activiteit door.. (exonuclease 3’-5’)
6. Antisense DNA binding aan mRNA zorgt voor blokkering transitie WAAROM?
7. SSCP
8. Numerieke Apparatuur
9. Dpni bij targeted mutagenese
10. Hoogste temporele resolutie bij elektrofysiologie (patch-clamp, calcium indicator,..)
11. Genexpressie vergelijken tussen 10 stalen (Q-RT-PCR) WAAROM?
Radio-isotooptechnieken
Bespreek het principe van de ionenkamer en de 3 toepassingen hiervan. Geef een schets van de
…(ionenvorming~) in functie van de spanning.
Open vragen
1. bespreek confocale en two-photon fluorescentie microscopie
2. Uit recent onderzoek bleek een mutatie het LGK gen (of iets dergelijks) verantwoordelijk voor bepaalde
symptomen zoals cataract,... Dit doet vermoeden dat er veranderingen zijn in metabolisme van lipiden.
Hoe begin je hieraan en welke technieken pas je toe?
Examen no. 6
Meerkeuzevragen
Radio-isotooptechnieken
Bespreek beta-min verval kort, geef 2 isotopen hiervan, en 1 (bio)medische toepassing.
Open vragen
1. 3 methoden om gezond versus ziek staal te vergelijken op transcriptoomniveau
2. SNP in een eiwit dat zou zorgen voor verminderde glucose opname in de hersenen, en eventueel gelinkt
aan Alzheimer. Hoe dit bevestigen?
Examen no. 7
Meerkeuzevragen
1. je krijgt 4 primers en jij moet zeggen welke niet geschikt is voor PCR
Radio-isotooptechnieken
Bespreek PET-camera, bespreek welke radionuclides die gebruikt kunnen worden en geef twee voorbeelden
samen met hun klinisch gebruik.
Open vragen
1.
2.
Bespreek en vergelijk confocale en two-photon fluorescentie microscopie.
Je denkt een auto-immuunziekte te hebben ontdekt. Zoek een methode om een auto-immuunziekte aan
te tonen, zijn mechanisme bloot te leggen en een methode voor de diagnose.