Normale werking van een transcriptiefactor, met een gescheiden DNA-bindend domein en een transcriptie-activatiedomein Dubbel hybride test: interageert eiwit X met eiwit Y? X wordt aan het DNA-bindend domein gefusioneerd Y wordt aan het activatiedomein gefusioneerd. Als X met Y interageren in de cel dan zal het AD bij het gen in de buurt komen en de transcriptie ervan verhogen. Reporter kan bijvoorbeeld het luciferasegen zijn.