Celbiologie 7 september 2011 dr. Van der Klei (Fosfo)lipiden: Hydrofiele kop, met hydrofobe (vet)zuurketens. Dit zijn de bouwstenen van verschillende membranen in een cel. Zo is bijvoorbeeld het celmembraan opgebouwd uit deze fosfolipiden (de bi-layer. De celkern (en ook andere organellen) heeft 2 bi-layers, de inner en de outer layer. Deze lipiden worden gemaakt door enzymen! Onthoud wel, dat een membraan, uit lipiden is opgebouwd en een celwand uit suikers. Eiwitten: Opgebouwd uit aminozuren. Eiwitten kunnen verschillende functies hebben. Ze kunnen bijvoorbeeld werkzaam zijn als enzym, een receptor of als een structureel eiwit dienen (bijvoorbeeld poriën in een membraan). Een werkend eiwit, bestaat eigenlijk uit verschillende, kleinere eiwitten (quatenaire structuur). De opvouwvolgorde van een eiwit ligt al vast in het DNA. Hierdoor liggen de waterstofbruggen op een dusdanige volgorde, dat de opvouwvolgorde altijd hetzelfde zal zijn. Omdat een celmembraan zo bewegelijk is, kan het voorkomen dat bepaalde eiwitten diffuseren over het oppervlak van het celmembraan. Om dit te voorkomen (bijvoorbeeld bij een darmcel, waar je wil dat bepaalde soorten eiwitten, juist aan de laterale of de basale kant van de cel blijven) heeft moeder natuur de zogenaamde “tight junctions” bedacht. Door deze junctions (wat in feite ook gewoon eiwitten zijn), is het voor eiwitten onmogelijk om over de gehele cel te diffuseren. Eu/prokaryoot: Eukaryoten zijn alle organismen waarvan de cellen een celkern en een intern membraan hebben. In de taxonomie worden ze beschouwd als één van de drie domeinen waarin het leven verdeeld kan worden. De andere twee domeinen, de Archaea en Bacteria, worden samen prokaryoten genoemd en hebben een "simpeler" celbouw waarin het DNA niet omsloten wordt door een celkern maar vrij in het cytoplasma ligt. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 1 Op DNAniveau lijken eukaryoten relatief veel op elkaar. Een eencellige gistcel lijkt op dat niveau bijvoorbeeld meer op een mens dan op een bacterie. De grootte van een cel/organisme zegt dus niks over de complexiteit van het DNA. Hierdoor wordt gist veel gebruikt in het onderzoek naar kanker. Vooral de mens en een witte muis lijken erg op elkaar. In de afbeelding hiernaast hebben de muis en de mens dezelfde mutatie in het DNA, waardoor zij beiden een witte vlek op het voorhoofd hebben. Het DNA op de plek van de mutatie zorgde dus blijkbaar voor het pigment op die plek. Perixosomen: Een peroxisoom is een celorganel in een eukaryote cel. Een enkel membraan sluit hem af van het cytosol (interne vloeistof van een cel).Peroxisomen zijn in staat waterstofperoxide (H2O2) te vormen door waterstof bij zuurstof te plaatsen. Dit kan verschillende functies hebben. Peroxisomen staan in voor de synthese van bepaalde fosfolipden die betrokken zijn voor de efficiënte geleiding van impulsen in zenuwcellen. Peroxisomen in de lever zijn bijvoorbeeld in staat giftige stoffen zoals alcohol te detoxificeren. Bij dit proces wordt het waterstof van de gifstoffen bij zuurstof geplaatst waarmee waterstofperoxide gevormd wordt. Waterstofperoxide is zelf ook giftig, maar peroxisomen bevatten enzymen om deze stof om te zetten in water en zuurstofgas. Progeria is een zeldzame, autosomale dominante verouderingsziekte die wordt veroorzaakt door een mutatie in het LMNA-gen. De klassieke vorm van progeria staat bekend als het Hutchinson-Gilford Progeria Syndroom (HGPS), genoemd naar de artsen Hutchinson en Gilford die de ziekte voor het eerst beschreven in 1886 en 1904. De naam progeria komt uit het Grieks en betekent: "sneller oud worden". In de afbeelding zie je het verschil tussen een normale celkern (boven) en een celkern van een Progeriapatient. Of er nog verder wordt ingegaan op deze ziekte (of op de dia’s in de sheetmap) is mij nog onduidelijk. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 2 Celbiologie 12 september 2011 dr. P van Haastert Cellulaire communicatie Principe van cel-cel communicatie Een hormoon koppelt zich aan een receptor op het cel membraan. De receptor geeft een signaal af aan de binnenkant van het membraan (via signaleringseiwitten). De cel kan hier op verschillende manieren op reageren. -De cel kan een verandering het zijn metabolisme ondergaan -Er kan een verandering in de genexpressie optreden (de mate waarmee het DNA van een gen gekopieerd wordt naar messenger RNA (mRNA) of andere RNA's en mRNA vertaald wordt naar een aminozuursequentie.) -Ook kan er een verandering optreden in de vorm of beweging van de cel. Manieren van signalering Signaalmoleculen (bijvoorbeeld hormonen of neurotransmitters) kunnen op verschillende manieren werkzaam zijn. Ten eerste is er de contactafhankelijke overdracht. Hierbij zit het signaalmolecuul op het membraan van een cel, die vervolgens het receptormolecuul op de doel cel kan activeren, waardoor deze cel één van de bovengenoemde acties gaat ondernemen. Bij paracrine signalering reageren cellen op signaalmoleculen die door een andere cel zijn uitgescheiden. Bij synaptische signalering worden de receptoren op het membraan van de doel cel geactiveerd, omdat het uiteinde van een zenuwcel verschillende neurotransmitters uitscheidt. Bij de laatste vorm van signalering wordt er gebruikgemaakt van het bloedvatenstelsel. Hierbij scheidt een cel signaalmoleculen uit, waar andere cellen op een andere plaats in het lichaam weer op reageren, deze manier van signalering heeft dus een veel groter bereik dan de anderen. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 3 Endocriene en synaptische signalering Bij endocriene signalering worden er veel verschillende signaalmoleculen (hormonen) in de bloedbaan uitgescheiden. Omdat er ook veel targetcellen zijn, zal elk hormoon weer op een specifieke receptor ‘passen’. Hierdoor zal een hormoon dat werkzaam moet zijn in de lever, ook alleen in de lever werken, omdat die hormonen een dusdanige vorm hebben dat ze alleen op levercelreceptoren passen. Bij synaptische signalering werkt het allemaal weer net even anders. Omdat elk post synaptisch membraan één bepaald soort neurotransmitter uit kan scheiden, is het belangrijk dat deze precies uitkomen bij de cellen (en dus de receptoren) waar deze neurotransmitters op passen. Je moet er dus voor zorgen dat neuron A, uitkomt bij doelcellen A en neuron B bij doelcellen B etc. Effecten van een signaal molecuul op een cel Zoals ik al zei ka een cel op verschillende manieren reageren op een extracellulair signaal molecuul. Dit kan via een relatief snelle en een wat langzamere weg. Via signaaltransductie (=het doorgeven van signalen binnen de cel) kan het cytoplasma zich anders gaan gedragen, wat weer kan leiden tot een verandering in het gedrag van de cel. Een wat langzamere weg is de weg van de eiwitsynthese. Bij deze weg zet de geactiveerde receptor op het membraan de cel aan het werk om een bepaald eiwit te maken. Gap Junctions Dit zijn kanaaltjes in het celmembraan die doorlaatbaar zijn tot 1000Da (d.w.z. geen eiwitten of DNA). Deze Gap Junctions zijn belangrijk voor o.a. elektrische koppelingen tussen cellen in het hart. Extracellulaire signalen Cellen zijn altijd afhankelijk van extracellulaire signalen. Zoals je in het plaatje hiernaast kunt zien heeft een cel (in dit geval A,B en C) nodig om te overleven. Als een cel wil delen (en dit doet hij niet zodra er genoeg voedingsstoffen zijn) moet hij eerst signaalmoleculen D en E ontvangen. Ook dan moet de cel A,B en C blijven ontvangen. Zodra de cel A,B en C niet meer ontvangt, zal de cel doodgaan (apoptose). Een levercel zal A,B en C van cellen in zijn omgeving ontvangen. Mocht je nou een long cel tussen deze levercellen plaatsen, dan zou deze long cel doodgaan omdat het soort A,B en C afhankelijk is van de soort cel. Een long cel heeft dus LONG-A,B en C nodig i.p.v. LEVER-A,B en C. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 4 Verschillende reacties op een stof Cellen kunnen verschillend reageren op een stof (bijvoorbeeld acetylcholine). Zo zorgt acetylcholine dat een hartspier ontspant, maar dat een skeletspier juist aanspant. In speekselklieren zorgt acetylcholine ervoor dat de klier speeksel uitscheidt. Omdat acetylcholine een neurotransmitter is, spreken we dus van synaptische signalering. Typen signaalmoleculen In de celbiologie spreken we van 3 verschillende typen signaalmoleculen. Zo hebben we hydrofobe, hydrofiele en gasvormige signaalmoleculen. Hydrofobe signaalmoleculen Omdat sommige signaalmoleculen hydrofoob zijn, kunnen ze gemakkelijk door het celmembraan heen. Daar kunnen ze koppelen aan nucleaire receptoren (elk hydrofoob signaalmolecuul heeft een eigen receptor!) Elk van deze receptoren wordt actief zodra deze bindt aan een signaalmolecuul. Zodra dit gebeurt, zal er DNA transcriptie plaatsvinden en zal er bijvoorbeeld een eiwit gevormd worden. Gasvormige signaalmoleculen In het centrale zenuwstelsel is NO een neurotransmitter, en in het autonome zenuwstelsel is NO een neurotransmitter die gladde spiercellen ontspant, onder andere in het maagdarmkanaal en in bloedvaten (vaatverwijding, betere doorbloeding). Omdat NO gas zo reactief is, heeft het een korte levensduur. Transductie van hydrofiele signalen Er zijn grofweg gezegd 3 manieren waarop hydrofiele signalen een cel tot actie aan kunnen zetten. Ten eerste zijn er de zogenaamde ionen kanalen. De grootte van de opening van deze kanalen bepaalt welke ionen er wel of niet doorkunnen. Deze ion poorten gaan pas open wanneer er een signaalmolecuul zich aan een receptoreiwit op het poortje bindt. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 5 G-eiwit gebonden receptoren G-proteïnegekoppelde receptoren zijn receptoren die zich in het celmembraan bevinden, en signalen kunnen ontvangen van de buitenkant van het membraan, en een respons geven aan de binnenkant van het membraan. De receptor aan de binnenkant van het membraan activeert een G-proteïne, die vervolgens een cascade van andere reacties in gang zet en zo een verandering elders in de cel bewerkstelligt.Het G-Proteïne bestaat uit 2 delen namelijk een α- en βγ-deel. Wanneer het G-proteïne inactief is bindt het α-deel met GDP. Het βγ-deel zit dan aan het α-deel vast. Als het Gproteïne actief is, is het gebonden met GTP en het α- en βγ-deel zijn van elkaar gesplitst. Het α-deel en/of βγ-deel kunnen dan reageren met een effector. Het G-proteïne werkt samen met de G-proteïnegekoppelde receptor (GPCR). Zodra het α- en βγ-deel geactiveerd is, zal het alfa deel zich afsplitsen van het βγ-deel, omdat de ruimtelijke bouw veranderd. Het het α-deel zal zich vervolgens hechten aan het doeleiwit (enzym), zoals ik hieronder heb weergegeven. In de tekening staat dat het bèta-gamma deel ook nog aan het alfa deel blijft vastzitten, ik weet niet wat het nou is, elke website zegt wat anders. Laten we doorgaan. Zodra het αdeel met gebonden GTP (want het is een geactiveerd α-deeltje) zich heeft gehecht aan het enzym (adenylyl cyclase), wordt het enzym actief. Dit enzym zorgt ervoor dat ATP wordt omgezet in cAMP (cyclisch AMP). Dit cAMP hecht aan een inactief PKA-molecuul. Zodra dit gebeurd, splitsentwee actieve onderdelen van het PKA-molecuul af (active catalystic subunits, zie hieronder/naast). Deze twee subunits gaan in endocriene cellen de nucleus in, waar ze met behulp van ATP, een inactief CREB-molecuul fosforyleren, waarbij een ADP vijkomt. Dit gevormde complex Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 6 zal vervolgens nog hechten aan een CREB-bindingseiwit (CBP). Dit uiteindelijk gevormde complex zal in staat zijn om DNA transcriptie uit te voeren en dus in staat zijn om eiwitten te produceren. Eiwit-eiwit interacties De laatste manier waarop transductie van hydrofiele signalen kan plaatsvinden is via eiwit-eiwit interacties. In het plaatje hiernaast zie je twee inactieve RTK’s. Deze RTK-moleculen diffunderen vrij door het celmembraan. Wanneer er een signaalmolecuul zich aan twee RTK’s hecht, zal de transfosforylatie plaatsvinden. Fosfaateenheden kunnen zich aan kinase-eenheden binden omdat de ruimtelijke structuur na het binden van het signaalmolecuul veranderd is. Zoals je kunt zien heeft elk RTK-molecuul een kinase eenheid. Deze worden geactiveerd doordat een signaalmolecuul zich aan twee RTK eenheden hecht. Hierna begint de echte trans-fosforylatie. Na de trans-fosforylatie kunnen verschillende eenheden zich aan deze fosfaatgroepen binden, zoals SH2 en SH3 moleculen. Verder zie dia’s. Groeifactor via RAS (speelt o.a. een rol bij apoptose): Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 7 Celbiologie 12 september 2011 dr. P van Haastert Het cytoskelet Er zijn in de celbiologie 3 typen eiwit filamenten te herkennen. Ten eerste zijn er de actine filamenten. Deze zorgen vooral voor de bewegelijkheid van de cel. Ten tweede zijn er de microtubuli, deze zorgen voor een soort transportwegen in de cel. Tenslotte zijn er nog de intermediaire filamenten. Deze zorgen er voornamelijk voor dat de cel bij elkaar wordt gehouden. Actine filamenten Actine is een eiwit dat onderdeel is van het cytoskelet in de eukaryote cel. Actinemoleculen maken onderdeel uit van actinefilamenten (ook wel microfilamenten genoemd), een polymeer van actinemonomeren. Ze geven de cel vorm en maken het mogelijk dat ze de spanning van de cel kunnen ‘dragen’. In spiercellen zorgen ze samen met myosine voor samentrekking, waardoor spieren kracht uit kunnen oefenen. Bij de deling van een dierlijke cel spelen actine en myosine een rol bij de insnoering van de cel tot twee nieuwe. In het plaatje hiernaast zijn de actine filamenten rood, en de microtubuli groen gekleurd. Het is erg belangrijk dat filamenten in een cel snel afgebroken en opgebouwd kunnen worden (zie plaatje hiernaast). Zodra er een signaal de cel binnenkomt, zullen de filamenten in het linker deel van de cel afbreken en zullen er rechts de benodigde nieuwe gevormd worden. De stabiliteit van een filament hangt af van het aantal bindingen dat een subunit van zo’n filament is aangegaan. In het plaatje hiernaast zie je een voorbeeld. Het is vrijwel onmogelijk om zo’n filament te breken. De snelheid van de vorming van zo’n filament hangt af van de grootte van het filament bij het starten van de polymerisatie (zie dia’s). Zodra je begint met een groter ‘molecuul’, zal je sneller een groter filament hebben dan wanneer je met één subunit begint te polymeriseren. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 8 Intermediaire filamenten De intermediare filamenten bestaan uit polymeren van eiwitten die specifiek zijn voor celtypen, met een diameter van 8-12 nanometer. Zo bestaan deze filamenten bij neuronen uit andere eiwitten dan bijvoorbeeld in rode bloedcellen. Ze verrichten verschillende functies, afhankelijk van het celtype. Evenals de actine filamenten dragen de intermediaire filamenten de spanning van de cel (zie plaatje hiernaast). Microtubuli De microtubuli zijn buisachtige structuren met een dikte van ongeveer 25 nanometer. Microtubuli zijn opgebouwd uit ketens van tubulinedimeren die samen een buis vormen. Microtubili zijn in principe opgebouwd uit ringen. Deze ringen bestaan uit ieder 13 monomeren. Deze filamenten zijn meestal aan 'één kant verbonden aan het centrosoom, van waaruit verschillende tubuli in alle richtingen uitstralen. Microtubuli zijn belangrijk bij de celdeling, waar ze de chromosomen uit elkaar trekken. Ook zijn ze erg belangrijk voor het transport van organellen door de cel. Hieronder een lijstje met verschillende eigenschappen van microtubuli 1. opbouw uit asymetrisch alfa beta-tubuline dimeer. 2. microtubulus filament is ook asymetrisch. 3. groei en afbraak aan + kant; kant stabiel. 4. geen afbraak midden in filament. 5. de beta-tubuline bindt GTP en is GTPase. 6. filament is stabiel met GTP aan + uiteinde, waardoor meer polymerisatie. 7. filament is instabiel met GDP aan + uiteinde, waardoor filament afbrokkelt. 8. gevolg is groei en catastrofe. Het langer worden van een microtubule GTP zorgt ervoor dat de dimeereenheden (alfa,beta-tubuline dimeer) blijven ‘plakken’ aan de vormende streng. GTP is dus niet nodig voor de polymerisatiereactie zelf. Na een tijdje zal de GTP in de streng veranderen in GDP (zie onderste streng v/d linker microtubule hiernaast). Dit geeft niet omdat de streng inmiddels een stuk verder is gepolymeriseerd. Mocht dit gebeuren op de plek waar de tubule op dat moment aan het polymeriseren is, dan brokkelen de filamenten af (rechter situatie). Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 9 Aan de - kant (aan de + kant vinden alle groei en afbraakreacties plaats) wordt de microtubule vastgehouden door zogenaamd gamma tubuline. Als je goed kijkt in het plaatje op de eerste pagina, zie je dat veel microtubuli vanaf de kern, richting het celmembraan lopen. Zogenaamde motoreiwitten zijn in staat organellen te transporteren van + naar - en van - naar +. Het is dus belangrijk dat je onthoudt dat microtubuli van - naar + groeien. Het eiwit Kinesine gaat meestal van de - naar de + kant, en Dyneine van + naar -. Zodra ze het einde van de streng bereiken, zullen ze losraken van de ‘rails (dus de microtubule)’ en losraken in het cytoplasma waar ze weer opnieuw kunnen worden gebruikt. Microtubuli zijn erg belangrijk in de cel. Zo wordt bijvoorbeeld de structuur van het Golgi apparaat bij elkaar gehouden door microtubuli. Ook trekken ze tijdens de celdeling (anafase) de chromosomen uit elkaar. Om overmatige celdeling (=kanker) tegen te gaan, worden er stoffen (chemo op taxolbasis) in de bloedbaan van de patient gebracht, die ervoor zorgen dat de microtubuli niet meer in staat zijn om de chromosomen uit elkaar te trekken. Hierdoor zullen beide dochtercellen sterven, en de kanker dus geremd worden. Flagel en cilia (trilhaartjes in longen) Flagella zijn lange staartvormige structuren, cilia zijn korter. Ze bestaan voornamelijk uit tubuline en kunnen gebruikt worden bij de voortbeweging, bij het binnenhalen van voedsel of bij aftasten van de omgeving. Bij eukaryoten bestaat een flagel uit een uitstulping van het celmembraan. Het centrum bestaat uit een axoneem, een cilinder van 9 paren microtubuli met nog 2 microtubuli in de kern. De basis van die koker wordt gevormd door het basale lichaampje. Dit is opgebouwd uit een cilinder van negen tripletten microtubuli, analoog aan een kern. Het motoreiwit dyneïne beweegt de microtubuliparen van het axoneem ten opzichte van elkaar. Omdat ze onderling verbonden zijn met linking eiwitten, nexin in dit geval (en dus niet ten opzichte van elkaar kunnen schuiven) buigt het flagel. Hierdoor ontstaat een slagbeweging die de cel in een richting loodrecht op de as van de flagel doet voortbewegen. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 10 Intermediaire filamenten Intermediaire filamenten zijn enkel aanwezig in cellen die een meercellige organisatie vertonen. Een essentiële rol van intermediaire filamenten is het verdelen van trekkrachten over cellen in een weefsel. In tegenstelling tot microtubuli en microfilamenten (actine eenheden) worden intermediaire filamenten gevormd uit een groot aantal verschillende proteïnen. Hoewel intermediaire filamenten veel stabieler zijn dan microfilamenten en microtubuli, wisselen ze gemakkelijk subeenheden uit van een opgeloste poel. Omdat een alfa monomeer (keratine), hydrofobe en hydrofiele kanten heeft, zullen twee monomeereenheden om elkaar draaien en een helix vormen. Ook deze helices zullen symmetrisch naast elkaar gaan liggen, zodat er een lange, symmetrische keten zal ontstaan. Werkingsmechanisme actine Ze geven de cel vorm en maken het mogelijk dat de cel zich kan bewegen. In spiercellen zorgen ze samen met myosine voor samentrekking, waardoor spieren kracht uit kunnen oefenen. Bij de deling van een dierlijke cel spelen actine en myosine een rol bij de insnoering van de cel tot twee nieuwe. Enkele eigenschappen van actine: - Actine asymmetrisch - Actine filament ook asymetrisch; +kant en –kant - +kant = barbed end = kant van snelste polymerisatie - Vele actine bindende eiwitten die: - Polymerisatie actine beinvloeden - Nucleatie kern voor polymerisatie zijn - Filamenten cross-linken - Actine filament aan membraan hechten - Over filament bewegen (myosine) Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 11 Start actine filament Net als microtubuli hebben actinemoleculen ook een + en een - kant. In het plaatje hiernaast kun je zien hoe de polymerisatie verder verloopt. Spierwerking De samentrekking van spieren is mogelijk door twee eiwitten: actine en myosine. Deze twee eiwitten vormen vezels die in elkaar kunnen schuiven. De binding tussen actine en myosine is bijzonder sterk en wordt op verschillende manieren in de bio-technologie gebruikt. Deze schuifactie kost energie en wordt door ATP en GTP gevoed. Voor verdere informatie moet je maar even in de dia’s kijken, die plaatjes spreken wel voor zich. Hieronder nog een weergave van hoe actine langs myosine schuift. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 12 Celbiologie 12 september 2011 dr. P van Haastert Regulatie van celdeling Alle organismen (één EN meercelligen) zijn het product van cel groei en celdeling. De cyclus waarin de cel zijn inhoud dupliceert en deelt heet de celcyclus. Afwijkingen aan deze celcyclus kan leiden tot vergroting van organen, of zelfs tot kanker. Mitose Profase Na de interfase waarin het erfelijk materiaal verdubbeld is volgt de eerste fase van de mitose: de profase of voorbereidingsfase. De profase wordt gekenmerkt door: vorming van de spoelfiguur verdwijnen van de kernmembraan spiralisatie van en aanhechting van de chromosomen. In eukaryote cellen ligt net buiten de kernmembraan het centrosoom, een gebied waarin bij dierlijke cellen de twee centriolen liggen. De centriolen verdubbelen zich in het begin van de profase en bewegen zich dan elk langzaam naar één kant van de kern. Geleidelijk ontwikkelt zich uit elk van de centrosomen een structuur van draden. Deze draden zijn gemaakt van microtubuli (Latijn: tubuli, buisjes). Een aantal evenwijdig lopende microtubuli vormt samen bundels, spoeldraden genaamd, die groot genoeg zijn om met de lichtmicroscoop te zien. De microtubuli zijn gemaakt van het eiwit tubuline. Metafase Een cel met een spoelfiguur heeft twee uiteinden, de polen, en in het midden het equatoriaalvlak. Wanneer de centromeren van elk van de chromosomen in één vlak in het centrum (equatorvlak) van de cel liggen, begint de metafase. De metafase is afgelopen zodra de chromatiden loslaten, doordat het centromeer zich in tweeën deelt. De twee chromatiden vormen nu elk een zelfstandig chromosoom.De metafase is de fase waarin de chromosomen het duidelijkst bestudeerd kunnen worden, deze chromosomen heten metafase-chromosomen. De metafase duurt ongeveer 20 minuten. Het is het langste onderdeel van de mitose Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 13 Anafase De beslissende fase van de mitose is de anafase. Het is alsof na een signaal de verbindingen tussen de chromatiden, op de plaats van de centromeren, loslaten en de enkele chromatiden (nu chromosomen) zich elk in tegenstelde richting naar de polen bewegen doordat de spoeldraden deze naar de polen trekken. Dit gebeurt omdat de trekdraden verkorten. De anafase stopt wanneer elke set chromosomen aangekomen is aan zijn pool. Hier zullen de nieuwe kernen gevormd worden. De anafase is de kortste fase van de mitose. Naar welke pool de chromatiden zich begeven, is willekeurig. De fase duurt hooguit een paar minuten. Telofase Tijdens de telofase despiraliseren de chromosomen , ontrollen zich, en worden weer lange dunne draden, die niet van elkaar te onderscheiden zijn met lichtmicroscoop. De chromosomen worden opnieuw 'verpakt' in een kernenvelop en de vorming van twee complete kernen is dan voltooid. Nadat de telofase ten einde is gekomen, is het resultaat twee nieuwe kernen. Hiermee is de mitose beëindigd. Nu volgt de cytokinese of celdeling. Fasen van de celcyclus Eukaryote cellen hebben eenzelfde celcyclus, deze is ruwweg in te delen in twee fases, namelijk: Interfase, voorbereiden op het delen van de cel. Mitose of meiose, de uiteindelijke deling van de kern. De Interfase wordt ingedeeld in drie fases: De G1-fase, belangrijke toename van cytoplasma in de cel. En het aanmaken van eiwitten, ter voorbereiding op de celdeling. De S- of synthesefase, de cel gaat alle chromosomen of anders gezegd alle informatie die de kern bevat voor het functioneren van de cel kopiëren door replicatie. Het materiaal kan dan bij de mitose worden gedeeld. Elk van de twee nieuwe chromosomen heet nu chromatide De G2-fase, de periode tussen het verdubbelen van het DNA en de deling van de cel. In deze fase worden stoffen gemaakt die belangrijk zijn voor de celdeling. Tussen G1 en S fase en na de G2-fase zijn er ook 'checkpoints' (controlepunten). CH2 (checkpoint 2, na G2)controleert of de DNA-replicatie goed is gebeurd. Kleine fouten worden hersteld, maar als er zich te grote fouten voordoen gaat de cel in apoptose (geprogrammeerde celdood) Karakteristieken van het celcyclussysteem Zoals je op het plaatje boven aan deze pagina kan zien, worden de verschillende fasen in chronologische volgorde doorlopen, dit gebeurd altijd! Een cel kan nooit een fase overslaan. De ene fase zal langer duren dan de andere, maar elke fase wordt doorlopen tijdens een cyclus. Na elke fase zit een soort ‘stop’, deze stop wordt opgeheven wanneer de laatste fase helemaal afgelopen is (bijvoorbeeld nadat het laatste chromosoom aangehecht is aan een microtubule). Pas dan zal de volgende fase van de mitose beginnen. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 14 Controle van de celcyclus Omdat de celcyclus een heel complex systeem is, dient het ook gecontroleerd te worden. De celcyclus kent 3 belangrijke controlepunten. Elk controlepunt heeft twee belangrijke componenten: een cycline-eiwit en een cycline-afhankelijke base. Deze eiwitten zijn geprogrammeerd om alleen actief te zijn tijdens een bepaalde fase van de celcyclus. Na hun taak worden cycline-Cdk’s inactief, omdat de cycline eenheden worden afgebroken. De cycline-Cdk concentraties stijgen telkens voordat de G1-, de S- en de G2-fase beginnen en vallen drastisch terug aan het einde ervan. Men neemt aan dat een controlepunt bereikt wordt op het moment dat de maximum hoeveelheid van deze cycline-CdK's aanwezig is. Daarna vindt weer een snelle afbraak van de cycline-CdK's tot cyclines en Cdk's plaats. De CdK's fosforyliseren een groep andere eiwitten en sturen zo de celcyclus. Hieronder is weergegeven hoe inactieve Cdk’s (in dit geval M-Cdk, deze stof zorgt er voor de overgang naar de Mfase (mitose)). Verschillende typen Cdk: Cycline D - cdk4 complex : werkt gedurende het midden van de G1 fase, Dit is het restrictiepunt (R), een cruciaal beslissingspunt dat eens gepasseerd de volledige celcyclus laat doorlopen. Cycline E - cdk2 complex : werkt ook in het midden van de G1 fase, G1-S overgang. Cycline A - cdk2 complex : werkt gedurende de S fase en stimuleert de DNA replicatie, S-G2 overgang. Cycline B - cdk1 complex : werkt ter hoogte van de G2-M overgang en initieert de Mitose Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 15 Apoptose Dit proces is essentieel tijdens de ontwikkeling en voor het in stand houden van weefsels in de adult (celdeling ± 1 kg per dag). Ook is apoptose essentieel voor het verwijderen van niet-functionele cellen van het immuunsysteem. Het doel van apoptose is dus ook het doodmaken van een cel, zonder het organisme te beschadigen (dit i.t.t. necrose, het openbreken van cellen, waardoor er een immuunrespons optreedt). Caspase Een caspase is een lid van een groep cysteïneproteasen, enzymen met een cruciale cysteïnegroep die andere eiwitten kunnen klieven na een aspartaatgroep. Caspasen vervullen in de cel een essentiële rol bij de apoptose, een van de belangrijkste mechanismen voor geprogrammeerde celdood tijdens de ontwikkeling en gedurende de meeste stadia van het volwassen leven. Caspasen zijn wel de 'beul-eiwitten' genoemd vanwege deze rol in de cel. In een cel bevinden zich standaard inactieve procaspases. Deze procaspases zijn een beetje actief. Uit zichzelf zullen ze nooit opeens overgaan in een actieve caspase. Dit gebeurt pas wanneer er veel beetje actieve- procaspases bij elkaar komen. Ook zal een procaspase overgaan in een caspase wanneer deze in aanraking komt met een actief-caspasemolecuul. Zo ontstaat er een lawine van actieve caspasemoleculen die de cel zullen afbreken. Apoptose in een witte bloedcel Hieronder een voorbeeld van hoe een killerlymfocyt een inactieve witte bloedcel tot apoptose aanzet. Hier koppelt de k-lymfocyt zich aan de target cel met een bepaald koppeleiwit die precies past op de Fas death receptor. Hierdoor zullen moleculen zich aan de binnenkant van het celmembraan hechten, waardoor er veel procaspase-moleculen dicht bij elkaar komen. Hierdoor zullen ze omgezet worden in een actief-caspasemolecuul, die de cel zal afbreken. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 16 Apoptose in mitochondriën Ook in organellen zoals mitochondrien is het belangrijk dat alles goed verloopt. Zodra een mitochondrion niet meer goed werkt, of lek is, zullen er cytochromen naar buiten lopen die weer een cascade van reacties zal veroorzaken wat uiteindelijk zal leiden tot apoptose van de cel (zie voorbeeld hieronder). Ook hier zullen inactieve procaspases omgezet worden tot caspases die de cel zullen gaan ‘slopen’. Een mitochondrion kan zich ook tegen actieve caspases weren. Zo kunnen Bcl2moleculen op samengeklonterde poriën in het membraan van een mitochondrion gaan zitten, zodat er cytochromen naar buiten kunnen (wat dus zou leiden tot apoptose). Wanneer er een apoptotische stimulus van buiten komt, zal het Bcl2 molecuul van de poriën afgaan, zodat er toch cytochromen naar buiten zullen lopen. Dit kan je zien als een soort commando van de cel. Ook kunnen er IAP’s gemaakt worden, die actieve caspasemoleculen zullen inhiberen (en dus onschadelijk maken). Zoals je in het plaatje hiernaast kunt zien, krijgt een cel constant overlevingssignalen binnen die er voor zorgen dat de cel in leven blijft. Deze signalen zetten de volgende reacties in werking. Deze reacties vormen dus die Bcl2 en IAP-moleculen die er voor zorgen dat caspasemoleculen niet de kans krijgen om de cel kapot te maken. Er zit een bepaalde hiërarchie in deze reacties, de één zal dus sterker zijn dan de andere. Eén ding is zeker, aan één of twee van de drie overlevingssignalen heeft de cel niet genoeg om in leven te blijven. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 17 Celbiologie 19 september 2011 dr. I. van der Klei Endoplasmatisch reticulum Het endoplasmatisch reticulum is een netwerk (reticulum) van membranen dat gelegen is in het cytoplasma van een cel. Het bestaat uit twee dicht tegen elkaar liggende membranen waartussen holten en kanalen worden gevormd. Het is afgescheiden van de rest van de cel door een membraan met dezelfde structuur als het celmembraan. Ruw ER Het ruw endoplasmatisch reticulum (RER of ribosomaal ER) herbergt de ribosomen en heeft daardoor een belangrijke rol in de eiwitvorming (eiwitsynthese) in de cel. Ook heeft het een rol in het transport van stoffen in de cel, met name is het belangrijk voor het verzamelen van eiwitten die naar het golgi-apparaat vervoerd moeten worden. Het ruw endoplasmatisch reticulum dankt zijn naam aan het ruwe uiterlijk onder de elektronenmicroscoop, dat veroorzaakt wordt door de vele ribosomen die op het buitenoppervlak zijn aangehecht. Alle aangehechte ribosomen zijn verbonden met de binnenzijde van het ER door een porie-eiwit. Wanneer een van deze ribosomen een mRNAstreng ontvangt, wordt de door translatie gevormde peptideketen via het porie-eiwit het ER ingeleid. Pas daarna wordt het eiwit tot zijn uiteindelijke vorm gevouwen. Glad ER Het glad ER is een variant van ER die voornamelijk dient om stoffen vanuit het ruw ER te vervoeren naar het golgi-apparaat, het bevindt zich dan ook vaak tussen zones met ruw ER en het golgiapparaat. Andere functies van het glad endoplasmatisch reticulum zijn het opslaan van calciumionen en de synthese van lipiden. Golgi apparaat In het golgi-apparaat worden de producten afkomstig van het endoplasmatisch reticulum (ER) omgebouwd en opgeslagen, om dan later naar andere bestemmingen verscheept te worden. Het is niet verwonderlijk dat vooral de cellen van secretie-organen bijzonder veel golgi-apparaten bezitten. Het golgi-apparaat bestaat uit een stapel platte cisternen met enige ruimte ertussen. De cisternen zijn met hun cis-kant richting celkern gekeerd en met hun trans-kant richting het buitenste celmembraan en dus de wereld buiten de cel, omdat daar blaasjes met omgebouwde producten ontstaan en zo de cel via het cytoplasma zullen willen verlaten. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 18 Vacuole en lysosoom Het lysosoom is een blaasje dat zich in het cytoplasma bevindt en ook wel "de afvalberg van de cel" genoemd wordt. Lysosomale enzymen in de lysosomen breken afvalstoffen van de cel af, zodat de afbraakproducten hergebruikt of veilig uitgescheiden kunnen worden. In planten wordt een lysosoom ook wel de vacuole genoemd. De onverteerde voedingsstoffen worden aangeleverd door endosomen en fagosomen. In het secundaire lysosoom heerst een zuur milieu met een pH van rond de 5. Dit is nodig omdat lysosomale enzymen alleen werken bij zo’n lage pH. Een lysosoom houdt zijn ph laag doormiddel van een H-pomp. Hierbij wordt een ATP omgezet tot ADP+P. De energie die hierbij vrijkomt wordt gebruikt om een H+-molecuul naar binnen te pompen, waardoor de pH in het lysosoom daalt. Peroxisomen Een peroxisoom (ook: peroxysoom) is een celorganel in een eukaryote cel. Een enkel membraan sluit hem af van het cytosol (interne vloeistof van een cel). De functie van peroxisomen is het lichaam te ontdoen van toxische substanties zoals waterstofperoxide en andere metabolieten. Zij komen bijna in elke cel van het lichaam voor; grote hoeveelheden peroxisomen treft men aan in de cellen van de lever waar toxische bijproducten worden gestapeld. Peroxisomen zijn in staat waterstofperoxide (H2O2) te vormen door waterstof bij zuurstof te plaatsen. Het peroxisoom is DE plaats voor de zeer langketen vetzuur afbraak in de meeste cellen. VLCFA's of very long chain fatty acids zijn zeer langket en vetzuren met een koolstof ketenlengte van meer dan 22 koolstofatomen; de peroxisomale β-oxidatie verkort de ketenlengte totdat de VLCFA's verder afgebroken kunnen worden in de mitochondriën. Onder de microscoop zijn peroxisomen te herkennen aan de kristallen in de matrix van het peroxisoom. Dit zijn allemaal dezelfde eiwitten. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 19 Microscopie Lichtmicroscopen of optische microscopen De grens voor optische microscopen ligt bij ongeveer 2000×; sterkere vergrotingen zijn wel mogelijk, maar laten niet meer details zien. Zichtbaar licht heeft een golflengte tussen 380 en 780 nm. Details die kleiner zijn, zijn niet zichtbaar. Deze microscopen worden vooral in de geneeskunde en de biologie gebruikt, voor het bekijken van micro-organismen, cellen en weefsels. Biologische microscopen hebben vaak twee oculairen, zodat men tegelijkertijd met beide ogen („binoculair”) kan kijken. Men ziet echter geen diepte, omdat beide ogen door hetzelfde objectief kijken. Fasecontrastmicroscopen De fasecontrastmicroscoop lijkt veel op een lichtmicroscoop maar is voorzien van een speciaal ‘faseplaatje’ tussen de condensor en het preparaat. Dit zorgt ervoor dat twee lichtbundels met een onderling faseverschil door het transparante preparaat vallen. Door interferentie van deze twee beelden worden vrijwel transparente voorwerpen (cellen e.d.) zichtbaar zonder dat er een kleuring nodig is. Ook ontstaat enig diepte-effect, doordat deze voorwerpen donkerder lijken naarmate de dikte groter is. Toch blijven er beperkingen. Ondanks alle verbeteringen op het gebied van microscopie is het nog steeds lastig om een goed contrast te creëren in ‘levende’ weefsels. Ook moeten er plakjes van het originele preparaat worden gesneden, om het te kunnen bekijken onder de microscoop. Hierdoor zal het preparaat altijd dood of stervende zijn. Ook moet er aan een preparaat voor de lichtmicroscoop ook een kleuring worden toegevoegd (dit moet bij vrijwel alle dierlijke cellen). Fluorescentiemicroscopie Fluorescentie is een bijzonder geval van luminescentie. Het is een natuurkundig verschijnsel waarbij een atoom een hoogenergetisch foton absorbeert, in een aangeslagen toestand belandt en vervolgens terugvalt naar de grondtoestand onder uitzending van een foton van lagere energie (langere golflengte). Fluorescentiemicroscopie is een techniek die in biologisch en medisch onderzoek wordt gebruikt waarbij fluorescerende kleurstoffen worden gebruikt die oplichten als ze worden bestraald met licht van een kortere golflengte. De meeste vormen van fluorescentiemicroscopie maken gebruik van sera van kunstmatig geproduceerde antistoffen. De methode wordt dan ook wel immunofluorescentie-, ofwel IFmicroscopie genoemd. Deze zijn afkomstig van bijvoorbeeld muizen of ratten, en zijn specifiek gericht tegen een bepaald, bekend eiwit. Als het serum wordt toegevoegd aan een weefsel, zullen de antistoffen binden aan het doeleiwit. Niet-gebonden antistoffen worden weggewassen. De antistoffen zijn voorzien van een fluorescente kleurstof, en daarmee worden ze microscopisch zichtbaar. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 20 Werking Fluorescentiemicroscopie Met een fluorescentiemicroscoop kunnen mooie plaatjes worden gemaakt. Het is echter maar mogelijk om met 1 kleur tegelijk te werken. Plaatjes zoals hiernaast worden gemaakt door eerst bijv. GFP te gebruiken en daarna een rode kleuring. Van al deze stappen wordt een foto gemaakt, je hebt dus een groene, rode en blauwe foto. Deze foto’s worden later over elkaar geplakt met photoshop om zo’n plaatje als hiernaast te krijgen. Immunofluorescentie Bij immunofluorescentie wordt gebruik gemaakt van een antilichaam dat specifiek aan het te onderzoeken eiwit (X) bindt. Wanneer dit antilichaam (A) wordt toegevoegd aan het te onderzoeken monster, hecht deze zich vast aan het specifieke eiwit (X) indien dit aanwezig is. Na wegspoelen van niet gebonden antilichamen blijven alleen de gekoppelde antilichamen (A) over. Vervolgens worden antilichamen (B) met een fluorescerende groep toegevoegd, die specifiek binden aan A. Na wegspoelen van de niet gebonden antilichamen (B) kan het monster worden bekeken met een fluorescentiemicroscoop. De fluorescerende groepen van de antistoffen (B) zullen nu oplichten. Op deze manier kan aangetoond worden of de eiwitten aanwezig zijn en zo ja, waar de eiwitten zich bevinden. In de afbeelding hieronder is gewerkt met een antigen i.p.v. een eiwit. Confoca Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 21 le laser scanning microscoop Bij confocale laserfluorescentiemicroscopie wordt gebruikgemaakt van de laser scan microscoop (LSM). Het principe van de confocale laserscanmicroscopie is begin jaren '50 ontwikkeld en in 1957 gepatenteerd door de Amerikaanse wetenschapper Marvin Minsky. Pas nadat halverwege de jaren '80 laserlicht gebruikt werd, heeft fluorescentiemicroscopie een grote vlucht genomen. Het meest gebruikte type LSM van vandaag de dag is de confocale laser scan microscope (CLSM). In dit apparaat zijn een aantal kenmerkende onderdelen te vinden: laser; straalt monochromatisch licht uit. halfdoorlatende spiegel; reflecteert een deel van het licht, maar laat de andere helft door pinhole (speldeprikgrote opening); blokkeert ongewenst licht detector; zet licht om in elektrisch signaal Via de halfdoorlatende spiegel en een serie lenzen bereikt het licht van de laser het preparaat. Het als gevolg van de fluorescentie geëmitteerde licht komt via de lenzen en de spiegel terecht bij het "pinhole" met direct daarachter de detector (een fotomultiplicator). Het pinhole zorgt ervoor dat alleen het licht van een zeer dunne plak van het preparaat (het focale vlak) de detector bereikt. Fotonen van buiten het focale vlak worden door het pinhole geblokkeerd. De detector is verbonden met een computer zodat digitale beelden direct verwerkt en geanalyseerd kunnen worden. De op deze manier verkregen beelden zijn veel scherper dan beelden van conventionele microscopen. Door de spiegel te bewegen kan de positie (X/Y) van de laserstraal op het preparaat worden bepaald. Met de pinhole kan de hoogte (Z) worden bepaald. Door een serie opnamen te maken waarbij de driedimensionale coördinaten in het preparaat afzonderlijk een voor een worden afgetast, en deze met behulp van computertechniek te combineren, kunnen driedimensionale beelden van levende cellen worden gemaakt met een zeer hoge resolutie, meer dan met conventionele optische middelen mogelijk is. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 22 GFP Groen fluorescent proteïne of GFP (Green Fluorescent Protein in het Engels) is een fluorescent eiwit dat voor het eerst in 1962 bij de kwal Aequorea victoria werd ontdekt. Er zijn veel verschillende varianten van GFP ontwikkeld, die bijvoorbeeld in plaats van groen een andere kleur licht uitzenden, of die chemisch stabieler zijn. Fluorescerende eiwitten hebben een zeer belangrijke rol gekregen in de moleculaire biologie, waar ze vooral gebruikt worden om andere eiwitten te labelen. Met behulp van fluorescentiemicroscopie kan men dan bijvoorbeeld traceren waar in de cel een eiwit zich bevindt. Fluorescente labeling is veiliger en gevoeliger dan radioactieve labeling, wat voorheen veel gebruikt werd. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 23 Celbiologie 20 september 2011 dr. I. van der Klei Elektronenmicroscoop Elektronenmicroscopie is een techniek die gebruik maakt van een bundel elektronen om het oppervlak of de inhoud van objecten af te beelden. Doordat versnelde elektronen een veel kleinere golflengte hebben dan fotonen kan de resolutie van een elektronenmicroscoop veel hoger zijn (beter dan 0,1 nm) dan die van een lichtmicroscoop (ongeveer 200 nm). Daarnaast hebben elektronen een andere wisselwerking met de materie zodat er een ander contrast verkregen kan worden. Bij lichtmicroscopie wordt de resolutie beperkt door de golflengte van het licht, bij elektronenmicroscopen wordt de resolutie beperkt door de afwijkingen van de optiek, want elektronenlenzen zijn in vergelijking met optische lenzen van veel slechtere kwaliteit. Omdat je met elektronenmicroscopen altijd gebruik moet maken van splinterdunne preparaten, is het noodzakelijk dat deze preparaten met een machine gemaakt worden. Er wordt in een elektronenmicroscoop altijd gewerkt in een vacuüm, zodat de elektronen vrij kunnen bewegen. Om te zorgen dat dit vacuüm het preparaat niet beïnvloedt, voegt men chemische fixatieven toe, waardoor het preparaat hard wordt. Scanning EM Een rasterelektronenmicroscoop (Engels: Scanning EM) werkt door middel van een zeer fijne, scherp gefocusseerde elektronenbundel die versneld wordt afgeschoten op het preparaat. De gebruikte versnelspanning varieert tussen 100 V en 30 kV. De bundel wordt uitgelijnd door elektromagnetische velden, die in de elektronenmicroscoop eenzelfde functie vervullen als optische (glazen) lenzen in een lichtmicroscoop. De bundel wordt door elektromagnetische velden snel heen en weer bewogen langs lijnen en na iedere lijn een beetje opgeschoven in de richting loodrecht op de lijn, op de manier waarop een televisiebeeld wordt opgebouwd. Dit gebeurt volgens een beeldraster, vandaar ook de naam. Het preparaat wordt zo gescand. Dit levert mooie, maar onrealistische plaatjes op. Omdat er met elektronen wordt gewerkt, kun je nooit kleuren zien. Dit is allemaal later toegevoegd met een computer. Eiwittransport We kunnen in de celbiologie 3 soorten transport onderscheiden. Gated, transmembrane en vesicular transport. Om al deze transportprocessen goed te laten verlopen, hebben alle eiwitten een signaaldeel die ervoor zorgt dat het eiwit op de plek komt waar hij moet zijn. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 24 Signaaleiwitten A signal peptide is a short (3-60 amino acids long) peptide chain that directs the transport of a protein. Signal peptides may also be called targeting signals, signal sequences, transit peptides, or localization signals.The amino acid sequences of signal peptides direct proteins (which are synthesized in the cytosol) to certain organelles such as the nucleus, mitochondrial matrix, endoplasmic reticulum, chloroplast, apoplast and peroxisome. Some signal peptides are cleaved from the protein by signal peptidase after the proteins are transported. Transport door kernporie De celkern en het cytoplasma zijn gescheiden door de kernmembraan. De kernmembraan bevat honderden kernporieën, die de toegangspoorten tot de celkern vormen. Een kernporie wordt gevormd door het nuclear pore complex (NPC). Het NPC behoort met een gewicht van 125 miljoen Dalton (bij zoogdieren) tot de allergrootste eiwitcomplexen. Het bevat vele tientallen verschillende eiwitten. Het hart van het NPC wordt gevormd door 8 grote 'spaken' die in een ringvorm in de Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 25 kernmembraan zitten. Deze spaken zitten ingeklemd tussen twee kleinere 'ringen': een aan de zijde van het cytoplasma (waaraan een aantal filamenten bevestigd zijn), en een aan de zijde van het nucleoplasma. Aan de zijde van het kernplasma hangt een 'mandje', dat wordt gevormd door 8 filamenten en een terminale ring. In het midden van het NPC bevindt zich een moeilijk te identificeren plug. Deze bestaat mogelijk uit eiwitten die door het NPC worden getransporteerd. Kleine moleculen kunnen vrij door de porie diffunderen. Grote moleculen kunnen dit niet, dit gaat dan via actief transport met GTP (geen ATP zie onderste afbeelding vorige pagina). Transport door een kernporie: - Import en export van eiwitten - Actief eiwittransport is GTP afhankelijk - Export RNA moleculen Verschillende grote eiwitten hebben dus allemaal een signaaldeel. Op dat signaaldeel past precies een bepaalde receptor met GDP. Zodra dit complex in de kern matrix komt, zal Ran-GTP ervoor zorgen dat het eiwit en de receptor gesplitst worden, door de receptor (met GTP) te fosforyleren tot GTP. Dit receptor-GTP complex zal de kern weer verlaten. Buiten de kern zorgt Ran GDP ervoor dat de GTP-groep aan het receptor-GTP complex omgezet wordt tot een GDP groep. Nu zijn we weer bij het begin en kan de hele cyclus weer opnieuw beginnen. Import naar mitochondriele matrix Soms moeten eiwitten niet in de celkern geimporteerd worden, maar in de matrix van een mitochondrion. Ook deze eiwitten hebben een speciale signaalsequentie die ervoor zorgt dat het eiwit op zijn plek komt. Bij deze eiwitten zit het signaaldeel aan de N-terminus. Dit signaaldeel is een amfipatische (dwz. Hydrofoob en hydrofiel) alfa helix. Wanneer een eiwit het membraan van een mitochondrion nadert, hecht het signaaldeel aan de receptor van het TOM-complex. Als dit past, glijdt het eiwit door het translocatiesignaal richting het Transporter Inner Membrane (TIM23) complex. Zodra het eiwit het TIM 23-complex is gepasseerd (en dus in de matrix van het mitochondrion zit), zullen er zogenaamde chaperones (ook wel HSP70 genoemd) aan het eiwit hechten, die ervoor zorgen dat het eiwit door het TIM23-complex wordt getrokken, en dus volledig in de matrix terecht komt. Zodra dit is gebeurd, zullen de chaperones het eiwit weer loslaten en zal de eiwit zich gaan vouwen. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 26 In de afbeelding hieronder is het hele proces schematisch afgebeeld. Het is in principe hetzelfde als de afbeelding op de vorige pagina. Hier is ook te zien dat het Inner-membraan een lading heeft. Zoals ik al eerder zei, heeft het signaaldeel van het eiwit dat bestemd is voor de matrix van een mitochondrion een positieve lading. Ook dit zal helpen om het eiwit van A naar B te krijgen. Verschillende functies van TIM-complexen TIM23: Het TIM23 complex zorgt voor de translocatie van matrix-gerichte eiwitten. Het zorgt er dus voor dat eiwitten van het cytosol, naar de mitochondriale matrix worden verplaatst. TIM22: Het TIM22 complex zorgt voor de integratie van eiwitten naar IN het inner-membraan. OXA-complex: Dit complex zorgt voor het transport naar het binnen membraan. Transport naar thylakoid lumen Een eiwit dat getransporteerd moet worden naar het thylakoid lumen heeft twee signaaldelen. Eén om door het outer en inner membraan te komen en de andere om door het thylakoid membraan te komen. Het signaaldeel (delen) zit aan de Nterminus en is amfipatisch (hydrofoob en hydrofiel). Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 27 Celbiologie 21 september 2011 dr. I. van der Klei Import naar peroxisomale matrix Het signaaldeel van het eiwit bestaat uit 3 c-terminale aminozuren, de zogenaamde PTS1. Het eiwit kan gevouwen worden geimporteerd, maar het peroxisoom heeft geen grote porien zoals de kern envelop. Eiwitten die een rol spelen bij de import van eiwitten naar het matrix van peroxisomen heten peroxins. In de afbeelding hiernaast is Pex5 de receptor van de PTS1. Import naar ER lumen Het signaaldeel vaneen eiwit dat naar de het ER lumen getransporteerd moet worden zit aan de N-terminus en bestaat uit hydrofobe aminozuren die gevolgd worden door geladen aminozuren (zie tabel vorige samenvatting). De import naar het ER lumen is co-translationeel. Dit wil zeggen dat het ribosoom dat het mRNA moet transleren, zich aan het RER hecht en pas daar het eiwit begint te transleren (zie afbeelding hiernaast). Om dit te realiseren is een zogenaamd SRP (signal recognition particle) nodig. Dit deeltje zorgt ervoor dat het ribosoom wacht met het transleren van een mRNA molecuul totdat deze zich aan het RER heeft gehecht. Zoals je kunt zien, bindt het SRP eiwit zich in het cytosol aan het ribosoom om zo het ribosoom-SRP complex te vormen. Wanneer dit complex het RER nadert, zal de SRP eenheid zich hechten aan een SRP receptoreiwit in het membraan. Zodra dit is gebeurd, zal het eiwit in de protein translocator zakken, alleen het signaaldeel blijft nog hangen (zie afbeelding ernaast). Het signaaldeel zal later worden afgeknipt (door een peptidase) en afgebroken worden. Kort samengevat komt het er op neer dat het SRP het signaaldeel kent, en de receptor op het RER, herkent het SRP. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 28 Glycolysatie van een eiwit Het ER heeft ook nog een andere fucntie, namelijk het glycolyseren van eiwitten. Hierbij wordt er aan elke ASN (asparagine) een suikergroep gekoppeld, die later in het golgi apparaat weer gemodificeerd kan worden. Glycolyseerde eiwitten kunnen dus wel op meerdere plaatsen in een cel voorkomen, maar ze zijn altijd in het ER lumen gemaakt! Opruimen van eiwitten Zodra er een fout optreedt in bijvoorbeeld de vouwing of in het glycolysatieproces, zal het eiwit worden afgebroken. Dit gaat als volgt: Een bepaald soort chaperone herkent de foutieve eiwitten en hecht zich daaraan. Dit chaperoneeiwit complex zal zich naar het membraan begeven. Hier zal het misgevouwen eiwit het ER verlaten door een ER eiwit translocator met hulpeiwitten. Vervolgens zit er in het cytosol bepaalde enzymen die de suikergroep van het eiwit afhalen (efficiënt), de zogenaamde glycanase’s. Vervolgens zal het eiwit worden gemarkeerd en worden afgebroken. Regulatie chaperonemoleculen Zoals je ziet zijn chaperones erg belangrijk in dit proces. Op het moment dat er veel foutieve eiwitten zijn gevormd, is het dus belangrijk dat er voldoende chaperones aanwezig zijn in het ER lumen. Er zitten zogenaamde transmembrane protein kinase’s in het membraan van het ER. Zodra deze eiwitten een foutief eiwit zien, zullen ze een andere kinase opzoeken en zich daar aan hechten. Vervolgens zal dit groepje van twee kinase’s elkaar gaan fosforyleren. Het complex wat nu is ontstaan is in staat het mRNA wat codeert voor een bepaald gene regulatory protein te splicen (d.w.z. de introns eruit knippen). Het ontstaande mRNA wordt getransleerd door ribosomen, wat resulteert in het zogenaamde gene regulatory protein. Dit proteine zal zich naar de kern begeven, om daar het DNA wat codeert voor chaperonemoleculen te transleren. Dit chaperone mRNA zal zich vervolgens weer naar het ER begeven om daar getransleerd te worden tot een chaperonemolecuul. (zie volgende pagina voor een illustratie van dit proces). Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 29 Vesikel transport Exocytose is het proces waarbij een cel stoffen afgeeft aan of afscheidt naar het celmembraan of het extracellulaire milieu. Het blaasje waarmee dit gebeurd wordt ook wel een exosoom genoemd. De af te scheiden stoffen zijn onder andere proteïnen en lipiden. Endocytose is het opnemen van stoffen in de cel doordat het door het celmembraan wordt ingesloten. De stoffen die de celmembraan door mogen, worden ingesloten doordat het celmembraan iets naar binnen toe trekt, steeds verder, totdat het uiteindelijk een zelfstandig blaasje of vesikel is, het endosoom. Coat eiwitten Clathrin: Dit eiwit coat vesikels die eiwitten vervoeren die de cel zullen verlaten via exocytose, of de cel binnenkomen via endocytose COP I: Dit eiwit coat vesikels die eiwitten vervoeren van de cis-kant van het golgi complex, naar het RER. COP II: Dit eiwit coat vesikels die eiwitten vervoeren van het RER naar het golgi apparaat. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 30 Assemblage en disassemblage van de coating eiwitten Clathrin: Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 31 COPII: Hier zie je ook dat chaperonemoleculen ongevouwen of misgevouwen eiwitten vasthouden, zodat deze niet meegezonden worden met het blaasje. SNARE-eiwitten De voornaamste rol van SNARE-eiwitten is om de koppeling en versmelding tussen verschillende membranen en versmelting van cellulaire transportvesikels met het celmembraan of het membraan van een intracellulair compartiment (zoals een lysosoom) mogelijk te maken. De SNAREs kunnen worden onderverdeeld in twee categorieën: vesikel-, of v-SNAREs die in de membraan van transportvesikels worden opgenomen als die zich afsnoeren, en target- of t-SNAREs die zich bevinden in het membraan dat een vesikel moet gaan opnemen. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 32 Fusie vesikel met mebraan: Hier ook uitgelegd hoe de t-SNARE eiwitten weer worden losgemaakt nadat het vesikel gedocked is. Retrieval transport Wanneer er per ongeluk eiwitten naar het golgi apparaat zijn verzonden die er niet thuishoren, worden ze retour gezonden. Dit heeft natuurlijk als eerste functie om het verloren eiwit terug naar het ER te brengen, maar het heeft nog een functie. Omdat het ER steeds vesikels maakt, krimpt het langzaam. Om dit proces tegen te gaan, stuurt het ER blaasjes retour. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 33 Het golgi apparaat Transportblaasjes met eiwitten gemaakt door ribosomen op het ruw endoplasmatisch reticulum worden vervoerd naar het golgi-apparaat, waar ze hun eiwitten afleveren aan het lumen (de ruimte binnen het golgi-apparaat). De eiwitten worden door de membranen getransporteerd en op hun weg veranderd in een eindproduct. Hoe dit transport precies werkt is pas kort geleden ontdekt. Het golgi-apparaat vormt zelf nieuwe cisternen en verwijdert de oude waardoor de eiwitten in de oude cisternen vrijkomen. Als de eiwitten de trans-kant bereiken, vormen ze blaasjes die, als ze een bepaalde grootte bereiken, als secreetkorrels richting het celmembraan getransporteerd worden via microtubili en -filamenten. Het golgi-apparaat maakt ook de lysosomen aan. Dit zijn blaasjes die partikels, ingenomen door fagocytose of pinocytose, of oudere celdelen verteren, zodat de bouwstoffen voor andere zaken kunnen gebruikt worden. De Cis kant van het golgi apparaat ligt aan de kant van de kern en de trans kant richting het celmembraan. Tussen de Cis en de trans kant, liggen de cis cisterna, medial cisterna en de trans cistena. Dit moet je kennen voor het tentamen! Zoals ik al zei worden in het golgi apparaat ook glycolyseerde eiwitten gemodificeerd. Om dit te doen, zitten er andere enzymen in de verschillende cisternae’s (zie afbeelding hiernaast). Opname LDL d.m.v. endocytose (In de onderste situatie (B) is er een mutatie opgetreden in het LDL molecuul.) Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 34 Autofagosoom In cell biology, autophagy, or autophagocytosis, is a catabolic process involving the degradation of a cell's own components through the lysosomal machinery. It is a tightly-regulated process that plays a normal part in cell growth, development, and homeostasis, helping to maintain a balance between the synthesis, degradation, and subsequent recycling of cellular products. It is a major mechanism by which a starving cell reallocates nutrients from unnecessary processes to more-essential processes. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 35 Celbiologie 22 september 2011 dr. I. van der Klei Secretie/exocytose Exocytose is het proces waarbij een cel stoffen afgeeft aan of afscheidt naar het celmembraan of het extracellulaire milieu. De af te scheiden stoffen zijn onder andere proteïnen en lipiden. Dit proces loopt via organellen. Te weten: Endoplasmatisch reticulum Golgi-apparaat De af te geven stoffen worden aan het golgiapparaat verpakt in blaasjes (vesikels). De vesikels worden naar het celmembraan getransporteerd en fuseren daarmee. Veel verschillende stoffen zijn betrokken bij de exocytose. De best beschreven stof is de oplosbare NSF receptor (SNARE-eiwitten), die als katalysator werkt bij de fusiereactie. In de afbeelding hierboven is een constitutieve uitscheiding en een gereguleerde uitscheiding te onderscheiden. De constitutieve uitscheiding loopt continu, terwijl de gereguleerde uitscheiding pas gaat lopen zodra er contact wordt gemaakt met signaaleiwit, bijvoorbeeld een hormoon. Secretieblaasjes Om te zorgen dat de hele exocytose goed verloopt, is er een speciaal systeem dat ervoor zorgt dat exosomen steeds kleiner worden gemaakt (en dus geconcentreerder worden). Hierbij hechten clathrin eiwitten aan het membraan van een exosoom, om er een leeg blaasje vanaf te halen, om die vervolgens weer naar de trans-kant van het golgisysteem te brengen. Synaptic vesicles Wanneer door de zenuwcel een elektrisch signaal arriveert, versmelten de synaptische blaasjes met de celmembraan van de zenuwcel, waardoor de neurotransmitters vrijkomen in de synaps. Dit proces is dus een vorm van exocytose. Na exocytose diffunderen de neurotransmitters door de synaptische spleet naar receptoren die zich op aangrenzende cellen bevinden, waarna het signaal verder kan worden verwerkt. Neurotransmitters worden zich vanuit het cytoplasma van de cel naar de blaasjes getransporteerd door middel van vesiculaire transporteiwitten en actief transport. Dit systeem werkt erg snel, omdat de blaasjes worden hergebruikt en dus in het uiteinde van de synapsen blijven. Als er steeds nieuwe blaasjes vanuit het golgi apparaat moesten komen, zouden elektrische impulsen veel langzamer overkomen. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 36 Botox en tetanus Botuline en toxinine zijn proteases die SNARE’s afbreken. Hierdoor verloopt exocytose en endocytose minder goed. Dit leidt tot het continu samentrekken of verslappen van spieren. Metabolisme Stofwisseling, ook wel metabolisme genoemd, is het geheel van biochemische processen die plaatsvinden in cellen en organismen. Enzymen spelen hierbij een centrale rol. De stofwisseling heeft onder meer de volgende functies: De aanmaak van reservestoffen door vastleggen van zonneenergie of chemische energie en het gebruik daarvan De opname van stoffen Het vrijmaken van energie uit o.a. opgenomen stoffen Het gebruik van bouwstoffen en energie als bron voor alle biologische processen Het verwerken van afvalstoffen Een bepaald teveel aan opbouwstoffen elimineren Hiernaast zie je dat voedselmoleculen kunnen worden omgezet in nuttige vormen van energie + hitte, en bouwstenen voor biosynthese (opbouwen van moleculen). Catabolic pathways zijn afbrekende processen, anabolic pathways zijn de opbouwende processen. Lichtreactie Alle reacties die gebeuren tijdens de fotosynthese zijn grofweg te scheiden in twee reactiewegen. Dit artikel gaat over de eerste reactieweg, de lichtreacties. Tijdens de lichtreacties wordt lichtenergie omgezet in chemische energie in de vorm van de energiedragende stoffen ATP en NADPH. Hierbij komt zuurstof vrij als afvalproduct. Tijdens de tweede reactieweg, de calvincyclus (ook wel de donkerreacties genoemd) worden deze stoffen gebruikt om van koolstofdioxide de energierijke stof glucose te maken. De nettoreactie van alle lichtreacties ziet er als volgt uit: 12H2O + 12NADP+ + 18ADP + 18Pi → 6O2 + 12NADPH + 18ATP Donkerreactie De reductie door NADPH,H+ gebeurt in meerdere cyclische enzymmatische tussenstappen. Bij planten vindt de reductie plaats in de stroma van de bladgroenkorrels. De ontdekkers zijn de NoordAmerikaanse chemicus Melvin Calvin en Andy Benson van de Universiteit van Berkeley in Californië, waaraan de reactie de naam te danken heeft. Nettoreactie Calvincyclus: 6CO2+ 12 NADPH,H++ 18ATP →C6H12O6+ 6H2O + 12 NADP+ + 18 ADP + 18 Pi Dit resulteert in de volgende reactie: 12H2O + 6CO2 + licht → C6H12O6 (glucose) + 6O2 + 6H2O Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 37 Fotosynthese en dissimilatie Je zou grofweg kunnen zeggen het doel van de fotosynthese, het vastleggen van energie in glucose is. Eukaryoten breken suikers af, om de energie die daarbij vrijkomt te kunnen gebruiken. Hierbij is zuurstof nodig. Koolstofcyclus De koolstofkringloop is de bekendste biogeochemische kringloop en beschrijft alle processen waarmee het element koolstof door het systeem Aarde circuleert. De koolstofkringloop beschrijft onder andere wat er gebeurt met door mensen uitgestote koolstofdioxide in de atmosfeer. Omdat koolstofdioxide een belangrijk broeikasgas is, vormen de onduidelijkheden binnen de koolstofkringloop een belangrijk onderzoeksterrein binnen de biochemie, geochemie en klimatologie. NADPH Het komt voor in 2 soorten: NAD+ en NADP+ dat een extra veresterde fosfaatgroep op de 2'-OH-groep van de adenosine draagt. Het verschil tussen beide moleculen ligt bij de functie ervan. Meestal fungeert NAD+ als cofactor bij katabole reacties (afbraak), terwijl NADP+ dienst doet bij anabole reacties (opbouw). Daarnaast wordt NAD+ bij dissimilatie gebruikt, en NADP+ bij fotosynthese. NADH is de gereduceerde vorm van NAD+, en NADPH is de gereduceerde vorm van NADP+. De met een proton en elektron opgeladen moleculenzijn dan NADH en NADPH die optreden als elektronendonor. Deze elektronendonoren dienen als een soort van mobiele energiestockage. Die energie komt terug vrij wanneer NADH of NADPH zich terug omgezet wordt naar NAD+ en NADP+. In dit tentamen zullen we vooral letten op NADP+ en NADPH+H+. Wanneer NADPH zijn energie kwijt wil zal de volgende reactie lopen: NADPH NADP+ + H+ + 2e- Energie leverende voedingsstoffen - Suikers: afbraak d.m.v. glycolyse tot pyruvaat in het cytosol. Pyruvaat wordt in mitochondrion omgezet tot acetyl CoA - Acetyl CoA wordt afgebroken via de citroenzuurcyclus in de matrix van het mitochondrion. Hierbij wordt ATP gesynthetiseerd - Vetten: afbraak tot vetzuren en vervolgens tot acetyl CoA. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 38 Citroenzuurcyclus Het doel van de citroenzuurcyclus is het vormen van NADH en CO2 uit acetyl CoA. Wanneer de citroenzuurcyclus één keer is doorlopen, zullen er 3 NADH-moleculen, één GTP molecuul en twee CO2 moleculen gevormd zijn. Zoals hierboven beschreven staat wordt suiker eerst afgebroken tot acetyl CoA, daarbij worden veel bruikbare tussenproducten gevormd, die weer een ander doel hebben in een ander systeem/complex. Oxidatieve fosforylering/ATP synthase Zoals ik al zei worden tijdens de citroenzuurcyclus (die zich in de matrix van het mitochondrion afspeelt) NADH en elektronen gevormd. Deze producten van de citroenzuurcyclus gaan we nu gebruiken om ATP te vormen. Volgens de chemiosmotische theorie werkt de oxfos (oxidatieve fosforylering) volgens de volgende principes. energierijke elektronen uit de citroenzuurcyclus geven hun energie af in een serie redoxreacties, waarbij uiteindelijk zuurstof wordt gereduceerd tot water. Deze energie wordt gebruikt om een protonengradiënt te creëren. Deze protonengradiënt drijft de synthese van ATP aan. Het de twee elektronen die vrijkomen tijdens de citroenzuurcyclus hebben zoveel energie, dat ze 3 fotosystemen aan kunnen zetten tot het transporteren van H+-ionen van het matrix, naar het tussenmembraan. Hierdoor ontstaat zowel een protonen gradiënt als een lading gradiënt. Door dit verschil, zal er altijd H+ naar de matrix van het mitochondrion willen stromen. Hier komt ATP synthase goed van pas. Door het verschil in concentratie H+, zal het gamma eiwit in ATP synthase gaan draaien als een soort rotor. Hierdoor zullen ADP en P samen worden geperst tot ATP. Je kunt dus zeggen dat de mechanische kracht ATP vormt (bestudeer ook de afbeelding voor het tentamen). Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 39 Cristae De binnenste mitochondriale membraan is verdeeld in talrijke plooien of invaginaties die we cristae noemen. Deze vergroten de oppervlakte van de binnenste mitochondriale membraan en daarmee het vermogen om ATP te produceren. Voor typische levermitochondriën is het gebied van de binnenste membraan ongeveer vijf keer groter dan de buitenste membraan. Deze verhouding is variabel en de mitochondriën van de cellen die een grotere vraag naar ATP hebben, zoals spiercellen, bevatten nog meer cristae. In de afbeelding hiernaast zijn de ATP synthase moleculen met pijltjes aangegeven. Fotosynthese In een chloroplast verlopen bijna dezelfde processen. Het verschil hierin is goed op de verschillende DIA’s in de map te zien. Je hoeft deze niet door en door te kennen, maar het is wel belangrijk dat je de verschillen kan herkennen. Ook is het belangrijk dat je weet hoe een chloroplast en een mitochondrion er van buiten en van binnen uitzien. Ook moet je weten waar in het organel (zowel in een chloroplast als een mitochondrion) de pH hoger is, en waar het membraan positief of negatief geladen is. Ook moet je weten waar elk proces zich afspeelt, (bijvoorbeeld de koolstoffixatie reacties in het stroma). Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 40 Mitochondriën en Chloroplasten (kennen voor tentamen) Overeenkomsten: - Vorming proton gradiënt d.m.v. elektronen transportketen. - ATP synthese door terugstroom protonen door ATP-synthase . - Dubbele membraan - Eigen genoom - Ribosomen - Energie conversie - Elektronen transport keten -ATP synthase Verschillen: - Mitochondriën halen hun energie uit verbranding en chloroplasten uit zonlicht. - Mitochondriën consumeren O2 en chloroplasten produceren O2. - Mitochondriën produceren CO2 en chloroplasten consumeren CO2. Samenvatting Celbiologie (2011-2012) Rijksuniversiteit Groningen Niek Groot 41