Voorbeelden van examenvragen Celbiologie deel 1, Claessens

Voorbeelden van examenvragen Celbiologie deel 1, Claessens
Opgelet, wellicht worden de vragen op het examen anders geformuleerd.
Tien definities (in 15 minuten) – max. 3 regels
Rood = definities uit de lijst van prof. Claessens
Blauw = zelf gevonden definities
Groen = pagina’s waarvan deze informatie komt uit de cursus van prof. Claessens
Oranje = pagina’s waarvan deze informatie komt uit de LODISH (meestal uit de glossary!)
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
acceptorstam: uiteinde van de aminozuren aan het 3’ ribose, verbonden door het
aminoacyl-tRNA-synthetase p.68
acetylering van histonen :
acridine oranje:
adenine: is een base, meer bepaald een purine, DNA bevat deze base + ook de
basen: guanine, thymine en cytosine p.13
adenosine : wanneer een adenine verbonden is aan een ribose spreekt men van een
adenosine p.13
afgescheiden: levende organismen zijn afgescheiden van hun leefomgeving door een
celmembraan of celwand en de samenstelling van de inhoud is sterk verschillend
van/complexer dan deze van de omgeving p.2
aflatoxine:
agarose: een hydrofiel, niet-ionisch, sterk gellerend polysaccharide dat uit zeewier
wordt gezuiverd en dat men kan oplossen door verwarming. Na afkoeling van de
oplossing zal zich een gel vormen (agarosegel), dat wordt gebruikt bij DNA
elektroforese p.20
-amanitine: verschillende concentraties aan -amanitine inhiberen de drie RNA
polymerasen waardoor je ze kan onderscheiden p.55
-helix: secundaire structuur, die veel voorkomt in proteïnen, in dewelke de lineaire
sequentie van de aminozuren is opgevouwen in een rechtsdraaiende spiraal,
gestabiliseerd door waterstofbruggen tussen carboxyl- en amide-groepen in het
backbone p.G-1
-subunits: zorgen voor de assemblage van het complex en de interacties met
activatoren (< RNA polymerase) p.54
AIDS: Acquired Immune Deficiency Syndrome p.15
alkylering: aanhechting van groepen op basis van koolstof aan de basen in het DNA
(komt frequent voor o.w.v. het feit dat het DNA een aantal atomen bevat die zeer
goede substraten zijn voor de electrofiele aanvallen) p.39
alkaptonurie: afwijking/ziekte t.g.v. een defect gen (<Garrod/Mendel) , bij baby’s
met deze afwijking wordt de urine zwart nadat deze enige tijd is blootgesteld aan de
lucht p.6
alternatieve splicing: splicing die afhankelijk van de situatie één of meerdere exons
mee ‘uit-spliced’, geeft aanleiding tot variaties in eiwitten, aangezien er op deze
manier delen van het eiwit al dan niet aanwezig zijn p.67
Amestest: test die nagaat of een stof al dan niet kankerverwekkend is door bepaling
van de mutagene eigenschappen p.47-48
aminoacyl-tRNA synthetase p.68-69-70
1
18.
19.
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
31.
32.
33.
34.
35.
36.
androgenen : typische mannelijke hormonen die in de testis worden aangemaakt en
zich verspreiden over het hele lichaam, zorgen ervoor dat de uiterlijke kenmerken
van de man tot expressie komen p. 35
androgen insensitivity syndroom : een inactiverende mutatie in het gen (oorzaak:
verandering in 1 base) dat codeert voor de androgeenreceptor zorgt ervoor dat die
persoon ontwikkelt tot een vrouwelijk fenotype, terwijl zij genotypisch toch 46XY
(man) is p.35
anticodon: gaat hybridiseren met de codons in het mRNA en bevindt zich op de
anticodon-loop/ sequentie van 3 nucleotiden in een tRNA dat complementair is aan
een codon in een mRNA. Tijdens de proteïnesynthese, zorgt baseparing tussen het
codon en het anticodon ervoor dat het tRNA het corresponderende aminozuur kan
aanreiken voor de groeiende polypeptideketen p.68 p.G-2
anticodon-loop: in het midden van de tRNA sequentie, bevat het anticodon p.68
anti-parallel: de twee DNA strengen van een dubbele helix zijn anti-parallel omdat
de 5’ naar 3’ richtingen parallel zijn maar in de tegenovergestelde richting wijzen
waarbij A met T en G met C associëren via waterstofbruggen p.16
AP site: a-purine of a-pyrimidine site, ontstaat door de verwijdering van uracil uit
het DNA door uracil DNA glycosylase en wordt herkend door een AP-endonuclease
dat de esterbinding tussen het fosfaat aan de 5’koolstof en het 3’OH van het vorige
nucleotide zal verbreken (bij de base excision repair) p.43
Aureomycine: door de depositie van tetracyclines in tanden en bot zullen deze
minder sterk zijn en fluoresceren bij UV-bestraling. Hier is Aureomycine een vb.
van (behoort tot de antibiotica (?)) p.78
AZT: 3’-azido-2’deoxythymidine, wordt gebruikt bij de behandeling van AIDS, het
inhibeert het reverse transcriptase van het HIV virus p.15
bacteriofagen: virussen van bacteriën/ eender welk virus dat bacteriële cellen
infecteert. Sommige bacteriofagen worden gebruikt als ‘vectors’ in DNA cloning
p.10 p.G-2
bacteriostatisch: (wordt gezegd van een antibioticum) als het zorgt voor een
tragere/stoppen van de groei van bacteriën p.78
base excision repair: dit systeem zal veranderingen in basen, te wijten aan oxidatie
of chemische modificaties, herstellen p.42-43
beweging p.3
B-helix p.16-17
biochemie : wetenschappelijke discipline die zich bezig houdt met het bestuderen
van chemische processen zoals ze zich voordoen in levende wezens, leven is één
opeenvolging van chemische, complexe reacties, vbn van biochemische processen:
voortplanting, groei, beweging, energiewinning p.4
caffeïne: een inhibitor van het fosfodiesterase, het enzyme dat cAMP omzet in
AMP, waardoor het de effecten van cAMP nog versterkt p.15
(carbohydraten: koolwaterstoffen p.4 p.G-3)
carboxyterminaal domein: bestaat uit de herhaling van een aminozuursequentie
YSPTSPS, zit in RNA polymerase II, is gefosforyleerd bij een actief RNA
polymerase p.60
cap: beschermend kapje op het 5’uiteinde van het RNA (tijdens de transcriptie erop
gezet) p.64-72
capping: aanhechting van een gemodificeerd guanosine (modificatie van het 5e
uiteinde van het RNA) via een 5’-5’ verbinding tussen de ribosen door het
guanylyltransferase… onmiddellijk na de start van transcriptie, het plaatsen van een
2
37.
38.
39.
40.
41.
42.
43.
44.
45.
46.
47.
48.
49.
50.
51.
52.
53.
54.
55.
56.
57.
58.
‘cap’ op het 5’uiteinde van het RNA (enkel bij eukaryoten/deel van modificatie
primair transcript) p.64
cdc6:
cel: basisstructuur van levende ogranismen, bestaat uit een zeer georganiseerde
opbouw van proteïnen, lipiden, carbohydraten en nucleïnezuren in een waterig
milieu, afgescheiden van de omgeving, kleinste functionele eenheid p.4
(het) centrale dogma: van de moleculaire biologie: transcriptie van DNA resulteert
in RNA en translatie van RNA resulteert in eiwitten (replicatie?) p.50
Chloramphenicol: is een synthetisch antibioticum (bekend), het inhibeert de
peptidyltransferase-activiteit van de 50S subeenheid waardoor de elongatie stopt. Dit
is een bacteriotoxische stof omdat de bacteriën worden gedood p.78
chromatine remodelling complex:
complementair: basen worden complementair genoemd omdat ze waterstofbruggen
kunnen vormen (A-2-T, G-3-C) en basenparen liggen in een vlak dat ongeveer
loodrecht staat op de ruggengraat p.16
codon: sequentie van 3 nucleotiden in DNA of mRNA, specifiek voor 1 aminozuur
(tijdens proteïnesynthese), ook triplet genoemd, er zijn 64 mogelijke codons
waarvan 3 stopcodons die niet specifiek voor 1 aminozuur staan, maar zorgen voor
de terminatie van de synthese p.G-4
consensussequentie: (van promotor-elementen): welbepaalde plaatsen van de
sequentie rond een groot aantal transcriptiestartplaatsen waar de frequentie van
voorkomen van bepaalde basen veel hoger is p.55-59
copyDNA bank:
crixivan:
Cycloheximide: is een (bekend) antibioticum dat de peptidyltransferase activiteit
inhibeert zowel bij pro- als eukaryoten. Daarom wordt het in laboratoria gebruikt als
algemene inhibitor p.78
cytidine: wanneer een cytosine verbonden is aan een ribose spreekt men van een
cytidine p.13
cytosine: is een base, meer bepaald een pyrimidine, DNA bevat deze base + ook de
basen: adenine, guanine en thymine p.13
deanimatie p.39
degeneratie: een codon is gedegenereerd o.w.v. het feit dat bepaalde tripletten allen
voor hetzelfde aminozuur coderen p.62
deletie: soort mutatie die veel voorkomt nl. als één of meerdere nucleotiden
verwijderd zijn p.37
denaturatie: het uit elkaar halen van complementaire DNA strengen in een DNA
oplossing (door verhoging van de temperatuur) p.19
densiteitscentrifugatie: techniek van fractionering gebruikmakend van centrifugatie
en het verschil in dichtheid/densiteit van de verschillende organellen of moleculen in
een cellysaat. Men brengt verschillende lagen aan van oplossingen met een dalende
concentratie aan sucrose (die zullen niet mengen). Vervolgens brengt men het
celhomogenaat aan, bovenop deze gradiënt en al naar gelang hun densiteit zullen ze
tijdens de centrifugatie terechtkomen in de sucroselaag met dezelfde densiteit (als
huneigen) p.8
depurinatie: het verwijderen van een purine door verbreken van de N-glycosidische
binding (komt zeer frequent voor) p.38
desoxyribose: suikers voorkomend in DNA, desoxyribose is een pentose p.12
diagnostische testen p.34
dimerisatie (van pyrimidines) p.40
3
59.
60.
61.
62.
63.
64.
65.
66.
67.
68.
69.
70.
71.
72.
73.
74.
75.
76.
77.
78.
79.
80.
81.
distorsie: (leidt tot een) a-specifieke helix structuur p.43
DNA : deoxyribonucleïnezuur, erfelijke eigenschappen (of genen) zitten vervat in
DNA p.10
DNA glycosylasen: herkennen foute basen en zullen de N-glycosidebinding
verbreken p.43
DNA ligase: verbindt de twee uiteinden (3’OH en 5’fosfaat) van de nick (=opening)/
verbindt de Okazaki fragmenten (van de lagging strand) tijdens de DNA replicatie
ter vorming van een continue DNA streng p.27 p.G-15
DNA phosphodiesterase:
DNA photolyase:
DNA polymerase: DNA aanmaken/vervangen van bep. elementen p.25
dominant: een gen is dominant als het kenmerk waarvoor het codeert prioriteit heeft
op de andere genen p.5
dubbele strengsbreuken p.40-41-46-47
duplicatie: soort van mutatie die veel voorkomt nl. waarbij meerdere kopieën van
een DNA fragment ontstaan p.37
E. coli: Escherichia coli, bacterie die vaak wordt gebruikt in biochemische
experimenten p.10
electroforese: DNA elektroforese: wordt gebruikt om DNA te bekijken/ DNA
moleculen van verschillende lengte te scheiden/ bepaalde DNA fragmenten op te
zuiveren. Aangezien DNA negatief geladen (<fosfaatgroepen in de ruggengraat) is,
zal het migreren naar de positieve pool van een elektrisch veld. De agarosegel vormt
hierbij een netwerk, waardoor het DNA moet migreren. Grotere DNA fragmenten
zullen meer worden gehinderd door het netwerk dan kortere fragmenten zodat men
na enige tijd een scheiding krijgt op basis van lengte. Om het DNA hierbij zichtbaar
te maken, gebruikt men Ethidiumbromide en UV licht/ techniek om macromoleculen
te scheiden, gebaseerd op hun migratie in een gel of een ander medium terwijl ze
onderworpen worden aan een sterk elektrisch veld p.20 p.G-7
elongatie continue translatie van mRNA (proteïnesynthese) na de initiatie p. 33
p.G-7
end-joining herstelmechanisme na dubbele strengsbreuken p.46
endonuclease: AP-endonuclease: gaat de AP-site herkennen bij base excision repair
en gaat dan de esterbinding tussen het fosfaat aan de 5’ koolstof en het 3’ OH van
het vorige nucleotide verbreken (lands de 5’ kant van de AP-site dus) p.43
energieopname – verbruik: ‘eten en drinken’, grondstof/energiebron, basis =
zonlicht --> planten --> dieren,… p.3
ethidiumbromide: is zeer carcinogeen, is een planaire stof die zich tussen de
basenparen in dubbelstrengig DNA zet, het wordt gebruikt bij DNA electroforese:
wanneer een agarosegel waarin DNA zit, wordt geincubeerd met EtBr, zal deze
laatste dus ter hoogte van het DNA gaan zitten. EtBr fluoresceert wanneer het wordt
belicht met UV licht. Na belichting weet men dus via fluorescentie waar het DNA
zich bevindt p.20
ethylmethanosulfonaat:
euchromatine :
eukaryoot RNA(/DNA?):
eukaryoten: ‘moderner’ celtype, gekenmerkt door het feit dat ze wel een kern
hebben/ klasse van organismen die bestaan uit 1 of meerdere cellen met een
membraan-sluitende kern en organellen… p.4 p.G-7
excinuclease :
exon p.66
4
82.
83.
84.
85.
86.
87.
88.
89.
90.
91.
92.
93.
94.
95.
96.
97.
98.
99.
100.
101.
102.
103.
104.
105.
exonuclease activiteit: p.26-42
exonuclease centrum p.26
expressieplasmiede :
fosfo-anhybride(bindingen) p.13
fosfodiesterase: knipt langs de 3’ kant van het deoxyribose waardoor er een opening
ontstaat met een vrij 3’ OH uiteinde dat door een herstel DNA polymerase wordt
herkend als primer p.43
fosfodiesterbindingen: verbinding van ribosen in een DNA keten waarbij de 5’
koolstof van de ene deoxyribose via een fosfaatgroep met de 3’ koolstof van de
vorige deoxyribose wordt verbonden p.14
fotosynthese: proces waarbij planten H2O en CO2 uit de omgeving opnemen als
basis voor de synthese van suikers/licht (?) p.3
fotolyase: enzyme dat specifiek pyrimidine-dimeren herkent en de energie van UV
nu net gebruikt om de dimerisatie teniet te doen (foto-activatie). Dit enzyme komt
niet voor bij eukaryoten p.41
Garrod: legde link tussen genen en biochemische processen door zijn onderzoek
naar de afwijking alkaptonurie (i.s.m. Mendel) p.6
gen: erfelijke eigenschap, informatie-bevattend element die de karakteristieken van
een individu, maar ook van de sort waartoe dit individu behoort, bevat, ze coderen
dus voor erfelijke eigenschappen, een gen is dominant/recessief/intermediair p.5-10
general transcription factors: zijn nodig voor alle RNA polymerase II-afhankelijke
promotoren, aangeduid met afkortingen TFIIA tot TFII I p.59-60
gene replacement:
genomische bank:
genoom : totale/geheel van genetische informatie gedragen door een cel of een
organisme p.G-9
Gentamycine: net als Neomycine en Kanamycine; bekend antibioticum, geïsoleerd
uit Streptomyces, zijn aminoglycosides die interfereren met het 16S RNA waardoor
bij de codon-anticodon interacties fouten worden gemaakt. Hierdoor zullen bacteriën
trager groeien, vandaar de term bacteriostatisch p.78
Griffith: deed experiment (1944) waarbij 2 stammen van de bacterie Streptococcus
pneumoniae werden vergeleken. Hij vond dat bacteriën de dragers van
eigenschappen (of genen) uit hun omgeving kunnen opnemen (=transformatie). Met
dit experiment werd voor de eerste maal aangetoond dat erfelijke eigenschappen (of
genen) vervat zitten in het DNA p.9-10
groei: toename in complexiteit van een levend organisme in de tijd --> volwassen
stadium p.3
guanine: is een base, meer bepaald een purine, DNA bevat deze base + ook de
basen: adenine, thymine en cytosine p.13
guanine-7-methyltransferase p.64
guanosine: wanneer een guanine verbonden is aan een ribose spreekt men van een
guanosine p.13
guanylyltransferase p.64
gyrase: DNA gyrase: proces bij prokaryoten dat bij eukaryoten topoisomerase II
wordt genoemd p.24
helicase: een enzyme dat langs een DNA duplex beweegt door het gebruik van
energie dat werd verkregen door ATP hydrolyse met als doel de
scheiding/‘ontdraaiing’ van de 2 strengen. Dit is nodig alvorens DNA replicatie
plaatsvindt p.G-10
helix: (zie ook alfa-helix)
5
106.
107.
108.
109.
110.
111.
112.
113.
114.
115.
116.
117.
118.
119.
120.
121.
122.
123.
124.
Hershey-Chase: Hershey-Chase experiment (1952): vonden hetzelfde als Griffith,
maar op een totaal andere manier nl. via culturen van E.Coli’s p.10-11
heterochromatine : stukjes chromatine die hoog gecondenseerd en ‘transcriptionair’
inactief blijven tijdens de interphase p.G-10
histonen : 1 van de verschillende kleine, belangrijke basic proteins, terug te vinden
in het chromatine van alle eukaryote cellen, dat associeert met DNA in het
nucleosoom p.G-10
histonstaart :
hybridisatie: fenomeen waarbij twee ‘losse’ complementaire strengen (<denaturatie)
elkaar terug vinden bij het afkoelen van de DNA oplossing dankzij de
complementariteit van de basen (voorwaarden: DNA mengsel mag niet te complex
zijn/ er moet een trage T daling gebeuren)/ associatie van 2 complementaire nucleic
acid strands ter vorming van double-stranded moleculen die 2 DNA strengen, 2
RNA strengen of 1 DNA en 1 RNA streng kunnen bevatten. Wordt experimenteel
gebruikt om specifieke DNA of RNA sequenties te detecteren p.19 p.G-10
hyperchromiciteit: van enkelstrengig DNA: fenomeen waarbij de absorptie van een
DNA oplossing bij een bepaalde temperatuur (= smelttemperatuur) zal toenemen tot
een volgende plateauwaarde p.19
H2A :
inhibitor: ‘remmer’, uitschakelaar <--> katalysator o.a. p.25
insertie: soort mutatie die veel voorkomt nl. als één of meerdere nucleotiden werden
ingevoegd p.37
intercaleren: proces waarbij bepaalde stoffen zich tussen de basenparen gaan
invoegen p.37
intermediair: een gen is intermediair als het kenmerk waarvoor het codeert
gelijkwaardig is aan de andere genen p.5
interpretatie van prikkels: levend wezen gaat gegevens uit omgeving verzamelen en
reageren op bepaalde condities (licht, gevaar, …) p.4
intron: coderen niet voor een eiwit, liggen tussen de exons, zijn vrij kort, worden
onmiddellijk na transcriptie uit het primair transcript verwijderd p.66
Kanamycine: net als Neomycine en Gentamycine; bekend antibioticum, geïsoleerd
uit Streptomyces, zijn aminoglycosides die interfereren met het 16S RNA waardoor
bij de codon-anticodon interacties fouten worden gemaakt. Hierdoor zullen bacteriën
trager groeien, vandaar de term bacteriostatisch p.78
kankerverwekkende stof: een stof wordt kankerverwekkend (=mutageen) genoemd
als ze mutaties in DNA veroorzaakt p.36
klaverbladstructuur p.68
kloneren: DNA cloning: recombinante DNA techniek waarbij specifieke cDNAs of
fragmenten van genomisch DNA ingebracht worden in een cloning vector, die dan
wordt ingebracht in gecultureerde gastcellen (bv. E. coli cellen) en worden bewaard
tijdens de groei van de gastcellen; wordt ook gene cloning genoemd p.G-6
knock out : knockout, gene: selectieve inactivatie van een specifiek gen door het te
vervangen met een niet-functionele (verstoorde) allel in een, anders normaal,
organisme p.G-12
lagging strand: DNA streng waarvoor de aanmaak van Okazaki fragmenten nodig
zijn om een complementaire streng aan te maken, aangezien DNA polymerasen
enkel in de 5’-3’ richting polymeriseren en deze streng zich net andersom bevindt/ 1
van de 2 dochter DNA strengen, gevormd aan de replicatievork als korte,
discontinue segmenten (Okazakifragmenten), die worden verbonden p.27 p.G-12
6
125.
126.
127.
128.
129.
130.
131.
132.
133.
134.
135.
136.
137.
138.
139.
140.
141.
142.
143.
leading strand: DNA streng waarop volledig processief een complementaire streng
kan worden aangemaakt (op 2e DNA streng niet aangezien DNA polymerasen enkel
in de 5’-3’ richting kunnen polymeriseren)/ 1 van de 2 dochter DNA strengen,
gevormd aan de replicatievork door continue synthese van 5’ --> 3’ (dezelfde
richting als de beweging van de replicatievork p.27 p.G-12
leven: definitie bevat verschillende componenten/kenmerken (afgescheiden,
energieopname – verbruik, groei, voortplanting, beweging, interpretatie van
prikkels), die afz. vaak toepasbaar zijn op levenloze dingen, maar waarvan de
combinatie vaak de meest correcte definitie van leven vormt (er zijn
uitzonderingen!) p.2-3
licensing factoren:
Mendel: deed onderzoek naar genen (als drager van erfelijke informatie) p.6
metalloprotease:
mismatch repair: wanneer er foutieve baseparing optreedt tijdens de DNA replicatie,
en deze aan de exonuclease proofreading-systemen van de DNA polymerasen is
ontsnapt zal dit in prokaryoten herkend worden door specifieke eiwitten (MutS). Het
foute DNA wordt hierna verwijderd en vervangen p.41-42
modificatie p.79
mRNA: messenger RNA/boodschapper RNA, bevat de boodschap of het open
leesraam voor de vorming van eiwitten/ eender welk RNA dat instaat voor de
volgorde van aminozuren in een proteïne. Het wordt geproduceerd door transcriptie
van DNA door RNA polymerase. Bij eukaryoten ondergaat het initiële RNA product
(primair transcript) een proces om tot functioneel mRNA te komen p.53-64 p.G-14
mutageen: kankerverwekkend/ een chemische of fysische ‘stof’ die mutaties
induceert p.47 p.G-14
mutatie p.79
Neomycine: net als Kanamycine en Gentamycine; bekend antibioticum, geïsoleerd
uit Streptomyces, zijn aminoglycosides die interfereren met het 16S RNA waardoor
bij de codon-anticodon interacties fouten worden gemaakt. Hierdoor zullen bacteriën
trager groeien, vandaar de term bacteriostatisch p.78
nick: opening (tussen het 3’ uiteinde van het DNA dat het RNA primertje vervangt
en het DNA dat al werd gemaakt) p.27
NTPs: ribonucleosidetrifosfaten (substraten onder deze vorm nodig voor de synthese
van RNA) p.54
nucleosoom : structurele eenheid van chromatine, bestaande uit een disk-vormig
lichaam (?) van histonenproteïnen rond welke een 147-bp segment van DNA is
gelegen p.G-15
nucleoside: base verbonden aan een ribose via een N-β-glycosidische binding p.13
nucleotide: indien een fosfaatgroep aan de 5’ koolstof verbonden is, spreekt men van
nucleotiden/ een nucleoside met 1 of meer fosfaatgroepen, die eraan hangen via een
esterbrug … p.13 p.G-15
nucleotide excision repair: deze herkent grotere veranderingen in het DNA die
resulteren in een a-specifieke helix structuur (distorsies). Dit repair systeem werd
ontdekt bij de mens tijdens een onderzoek van de afwijking Xeroderma
pigmentosum p.43-44
nucleotide-tri-fosfaten: als er 3 fosfaatgroepen (= maximum) in serie aan het 5’
koolstofatoom hangen (via fosfo-anhybridebindingen) p.13
Okazaki fragmenten: korte (<1000 basen), single-stranded DNA fragmenten die
gevormd worden tijdens de synthese van de lagging strand bij DNA replicatie en
7
144.
145.
146.
147.
148.
149.
150.
151.
152.
153.
154.
155.
156.
157.
158.
159.
160.
snel aan elkaar worden gehangen door DNA ligase ter vorming van een continue
DNA streng p.27 p.G-15
oligonucleotide :
ORC:
ORF: open reading frame/open leesraam: opeenvolging van tripletten die niet
overlappen en op elkaar aansluiten (geen basen ertussen) (hieruit bestaat de
genetische code)/codes voor de eiwitten/ regio van een DNA sequentie die niet
wordt verstoord door stopcodons in 1 van de triplet reading frames. Een ORF dat
begint met een startcodon en verder minstens 100 codons ver uitreikt, heeft een hoge
kans om een proteïne te decoderen p.62-72 p.G-15
ORI: Origins Of Replication (Initiation?), specifieke DNA sequenties/plaatsen waar
de replicatie wordt gestart/gecontroleerd p.24, 28-29-30!
palindroom: palindromische sequentie : de onderste streng (die we van 5’ naar 3’,
van rechts naar links lezen) heeft dezelfde sequentie als de bovenste streng p.18
PCR : Polymerase Chain Reaction: techniek om een specifiek DNA segment te
amplificeren in een complexe mix van meerdere cycli van DNA synthese voor korte
oligonuclotide primers, gevolgd door een korte heat treatment ter scheiding van de
complementaire strengen (???) p.G-16!
pellet: materiaal dat zich verzamelt op de bodem na (differentiële ultra)centrifugatie,
dit zijn de grotere/zwaardere celorganellen p.7
peptidyltransferase (centrum) !! p.75-78
plasmiden : minichromosomen bestaande uit klein circulaire DNA moleculen p.79
polyadenylering: wanneer tijdens de transcriptie in het nieuw gemaakt RNA een
specifiek polyadenylatiesignaal verschijnt, nl. de sequentie 5’AAUAAA-3’, dan zal
dit herkend worden door specifieke enzymen die het RNA ongeveer 30 nucleotiden
later in een 5’-CA-3’ motief gaan knippen. Het polyA-polymerase gaat vervolgens
tot 250 adenines toevoegen aan het 3’OH uiteinde (niet processief). De polyA staart
wordt herkend door het ‘polyA binding protein’ waardoor het beschermd wordt
tegen afbraak en het RNA herkenbaar wordt als mRNA uiteinde (deel van
modificatie primair transcript) p.64-65
polyA-staart p.65-72
polycistronisch: een mRNA (kunnen coderen voor verschillende eiwitten) wordt
polycistronisch genoemd als de codes voor de eiwitten naast elkaar liggen op het
mRNA p.72
polymerase site p.26
polypeptide : polymeer van aminozuren/ lineair polymeer van aminozuren die
verbonden zijn door peptidebindingen. Een proteïne is een grote polypeptide die
opgevouwen is in een 3-dimensionele vorm p.67 p.G-17
polytene chromosomen : vergroot chromosoom dat bestaat uit vele parallelle
kopieën van zichzelf gevormd door meerdere cycli van DNA replicatie zonder
chromosomale scheiding… p.G-17
primair transcript: het initiële RNA product (bij eukaryoten) dat exons en introns
bevat en geproduceerd is door transcriptie van DNA en waarvan vele primaire
transcripten nog een RNA processing moeten ondergaan om tot actief RNA te
komen (dat nog een proces moet ondergaan om tot functioneel mRNA te komen)
p.64-65-66 p.G-14,G-17
primase: enzyme dat het 3’ OH uiteinde aanmaakt aan DNA polymerasen (nodig om
nucleotiden vast te hechten). Primase maakt korte RNA fragmenten complementair
aan enkelstrengig DNA, en is dus een RNA polymerase/ een gespecialiseerd RNA
8
161.
162.
163.
164.
165.
166.
167.
168.
169.
170.
171.
172.
173.
174.
175.
176.
177.
178.
polymerase dat kleine stukjes RNA synthetiseerd die worden gebruikt als primers
voor de DNA synthese p.25 p.G-17
processief p.27-56
prokaryoot RNA(/DNA?):
prokaryoten: oudst bestaande celtype, gekenmerkt door het feit dat deze geen kern
hebben/ klasse van organismen, waaronder ook de eubacteria en de archaea, die
geen echte membraan-beperkende kern en andere organellen hebben p.4 p.G-17
promotoren: (sequentie rond een groot aantal) transcriptiestartplaatsen/ DNA
sequentie die de plaats van de transcriptie-initiatie voor een RNA polymerase
bepaalt p.55 p.G-17
proofreading: eventuele foute nucleotiden die toch zijn ingebouwd in de nieuwe
streng zullen niet op correcte manier waterstofbruggen vormen, door proofreading
worden deze fouten opgespoord en verwijderd door het exonuclease-centrum van
DNA polymerasen p.26-41-69
puffs :
puntmutaties: veranderingen van basen (hiertoe behoren transversies/transities) p.37
purine: is een base, voorbeelden van purines: adenine en guanine (in DNA)/ klasse
van nitrogenous compounds die 2 ‘samengesmolten’ heterocyclische ringen
bevatten. 2 purines, nl. adenine en guanine, zijn de basiscomponenten van
nucleotides in DNA en RNA p.13 p.G-18
pyrimidine: is een base, voorbeelden van pyrimidines: thymine en cytosine (in
DNA)/ klasse van nitrogenous compounds die 2 ‘samengesmolten’ heterocyclische
ringen bevatten. 2 pyrimidines, nl. cytosine en thymine, zijn de basiscomponenten
van nucleotides in DNA; in RNA is thymine vervangen door uracil p.13 p.G-18
reading frame: de sequentie van nucleotide triplets (codons) die loopt van een
specifieke translation startcodon in een mRNA tot aan een stopcodon. Sommige
mRNA’s kunnen transleren in verschillende polypeptides door het lezen in 2
verschillende reading frames (‘leesramen’) p.G-18
recessief: een gen is recessief als het kenmerk waarvoor het codeert geen prioriteit
heeft op de andere genen p.5
restrictie-enzyme : restriction fragment: een specifiek DNA fragment dat ontstaat uit
cleavage met een specifiek restrictie-enzyme. Deze fragmenten worden gebruikt in
de productie van recombinante DNA moleculen en DNA cloning p.G-19
replicatie: kopiëren van DNA p.21
replicatievork: de replicatie van DNA start ter hoogte van de ORI waar het DNA uit
elkaar gaat en de synthese van de nieuwe strengen naar links en rechts gebeurt.
Hierdoor spreekt men van twee replicatievorken. Ter hoogte van deze
replicatievorken zitten een aantal enzymen die nodig zijn voor de DNA synthese/
plaats in dubbelstrengig DNA waar de 2 strengen gescheiden worden and templated
by these strands and addition of deoxyribonucleotides to each newly formed chain
occurs; also called ‘growing fork’ p.24 p.G-19
reverse transcriptase : d.w.z. het DNA synthetiseert op basis van een RNA template/
enzyme dat wordt terugvonden in retrovirussen. Het catalyseert een complexe
reactie in welke een dubbelstrengig DNA wordt gesynthetiseerd uit een
enkelstrengig RNA template p. 32 p.G-19
rho-factor: beïnvloed het tweede soort signaal dat in staat is de terminatie van
transcriptie te veroorzaken p.58
ribose: RNA bevat ribose i.p.v. deoxyribose
ribosomaal RNA p.70
9
179.
180.
181.
182.
183.
184.
185.
186.
187.
188.
189.
190.
191.
192.
193.
194.
195.
196.
197.
198.
199.
200.
201.
202.
ribosome: een groot complex van verschilende rRNA molecules en meer dan 50
proteïnes, samen in 1 grote en 1 kleine subeenheid, de plaats van translatie (proteïnesynthese) p.G-19
ribosoom-bindingsplaats : RBS/ Shine Delgarnosequentie: sequentie in het mRNA
die kan hybridiseren met de 16S RNA streng van de kleine ribosomale subeenheid
(gebeurt dit --> translatie-initiatie bij prokaryoten) p.73-74
ribozymen: RNAs met een enzymatische activiteit p.76
ribozyme activiteit: reactie uitgevoerd door RNA nl. verbinding van Metionine van
het tRNA op de P-site aan het nieuwe aminozuur (=reactie) p.75
RNA : ribonucleïnezuur, lijkt sterk op DNA, toch zijn er belangrijke verschillen:
RNA bevat ribose i.p.v. deoxyribose, bevat uracil i.p.v. thymine, is enkelstrengig
maar kan wel een dubbele helix vormen, RNA strengen zijn korter dan DNA
strengen/ lineair, enkelstrengig polymeer, bestaat uit ribose nucleotides. 3 types van
cellulair RNA- mRNA, rRNA en tRNA- spelen verschillende rollen in proteïnesynthese p.51 p.G-19
RNA polymerase: korte RNA fragmenten complementair maken aan enkelstrengig
DNA bv. Primase/eiwitcomplex dat bij prokaryoten uit subunits bestaat/ enzyme dat
1 streng van het DNA kopieert om een complementaire RNA streng van te maken,
door gebruik te maken van substrates ribonucleoside triphosphates p.25-54 p.G-19
RNA polymerase I: staat bij eukaryoten in voor de transcriptie van rRNA genen
p.55
RNA polymerase II: staat bij eukaryoten in voor de transcriptie van genen die voor
eiwitten coderen p.55
RNA polymerase III: staat bij eukaryoten in voor de transcriptie van tRNA en
snRNAs genen p.55
rRNA: grote RNA molecule, structureel en functioneel component van ribosomes
p.G-19
sateliet-DNA:
semi-conservatief: half-behoudend, als bij de replicatie van DNA één streng
doorgegeven wordt, zegt men dat deze replicatie semi-conservatief is p.22
serineprotease:
S-fase p.G-3 (cell cycle)
sigma-factor p.56
sikkelcel anemie:
sliding clamp: een eiwit kan een soort schuivende klem zijn (sliding clamp) om het
DNA polymerase vast te houden, zodat het met het DNA geassocieerd blijft p.25
SNAREs p.G-20
SNPs:
snRNAs: small nuclear RNAs: 1 van de vele kleine, stabiele RNAs die gelocaliseerd
zijn in de nucleus. 5 snRNAs maken deel uit van het spliceosome en functioneren in
splicing van pre-mRNA p.55 p.G-20
snRNPs: small nuclear ribonucleoprotein particles, RNA componenten bestaande uit
zeer korte fragmenten (behoren tot de complexen van de spliceosomen) p.66
solenoide :
Southern blotting: techniek om specifieke DNA sequenties op te sporen, DNA
sequenties gescheiden door electroforese ‘by hybridization to a labeled nucleic acid
probe’ p.G-20
spliceosomen: voeren de splicing reacties uit, het zijn complexen die op hun beurt
uit eiwit-RNA complexen bestaan/ groot ribonucleoproteïne complex die
‘assembles’ op een pre-mRNA en ‘carries out’ RNA splicing p.66 p.G-20
10
203.
204.
205.
206.
207.
208.
209.
210.
211.
212.
213.
214.
215.
216.
217.
218.
splicing: proces van verwijdering van de introns (zijn vrij kort/in de kern)
onmiddellijk na de transcriptie uit het primair transcript (deel van modificatie
primair transcript) p.66
SSBP: single stranded binding proteins, beschermen enkelstrengig DNA tegen
afbraak p.25
strand invasion: mogelijk mechanisme van herstel van dubbele strengsbreuken,
maakt gebruik van het feit dat in diploïde cellen steeds twee homologe DNAstrengen aanwezig zijn… p.46
Streptococcus pneumoniae: bacterie die longontsteking veroorzaakt, gebruikt in
experimenten van Griffith p.9
Streptomycine: bekend antibioticum, is geïsoleerd uit Streptomyces, bindt het 30S
subunit en inhibeert zo de binding van het initiator tRNA aan de kleine subeenheid
en induceert bovendien fouten tijdens de elongatie van translatie p.78
sucrosegradiënt: aanmaak verschillende sucrosedensiteiten (concentratie-gradiënten)
voor de densiteitscentrifugatie (om de verschillen in densiteit te meten tussen bv.
bepaalde moleculen) p.7-8
supernatans: bovenste oplossing materiaal verkregen door (differentiële
ultra)centrifugatie, dit zijn de kleinere/lichtere celorganellen p.7
TAFs: TBP-associated factors (12) vormen samen met TBP het TFIID p.60
TATA-box: wordt herkend als startplaats voor het transcriptie-initiatie-complex
waarvan men de componenten ‘general transcription factors’ is gaan noemen omdat
ze voor alle RNA polymerase II-afhankelijke promotoren nodig zijn/ een sequentie
in de promotor van vele eukaryote proteïne-coderende genen waar het transcriptieinitiatie complex ‘assembles’ p.59-60 p.G-21
TBP: TATA-bindend proteïne, vormt samen met twaalf TBP-associated factors
(TAFs) het TFIID p.60
telomeer: bevindt zich aan elk uiteinde van eukaryote chromosomen, ze bestaan uit
herhalingen van een korte sequentie, functies: zorgen dat er geen verlies van
informatie is tijdens de replicatie + beschermen van de chromosoomuiteinden p.3132
telomerase: enzyme dat korte sequenties kan aanmaken, waarbij het gebruik maakt
van een template die het zelf bevat, onder de vorm van een RNA keten. Aan het 3’
OH uiteinde van het enkelstrengig DNA wordt dus een korte sequentie
gesynthetiseerd. Dit proces herhaalt zich. Het is een reverse transcriptase p.32
template: het ‘voorbeeld’ DNA, nodig voor de synthese van RNA p. 54
terminator-loop: eerste soort signaal dat de terminatie van transcriptie veroorzaakt,
het bestaat uit een GC rijke haarspeldstructuur in het RNA, te wijten aan
zelfcomplementariteit, gevold door een aantal Uracils. Door het vormen van de
haarspeldstructuur geeft deze het signaal voor het RNA-polymerase om het DNA te
verlaten (?) p.58
Tetracyclines: bekende antibiotica, geïsoleerd uit Actinomyceten, blokkeert de
binding van tRNAs aan de acceptorsite ter hoogte van het 30S subeenheid.
Verschillende antibiotice afgeleid van tetracycline komen op verschillende plaatsten
in het lichaam terecht en laten dus een gerichte behandeling toe van bacteriële
infecties. Door de depositie van tetracyclines in tanden en bot zullen deze minder
sterk zijn en fluoresceren bij UV-bestraling (vb. Aureomycine) p.78
TFIIB: TF staat voor Transcription Factor, de II verwijst naar het RNA polymerase
II en de bijkomende letter geeft de volgorde van ontdekking aan, deze general
transcription factor is (net als alle anderen A --> I) nodig voor alle RNA polymerase
II-afhankelijke promotoren p.59-60
11
219.
220.
221.
222.
223.
224.
225.
226.
227.
228.
229.
230.
231.
232.
233.
234.
235.
236.
237.
238.
239.
240.
thymidine : wanneer een thymine verbonden is aan een ribose spreekt men van een
thymidine p.13
thymine : is een base, meer bepaald een pyrimidine, DNA bevat deze base + ook de
basen: adenine, guanine en cytosine p.13
thymine-dimeer:
topoisomerase I: verwijdert de superwinding in het DNA die ontstaan is tijdens de
replicatie net voor de replicatievork (samen met T II). T I relaxeert superwinding
door één streng open te knippen, waardoor de andere DNA streng uit de helix vrij
kan ronddraaien. Vervolgens wordt de streng terug gesloten. T I verbruikt geen ATP
p.24
topoisomerase II: verwijdert de superwinding in het DNA die ontstaan is tijdens de
replicatie net voor de replicatievork (samen met T I). Bij prokaryoten wordt T II
DNA gyrase genoemd, kan superwinding in een DNA helix introduceren. Beide
DNA strengen in één dubbele helix worden verbroken, waarna een tweede helix
door deze opening wordt gehaald. Daarna wordt de geopende helix terug hersteld. T
II verbruikt wel ATP p.24
transcriptie: proces waarbij er een ‘afschrift’ gemaakt wordt van het DNA (het gen)
als er een bepaald eiwit moet worden aangemaakt, omdat de code niet rechtstreeks
vanaf het DNA gelezen wordt. Het overschrijven van DNA naar RNA/ proces
waarin 1 streng van een DNA molecule wordt gebruikt als template voor de synthese
van een complementair RNA door RNA polymerase p.50 p.G-21
transcriptie-activatiedomein p.59 ???
transcriptie-initiatiecomplex p.59
transductie:
trans-esterificaties p.66
transformatie: mogelijkheid van bacteriën om de dragers van eigenschappen (of
genen) uit hun omgeving op te nemen (<Griffith) p.9 zie ook p.G-22
transgene dieren : dieren die slechts uit 1 ouderlijk dier zijn voortgekomen, door het
inbrengen van een gekloond gen in dit ouderlijk dier ter vorming van een
succesvol/vruchtbaar nageslacht (en generaties die er op volgen) p.G-22
transitie: soort van mutatie die veel voorkomt nl. veranderingen van purine in purine
of van pyrimidine in pyrimidine (vb. van puntmutatie) p.37
translatie : vertaling van RNA in eiwit/ proteïne-synthese p.50-73-74-75-76 p.G-19
translatie-elongatie p.74-75-76
translatie-initiatie(complex) p.73-74
translatie-terminatie p.76
translocase: EF-G… p.75
transversie: soort van mutatie die veel voorkomt nl. veranderingen van purines in
pyrimidines en vice versa (vb. van puntmutatie) p.37
tRNA : transport- of transfer RNA: brengen de aminozuren in een geactiveerde
vorm naar het mRNA waar er polymeren van aminozuren (polypeptiden) ontstaan
waarvan de aminozuurvolgorde bepaald wordt door het mRNA, ongeveer 80
nucleotiden lang (= 1 keten)/ een groep van kleine RNA molecules die functioneren
als aminozuur-donors doorheen de proteïne synthese. Elke tRNA wordt gelinkt aan
een specifieke aminozuur, ter vorming van een aminoacyl-tRNA p.67 p.G-22
uracil : ontstaat door deanimatie van cytosine/RNA bevat als 1 vd 4 base uracil i.p.v.
thymine p.43-51
uracilglycosidase: het uracil DNA glycosylase dat uracil, ontstaan door deaminatie
van cytosine, uit het DNA verwijdert, is een voorbeeld van zulk enzyme (DNA
glycosylasen) p.43
12
241.
242.
243.
244.
245.
246.
247.
248.
249.
250.
251.
uridine : wanneer uracil verbonden is aan een ribose spreekt men van een uridine
p.13
variable nucleotide tandem repeats:
virus: kleine intracellulaire parasiet die bestaat uit nucleic zuur (RNA of DNA)
gehuld in een proteïnemantel, die enkel in de gastcel kan vermenigvuldigen p.G-23
VNTRs:
voortplanting: vermeerderen van leven door sexuele of a-sexuele voortplanting via
ontwikkeling van eicellen of via afsplitsing p.3
Western blotting: techniek om specifieke proteïnes op te sporen, proteïnes
gescheiden door electroforese door gebruik van gemarkeerde antilichamen p.G-23
Wobble: Wobble positie: hier kunnen verschillende basen voorkomen, terwijl de
codons toch voor hetzelfde aminozuur coderen p.62
Xeroderma pigmentosum: mensen met deze ziekte zijn zeer gevoelig aan zonlicht en
ontwikkelen zeer snel huidontstekingen en huidkanker op die delen van de huid die
aan zonlicht zijn blootgesteld. In echter volledige duisternis zijn ze veilig. De
afwijking is aangeboren en genetisch bepaald. Er zijn zeven complementatiegroepen (onderverdelingen) o.w.v. zever eiwitten die tussenkomen bij het nucleotide
excision repair systeem (nodig voor herstellen van thymine-dimeren) p.44
zymogen:
5’ uiteinde van DNA:
5’ naar 3’ polymerisatie:
13