Summary Among the most critical challenges facing global society to date is maintaining and improving the environmental quality. Water resources protection and conservation remain untouched and extremely challenging in developing countries, where Ethiopia is the case in point. This is because of the intensification of the unwise use of aquatic ecosystems and the surrounding landscape as a result of hasty population growth and low environmental awareness of the people. Managing river ecosystems requires a well-designed and validated tool for their assessment and monitoring and to diagnose the causes of degradation. Biomonitoring is very suitable to apply in developing countries because of its simplicity and being relatively cheap. However, application of diatom based monitoring program at a national or regional scale barely exists in most African countries. Therefore, the main objective of this research was to introduce diatoms as bioindicators for river water quality assessment and monitoring in Ethiopia so that it can be used as a decision support tool in aquatic resources management and restoration. It mainly focuses on the development of methodological approaches on diatom autoecology and incorporating it for the derivation of indices. The study was conducted in parts of the three major river catchments of the Western Plateau of Omo-Gibe and Blue Nile rivers, and extended to the rift valley escarpment of the Upper Awash river basin. The rivers included in this study were chosen with the aim to reflect biological responses to pollution of traditional and modern industrial, urban and agricultural derived origins in comparison to minimal impacted streams in the Gera forest. We collected 174 samples of diatoms matched with measured environmental variables from 64 rivers in two seasons (dry and wet). The dry and wet season sampling was conducted in Omo-Gibe and Blue Nile river basins, whereas only a dry season sampling was done in the Upper Awash basin. A better understanding of the interactive effects of multiple stressors and indicators in the river ecosystems is the major milestone to embark upon the deepening river pollution problems. Such scientific knowledge will help to establish quantitative links between stressors and benthic diatom assemblages in order to derive water quality monitoring tools. Therefore, we assessed diatom community abundance and assemblage to major environmental gradients that largely influence the ecological integrity of the river ecosystems. Multivariate statistical and ordination techniques were used to analyze the environmental variables and species data along the pollution gradient. The results revealed that the changes of diatom abundance and assemblages were a function of environmental variables associated with the changes of its surroundings caused by land use patterns and seasonal changes. Nutrients (total nitrogen and total phosphorus), five days biological oxygen demand (BOD5), dissolved oxygen and conductivity were found to be the most important environmental variables dictating the diatom assemblage. Prediction of species distributions and their responses to major environmental variables that largely influence diatom assemblages is crucial to improve techniques of community analysis and to optimize the utilization of indicator species in environmental quality assessments in the face of alarming ecological damage. We demonstrated the use of non-parametric multiplicative regression (NPMR) model to study the ecology of diatoms, mainly to estimate their response to single as well as multiple environmental variables. The results revealed that NPMR is a powerful modeling technique to evaluate accurately the species response to a single as well as multiple environmental descriptors. The hypothetical hump-shaped species response has also been tested and validated that it works for diatoms. Although there are several numerical techniques that can be applied to quantify diatom autoecology, until recently, no clear methodological approaches are developed to estimate the indicator power of a species given that survey data that contain both species and environmental variables. We designed a statistical plausible approach (central tendency, variation and a pollutant criterion of 25 th percentile) to categorize environmental descriptors into three major ecological conditions and estimated the indicator power of the diatom species using the datasets by incorporating this statistical approach into the Dufrêne and Legendre (1997) method. We verified whether or not the estimated indicator taxon value fits with its response to that particular environmental variable using the NPMR model. It was proved that this methodological approach is robust in estimating the indicator power of a species quantitatively and precisely. In recognition of the overriding importance of metrics for sound management practices of ecosystem protection and restoration, we derived a metric for classifying the status of ecological quality of Ethiopian rivers using the estimated indicator values and total indicator value method. The ecological quality ratio developed for Ethiopian river systems (EQR(Eth)) was found to be a more powerful metric than other global indices in identifying good quality headwater streams, and the urban, coffee processing and agricultural derived pollution sources, which are the major factors affecting the ecological quality of rivers in the study area. The EQR(Eth) also pointed out that pollution was more severe in the dry season than the wet season. The sensitivity and robustness of the EQR(Eth) to identify environmental stressors and to aid diagnosis of the cause of their impairment supports the use of this index for monitoring ecological conditions of rivers of Ethiopia. This EQR(Eth) metric was significantly correlated with EUindices (Specific pollution sensitivity index (IPS), Biological diatom index (IBD) and Trophic Diatom Index (TDI)) but the correlation was weak with diversity indices. It is well known that change in diatom diversity does not always relate with change in water quality. The EU-diatom based indices were also tested in Africa and the findings revealed that with a considerable compromise in the degree of accuracy in identifying good quality of headwaters, these indices could be used to assess pollution. This research clearly demonstrated the appropriate methodological approaches to derive diatom based water quality monitoring tools from a regional survey dataset. However, it is far from complete in that it lacks sufficient pristine rivers besides not incorporating all the environmental factors to fully explore and study diatom ecology. This needs further collection of data and research exploring by considering additional relevant environmental factors and adding more pristine rivers from the highlands of Belete-Gera natural forest in Jimma zone and other regions of Ethiopia. Based on our findings, river water pollution was found to be rampant in Ethiopia. Therefore, urgent ameliorative action is required to restore the polluted and degraded rivers. Any action to restore and manage river water quality should consider a catchment scale in a holistic approach and a broader view in line with the principles of sustainable development. Samenvatting Eén van de meest belangrijke maatschappelijke uitdagingen is het onderhouden en verbeteren van een kwaliteitsvolle omgeving. Bescherming en behoud van waterbronnen blijft veelal onaangeroerd en zeer uitdagend in de ontwikkelingslanden, waaronder ook Ethiopië. Door de toenemende bevolkingsgroei en het gebrek aan milieubewustzijn bij de mensen neemt ook onverstandig gebruik van aquatische ecosystemen en het omringende landschap toe. Beter beheer van rivierecosystemen noodzaakt een goed ontworpen en gevalideerde methode opdat onderzoek en monitoring een diagnose van de oorzaken van degradatie mogelijk maken. Biomonitoring is een zeer geschikte methode in ontwikkelingslanden omwille van zijn eenvoud en relatieve goedkoopheid. Diatomeeën-gebaseerde monitoringprogramma’s op nationale of regionale schaal worden echter amper toegepast in de meeste Afrikaanse landen. Daarom was hoofddoelstelling van dit onderzoek de introductie van diatomeeën als bioindicator voor waterkwaliteitsonderzoek en monitoring van rivieren in Ethiopië, zodat het gebruik ervan kan dienen als beslissings-ondersteunende methode in management en herstel van waterbronnen. Deze studie is voornamelijk gefocust op de ontwikkeling van een methodologie op basis van de auto-ecologie van diatomeeën en de erop gebaseerde afleiding van indices. Deze studie werd uitgevoerd in delen van de valleien van de drie hoofdrivieren van het Western Plateau van de rivieren Omo-Gibe en de Blauwe Nijl, en strekte zich uit tot de vallei van de bovenloop van de rivier Awash. De rivieren die deel uitmaken van deze studie zijn gekozen met als doel het weergeven van biologische responsen op vervuiling van zowel traditionele als moderne industriële, stedelijke en agriculturele herkomst en deze te vergelijken met minimaal beïnvloede stromen in het Gerawoud. We verzamelden 174 diatomeeënstalen samen met omgevingsvariabelen, van 64 rivieren in twee seizoenen (droog en regenseizoen). Staalname in de rivierbassins van Omo-Gibe en de Blauwe Nijl werd uitgevoerd in het droog seizoen en regenseizoen, terwijl die in het bassin van de bovenloop van de Awash enkel in het droog seizoen gebeurde. Een beter begrip van de interactieve effecten van multipele stressoren en indicatoren in rivierecosystemen is de voornaamste stap om de steeds groter wordende vervuilings-problematiek van rivieren te bestuderen. Dergelijke wetenschappelijke kennis zal helpen om kwantitatieve verbanden te leggen tussen stressoren en bentische diatomeeën-gemeenschappen met als doel het ontwikkelen van monitoringsmethoden voor de waterkwaliteit. Daarom hebben we de abundantie en samenstelling van de diatomeeëngemeenschap onderzocht in de belangrijkste milieugradiënten die grotendeels de ecologische integriteit van rivier-ecosystemen beïnvloeden. Multivariate en ordinatietechnieken werden gebruikt om de omgevings- en soortgegevens te analyseren langsheen de vervuilingsgradiënt. De resultaten toonden aan dat de veranderingen in abundantie en samenstelling van diatomeeën een functie waren van omgevingsvariabelen geassocieerd met de veranderingen in de omgeving veroorzaakt door verschillen in landgebruik en seizoenale veranderingen. Nutriënten (totale stikstof en fosfor), biologisch zuurstofverbruik (BOD5), opgeloste zuurstof en conductiviteit waren de meest belangrijke omgevingsvariabelen die de diatomeeënsamenstelling beïnvloeden. Het voorspellen van de soortendistributies en hun respons op de voornaamste omgevingsvariabelen die de diatomeeënsamenstelling beïnvloeden, is cruciaal voor het verbeteren van gemeenschapsanalysetechnieken en voor het optimaliseren van het gebruik van indicatorsoorten bij het onderzoeken van de omgevingskwaliteit in het kader van de alarmerende ecologische schade. We toonden het nut aan van een niet-parametrische multiplicatieve regressie (NPMR)-model om de ecologie van diatomeeën te bestuderen en meer bepaald hun respons op één of meerdere omgevingsvariabelen. De resultaten onthulden dat NMPR een krachtige modelleringstechniek is om de accuraatheid van de soortenrespons op één of meerdere omgevingsfactoren te evalueren. De hypothetische unimodale soortenrespons werd ook getest en gevalideerd voor diatomeeën. Hoewel er verschillende numerieke technieken kunnen toegepast worden om de auto-ecologie van diatomeeën te kwantificeren, is er tot op heden geen duidelijke methodologische aanpak ontwikkeld om de indicatorsterkte van een soort in te schatten, indien er onderzoeksgegevens zijn van zowel soorten als omgevingsdescriptoren. We hebben een statistisch plausibele aanpak ontwikkeld om omgevingsdescriptoren in drie belangrijke ecologische condities in te delen en hebben geschat wat de indicatieve kracht is van de diatomeeënsoorten door het opnemen van deze statistische aanpak in de methode (centrale tendens, variatie en een pollutie criterium van 25ste percentiel) van Dufrêne en Legendre (1997). We verifieerden of de geschatte taxon-indicatorwaarde overeenkomt met zijn respons op die specifieke omgevingsvariabele d.m.v. het NPMR-model. Er werd aangetoond dat deze methodologische aanpak robuust is in het kwantitatief en exact schatten van het indicatorpotentieel van een soort. Gezien het belang van maatlatten voor de toepassing van een degelijk beleid van bescherming en herstel van ecosystemen, ontwikkelden we een maatlat voor het classificeren van de status van ecologische kwaliteit van Ethiopische rivieren gebruik makende van de geschatte indicatorwaarden en de totale-indicatorwaardemethode. De ecologische kwaliteitsratio ontwikkeld voor Ethiopische riviersystemen (EQR(Eth)) bleek een krachtiger maatlat dan andere globale indices voor het identificeren van bovenlopen met goede kwaliteit en van stedelijke, bij koffieverwerking geproduceerde en landbouwgerelateerde vervuiling, die de hoofdfactoren zijn voor de aantasting van de ecologische kwaliteit van rivieren in het studiegebied. De EQR(Eth) toonde ook aan dat vervuiling ernstiger was in het droog seizoen dan in het regenseizoen. De gevoeligheid en robuustheid van de EQR(Eth) bij de identificatie van milieustressoren en diens hulp bij de diagnose van de oorzaak van achteruitgang, tonen het nut aan van het gebruik van deze index voor het monitoren van de ecologische omstandigheden van rivieren in Ethiopië. De EQR(Eth) was significant gecorreleerd met de EU-indices (Specific pollution sensitivity index (IPS), Biological diatom index (IBD) en Trophic Diatom Index (TDI)) maar de correlatie met diversiteitsindices was zwak. Het is algemeen geweten dat veranderingen in de diatomeeëndiversiteit niet altijd gerelateerd zijn aan veranderingen in waterkwaliteit. De diatomeeëngebaseerde EU-indices werden getest in Afrika en de bevindingen toonden aan dat, mits redelijke toegeving voor wat betreft de mate van correctheid bij goede kwaliteit, deze indices ook hier gebruikt kunnen worden om vervuiling te onderzoeken. Dit onderzoek toonde de geschikte methodologische aanpak aan om diatomeeëngebaseerde waterkwaliteitsmethoden van Ethiopische rivieren af te leiden uit regionale onderzoeksdata. Echter, het is ver van compleet omwille van het gebrek aan voldoende rivieren van goede ecologische kwaliteit, en het feit dat niet alle omgevingsfactoren van belang voor het exploreren en bestuderen van de diatomeeënecologie, geïncorporeerd werden. Dit noodzaakt een verdere verzameling van gegevens en uitgebreider onderzoek waarbij bijkomende relevante omgevingsfactoren in rekening gebracht worden en meer niet-vervuilde rivieren toegevoegd worden uit de hooglanden van de natuurlijke wouden van BeleteGera in het Jimma-gebied en andere regio’s van Ethiopië. Onze bevindingen toonden aan dat de riviervervuiling ernstig is in Ethiopië. Er is daarom dringend actie nodig om vervuilde en gedegradeerde rivieren te herstellen. Elke actie om de rivierwaterkwaliteit te herstellen en te beheren moet zich richten op schaal van stroomgebieden en zich baseren op een holistische aanpak en een breder inzicht in lijn met de principes van duurzame ontwikkeling.