proefexamen

proefexamen
1.
Welk van de onderstaande DNA sequenties zijn mogelijke herkenning-sites voor restrictie-enzymen ?
c
5' GAATTC 3'
c
5' GGGGCCCC 3'
c
5' CTGCAG 3'

5' CTAAATC 3'

5' GGAACC 3'
Restriction Endonucleases
5’3’-
-3’
-5’
2.
Alle onderstaande beweringen over complexe transcriptie-units zijn waar, behalve:

complexe transcription units kunnen meerdere poly(A)sites bevatten.

complexe transcription units kunnen meerdere mRNA’s produceren.

complexe transcription units coderen voor verschillende eiwit-varianten.

complexe transcription units kunnen meerdere translatiestopcodons bevatten.
c
complexe transcription units zijn algemeen in bacteriën.
3.
Alle onderstaande beweringen over alternatieve splicing zijn waar, behalve
c
door alternatieve splicing worden mRNA’s gemaakt zonder een poly(A) staart.

door alternatieve splicing kan van één gen meerdere mRNA’s worden geproduceerd.

door alternatieve splicing kan één gen coderen voor meerdere polypeptiden.

alternatieve splicing vindt plaats in spliceosomen.

alternatieve splicing is algemeen in eukaryote genomen.
Alternative splicing results in complex transcription units in
eukaryotic genomes
Lodish:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?highlight=units,transcription,complex&rid=mcb.figgrp.2152
4. Het restrictie-enzym EcoRI herkent de sequentie GAATTC terwijl restrictie-enzym RsaI alleen
de sequentie AATT herkent.
Als u het genomisch DNA isoleert uit Arabidopsis cellen (genoom: 150x106 bp)
hoeveel restrictiefragmenten verwacht u als u het enzym EcoRI gebruikt ?
. 6
.
1024
. 50.000-100.000
. 12
.
4096
. 100.000-500.000
. 24
.
10.000-20.000
. 500.000-1.000.000
. 256
.
20.000-50.000
. > 1.000.000
150x106 : 46
(B) En met enzym RsaI ?
. 6
.
1024
. 50.000-100.000
. 12
.
4096
.100.000-500.000
. 24
.
10.000-20.000
.500.000-1.000.000
. 256
.
20.000-50.000
. > 1.000.000
6
4
150x10 : 4
•
•
Beschrijf waarom het EcoRI en/of het RsaI enzym wel/niet is geschikt om een 'large insert' (>100 kb)
genomische bank (een zogenoemde 'BAC library') te maken.
RsaI knipt veel vaker dan EcoRI, terwijl je juist grote fragmenten wil cloneren. Dus EcoRI zou meer geschikt.
5.
(A)
Wat is minisatelliet DNA ?
een repetitief stuk dna, tandem repeat, van 10-100 bp dat in heel veel copy-en verspreid in het genoom
voorkomt
(B)
Waar kan minisatelliet DNA voor gebruikt worden ?
DNA Fingerprinting; het onderscheiden van individuen op basis van verschillen in hun DNA
In geval van minisatelliet kun je gebruik maken van een southern blot (het principe van een southern blot
moet je weten)
DNA fingerprinting depends on differences in length
of simple-sequence DNAs
Probes:
a = λ33.6
b = λ33.15
c = λ33.5
Lodish:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mcb.figgrp.2175
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?highlight=DNA%20fingerprint&rid=mcb.figgrp.2176
Micro satellite
Griffiths 9e:
Chapter 4: Simple sequence length polymorphisms
5.
Tomaat heeft 5 functionele genen welke coderen voor het Rubisco small subunit eiwit.
(A) In hoeverre kan het functioneren van de 5 genen verschillen ?
De kernwoorden zijn hier sub-functionalizatie en neo-functionalizatie.. Er kunnen veranderingen optreden in de
promoter waardoor genen op andere plekken/andere weefsels tot expressie komen. Zo kan bijvoorbeeld de functie
van het oude gen dat gedupliceerd is worden verdeeld over de nieuwe copyen (= sub-functionalizatie). Of er treden
mutaties op in het coderende gebied waardoor de functie van een gen veranderd. De oude copy behoudt dan de oude
functie. Dit is neo-functionalizatie.
(B) Andere plantensoorten hebben, in vergelijking tot tomaat, meer Rubisco small subunit
genen, waarvan een aantal niet functioneel zijn. Hoe zijn deze additionele kopieën
ontstaan?
Door duplicatie, gevolgd door mutaties.
Gene families arise due to gene duplication
•Globine and RbcS genes form a gene family, which arose as result of gene duplications.
•Gene duplications are an important force in evolution.
•Promoter evolution can lead to sub-functionalization (2 new genes divide the old function).
•Protein evolution can lead to neo-functionalization (one copy obtains new function).
•Mutations can disrupt gene functioning leading to emergence of a pseudo-gene.
6. Beschrijf de processen dat eukaryoot pre-mRNA ondergaat voordat het in het cytoplasma
vertaald wordt in eiwit.
Te noemen in volgorde:
Er wordt een 5’ CAP toegevoegd (aan de 5’ kant van het pre-mRNA)
Er wordt een poly-A staart toegevoegd aan de 3’ kant op na knippen van het pre-mRNA op de
poly-adenylerings site
De intronen worden er uitgespliced (dit gebeurt in/door de spliceosomen)
Processing of eukaryotic mRNA
1
2
3
5' UTR
ORF
3' UTR
mRNA contains ORF
Lodish: (including movie: Movie: Life Cycle of an mRNA)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?highlight=processing,RNA&rid=mcb.figgrp.2869
7. Je student heeft een protocol uitgeschreven om een P.C.R. fragment te cloneren, en is de benodigdheden
bijeen aan het zoeken. De volgende componenten zijn reeds gevonden:
- Het PCR fragment geamplificeerd met primers die een BamHI en HindIII restrictie-site bevatten.
- plasmide DNA met een ampicilline resistentie-gen en een multiple clonerings site met BamHI and HindIII
restrictie-sites.
- Bacterieel vloeibaar en vast (platen) groeimedium met en zonder ampicilline.
- Restrictie-enzymen BamHI en HindIII.
-Competente E. coli cellen die een plasmide kunnen opnemen.
(A) Is deze lijst compleet, of ontbreekt er iets, en zo ja, wat ?
Ligase ontbreekt
(B) Beschrijf hoe je te werk gaat om het PCR fragment te cloneren.
Zie volgende slides
Cloning:
inserting a DNA fragment in a recombinant plasmid
Ligase repairs phosphodiester bounds
Lodish:
Plasmid cloning permits isolation of DNA fragments
from complex mixtures
Plasmid cloning permits isolation of DNA fragments
from complex mixtures
DNA library
Lodish:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mcb.figgrp.1592
+ Movie
8. Het GFP gen codeert voor het 'GREEN FLUORESCENT PROTEIN' en wordt in de moleculaire biologie vaak
gebruikt om fusie-eiwitten te maken. Daarbij zijn zowel N- als C-terminale fusies met het te bestuderen eiwit
of mogelijk (N-terminale fusie: eerst GFP dan het target eiwit, C-terminale fusie: eerst het target eiwit dan het GFP).
Ontwerp 2 primers van 20 nucleotiden voor een PCR op de onderstaande GFP sequentie, zodat er een fusie gemaakt
kan worden met het target gen waarbij GFP N-terminaal van het gecodeerde fusie eiwit zit
(ATG is start codon, TAA= stop codon).
Je hoeft geen rekening te houden met de te gebruiken cloneringsstrategie (dus geen restrictie-sites toevoegen !).
>GFP
5'-3’
1 5'-atgagtaaag
61
gatgttaatg
121
aaacttaccc
181
gtcactactt
241
catgactttt
301
aaagatgacg
361
aatagaatcg
421
ttggaataca
481
atcaaagtta
541
cattatcaac
601
ctgtccacac
661
cttgagtttg
gagaagaact
ggcacaaatt
ttaaatttat
tgacttatgg
tcaagagtgc
ggaactacaa
agttaaaagg
actataactc
acttcaaaat
aaaatactcc
aatctgccct
taacagctgc
tttcactgga
ttctgtcagt
ttgcactact
tgttcaatgc
catgcccgaa
gacacgtgct
tattgatttt
acacaatgta
tagacacaac
aattggcgat
ttcgaaagat
tgggattaca
gttgtcccaa
ggagagggtg
ggaaaactac
ttttcaagat
ggttatgtac
gaagtcaagt
aaagaagatg
tacatcatgg
attgaagatg
ggccctgtcc
cccaacgaaa
catggcatgg
ttcttgttga
aaggtgatgc
ctgttccatg
acccagatca
aggaaagaac
ttgaaggtga
gaaacattct
cagacaaaca
gaagcgttca
ttttaccaga
agagagacca
atgaactata
attagatggt
aacatacgga
gccaacactt
tatgaaacgg
tatatttttc
tacccttgtt
tggacacaaa
aaagaatgga
actagcagac
caaccattac
catggtcctt
caaataa-3'
3'-5’
LET OP: sequenties worden altijd in 5' → 3' richting weergegeven (ook primers), tenzij expliciet anders vermeld !
forward primer: 5'-atgagtaaag gagaagaact-3’
Het stop codon TAA hoort in dit geval niet in de reverse primer
reverse primer: 5‘-tttg tatagttcat ccatgc-3’
9.
Een nucleotide bestaat uit 3 delen; een N-base, een suiker en één of meer fosfaatgroepen.
Weergegeven zijn 3 verschillende nucleotiden. De 5 C-atomen van de suiker-groep zijn genummerd.
(A) Welk nucleotide is de basis bouwsteen van RNA ?
B (met –OH groepen of c-atoom 2 en 3)
(B) En welke nucleotide is de basis bouwsteen van DNA ?
A (deoxyribonucleicacid; de –OH groep of c-atoom 2 is vervangen door een H-atoom
(C) Waarvoor wordt de overgebleven nucleotide gebruikt ?
Sequencing
Ribonucleotides found in RNA
Dideoxy sequencing method (Sanger sequencing)
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
Wordt allebei goed geteld
x
x