PowerPoint-presentatie
advertisement
Bepaling van de microbiële diversiteit op mariene sedimenten via DGGE profielen voor het bepalen van de mogelijke impact van antropogene activiteiten Charline Dobbelaere ILVO Oostende Dhr. Johan Robbens Mevr. Lisa Devriese Howest Brugge Promotor: Stefanie Salliau Overzicht presentatie • Inleiding • Doel • PCR-DGGE • Impact zandextractie & baggerloswal • Besluit • Toekomst Inleiding • Veel antropogene activiteiten BDNZ. BDNZ • Impact milieu nagaan Inleiding • 4 zandextractiezones • Baggeren noodzakelijk door getijdenwerking • 5 baggerstort locaties Antropogene activiteiten BDNZ Inleiding • Huidige ILVO monitoring: - Biologisch - Chemisch - Marien zwerfvuil - Gezondheid vissen Belang monitoring: behoud van gezond marien ecosysteem Nieuw: diversiteit in bacteriële gemeenschappen aanvulling huidige monitoring DOEL • Evaluatie microbiële gemeenschappen op sediment Impact zandextractie & baggerstorten nagaan Staalnamekaart sedimenten BDNZ DGGE-fingerprint Overzicht presentatie • Inleiding • Doel • PCR-DGGE • Impact zandextractiezone & baggerloswal • Besluit • Toekomst DNA extractie & PCR • DNA extractie • Nested PCR: - Amplificeren 16S rRNA - Amplificatie V3 domein PCR • DNA stalen op DGGE Principe DGGE • • • • Denaturerende gradiënt gelelektroforese Op basis van sequentie Denaturerende agentia Gedenatureerd DNA lagere mobiliteit • GC-klem (40 bp) DGGE fingerprint Overeenkomstige bacteriële groep Omgeving specifieke bacteriële groep Indicatie impact antropogene activiteit Overzicht presentatie • Inleiding • Doel • PCR-DGGE • Impact zandextractiezone & baggerloswal • Besluit • Toekomst Bacteriële biodiversiteit • Hoge bacteriële diversiteit op zandextractiezones & baggerloswallen • Najaar hogere bacteriële diversiteit bemoeilijkt visuele interpretatie & beïnvloed clustering Zandextractie zone Baggerloswal Zandextractie zone: -BUITEN RATEL • Hoge biodiversiteit • Verschil Noord en Zuid/Centraal DGGE-patroon locatie sedimentstalen Buiten Ratel Clusteringanalyse: Buiten RatelCentraal/Zuid • Impact zones: BRC08 en BRC10 clusteren samen • Intensieve zandontginning leidt tot sedimentverandering invloed bacteriële diversiteit Verschil in bacterieel profiel tussen impactzones BRC08; BRC010 en referentie BRZR 07 Zandwinning kan een invloed hebben op bacteriële soortensamenstelling Bagger: -Loswallen in Zeebrugge • Hoge biodiversiteit • Visueel verschil in loswal LS1 (minder bandjes) dan LS2 en LZO DGGE-patroon Locatie sedimentstalen Bagger: -Loswallen in Zeebrugge sedimentstalen Clusteringanalyse: Loswal LZO • ZVL en LZO 01 hoog slibgehalte en zeer kleine gemiddelde korrelgrootte. meest overlap in bacterieel patroon • LZO 11 bevat geen fijne slibfractie Baggerstorten heeft in dit gebied impact op bacteriële diversiteit Meeste slib niet in het centrum van loswal, maar aan de rand Invloed op bacteriële gemeenschap Besluit • Zeer hoge bacteriële diversiteit op sediment van BDNZ • Bacteriële biodiversiteit op sedimenten najaar > voorjaar • Clustering moeilijk door vele bandjes met verschillende intensiteit • Sediment eigenschappen specifieke bacteriële soorten. • Zandwinning op de Buiten Ratel Zuid/Centraal invloed op bacteriële soortensamenstelling • Baggerstorting op LZO heeft impact op aanwezige bacteriën. Toekomst • Methode in toekomst verfijnen • Mogelijke aanpassingen: onderdeel van huidige DGGE-gel selecteren en uitvergroten werken met soort specifieke primers. Metagenomics NGS (m.o identificeren) Aangeraden: PCR-DGGE-methode parallel met een metagenomics aanpak uitvoeren op alle sedimenten op en rond zones met antropogene activiteiten Zo nodige info voor toekomstige monitoring op basis van bacteriële gemeenschappen. Bepaling van de microbiële diversiteit op mariene sedimenten via DGGE profielen voor het bepalen van de mogelijke impact van antropogene activiteiten Charline Dobbelaere
