3e Bach Biochemie 3

EXAMENVRAGEN 3e BACH BCBT 2014-2015 1e semester
BIOCHEMIE METABOLISME II
Biochemie woensdag 7 januari voormiddag:
Schriftelijk:
1. Welk soort binding kan je vinden tussen een N-glycaan een en eiwit? Wat is er chemisch speciaal
aan de reactie die deze bindingen aanmaakt?
2. Van welke aminozuren (meervoud) komt de methylgroep op DNA? Leg uit.
3. Hoe wordt de flux doorheen de ureumcyclus gereguleerd bij verhoogde eiwitafbraak?
4. Leg de invloed uit van het glucose kinase isomeer (?) uit op het glucosegehalte in het bloed.
5. Leg aan de hand van de structuur van PLP uit hoe verschillende bindingen rond het C(alfa) atoom
kunnen worden gebruikt in een reactie en leg de functie van PLP in deze reacties uit.
Mondeling:
Je hebt een enzym en een aantal substraten en je wilt weten welke substraat het beste is, welke
parameters bepaal je? Hoe doe je dat? Teken een grafiek.
Waar komt de NADPH vandaan bij vetzuurmetabolisme?
Bij vasten, wat zijn de achtereenvolgende energiemoleculen? (+ lokalisatie van synthese in het
lichaam?)
Schema van thymidine synthese + inhibitor gegeven. Hoe noemt men dit soort inhibitor? Hoe werkt
het? Waar komt de molecule vast te zitten?
Vragen vanmiddag:
- Wat is het nut van de omzetting van dUTP naar dUMP om uiteindelijk dTTP te vormen?
- Als fosfatidinezuur fosfatase wordt uitgeschakeld, welke fosfolipiden komer er dan meer voor en
welke minder?
- Wat wordt er gebruikt na lang vasten als energiebron en welke rol speelt de lever?
- Wat hebben de synthesewegen voor GAMA, histamine en epinefrine gemeenschappelijk en hoe
werkt dit?
- Wat gebeurt er met de C's van glucose om uiteindelijk aan de intermediaren te komen die gebruikt
worden voor vetzuursynthese
Mondeling:
- Hoe screenen voor inhibitor? (Lineweaver Burk, welke parameter (KI), enz.)
- Twee functies galzouten (emulsiferen en enige manier waarop ge cholestrol kwijtraakt) + wat is dit
(cholestrolderivaat)
- Methylatie van DNA gebeurt met...(S-adenosylmethionine) en waarom is dit een goede
methyldonor + hoe terug naar methionine (met THF) en hoe wordt dit THF terug opgeladen?
- Functie en werking vitamine B12 (+ beetje uitleg geven over wat er gebeurt met een oneven
vetzuurketen)
Schriftelijk :
1) les nyhan syndroom is gekarakteriseerd door grote toename urinezuur en door
een genetisch defect in HGRPT. Verklaar
2) Moleculaire aanpassingen vetopname en hoe komt het in bloed terecht
3) je hebt een enzyme en je wil 1000 inhibitoren screenen voor hun Ki, hoe ga
je te werk en welke kinetische parameter van het enzyme moet je zeker kennen?
4) waarom is alpha-aminogroep een essentiële voedingsstof
5) Rol glucokinase in regulatie bloed suikerspiegel
Mondeling:
1) prent van aminozuur katabolisme, wanneer wordt dit opgereguleerd en wat gebeurt er met deze
pathway na enkele dagen vasten
2)Transaminatie, regulatie en wat is een klinisch diagnostische assay voor deze enzymes?
3) wat zijn catecholamines en hoe gevormd?
4)hoe worden suikers aan elkaar gevoegd en welk type chemische reactie is dit?
Welke groep valt waar aan?
Biochemie donderdag 8 januari namiddag:
Schriftelijk:
1. Waar vindt de beta oxidatie voornamelijk plaats ? Hoe wordt VZ geactiveerd, getransporteerd en
opgenomen? Hoe wordt betaoxidatie gereguleerd ?
2.hoe wordt alfa-NH3 verwijderd door zoogdieren?
3. Waarom heeft de lever een verhoogde ATP synthese na een zware spier inspanning? Van waar
komt deze ATP?
4. Katalyse van ribonucleotide reductase uitleggen. Het enzyme wordt geoxideerd. Hoe komt dit en
hoe wordt het terug gereduceerd?
5. Wat is het verband tussen verhoogd LDL en antherosclerose?
mondeling
1. foto jicht
2. proprionyl coA hoe wordt dit gedetoxifieerd? Hoe doet vitamine B12 dit ?
3. 2 pathways ( glycolyse+CZC en dan één van een tumor). Welk van de 2 is meest O2 verbruikend. Je
moest zeggen van de NADH m.b.t. elektronen transport. En bij de tumor was er minder O2 verbruikt
doordat ze de fermentatieve toer opgaan
4. michaelis menten grafiek tekenen. Dan zeggen wat verandert voor een competitieve inhibitor en
voor een noncompetitieve inhibitor
ANALYTISCHE BIOCHEMIE
15 januari voormiddag:
Radiochemie: (mondeling is optioneel) (elke vraag is 20% van je punten, andere 20% is je
practicumcijfer)
- Wat is Brehmstralung? (bij mondeling extra vragen over de aard van de straling en bescherming)
- Wat is de effectieve volgdosis? (bij mondeling ook weer extra vragen hierover)
- Vraag over de specifieke activiteit en drager (dragervrij etc moeten kunnen noemen en uitleggen).
- Wat is fluorografie (autoradiografie, bij mondeling ook uit kunnen leggen wat autoradiografie is,
waarvoor het gebruikt wordt en directe en met versterkende schermen uit kunnen leggen)?
Analytische biochemie:
- Leg de volgende termen kort in max 5 zinnen uit (4 pnt): ELISA, hydrodynamisch volume, plaatgetal,
en nog een..
- Je krijgt een eiwit en moet alles uitleggen over ESI (spectrum tekenen), resolutie berekenen en iets
met een zwavelbrug in het eiwit en hoe je kan onderzoeken of deze aanwezig is of niet. (5pnt)
- Suikers: alles uitleggen over hoe je 1) het aantal suikers kan bepalen 2) de juiste structuur kan
checken 3) his-tag zuivering(IMAC uitleggen) (6pnt)
- Artikel: 3 vragen:
1) wat doet DDC ofzoiets (uit het artikel kon je afleiden dat het een detergent was)
2) hoe werkt gelfiltratie
3) 2 technieken uitleggen die in het artikel kort voorkomen: BN-PAGE en Circulair Dichroisme. Als
extra vraag komt er een willekeurige vraag over een methode in het artikel, in mijn geval het
uitleggen van de pH van de buffer met stacking en running gel (5pnt)
Radio
1. detectielimiet
2. justificatie
3. radiochromatografie
4. autoradiografie versterkende schermen en fluorografie
BAM:
4 termen uitleggen
Spectrum na GC van vetzuren: wat moet je eerst doen met de vetzuren en hoe kan je de resolutie
verbeteren.
Dan een vraag over een nieuw eiwit dat men gevonden heeft dat interageert met een enzym: hoe
kan je de stoecheometrie bepalen, hoe kan je aantonen dat het eiwit op de actieve site bindt en hoe
kan je aantonen dat het enzym in een specifieke sequentie knipt.
En dan een artikel waar je nog enkele vragen krijgt (vooral mondeling die laatste vraag)
MICROBIOLOGIE
vragen micro dinsdagnamiddag:
Vandamme: (was ziek, dus 3 schriftelijke vragen ipv 2)
1. voorbereiding voor een PCR-test om 1 species te isoleren
2. wat wordt er bedoeld met 'het type concept in de taxonomie'
3. fingerprint via RAPD, zinnige dingen over zeggen
De Vos:
N-cyclus + nitrificatie + rol in landbouw en waterzuivering
Arbusculaire mycorrhiza
Saccharolytische clostridia: metabolisme, voorkomen, toepassingen in de industrie
Mondeling:
wat zijn oxigenasen + 3 voorbeelden
aanpassingen voor een niche + concurreren met andere bacteriën, hoe doen ze dat
CO2 fixatie op verschillende manieren (omgekeerde CZC, calvin..)
en nog enkele, maar die weet ik niet meer...
Veel succes nog!
Vragen microbiële diversiteit en evolutie 21/01/2015 voormiddag:
Deel De Vos:
1) Melkzuurbacteriën: metabolisme, energie conservering, Biotechnologische betekenis en manieren
van indeling
2) beduid de verbinding van de C-en N-cyclus
3) nieuwere technieken voor classificatie/taxonomie van gisten en schimmels geven en welke
voordeelen hebben deze tegenover de ouder methoden
Mondeling De Vos:
(1) assimilatieve en dissimalatieve nitraat reductie, wat betekenen begrippen en wnnr plaatsgrijpen +
welke regulatie
(2) azijnzuurbacteriën biotechnologische toepassingen. Wat is de reactie + is het reductie of oxidatie
(3) Welke aanpassingen hebbem de halofiele archaea + tot welke groep behoren van archaea
behoren ze?
(4) wat is BOD, waar voor gebruikt en hoe doen ze het?
(5) Schimmels en fungi de vijf grootte groepen, geef en leg de levenscyclus uit. Wat betekenen de
begrippen anamorf, telomorf en holomorf?
Deel Vandamme
4 a) goede benadering voor nieuwe typeringsmethode voor species (vb enterobacter sasakii), hoe
beginnen? Doelen? En hoe deze bereiken?
b) wat wordt er bedoelt met "DNA-DNA hybridisatiemethode in de taxonomie"?
c) mondelinge vraag die schriftelijke moest worden beantwoord doordat de prof afwezig is, wegens
ziekte. Hoe zou je te werk gaan om te weten te komen hoeveel en welke species op deze primaire
isolaatplaat zijn? (Met een foto van de plaat)
Nog veel succes iedereen!
Vragen microbiële diversiteit en evolutie 21/01/2015 namiddag:
Vandamme:
1) Hoe bespreken we de fylogenie van bacteriën?
2) Wat wordt bedoeld met "kerngenoom" van bacteriën?
3) idem als voormiddag
De Vos:
schriftelijk:
1) Bespreek met voorbeelden, de verschillende bacteriële fotosynthese processen waarbij je de
cyanobacteriën uiteraard mee in beschouwing neemt. Beschouw de licht en de donker reacties
(chemische details zijn hierbij niet strikt nodig).
2) Bespreek de zwavel cyclus schematisch; geef de verschillende overgangen aan en geef aan welke
bacteriën een rol spelen bij de verschillende stappen. Bespreek de zwavel reductie in detail.
3) Naast de methanogenese is de acetogenese een zeer veel voorkomende en belangrijke
metabolische weg in het bacterieel metabolisme. Geef de verschillende manieren (wegen) aan die
we hebben besproken waarbij bacteriën acetaat vormen.
mondeling:
1) Aanpassingen van bacteriën aan hun niche. Dit in verband met competitie met andere bacteriën.
2) Waarom zou je saccharolytische clostridia meer azijnzuur willen laten produceren?
3) BOD en COD uitleggen.
4) De 5 ordes van de fungi geven.
Ik denk dat er nog een vraag was, maar die kan ik mij niet herinneren. => oxigenasen +3vb
MOLECULAIRE CELBIOLOGIE
Vragen van celbio uit de groep van vorig jaar gevist, voor de mensen die da eventueel willen
gebruiken:
Open vragen:
- Stamcellen: geef evolutie, lokalisatie en experimenten
- guidance cue bevat zowel celgeassocieerde eiwitten als gesecreteerde eiwitten
- Bespreek de rol van monomerische g eiwitten
- Bespreek bcl2 familie
- Is P53 een tumor suppressor of een oncogen?
- Bespreek lipidemodificaties in signalisatie cascades.
Stellingen:
- Myod verschil in vivo - in vitro
- BCL2-familieleden hebben 3 niveaus van celregulatie
- verschil in resolutie tussen TIRFM en STORM microscoop
- Axongeleiding is onderzocht geweest in Nematoden mutanten
- B catenine is zowel adhesie als signaal molecule
- Dna bindinde factoren zijn belangrijk bij spierontwikkeling
- PALM, STORM en SIM hebben de difractiewet van Abbe doorbroken
- Apoptosoom en DISC zijn functioneel gelijk maar structureel niet.
- MRF en MEF zijn structureel en functioneel gelijk.
- Voor een staal op grote diepte met 3D tot 5D microscopie te screenen is er technologie ontwikkeld
die CLSM voorbijstreeft.
Versie A
vragen moleculaire celbio:
1. bespreek lipidenmodificaties in signalisatiepathways.
2. bespreek pRB hoe geanalyseerd, welke functie en tumorvirussen
3. stelling 1: MEF MRFs zijn structureel en functioneel gelijkaardig
stelling 2: iPS is een doorbraak in stamcelonderzoek
stelling 3: STORM STED enSIM doorbreken abbe diffractielimiet
stelling 4: die herinner ik me even niet meer
de laatste stelling: beta catenine is belangrijk zowel in adherens als in signalisatie
Vragen Moleculaire Celbio voormiddag 27/01 versie B
Hoofdvragen: Vertel er een aantal pagina's over:
1) Stamcellen verschillen naar gelang stadium van ontwikkeling, hun plaats en de gebruikte
experimentele technieken.
2) p53 oncogen of Tumor-Suppressor-Gen?
Stellingen: ja/nee of ja en neen. + halve blad uitleg
1) Via gistmutanten heeft men de celcyclus helemaal kunnen ontrafelen
2) De Bcl2-familieleden hebben 3 niveaus van celdood regulatie
3)De FRAP, FRET en TIRFM zijn technieken die elkaar complementeren
4) De transcriptiefactor MyoD is nodig en is de enige voor skeletspierdifferentiatie.
Vragen moleculaire celbiologie namiddag 27/01 versie D:
Open vragen:
- Bespreek Bcl-2-familieleden
- Gisten en Xenopus als modelorganismen
Stellingen:
- Voor een staal op grote diepte met 3D tot 5D microscopie te screenen is er technologie ontwikkeld
die CLSM voorbijstreeft.
- B-catenine is een adhessie en signaal-molecule
- C. Elegans werd gebruikt in onderzoek naar axongeleiding
- iets over MyoD in vivo-experimenten
Vragen moleculaire celbiologie namiddag 27/01 versie C:
Open vragen:
- Bespreek monomerische G-eiwitten
- Guidance cues bevatten zowel celgeassocieerde eiwitten als gesecreteerde eiwitten
Stellingen:
- Is het logisch dat een tumor een mutatie heeft in de pro-apoptotische leden van de Bcl-2 familie
- Nieuwste theorie voor stamcellen in darm
- DNA bindende transciptiefactoren spelen een rol bij de spierontwikkeling
- Verschil in resolutie van STORM en TIRFM
Groep F (woensdag voormiddag):
Open vragen:
1) Werking van de MRFs uitleggen. En 2 voorbeelden geven hoe dit ontdekt is in muizenembryo's.
2) celmigratieguidance maakt gebruik van contactgemedieerde en chemische attractie en afstoting.
Leg uit.
Stellingen:
1) Haarfollikels hebben een stamcelcompartiment voor alle onderdelen van de epidermis.
2) Genetische transfectie in de muis gebeurt met dominante en negatieve slectie
3) De motoreiwitten aan de microtubuli hebben verschillende functies in de celdeling.
4) FRET, foto-activering en spinning disc CLSM kunnen gebruikt worden voor hetzelfde.
Groep J (donderdag voormiddag)
open vragen:
1.Lipidenmodificaties 2 voorbeelden uitgebreid geven.
2. Bcl familie werken zowel bij anti als pro apoptose. Plus rol met tumoren.
Stellingen:
1. LSBM en CSLM zijn synoniemen en geven zelfde info.
2. Ephrines zijn in meerdere systemen van belang voor celdifferentiatie en het is gebaseerd op
repulsieve krachten.
3. Wnt/B catenine heeft een belangrijke en lokale rol in darmepitheel.
4. Bij transgene muizen wordt zowel een dominant als een negatieve selectieve merker gebruikt.
Donderdagnamiddag:
Open vragen:
1. Illustreer uitgebreid de rol van monomerische GTPasen
2. Bespreek de gebruikte modelorganismen bij opheldering van celmigratie-guidance (Drosophila,
C.Elegans,kikker, kippenembryo's wou hij weten)
Stellingen:
- TA cellen zijn totipotent, illustreer adhv enkele vbn
- EM heeft in jaren geen technologische vooruitgang meer geboekt
- HedgeHog signalisatie gebeurt op een speciale manier aan het celoppervlak van mammalia
- Is het logisch dat tumoren de pro-apoptotische Bcl2-familieleden inactiveren