Mimi

MIMI
http://tsjok45.multiply.com/photos/album/1132
MIMI
Het grote genoom van het mimivirus stelt het in staat zijn eigen eiwitten aan te maken
News
Published online: 14 October 2004; | doi:10.1038/
Giant virus qualifies as 'living organism'
Mark Peplow
http://discovermagazine.com/2006/mar/unintelligent-design
http://ribonucleicacids.blogspot.com/2006/02/mimivirus.html
http://keatstelescope.blogspot.com/2006/02/mimiviruses-different-kind-of-life.html
http://en.wikipedia.org/wiki/Mimivirus
http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/1101485v1
http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114a.pdf
http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114b.pdf
Het
genoom van het
Mimi" :
grootste virus ter wereld is ontrafeld :___ het virus kreeg het lab-koosnaampje "
mimicking microbe
" : Officieel is mimi de afkorting voor "
."
zegt onderzoeker Didier Raoult.
"... maar mijn vader , ook een wetenschapper , vertelde me ooit het zelfsverzonnen sprookje voor het slapengaan over "mimi l'amoebe'
De naam is ook ter zijner nagedachtenis ... "____
In een zopas verschenen artikel in science ( 1 ), zeggen de Franse wetenschappers die het onderzoek deden dat
"Mimi, in tegenstelling tot andere virussen , wel degelijk "echt" levend is ... "
Het virus genoom lijkt ook de sleutels te bevatten die de evolutie die leide tot de eerste "cellen met DNA-nucleus" , kunnen verklaren
Sinds de 60-tiger jaren van vorige eeuw argumenteren wetenschappers over de vraag of " virussen levende organismen zijn, of een bundel grote
biochemische moleculen op basis van C/N ...chemie "
Virussen ( micro agens die niet door de bacteriefilters kunnen worden uitgezift ) zijn gewoonlijk kleiner en simpeler dan de bacteria zijn lange tijd beschouwd als "naakte
genen " ;maar ze bestaan eigenlijk uit toch wat meer : enkel wat genetisch materiaal , omhuld door een eiwitlaagje ( capsule/coat )
Een virus MOET de biologische replikatie machinerie van een " echt levend " orgnanisme kapen ; het doet dat door zijn genetisch materiaal in de gastcel te
injekteren
Bakteria , in kontrast met de virussen , bezitten en onderhouden alle noodzakelijke inrichtingen / programma's en informatie om zich zelfstandig
te vermenigvuldigen : ze zijn dan ook per definitie "levend " .
" Alhoewel het alle kenmerken van een virus heeft , is het mimi-virus ; complexer dan de doorsnee virus "
zegt Jean-Michel Claverie, bioloog aan het Institut de Biologie Structurale et Microbiologie , Marseilles, France , __ en lid van het team dat de
sequencing inspanning deed ....
" ... Als men zich virussen voorstelt als het automerken-modellen aanbod op de markt ; dan is MIMI een auto , maar dan wel een luxe-model en uitgerust met
de meeste
acessoires en de verst gevorderde technologieen en snufjes ...
" het Mimi DNA -virus lijkt op een nieuwe vorm van parasitair leven "
Mimi draagt 50 genen ( van de 1260( ? ) aanwezige ) waarvan nu al zeker is geweten dat die dingen doen , nog nooit eerder gezien in een virus .
Het bestudeerde Mimivirus kan ongeveer 150 eiwitten zelf aanmaken samen met de nodige chemische " chaperonnes "om de juiste "opvouwprocedures " te
gebruiken bij de stereochemische opbouw van die proteinen ....
Het kan zelfs het eigen DNA repareren wanneer dat beschadigd word ,
en dat allemaal in tegenstelling tot andere " normalere " virussen
Ter Vergelijking ;
Het "kleinste "tot nu toe gekende bacterieel genoom ( en kleinste organisme in staat tot zelfstandige replicatie )
zie ook
Minimal genomic set ....
http://www.cogs.susx.ac.uk/users/ctf20/dphil_2005/CSNs.htm
The Core Genome (2011)
http://sandwalk.blogspot.com/2011/10/core-genome.html
Essential genes in Bacillus subtilis
http://www.cogs.susx.ac.uk/users/ctf20/dphil_2005/CSNs/Minimal%20Genome/4678.pdf
Mycoplasma genitalium ---->
" ..... When the entire 580,000-unit DNA sequence was completed, this free-living microbe was discovered to have only 470 genes that code for
proteins.... )
Genetic map of Mycoplasma genitalium
http://www.er.doe.gov/Accomplishments_Awards/Decades_Discovery/77.html
evodisku - Synthetic life
evodisku - Het gelijk van Darwin
evodisku - CREATIONISME en EVOLUTIONISME
Mycoplasma - Mycoplasma Genitalium
Freethinker • Toon onderwerp - Virussen versus evolutie/creatie
't Groot Skepptisch Discussieforum' • Toon onderwerp - Zijn ...
Virussen gebruiken ofwel DNA ofwel RNA ( retro-virussen ) om hun informatie vast te houden en te gebruiken als "smetstof" ; mimi bezit en gebruikt
beiden ...
" we hebben hier een echt organisme, Er is DNA , RNA en een grote hoeveelheid eiwitten aanwezig " zegt Didier Raoult,een leidend lid van het team ...
Monster virus
Mimi werd ontdekt in 1992 door de Britse microbioloog Tom Rowbotham tijdens een onderzoek naar amoeba levend in het water van een koeltoren te
Bradford( engeland ) , waarvan werd vermoed dat het de bron was van een influenza uitbarsting in de wijde omgeving ....
Amoeba leven in koelwater en in air-conditioning systemen , ze voeden zich met "kiemen" waaronder pathogenen als Legionella en Chlamydia pneumoniae
Deze laatste kan ademhalingsziekten veroorzaken
Raoult ontdekte dat sommige pneumonia patienten antistoffen bezaten tegen het MIMI -virus ...
Opvolgings- onderzoek
toonde aan dat het hier ging om een echt viraal " monster" van 800 nanometer doorsnede , ongeveer viermaal zo groot als het pokken virus ...
De nieuwe studie toont aan dat het genoom bestaat uit 1.2 millioen bases-opeenvolgingen : dat is meer dan wat in sommige bacterieen aanwezig is
en maakt het verscheidene keren groter dan de grootste DNA virussen ....
De nucleotide -basen zijn gewonden tot 1,260 genen( een enorm aantal voor een virus) ,waardoor het virus even complex wordt als sommmige bacteria
Het virus is zo groot dat de eerste onderzoekers dachten met een bacterie te doen te hebben ...
De meeste virussen zijn slechts zichtbaar met elektronen -microscopen , maar dit virus kon worden ontdekt met een hoogwaardig optisch microscoop
Didier Raoult ( Marseille) kon geen specifieke bacterie genen detekteren ....
.
Het team vergeleek het met andere grote virussen zoals het pokken virus waarmee het "misschien " verwant is .
Het virus vormde de eerste van een volledig nieuw "ontdekte" ( lees --> speciaal benoemde )
Dat dient echter nog verder te worden bevestigd (2004)...
virus familie : de Mimiviridae
De oude theorie dat virussen waarschijnlijk " gedegenereerde " bacterieen zijn , komt hiermee echter verder op de helling te staan ...
zeker wanneer men in rekening brengt dat veel virussen ook "nieuwe" ( non-bacterieele ) genen bevatten ( wat dan weer werd verklaard door het
idee dat de stamouders van die degenerees ondertussen "uitgestorven " waren ... )
Bovendien , bevat viraal DNA dikwijls erg veel "junk" en "onzin" sequencen , genetisch materiaal zonder enige nuttige functie (ballast ? )
Mimi, echter is erg proper erg gemeen er erg efficient en erg succesvol ; meer dan 90 n 90% van zijn DNA doet iets specifieks .
Omdat Mimi , genen bevat die iets te maken hebben met replicatie , is dit misschien de reden van zijn groter verspreiding-succes , zegt
Anne Bridgen, virologiste van de University of Ulster, Northern Ireland.
"Ik heb nog nooit van virussen gehoord die coderen zoals dit ding doet "
zei ze
Levenslijnen
Alhoewel biologen het levende soms verdelen in drie aparte categorieen ( zie Carl Woese ) is er genoeg materiaal over Mimi om een vierde tak van
fundamenteel leven aan de basis van de levensboom toe te voegen ...
---> Bacteria zijn de primitiefste tak omdat ze een "echte " kern missen ( wél een chromosoom ) om hun genetische basisinfo te bewaren
---> Archaea loijken daar erg op , maar lijken apart geevolueerd , omdat ze een ander soort ongebruikelijk celmembraan bezitten
.
---> Alle andere levende dingen zijn eukaryoten ; in het bezit van cellen ( of één cel ) met een kern
Mimi bezit zeven genen die gemeenschappelijk zijn in alle leven , waardoor het bewijst verwant te zijn aan alle andere levensvormen
zegt Raoult en als .... "echt" leven kan worden bestempeld .
Bridgen draait ( voorzichtig ? ) meer rond de pot ;
"zeggen dat dit virus de vertegenwoordiger is van een vierde categorie van leven , is een overhaaste conclusie maar het kan misschien wel suggerene dat een
drie kategorieen -systeem wel wat simplistisch is ... " ,
"LIVING TRANSITIONNAL" of " ENDOSYMBIONTE PARTNER " ?
Enkele wetenschappers hebben geopperd dat
eukaryoten oorspronkelijk onstonden uit de endosymbiotische samensmelting van een virus en een bacterie§ of meerdere bacterieen ...
Bacteria kunnen de ribosomen hebben geleverd ( de proteine-fabrieken van de cell ) en de virussen zouden hun materiaal hebben geinjecteerd in
endosymbionte cellen bestaande uit een samenwerking tussen verschillende bacterieen , waardoor ze eigenlijk een proto-kern vormden ...
Een veel gehoord bezwaar tegen deze hypothese is dat virussen over het algemeen de sleutel-genen van de eukaryoten missen ...
Maar het mimi genoom bezit ze wel , waardoor dus ondersteuning van de theorie weer mogelijk wordt ... zegt
Het team probeert nu andere reuze virussen op te sporen ,
en zijn ook druk bezig mry exact uit te zoeken hoe en waar en waarvoor ,
Mimi het aanwezige genen-kapitaal allemaal gebruikt ....
Referenties
(1) Raoult D., et al. Science, published online, doi:10.1126/science.1101485 (2004).
(2) La Scola B., et al. Science, 299. 2033 (2003).
LINKS
http://www.virologyj.com/content/2/1/8
A new example of viral intein in Mimivirus
Hiroyuki Ogata1 , Didier Raoult and Jean-Michel Claverie1
짤 2005 Ogata et al; licensee BioMed Central Ltd.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License
http://creativecommons.org/licenses/by/2.0
,which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15486256
Raoult.
Figure 1. Mimivirus branching in the Tree of Life. None of the genes used to generate this tree exhibited evidence of recent lateral transfer.
Mimivirus Data/Analysis center












Mimivirus genome map [Now interactive]
Comprehensive Mimivirus gene phylogenies
Mimivirus complete genome sequence (1,181,404 nt - Fasta format)
Mimivirus ORFeome (911 ORFs, - Fasta format)
Mimivirus URFeome (347 URFs, - Fasta format)
Mimivirus ORFs (911 ORFs, nt, - Fasta format)
Mimivirus URFs(347 URFs, nt, - Fasta format)
Mimivirus Phylogenetic profiling
Mimivirus Blast search (genome & proteome)
Comprehensive double-stranded DNA virus genome Blast search (nt)
Target list for ongoing X-ray crystallography 3D-structure determination [in construction]
Mimivirus picture gallery
Mimivirus picture gallery
(Credits and Copyright: Prof. Didier Raoult, Rickettsia Laboratory, La Timone, Marseille, France)








Mimivirus vs a mycoplasma cell (U. urealyticum)
Mimivirus particle infecting an ameoba
Mimivirus particle infecting an ameoba (close up)
Isolated particle-1
Isolated particle-2
Isolated particle-3
Particle assembly around the amoeba nucleus
Particle productions in an amoeba
Home | Credits | Giant Virus data/analysis Center | News | Top 100 largest viral genomes | Bibliography | Links |
Contribute
Top 100 largest viral genome sequences
Virus
1
Mimivirus
Length Segm Protein Date Nbrs NC Id
1181404 1
911
4/11/04 NC_006450
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
Bacillus phage G
E. huxleyi virus86
Canarypox virus
Ectocarpus siliculosus virus
Paramecium bursaria Chlorella virus 1
Shrimp white spot syndrome virus
Fowlpox virus
Pseudomonas phage phiKZ
Bacteriophage KVP40
Pongine herpesvirus 4
Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus
Human herpesvirus 5 strain Merlin
Bacteriophage Aeh1
Amsacta moorei entomopoxvirus
Human herpesvirus 5 strain AD169
Murid herpesvirus 1
Murid herpesvirus 2
Heliothis zea virus 1
Cowpox virus
Cercopithecine herpesvirus 8
Invertebrate iridescent virus 6
Ectromelia virus
Ostreid herpesvirus 1
Camelpox virus
Rabbitpox virus
Monkeypox virus
Tupaiid herpesvirus 1
Vaccinia virus
Molluscum contagiosum virus
Lymphocystis disease virus - isolate China
Variola virus
Equid herpesvirus 2
Xestia c-nigrum granulovirus
Gallid herpesvirus 2
Bacteriophage 44RR2.8t
Human herpesvirus 4
Cercopithecine herpesvirus 15
African swine fever virus
Enterobacteria phage T4
Enterobacteria phage RB69
Gallid herpesvirus 3
Enterobacteria phage RB49
Psittacid herpesvirus 1
Human herpesvirus 6B
Myxoma virus
Lymantria dispar nucleopolyhedrovirus
Rabbit fibroma virus
Human herpesvirus 6
Meleagrid herpesvirus 1
Mamestra configurata nucleopolyhedrovirus B
Cercopithecine herpesvirus 1
Mycobacteriophage Bxz1
Mamestra configurata nucleopolyhedrovirus A
Human herpesvirus 2
Human herpesvirus 7
Human herpesvirus 1
Lumpy skin disease virus
Equid herpesvirus 1
Sheeppox virus
Callitrichine herpesvirus 3
Goatpox virus
Swinepox virus
Equid herpesvirus 4
Yaba-like disease virus
Suid herpesvirus 1
Orf virus
Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus
Bovine herpesvirus 5
Human herpesvirus 8
Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus
Bovine herpesvirus 1
Yaba monkey tumor virus
Bovine papular stomatitis virus
Bacteriophage SPBc2
Ictalurid herpesvirus 1
Autographa californica nucleopolyhedrovirus
Cercopithecine herpesvirus 17
Orgyia pseudotsugata multicapsid nucleopolyhedrovirus
Agrotis segetum granulovirus
Rachiplusia ou multiple nucleopolyhedrovirus
Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus G4
Choristoneura fumiferana defective nucleopolyhedrovirus
Helicoverpa zea single nucleocapsid nucleopolyhedrovirus
497513
407339
359853
335593
330743
305107
288539
280334
244835
241087
236120
235645
233234
232392
230287
230278
230138
228089
224499
221454
212482
209771
207439
205719
197731
196858
195859
191737
190289
186250
185578
184427
178733
174077
173591
172281
171096
170101
168903
167560
164270
164018
163025
162114
161773
161046
159857
159321
159160
158482
156789
156102
155060
154746
153080
152261
150773
150224
149955
149696
149599
146454
145597
144575
143461
139962
139342
138390
137508
135611
135301
134721
134431
134416
134226
133894
133719
131995
131680
131526
131403
131158
130869
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
682
472
328
240
690
531
261
306
381
165
267
165
352
294
151
0
167
154
233
223
468
173
127
211
184
191
158
273
163
239
197
79
181
109
252
94
80
151
278
273
100
274
73
104
170
164
165
123
101
167
75
225
169
77
86
77
156
80
148
72
0
150
79
152
77
130
141
73
82
139
73
140
131
185
92
156
89
152
132
149
136
149
139
1/03/04
2/27/01
2/06/96
1/20/01
3/06/02
3/21/03
9/03/03
4/02/02
2/23/98
9/16/04
2/03/03
3/07/02
3/07/90
1/27/96
8/14/00
6/01/02
5/19/03
8/26/04
0/04/94
5/31/97
6/14/04
2/04/02
4/17/04
2/12/01
3/11/02
8/03/93
8/15/96
6/17/04
5/04/93
3/07/95
6/07/00
5/02/00
10/11/03
2/18/03
8/24/04
1/12/04
7/05/99
7/07/03
10/12/00
8/13/03
2/03/03
3/08/02
2/04/99
1/03/98
2/15/99
6/05/95
3/07/02
8/25/02
5/22/03
4/05/03
4/05/02
2/27/97
9/03/04
4/03/90
8/13/01
7/15/04
6/20/02
1/14/02
6/05/02
1/31/02
1/12/97
1/06/01
8/26/04
1/21/04
9/11/01
1/09/04
2/11/96
2/11/00
1/25/97
1/08/03
1/21/04
4/06/98
8/02/93
3/08/99
3/24/99
3/27/97
4/09/04
10/02/02
3/07/02
0/11/03
1/01/02
2
1
2
2
1
1
4
2
2
2
1
1
1
2
1
2
1
1
1
-
Sanger FTP
NC_005309
NC_002687
NC_000852
NC_003225
NC_002188
NC_004629
NC_005083
NC_003521
NC_001993
NC_006273
NC_005260
NC_002520
NC_001347
NC_004065
NC_002512
NC_004156
NC_003663
NC_006150
NC_003038
NC_004105
NC_005881
NC_003391
NC_005858
NC_003310
NC_002794
NC_001559
NC_001731
NC_005902
NC_001611
NC_001650
NC_002331
NC_002229
NC_005135
NC_001345
NC_006146
NC_001659
NC_000866
NC_004928
NC_002577
NC_005066
NC_005264
NC_000898
NC_001132
NC_001973
NC_001266
NC_001664
NC_002641
NC_004117
NC_004812
NC_004687
NC_003529
NC_001798
NC_001716
NC_001806
NC_003027
NC_001491
NC_004002
NC_004367
NC_004003
NC_003389
NC_001844
NC_002642
NC_006151
NC_005336
NC_003102
NC_005261
NC_003409
NC_002169
NC_001847
NC_005179
NC_005337
NC_001884
NC_001493
NC_001623
NC_003401
NC_001875
NC_005839
NC_004323
NC_002654
NC_005137
NC_003349
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
Helicoverpa armigera nuclear polyhedrosis virus
Alcelaphine herpesvirus 1
Bacteriophage RM 378
Choristoneura fumiferana MNPV
Bombyx mori nucleopolyhedrovirus
Human herpesvirus 3
Cercopithecine herpesvirus 9
Cydia pomonella granulovirus
Bacteriophage T5
Murid herpesvirus 4
Phthorimaea operculella granulovirus
Epiphyas postvittana nucleopolyhedrovirus
Adoxophyes honmai nucleopolyhedrovirus
Saimiriine herpesvirus 2
Infectious spleen and kidney necrosis virus
Cryptophlebia leucotreta granulovirus
130759
130608
129908
129609
128413
124884
124138
123500
121750
119450
119217
118584
113220
112930
111362
110907
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
137
71
146
146
143
73
72
143
162
81
130
136
125
76
125
128
8/13/04
8/21/97
4/22/03
5/28/04
0/14/98
9/19/87
10/28/00
4/02/01
4/17/04
8/12/97
7/01/02
8/19/01
4/05/03
7/27/92
3/28/02
8/13/03
4
1
1
1
-
NC_003094
NC_002531
NC_004735
NC_004778
NC_001962
NC_001348
NC_002686
NC_002816
NC_005859
NC_001826
NC_004062
NC_003083
NC_004690
NC_001350
NC_003494
NC_005068
All the virology on the web The big book of viruses Christian Beuret's Virology pages (Spiez, Switzerland) The virus genome resource at NCBI The Microbiology
Information portal American Society for Virology Look into the Poxvirus Bioinformatics Resource center for known and incoming large pox virus genomes Viral Proteins
Phylogenetic Profiling
Virussen zijn door wetenschappers vaak als 'laatkomers' gezien, in de evolutionaire tak van het leven.
Een nieuw artikel in het tijdschrift Discover, beschrijft hoe we deze rol van virussen in het evolutionaire plaatje van het begin van leven wellicht moeten
herzien,
Een interessant stukje tekst, waarbij de discussie "is een virus nou iets levends of niet?" ook belangrijk is.
Het artikel bevat ook een kleine historische introductie over de ontdekking van virussen in het algemeen.
http://www.discover.com/issues/mar-06/cover/
Ref ;
http://www.freethinker.nl/forum/viewtopic.php?p=25547#25547
MIMI
http://ribonucleicacids.blogspot.com/2006/02/mimivirus.html
http://keatstelescope.blogspot.com/2006/02/mimiviruses-different-kind-of-life.html
http://en.wikipedia.org/wiki/Mimivirus
http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/1101485v1
http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114a.pdf
http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114b.pdf
Mimivirus
Genomics
TaxId: 315393 Mimivirus [viruses] Sequences: 3 nucleotide, 2708 protein
Genomic data from NCBI
Images
Documents
The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus
A giant virus in amoebae
Comment on" The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus
Mimivirus Relatives in the Sargasso Sea
Response to Comment on" The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus
Mimivirus in pneumonia patients
A new example of viral intein in Mimivirus
New evolutionary frontiers from unusual virus genomes
Mimivirus TyrRS: preliminary structural and functional characterization of the first amino-acyl tRNA …
Virology: Gulliver among the Lilliputians
Mimivirus rex
Hester van Santen
het grootste virus ooit heeft bijna duizend genen
Het Mimivirus doet de traditionele scheiding in de microbiologie tussen virus en bacterie vervagen. Het is reusachtig en heeft ongelofelijk veel genen. Wat moet een virus nou met 900 genen?
Alsof je in de keuken een muis vindt die zo groot is als de kat, dat is de verbazing die het Mimivirus in wetenschappelijke gelederen opwekt. Een volkomen normaal ogend, ietwat hoekig virus - maar dan
tien keer zo groot als gewoonlijk.
Het virus werd in 2003 beschreven. Maar pas nu begint duidelijk te worden hoe afwijkend het virus eigenlijk is en trekken virologen hun volledige repertoire aan overtreffende trappen uit de kast. Totaal
onverwacht, een schokgolf door de virologenwereld, een nieuw hoofdstuk in virus-genomics, heette het het afgelopen jaar in de wetenschappelijke tijdschriften.
Mimivirus is met een diameter van 750 nanometer veruit het grootste virus ooit gevonden, en ook zijn 911 genen vormen een record. De meeste virussen - poliovirus, hepatitis, griep - meten tussen de 20
tot 120 nanometer; griepvirussen hebben (afhankelijk van het type) tien of elf genen. Ze vallen bij Mimi in het niet. Mimivirus is het eerste virus dat zo groot is als de kleinste bacteri챘n, en dat h처처rt
gewoonweg niet. Intrigerender is dat het monsterlijke virusdeeltje ook net zoveel genen heeft als een bacterie, met ongekende functies bovendien. Mimivirus heeft een flink aantal genen die coderen voor
de productie van eiwitten. Dat is een taak die elk virus per definitie overlaat aan zijn gastheer.
Dat leidt, drie jaar na de eerste berichten over Mimivirus, tot vergaande uitspraken. De Franse hoogleraar medische bioinformatica Jean-Michel Claverie, mede-auteur van die eerste publicatie over
het virus(Science, 28 maart 2003) schreef drie maanden geleden in het tijdschrift Virus Research dat Mimivirus de grenzen tussen virussen en cellulaire organismen (zoals bacteri챘n) zodanig vervaagt dat
het tijd wordt voor een totaal nieuwe classificatie van de microbiologische wereld.
Mimivirus is volgens hem geen virus, maar een gigantisch girus dat ontstond toen de stamboom van het leven nog slechts een stronkje was. In die vroegere tijden, denkt Claverie, was Mimivirus een
primitief cellulair organisme. Een levend ding dus, dat zijn eigen eiwitten bouwt en zijn eigen genen vermenigvuldigt. Het betekent dat Mimivirus ooit leefde - terwijl virussen algemeen beschouwd
worden als niet meer dan ingewikkelde complexen van organische moleculen. Claverie noemde het vorige maand in Virus Research een serieuze slag voor de scheiding tussen de cellulaire wereld en de
virussen. Dit is het enige virus dat een direct verband heeft met de stamboom van het leven, licht hij per e-mail toe.
Wat is Mimivirus? Dat is de belangrijkste vraag die behandeld wordt in de ruim twintig wetenschappelijke artikelen die tot nu over het reuzenvirus verschenen. En daar komt bij: hoe uniek is dit? Kunnen
we een virus nog wel beschouwen als een supergestroomlijnde, minimalistische zak genen? En hoeveel weten we 체berhaupt van de evolutie van virussen?
De opschudding heeft even op zich laten wachten, want het was al in 1992 dat Mimivirus voor het eerst de aandacht van de wetenschap trok. Een ziekenhuis in de Noord-Engelse industriestad Bradford
kampte destijds met een uitbraak van longontsteking en ging op zoek naar de ziekteverwekker. Toen in de koeltoren van de ziekenhuiswaterleiding amoebes werden gevonden, kwamen die terecht op het
bureau van Timothy Rowbotham, een microbioloog in Leeds. Want koeltorens zijn beruchte broeiplaatsen voor amoebes vol Legionella-bacteri챘n (die de veteranenziekte veroorzaken) en Rowbotham
was een kenner op het gebied van Legionella-achtige bacteri챘n in amoebes. Hij vond een aantal bacteriesoorten, waarvan 챕챕n onbekende kleine ronde die zich niet liet kweken. Dat komt vaker voor.
De Bradford-coccus belandde in de ijskast.
Toen Rowbothams lab eind jaren negentig werd opgeheven, gaf hij de inhoud van de vriezer aan bevriende klinisch microbiologen in Marseille. Een van hen, Bernard La Scola, probeerde de bacterie te
karakteriseren op basis van de genetische code voor het ribosoom, de bacteri챘le eiwitproductie-eenheid. Die methode was inmiddels gemeengoed, maar steeds mislukte het. Onder de
elektronenmicroscoop bleek waarom: de Bradford-coccus had de typische twintigvlakkige vorm die kenmerkend is voor veel virussen. Maar dan wel met een diameter van 500 nanometer - 750 als je zijn
vacht van eiwitharen meerekent. 0,75 micrometer dus, een kanjer! Het is een van de weinige virussen die zichtbaar is met een lichtmicroscoop.
Niet allee het uiterlijk van de coccus bleek virusachtig: ook de genetische code leek niet op een bekende bacterie, en het ding viel tijdens de infectie van zijn amoebe-gastheer tijdelijk uiteen. Dat doen
bacteri챘n niet. Virussen wel, omdat ze hun eiwitmantel steeds opnieuw opbouwen. De coccus werd omgedoopt in Mimivirus, voor Mimicking Microbe: het virus dat een bacterie nadoet. Maar inderdaad,
ontegenzeggelijk een virus. Met een virale manier van vermenigvuldigen, een virale eiwitmantel. Bacteri챘n zijn compleet anders: hun buitenwand is niet van eiwit en ze vermenigvuldigen zich door
deling.
Er kwam een eerste korte Science-publicatie (28 maart 2003) over dit giant virus in amoebae, waarin de biologen in Marseille al schatten dat het virus negenhonderd genen zou hebben. Toch bleef het stil.
Jean-Michel Claverie vanuit Marseille, die sinds de ontdekking met de microbiologen is blijven samenwerken: Virologen zijn erg conservatief. Het veld was niet klaar voor een totaal nieuw soort virus. En
zover we nu weten, vormt het Mimivirus geen gevaar voor de volksgezondheid. Prof. Eugene Koonin, een evolutionair viroloog van het invloedrijke informatica-instituut NCBI in Maryland die ook veel
over het Mimivirus heeft gepubliceerd, zegt nu over de Franse studie: Er stond weinig informatie in en ik denk dat er wat zorgen waren over mogelijke artefacten.
Uiteindelijk, toen de biologen uit Marseille in november 2004 het genoom van het virus in Science publiceerden, kwam die aandacht er wel. Niet zozeer van virologen, maar vooral van de kleine schare
evolutiebiologen die zich bezighouden met de vroege oorsprong van het leven. Mimivirus bleek zestien genen te bevatten die betrokken worden bij de productie van eiwitten (translatie). Dat was bij geen
enkel ander virus vertoond.
Het genoom bood verder een set DNA-reparatie-genen waarvan er vier nooit eerder in een DNA-virus gevonden waren, enzymen voor allerlei opbouw- en afbraakprocessen, en een voor een virus unieke
set van drie soorten topo챦somerases. Dat zijn enzymen die zorgen dat DNA niet in de knoop raakt bij ingewikkelde processen als vermenigvuldiging.
In Science beschreven de Fransen nog iets merkwaardigs: Mimivirus genen hebben verwanten die zich overal in de boom van het leven ophouden. Neem het trio van topo챦somerases van Mimivirus: de
챕챕n heeft zijn naaste familielid onder de pokkenvirussen, de tweede lijkt op een eencellige parasiet die verlammingen bij konijnen veroorzaakt, en de derde heeft het meest weg van een menselijke
darmbacterie. In de stamboom die Claverie cum suis produceerden, op basis van zeven Mimivirus-genen, belandde het virus in het midden, aan de voet dus. Vandaar dat zij stellen: Mimivirus heeft een
oeroude geschiedenis (drie miljard jaar pakweg) en moet beschouwd worden als een organisme, op basis van zijn uitgebreide lijst functies van zijn genen. Claverie: Zeker weten!
Het virus staat overigens niet helemaal alleen op die plek: algemeen wordt erkend dat Mimivirus verwanten heeft onder een diverse groep van virussen, de nucleocytoplasmatische grote DNA-virussen
(NCLDVs) waartoe onder andere ook het pokkenvirus behoort. Die zijn, zoals de naam zegt, vrij groot en ze delen met Mimivirus een kenmerkende groep genen. Volgens Claverie delen ze de herkomst
van Mimi.
Maar de plaats op de stamboom die de wetenschappers uit Marseille aan Mimivirus en de andere NCLDVs toekennen, wordt door anderen betwist. Mimivirus bakent zeker geen nieuw koninkrijk van het
leven af, maar verdient wel de titel van koning der genenrovers. Zo vatte David Moreira, evolutiebioloog uit Parijs, zijn kritiek in mei 2005 samen in Science. Dat het in het inwendige van Mimivirus lijkt
op een naar oud geld riekend interieur met Engels servies, Afrikaans houtsnijwerk en Chinese vazen, betekent volgens Moreira nog niet dat Mimivirus die genetische verzameling van zijn exotische
voorouders ge챘rfd - hij kan haar ook best her en der bijeen hebben geplunderd. Genen sprokkelen is voor een mens schier onmogelijk, maar virussen zijn er goed in. Ze nemen zonder moeite genen over
van gastheren, of van elkaar.
Mimivirus, zo betoogt David Moreira uit Parijs, is niks meer of minder dan een hyper-promiscue meestersprokkelaar. En de Amerikaanse hoogleraar Eugene Koonin schreef vorig jaar in Current Biology
dat het geen kunst dat het virus aan de basis van de stamboom uitkomt, als het ding een hutspot is van allerlei ingepikte genen. In een toelichtende e-mail: Ik vermoed dat die centrale positie een artefact is.
Hij en zijn collega Lakshminarayan Iyer betogen in het al eerder genoemde aprilnummer van Virus Research (een thema-uitgave die helemaal gewijd was aan complexe virusgenomen) dat Mimivirus en de
andere grote NCLDVs n챠et afstammen van iets cellulairs. Ze stellen dat Mimivirus en de andere NCLDVs een gezamenlijke voorouder hebben die w챕l heel oud is - zij denken dat die ontstaan is in de
tijd van de eerste eukaryoten, de cellen met een kern. Die wordt meestal geschat op ruim twee miljard jaar geleden, hoewel er over de precieze gang van zaken nogal wat discussie is. Die voorouder zou
volgens Koonin & Iyer zon vijftig genen gehad hebben - al een vrij complex genoom dus, waarna het virus zich verder ontwikkelde en groeide door uitwisseling van genen. Met andere virussen, en
vervolgens met cellulaire gastheren.
niet mee eens, schrijft Claverie in zijn elektronische reactie. Hij ziet Mimivirus nog steeds bij voorkeur als een levend fossiel. Het lijkt waarschijnlijk dat dit virus (en dus alle NCLDVs die ermee verwant
zijn) zijn ontstaan door reductieve evolutie vanuit een cellulair, parasitair organisme. Ook h챠j voelt zich gesteund door de genoomanalyse van Mimi, die vooralsnog niet hard mee werkt om het beeld van
een willekeurige zak genen te steunen.
Zo staat de gastheer van Mimi, de amoebe Acanthamoeba polyphaga, n챠et hoog op de lijst van genetische verwanten van Mimivirus. Dat is een argument tegen smokkel, want stelen doet een virus graag
bij zijn gastheer. Ten tweede is ruim dertig procent van Mimivirus genen afgeleid van een ander Mimivirus-gen, en dat geldt vooral voor genen die belast zijn met het overleven in de gastheercel. Dat duidt
op effici챘nt genengebruik - en op ouderdom, zegt Claverie. Ook wiskundige analyse van het genetische woordgebruik zou niet op recente gensmokkel duiden. En ten slotte gebruikt de helft van
Mimivirus genen ook nog eens dezelfde genetische schakelaar. Dat is erg veel: geen enkel virus haalt dat verder. Geen willekeurig bijeen gepakt genoom dus, zegt Marseille.
Maar of dat dan betekent dat Mimivirus ontstond uit een vroeg-cellulair organisme? Bioinformaticus Claverie komt zelf in dat eerder genoemde februarinummer van Virus Research, al met een
kanttekening. Het grootste bezwaar van dit scenario is dat je moet bedenken hoe iets kan overgaan van vermenigvuldiging door celdeling naar een virale manier van replicatie.
Koonin gaat in zijn e-mail ook in tegen Claveries interpretatie van Mimivirus genoom: Ik onderschat helemaal niet dat duplicatie 처처k belangrijk was bij de ontwikkeling van dat genoom. Maar dat sluit
volgens Koonin niet uit dat Mimivirus die genen 챕챕rst gesmokkeld heeft, en dat ze daarna gekopieerd zijn.
Ook Koonin heeft nog wel wat uit te leggen: waarom zijn Mimivirus en sommige andere grote virussen zo groot geworden, en wat moeten ze met al die genen? Het is een vraag die hij maar moeilijk kan
beantwoorden. Maar hij benadrukt in een inleiding in het complexe-virussen-themanummer dat Mimivirus niet alleen staat. De laatste paar jaar zijn er allerlei, uiteenlopende soorten virussen gevonden die
niet zo minimalistisch zijn als het griepvirus met zijn elftal genen. Hij vermoedt dat Mimivirus zijn bijzondere positie binnen de NCLDVs te danken heeft aan een bijzondere selectiestrategie waarin niet
snelle voortplanting belangrijk is, maar de overleving van de nakomelingen. Het is in de populatiebiologie een bekend concept. Maar bijna al het empirische werk over de populatiebiologie van virussen
moet nog gedaan worden, voegt hij er aan toe.
Ook volgens de Franse prof kan alles nog, in het obscure vakgebied van de evolutiebiologie van virussen. Claverie: We weten helemaal niet hoe virussen in de evolutie zijn ontstaan. Het kan zijn dat ze een
gezamenlijke voorouder hebben, of dat verschillende groepen ieder hun eigen, oeroude afstammingslijn hebben. Het is heel erg in discussie. Er zijn serieuze theorie챘n over cellen die hun systeem van
DNA-replicatie van virussen hebben overgenomen; dat de overgang van RNA naar DNA in virussen plaatsvond; dat virussen de voorloper van de celkern vormden.
Na het DNA van mensen, kippen, muizen en rijstplanten worden echter steeds meer virale genomen in kaart gebracht. Evolutionair virologen, die hun onderzoeksobjecten wel het ondergeschoven kindje
van de genoomrevolutie (Genome Biology, maart 2005) noemen, zien nu dat hun vakgebied in een stroomversnelling is geraakt (Virus Research, april 2006). Voorlopig levert dat vooral vragen op.
Eén antwoord hebben ze: een virus is geen zak genen, en al helemaal geen minimalistische.
Mimivirus is de onbetwiste recordhouder Grootste Virus Met De Meeste Genen.
Maar voor de eeuwigheid? Onwaarschijnlijk, aldus Eugene Koonin van het Amerikaanse bioinformatica-instituut NCBI. Er kunnen er een heleboel zijn. Mimivirus heeft sowieso enkele familieleden die
ook behoorlijk aan de maat zijn: de diverse groep van de nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs).
Ze hebben net als Mimivirus een dubbele DNA-helix als genetisch materiaal, ze delen een aantal karakteristieke genen, en ze zijn relatief groot.
De pokkenvirussen en de herpesvirussen vallen bijvoorbeeld in die categorie; Mimivirus vormt een aparte tak in zijn eentje. Jean-Michel Claverie zoekt in die hoek naar virussen die zich kunnen meten
met het Mimivirus
.
Ze moeten volgens hem te vinden zijn in zee. Mimivirus dook op in een waterleiding, en binnen de NCLDVs is Mimivirus het meest verwant aan virussen die algen en vissen als gastheer hebben. Mariene
microbiologen beschreven rond 1980 al enkele heel grote virussen in algen - ongeveer half zo groot als Mimivirus - maar die beschrijvingen kwamen nooit verder dan de vakliteratuur. Het is bovendien
niet ondenkbaar dat heel grote virussen zich systematisch aan het oog onttrekken, omdat ze bij het filteren van watermonsters bij de bacteriëen belanden.
Claverie begon zijn zoektocht deze zomer in een watermonster uit de Sargassozee in het Caribisch gebied. Van dat monster wilde Craig Venter (bekend van het menselijk genoomproject) twee jaar geleden
al het bacterieële genetisch materiaal in kaart brengen. Hij een overweldigend aantal genen: 1,2 miljoen (Science, 4 maart 2004).
Het merendeel daarvan was nog onbekend en kwam terecht onder de noemer sequenties uit het milieu. In het Virology Journal (augustus 2005) laat Claverie zien dat dat ongedefinieerde DNA verwanten
bevat van Mimivirus. En zo kan het dat de eiwitmantel van het virus uit Bradford zijn naaste (bekende) familielid heeft in de Sargassozee.
Het leven op aarde laat zich indelen in een klein aantal hoofdgroepen, de zogeheten koninkrijken. Hoeveel het er zijn, daarover woedt een langlopende discussie. Het ligt er maar aan hoe je kijkt: naar de
genetische code (dan zijn het er drie), of naar de eigenschappen van de organismen (dan zijn het er vijf of meer). Hoewel de ontdekkers van Mimivirus anders bepleiten, vallen de virussen buiten die
indeling in koninkrijken, omdat ze meestal niet beschouwd worden als levende organismen.
Bacteriëen: Van alle bestaande levensvormen zijn de bacterieën (samen met de Archaea, zie hieronder) het oudst. Ze zijn al gevonden in rotsen van 3,5 miljard jaar oud. Bacteriëen meten tussen een halve
en enkele micrometers, al zijn er de laatste tien jaar ook reuzenbacterieën gevonden die veel groter zijn. Bacterieën hebben één ringvormig chromosoom. Ze hebben geen celkern of celorgaantjes die aparte
functies uitvoeren. Wel zijn ze, op de kleine parasitaire bacterieën na, vrijlevend. Ze maken hun eigen eiwitten en vermenigvuldigen zich door celdeling. Verschillende kunnen zwemmen met een
zweepstaart.
Archaea: Met deze organismen deelden de bacterieën de jonge aarde. Op het oog verschillen Archaea niet van bacteriëen. Ze zijn even groot en hebben net als bacteriëen geen celkern. Op basis daarvan
worden ze ingedeeld bij de bacteriëen (als prokaryoten). Genetici zijn het daar niet mee eens. Zij beschouwen Archaea als een aparte groep, onder meer omdat hun eiwitbouw-apparaat (en de genetische
code daarvoor) heel anders is - die lijkt meer op die van eukaryoten (zie hieronder).
Eukaryoten: Tussen de 2,5 en 2 miljard jaar geleden ontstond een nieuw soort organismen: eukaryoten. Alle planten, alle dieren, schimmels en eencelligen met een kern (amoebes bijvoorbeeld, en
pantoffeldiertjes) horen erbij. Onze cellen verschillen fundamenteel van die van bacterieën, onder andere omdat er een kern in zit - vandaar eukaryoot. In die kern zitten verschillende draadvormige
chromosomen. De cellen zijn ook veel groter dan die van bacterieën. Planten, dieren, schimmels en eencelligen zijn onderling zo verschillend (ook wat de vorm en inhoud van hun cellen betreft) dat ze ook
wel als aparte koninkrijken beschouwd worden.
Virussen: Traditioneel worden virussen gezien als organische dingen, die niet zelfstandig kunnen overleven. Het zijn pakketjes genen waarmee de cellen van een geïnfecteerde gastheer aan de slag gaan.
Die gastheercel leest die virusgenen af en produceert viruseiwitten. En voilà, dan heb je weer een nieuw virus. Virussen hebben een mantel van eiwit, maar verder zijn ze erg divers. Er zijn
bolvormige, twintigvlakkige, zelfs lintvormige. Ook de chemische samenstelling van hun genetisch materiaal verschilt.
Evolutionair virologen gaan ervan uit dat virussen heel oud zijn, en dat ze op de een of andere manier aan de evolutie van het leven hebben bijgedragen.
Pokkenvirus (foto Science)
http://www.virology.net/Big_Virology/BVDNAherpes.html
http://web.uct.ac.za/depts/mmi/stannard/herpes.html
WAT EEN KANJER
http://www.nrc.nl/nrc.nl/specialwetenschaponderwijs/20060903/pages/01009/articles/NRC-20060903-01009002.pdf
Mimivirus: levend fossiel of genenverzamelaar?
6 bioSCOPE [06]
http://bioscope.bio.uu.nl/archief/2006/bioSCOPE%206%20jrg%206.pdf
door Tessa Quax
Sinds anderhalf jaar woedt er onder evolutionair virologen een heftige discussie over de ontstaansgeschiedenis van virussen.
Begin mei 2006 werd in de wetenschapbijlage van het NRC Handelsblad uitgebreid aandacht besteed aan het huidige debat.
Aanleiding hiervoor gaf de in 2004 gepubliceerde genoomsequentie van het zogeheten Mimivirus.
Dit gigantische virus, dat qua grootte met bacteri챘n kan competeren, werd al meer dan tien jaar geleden in de koeltoren van een waterleiding gevonden, maar op dat
moment werd nog niet ingezien dat het een virus betrof. Men wist dat het een parasiet was die amoeben infecteerde en hield het door zijn enorme omvang voor
een bacterie.
Verder onderzoek bracht echter aan hetlicht dat deze zogenaamde ‘bacterie’ bij infectie van de gastheer tijdelijk geheel uiteen viel en bovendien over een twintigvlakkige
eiwitmantel beschikte en niet over een celmembraan.
Hieruit viel niets anders te concluderen dan dat men met een reusachtig virus te maken had. Het heeft een diameter van 0,75 micron. Ter vergelijking: Escherichia
coli (een darmbacterie) is 3 micron in doorsnede.
Niet alleen groot
Maar het was niet alleen de grootte van het virus die de wetenschappers versteld liet staan.
Het virus heeft nog een vreemde eigenschap. Het beschikt namelijk over maar liefst 911 genen, terwijl een gemiddeld virus het met niet meer dan 10 Ã 20 moet doen.
Deze genen coderen onder andere voor de productie van eiwitten, iets wat virussen meestal aan hun gastheer overlaten.
Bij vergelijking van het genoom van het Mimivirus met dat van andere organismen, bleek het virus bij de groep van Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NLDV’s) te
horen. Deze virussen delen met het Mimivirus enkele genen, hebben ook dubbelstrengs DNA en zijn eveneens aardig aan de maat, al is hetMimivirus van hen wel
de grootste. Het pokkenvirus en herpesvirus behoren onder andere tot deze groep.
Levend organisme
De genen van het Mimivirus hebben echter ook verwanten in alle drie de domeinen van
het leven: bacterieënn, archaea en eukaryoten.
Hieruit concludeerde de Franse groep virologen, die ook het genoom van het Mimivirus publiceerde, met de professor bioinformatica
Jean-Michel Claverie voorop, dat het virus een soort levend fossiel is. Het zou een geschiedenis van ongeveer drie miljard jaar hebben en moet beschouwd
worden als een levend organisme. Dit is in strijd met de geldende opvatting dat virussen niet leven, omdat zij zich niet zonder hun gastheer
kunnen reproduceren. Verder zou het virus een voorouder van het eukaryote leven kunnen zijn.
Gestolen genen
Deze opvatting wordt fel bestreden door onder andere de Parijse evolutiebioloog David Moreira, en professor Koonin, die als evolutionair
viroloog verbonden is aan het National Center for Biotechnology Information (NCBI), dat een grote publieke DNA database beheert. Zij gaan er van uit
dat het Mimivirus zijn grote hoeveelheid genen in de loop van de evolutie ‘gestolen’ heeft van een heel scala aan andere organismen,
een fenomeen dat vaker bij virussen wordt waargenomen. Doordat deze collectie genen uit alle domeinen van het leven afkomstig
is, wordt door vergelijkende computerprogramma’s het virus al snel aan de voet van de levensstamboom geplaatst, terwijl het daar eigenlijk niet hoort
volgens opponenten van de theorie.
Bovendien vinden zij het moeilijk voor te stellen hoe een cellulair organisme over kan gaan op een virale replicatie.
Dit is ook een onderwerp waar Claverie mee worstelt.
Argumenten en vragen
Maar de Parijse evolutiebioloog vuurt ook argumenten af waar zijn tegenstanders in de discussie niet omheen kunnen. Zo blijkt
de amoebe, die gastheer van het Mimivirus is, niet veel verwantschap met het virus te hebben. Dit is vreemd, gezien men zou verwachten
dat het virus juist genen met zijn gastheer uitwisselt. Verder lijken veel genen van het virus sterk op elkaar, wat er op duidt
dat ze uit andere genen van het virus ontstaan zijn en dus niet van een ander organisme verkregen. Ook is het voor opponenten
van de theorie van Claverie lastig om te beantwoorden waarom het Mimivirus al die genen ‘verzamelt’. Tot zo ver is het moeilijk hier een logische verklaring voor te vinden.
Over de evolutie van virussen is nog heel weinig bekend. De ontdekking van het Mimivirus heeft in ieder geval deze tak van de evolutiebiologie een nieuwe impuls gegeven
waardoor de aangewakkerde discussie zeker nog in alle hevigheid vervolgd zal worden.
Reuzenvirus Mimi lijkt toch verzamelzak van bacterieële genen
Hester van Santen
09-12-2006
Mimivirus, het grootst bekende virus ter wereld, kan zijn diverse genenverzameling best van bacteri챘n overgenomen hebben. In Trends in Genetics (15 november, online) beschrijven Franse microbiologen
daarvoor een mechanisme.
Mimivirus is net zo groot als de kleinste bacteri챘n en bezit ongeveer negenhonderd genen. Dat is ongekend veel voor een virus (ter vergelijking: een griepvirus heeft maar tien of elf genen).
Van de meeste van Mimivirus genen is de functie onbekend, maar andere genen blijken verwanten te hebben in alle uithoeken van de evolutionaire stamboom. Onder allerlei bacteri챘n, maar ook
ondereukaryoten (cellen met een kern). Bovendien hebben die genen functies die voor een virus abnormaal zijn, zoals eiwitproductie.
Biologen uit Marseille opperden daarom begin dit jaar dat Mimivirus een zeer oude loot vormt aan die levensboom.
Anderen spraken dat tegen, en in dat laatste kamp scharen zich nu drie microbiologen en genetici uit Toulouse, die het genoom van Mimivirus en drie verwante grote virus hebben bekeken.
Op basis van bepaalde structuren in dat genoom (herhalingen, een las) opperen ze dat de grote virussen hun DNA op eenzelfde manier vermenigvuldigen als pokkenvirussen.
Daarbij maken ze zodanig gebruik van de kopieermachinerie van hun gastheercel, dat hun genen extreem door elkaar geschud raken. Op deze manier kunnen ze ook gemakkelijk vreemde genen
opnemen. Het is bovendien een vicieuze cirkel: als er eenmaal een paar bacteriegenen in het genoom zitten, gaat er gemakkelijker wat fout bij de vermenigvuldiging.
Bacteriegenen zijn er genoeg in de buurt van Mimivirus, omdat die zich vermenigvuldigt in amoebes die ook de gastheer zijn van Legionella-bacteriëen.
Ook de andere grote DNA-virussen die zij onderzochten (Chlorella-virussen die algen infecteren) kunnen bacteriëen tegenkomen als de alg in een pantoffeldiertje terechtkomt.
Mimivirus is een twintighoekig virus met haren van suiker op de mantel. Het virus meet in doorsnede iets minder dan een duizendste millimeter.
Wetenschappers ontdekken ‘reuzenvirus’
10 december 2009
© NU.nl/Dennis Rijnvis
– Franse onderzoekers hebben een reuzenvirus geïsoleerd dat is opgebouwd uit genetisch materiaal van planten, dieren en bacteriën.
De onderzoekers van de universiteit van Aix-Marseille ontdekten het nieuwe virus in amoebes, eencellig organismen die als parasiet kunnen voorkomen
bij zowel mensen als dieren.
Het DNA van het ‘reuzenvirus’ bestaat uit maar liefst 368.000 basenparen en bevat genetisch materiaal van planten, dieren, bacteriën en andere virussen,
- Al dat genetisch materiaal kan ook geincorporeerd (opgenomen) zijn in de loop der tijd van diverse gastheren.... doen virussen wel vaker
( vandaar ook dat ze veelal kunnen worden omgebouwd tot nuttige vectoren bij biotechnologische GM ) .
Al dat materiaal kon zich in de amoebe re-combineren tot een nieuw organisme, ( ook vertrekkend vanuit diverse virussen ? ) .
http://www.google.com/hostednews/afp/article/ALeqM5ie4i8QA7xofyoOW8Z4o421LY3Iog
Microscoop
De ontdekking van het nieuwe virus wordt beschreven in het wetenschappelijk tijdschrift Proceedings of the National Academy of Sciences.
http://www.pnas.org/content/early/2009/12/08/0911354106.abstract
Er zijn slechts een handvol reuzenvirussen ontdekt
:Het eerste accidenteel in 1993( MIMI )
Vandaag is nog steeds weinig bekend over deze soorten virussen (1)
Een ander team van Roualt vond ook al een mini -virus( spoetnik) dat andere virussen infecteerd om zich te kunnen voortplanten
Het nieuwe organisme, dat de naam Marseillevirus heeft gekregen, is volgens de onderzoekers het op vier na grootste virus ter wereld.
Het organisme heeft een diameter van 250 nanometer (ongeveer 250 miljoenste millimeter) en is daardoor zichtbaar door een gewone optische microscoop.
De wetenschappers vermoeden dat amoebes een belangrijke bron zullen zijn voor de creatie van meer reuzenvirussen, omdat de organismen zich voeden met
bacteriën en en virussen van verschillende soorten.
Ziekteverwekker ?
“Dit virus is een totaal nieuwe virale vorm”,
zo verklaarde hoofdonderzoeker Didier Raoult tegen persbureau AFP.
http://www.antimicrobe.org/authors/didier_raoult.asp
“In amoebes is een proces van permanente creatie aan de gang, waardoor er een nieuw repertoire van virussen kan ontstaan.
De reuzenvirussen kunnen uiteindelijk ziekteverwekkers worden als ze zich specialiseren”,
aldus Raoult.
" Het idee was niet ingecalculeerd noch voorzien noch voorspeld binnen de 'common descent ' theorie van Darwin
"Het idee van een luca is zinloos vanuit o.m. dit 'permanente creatie -mechanisme '-perspektief
Het was een idee van Darwin maar het is duidelijk fout ... "
Darwin was al vele malen fout ... maar dat is niet belangrijk ...Hij wist zelfs niets af van het bestaan van genen DNA , RNA en al de rest .Net zoalsNewton niets
afwist van Kernfysica en QM
Wat wel belangrijk is ,is hoe moderne evolutiebiologen dit gaan inbouwen in hun wetenschap ... Te beginnen met de interpretaties van de ontdekkers van het virus
Raoult :
"“We have this idea that everything is derived from something with very old roots. But there is still creativity going on, creating new
origins,” Raoult says.
prokaryotic forerunners, which came before modern amoebas, might have, in fact, been the necessary incubators
that allowed for the evolution of eukaryotic organisms. "
However he adds that "
http://www2.cnrs.fr/presse/communique/1740.htm
© Raoult / URMITE / Marseillevirus, à différents stades de sa formation dans l'amibe.
http://www.genomeweb.com/sequencing/french-american-researchers-sequence-giant-virus-found-inside-amoeba
http://www.wired.com/wiredscience/2009/12/giant-viruses/
Hungry Amoebas Spawn Biggest Viruses Ever


By Brandon Keim
December 8, 2009
(1) -Er zijn zowel DNA als RNA virussen, maar het zou interessant zijn om te weten of dat marseille virus een combinatie van DNA en RNA
als genoom heeft.
- Er zijn ook nog eens single stranded (ss) DNA virussen en double stranded (ds) DNA virussen en ssRNA en dsRNA virussen...
het zijn wonderlijke dingen
MIMI
Mamavirus
en
sputnik
Virus <--Virus loopt virus op
Zijn virussen dan toch échte levende wezens?
door: Arjen Dijkgraaf 7 augustus 2008
Mimivirus replicates in the cytoplasm
Friday, March 26th, 2010
Poxviruses are considered to be unique among DNA viruses because their infection cycle is carried out exclusively in the host cytoplasm. Such
an infection strategy is of interest, because it necessitates generation of elaborate factories in which viral replication and assembly are promoted.
By using imaging techniques, researchers showed that the infection cycle of the largest virus currently identified, the Acanthamoeba
polyphaga Mimivirus, similarly occurs exclusively in the host cytoplasm. Newly synthesized mRNAs accumulate at discrete cytoplasmic sites that
are distinct from the sites where virus replication occurs, and this is also observed in vaccinia infection. By revealing substantial physiologic
similarity between poxviruses and Mimivirus and thus, implying that an entirely cytoplasmic viral replication might be more common than generally
considered, these findings underscore the ability of DNA viruses to generate large and elaborate replication factories.
Vaccinia-like cytoplasmic replication of the giant Mimivirus. PNAS USA March 15 2010 doi: 10.1073/pnas.091273710
Related:




DNA Viruses
Marvellous mimivirus
Marine mimivirus relatives are large algal viruses
Mimivirus and the Stargate
Over reuzenvirussen:
10 reacties Posted by pierraveneta op januari 29, 2011
Sinds de ontdekking van het mimivirus en het mamavirus, twee reuzenvirussen, wordt er opnieuw veel gedebatteerd over het al dan niet rekenen van virussen tot de levende
organismen. Patrick Forterre, een microbioloog aan het Instituut Pasteur in Parijs, wijdt er een omvangrijk artikel aan.
Virussen bezitten geen eigen cel en metabolisme waardoor ze cellen moeten infecteren om
Het mamavirus. Hier is de rand van de virusfabriek te zien met bovenin de geproduceerde virusdeeltjes en onderin de virusfabriek.
zich te vermenigvuldigen. Hebben ze de cel eenmaal geïnfecteerd dan kapen ze de hele kopieerfabriek van deze cel om nieuwe kopieën van zichzelf te maken. Dit gebeurt in een duidelijk
afgetekende regio van de cel die de virusfabriek genoemd wordt. In 2003 werd het mimivirus ontdekt. Dit enorme virus werd tot dan toe door virusjagers weggezeefd samen met de bacteriën
omdat het zo groot is. Dit virus infecteert een amoebe (Entamoeba haemolytica). Het mamavirus, dat nog groter is, werd in 2008 ontdekt en infecteert een andere amoebe (Acanthamoeba
polyphaga). Dit mamavirus wordt op zijn beurt geïnfecteerd door een heel klein virusje dat Spoetnik genaamd werd. Spoetnik kaapt de virusfabriek van het mamavirus binnen de geïnfecteerde
amoebe. Het mamavirus maakt daardoor foute kopieën van zichzelf en wordt ‘ziek’. Dit is de eerste keer dat er een virofaag ontdekt is. Het feit dat een virus ziek kan worden is voor de
onderzoekers een goede reden om virussen tot de levende organismen te rekenen.
mamavirus in een amoebe. De donkere vlek is de virusfabriek. De zwarte stippen zijn de virusdeeltjes.
Patrick Forterre stelt voor het leven in te delen in capside-coderende organismen (virussen ofwel virocellen) en ribosoom-coderende organismen (alle andere organismen ofwel ribocellen).
Een virus wordt in zijn afbeeldingen altijd weergegeven als onderdeel van de geïnfecteerde cel. De fase waarin het virus binnen de cel is, zou de levende fase van zijn levenscyclus zijn. Hierbij
moet gedacht worden aan levenscyclussen van planten met sporen, waarbij de virions ofwel virusdeeltjes een soort sporen zouden zijn. Er wordt aan virussen een grote rol toebedeeld in de
evolutie van het eerste leven (zie ook ‘LUCA en virussen‘). Virussen zouden ontstaan kunnen zijn uit de eerste cellijnen die de ‘struggle for life’ verloren hebben. Slechts een enkele lijn
overleefde. De virussen infecteerden ook de afstammelingen van LUCA en liftten zo mee met de eerste winnende cellijnen. Hij legt de nadruk op het feit dat virussen specifieke eiwitten hebben
die niet homoloog zijn met eiwitten van (hedendaagse) cellen wat zou kunnen betekenen dat de virussen inderdaad voortkomen uit cellijnen die eerder dan LUCA leefden. Deze specifieke
eiwitten zijn onder andere betrokken in het metabolisme van DNA dus virussen zouden aan de oorsprong van het DNA kunnen staan. Er is door andere auteurs ook gesuggereerd dat
reuzenvirussen de eerste celkernen vormden.
Het is onmogelijk een boom van leven te maken voor virussen omdat er teveel genen uitgewisseld worden met onder andere plasmiden. Voorlopig blijft de boom van leven zoals we hem nu
kennen, maar de wereld van virussen zou gezien kunnen worden als een soort omhulsel van de stam en de vertakkingen.
Uit: National Geographic, Noorderlicht, Nature
en het artikel:
Giant Virusses: Conflicts in Revisiting de Virus Concept.
Patrick Forterre
Megavirus
http://www.pnas.org/content/108/42/17486
11/10 /2011
Franse biologen hebben het grootste virus ooit opgevist uit de oceaan , voor de kust van Chili .
Virussen zijn normaal gesproken grofweg nog eens honderd maal kleiner dan bacteriën, die ook al niet met het blote oog te zien zijn.
Zeven jaar geleden ontdekten wetenschappers het bestaan van zogenoemde reuzenvirussen, die ongeveer hetzelfde formaat hebben als een bacterie.
Het nu ontdekte virus is zelfs, als je kijkt naar hoe veel DNA en genen het bevat, groter dan de gemiddelde bacterie.Het reuzenvirus bezit 10 tot 20 keer de omvang van een
gewoon virus.en is – hoe toepasselijk – Megavirus Chilensis gedoopt.
Hair-like structures can be seen of the outside of the Mimivirus (top) and Megavirus (bottom) particles
http://www.bbc.co.uk/news/science-environment-15242386
http://blogs.discovermagazine.com/loom/2011/10/10/please-welcome-megavirus-the-worlds-most-ginormousvirus/?utm_source=twitterfeed&utm_medium=twitter&utm_campaign=Feed%3A+Loom+%28The+Loom%29
http://s2.hbvl.be/ahimgpath/assets_img_gvl/2011/10/11/2012695/megavirus-ontdekt-lokt-en-eet-amoebes-id2135843-460x0.jpg
"Het virus is groter dan sommige bacteriën",
aldus professor Jean-Michel Claverie van de universiteit van Aix-Marseille in Frankrijk.
"Je hebt geen elektronenmicroscoop nodig om het te zien. Een gewone microscoop volstaat".
Het virus meet ongeveer 0,7 micrometer (1 micrometer is een duizendste millimeter). Het Megavirus chilensis telt meer dan 1.000 genen.
Die bevatten de instructies voor de voortplanting van het virus binnen een gastcel
Virussen kunnen zich slechts voortplanten. binnen een levende cel die ze moeten binnendringen en waarvan ze de voorplantingsmechanismen kapen. Megavirus
chilensis heeft draadachtige vezeltjes(fibrillae ) aan de buitenwand (capside) en die structuur stelt hen in staat waarschijnlijk amoebes of eencellige organismen te enteren ____
Bacteriën hebben eveneens dergelijke vezeltjes op de buitenwand. ____Het virus gebruikt de amoebe daarna om zich voor te planten.
Megavirus (de inzet is het virusfabriekje in een amoebecel )
Het Megavirus chilensis creëert binnen de amoebes een soort cel binnen de cel ( een speciaal virus-aanmaak fabriekje ) - een paard van Troje als het ware - waarbinnen de
megavirus- nakomelingen tot stand komen.
http://en.wikipedia.org/wiki/Megavirus
http://www.wired.com/wiredscience/2011/10/megavirus-cell-evolution/
Attachment: 4678.pdf minimal genome bacillus subtilis.pdf
Attachment: Mimivirus- the emerging paradox of quasi-autonomous viruses.pdf