Onderzoek bij lymfomen

Onderzoek bij lymfomen
!"#$%&'()*%'+&,'&*+&%-&+%./0&10,2#-,$&34-,&5-%#&
!"#$%&#%$'(%'&$6/&%)$($%")&*'+#*'%,-'#7&8#$%&*+&9#$%&
,-:;$%'+&,0&4'+'$4)#&$6/&)1*6*)$1&24$):)'7&8-&
/'+*<6&"&('.&/0'+"*'1,%&"**+2"%0&/0"/&$#&
!'('3%$")&/2&*",'(/#&*+&9#$%&,$='4+&$%&%#'&'6/&-3&
%#'&/$07>&&
!
"#$!%&$'(!)*+*(!,-*+*!
.//#/0$'0!,1234//21!23!56#'#7$6!)48#7#'4!!
94#66!521'466!)48#7$6!52664:4!
Onderzoek bij lymfomen
Roschewski, M. et al. (2013); Nat. Rev. Clin. Oncol. Younes, A. & Berry, D. A. (2012); Nat. Rev. Clin. Oncol.
Onderzoek bij lymfomen
?@AB@&
C@&
8GHE@&
IBHJ@&&
B@@&
DB@&
I8@?&
KL@&
E@&
F&
?E@&
F&
Onderzoek bij lymfomen
?@AB@&
C@&
8GHE@&
IBHJ@&&
B@@&
DB@&
I8@?&
KL@&
E@&
F&
?E@&
F&
G(/'+(",2(")'&#/1H$'#I
#"J'(.'+D$(KB
L$K'(&2(H'+M2'DB
G(/'+(",2(")'&#/1H$'#B
Onderzoek bij lymfomen
Genomische karakterisatie van
ongewone lymfomen
Het menselijk genoom
Het menselijk genoom
Het menselijk genoom
•  23 chromosoom paren
•  3 miljard bouwstenen
•  25.000 genen
Het menselijk genoom
De normale cel en de kankercel
DNA sequentie technieken brengen volledig
genoom in kaart
?HR&
S/*21-*/T&
4$6/-,&?HR&+%.UO'+&9-4/'6&*6&U$$4%&<'54$)#%V&'6&$11'&
+%.UO'+&+$,'6&9-4/'6&$$6''6&<'2.WW'1/&%-%&#'%&X<'6--,Y7&
DNA sequentie technieken brengen volledig
genoom in kaart,
ook de fouten die in het genoom aanwezig zijn
?HR&
S/*21-*/T&
3-.%&*6&#'%&
<'6--,&
NB
NB
NB
NB
4$6/-,&?HR&+%.UO'+&9-4/'6&*6&U$$4%&<'54$)#%V&'6&$11'&
+%.UO'+&+$,'6&9-4/'6&$$6''6&<'2.WW'1/&%-%&#'%&X<'6--,Y7&
DNA sequentie technieken brengen volledig
genoom in kaart,
ook de fouten die in het genoom aanwezig zijn
?HR&
S/*21-*/T&
/'1':'&*6&
#'%&<'6--,&
4$6/-,&?HR&+%.UO'+&9-4/'6&*6&U$$4%&<'54$)#%V&'6&$11'&
+%.UO'+&+$,'6&9-4/'6&$$6''6&<'2.WW'1/&%-%&#'%&X<'6--,Y7&
NGS
Meyerson, M. et al. (2010); Nat. Rev. Genet. NGS
NGS: driver en passenger mutaties
StraPon MR. et al. (2009); Nature NGS
circos plot
chromosoom
...
coverage (dekking) :
hoeveel DNA stukjes op
die positie
Wat kunnen we zien op deze circos-plot?
centromeer
(middelpunt chromosoom)
&
Duplicatie op chr 2:
stuk DNA komt meermaals voor
Deletie op chr 1:
stuk DNA ontbreekt
Circos plot
Genomisch landschap
Lawrence MS, et al. Nature 2013;499:214-8
Annual Reviews
Onderzoek bij lymfomen
H*'.9'&5''1/;-4,*6<+%')#6*'U'6&'6&
%#'4$2*'&;--4&2$:[6%'6&,'%&
10,3'U1*'4U$6U'4&6$&%4$6+21$6%$:'&
I-+=4$6+21$6%&10,3--,&SI8@?T&
I-+=4$6+21$6%&10,3--,&SI8@?T&
PTLD
EBV
PET/CT scan
FDG
SUV
CT
Histology
FDG
PET/CT
SUV
CT
Histology
FDG
PET/CT
SUV
CT
Histology
PET/CT
I8@?&
I8@?&
Oproep: meet the pa:ent