Tot de ziekteverwekkers behoren o.a.: Bacteriën: Campylobacter, Salmonella, Clostridium. E-coli komt algemeen voor in de dikke darm en wordt ook wel de “poepbacterie” genoemd. E-coli gemeten in (afval)water geldt als een indicator voor de totale hoeveelheid aan ziekteverwekkende bacteriën in het water. E. coli is normaliter zelf geen ziekteverwekker; Virussen: Norovirus, enterovirussen; Parasieten: Giardia en Cryptosporidium; Parasitaire wormen: bijvoorbeeld de rondworm Toxocara of de runderlintworm Taenia saginata.